KERAGAMAN MORFOLOGI DAN MOLEKULER EMPAT KELOMPOK KULTIVAR JAGUNG (Zea mays

L.)
YENI FATMAWATI
Universitas Gadjah Mada, 2016 | Diunduh dari http://etd.repository.ugm.ac.id/

I. PENDAHULUAN

1. Latar Belakang
Jagung (Zea mays) merupakan salah satu serealia yang strategis dan bernilai ekonomi
karena kedudukannya sebagai sumber utama karbohidrat dan protein kedua setelah
beras.Sebagai salah satu sumber bahan pangan, jagung telah menjadi komoditas utama
setelah beras.Bahkan di beberapa daerah di Indonesia, jagung dijadikan sebagai bahan
pangan utama.Tidak hanya digunakan sebagai bahan pangan tetapi untuk pakan ternak dan
industri. Hampir seluruh bagian tanaman jagung dapat dimanfaatkan untuk berbagai
macam keperluan yaitu pakan ternak, pupuk hijau atau kompos, kertas, bahan baku
farmasi, perekat, tekstil, minyak goreng, etanol dan sebagainya (Purwanto, 2008). Menurut
(BPS, 2015) produksi jagung tahun 2015 sebanyak 20,67 ton pipilan kering atau
mengalami kenaikan sebanyak 1,66 juta ton (8,72 %) dibandingkan tahun 2014.
Plasma nutfah jagung yang tumbuh dan dibudidayakan mempunyai banyak jenis atau
kultivar.Para ahli botani mengidentifikasi keragaman genetik tanaman jagung ke dalam ras-
ras. Berbagai macam kultivar jagung nasional telah dikeluarkan dan diproduksi di dalam
negeri, seperti jagung manis, jagung lokal (biasa), jagung popcorn (berondong), jagung
hibrida, dan sebagainya. Penghasil utama tanaman jagung adalah tongkol jagung atau
bijinya. Dari beberapa jenis jagung akan menghasilkan tongkol yang berbeda-beda pula
yang sesuai dengan jenisnya. Selain itu, beberapa kultivar atau jenis tersebut memiliki
bentuk biji jagung yang bermacam-macam. Beberapa bentuk biji jagung yaitu tipe jagung
gigi kuda (dent), mutiara (flint corn), sweet corn, pop corn, flour corn, pod corn dan waxy
corn (Purwono dan Hartono, 2005). Jenis jagung yang sering di budidayakan dan
dikonsumsi oleh masyarakat kebanyakan adalah jagung manis, jagung hibrida dan jagung
berondong.
Jagung manis sebagai bahan pangan dipanen saat masih muda, biasannya dikonsumsi
segar, dikalengkan dan dibekukan atau didinginkan (Klingman, 1965). Jagung manis
memiliki kandungan gula yang tinggi pada stadia masak susu dan permukaan kernel yang

1
 KERAGAMAN MORFOLOGI DAN MOLEKULER EMPAT KELOMPOK KULTIVAR JAGUNG (Zea mays
L.)
YENI FATMAWATI
Universitas Gadjah Mada, 2016 | Diunduh dari http://etd.repository.ugm.ac.id/

menjadi transparan dan berkerut saat mengering, jagung ini termasuk tipe saccharata
(Syukron dan Rifianto, 2013). Jagung jenis dent memiliki permukaan kernel yang bening
dan keras, dengan biji mengandung banyak sari tepung (Johnson, 1991). Jagung jenis
mutiara (flint) memiliki biji keras dan licin, jagung jenis lokal Indonesia umumnya tipe
jagung mutiara.Pada jagung tipe everta atau jagung berondong sangat digemari masyarakat
di seluruh dunia untuk dikonsumsi sebagai snack.Jagung berondong memiliki banyak tipe
dan warna seperti jagung berondong kuning dan merah. Jagung berondong merah juga
disebut sebagai jagung berondong stroberi, banyak digemari karena keindahan warna
merah dan bentuknya seperti stroberi. Jagung berondong kuning memiliki biji yang lebih
besar daripada jagung berondong stroberi, sehingga lebih banyak dikomersialkan (Podojil,
2013).
Kelompok jagung dapat menunjukkan berbagai macam atau variasi berdasarkan sifat
yang muncul. Karakterisasi morfologi dan molekuler dapat menunjukkan adanya
keragaman genetik pada tanaman. Menurut Sudre et.al.,(2007) analisis keragaman suatu
populasi tanaman dapat dilakukan baik terhadap karakter morfologi dengan pengamatan
langsung terhadap fenotip tanaman atau karakter molekuler dengan menggunakan penanda
molekuler.
Karakter morfologi tanaman digunakan sebagai dasar pengenalan klasifikasi
tumbuhan. Karakter yang umum digunakan adalah sifat morfologi, seperti bentuk batang,
daun dan biji.Sifat morfologi dapat diamati dengan mudah dan praktis dibandingkan
dengan sifat-sifat lainnya. Namun demikian, sifat morfologi memiliki kekurangan yaitu
dipengaruhi oleh faktor lingkungan dan umur fisiologis tanaman, sehingga didukung
dengan karakter lainnya seperti karakter biokimia dan karakter molekuler untuk
menentukan dan mengidentifikasi keragaman baik interspesifik maupun intraspesifik
(Jones dan Luchisinger, 1986). Oleh karena itu, identifikasi secara molekular dibutuhkan
untuk melengkapi informasi morfologi dalam menentukan tetua yang digunakan dalam
perakitan kultivar (Pengelley dan Liu, 2001 cit Gavan et al., 2001).
Identifikasi secara molekular adalah suatu identifikasi pada tingkat DNA dan RNA
yang menawarkan keleluasaan dalam meningkatkan efisiensi dalam pemilihan tetua dengan
melakukan seleksi tidak langsung pada karakter yang diinginkan, yaitu pada penanda yang

