Pada tahun 1958, Mattew Maselson berhasil membuktikan bahwa replikasi DNA

berlangsung dengan mekanisme semi konservatif. Model semi konservatif menggambarkan

bahwa untaian molekul DNA anakan (baru) terdiri dari pasangan untai DNA induk dan DNA
anakan. Untai DNA anakan akan dibentuk dari arah 5’ ----> 3’ secara komplementer
berdasarkan untai DNA induk sebagai template. Secara ringkas, proses replikasi DNA dapat
dibagi ke dalam 5 tahapan, yaitu :
1. Denaturasi

Sebelum replikasi dimulai, DNA akan mengalami perubahan struktur yang memungkinkan
terjadinya proses replikasi. Denaturasi akan berawal dari titik yang disebut ori (origins of
replication), yang ditandai adanya buble of replication, pembukaan ikatan hidrogen yang
menyebabkan pembukaan untaian DNA induk akan membentuk suatu struktur yang disebut
garpu replikasi (replication fork). Dari awalan garpu replikasi inilah DNA induk sebagai
template akan terbuka secara bertahap, dan kemudian direplikasi.

Gambar 1. Titik Ori dan Buble of Replication

Untaian DNA induk akan mengalami denaturasi, yaitu proses pemutusan ikatan hidrogen
antara basa-basa nitrogen penyusun DNA. Ikatan hidrogen A-T dan G-C akan diputuskan
melalui proses enzimatik oleh enzim girase pada prokariot, sedangkan pada eukariot oleh enzim
helicase. Selama pembukaan ikatan hidrogen, agar molekul DNA tidak menjadi tegang, maka
diperlukan bantuan enzim topoisomerase untuk melonggarkan lilitan DNA induk. Setelah
untaian DNA induk terbuka, maka agar untai yang telah terbuka tidak berikatan kembali, maka
untai DNA induk akan diikat oleh protein SSB (Singel Strand Binding).
 Gambar 2. Garpu Replikasi

Gambar 3. Pembukaan Untai DNA

Kedua untai DNA anakan disintesis dengan arah geometris yang berlawanan, satu untai DNA
anakan dibentuk searah pembukaan garpu replikasi yang menjadi untai kontinu (leading strand),
sedangkan satu untai lagi disintesis berlawanan dengan pembukaan garpu replikasi yang menjadi
untai diskontinu (lagging strand), menghasilkan berupa fragmen-fragmen yang disebut fragmen
Okazaki.

2. Inisiasi

Proses inisiasi atau pengawalan dimulai pada titik ori. Pada prokariotik, hanya diperlukan
satu titik ori, sedangkan pada eukariot diperlukan banyak titik ori. Titik ori ditandai dengan
susunan 245 pb yang mengandung urutan nukleotida TTATCCACA sebanyak 4 kali.
Untuk memulai polimerisasi untai DNA anakan diperlukan primer, yaitu suatu molekul yang
digunakan untuk mengawali proses polimerisasi untai DNA baru. Molekul primer dapat berupa
DNA, protein spesifik, atau RNA.
 RNA primer terdiri dari untaian 10-12 nukleotida yang disintesis oleh RNA polymerase.
Sedangkan pada E. coli, sintesis RNA primer dilakukan oleh kompleks protein yang disebut
primosom, yang terdiri atas enzim khusus yang disebut primase.
Primer yang telah disintesis kemudian menempel (anneal) pada DNA induk yang menjadi
template. Molekul primer ini digunakan untuk awalan polimerisasi untai DNA anakan yang
komplementer dari untai DNA induk. Pada leading strand hanya diperlukan 1 primer,
sedangkan pada lagging strand diperlukan banyak primer.

3. Elongasi

Aktivitas elongasi ditandai dengan adanya polimerisasi untai DNA anakan yang dimulai dari
primer, rangkaian nukleotida pada untai anakan bersifat komplementer dengan untai DNA induk.
Aktivitas polimerisasi ini akan berlangsung dari arah 5’ ----> 3’.

Gambar 4. Polimerisasi DNA

Pada tahap ini diperlukan dNTP, yaitu molekul deoksiribonukleotida trifosfat yang terdiri
dari dATP, dTTP, dGTP, dan dCTP sebagai bahan monomer untuk pembentukan polimer untai
DNA anakan. Proses polimerisasi monomer dNTP akan dibantu dengan enzim DNA polimerase.
DNA polimerase berperan merangkai untai DNA baru pada leading strand membentuk untai
kontinu, dan pada lagging strand membentuk untai diskontinu yang disebut fragmen Okazaki.
Untaian DNA baru terbentuk dari dNTP yang merupakan prekursor. Nukleotida dari dNTP
membentuk pasangan basa dengan nukleotida komplementer pada untai cetakan, membentuk
ikatan ester pada ujung 3’-hidroksil bebas di ujung rantai yang sedang tumbuh, dan pirofosfat
dilepaskan.
 Gambar 5. Polimerisasi DNA

Pelepasan pirofosfat dan pemutusan selanjutnya oleh pirofosfatase menghasilkan energi yang
mendorong proses polimerase lebih lanjut. Ada beberapa perbedaan sistem replikasi DNA
eukariot dengan prokariot. Pada prokariot, DNA polimerase terdiri atas tiga jenis yaitu DNA
polimerase I, DNA polimerase II, dan DNA polimerase III. Sedangkan pada eukariot, enzim
DNA polimerase terdiri atas 5 jenis yaitu DNA polimerase α, β, ε, γ, dan δ.
Pada prokariot, DNA polimerase III yang berperan dalam proses polimerisasi. Sedangkan
pada eukariot, yang berperan dalam polimerisasi adalah DNA polimerase α dan γ (pada
mtDNA). Proses replikasi akan berlangung secara bidireksional. Sedangkan DNA polimerase
lainnya berperan dalam proses reparasi DNA.

4. Ligasi

Pada fragmen okazaki, DNA polimerase akan terdisosiasi ketika bertemu dengan ujung 5’P-
RNA primer. Sedangkan pada leading strand baru akan terdisosiasi pada titik terminasi.
Bagian RNA primer pada fragmen okazaki selanjutnya akan didegradasi oleh enzim DNA
polimerase I.

Gambar 6. Fragmen Okazaki

Maka untuk menyambungkan antar fragmen tersebut menjadi untai yang kontinu, diperlukan
sebuah sambungan dengan bantuan enzim ligase.

5. Terminasi

Pada prokariot, replikasi genom berbentuk lingkar berakhir pada waktu kedua garpu replikasi
bertemu pada suatu titik. Titik tempat pengakhiran replikasi disebut sisi terminasi, yang ditandai
dengan urutan AATTAGTATGTTGTAACTAANT, urutan ini diperlukan untuk menghentikan
garpu replikasi yang mendekati daerah tersebut dari ujung 5’.
Pada eukariot, replikasi genom berbentuk linier. Urutan konsensus sisi terminasi pada
vertebrata termasuk manusia adalah TTAGGG/AATCCC. Pada saat menjelang akhir replikasi,
kedua untai DNA hasil replikasi masih saling berlilitan, maka harus segera dipisahkan sehingga
dapat diturunkan ke sel anakan.