LAPORAN PRAKTIKUM MINGGUAN

BIOKIMIA I

PERCOBAAN IV

EKSTRAKSI DNA TUMBUHAN

DISUSUN OLEH

NAMA : RAKA RANGGA DISA

NIM : E1M016056

KELAS :C

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS MATARAM

2018
 EKSTRAKSI DNA TUMBUHAN

A. ABSTRAK
Praktikum ini bertujuan untuk melakukan ekstraksi DNA
tumbuhan dan untuk mengamati DNA dari sel tanaman. Sampel yang
digunakan adalah buah tomat. Tomat memiliki beragam jenis warna buah
dari kuning, hijau, dan merah. Tomat biasa digunakan sebagai sayuran
dalam masakan dan dapat juga dimakan langsung. Namun batang dan
daun tomat tidak dapat dimakan karena mengandung alkaloid yang
bersifat toxic. Metode yang digunakan pada praktikum ini adalah metode
ekstraksi. Pada proses ekstraksi DNA tumbuhan tomat, dihasilkan untaian
benang DNA yang berwarna putih.

Kata kunci: tomat, DNA, benang, ekstraksi.

B. PENDAHULUAN
Tomat termasuk dalam tumbuhan kelas Solanaceae yang berasal
dari Amerika Tengah. Tumbuhan tomat memiliki siklus kehidupan yang
relatif singkat, dapat tumbuh hingga 3 meter. Tomat memiliki beragam
jenis warna buah dari kuning, hijau, dan merah. Tomat biasa digunakan
sebagai sayuran dalam masakan dan dapat juga dimakan langsung. Namun
batang dan daun tomat tidak dapat dimakan karena mengandung alkaloid
yang bersifat toxic (Astawan, 2008).
Tanaman tomat mampu menyerap unsur kalium (K) sebanyak 5%
dari bobot tanaman kering. Sementara ketersediaan kalium dalam tanah
rata-rata rendah yakni antara 0,01% - 4 %. Namun hanya 2% dari jumlah
tersebut yang berada dalam bentuk larutan. Kalium sangat dibutuhkan
tanaman tomat untuk pertumbuhan dan memperbaiki kualitas tomat.
Namun pada kenyataannya unsur kalium bisa hilang oleh tanah akibat air
hujan atau erosi (Mariani., dkk, 2017:1506).

1
 Asam nukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas banyak
molekul nukleotida. Asam nukleat ada dua macam, yaitu DNA dan RNA.
Asam nukleat terdapat pada jaringan-jaringan tubuh sebagai
mukleoprotein, yaitu gabungan antara asam nukleat dan protein. Untuk
memperoleh asam nukleat tersebut, dapat dilakukan ekstraksi terhadap
nucleoprotein terlebih dahulu menggunakan garam 1M. Penambahan
garam bertujuan untuk membuat larutan menjadi jenuh sehingga akan
mengendapkan protein (Purwo, 2010).
DNA pada mikroorganisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan
dan tumbuhan terdapat di dalam inti sel dan beberapa organ lain di dalam
sel seperti mitokondria dan kloroplast. Penyebutan nama DNA juga
didasarkan pada lokasi DNA itu sendiri. DNA genome inti berasal dari inti
sel, DNA genome mitokondria berasal dari mitokondria, dan genome
kloroplast berasal dari kloroplast. Pada organisme tingkat rendah, DNA
penyusun kromosom dan plasmid dibungkus oleh dinding sel (pada
bakteri) atau dibungkus oleh protein tertentu (pada virus). Kromosom
eukariot berbentuk linear sedangkan kromosom prokariat berbentuk
sirkular (Poedjiadi, 2009).
Berbagai teknik analisis dalam pemuliaan tanaman dan biologi
molekuler yang didasarkan pada hibridisasi molekuler membutuhkan
DNA dalam jumlah yang cukup dan kualitas baik. Oleh karena kandungan
senyawa sekunder dalam sel tanaman berbeda-beda, maka setiap tanaman
membutuhkan prosedur isolasi yang optimum agar diperoleh DNA genom
yang dapat digunakan sebagai bahan dalam analisis molekuler. Optimasi
prosedur tersebut dapat dilakukan terhadap komposisi larutan buffer
lisisnya dalam pemisahan DNA genom dari senyawa lain. Pada prinsipnya
optimasi prosedur ini bertujuan melindungi DNA genom dari degradasi
akibat senyawa sekunder yang dilepaskan ketika dihancurkan atak
kerusakan akibat penanganan fisik (Restu., dkk, 2012:142).

