Iniciaremos por definir que es la metagenómica.

La metagenómica es un campo nuevo en el

que se persigue obtener secuencias del genoma de los diferentes microorganismos, bacterias
en este caso, que componen una comunidad, extrayendo y analizando su ADN de forma
global.
En este tenor, el microbioma oral es un activo valioso. Hoy en día se sabe que los microbios
orales pueden ser la respuesta para comprender las enfermedades. Aquí, discutimos los
factores que afectan el desarrollo del microbioma oral y exploramos los marcadores orales
de la enfermedad, con un enfoque en la cavidad oral temprana.
Este microecosistema puede albergar entre 800 y 1.000 taxones bacterianos orales diferentes
(compartiendo> 98.5% de identidad de secuencia de ARNr 16S), con diversos patrones
de abundancia y diversidad según la edad y el estado de salud.
En esta revisión, analizamos estudios sobre el microbioma oral de los niños. Examinamos
los factores que afectan el desarrollo y la maduración del microbioma oral desde el
nacimiento, exploramos biomarcadores que influyen en la salud oral y la enfermedad e
inspeccionamos cómo los marcadores microbianos orales afectan la salud más allá de la
cavidad oral del niño hasta la edad adulta. Para finalmente proponer hacia donde se debe
centrar las terapias preventivas de salud oral y sistémica.
Desarrollo y maduración del microbioma oral tras el nacimiento.
Curiosamente, la evidencia emergente ha señalado una conexión entre el ambiente
placentario y el microbioma oral. Por ejemplo, el análisis de secuenciación del gen 16S
rRNA ha revelado la presencia de varios comensales orales como Streptococcus,
Fusobacterium, Neisseria, Prevotella y Porphyromonas en la placenta humana y el de la
cavidad bucal madre, en comparación con cualquier otro sitio del cuerpo. Las hipótesis detrás
de estos hallazgos proponen que durante el embarazo, los comensales orales alcanzan el
líquido amniótico a través de la sangre (bacteriemia de bajo grado), una condición que puede
exacerbarse durante la enfermedad periodontal y la infección oral en las madres, con posibles
consecuencias perjudiciales para el parto.
Una combinación de diferentes fuentes maternas de microbiomas, incluyendo el intestino, la
vagina, la piel, así como la leche materna y los alimentos tempranos puede dar forma al
microbioma oral temprano. La cavidad oral temprana también está influenciada por el modo
de parto. Inmediatamente después del nacimiento, la cavidad oral del recién nacido parece
estar dominada rápidamente por Streptococcus ( S. mutans , S. epidermidis y S. salivarius )
y Fusobacterium.
El microentorno oral y los biomarcadores de la enfermedad oral en niños.
Una combinación de factores extrínsecos e intrínsecos determinan los fenotipos de
enfermedades orales en la infancia.
El establecimiento de la caries oral puede ser revertido por ureasas codificadas por ciertos
comensales en la placa (por ejemplo, Pasteurellaceae). Las Pasteurellaceae comprenden una gran
familia de bacterias Gram-negativas, anaerobias facultativas.
Enfermedades orales infantiles
La caries, es de origen dietético / bacteriano. Los metaanálisis han mostrado evidencia de
que los niños alimentados con biberón exhiben más caries en la primera infancia, con
evidencia adicional que demuestra que la lactancia materna puede prevenir la caries en la
primera infancia. De hecho, se ha observado un efecto supresor de S. mutans cariogénico
con lactobacilli aislado solo de la cavidad oral de niños amamantados pero no de niños
alimentados con fórmula.
En general, parece que el consumo frecuente de sacarosa a edades tempranas (de 1,5 a 3 años)
es una de las causas principales que influyen en el aumento de la colonización por S. mutans,
el principal factor causante y predictivo de caries oral.
En contraste, otras especies dentro del género Streptococcus , como S. salivarius y S. mitis,
están asociadas con un aumento del pH a través de vías generadoras de álcalis y, por lo tanto,
están relacionadas con un efecto protector contra la caries.
Estas observaciones denotan la alta complejidad de la caries en cuanto a los desencadenantes
físico-químicos y los taxones involucrados, y sugieren la adopción de un enfoque ecológico
para comprender la enfermedad oral. Por ejemplo, a pesar del papel central tradicional de S.
mutans en la caries infantil, las bacterias orales que pertenecen a otros géneros como
Granulicatella , Actinomyces , Actinobaculum , Scardovia , Atopobium , Aggregatibacter ,
Slackia, Bifidobacteria y Prevotella también se han asociado con caries infantiles y caries
severas en la primera infancia.
A continuación se hará mención del metaboloma por lo que es necesario definir dicho
término. El metaboloma es el conjunto completo de las pequeñas moléculas denominadas
metabolitos (tales como intermediarios metabólicos, hormonas y otras moléculas de
señalización, y metabolitos secundarios) que se pueden encontrar en una muestra biológica,
tal como un organismo. El vocablo se acuñó en analogía con transcriptómica y proteómica.
Como el transcriptoma y el proteoma, el metaboloma es dinámico, y cambia segundo a
segundo. Aunque el metabaloma puede definirse de forma bastante sencilla, actualmente no
es posible analizar el rango completo de metabolitos mediante un único método analítico (ver
