Sequnce Human Galektin

PERCOBAAN 1

Judul : Mencari dan Menempatkan Sequence (Nukleotida dan Asam

Amino)

Tujuan : Untuk mencari dan menempatkan sekuen Human Galektin dari

NCBI Genbank.

Cara Kerja :

1. Buka Mozilla kemudian buka link http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

2. Pastikan untuk memilih Nukleotida di bagian kiri jendela

3. Masukkan kata Human Galektin pada kolom search. Kemudian klik Search akan muncul ribuan
sequens tentang human galektin. Saya memilih “H.sapiens mRNA for galectin”
4. Klik “FASTA” pada monitor, maka akan tampak hasil seperti dibawah ini :
GATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGGCACGAGCAAAGGACTTCCTAGTGGGTGTGAAAGGCAG
CGGTGGCC
ACAGAGGCGGCGGAGAGATGGCCTTCAGCGGTTCCCAGGCTCCCTACCTGAGTCCAGCTGTCC
CCTTTTC
TGGGACTATTCAAGGAGGTCTCCAGGACGGACTTCAGATCACTGTCAATGGGACCGTTCTCAG
CTCCAGT
GGAACCAGGTTTGCTGTGAACTTTCAGACTGGCTTCAGTGGAAATGACATTGCCTTCCACTTC
AACCCTC
GGTTTGAAGATGGAGGGTACGTGGTGTGCAACACGAGGCAGAACGGAAGCTGGGGGCCCGA
GGAGAGGAG
GACACACATGCCTTTCCAGAAGGGGATGCCCTTTGACCTCTGCTTCCTGGTGCAGAGCTCAGA
TTTCAAG
GTGATGGTGAACGGGATCCTCTTCGTGCAGTACTTCCACCGCGTGCCCTTCCACCGTGTGGAC
ACCATCT
TCGTCAATGGCTCTGTGCAGCTGTCCTACATCAGCTTCCAGCCTCCCGGCGTGTGGCCTGCCAA
CCCGGC
TCCCATTACCCAGACAGTCATCCACACAGTGCAGAGCGCCCCTGGACAGATGTTCTCTACTCC
CGCCATC
CCACCTATGATGTACCCCCACCCCGCCTATCCGATGCCTTTCATCACCACCATTCTGGGAGGGC
TGTACC
CATCCAAGTCCATCCTCCTGTCAGGCACTGTCCTGCCCAGTGCTCAGAGGTTCCACATCAACCT
GTGCTC
TGGGAACCACATCGCCTTCCACCTGAACCTCCGTTTTGATGAGAATGCTGTGGTCCGCAACAC
CCAGATC
GACAACTCCTGGGGGTCTGAGGAGCGAAGTCTGCCCCGAAAAATGCCCTTCGTCCGTGGCCA
GAGCTTCT
CAGTGTGGATCTTGTGTGGAGCTCACTGCCTCAAGGTGGCCGTGGATGGTCAGCACCTGTTTG
AATACTA
CCATCGCCTGAGGAACCTGCCCACCATCAACAGACTGGAAGTGGGGGGCGACATCCAGCTGA
CCCATGTG
CAGACATAGGCGGCTTCCTGGCCCTGGGGCCGGGGGCTGGGGTGTGGGGCAGTCTGGGTCCT
CTCATCAT
CCCCACTTCCCAGGCCCAGCCTTTCCAACCCTGCCTGGGATCTGGGCTTTAATGCAGAGGCCA
TGTCCTT
GTCTGGTCCTGCTTCTGGCTACAGCCACCCTGGAACGGAGAAGGCAGCTGACGGGGATTGCCT
TCCTCAG
CCGCAGCAGCACCTGGGGCTCCAGCTGCTGGAATCCTACCATCCCAGGAGGCAGGCACAGCC
AGGGAGAG
GGGAGGAGTGGGCAGTGAAGATGAAGCCCCATGCTCAGTCCCCTCCCATCCCCCACGCAGCT
CCACCCCA
GTCCCAAGCCACCAGCTGTCTGCTCCTGGTGGGAGGTGGCCTCCTCAGCCCCTCCTCTCTGACC
TTTAAC
CTCACTCTCACCTTGCACCGTGCACCAACCCTTCACCCCTCCTGGAAAGCAGGCCTGATGGCTT
CCCACT
GGCCTCCACCACCTGACCAGAGTGTTCTCTTCAGAGGACTGGCTCCTTTCCCAGTGTCCTTAAA
ATAAAG AAATGAAAATGCTTGTTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
5. Setelah mengcopy fasta, klik graphic untuk melihat grafik dari urutan nukleotida yang dipilih.

