Anda di halaman 1dari 12

Materi genetik: sifat dan replikasi

HAL. 92-93
Gen pertama kali terdeteksi dan dianalisis oleh mendel, dan kemudian banyak
milmuwan lain, dengan mengikuti pola pewarisan dari generasi ke generasi (bab 2). Studi-studi
ini sementara sangat menjelaskan pewarisan sifat pada organisme hidup, tidak memberikan
wwasan tentang struktur atau komposisi molekul gen. Studi selanjutnya ,enetapkan korelasi
yang tepat antar pola pewarisan gen dari generasi ke generasi (segresi dan bermacam-macam
independen) dan perilaku kromosom selama reproduksi seksual, khususnya divisi pengurangan
meiosis dan pembuahan (bab 3). Eksperimen ini dan terkait memberikan bukti awal yang kuat
bahwa gen biasanya terletak pada kromosom. Dengan demikian, dalam mengajukan pertanyaan
tentang dasar kimia keturunan, para ilmuwan mulai dengan menyelidiki komposisi biokimia
kromosom. Apapun komposisi kimianya, jelas bahwa pada zaman mendel bahwa materi
genetik harus memenuhi dua persyaratan utama.
1. Fungsi natau replikasi genetik.
Materi genetik harus mampu menyimpan informasi genetik kepada keturunan,
generasi demi generasi (meskipun sebagai keturunan) dan menstransmisikan
informasi ini dengan setia dari orang tua yang akan kita lihat di bab 11, materi
genetik sesekali mengalami perubahan yang diwariskan sesekali disebut mutasi.
2. Fungsi fenotip ekspresi gen.
Materi genetik harus mengendalikan perkembangan fenotip orgsnisme, baik itu
virus, bakteri, tanaman, atau hewan seperti manusia. Yaitu materi genetik harus
menentukan pertumbuhan dan diferensiasi organisme dari zigot yang dieja secara
tunggal menjadidewasa yang matang . untuk mengontrol proses rumit ini, genetik
tidak hanya harus mengekspresikan dirinya secara akurat tetapi juga setiap gen harus
bertindak pada waktu dan tempat yang tepat untuk menjamin bahwa hati terdiri dari
sel-sel hati, sistem sel saraf, dan sebagainya (lihat bab 10 dan 5)
Lromosom terdiri dari dua jenis molekul organik besar (makromolekul) yang disebut
protein dan asam nukleat. Asam nukleat terdiri dari duan jenis: asam deoxyribonuklkeat (dna)
dan asam ribonukleat (rna). Selama bertahun tahun, ada banyak perbedan pendapat dinantara
para ilmuwan mengenai mana dari ketiga makromolekul ini yang membawa informasi genetik.
Selama 1940-an dan awal 1950-an, beberapa percobaan elegan dilakukan yang dengan jelas
menetapkan bahwa informasi genetik berada di asam nukleat daripada dalam protein. Lebih
khusus lagi, percobaan ini menunjukkan bahwa informasi genetik berada di dalam DNA (dalam
beberapa virus sederhana, RNA membawa informasi genetik; virus khusus ini tidak
mengandung DNA)

DNA, MATERI GENETIK


Beberapa baris bukti tidak langsung telah lama menyatakan bahwa FDNA mengandung
informasi genetik organisme hisup. Yang paling penting, hasil yang diperoleh dengan
menggunakan beberapa prosedur eksperimental yang berbeda menunjukkan bahwa sebagian
besar DNA terletak di kromosom sedangkan RNA dan protein juga berlimpah di sitoplasma.
Selain itu, ada korelasi yang tepat antara jumlah DNA per sel dan jumlah set kromosom per sel.
Yaitu sebagian besar sel somatik dari organisme diploid, misalnya menyandung jumlah DNA
sebagai sel haploid atau gamet spesies yang sama. Akhirnya, kompoisisi molekul DNA di
semua sel yang berbeda dari suatu organisme adalah sama(dengan pengecualian langka).
Sedangkan komposisi RNA dan protein bervariasi baik secara kualitatif maupun kuantitatif dari
satu jenis sel ke yang lain. Meskipun korelasi ini ssngat menunjukkan bahwa DNA adalah
genetik, mereka tidak membuktikannya. Untungnya, bukti langsung telah menetapkan bahwa
informasi genetik dikodekan dalam DNA.