metabolómica). En enero de 2007, científicos de la Universidad de Alberta y de la
Universidad de Calgary concluyeron el borrador del metaboloma humano, catalogando y
caracterizando 2500 metabolitos, 1200 principios activos, y 3500 componentes que pueden
encontrarse en el cuerpo humano.
En cuanto a los análisis del metaboloma completo en la cavidad oral temprana, los estudios
han demostrado que la saliva de los niños con caries con dentición primaria, mixta y
permanente presenta diferentes perfiles metabolómicos comparado con sanos. Además, el
metaboloma salival de los niños afectados por caries después de un tratamiento de 3 meses
con resina presenta cambios significativos que se correlacionan con una reducción en
propionato, acetato, n-butirato y sacáridos junto con niveles reducidos de S. mutans cultivado
y Lactobacillus sp.
De hecho, un análisis metaproteómico de la biopelícula oral en adultos sanos y portadores de
caries identificó proteínas involucradas en los sistemas de L-lactato deshidrogenasa y
arginina deiminasa. Estos sistemas ayudan a regular el pH y muestran la mayor expresión en
la placa dental supragingival de individuos sanos. Curiosamente, en estos estudios, la
sobreexpresión de los sistemas de L-lactato deshidrogenasa y arginina deiminasa se
correlacionó negativamente con una gran abundancia de transportadores de azúcar (casetes
de unión a ATP y sistemas de fosfotransferasa) y otras proteínas degradadoras del azúcar de
Actinomyces , Corynebacterium , Rothia y Streptococcus . Por lo tanto, el poder combinado
de los métodos metaómicos y los enfoques de alto rendimiento para la ecología de la
comunidad podrían proporcionar una imagen más clara, similar a un sistema, de la
enfermedad oral temprana y el posible descubrimiento de marcadores en los diagnósticos
tempranos. Estos enfoques también son clave para determinar cómo la enfermedad oral
temprana proporciona pistas para comprender la salud sistémica desde la infancia hasta la
edad adulta.
3. Marcadores bacterianos de salud bucal temprana y enfermedades e implicaciones
para la salud sistémica.
Asociación entre EPD y enfermedades sistémicas cardiovasculares, respiratorias, inmunes,
metabólicas, osteopáticas y obstétricas. Propagación en forma de bacteriemia o toxinas
provocando aumento de las citoquinas proinflamatorias circulantes y un sistema inmunitario
débil.
Por ejemplo, los niños con artritis idiopática juvenil (13 años en promedio), que típicamente
se parecen a los adultos con artritis reumatoide, tienen una mayor respuesta de anticuerpos a
Porphyromonas gingivalis. Un escenario similar ocurre en el microbioma de la lengua de los
niños con enfermedad de Crohn, que muestran una diversidad reducida y una abundancia
reducida de Fusobacteria y Firmicutes en comparación con los controles sanos.
4. Desafíos: técnicas, análisis, descubrimiento de biomarcadores y tratamientos
terapéuticos preventivos en la salud oral y sistémica.
Las técnicas de base molecular nos han permitido una mejor comprensión del complejo
microecosistema oral. El autor propone para su explicación y entendimiento 4 aspectos para
garantizar una evaluación de riesgos más efectiva, brindar precisión individual y minimizar
las disparidades a nivel poblacional.
1.-Herramientas de alta resolución para estudiar el microbioma oral a nivel compositivo y
funcional. Últimamente, toda la comunidad perfila utilizando la secuenciación 16S rRNA de
alto rendimiento. La comprensión del funcionamiento de los microecosistemas requiere una
visión multinivel que incluya evaluación taxonómica (composición), potencial
(metagenoma-transcripoma) y funciones codificadas (proteoma y metaboloma)
2.-Modelado efectivo de integración metagenómica para extrapolar los datos al fenotipo del
ecosistema. Modelos que permiten la predicción de riesgos basados en redes de integración
meta-ómicas). El uso de una o más técnicas "ómicas" requiere modelos efectivos para
integrar estos conjuntos de datos y predecir el fenotipo del huésped y los riesgos potenciales
de la enfermedad.
3.-Estudios que no solo incluyen datos de corte transversal, sino también longitudinales en
cohortes más grandes (biomarcadores válidos de la enfermedad oral en tiempo real (antes y
después de la enfermedad). Este escenario puede mejorar a medida que la secuenciación y
otras técnicas de alto rendimiento disminuyen en el costo.
4.-Estandarización de métodos (métodos de almacenamiento de muestras, estandarización de
marcadores filogenéticos y técnicas de secuenciación, construcción de bases de datos
integrales de microbios orales). Bases de datos integrales para la gran cantidad de organismos
orales no caracterizados y no cultivados (por ejemplo, Human Oral Microbiome Database
(HOMD) y Core Oral Microbiome Database (CORE).

Conclusión: El futuro de los estudios de microbiomas para la salud bucal y las

enfermedades infantiles.
Los esfuerzos deben centrarse en el uso de información de biomarcadores para aplicar
terapias eficaces en individuos específicos y poblaciones con mayor riesgo. Especialmente,
se ha propuesto el concepto de medicina de precisión para minimizar las disparidades de
salud en las poblaciones más vulnerables, teniendo en cuenta la variabilidad específica de los
sujetos en los genes y el medio ambiente.