PENGERTIAN, ENZIM-ENZIM, DAN HAL SPESIFIK REKOMBINASI

RESUME
Disusun Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Genetika II yang Dibimbing Oleh
Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M.Pd dan bapak Deny Setiawan, M.Pd

Oleh:
Kelompok 1/Off B
S1 Pendidikan Biologi
Dinda Ratu Ragil Ayu 170341615049
Mia Agustina 170341615034
Mochammad Abdul Hafidh 160342606252

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
PRODI PENDIDIKAN BIOLOGI
Oktober 2019
Topik 1: 1) BAB 7: Perbedaan peristiwa mutasi dan rekombinasi, 2) BAB 8:
Peristiwa pindah silang sebagai bentuk rekombinasi pada eukariot.

BAB 7
REKOMBINASI PENGERTIAN, HUBUNGAN DENGAN MUTASI, PERAN
TERHADAP PROSES EVOLUSI SERTA KEJADIANNYA.
T.H Morgan merupakan orang pertama yang menghubungkan pautan dan
pemisahan kromosom-kromosom homolog maupun kejadian pindah silang antara
kromosom-kromosom homolog selama meiosis. pada tahun 1931, bukti fisik pertama
tentang hubungan antara rekombinasi genetik dan pertukaran kromosom ditemukan
pada jagung serta pada D. melanogaster. sejak saat itu hingga kini sudah cukup
banyak fenomena rekombinasi genetik yang dikaji, dikalangan kelompok makhluk
hidup aseluler, seluler prokariotik dan eukariotik termasuk dalam organel-organel
yang memiliki materi genetik, bahkan fenomena rekombinasi genetik ditemukan juga
di lingkup plasmid. Ada pendapat yang menyatakan bahwa semua molekul DNA
merupakan DNA rekombinan. Dalam hubungan ini sudah ada kesadaran bahwa
rekombinasi bukanlah suatu kebetulan tetapi sebaliknya merupakan suatu proses
seluler esensial yang dikatalisasi oleh enzim-enzim yang dikode oleh sel sendiri.

Pengertian Rekombinasi dan Hubungannya Dengan Mutasi

Rekombinasi diartikan sebgai peristiwa pembentukan suatu asosiasin baru dan
molekul-molekul DNA atau kromosom, asosiasi baru itu dapat juga terbentuk dari
bagian-bagian molekul DNA kromosom. sumber lain menyatakan bahwa
rekombinasi adalah proses yang berakibat terbentuknya kombinasi-kombinasi gen
yang baru pada kromosom. antara rekombinasi dan mutasi tidak hubungannya,
namun kedunya dapat memiliki hubungan jika sama-sama menimbulkan perubahan
materi genetik dana dapat menimblkan perubahan yang fenotip. Secara fisik
rekombinasi menyebabkan penataan kembali struktur materi genetik.
Peran Rekombinasi terhadap Proses Evolusi
Pindah silang bersama kombinasi gen secara bebas merupakan mekanisme-
mekanisme yang menghasilkan kombinasi-kombinasi gen baru. rekombinasi
merupakan suatu mekanisme sumber variasi genetik. Peran rekombinasi sebagai
suatu mekanisme sumber variasai genetik adalah bahwa evolusi mekanisme-
mekanisme yang mendorong pertukaran genetik antar individu benar-benar nyata
dalam biologi seluruh organnisme mulai dari prokariot hingga eukariot tinggi.
Rekombinasi juga memungkinkan sel untuk memperbaiki urutan nukelotida yang
hilang disaat molekul DNA mengalami kerusakan akibat mutasi ataupun terpajan
senyawa kimia, dengan cara mengganti bagian yang rusak dengan sepenggal DNA
yang berasal dari kromosom homolognya.
Daerah homolog itu urutan-urutan nukleotida sama atau sekurang-kurangnya
sangat mirip. Lebih lanjut molekul-molekul itu berjajar berdampingan, serta
berinteraksi melalui pertukaran bagian-bagian polinukleotida yang identik.
Pertukaran bagian-bagian itu dikatalis oleh enzim endonuklease. Di pihak lain
terbentunya pecabangan pindah silang itu menimbulkan/menghasilkan suatu
heteroduplleks, dan pada heteroduplex itu polinukleotida yang terputus dibagi di
antara dua helix ganda. Celah atau bagian yang terputus itu akan tertutup oleh enzim
ligase DNA, dan selanjutnya unting-unting ditukar melalui mirgrasi cabang dalam hal
ini titik pindah silang migrasi sepanjang kedua molekul. Sebagian besar dari apa yang
kita ketahui tentang rincian molekuler persimpangan didasarkan pada studi mutasi
defisiensi mutan E. coli dan S. cerevisiae. Studi biokimia mutan ini telah
menunjukkan bahwa mereka kekurangan berbagai enzim dan protein lain yang
diperlukan untuk rekombinasi. Bersama-sama, hasil penelitian genetik dan biokimia
telah memberikan gambaran rekombinasi yang cukup lengkap pada tingkat
molekuler.
Banyak model crossing over yang populer berasal dari model yang diajukan
oleh Robin Holliday pada tahun 1964. Gambar 1. Mekanisme ini, seperti banyak
lainnya yang telah dipanggil, dimulai saat endonuklease memotong satu untai dari
masing-masing dari dua molekul DNA parental (kerusakan). Segmen dari untai
tunggal di satu sisi masing-masing potongan kemudian dipindahkan dari untai
komplementer mereka dengan bantuan helicase DNA dan protein pengikat tunggal.
Helicase melepaskan dua helai DNA di daerah yang berdekatan dengan sayatan satu
helai. Di E. coli, kompleks RecBCD berisi aktivitas endonuklease yang membuat
pemecahan single-strand dalam DNA dan aktivitas helicase DNA yang melepaskan
untaian DNA komplementer di daerah yang berdekatan dengan masing-masing nick.
Untai tunggal yang terlantar kemudian menukar pasangan pasangan,
memasangkan pasangan dengan untaian komplementer utuh dari kromosom
homolog. Proses ini dirangsang oleh protein seperti protein E. coli RecA. Protein tipe
recA telah ditandai dengan banyak spesies, baik prokariotik maupun eukariotik.
Protein recA dan homolognya merangsang asimilasi untai tunggal, sebuah proses
dimana satu untai DNA menggantikan homolognya dengan heliks ganda DNA.
Protein tipe recA mempromosikan pertukaran timbal balik untai tunggal DNA antara
dua heliks ganda DNA dalam dua tahap. Pada langkah pertama, satu helai satu heliks
ganda diasimilasikan oleh heliks ganda homolog kedua, menggeser untai identik dan
homolog dan pangkalan induk dengan untai komplementer. Pada langkah kedua,
untai tunggal pengungsi juga diasimilasikan dengan heliks ganda pertama. Protein
RecA memediasi pertukaran ini dengan mengikat untai DNA yang tidak berpasangan,
membantu pencarian rangkaian DNA homolog, dan sekali heliks ganda homolog
ditemukan, mempromosikan penggantian satu untai dengan untai yang tidak
berpasangan. Jika urutan komplementer sudah ada sebagai untai tunggal, kehadiran
protein RecA meningkatkan laju renaturasi lebih dari 50 kali lipat.
Gambar 1. Mekanisme rekombinasi antara molekul DNA homolog.Jalur yang
ditunjukkan didasarkan pada model yang awalnya diusulkan oleh Robin Holliday
pada tahun 1964.