TRANFORMASI DI PNEUMOCOCCUS
Bukti langsung pertama yang menunjukkan bahwa materi genetik adalah DNA daripada
protein atau RNA diterbitkan oleh OT AVERY, C. M MACLEOD, dan M. MCCARTY pada
tahun 1944. Mereka menunjukkan bahwa komponen sel bertanggung jawab atas fenomena
tranformasi dalam bakteri Diplococcus pneumonie (pneumococcus) adalah DNA. Tranformasi
adlah cara rekombinasi (pertukaran atau transfer informasi genetik antar organisme atau dari
satu organisme ke organisme lain) yang terjadi pada beberapa, tetapi tidak semua. Ini tidak
melibatkan kontak langsung anyara sel-sel bakteri atau mediasi oleh vektor seperti virus (lihat
bab 8, hal 206-208).
Fenomena transformasi ditemukan oleh frederick griffith pada tahun 1982. Harus
ditekankan bahwa meskipun percobaan griffith menunjukan terjadinya tranformasi pada
pneumococcus dan dengan demikian mengatur panggung untuk McCarty, mereka tidak
memberikan bukti bahwa DNA adalah terlibat dengan cara apapun.
Pneumococcus, seperti semua organisme hidup lainnya, menunjukkan variabilitas
genetik yang dapat dikenali dengan adanya berbagai fenotipe (tabel 5.1). dua karakteristik
fenotip yang penting dalam demonstrasi tranformasi griffith adalah (1) ada atau tiudak adanya
kapsul polisakarida (polimer gula kompleks) di sekitarnya dan (2) jenis kapsul, yautu kompisisi
molekul spesifik polisakarida hadir dalam kapsul. Ketika ditanam dimedia yang sesuai (seperti
agar darah) di dalam cawan petri, pneumococcus dengan bentuk kapsul yang besar, koloni halus
dan dengan demikian disebut tipe S. Pneumococcus yang dienkapsulasi ini cukup patogen bagi
sebagian besar mamalia (misalnya, menyebabkan pneumonia pada manusia). Virus
penumococcus tipe S ini bermutasi menjadi nonvirulen atau non patogenik, bentuk yang tidak
memiliki kapsul polisakarida (pada frekuensi sekitar atau satu sel dalam 10). Pneumococcus
yang tidak terbungkus dan tidak berbentuk itu membentuk koloni kecil yang permukaannya
kasar ketika tumbuh pada media agar darah dan dengan demikian disebut tipe R (tabel 5.1).
kapsul polisakarida diperlukan untuk virulensi karena melindungi sel bakteri terhadap
fagositosis oleh leukosit. Ketika kapsul hadir, itu mugkin dari beberapa jenis antigenik yang
berbeda (tipe II, III, dll.) tergantung pada komposisis molekul spesifik polisakarida dan tentu
saja pada akhirnya pada genotip sel. Jenis kapsul yang berbeda dapat diidentifikasi sevara
imunologis. Jika sel tipe II disuntikkan ke dalam aliran darah kelinci, sistem kekebalan kelinci
akan menghasilkan antibodi (satu set khusus protein besar yang fungsinya untuk melindungi
organisme terhadap zat asing seperti virus makromolekul dan bakteri; lihat bab 16) yang
bereaksi secra khusus dengan sel tipe II. Antibodi tipe II seperti itu akan menggumpalkan
pneumococcus tipe II tetapim tidak untuk pneumococcus tipe II dan sebaliknya. Penemuan
griffith yang tidak terduga adalah bahwa jika ia menyuntikkan penumococcus tipe IIIS yang
terbunuh secara panas (virulen ketika hidup) ditambah penumococcus tipe IIR hidup
(novirulen) ke tikus, banyak tikus yang meninggal karena pneumonia, dan sel-sel hidup ipe iiis
diambil dari bangkai (gambar 5.1). ketika tikus disuntikan dengan pneumococcus tipe IIIS yang
terbunuh secra panas saja (gambar 5.1 atas) tidak ada tikus yang mati. Virulensi yang diamati
karena itu bukan karena beberapa sel tipe IIIS yang selamta dari perlakuan panas, penting untuk
dicatat bahwa pneumococcus virulen hidup pulih dari sisak polisakarida tipe III, karena
diketahui bahwa sel-sel tipe R yang tidak ternekapsulasi dapat bermutasi kembali menjadi sel
tipe S yang terkapsul yang virulen. Ketika muatsi seperti ini terjadi dalam sel tipe IIR, sel yang
dihasilkan adalah tipe IIS bukan tipe IIIS. Dengan demikian, “ tranformasi” dari sel-sel tipe
IIR nonvirulen menjadi sel-sel tipe IIIS yang virulen tidak dapat dijelaskan dengan mutasi
melainkan beberapa komponen dari sel-sel tipe IIIS yang mati (prinsip transformasi) harus
mengubah sel-sel tipe IIR hidup ke tipe IIIS. Eksperimen selanjtnya menunjukan bahwa
fenomena tersebut diejlaskan oleh griffith, sekrang disebut transformssi, tidak dimediasi
dengan cara apapun oleh inang yang hidup. Fenomena yang sama terjadi pada tabung reaksi
ketika sel-sel tipe IIR hidup di tanam di hadapan sel-sel tipe IIIS mati atau ekstrak dari sel-sel
tipe IIIS karena jelas ditunjukkan bahwa fenotipe baru, tipe IIIS adalah turun temurun, yaitu
disebabkan oleh perubahan genotip drl ysng diwariskan secara permanen, demonstrasi
tranformasi dengan rapi menhgatur penggung untuk menentukan dasar kimiawi hereditas pada
gen. Penumococcus yang tersisa adlaha menentukan komponen ekstrak sel apa yang
bertanggung jawab unuk tranformasi.

