LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

BIOINFORMATIKA DAN PENGENALAN NCBI

Disusun oleh:

1. Imanuela Rhosana Yunus (198114091)

2. Tyas Suryadi (198114092)
3. Florentina Nixie Suciadi (198114093)

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS SANATA DHARMA
YOGYAKARTA
2019
A. SASARAN CAPAIAN
1. Mampu memahami ilmu bioinformatika dan aplikasinya dalam
membantu penerapan ilmu biologi sel dan molekuler.
2. Mampu menyebutkan berbagai macam open source basis data yang
dapat digunakan untuk memahami biologi molekuler.
3. Mengenal NCBI dan berbagai fitur sistem informasi yang disediakan.

B. TINJAUAN PUSTAKA
Genom adalah susunan lengkap DNA, senyawa yang berisi informasi
genetik dan dibutuhkan untuk perkembangan dan aktivitas kehidupan suatu
organisme. Human Genome Project (HGP) merupakan telah berhasil
mengidentifikasi genome manusia yang tersusun atas 3 miliar pasang basa
yang menempati 23 pasang kromosom dalam nukleus sel manusia. Pada
tanggal 26 Juni 2000, diumumkan genome manusia terdapar 25.000 gen,
lebih banyak dibandingkan dengan perkiraan sebelumnya. (Setiawati,
2015).

DNA merupakan molekul pembawa informasi genetik yang strukturnya

tersusun atas dua rantai yang saling berpasangan (double helix) yang
dihubungkan dengan ikatan hidrogen. Tiap nukleotida terdiri atas gula
deoxiribosa, basa dan fosfat yang dihubungkan melalui ikatan fosfodiester.
Basa pada DNA terdiri atas basa purin (adenin dan guanin) dan basa
pirimidin (sitosin dan timin). Basa – basa yang terdapat dalam DNA akan
diterjemahkan menjadi kodon pada RNA yang selanjutnya diterjemahkan
menjadi protein fungsional. Oleh karena itu, untuk memahami jalur ekspresi
proteindari DNA sangat penting diketahui sebagai pengetahuan dasar ilmu
biologi sel dan molekuler. (Setiawati, 2015).
Kemajuan teknik biologi sel dan molekuler dalam mengungkapkan
jalur ekspresi protein yang berguna untuk mengungkap perkembangan
penyakit genetik yang disebabkan oleh mutasi atau abnormalitas yang
terjadi pada DNA. Pengetahuan tersebut dijadikan sebagai dasar dalam
pengembangan obat baru untuk pengobatan oenyakit genetik tersebut.
Dengan demikian, seorang calon farmasis harus menguasai ilmu biologi sel
dan molekuler. (Setiawati, 2015).
Seiring perkembangan teknologi informasi dan komputer, terlahir ilmu
bioinformatika yang menerapkan ilmu komputasional untuk mengelola dan
menganalisis informasi biologis yang tersedia dalam basis data online. Basis
data online tersebut dapat kita gunakan untuk berbagai tujuan yang
mendukung ilmu biologi sel dan molekuler antar lain; mengetahui urutan
DN, RNA dan asam amino serta informasi yang terkait di dalamnya,
sequence alignment (penyejajaran urutan nukleotida), bentuk protein dan
trnsduksi senyawanya. Oleh karena itu, penguasaan basis data online dapat
diaplikasikan untuk pengembangan penemuan obat baru sesuai dengan
target molekuler dalam sel tersebut. (Setiawati, 2015).
Protein adalah senyawa organik yang terbuat dari asam amino yang
disusun dalam sebuah rangkaian linear dan dibungkus ke dalam sebuah
bentuk melingkar. Protein merupakan rangkaian polimer yang terdiri dari
20 jenis asam amino yang berbeda. Terdapat sekitar 20 hingga lebih dari
5000 deretan dalam asam amino, namun rata-rata panjang protein sekitar
350 asam amino. (Ridley, 2006).
 Salah satu basis data yang dipelajari adalah NCBI. NCBI (National
Center for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang
konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI
membuat basis data yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset
biologi perkomputasi, mengembangan software penganalisis data genome,
dan menyebarkan informasi biomedical – yang kesemuanya diharapkan
mengarah ke pemahaman yang lebih baik tentang proses – proses molekuler
yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya. (Setiawati, 2015).
NCBI didirikan pada tanggal 4 November 1988 sebagai salah satu
divisi dari National Library of Medicine (NLM) di National of Health
(NIH). NIH merupakan sebuah lembaga penelitian dari AS yang menjadi
salah satu pusat penelitian medis terkemuka di dunia. Sebagai sumber
informasi biologi molekuler, misi NCBI adalah untuk mengembangkan
teknologi informasi baru yang membantu memahami proses fundamental
molekuler dan genetik yang mengontrol kesehatan dan penyakit. (Setiawati,
2015).
C. PEMBAHASAN