Struktur yang berperan dalam rekombinasi disebut dengan Holliday

Intermediet atau recombination intermediet atau chi from. Struktur tersebut
ditemukan pada E.coli khususnys terkait dengan plasmid ColE sebagi hasil suatu in
vivo berbentuk cincin. Tampilan Holiday intermediate pada gambar tidak sesuai
dengan bantuk aslinya pada situasi in vivo. Wujud Asli Holiday intermediate terlihat
seperti angka delapan.
Untaian yang dipotong kemudian digabungkan secara kovalen dalam
kombinasi baru (reuni) oleh DNA ligase. Beberapa penyesuaian akan diperlukan
sebelum ligase DNA dapat mengkatalisis langkah reuni. Tailoring ini melibatkan
eksisi nukleotida oleh sintesis exonuclease dan repair oleh DNA polimerase. Urutan
kejadian yang digambarkan sejauh ini akan menghasilkan intermediet rekombinasi
berbentuk X yang disebut bentuk chi, yang telah diamati oleh mikroskop elektron
pada beberapa spesies (Gambar 2). Bentuk chi diatasi dengan kerusakan enzim yang
dikatalisis dan bergabung kembali dengan untaian DNA komplementer untuk
menghasilkan dua molekul DNA rekombinan. Di E. coli, struktur chi dapat diatasi
dengan produk gen recG atau gen ruvC (perbaikan kerusakan akibat sinar UV). Setiap
gen mengkodekan endonuklease yang mengkatalisis pembelahan untaian tunggal
pada sambungan chi.
Sebagian besar bukti menunjukkan bahwa rekombinasi homolog terjadi oleh
lebih dari satu mekanisme-mungkin oleh beberapa mekanisme yang berbeda. Di S.
cerevisiae, ujung-ujung molekul DNA yang dihasilkan oleh double-strand breaks
sangat rekomboksogenik. Fakta ini dan bukti lainnya menunjukkan bahwa
rekombinasi ragi sering melibatkan jatah double break pada salah satu heliks ganda
orang tua. Dengan demikian, pada tahun 1983, Jack Szostak, Franklin Stahl, dan
koleganya mengusulkan model double-strand break untuk menyeberang. Menurut
model mereka, rekombinasi melibatkan istirahat untai ganda di salah satu heliks
ganda orang tua, tidak hanya untaian tunggal seperti pada model Holliday. Istirahat
awal kemudian diperbesar sampai celah di kedua untai. Dua termini untai tunggal
yang dihasilkan pada celah ganda heliks ganda yang retak menyerbu heliks ganda
utuh dan menggeser segmen untai homolog di wilayah ini. Kesenjangan tersebut
kemudian diisi oleh sintesis perbaikan. Proses ini menghasilkan dua kromosom
homolog yang bergabung dengan dua jembatan untai tunggal. Jembatan dipecahkan
dengan pembelahan endonukleolitik, seperti pada model Holliday. Model double-
strand-break dan model Holliday dengan baik menjelaskan produksi kromosom yang
rekombinan untuk penanda genetik yang mengapit wilayah tempat crossover terjadi.

