Tugas Biokimia Enzim Cengkunek
Tugas Biokimia Enzim Cengkunek
“ENZIM”
DISUSUN OLEH:
i
BAB 1 ENZIM
1
meraka meningkatkan laju reaksi tenpa mengubah posisi kesetimbangan. Laju reaksi
kedepan maupun reaksi kebalikan ditingkatkan oleh faktor yang sama. Faktor ini
biasanya sekitar 103 − 1012 . Terdapat lebih dari 2.500 macam reaksi biokimia
dengan enzim spasifik yang membantu peningkatan laju reaksi. Spesies organisme
yang berbeda memproduksi variasri struktur enzim yang berbeda pula, sehingga
jumlah macam protein enzim dalam seluruh sistem bologis adalah lebih dari 106 .
Dalam sel darah merah mamalia, enzim karbonat anhidrase terdapat dalam
kosentrasi 1- 2 g per liter sel (Mr = 30.000), sehingga kosentrasi molarnya
~ 50 10−6 . Laju reaksi hidrasi dengan adanya enzim karbonat anhidrase dalam
kondisi seperti diatas adalah ~ 50 𝑚𝑜𝑙 𝐿−1 𝑆 −1 , yakni mengalami peningkatan laju
8 x 104 kali lipat dari proses tanpa katalis.
Setiap enzim dikarakterisasi oleh spesifisitas substrat kimia (reaktan) serta
molekul lain yang mengatur aktivitasnya. Molekul ini disebut efektor, yang bisa
merupakan aktivator, inhibitor, atau keduanya. Dalam enzim yang lebih kompleks,
satu senyawa bisa memiliki salah satu efek, yang tergantung pada kondisi fisik atau
kimia lainnya. Enzim berukuran mulai dari kompleks subunit banyak yang besar
(disebut enzim multimer, Mr ≈ 106 ) sampai bentuk subunit tunggal yang kecil.
2
berikutnya menunjukkan sub- kelompok dan sub sub –kelompok. Sementara angka
terakhir adalah nomor enzim yang bersangkutan pada sub sub – kelompok. Misalnya
laktat dehidrogenese bernomoe EC 1.1.1.27 (kelompok:1,oksidoreduktase; sub
kelompok : 1.1, gugus CH-OH sebagai donor elektron; sub sub kelompok: 1.1.1,
NAD(𝑃)+ sebagai aseptor.
Dalam enam kelompok utama, enzim- enzim yang memiliki spesifisitas kerja
yang hampir sama dikelompokkan bersama: Oksidoreduktase (kelompok 1)
mengatalisis pemindahan ekuivalen pereduksi antara dua sistem redoks. Transferase
(kelompok 2) mengkatalisis pemindahan gugus–gugus lainnya dari satu molekul ke
molekul kedua. Oksidoreduktase dan Transferase pada umumnya membutuhkan
koenzim. Hidrolase (kelompok 3) juga memindahkan gugus-gugus tetapi sebagai
aseptor selalu auatu molekul air. Lipase (kelompok 4) kadang-kadang disebut juga
sebagai “sintetase” mengkatasisis pemecahan atau pembentukan ikatan kimia disertai
pembentukan atau penghilangan ikatan rangkap. Isomerase (kelompok 5) menggeser
posisi gugus-gugus di dalam suatu molekul tanpa mengupah rumus kimia substrat.
Reaksi – reaksi penghubung yang dikatalisis oleh Ligase (sintase, kelompok 6)
tergantung pada energi, karena itu selalu terangkai dengan proses hidrolisis
nukleosida trifosfat. Tipe – tipe kelas utama enzim:
Sebagai katalis enzim mirip dengan katalis lain, yang umumnya senyawa
lebih kecil, seringkali sebagai senyawa anorganik dan bahkan berupa logam. Sifat
inilah yang memungkinkan aneka reaksi dapat berlangsung di dalam sel. Dalam
mengkatalisis suatu reaksi, diasumsikan enzim berikatan lebih dulu dengan substrat.
3
Akibat ikatan ini, terbenntuklah suatu nyenyawa baru, yang dinamai kompleks
enzim-substrat saja, yang dapat disingkat kompleks ES atau ES saja.
