PROBLEMAS

1. La secuencia de nucleótidos de una cadena de DNA de una doble hélice es 5’-

GGATTTTTGTCCACAATCA-3’. ¿Cuál es la secuencia de la cadena complementaria?

3´-CCTAAAAACAGGTGTTAGT-5´
5’-GGATTTTTGTCCACAATCA-3’

2. El fragmento de DNA de la Figura 5.1 tiene una doble cadena en cada extremo, pero una
cadena sencilla en el centro. Se indica la polaridad de la cadena superior. ¿El fosfato (PO4) que
se muestra en la cadena inferior está en el extremo 5’ o en el 3’ del fragmento al cual está
unido?

El grupo fosfato se encuentra en el extremo 5´ de la cadena inferíor

3. Mire cuidadosamente las estructuras de las moléculas que aparecen en la Figura 5-2.
A. ¿Qué esperaría que pasara si la dideoxicitidina trifosfato (ddCTP) se añadiera a una reacción
de replicación del DNA en exceso por encima de la concentración de deoxicitidina trifosfato
(dCTP)? ¿Se incorporaría en el DNA? Si así fuera, ¿Qué sucedería después? Razone la
respuesta.

En primer lugar la dideoxicitidina trifosfato (ddCTP), en su estructura de la posición 3’ no

presenta el oxígeno que hace que se una con otros nucleótidos formando enlaces fosfodiéster
lo cual una vez unida al DNA el proceso de replicación se detiene, porque ya no presenta la
condiciones de replicación de DNA por falta de oxígeno en la posición 3’ de la pentosa.

B. ¿Qué pasaría si se añadiera ddCTP a un 10% de la concentración de dCTP?

Pues ya no habría más unión de nucleótidos, debido a la falta de oxígeno en la posición 3’ de la

pentosa de la ddCTP, es decir se detendría la replicación de DNA.

C. ¿Qué efectos esperaría si se añadiera dideoxicitidina monofosfato (ddCMP) a la reacción de

replicación del DNA en exceso o a un 10% de la concentración de dCTP?
Pues ddCMP, no podría unirse por que no presenta la energía necesaria para unirse con el dCTP,
con lo cual la replicación del DNA se detendría o ……

4. ¿De qué forma esperaría que afectara la pérdida de la actividad exonucleasa correctora de
pruebas 3’ a 5’ de la DNA polimerasa a la fidelidad de la síntesis de DNA en E. coli? ¿De qué
forma afectaría su pérdida a la velocidad de síntesis del DNA? Razone su respuesta.
En caso de algún error en la cadena no se podría reparar y que no se podría romper las cadenas
de DNA al no lograr la reparación se pierde la fidelidad y se produciría una mutación o la no
sobrevivencia de la célula, la velocidad de síntesis del DNA es la misma pero no es la correcta
replicación.

5. Ha descubierto un nuevo organismo que crece en las profundidades oceánicas en un

ambiente hostil de corrientes hidrotermales. Al caracterizar su replicación, descubre para su
sorpresa que replica las dos cadenas de forma continuada utilizando dos DNA polimerasas:
una que sintetiza el DNA en el sentido 5’ a 3’ habitual y una segunda que sintetiza el DNA en
el sentido 3’ a 5’. Ambas polimerasas utilizan los nucleótidos 5’-trifosfato estándar para añadir
nucleótidos a las cadenas de DNA en crecimiento. Está sorprendido en encontrar que ambas
cadenas de DNA recién sintetizadas estén hechas con el mismo grado elevado de fidelidad que
caracteriza la síntesis de DNA en E. coli.

A. Describa brevemente los cuatro procesos que contribuyen a la gran fidelidad de la

replicación del DNA en E. coli.
 La elevada especificidad del apareamiento de las bases formando pares de adenina-
timina y citosina-guanina.
 La elevada especificidad de las polimerasas que incorporan los desoxinucleotidos que
forman pares complementarios al ADN que se está copiando.
 Utilización de un ADN iniciador que al ser eliminado y reemplazado por el segmento de
ADN correspondiente provoca que estas zonas sean rectificadas siempre.
 Existencia de un mecanismo de rectificación de errores.

B. Explique porqué es sorprendente que ambas cadenas de este nuevo organismo se replique
con gran fidelidad.

Porque ambas cadenas son sintetizadas de forma continuada, cuando lo normal es que una sea
retardada dando lugar a los fragmentos de Okasaki.

C. Sugiera al menos dos vías por las que se puede conseguir esta gran fidelidad. Si necesita
inventar enzimas adicionales que realicen funciones específicas, describa sus actividades.

6. Muchos orígenes de replicación de los embriones tempranos de Drosophila están activos, de

manera que se pueden observar varios en una sola electromicrografía, como se muestra en la
Figura 5-3.
a. Identifique las cuatro burbujas de replicación en la Figura 5-3. Indique las localizaciones
aproximadas de los orígenes en los que empezó cada burbuja y numere las horquillas de
replicación de la 1 a la 8 y de izquierda a derecha.

b. ¿Cuánto cree que tardaran las horquillas 4 y 5 en encontrarse?¿Y las horquillas 7 y 8? La

distancia entre nucleótidos en el DNA es de 0.34 nm, y las horquillas de replicación eucariotas
se desplazan a una velocidad de unos 50 nucleótidos/segundo. Para este ejercicio no tenga en
cuenta los nucleosomas que son evidentes en la Figura 5-3 y considere que el DNA está
completamente extendido.

7. Suponiendo que no hay restricciones de tiempo en la replicación del genoma de una célula
humana, ¿Cuál sería el número mínimo de orígenes de replicación que se necesitarían?. Si la
replicación tuviera que llevarse a cabo en una fase S que durara 8 horas y las horquillas de
replicación se desplazaran a una velocidad de 50 nucleótidos/segundo, ¿Cuál sería ahora el
número mínimo de orígenes de replicación necesarios para replicar el genoma humano? (Tener
en cuenta que el genoma humano consta de un total de 6.4 x 109 nucleótidos en 46
cromosomas.)