Pembentukan Stuktur Holliday Pada Makhluk Hidup Eukariotik.

Model holyday mempertimbangkan kejadian terputusnya satu unting yang
berlanjut dengan berlangsungnnya pertukaran resiprok unting-unting tungggal.
Mengakibatkan terbentuknya DNA heteroduplex yang simestris pada ke dua pihak
yang terlibat pada proses pertukaran. Namun hanya ada satu pihak yang memiliki
DNA heteroduplex, hal ini berarti bahwa tidak terjadi pertukaran resiprok atau tidak
terjadi pertukaran unting yang asimetrik. peran rekombinasi gen yang lain adalah
memungkin sel untuk memperbaiki urut-urutan nukelotida yang hilang misalnya
akibat radiasi atau senyawa kimia. Rekombinasi tertentu juga ikut mengatur ekspresi
gen. Salah satu model kejadian rekombinasi yang umum dikenal adalah model
Holliday yang berlaku bagi makhluk hidup prokariotik eukariotik bakterio fag. Selain
penukaran unting-unting resiprok pada model Holliday, dilingkungan makhluk hidup
eukariotik diketahui ada juga pertukaran unting yang tidak resiprok (asimetrik).
 BAB 8
Pada masa kini rekombinasi melalui pindah silang yang pertama kali dilansir oleh
T H Morgan dan yang kemudian secara fisik dibuktikan oleh H.B Creighton dan B.
Mc Clintock serta C. Stern, sebagaimana yang telah dikemukakan, sudah umum
dikenal; bahkan ada sumber yang menyatakan "Pindah silang umumnya terjadi
selama meiosis pada semua makhluk hidup berkelamin betina maupun jantan dan
antara semua pasangan kromosom homolog" (Ayala, dkk., 1984). Rekombinasi
melalui pindah silang pertama kali dilansir dan dibuktikan memang pada pembelahan
meiosis makhluk hidup seluler eukariotik.
Pindah Silang pada Meiosis Makhluk Hidup Eukariotik
Peristiwa pindah silang sudah jelas diketahui terjadi selama sinapsis dari
kromosom-kromosom homolog pada -ygoten dan pachiten dari profase I meiosis
(Gardner, dkk., 1984). Dalam hal ini tentu saja yang dimaksud adalah pindah silang
pada makhluk hidup yang pembelahan reduksinya berlangsung selama meiosis I.
Gardner dkk (1984) menyatakan pula bahwa karena replikasi kromosom berlangsung
selama interfase, maka peristiwa pindah silang itu terjadi pada tahap tetrad pasca
replikasi pada saat tiap kromosom telah mengganda, sehingga telah terbentuk empat
kromatid untuk tiap pasang kromosom homolog. Peristiwa pindah silang terjadi
antara keempat kromatid itu, tetapi yang terjadi antara dua kromosom sesaudara (dari
satu kromosom) jarang dapat dideteksi. Berkenaan dengan hal ini, Gardner dkk.
(1984) menyatakan "Pindah silang juga mencakup kromatid-kromatid sesaudara (dua
kromatid dari satu kromosom), tetapi pindah silang tersebut secara genetikjarang
dapat dideteksi karena kromatid-kromatid sesaudara biasanya identik". Jelaslah
peristiwa pindah silang yang secara genetik mudah dideteksi adalah yang berlangsung
antara dua kromatid bukan sesaudara (non-sister chromatids) .
Pindah silang pada Makhluk hidup Eukariotik Berlangsung Selama Tahap
Tetrad Pasca Replikasi
Bukti bahwa peristiwa pindah silang lebih sering terjadi setelah proses duplikasi
kromosom daripada mendahului duplikasi, paling mudah diperoleh dengan
mempelajari kelas jamur Ascomycetes, khususnya N crassa (Gardner, dkk 1984) Di
antara jenis-jenis Ascomycetes, N crassa memang mempunyai manfaat khusus bagi
pengkajian-pengkajian di bidang genetika. N crassa memang memiliki Iima sifat
yang menjadikannya sangat cocok digunakan dalam pengkajian tertentu di bidang
genetika (Gardner, dkk, 1984) Kelima sifat itu adalah:
a. meiosis berlangsung setelah fusi kedua inti haploid dari dua tipe kelamin
(mating tipe), fusi tersebut menyebabkan terbentuknya satu inti diploid, sebagaimana