6. Perhatikan urutannya. Menurut Anda termasuk urutan apakah itu? Apakah DNA, RNA atau
urutan asam amino? Bagaimana Anda bisa membedakannya?
Jawab : Urutan asam amino yang terdapat adalah mRNA
 PERCOBAAN 2

Tujuan : Mengidentifikasi gen dalam urutan DNA genom yang ditentukan dengan
menggunakan NCBI Genbank dan Genscan Prediction Tool.

Metode :

 Gunakan fasilitas NCBI Genbank untuk mengidentifikasi gen yang dipilih seperti yang digunakan
saat mencari urutan nukleotida dari Human Galektin.
 Bandingkan hasil dari NCBI Genbank dengan menggunakan Genscan Prediction Tool. Genscan
tersedia di http://argonaute.mit.edu/GENSCAN.html

 Salin fasta dari Human Chemokine, kemudian masukkan di kolom yang tersedia.
  Kemudian pilih Run GENSCAN untuk melihat hasilnya

 Perhatikan hasilnya: Ada berapa banyak gen,exon, dan intronnya?

Jawab: Tidak terlihat adanya ekson

Hasil pencarian :

Perbandingan hasil menggunakan Genbank dan Genscan terhadap jumlah gen,ekson,dan intron:

1. Dengan menggunakan genbank, kita dapat menemukan jenis organism,jenis molekul, dan jenis
cellnya.
 Organisme : Homo Sapiens
 Molekul Type : mRNA

2. Hasil dari genscan dapat di ketahui bawa perbedaan antara genbank dan genscan tidak ditemukn
adanya ekson
 PERCOBAAN 3

2. Mengidentifikasi kemiripan urutan nukleotida pada Spesies Lain:

Tujuan : Untuk mengidentifikasi dan menerima kemiripan urutan nukleotida antara Human
Gelaktin dan Papio Anubis.

Metode :

 Gunakan NCBI Blast Tool, identifikasi dan peroleh seberapa besar kemiripan urutan
nukleotida antara Human Gelaktin dan Papio Anubis. NCBI Blast tersedia di
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
 Keidentikan antara keduanya sebanyak 94%
 PERCOBAAN 4

3. Menerjemahkan Urutan Nukleotida ke Urutan Asam Amino

Tujuan : Untuk menerjemahkan urutan nukleotida Human Galektin menjadi urutan asam
amino

Metode :

 Terjemahkan urutan nukleotida Human Galektin menjadi urutan asam amino menggunakan
Expasy Translation Tool, tersedia di http://web.expasy.org/translate/
 Masukkan format fasta urutan nukleotida Human Galektin
Hasil terjemahaan asam amino dari Human Galektin

5'3' Frame 1
D P P G C R N S A R A K D F L V G V K G S G G H R G G G E Met A F S G S Q
APYLSPAVPFSGTIQGGLQDGLQITVNGTVLSSSGTRFA
VNFQTGFSGNDIAFHFNPRFEDGGYVVCNTRQNGSWGP
E E R R T H Met P F Q K G Met P F D L C F L V Q S S D F K V Met V N G I L F
VQYFHRVPFHRVDTIFVNGSVQLSYISFQPPGVWPANP
A P I T Q T V I H T V Q S A P G Q Met F S T P A I P P Met Met Y P H P A Y
P Met P F I T T I L G G L Y P S K S I L L S G T V L P S A Q R F H I N L C S G N
H I A F H L N L R F D E N A V V R N T Q I D N S W G S E E R S L P R K Met P
FVRGQSFSVWILCGAHCLKVAVDGQHLFEYYHRLRNLP
T I N R L E V G G D I Q L T H V Q T Stop A A S W P W G R G L G C G A V W V
L S S S P L P R P S L S N P A W D L G F N A E A Met S L S G P A S G Y S H P G
TEKAADGDCLPQPQQHLGLQLLESYHPRRQAQPGRGEE
W A V K Met K P H A Q S P P I P H A A P P Q S Q A T S C L L L V G G G L L S
P S S L T F N L T L T L H R A P T L H P S W K A G LMet A S H W P P P P D Q S
V L F R G L A P F P V S L K Stop R N E N A C W Q K K K K K
 PERCOBAAN 5

4. Memprediksi Fungsi Protein

Tujuan : Untuk memprediksi protein domain/motif dari terjemahan asam amino Human Galektin

Metode :

 Prediksi protein domain/motif dari terjemahan asam amino Human Galektin menggunakan
Prosite tersedia di https://prosite.expasy.org/

Fungsi protein dari Human Galektin