1. Pengenalan situs www.ncbi.nlm.nih.gov; maka terbuka homepage

NCBI seperti tampilan berikut:

2. Pengenalan fitur yang terdapat dalam www.ncbi.nlm.nih.gov. Disebelah

kiri terdapat sumber berbasis data yang telah dikelompokkan. Bagian
kanan terdapat menu Popular Resources yang menunjukkan fitur-fitur
yang sering digunkan dalam NCBI. Bagian atas dari fitur terdapat kotak
search engine yang digunakan untuk mencari dokumen atau data
dengan cara menulis pada kotak tersebut. Bagian tengah terdapat fitur
submit, fitur download, fitur learn, fitur develop, fitur analyze, dan
fitur research.

1. Fitur submit untuk memasukkan data kedalam basis data NCBI;

2. Fitur download untuk menstransfer/mendownload data NCBI ke

komputer;

3. Fitur learn sebagai menu bantuan untuk membantu menemukan

dokumen atau file yang diinginkan;

4. Fitur develop untuk membantu programmer dalam mengakses dan

memanipulasi data NCBI pada aplikasi mereka;
 5. Fitur analyze untuk membantu pengguna dalam analisis data;

6. Fitur research untuk mengetahui penelitian NCBI dan proyek

kolaboratif lainnya. Disebalah kanan terdapat sumber basis data
yang populer digunakan. Pada bagian atas terdapat kotak search
engine yang memudahkan dalam mencari dokumen/file yang
dibutuhkan.

3. Pencarian Nukleotida dalam NCBI

a) Urutan nukleotida dapat dicari dengan memilih nucleotide pada kotak

all database dan mengisi kotak search dengan nukleotida yang ingin
dicari, misalnya ”ERALPHA” lalu klik search.

ERALPHA merupakan salah satu dari dua jenis utama reseptor

estrogen, yang diekpresikan dalam trofoblas manusia dan meningkat
selama diferensiasi syncytiotrophoblast. ERALPHA dikodekan oleh
gen ESR1 (Estrogen Receptor 1). (Kumar dkk, 2009).
b) Muncul beberapa hasil pencarian terkait nukleotida ERAPLHA yang
terdapat pada berbagai organisme.

c) Klik salah satu hasil pencarian nukleotida tersebut, misalnya “Canis

familiaris partial mRNA for ERalpha protein (eralpha gene)”.
Informasi terkait gen tersebut akan muncul dalam format genbank.
Format genbank menyimpan urutan dan penjelasannya bersama-sama.
Awal bagian anotasi ditandai dengan garis yang dimulai dengan kata
“LOCUS”. Awal bagian urutan ditandai dengan garis yang dimulai
dengan kata “ASLI” dan bagian akhir ditandai oleh garis dengan
hanya “//”. File GenBank biasanya berakhir dengn .gb atau kadang-
kadang .gbk. (Anonim, 2014).
 Sequence Length

Accession Number

Locus Name Modification Date

Molecule Type GenBank Division

Version Number

Locus name : letak suatu gen dalam kromosom. Lokus

name dalam laporan ini A3313195.

Accession number : nomor akses suatu gen atau protein dalam

NCBI. Accession number dalam laporan ini
A3313195.1
 Sequence length : panjang sekuen nukleotida atau protein.
Sequence length dalam laporan ini adalah 748
bp.