BUKTI BAHWA”PRINSIP TRANSFORMASI” ADALAH DNA


Prinsip transformasi terbukti menjadi DNA pada tahun 1944 ketika Avery, Macleod dan
McCarty menerbitkan hasil dari serangkaian eksperimen yang luas dan melelahkan. Mereka
menunjukkan bahwa jika DNA yang dimurnikan secara besar-besaran dari tipe IIIS
pneomococcus hadir dengan pneumococcus tipe IIR, beberapa pneumococcus
ditransformasikan menjadi tipe IIIS (gambar 5.2) tetapi bagaimana orang bisa yakin bahwa
DNA itu benar-benar murni? Membuktikan kemurnian lengkap dari setiap zat makromolekul
sangat sulit. Mungkin persiapan DNA mengandung beberapa molekul protein dan protein
terkontaminasi ini bertanggung jawab untuk tranformasi yang diamati.

HAL. 94-98
Gambar 5.1 Demonstrasi Griffith tentang transformasi pada pneumokokus. Ketika terbunuh
dengan panas terkapsulasi (ditunjuk S untuk pembentukan koloni kecil) pneumokokus tipe III
disuntikkan ke tikus, tikus tidak mengembangkan pneumonia. Demikian pula ketika hidup
nonenkapsulasi (ditunjuk R untuk pembentukan koloni kasar) sel tipe II disuntikkan ke tikus,
tikus tidak menunjukkan efek buruk. Injeksi pneumokokus Tipe IIIS yang hidup
mengakibatkan pneumonia berat dan kematian banyak tikus. Yang mengejutkan, injeksi sel-sel
Type IIIS yang terbunuh dengan panas (virulen jika hidup) bersama dengan sel-sel Type IIR
yang hidup (nonvirulent) menyebabkan kematian banyak tikus.
Gambar 5.2. Bukti Avery, MacLeod, dan McCarty bahwa "prinsip transformasi" adalah DNA.
Transformasi pneumokokus Tipe IIR menjadi Tipe IIIS dapat ditunjukkan dengan
menggunakan DNA yang sangat murni dari sel Tipe IIIS serta menggunakan sel Tipe IIIS yang
terbunuh dengan panas. Bukti bahwa komponen aktif adalah DNA dan bukan jumlah kecil RNA
atau protein yang terkontaminasi dicapai dengan memperlakukan DNA yang dimurnikan
dengan enzim DNase, RNase, dan trypsin (protease), yang secara khusus menurunkan DNA,
RNA, dan protein. Pengobatan dengan RNase atau protease tidak berpengaruh pada
kemampuan persiapan DNA yang dimurnikan untuk mengubah sel Tipe IIR menjadi Tipe IIIS.
Pengobatan DNase menghancurkan aktivitas transformasi persiapan DNA (hal 95)
Translate genetika bay dan garin
“Eksperimen Hershey-Chase”
Bukti langsung tambahan yang menunjukkan bahwa DNA adalah bahan genetik diterbitkan
pada tahun 1952 oleh A. D. Hershey (Pemenang Hadiah Nobel 1969) dan M. Chase. Percobaan
ini menunjukkan bahwa informasi genetik dari virus bakteri pertikular (bacteriopage T2) hadir
dalam DNA. Hasil mereka, meskipun mungkin kurang pasti dari hasil Avery, macleod, dan Mc
Carty, memiliki dampak besar pada penerimaan oleh ilmuwan DNA sebagai bahan genetik.
Dampak besar ini tidak diragukan lagi adalah hasil dari kesederhanaan yang elegan dari apa
yang disebut "eksperimen Hershey-Chase".
Virus adalah organisme hidup terkecil, mereka hidup setidaknya dalam arti bahwa reproduksi
mereka dikendalikan oleh informasi genetik yang disimpan dalam asam nukleat melalui proses
yang sama dalam organisme seluler. virus, bagaimanapun, adalah parasit obligat seluler yang
hanya dapat bereproduksi dalam sel inang yang sesuai. reproduksi mereka benar-benar
tergantung pada mesin matabolik (ribosom, sistem penghasil energi, dll) dari inang. virus telah
sangat berguna dalam mempelajari banyak proses genetik karena strukturnya yang sederhana
dan komposisi kimianya (banyak mengandung hanya protein dan asam nukleat) dan reproduksi
mereka yang sangat cepat (15-20 menit untuk beberapa virus bakteri dalam kondisi optimal).
Bacteriophage T2, yang menginfeksi basil usus umum Escherichia coli, terdiri dari sekitar 50
persen DNA dan sekitar 50 persen protein (Gambar 5.3). percobaan sebelum tahun 1952 telah
menunjukkan bahwa semua reproduksi bakteriofag T2 terjadi dalam sel E. coli. oleh karena itu,
ketika Hershey dan Case menunjukkan bahwa DNA partikel virus memasuki sel, sedangkan
sebagian besar protein virus tetap teradsorpsi ke luar sel, ini sangat menyiratkan bahwa
informasi genetik yang diperlukan untuk reproduksi virus hadir dalam DNA. dasar untuk
eksperimen Hershey-Chase adalah bahwa DNA mengandung fosfor tetapi tidak ada sulfur,
sedangkan protein mengandung sulfur tetapi tidak ada fosfor. Dengan demikian, Hershey dan
Case mampu secara khusus melabeli salah satu (1) DNA fag dengan pertumbuhan dalam media
yang mengandung isotop radioaktif fosfor, 32P, menggantikan isotop normal, 31P, atau (2)
mantel protein fag dengan pertumbuhan dalam media yang mengandung belerang radioaktif,
35S, menggantikan isotop normal, 32S (Gambar 5.3). ketika partikel fag T2 berlabel 35S
dicampur dengan sel E.Coli selama beberapa menit dan kemudian dikenakan kekuatan geser