peristiwa fertilisasi pada tumbuhar dan hewan tingi; meiosis tersebut juga sama
kejadiannya sebagaimana yang terjadi pada tumbuhan dan hewan tinggi;
b. ascospora-ascospora (haploid) hasil meiosis tersusun secara linier di dalam
struktur serupa tabung yang disebut ascus, setiap ascus mengandung empat ascospora
hasil dari satu kejadian meiosis; semua ascospora dalam setiap ascus biasanya dapat
dipilah-pilah dan dikaji;
c. ascospora-ascospora haploid tumbuh dan berkembang menghasilkan miselia
multiseluler, yang seluruh selnya tetap haploid (dengan demikian genotip tiap produk
meiosis dapat dideteksi tanpa pelaksanaan testcross atau manipulasi genetik lain),
karena miselium bersifat haploid, maka keberadaan alela penanda yang resesif tidak
tertutup oleh alela-alela dominan;
d. N crassa dapat tumbuh pada suatu medium buatan sederhana yang hanya
mengandung garam-garam anorganik, suatu sumber karbohidrat (biasanya sukrose),
serta satu senyawa organik lain (vitamin biotin);
e. N. crassa berbiak secara tak kawin maupun secara kawin; dalam hal ini strain
bergenotip tertentu dapat dipertahankan.
Pemetaan Kromosom
Pengkajian pindah silang lebih lanjut oleh A.H. Sturtevant mengungkap beberapa
informasi penting lain. A.H Sturtevant berhasil membuktikan bahw faktor-faktor
(gen), tersusun secara linier sepanjang kromosom, A.H. Sturtevant juga berhasil
memanfaatkan data frektensi rekombinan (akibat peristiwa pindah silang) untuk
kepentingan pembuatan peta kromosom. Pertukaran bagian-bagian antara kromosom-
kromosom homolog, memang menyebabkan perubahan posisi faktor (gen) tertentu
dari suatu kromosom ke pasangan homolognya. Keadaan semacam ini berakibat
munculnya tipe turunan yang bukan tipe parental. Tipe turunan yang bukan tipe
parental semacam ini disebut tipe rekombinan; dan data turunan tipe rekombinan ini
dapat direkam.
Peta kromosom yang dibuat pertama kali oleh A.H. Sturtevant adalah peta
kromosom kelamin X Drosophila melanogaster. Contoh peta kromosom kelamin X
yang berhasil dibuat itu ditunjukkan pada Gambar 8.6. Peta itu memperlihatkan posisi
relatif dari faktor-faktor (gen) y (yellow) (white) (vermillion), m (miniature), dan
(rudimentary).
Rekombinasi Somatik
Rekombinasi somatik merupakan jenis penataan ulang gen dimana sel-sel dari
sistem kekebalan adaptif secara fisik memotong daerah kecil DNA dan kemudian
menempelkan potongan-potongan DNA yang tersisa kembali bersama-sama dengan
cara yang rawan kesalahan. Karena ada banyak cara untuk memotong dan
menempelkan DNA, dan karena memperbaiki potongan tidak sempurna dan
memungkinkan penyisipan basis DNA acak, jumlah sekuens DNA yang hampir tak
terbatas dapat dihasilkan secara stokastik. Ini, pada gilirannya, mengarah pada
produksi protein dalam jumlah yang sama tak terhingga. Protein-protein ini, seperti
antibodi yang diproduksi oleh sel-B dan reseptor sel T yang diekspresikan pada sel-T
, adalah unik di seluruh sel imun adaptif individu.
Pada mamalia terdapat 5 protein antibodi (Imunoglobin) yakni IgA, IgD, IgE,
IgG, dan IgM. Tiap antibodi memiliki rantai H (Heavy) yakni α (alpha), δ (delta), ε
(epsilon), ɤ (gamma), dan μ (mu); dan rantai L (Light) yakni K (Kappa) dan λ
(lambda). Russel (1992) menyatakan bahwa satu individu menghasilkan 110 asam
amino. Bagan molekul protein antibodi terdapat pada gambar di samping yang
menunjukkan bahwa rantai L (K/ λ) mempunyai 2 daerah, dan rantai H dari Ig G
mempunyai 4 daerah. Daerha terminal N merupakan tapak pengikatan antigen yang
disebut daerah variabel disingkat V (VH dan VL). Urutan rantai asam amino dari sisa
