Tugas Praktikum 10 THP 411 A’53

Kelompok 3

Devi Kartika Prameswari C34160001

Ismail C34160024
Novianty fuji Astuti C34160055
Amalia Rahmadhani C34160063
Ridwan Yusuf C34160080

Bagian I. Blast-n

1. Sekuens 1:
ACCCTAATGGCAAGCCTCCGAAAAACTCACCCGCTACTAAAAATCGCTAACGACGCACTA
GTTGACCTTCCTACCCCCTCTAATATCTCTGCATGATGAAACTTTGGCTCACTACTTGGCCT
TTGCCTTATTTCTCAAATCCTTACAGGACTATTCCTCGCAATACACTACACCCCTGATGTCG
AATCAGCCTTCGCCTCAGTAGCCCACATTTGCCGAGATGTCAACTTCGGTTGACTCATCCG
GAACCTCCACGCAAACGGGGCCTCTTTCTTCTTTATCTGCATCTACTTCCACATCGGCCGA
GGACTTTACTA5CGGCTCTTACCTATACAAGGAAACATGAAACATCGGAGTAGTACTCCTA
CTCCTAGTTATGATGACCGCCTTCGTTGGCTACGTCCTTCCC

Tugas Anda: Lengkapi tabel dibawah ini:

Kode Hasil Analisis Query E-value Persen Kode Keterangan

(Nama Gen, coverage homologi Akses tambahan
Nama Species) NCBI dan
yang komentar
diperoleh anda
terhadap
hasil yang
diperoleh
Sekuens Thunnus albacares 100% 0.0 100% KC522353.1 Gen di
1 tRNA-Glu gene dapat dari
mitokondria
dan genome
lengkap
Thunnus albacares 100% 0.0 100% KF777800.1 Gen di
isolate YFT5 dapat dari
cytochrome b gene
mitokondria
dan genome
lengkap
Thunnus albacares 100% 0.0 100% JQ434039.1 Gen di
isolate TALB3 dapat dari
tRNA-Glu gene
mitokondria
dan genome
lengkap
Thunnus albacares 100% 0.0 100% EU349386.1
voucher 71309
tRNA-Glu gene
Thunnus albacares 100% 0.0 100% JN086153.1 Gen di
voucher TY02-2316 dapat dari
 mitochondrion, mitokondria
complete genome dan genome
lengkap

Nilai e-value 0,0 menyatakan hasil perbandingan identik. Persantase miripan sequende
memiliki homologi 100% yang dapat dinaytakan signifikan ( Maulid et al. 2016)

Bagian 2. Perancangan primer

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB259290.1

FASTA:

>AB259290.1 Morganella morganii hdc gene for histidine decarboxylase, complete cds, strain: JCM 1672
CTTTTGAAAAACAAGAGGTAATTAAGTATGACTCTGTCTATCAATGATCAAAACAAACTTGATGCA
TTCT
GGGCTTATTGCGTAAAAAACCAGTATTTCAACATCGGCTATCCTGAATCAGCAGATTTCGATTACA
CCAA
CCTGGAACGTTTCTTACGTTTCTCCATCAACAACTGCGGTGACTGGGGCGAATATTGCAACTACCT
GCTG
AACTCTTTCGATTTCGAGAAAGAAGTGATGGAGTATTTCGCAGACCTGTTCAAAATTCCGTTTGAA
CAAA
GCTGGGGTTATGTGACCAACGGCGGTACCGAAGGTAACATGTTCGGTTGCTACCTGGGCCGTGAA
ATCTT
CCCTGACGGTACCCTGTACTATTCAAAAGATACTCACTATTCCGTTGCGAAAATCGTTAAATTACT
GCGT
ATCAAATCTCAGGTTGTTGAATCTCTGCCAAACGGCGAAATCGACTATGACGATCTGATGAAAAA
AATCG
CTGACGATAAAGAAGCGCATCCGATCATTTTCGCTAACATCGGTACCACTGTCCGCGGTGCTATTG
ATGA
TATCGCTGAAATCCAGAAACGCCTGAAAGCAGCCGGTATCAAACGTGAAGATTACTACCTGCACG
CTGAT
GCGGCACTGAGCGGCATGATCCTGCCATTCGTTGATGATGCACAGCCATTCACTTTTGCTGACGGT
ATCG
ACTCAATCGGTGTTTCCGGCCACAAAATGATTGGTTCGCCAATCCCTTGCGGTATCGTTGTTGCGA
AGAA
AGAAAACGTGGATCGTATTTCTGTTGAAATCGACTACATCTCCGCACACGACAAAACCATCACCGG
TTCA
CGTAACGGTCACACACCACTGATGCTGTGGGAAGCTATCCGTTCACATTCAACTGAGGAATGGAA
ACGCC
GCATCACCCGCAGTCTGGATATGGCTCAGTACGCTGTTGACCGTATGCAGAAAGCCGGTATCAATG
CATG
GCGCAACAAAAACTCCATTACTGTTGTGTTCCCTTGCCCGTCAGAACGCGTCTGGAGAGAACATTG
CCTG
GCAACGTCCGGCGACGTGGCTCACCTGATCACCACCGCGCACCATCTGGATACCGCGCAGATCGA
CAAAC
TGATCGACGACGTTATCGCGGATTTTAACTTACACGCGGCATAAAAAAA

Primer pair 2
Sequence (5'->3') Template strand Length Start Stop Tm GC% Self complementarity
Forward
ATGTTCGGTTGCTACCTGGG Plus 20 319 338 60.04 55.00 6.00
primer
Reverse
AACGGATAGCTTCCCACAGC Minus 20 883 864 60.11 55.00 6.00
primer
Product
565
length
Primer pair 3
Sequence (5'->3') Template strand Length Start Stop Tm GC% Self complementarity
Forward
CCGTTTGAACAAAGCTGGGG Plus 20 268 287 59.97 55.00 6.00
primer
Reverse
TGTCGTGTGCGGAGATGTAG Minus 20 823 804 59.83 55.00 2.00
primer
Product
556
length

Forward primer 2

Reverse primer 2
Forward primer 3

Reverse primer 3

DAFTAR PUSTAKA

Maulid DY, Nurilmala M, Nurjanah, Maddupa. 2016. Karakteristik molakuler cythocrome b

untuk DNA barcoding ikan tenggiri. Jurnal pengolahan hasil perikanan Indonesia.
19(1): 9-16