dengan menempatkan sel-sel yang terinfeksi dalam blender waring, ditemukan bahwa sebagian
besar radioaktivitas (dan dengan demikian protein) dapat menjadi dihapus dari sel tanpa
mempengaruhi reproduksi fag progeni. Ketika fag T2 di mana DNA diberi label dengan 32P
digunakan, bagaimanapun, pada dasarnya semua radioaktivitas ditemukan di dalam sel, yaitu,
itu tidak dapat dihilangkan dengan menggeser blender. Mantel fag yang dicukur dipisahkan dari
sel yang terinfeksi oleh sentrifugasi berkecepatan rendah yang melempar (mengendapkan) sel
sambil membiarkan partikel fag tersuspensi. Hasil ini menunjukkan bahwa DNA virus
memasuki sel inang, sedangkan mantel protein tetap berada di luar sel. Karena virus progensi
diproduksi di dalam sel, hasil Hershey dan Chase menunjukkan bahwa informasi genetik yang
mengarahkan sintesis molekul DNA dan mantel protein dari virus progensi harus ada dalam
DNA induk. Selain itu, partikel progensi terbukti mengandung sebagian 32P, tidak ada satupun
dari 35S fag induk.
Namun, percobaan Hershey-Chase tidak memberikan bukti jelas bahwa materi genetik fag T2
adalah DNA. Sejumlah besar 35S (dan dengan demikian protein) ditemukan disuntikkan ke
dalam sel inang dengan DNA. Jadi, kita selalu dapat berargumentasi bahwa fraksi kecil protein
fag ini mengandung informasi genetik. Baru-baru ini, bagaimanapun, telah dimungkinkan
untuk mengembangkan kondisi di mana protoplas (sel-sel dengan dinding dihilangkan) dari E.
Coli dapat terinfeksi dengan DNA fag murni. Fag progeni infektif normal diproduksi dalam
percobaan ini, yang disebut eksperimen transfeksi, membuktikan bahwa bahan genetik dari
virus bekterial semacam itu adalah DNA.
Gambar 5.3 "Eksperimen Hershey-Chase": bukti bahwa DNA adalah bahan genetik dalam
bakteriofag T2. Sel-sel Escherichia coli terinfeksi dengan fag berlabel 32P (label aktivitas
DNA), dan setelah diberi waktu untuk infeksi, mereka diaduk dalam blender, yang mencukur
mantel fag. Mantel fag dan sel-sel yang terinfeksi kemudian terinfeksi dipisahkan oleh
sentrifugasi. Radioaktivitas diukur dalam pelet sel (sedimen) dan dalam suspensi mantel fag.
Sebagian besar radioaktivitas ditemukan dalam sel. ketika percobaan yang sama dilakukan
menggunakan fag dengan protein berlabel 35S, hasilnya sangat berbeda. Sebagian besar
kegiatan radio ditemukan dalam suspensi mantel fag; sangat sedikit yang memasuki sel inang.
Karena reproduksi fag (baik sintesis DNA dan sintesis protein baru) terjadi di dalam sel yang
terinfeksi, dan karena hanya fag DNA yang memasuki sel inang, DNA, bukan protein, harus
membawa informasi genetik. (Berdasarkan R. Sagar dan F. J. Ryan, Cell Heredity Wiley, New
York, 1961.) hal 96
RNA sebagai Bahan Genetik pada Virus Kecil.
Semakin banyak virus diidentifikasi dan dipelajari, menjadi jelas bahwa banyak dari mereka
mengandung RNA dan protein, tetapi tidak ada DNA. Dalam semua kasus yang diteliti hingga
saat ini, jelas bahwa "virus RNA" ini menyimpan informasi genetik mereka dalam asam nukleat
daripada dalam protein seperti halnya semua organisme lain, meskipun dalam virus ini asam
nukleatnya adalah RNA. Salah satu percobaan pertama yang menetapkan RNA sebagai bahan
genetik dalam virus RNA adalah apa yang disebut sebagai percobaan pemulihan H Fraenkel-
Conrat dan B. Singer, yang diterbitkan pada tahun 1957 Fraenkel-Conrat dan Singer sederhana,
tetapi definitif, Percobaan dilakukan dengan tembakau mosaik viruS DNA (TMV), virus kecil
yang terdiri dari satu molekul RNA yang dienkapsulasi dalam lapisan protein. Strain TMV yang
berbeda dapat diidentifikasi berdasarkan perbedaan komposisi kimia dari mantel protein
mereka. Dengan menggunakan perawatan kimia yang tepat, satu stru dapat memisahkan mantel
protein TMV dari RNA. infor Selain itu, proses ini dapat dibalik; dengan mencampurkan
protein DNA dan RNA dalam kondisi yang sesuai, dari "rekonstitusi" akan terjadi,
menghasilkan partikel TMV infektif yang lengkap. Fraenkel-Conrat dan Singer mengambil dua
jenis TMV yang berbeda, memisahkan RNA dari yang merupakan mantel protein, dan
menyusun kembali virus "campuran" dengan memanggil pencampuran protein dari satu galur
dengan RNA dari galur kedua (1), dan sebaliknya Ketika tipuan campuran ini digunakan untuk
menginfeksi daun tembakau, virus pou progeni yang dihasilkan selalu ditemukan secara
fenotip-2-secara identik dan secara genotip identik dengan strain induk tempat RNA diperoleh
(Gbr. 5.4) Dengan demikian, informasi genetik TMV disimpan dalam RNA, DN bukan dalam
protein.
Gambar 5.4 Bukti bahwa materi genetik virus mosaik tembakau (TMV) adalah RNA, bukan