Senyawa baru ini, kompleks ES, niscaya mempunyai umur yang sangat
singkat, oleh karena kompleks ES ini sangat sukar diisolasi dan diproleh. Ada dua
kemungkinan yang mungkin dialami ES, pertama, sebagaimana lazimnya reaksi
kimia, ES akan kembali terurai menjadi E + S, menurut persamaan berikut ini.
ES →E + S
⃗⃗⃗ ES
E+S ←
Apabila yang terjadi hanya ini saja, niscaya tidak ada perbedaan antara enzim
dengan protein lain seperti antibodi, reseptor ataupun transporter. Ketiga protein ini
juga akan mengalami hal yang sama dengan interaksi antara mereka dengan ligan,
seperti yang tampak dalam persamaan berikut.
⃗⃗⃗ PL
P+L ←
⃗⃗⃗⃗ E+P
ES←
⃗⃗⃗⃗ ES ←
E+S← ⃗⃗⃗⃗ E+P
4
1.5 Model Pengingkatan Laju Pemotongan Ikatan
Mekanisme dasar suatu enzim dalam meningkatkan laju reaksi kimia dapat
diklasifikasikan ke dalan empat kelompok:
A. facilitation of proximity, atau kemudahan kedekatan (efek keakraban),
yang berarti bahwa laju reaksi antara dua molekul ditingkatkan bila dalam
llarutan encer keduanya dijaga dalam jarak dekat satu sama lain dalam sisi
aktif enzim, sehingga menaikan kosentrasi efektif reaktan.
B. Katalis konvalen, yakni rantai- rantai panjang asam amino menyediakan
sejumlah gugusan nukleofilik katalis.
C. Katalisis asam – basa umum didefenisikan sebagai proses pemindahan
proton dalam keadaan transisi. Proses ini tidak melibatkan pembentukan
ikatan konvalen di dalamnya, tetapi reaksi enzimatik keseluruhan bisa
melibatkan ini juga.
D. Perubahan tekanan, distori molekul, dan bentuk. Tekanan dalam sistem
ikatan reaktan serta pelepasan tegangan ketika keadaan transisi berbuah
menjadi produk dapat memberikan peningkatan laju reaksi kimia.
Dua reaksi kimia berikut ini melibatkan hidrolisis ikatan fosfat ester.
Dalam kondisi standar reaksi (a) berlangsung 108 kali lebih cepat dari pada
reaksi (b). Senyawa siklik pada (a) memiliki tegangan katan yang cukup besar
(energi potensial dalam konfigurasi ini tinggi), yang di lepaskan saat pembuakaan
cincin selama hidrolisis. Tipe tengangan ini tidak dapat diester pada (b).
5
dengan konsentrasi enzim dalam campuran reaksi. Untuk sebagian besar enzim, v0
adalah fungsi hiperbola dari [S]0. Jika terdapat substrat-substrat lain (ko-substrat),
maka konsentrasinya biasanya dijaga tetap konstan selama rangkaian percobaan
dengan [S]0 yang bervariasi.
6
tersebut. akan tetapi, senyawa yang menyebabkan denaturasi protein enzim atau yang
secara tidak khas membuat situs katalitik menjadi tidak aktif, tidak dimasukkan ke
dalam golongan senyawa yang menyebabkan penghambatan tak terpulihkan ini.
7
B. Persamaan Inhibisi Enzim
8
1.8 Pengaruh pH pada Laju Reaksi Enzim
Enzim adalah protein yang tersusun atas asam amino, oleh karena itu maka
pengaruh PH berhubungan erat dengan sifat asam basa yang dipunyai oleh protein.
Pada umumnya enzim memiliki titik optimal aktivitas pada PH tertentu. gambar
dibawah ini menunjukan pengaruh PH terhadap aktivitas enzim tertentu.
9
A. Hubungan antara aktivitas enzim dengan PH.
Ada dua alasan untuk menyelidiki pengaruh tingkat keasaman atau pH ini
terhadap aktivitas enzim.
1. Sebagai produk makhluk hidup secara teori selalu ada kemungkinan dari
pengaruh pH ini terhadap aktivitas biologis dari enzim ini.