rantai L disebut CL, sedangkan urutan asam amino dari sisa rantai H disebut CH. Satu
individu menghasilkan 106-108 antibodi yang berbeda. Jika setiap antibodi memiliki
satu macam rantai l dan satu macam rantai H, maka antibodi sejumlah itu tadi paling
tidak membutuhkan 103-104 rantai L yang berlainan maupun 103-104rantai H yang
berlainan. Genom manusia hanya memiliki sekitar 105 gen. Lalu bagaimana
keanekaragaman tersebut bisa terjadi? Keanekaragaman tersebut terjadi akibat adanya
rekombinasi somatik yakni terjadi penataan kembali molekul DNA yang meliputi
penyambungan berbagai segmen gen membentuk suatu gen yang kemudian
ditranskripsikan menghasilkan rantai Ig yang terjadi saat perkembangan sel B.
1. Rekombinasi Somatik Gen Pengkode Polipeptida Rantai L (daerah V)
Terdapat tiga segmen gen pada DNA garis benih (germ line DNA) mencit
pengkode polipeptida K rantai L. Ketiga segmen itu adalah segmen L-Vk, segmen
Ck, dan segmen Jk.
1) segmen L-Vk terdiri dari urutan pengarah dan urutan VK yang bervariasi, 2)
segmen Ck yang mengkode asam amino polipeptida K daerah konstan L, 3) segmen
Jk yang menghubungkan segmen VK dan CK untuk membentuk polipeptida K rantai
L. Pada mencit telah ditemukan sekitar 350 segmen gen Ck. Oleh karena itu jumlah
daerah variabel rantai K yang mungkin dibentuk melalui mekanisme rekombinasi
somatik adalah sebanyak 350X4 = 1400. Terdapat suatu enzim yang mengkatalisis
peristiwa rekombinasi. Selama proses ini, sejumlah kecil pasangan nukleotida dari Vk
maupun dari Jk yang berada pada daerah sambungan Vk-Jk hilang dari molekul
DNA, dan akibatnya adalah terbentuknya keragaman polipeptida k rantai L terjadi
karena (1) berubah-ubanya urutan dari banyak segmen gen Vk, (2) berubah-ubahnya
urut-urutan dari keempat segmen gen Jk, serta (3) berubah-ubahnya jumlah pasangan
nukleotida yang hilang atau terlepas pada daerah sambungan Vk-Jk.
2. Rekombinasi Somatik Gen Pengkode Polipeptida Rantai H (daerah V)
Gen pengkode polipeptida rantai H pada mencit dibentuk dari segmen VH, JH,
dan CH. Keragaman tambahan pada rantai H disebabkan oleh suatu segmen gen lain
yang disebut D (diversity) yang terletak antara VH dan JH. Seperti pada rantai L,
bertambahnya keragaman polipeptida antibodi juga terjadi karena penggabungan
yang tidak tepat dari segmen-segmen gen yang bertanggungjawab terhadap daerah
variabel dari rantai H.
3. Rekombinasi Mitosis
 Bukti ekperimental bahwa pada beberapa organisme terdapat pindah silang
dapat berlangsung selama mitosis pertama kali dikemukakan oleh C stern pada tahun
1936. Dia menyilangkan Drosophila strain y dengan strain sn dan dihasilkan turunan
betina yang beberapa sector tubuh berwarna kuning serta memiliki bristle pendek
keriting. Hal tersebut terjadi karena adanya pindah silang selama mitosis. Pindah
silang pada mitosis terjadi pada suatu tahap yang serupa atau mirip dengan tahap
tetrad meiosis. Kejadian itu sangat jarang terjadi. Pada Aspergillus juga ditemukan
fenomena yang sama. Selama tahap diploid, kadang pindah silang terjadi antara gen-
gen yang terpaut, sehingga menghasilkan sel-sel rekombinan.
4. Rekombinasi Pada Organel
Rekombinasi tidak hanya terjadi pada kromosom inti, tetapi juga terjadi pada
gen-gen sitoplasmik yang ada dalam organel semacam mitokondria dan sebagainya.
Temuan tentang hal itu dikemukakan oleh Sager dan Ramanis yang menunjukkan
adanya rekombinasi antara gen-gen sitoplasmik pada Clamydomonas. Dalam hal ini,
dilakukan persilangan antara strain yang peka terhadap antibiotik dengan strain yang
resisten.