protein. Molekul RNA dan mantel protein dari dua strain yang berbeda (A dan B) dari TMV
dipisahkan secara biokimia. RNA dari strain A kemudian dicampur dengan mantel protein dari
strain B dalam kondisi di mana partikel virus infektif yang lengkap dilarutkan. Ketika virus
yang dilarutkan digosokkan ke daun tembakau hidup, virus keturunan secara fenotip dan
genotip identik dengan strain A dari mana RNA diperoleh dan tidak seperti strain B dari mana
protein diperoleh. Ketika virus yang dilarutkan mengandung RNA tipe B dan protein tipe A,
keturunannya adalah tipe B (Setelah H. Fraenkel-Conrat dan B. Singer, Biochim. Biopbys Acta
24: 540, 1957.) hal 97
STRUKTUR DNA
Informasi genetik semua organisme hidup, kecuali virus RNA, disimpan dalam DNA. Jadi, apa
itu, satu struktur DNA, dan dalam bentuk apa RNA genetik. informasi yang disimpan? Apa ciri-
ciri struktur DNA yang memungkinkan transmisi ion genetik, dari generasi ke generasi?
Pengambilan nfec diisolasi dari inti sel oleh F. Miescher pada tahun 1869 dari makromolekul
yang terdiri dari subunit berulang yang disebut nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari f (1)
gugus fosfat, (2) gula lima karbon (atau d-pentosa), dan (3) senyawa nitrogen yang mengandung
nitrogen siklik yang disebut basa (Gambar 5.5) . Dalam DNA, gula adalah typi-2-deoksiribosa
(dengan demikian nama asam deoksiribonukleat); berlatih di RNA, gula adalah ribosa (asam
ribonukleat). 5.4). Ada empat basa berbeda yang biasa ditemukan dalam RNA, DNA: adenin,
guanin, timin, dan sitosin. RNA Asam nukleat, pertama disebut "nuklein" karena mereka juga
biasanya mengandung adenin, guanin, dan sitosin, tetapi memiliki basa yang berbeda, urasil,
sebagai pengganti timin Adenin dan guanin merupakan basa yang berlipat ganda yang disebut
purin, sitosin, timin, dan urasil adalah basa cincin tunggal yang disebut pirimidin (Gbr. 55).
Baik DNA dan RNA, oleh karena itu, mengandung empat sub unit cleotides, dua nukleotida
purin, dan dua nukleotida pirimidin (Gbr. 5.6). RNA biasanya ada sebagai polimer beruntai
tunggal yang tersusun dari urutan panjang nukleotida. Namun, DNA memiliki satu tingkat
tambahan organisasi yang sangat penting; biasanya molekul beruntai ganda.
Gambar 5.5 Rumus struktural untuk konstituen asam nukleat. Ketika pentosa hadir dalam
nukleosida, nukleotida, atau asam nukleat, kelima karbon diberi nomor masing-masing 1 ', 2',
3 ', 4', dan 5 ', untuk membedakan mereka dari karbon pangkalan. (hal 98)
Gambar 5.6 Empat deoksiribonukleotida DNA yang umum. RNA mengandung ribonukleotida
yang serupa, yang mengandung pirimidin urasil dan sitosin dan purin adenin dan guanin. (hal
99)
Gambar 5.8 Salah satu foto difraksi sinar-X dari DNA yang mengarah pada model heliks ganda
struktur DNA. Seorang ahli kristalografi sinar-X dapat mengenali pola crossshaped pusat
sebagai indikasi dari struktur heliks. Pola gelap yang berat (atas dan bawah) menunjukkan
bahwa basis disusun tegak lurus dengan sumbu molekul dengan periodisitas 3,4 Å. (Courtesy
M. H. F. Wilkins, Departemen Biofisika, King's College, London) hal 101
Gambar 5.9 Diagram (kiri) dan model pengisian-ruang (kanan) dari model heliks ganda
Watson-Crick dari struktur DNA. A, T, G, dan C masing-masing mewakili adenin, timin,
guanin, dan sitosin. S dan P mewakili gula (2-deoksiribosa) dan gugus fosfat. (Model pengisian
ruang didasarkan pada diagram oleh M. Feughelman et al, Nature 175: 834 1955. Dicetak ulang
dengan izin dari Nature, Vol. 175, hal. 834; x Hak cipta 1955 oleh Macmillan Magazines Ltd.)
hal 102
Gambar 5.10 Struktur molekul DNA yang menunjukkan tulang punggung gula-fosfat dari
chaim polinukleotida dan sifat antiparalelnya (berlawanan dengan polaritas kimia) (a) A
dinukleotida deoksimidilat-deoksiadenilat, menunjukkan sistem penomoran yang digunakan
untuk nukleotida dan hubungan fosfodiester antara 3 'dan 5 'karbon nukleotida yang berdekatan.
Perhatikan polaritas kimia 5' sampai 3 'yang bergerak dari kiri ke kanan. (b) Struktur molekul
dan (c) representasi skematik dari segmen pendek molekul DNA, yang menekankan polaritas
berlawanan dari untaian komplementer.
Gambar 5.11 Pasangan basa dalam DNA, adenin dengan timin dan guanin dengan sitosin,
berdasarkan ikatan hidrogen antara kelompok O = N dan N = spasi tepat dan bermuatan negatif
dan Hs bermuatan positif. Perhatikan bahwa aposisi biol yang sama dari adenin dan sitosin atau
guanin dan timin menghasilkan penjajaran dari muatan yang identik (+ atau kelompok di dua
dari tiga lokasi ikatan hidrogen potensial. Dengan demikian, adenin biasanya tidak ditemukan
berpasangan dengan sitosin (atau guanin dengan timin) dalam DNA.