2. Sebagai suatu protein enzim tidak berbeda dengan protein lainnya. Antara
lain, struktur 3 dimensi molekul enzim ini juga akan di pengaruhi oleh
derajat keasaman dari larutan tempat ia berada. Dari demikian banyaknya
struktur 3 dimensi yang mungkin diambil oleh enzim, niscaya hanya
beberapa bahkan mungkin hanya satu saja yang memberikan peluang bagi
enzim untuk bekerja sebagaimana mestinya.
Kurva hubungan antara pH dengana laju reaksi suatu enzim biasanya
menghasilkan gambaran seperti lonceng, seperti yang takpak pada gambar
ini:
Pada gambar tampak bahwa di luar suhu optimum, laju reaksi enzimatik selalu
lebih rendah. Makin besar perbedaan suhu reaksi dengan suhu optimum, makin
rendah laju reaksi. Pada suhu yang lebih rendah (sisi A pada gambar), penyebab
kurangnya laju reaksi enzimatik ialah kurangnya gerak termodinamik, yang yang
menyebabkan kurang nya tumbukan antara molekul enzim dengan substrat.
10
Makin rendah suhu, gerak termodinamik tersebut akan makin kurang. Pada
daerah suhu yang lebih tinggi (sisi B pada gambar), gerak termomatik akan lebih
meningkat, sehingga benturan antara molekul niscaya akan lebih sering. Dalam
peningkatan suhu ini, selain gerakan termodinamik meningkat, molekul protein
enzim juga mengalami denaturasi, sehingga bangun tiga dimensi tersebut dan
makin sukar bagi substrat untuk duduk secara tetap dibagian aktif molekul
enzim.
1.9 Mekanisme Enzim
Mekanisme enzim dihadirkan oleh simbol yang sama yang dipakai dalam
kimia organik untuk menyederhanakan transformasi ikatan kimia. Suatu reaksi ion
adalah reaksi yang mempunyai intermediet ion. Ia melibatkan dua spesies, yaitu
spesies kaya elektron (nukleofit) dan spesies kurang elektron (elektrofit). Nukleofit
mempunyai muatan negatif atau pasangan elektron tak terbagi. Biasanya nukleofit
bisa dianggap sebagai sebagai penyerang elektrofit dan menyebut mekanisme
serangan nukleofit adalah substitusi nukleofit.
Tipe lain substitusi nukleofit melibatkan penggantian langsung. Dalam
mekanisme nukleofit ini, gugus penyerang untuk molekul ditambah ke muka atom
pusat berlawanan dengan gugus pergi untuk membentuk keadaan transisi mempunyai
lima gugus terhubung dengan atom pusat. Keadaan transisi ini tidak stabil, keadaan
energi tinggi. Ia mempunyau struktur antara reaktan dan produk.
Ikatan kovalen terdiri atas pasangan elektron yang terbagi oleh dua atom,
ikatan bisa dipotong dalam dua cara yaitu kedua elektron bisa tempel dengan satu
atom, atau satu elektron bisa tertempel dengan tiap atom. Dalam kebanyakan reaksi,
kedua elektron tetap dengan satu atom, sehingga intermediet ion dan gugus pergi
terbentuk.
Keutuhan dari struktur alam seperti yang dimiliki oleh enzim terutama
ditekankan pada sisi aktifnya. Sebagai contoh ialah ribonuklease yang setelah
diperlukan dengan subtilisin, menjadi tidak aktif. Ternyata protease bakterial tadi
menghidrolisis enzim menjadi dua bagian sedemikian rupa sehingga dua gugus
11
aktifnya (histidin 12 dan 19) terpisah satu sma lain. Ini berarti bahwa struktur
ribonuklease tidak utuh lagi.
Reaktivitas enzim banyak di tentukan oleh sifat asam basa baik enzim
maupun ssubstratnya. Sisi aktif enzim yang mengandung gugus fungsional hanya
bisa bekerja efektif apabila gugus tersebut bermuatan penuh atau dapat mengalirkan
proton-elektronnya.
12
DAFTAR PUSTAKA
Ngili, Yohanis. (2013). Biokomia Dasar. Bandung: Rekayasa Sains.
13