2
C. ALAT DAN BAHAN PRAKTIKUM
1. Alat
Alat yang digunakan pada praktikum ini antara lain:
a. Alu
b. Corong kaca
c. Gelas kimia
d. Gelas ukur
e. Hotplate
f. Mortar
g. Neraca analitik
h. Pengaduk
i. Pipet tetes
j. Pisau
k. Plastik cetik
l. Spatula
m. Stopwatch
n. Tabung reaksi
o. Termometer
2. Bahan
Bahan yang digunakan pada praktikum ini antara lain:
a. Aluminium foil
b. Aquades
c. Buah tomat
d. Es batu
e. Garam dapur
f. Kain kasa
g. Kertas saring
h. Larutan etanol 95%
i. Plastik bening
j. Sabun cair
k. Tissue

3
D. PROSEDUR KERJA
1. Pembuatan Etanol Dingin
a. Dimasukkan es batu ke dalam gelas kimia.
b. Dimasukkan 100 ml etanol 95% dengan wadah tertutup ke dalam
gelas kimia berisi es batu.
2. Pembuatan Larutan Buffer Ekstraksi
a. Ditimbang 2 gram garam dapur, kemudian dilarutkan dengan 100
ml aquades ke dalam gelas kimia.
b. Ditimbang 5 gram sabun cair dan dimasukkan ke dalam gelas
kimia berisi larutan garam dapur sambil diaduk secara perlahan
(jangan sampai terbentuk busa).
3. Prosedur Ekstraksi
a. Dipotong buah tomat kecil-kecil dan ditimbang sebanyak 20 gram.
b. Dimasukkan potongan tomat ke dalam plastik cetik, kemudian
dilumatkan.
c. Dimasukkan larutan buffer ekstraksi (1:1) ke dalam plastik cetik
berisi gerusan tomat, sambil ditekan secara perlahan selama 2
menit.
d. Dipindahkan larutan ke dalam gelas kimia dan diinkubasi pada
suhu 65oC selama 10 menit.
e. Disaring larutan dengan kain kasa hingga cairan dan ampas
terpisah.
f. Disaring kembali larutan menggunakan kertas saring sampai
didapatkan filtrate sekitar 5 ml.
g. Dituangkan filtrate tadi ke dalam tabung reaksi.
h. Ditambahkan 5 ml larutan etanol 95% ke dalam tabung reaksi
berisi filtrate (jumlah filtrate harus sama dengan jumlah etanol).
i. Diamati sekitar 2 – 3 menit hingga terbentuk benang putih.
j. Diambil benang DNA menggunakan batang pengaduk atau pipet
tetes.
k. Dicatat hasil pada tabel hasil pengamatan.

4
E. HASIL DAN PEMBAHASAN
1. Hasil
a. Tabel hasil pengamatan
Perlakuan
Buah tomat dihaluskan
Gerusan tomat + larutan buffer
Larutan diinkubasi
Disaring dengan kain kasa
Disaring dengan kertas saring
Filtrate + etanol 95%
Benang DNA diambil
b. Gambar
 Gerusan tomat + larutan buffer fosfat
Hasil
Menjadi berair dan berwarna
merah
Muncul sedikit buih sabun
Buih sabun berkurang
Ampas dan cairan terpisah,
cairan berwarna oranye dan
terdapat sedikit ampas
Didapatkan filtrate murni
berwarna kuning
Berwarna kuning dan muncul
sedikit untaian benang pada
permukaan larutan
Benang DNA berwarna putih
5
  Filtrate

 Filtrate + larutan etanol 95%

2. Pembahasan
Tanaman tomat mampu menyerap unsur kalium (K) sebanyak
5% dari bobot tanaman kering. Sementara ketersediaan kalium dalam
tanah rata-rata rendah yakni antara 0,01% - 4 %. Namun hanya 2%
dari jumlah tersebut yang berada dalam bentuk larutan. Kalium sangat
dibutuhkan tanaman tomat untuk pertumbuhan dan memperbaiki