HAL. 99-101
…………tetapi memiliki basa yang berbeda, urasil, sebagai ganti timin. Adenin dan guanin
adalah basa cincin ganda yang disebut purin, sitosin, timin, dan urasil adalah basa cincin tunggal
yang disebut pirimidin (Gbr. 5.5). Baik DNA dan RNA, oleh karena itu, mengandung empat
subunit atau nukleotida yang berbeda, dua nukleotida purin, dan dua nukleotida pirimidin (Gbr.
5.6). RNA biasanya ada sebagai satu untai polimer yang tersusun dari sekuens nukleotida yang
panjang. Namun, DNA memiliki satu tingkat tambahan organisasi yang sangat penting;
biasanya molekul beruntai ganda.
The Watson dan Crick DNA Double Helix. Struktur DNA yang benar pertama kali
disimpulkan oleh J. Watson (Gambar 5.7) dan F. H. C. Crick pada tahun 1953. Model double-
helix struktur DNA mereka didasarkan pada dua jenis bukti utama.
1. Ketika komposisi DNA dari banyak organisme yang berbeda dianalisis oleh E. Chargaff
dan rekannya, diamati bahwa konsentrasi timin selalu sama dengan konsentrasi adenin
dan konsentrasi sitosin selalu sama dengan konsentrasi guanin. Ini sangat menyarankan
bahwa timin dan adehin serta sitosin dan guanin hadir dalam DNA dengan beberapa
keterkaitan yang tetap. Tentu saja, juga mengharuskan bahwa konsentrasi total
pirimidin (timin plus sitosin) selalu sama dengan total purin konsentrasi (adenin
ditambah guanin; lihat Tabel 5.2). Namun, rasio (thymine + adenine) (cytosine +
guanine) ditemukan sangat bervariasi dalam DNA dari spesies yang berbeda (Tabel
5.2).
2. Ketika sinar X difokuskan melalui makromolekul terisolasi atau kristal molekul yang
dimurnikan, sinar X dibelokkan oleh atom-atom molekul dalam pola tertentu, yang
disebut pola difraksi, yang memberikan informasi tentang pengorganisasian komponen-
komponen molekul. Pola difraksi sinar-X ini bisa……………