Molecule type : tipe molekul yang diakses; bisa berupa

DNA, RNA maupun protein. Molekul type
dalam laporan ini adalah mRNA

Modification date : tanggal terakhir data tersebut diubah.

Modification date dalam laporan ini adalah
mam 23-JUL-2016
(Setiawati, 2015).
Version : nomor identifikasi bagi sekuen yang telah
mengalami koreksi atau perbaikan dari sekuen
sebelumnya. Version biasanya mirip dengan
Accession Number (AC), namun dengan
tambahan angka setelah titik yang terletak di
belakang AC sesuai dengan urutan versi
perbaikannya. Contoh : A3313195.1
merupakan sekuen dengan AC = A3313195.
Definition : mengandung informasi yang
mendeskripsikan sekuen tersebut.
KeyWord : Kata kunci untuk mendapatkan data
tersebut, selain dengan accession number.
Kata kunci biasanya berdasarkan struktur,
fungsi atau kategori lainnya.
Source Organism : Nama ilmilah dari organisme yang menjadi
sumber diperolehnya sekuen tersebut dan
klasifikasi taksonomi dari organisme sumber
Reference Number : Menunjukkan nomor urutan referensi yang
menjadi sumber diperolehnya data sekuen
tersebut.
Reference Author : Daftar pengarang dari referensi tersebut.
(Michelia, 2011)
d) Klik FASTA pada bagian kiri atas (kotak merah, di bawah tulisan
GenBank) untuk melihat urutan nukleotida dalam format FASTA.
Urutan nukleotida akan muncul dalam format FASTA. Fasta
merupakan salah satu tipe file sekuen dari beberapa tipe file format
sekuen protein yang tersedia di genbank (database penyedia protein).
Tipe file Fasta lebih populer dibandingkan format sekuan protein
lainnya karena cukup sederhana dan formatnya lebih mudah dibaca oleh
banyak program komputer yang digunakan untuk analisis
bioinformatika. (Christinawati dkk, 2010).

e) Ada beberapa cara untuk menyimpan data urutan nukleotida. Untuk

menyimpan file dalam format FASTA, maka klik send  complete
record  file  FASTA  create file.
f) Bila telah mempunyai akun NCBI, maka data FASTA dapat
ditambahkan dalam akun dengan cara klik send  complete record 
collection  add to cellection.

g) Selain itu, FASTA juga dapat disimpan dengan cara klik send 
complete record  clipboard  add to clipboard. Data FASTA akan
secara otomatis tersimpan pada clipboard sehingga dapat sewaktu-
waktu dibuka.
4. Pencarian Urutan Protein dalam NCBI

a) Langkah-langkah dalam mencarai urutan protein hampir sama saat

mencari urutan nukleotida. Buka website NCBI:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

b) Pada kotak all database pilih protein dan pada kotak search tulis
nama protein yang ingin dicari. Misalnya, insulin lalu klik search.
Insulin adalah hormon alami yang dikeluarkan oleh pankreas, yang
dibutuhkan oleh sel tubuh untuk mengubah dan menggunakan
glukosa darah (gula darah) dari glukosa, sel membuat energi yang
dibutuhkan untuk menjalankan fungsinya. (Rismayanthi, 2010).
c) Muncul beberapa hasil pencarian terkait protein yang dicari yang
terdapat pada berbagai organisme.

d) Klik salah satu link, maka akan muncul informasi terkait gen tersebut
dalam format GenPept. Format GenPept adalah format yang berasal
dari format GenBank tetapi GenPept untuk protein sedangkan
GenBank untuk Nukleotida. (Anonim, 2014).
 e) Klik FASTA pada bagian atas untuk melihat urutan protein dalam
format FASTA.

f) Data urutan protein dapat disimpan dengan cara yang sama seperti
pada penyimpanan data urutan nukleotida.

5. Penyejajaran Urutan Nukleotida/Protein

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yang terdapat pada sisi
kanan homepage NCBI. BLAST merupakan suatu alat pencari
 digunakan untuk penyejajaran sekuen yang mirip dengan sekuen
meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui
GenBank DNA database waktu singkat. (Anonim, 2019).