Topik 2: 1) BAB 9: Enzim-enzim yang berperan dalam rekombinasi. 2) BAB 10:

Beberapa hal spesifik tentang rekombinasi.

ENZIM-ENZIM PADA PROSES REKOMBINASI

Enzim yang berperan pada proses rekombinasi umum E. coli dikodekan
dengan tiga gen yang disebut recA, recB, dan recC.
Enzim yang Dikode Gen recA, recB, dan recC
Protein recA berperan wajar pada rekombinasi umum maupun pada perbaikan
DNA. Dimana protein recA berikatan pada molekul DNA unting ganda maupun
untung tunggal. Protein tersebut juga menggunakan energi yang diperoleh dari
hidrolisis ATP untuk membuka DNA unting ganda, sehingga mungkin terjadi
perpasangan dengan DNA untung tunggal yang memungkinkan sinapsis molekul
DNA memiliki urutan pasangan nukleotida yang mirip. Protein recA juga
mengkatalisis transfer unting berikutnya sehingga terbetuklah jembatan silang
(struktur Holliday) kemudian diikuti dengan migrasi jembatan silang tadi.
Produk dari gen recB, dan recC baru bekerja setelah protein recA bekerja.
Fungsi gen recB, dan recC yakni mengkode dua subunit nuclease yang tergantung
ATP. Diduga nuclease tersebut berperan sebagai suatu “resolvase” yang memotong
jembatan silang pada stuktur Holliday untuk menyempurnakan proses rekombinasi.

Enzim pada insersi λ ke dalam genom E. coli yang terjadi melalui rekombinasi
Fag λ mengkode enzim integrase yang berperan pada saat insersi DNA fag ke
dalam genom E. coli. Dimana insersi terjadi melalui rekombinasi pada tapak-tapak
spesifik di ke dua genom DNA; yang hasilnya adalah terbentuknya suatu molekul
sirkuler baru yang lebih besar. Selain enzim integrase, juga dibutuhkan protein IHF
serta ion-ion magnesium dalam insersi fag λ. tapak spesifik yang menjadi tempat
berlangsungnya insersi pada rekombinasi adalah attP (pada genom fag λ) dan attB
(pada genom E. coli).
Enzim integrase berperan sebagai suatu enzim topoisomerase. Dalam hal ini
enzim integrase membuat suatu pemutusa, dalam posisi menyamping, jarak kedua
tempat yang terpotong adalah sejauh 7 nukleotida. Pemutusan unting DNA itu terjadi
pada tapak attP maupun tapak attB.

BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI

Rekombinasi Spesifik Tapak
Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada
tapak-tapak khusus atau pada urut-urutan molekul DNA tertentu. Rekombinasi
spesifik memiliki mekanisme yang berbeda dengan rekombinasi umum dimana
rekombinasi tersebut tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB dan recC.
Rekombinasi spesifik tapak berkenaan dengan integrasi DNA fag ke genom E Coli.
Dalam ha linin diketahui tapak attP dan attB pada genom E coli adalah hasil evolusi
yang sangat spesifik terhadap enzim-enzim rekombinasi khusus yang dikode oleh gen
int dan xis pada genom fag. Integrasi fag hampir selalu terjadi pada tapak attB yang
terletak anatara lokus gal dan bio. Jika tapak attB tersebut mengalami delesi, maka
dampaknya adalah bahwa integrasi profag akan terjadi pada banyak tapak lain tetapi
dalam frekuensi rendah.

Rekombinasi Spesfik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti

Pada umumnya peristiwa pindah silang tetap mempertahankan susunan urut-
urutan DNA pada kromosom-kromosom homolog, tetapi terdapat pengecualian pada
kasus tertentu, sel-sel juga memanfaatkan semacam proses rekombinasi yang tertata
secara teliti untuk menata kembali urut-urutan DNA. Segmen DNA dapat dipindah
dengan bantuan rekombinasi tapak spesifik yang berakibat timbulnya beragam gen
atau perangkat gen yang diekspresikan. Contohnya adalah pembentukan gen antibodi
yang sangat banyak sebagai hasil penataan kembali DNA spesifik tapak yang terjadi
atas suatu perangkat urut-urutan prekursor

Rekominasi Spesifik Tapak Mengatur Ekspresi Gen

Rekombinasi yang melibatkan dua tapak pada molekul DNA yang sama akan
berakibat terlepasnya segmen antara atau terjadinya inversi segmen antara tersebut.
Terkadang sel memanfaatkan inversi hasil rekombinasi tersebut dalam rangka
memilih antara dua susunan DNA yang memungkinkan dua protein atau perangkat
protein untuk diekspresikan. Mekanisme ini sering mengatur protein yang tampak
pada bagian luar makhluk hidup. Contohnya antara lain protein ekor dari Mu
(mtator)fag, yang diatur oleh segmen gin yang tidak dapat dibalik, serta antigen flagel
dari bakteri Salmonella.
Variasi fase Salmonella merupakan akibat dari ekspresi dua protein flagel
yaituH1 dan H2, yang terjadi bergantian. suatu sel mengekspresikan salah satu
protein flagel itu, tidak pernah kedua proten flagel itu diekspresikan sekaligus

Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang Rusak

Fungsi yang paling vital dari peristiwa pindah silang mungkin justru untuk
memperbaiki kerusakan DNA. Rekombinasi berawal dari upaya penutupan suatu
celah pada molekul DNA. Dalam hal ini celah diisi oleh DNA yang berasal dari salah
satu unting pasangan homolog. Perbaikan tetap terjadi tidak bergantung pada apakah
perantara itu dipotong untuk menukar lengan samping ari kedua helix. sekalipun
suatu celah sederhana dapat diisi oleh polymerase DNA suatu persoalan yang lebih
serius diperlihatkan oleh celah. Informasi genetik pada temoat cacat hilang dari kedua
unting DNA dan dapat dipulihkan hanya dengan cara membuangnya melalui
rekombinasi dari suatu duplex homolog.