………… Figure 5.8 Salah satu foto difraksi sinar-X DNA yang mengarah pada model heliks
ganda struktur DNA. Seorang ahli kristalografi sinar-X dapat mengenali pola berbentuk silang
pusat sebagai indikasi struktur heliks. Pola gelap yang berat (atas dan bawah) menunjukkan
bahwa basis disusun tegak lurus dengan sumbu molekul dengan periodisitas 3,4 Å.
direkam pada film sensitif sinar-X seperti halnya memotret pola cahaya dengan kamera dan
film sensitif cahaya. Watson dan Crick memiliki data kristalografi sinar-X yang tersedia pada
struktur DNA dari studi M. H. F. Wilkins, R. Franklin, dan rekan kerja mereka (gambar 5.8).
Data ini menunjukkan bahwa DNA adalah struktur beruntai banyak atau sangat tinggi dengan
sub-struktur berulang yang berjarak setiap 3,4 angstrom [1 angstrom (Å) = 10-8 cm] di sepanjang
sumbu molekul.
Atas dasar data kimia Chargaff, data difraksi sinar-X Wilkins dan Franklin, dan kesimpulan
yang diambil dari pembangunan model, Watson dan Crick mengusulkan bahwa DNA ada
sebagai heliks ganda di mana dua rantai polinukleotid saling melingkar satu sama lain dalam
suatu spiral (Gbr. 5.9). Setiap rantai polinukleotida terdiri dari urutan nukleotida yang
dihubungkan bersama oleh ikatan fosfodiester, bergabung dengan gugus deoksiribosa yang
berdekatan (Tabel 5.3 ang Gambar 5.10). Dua untaian polinukleotida disatukan dalam
konfigurasi heliksnya dengan ikatan hidrogen (Tabel 5.3) antara basa dalam untaian yang
berlawanan, pasangan-pasangan basa yang dihasilkan ditumpuk di antara dua rantai yang tegak
lurus dengan sumbu molekul seperti langkah-langkah tangga spiral ( Gambar 5.9). Pasangan
dasar adalah spesifik.
1. Obligasi kovalen
Ikatan kimia yang kuat terbentuk dengan berbagi elektron antar atom.
(). Dalam basis dan gula
(). Tautan fosfodiester
2. Ikatan hidrogen
Ikatan yang lemah antara atom elektronegatif dan atom hidrogen (elektropositif) yang secara
kovalen terkait dengan atom elektronegatif kedua.
3. "ikatan" hidrofobik
Asosiasi kelompok nonpolar satu sama lain ketika hadir dalam larutan air karena
ketidaklarutannya dalam air.
Molekul air sangat polar (SIMBOL E AKU GAK NEMU REK).
Copmpound yang serupa polar sangat larut dalam air ("hidrofilik").
Senyawa-senyawa yang non-polar (tanpa gugus yang diisi) sangat tidak larut dalam air
("hidrofobik").
Pasangan basa bertumpuk menyediakan inti hidrofobik.