6
kualitas tomat. Namun pada kenyataannya unsur kalium bisa hilang
oleh tanah akibat air hujan atau erosi (Mariani., dkk, 2017:1506).. Pada
percobaan ini bertujuan untuk melakukan ekstraksi DNA tumbuhan
dan untuk mengamati DNA sel tanaman.
Praktikum kali ini menggunakan buah tomat sebagai sampel.
Untuk melakukan proses ekstraksi DNA, buah tomat dihaluskan
terlebih dahulu secara hati-hati. Hal ini bertujuan untuk memecah
jaringan yang ada pada sel namun tidak merusak sel sehingga
mempermudah bahan-bahan kimia lain yang akan digunakan untuk
masuk ke dalam organel-organel sel. Setelah itu, gerusan tadi
ditambahkan larutan buffer yang merupakan campuran larutan garam
dan sabun cair dengan perbandingan 1:1. Hal ini bertujuan untuk
memudahkan pemisahan benang-benang DNA dari larutan, sehingga
benang-benang tersebut dapat mudah diamati. Hal ini dapat terjadi
karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan
dengan kutub negatif pada ikatan fosfat DNA. Tujuan lainnya juga
untuk memecah membran sel. Dimana, pemecahan membrane sel
terjadi melalui ikatan yang dibentuk pada sisi hidrofobik detergen
(sabun cair) dengan protein dan lemak, pada membrane membentuk
senyawa lipid-detergen kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk
karena pada protein dan lipid memiliki ujung hidrofobik, demikian
juga dengan detergen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia.
Selanjutnya dilakukan pemanasan sampel selama 10 menit. Hal ini
bertujuan agar enzim bekerja secara secara optimal setelah
ditambahkan buffer ekstraksi. Selanjutnya larutan disaring hingga
didapatkan 5 ml filtrate dan ditambahkan larutan etanol 95%.
Penambahan etanol bertujuan untuk mempermudah terjadinya
presipitasi pada DNA yang bersifat transparan agar dapat diamati
sebagai benang benang DNA. Dalam hal ini, etanol bersifat semipolar,
sehingga bisa menarik molekul air dari DNA, sehingga konsentrasi
DNA dapat meningkat dan akhirnya terpresipitasi. Presipitasi adalah

7
 prosedur yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponon dari
campuran. Pada percobaan ini digunakan etanol dingin bukan etanol
panas, karena etanol dingin dapat mempermudah terjadinya presipitasi
pada benang benang DNA. Sedangkan jika digunakan etanol panas
DNA akan mengalami denaturasi. Karena sifat alcohol yang mudah
menguap maka alcohol tersebut dapat membawa asam nukleat yang
terdapat di dalam filtrat untuk naik ke permukaan dan kemudian
mengendap.
Berdasarkan hasil praktikum terlihat benang putih yang
terbentuk pada permukaan filtrate, namun benang tersebut putus-putus.
Hal tersebut terjadi karena saat proses penggerusan, tomat digerus
terlalu keras sehingga beberapa jaringan yang ada pada sel menjadi
rusak dan menyebabkan benang DNA menjadi putus-putus. Tetapi
percobaan kali ini dapat dikatakan berhasil karena telah berhasil
membentuk untaian DNA pada buah tomat.

F. SIMPULAN
Berdasarkan hasil pengamatan, dapat disimpulkan bahwa untaian
benang DNA mulai terlihat setelah penambahan etanol. Penambahan
etanol bertujuan untuk mempermudah terjadinya presipitasi pada DNA
yang bersifat transparan agar dapat diamati sebagai benang benang DNA.
Dalam hal ini, etanol bersifat semipolar, sehingga bisa menarik molekul
air dari DNA, sehingga konsentrasi DNA dapat meningkat dan akhirnya
terpresipitasi. Pada praktikum yang dilakukan terlihat benang putih yang
terbentuk pada permukaan filtrate, namun benang tersebut putus-putus.
Hal tersebut terjadi karena saat proses penggerusan, tomat digerus terlalu
keras sehingga beberapa jaringan yang ada pada sel menjadi rusak dan
menyebabkan benang DNA menjadi putus-putus.

8
G. DAFTAR PUSTAKA
Astawan, M. 2008. Khasiat Warna Warni Makanan. Jakarta: PT.
Gramedia Pustaka Utama.
Mariani, Sekty Denny., dkk. 2017. Respon Pertumbuhan dan Hasil
Tanaman Tomat (Lycopersicum esculentum Mill.) Varietas
Permata terhadap Dosis Pupuk Kotoran Ayam dan KCl. Jurnal
Produksi Tanaman. 9(5) : 1505-1511.
Poedjiadi, A., dan Supriyanti, F.M.T. 2009. Dasar-dasar Biokimia.
Jakarta: Universitas Indonesia.
Purwo, A. 2010, Biokimia Konsep-konsep Dasar. Bandung: ITB Press.
Restu, Muh., dkk. 2012. Optimalisasi Teknik Ekstraksi dan Isolasi DNA
Tanaman Suren (Toona sureni Merr.) untuk Analisis Keragaman
Genetik berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA
(RAPD). Jurnal Natur Indonesia. 14(2): 138-142.

9
10
11
12