Rekombinasi Tidak Selalu Bersifat Resiprok pada Tapak Pindah Silang:

Konversi Gen
Kajian-kajian awal tentang pindah silang yang terjadi antara gen-gen yang
berbeda menunjukkan bahwa tampaknya peristiwa itu bersifat resiprok. Namun
demikian kemudian diketahui bahwa jika rekombinasi terjadi antara tapak-tapak
berdekatan pada gen yang sama, maka dapat ditemukan perkecualian. Perkembangan
lebih lanjut kemudian menunjukkan bahwa rekombinasi yang tidak resiprok sering
ditemukan. Rekombinasi tidak resiprok yang terjadi antara dua tapak berdekatan
dalam satu gen yang sama, dewasa ini lazim disebut sebagai konversi gen atau gen
conversion. Dikatakan pula bahwa tampaknya konversi gen tersebut merupakan
akibat pemotongan DNA dan sintesis perbaikan DNA yang terjadi pada daerah hetero
dupleks selama proses pemutusan dan penyambungan. Fenomena konversi gen ini
paling baik dikaji misalnya pada khamir atau pada Neurospora. Dalam hal ini
misalnva dilakukan persilangan antara dua mutan khamir Saccharomyces cerevisiae
(jarak tapak kedua mutan itu sangat dekat dalam satu gen yang sama). Lebih lanjut
jika askus-askus yang mengandung spora dianalisis, seringkali askus-askus tersebut
tidak mengandung rekombinasi mutan ganda yang resiprok sebagaimana yang
diharapkan. Sebagai contoh dilakukan persilangan dengan penamda mutan m1 dan
m2. Jika persilangan tersebut adalah m1m2+><m1+m2, maka askus-askus yang sering
kali dijumpai adalah yang mengandung pasangan spora: m1+m2, m1+m2+, serta m1m2+.
Dalam hal ini spora-spora mutan ganda m1m2 yang merupakan hasil rekombinasi
resiprok tidak ada dalam askus. Oleh karena itu rasio m2+ : rn2= 3 : 1 dan. bukan 2 : 2
seperti yang diharapkan. Kenyataan seperti tersebut merupakan akibat rekombinasi
yang tidak resiprok.

Rekombinasi Illegitimate
Rekombinasi illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul-molekui
DNA yang non homolog. Seperti halnya rekombinasi spesifik tapak, mekanisme
rekombinasi illegitimate juga tidak sama dengan mekanisme rekombinasi umum
(lazim). Lebih lanjut pada E. coli. Macam rekombinasi itu juga tidak membutuhkan
fungsi protein recA, recB, dan recC. Contoh rekombinasi illegitimate antara lain yang
berkenaandengan insersi elemen transposabel (misalnya elemen Is) ke dalam sesuatu
lokusgen. Pada peristiwa tersebut memang urut-urutan DNA lokus tersebut tidak
sama dengan urut-urutan DNA elemen Is
Sebagaimana diketahui akibat rekombinasi illegitimate yang melibatkan
insersi elemen tersebut, fungsi gen akan terganggu atau hilang. Sebagai contoh
misalnya insersi yang dilakukan oleh elemen Is ke dalam berbagai lokus (gen gal, E,
K dan T) pada genom E. coli, yang terbukti menimbulkan mutasi-mutasi sehingga
mengganggu metabolisme galaktose.

Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA

Kajian saat ini menunjukkan kejadian rekombinasi independen atau tidak
terkait dengan peristiwa replikasi DNA. Dalam hal ini bilamana dua genotip fag,
misalnya a+ dan b+, dalam jumlah besar secara serempak menginfeksi suatu sel inang
yang tumbuh pada medium ringan, pengamatan terhadap genotif partikel fag-fag yang
++
tidak bereplikasi rnenunjukkan bahwa beberapa diantaranya bergenotip ; dan
memang inilah bukti bahwa rekombinasi genotip-genotip induk dapat berlangsung
secara independen terhadap replikasi DNA