HAL. 102-104
Setelah urutan basa dalam satu untai DNA heliks ganda diketahui, urutan basa pada untai
lainnya juga dikenal karena pasangan basa spesifik. Dua helai heliks ganda DNA dengan
demikian dikatakan saling melengkapi (tidak identik), sifat ini, saling melengkapi dari dua
helai, yang membuat DNA secara unik cocok untuk menyimpan dan mengirimkan informasi
genetik (lihat bagian berikut tentang replikasi dari DNA).

Pasangan basa dalam DNA ditumpuk 3,4 Å terpisah dengan 10 pasangan basa per putaran (360
°) dari heliks ganda (Gbr. 5.9). Tulang punggung sugarphosphate dari dua untai komplementer
bersifat antiparalel, yaitu, mereka memiliki polaritas kimia yang berlawanan (Gbr, 5.10). Ketika
seseorang bergerak tanpa arah di sepanjang heliks ganda DNA, ikatan fosfodiester dalam satu
untai berubah dari karbon 3 'satu nukleotida ke karbon 5' dari nukleus otide yang berdekatan,
sedangkan yang dalam untai komplementer bergerak dari karbon 5’ menjadi 3’ karbon.
Polaritas berlawanan dari untaian komplementer ini sangat penting dalam mempertimbangkan
mekanisme replikasi DNA.

Derajat stabilitas tinggi dari heliks ganda DNA sebagian disebabkan oleh banyaknya ikatan
hidrogen antara pasangan basa (meskipun setiap ikatan hidrogen dengan sendirinya cukup
lemah, jauh lebih lemah dari ikatan kovalen) dan sebagian dari ikatan hidrofobik (atau "gaya
susun") antara pasangan-dasar yang ditumpuk (Tabel 5.3 dan Gambar 5.9). Sisi planar dari
pasangan basa relatif nonpolar dan karenanya cenderung tidak larut dalam air ("hidrofobik").
Inti hidrofobik dari pasangan basa yang ditumpuk ini memberikan stabilitas yang cukup besar
bagi molekul DNA yang ada dalam protoplasma air sel hidup.

Fleksibilitas Konformasional Molekul DNA


Sebagian besar molekul DNA hadir dalam protoplasma berair sel hidup yang hampir pasti ada
dalam bentuk heliks ganda Watson-Crick yang baru saja dijelaskan (Gbr. 5.9). Ini adalah bentuk
B dari DNA. Bentuk-B adalah konformasi yang diambil DNA dalam kondisi fisiologis (dalam
larutan encer yang mengandung garam konsentrasi rendah). Namun, DNA bukanlah molekul
statis dan invarian. Sebaliknya, molekul DNA menunjukkan sejumlah besar fleksibilitas
konformasi. Struktur molekul DNA berubah sebagai fungsi lingkungan mereka. Konformasi
yang tepat dari molekul DNA tertentu atau segmen dari molekul DNA akan tergantung pada
sifat molekul yang berinteraksi dengannya. pada kenyataannya, DNA B-bentuk intraseluler
tampaknya memiliki rata-rata 10,4 pasangan nukleotida per giliran, daripada tepat 10 seperti
yang ditunjukkan pada Gambar 5.9. Dalam konsentrasi garam yang tinggi atau dalam keadaan
dehidrasi, DNA ada dalam bentuk-A, yang memiliki 11 pasang nukleotida per putaran. Sangat
tidak mungkin molekul DNA pernah ada dalam bentuk-A in vivo. Struktur ini menarik, karena
itu adalah konformasi heterodupleks DNA-RNA (heliks ganda yang mengandung basis untai
DNA yang dipasangkan dengan untai RNA komplementer) atau dupleks RNA-RNA in vivo.

Baru-baru ini, sekuens DNA tertentu telah terbukti ada dalam bentuk heliks ganda tangan kiri
yang unik yang disebut Z-DNA (Z untuk jalur zig-zag dari tulang punggung gula-fosfat
struktur). Heliks dari DNA bentuk A dan B terluka dengan cara yang benar. Selain itu, segmen
spesifik molekul DNA dapat mengalami pergeseran konformasi dari bentuk-B ke bentuk-Z dan
sebaliknya. Faktanya, protein pengatur tertentu hanya dapat berikatan dengan Zform (atau
bentuk-B) dari sekuens DNA dan menyebabkannya bergeser ke bentuk-B (atau bentuk-Z) (lihat
Bab 15, hal. 432-434). Bagaimanapun, kita harus ingat bahwa struktur DNA tidak invarian dan
bahwa variasi struktural dalam molekul DNA dapat memainkan peran biologis yang penting.