6. Berikut merupakan tampilan basis data BLAST:

7. Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu:

a) Nucleotide blast (blastn): membandingan suatu sekuen nukleotida

yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.
 b) Protein blast (blastp): membandingkan suatu sekuen asam amino
yang kita miliki dengan database sekuen protein.

c) Blastx: membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah

sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan
database sekuen protein.

d) tblastn: membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki

dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi
pada semua pembaca 6 frame.

e) tblastx: membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

Selain itu, pada bagian bawah terdapat program khusus yang makin
mempermudah dan mendukung pencarian. (Anonim, 2019).

D. PERTANYAAN DISKUSI
1. Mengapa Human Genome Project penting dalam perkembangan ilmu
biologi sel dan molekuler?
Jawab: Human Genome Project penting dalam perkembangan ilmu
biologi sel dan molekuler karena untuk memetakan genom manusia
sampai tingkat nukleotid atau basepair dan untuk mengidentifikasi
seluruh gen yang ada di dalamnya. (Edi, 2017).
2. Apakah definisi ilmu bioinformatika?
Jawab: Ilmu Bioinformatika yaitu penggabungan beberapa disiplin ilmu
seperti matematika, statistika, komputer, biokimia, genetika, dan biologi
molekuler yang berkembang karena disebabkan oleh human genome
project dan berkembangnya teknologi sekuen DNA. (Edi, 2017).
3. Mengapa mahasiswa farmasi perlu mempelajari ilmu bioinformatika?
Jawab: Mahasiswa farmasi perlu mempelajari ilmu bioinformatika
karena untuk membantu para ilmuwan untuk mendesain molekul obat
baru selain itu karena ilmu bioinformatika digunakan untuk identifikasi
agen penyakit baru, penemuan obat dan vaksin, mengidentifikasi bakteri
 dan mikrobra yang berguna dalam pembersihan limbah, bioteknologi,
terapi gen dan pengobatan personal. (Edi, 2017).
4. Apakah yang dimaksud dengan BLAST dan aplikasinya?
Jawab: BLAST merupakan suatu alat pencari yang digunakan untuk
penyejajaran sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita
miliki melalui genbank DNA database dalam waktu singkat. (Anonim,
2019).
5. Apakah yang dimaksud NCBI?
Jawab: NCBI (National Center for Biotechnology Information)
merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi
perkembangan biologi molekuler, dimana membuat basis data yang
dapat diakses oleh publik, meransang riset biologi terkomputasi,
mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan
informasi biomedical. (Anonim, 2019).
Daftar Pustaka
Anonim. 2014. GenBank Format. (Online) http://sckit-
bio.org/docs/0.5.2/generated/skbio.io.format.genbank.html diakses pada 4
November 2019 pukul 17.55 WIB
Anonim. 2019. Panduan Praktikum Biologi Sel dan Molekuler.Yogyakarta:
Universitas Sanata Dharma.
Christinawati I, Simamora N, Tampubolom S, Pinen A. 2010. Sequence
Alignment Menggunakan Algortima Smith Waterman. Jurnal vol II.
Edi. 2017. Bioinformatika: Komputer + Statistika + Matematika + Biologi.
Jurnal Technology Informatic & Computer System Vol VI no 1: 23-25
Kumar P., Kamat A., Mendelson CR. 2009. Estrogen Receptor Alpha
(Eraplha) Mediates Stimulatory Effects Of Estrogen on Aromatase (CYP19) Gene
Expression in Human Placenta. (Online)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19299445 diakses pada 4 November 2019
pukul 17.05 WIB
Michelia, R. 2011. Nucleotide Data Retrieval Menggunakan Situs NCBI.
(Online) http://sckit-bio.org/docs/2011/08/18/nucleotide-dta-retrieval-ncbi/
diakses pada 4 November 2019 pukul 18.25 WIB
Ridley, M. 2006. Genome. New York, NY: Harper Parennial.
Rismayanthi, C. 2010. Terapi Insulin sebagai Alternatif Pengobatan Bagi
Penderita Diabetes. Jurnal vol VI no 2 : 29-36
Setiawati, A. 2015. Aplikasi NCBI dalam Bioinformatika. Yogyakarta:
Sanata Dharma University Press.