Question and Answer

1. Apakah rekombinasi terjadi dalam sel selain gamet? (Mia Agustina)
jawab :Di luar perannya dalam meiosis, rekombinasi penting untuk sel
somatik dalam eukariota karena dapat digunakan untuk membantu
memperbaiki DNA yang rusak, bahkan ketika kerusakan melibatkan kedua
helai heliks ganda. Istirahat ini dikenal sebagai istirahat beruntai ganda , atau
DSB. Ketika mode istirahat terjadi, kromosom homolog dapat berfungsi
sebagai templat untuk sintesis bagian apa pun dari bahan genetik yang telah
hilang sebagai hasil dari istirahat. Kemudian, setelah disintesis, DNA baru ini
dapat dimasukkan ke dalam untai DNA yang rusak, sehingga
memperbaikinya. Efeknya, ini adalah bentuk rekombinasi, karena area yang
rusak diganti dengan bahan baru dari kromosom homolog. Rekombinasi juga
dapat digunakan dengan cara yang sama untuk memperbaiki jeda yang lebih
kecil dan beruntai tunggal. Secara umum, rekombinasi dapat terjadi kapan
saja kromosom homolog berpasangan, apakah mereka secara bebas
mengambang bersama-sama atau berbaris di lempeng metafase selama
meiosis. Lebih lanjut tentang rekombinasi. Namun, rekombinasi tidak terbatas
pada eukariota. Suatu jenis rekombinasi khusus yang disebut konjugasi terjadi
pada banyak prokariota, dan telah dipelajari dengan baik dan dikarakterisasi
dalam bakteri E. coli . Selama konjugasi, materi genetik dari satu bakteri
ditransfer ke bakteri lain, dan kemudian digabungkan kembali dalam sel
penerima. Rekombinasi juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA
pada organisme prokariotik, seperti halnya pada organisme eukariotik.
2. Mengapa produk dari gen recB, dan recC baru bekerja setelah protein
recA bekerja daalm peristiwa pemotongan plasmid? (Dinda Ratu)
Jawab: ditunjukkan dari bentukan serupa angka delapan sama sekali tidak
ditemukan pada preparat DNA plasmid yang berasal dari sel-sel E. coli
yang memiliki gen recA-. Bentukan serupa angka delapan sebaliknya
ditemukan pada preparat DNA yang berasal dari sel-sel E. coli yang
memiliki gen recB- dan recC-. Karena hal tersebut menunjukkan bentukan
serupa angka delapan dikatalisasi oleh protein recA antara molekul-
molekul plasmid.
3. Bagaimana terbentuknya struktur Holliday? (Dinda Ratu)
Jawab: Model Holliday mempertimbangkan kejadian terputusnya satu
unting yang berlanjut dengan berlangsungnya pertukaran resiprok unting-
unting tunggal yang mengakibatkan terbentuknya DNA hetero duplex
yang simetris pada kedua pihak yang terlibat pada proses pertukaran.
Terjadi proses sintesis DNA untuk memperbaiki unting yang terputus

4. (Mochammad Abdul Hafidh)

a) Contoh pindah silang yaitu pada N. crassa terdapat 2 cara
melakukan pindah silang, apa sajakah itu? Apakah semua
alternative kejadian dapat secara efektif melakukan pindah silang!
Jawab : Pindah silang pada N. crassa terjadi (1) sesudah replikasi
atau duplikasi (pada tahap tetrad) daripada mendahului replikasi
(pada tahap dua benang, antara kromosom dalam tiap pasangan
homolog), bila pindah silang terjadi (2) sebelum replikasi maka
semua hasil ascopora pada tahap meiosis akan memperlihatkan
tipe rekombinan, tetapi jika pindah silang terjadi setelah replikasi
tahap tetrad maka hanya dua dari empat hasil meiosis
memperlihatkan tipe rekombinan (1/2). Tidak, hanya satu
kemungkinan pada alternative kedua yaitu terjadi sebelum
replikasi yang daapt bertahan dan seing terjadi karena tidak semua
tetrad keseluruhan pada ascopora rekombinan dapat dijumpai dan
dengan terjadinya pindah silang pada sebelum replikasi
menghasilkan 50% rekombinan dan 50% parental.
b) Mengapa pindah silang sangat berkaitan dengan fase meiosis?
Jawab : Karena meiosis merupakan tahap pengabungan gamet
betina dan jantan saat melakukan fertilisasi, untuk penyatuan
gamet tersebut dibutuhkan pertukaran genetic anatar dua
kromsoom homolog yang disebut pindah silang atau crossing over,
pindah silang ini terddapat dua alternative yang sudah dijelaskan di
pertanyaan sebelumnya bahwa dapat terjadi sebelum replikasi dan
sesudah replikasi, degan kemungkinan terjadi pada sebelum
replikasi untuk menghasilkan anakan parental dan rekombinan
50% : 50%, dan pproses ini hanya terjadi pada tahap meiosis
karena mitosis hanya untuk pertumbuhan sel somatik.