2
 KERAGAMAN MORFOLOGI DAN MOLEKULER EMPAT KELOMPOK KULTIVAR JAGUNG (Zea mays
L.)
YENI FATMAWATI
Universitas Gadjah Mada, 2016 | Diunduh dari http://etd.repository.ugm.ac.id/

terkait dengan karakter tersebut (Yuwono, 2006). Salah satu penanda molekuler, yaitu
penanda Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) digunakan karena kemampuannya
untuk mendeteksi tingkat polimorfisme yang tinggi pada tanaman berdasarkan eksplorasi
genom yang luas (Williams et al., 1990).RAPD merupakan salah satu penanda molekuler
yang dapat digunakan untuk mendeteksi keragaman genetik pada tingkat DNA (Lengkong,
2005).Marka atau penanda tersebut berdasarkan pada reaksi rantai polimerase yaitu
Polimerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan sekuen-sekuen nukleotida sebagai
primer (Azrai, 2006).
Penelitian ini dilakukan untuk menentukan keragaman genetik berdasarkan karakter
morfologi dan molekuler pada empat populasi jagung, maka diperoleh informasi mengenai
hubungan kemiripan antar populasi (kelompok) kultivar jagung. Apabila keragaman
genetik dalam suatu populasi besar, akan menunjukkan individu populasi beragam sehingga
peluang untuk memperoleh genotipe yang diharapkan akan besar. Informasi keragaman
dari suatu populasi dengan populasi yang lain dapat digunakan untuk berbagai keperluan
seperti seleksi, pendugaan hubungan kemiripan dan kekerabatan, atau penggolongan suatu
spesies dalam taksonomi.
Untuk melengkapi karakterisasi morfologi dan molekuler dalam menganalisis
keragaman, maka dibutuhkan karakter dari sifat biokimia.Salah satu sifat biokimia yang
terdapat pada jagung yaitu kandungan antosianin dan sukrosa-pati. Antosianin memiliki
peran dalam pembentukan warna merah pada tanaman (Fosket, 1994). Pembentukan reaksi
antosianin dipengaruhi oleh beberapa gen seperti gen C2 (atau Chs) yang mengekspresikan
enzim kalkona sintase, gen Chi mengekspresikan kalkona isomerase dan gen Pr1
mengekspresikan warna bulir pada jagung (Sharma et.al.,2011), sedangkan gen Sh1 yang
bertanggung jawab pada enzim sukrosa sintase (Whitt et.al., 2002). Pengamatan
keberadaan gen terkait pada jagung didasarkan pada reaksi Polimerase Chain Reaction
(PCR). Hal ini dimaksudkan untuk mengetahui dan memverifikasi keberadaan gen-gen
tersebut pada jagung, sehingga pada penelitian ini diamati ada tidaknya gen terkait yang
mewakili pada empat populasi jagung (jagung hibrida, manis, berondong stroberi dan
berondong kuning).

3
 KERAGAMAN MORFOLOGI DAN MOLEKULER EMPAT KELOMPOK KULTIVAR JAGUNG (Zea mays
L.)
YENI FATMAWATI
Universitas Gadjah Mada, 2016 | Diunduh dari http://etd.repository.ugm.ac.id/

2. Tujuan Penelitian
Tujuan Penelitian ini adalah sebagai berikut,
1. Menentukan jarak kemiripan pada empat populasi kelompok jagung berdasarkan
karakter morfologi.
2. Menghitung nilai keragaman antar populasi dan dalam populasi jagung (Zea
mays).
3. Menghitung koefisien kemiripan pada empat populasi kelompok jagung
berdasarkan RAPD.
4. Menentukan perbedaan antar empat populasi kelompok jagung berdasarkan gen-
gen pembentuk senyawa antosianin dan sukrosa-pati.

3. Manfaat Penelitian
Manfaat penelitian ini adalah sebagai berikut,
1. Memperoleh nilai jarak kemiripan antar empat populasi kelompok jagung
berdasarkan karakter morfologi untuk membantu dalam kegiatan pemuliaan
tanaman.
2. Memperolehnilai keragaman antar dan dalam populasi jagung dengan penanda
RAPD dan informasi mengenai hubungan kemiripan secara genetik antar empat
populasi kelompok jagung.
3. Memperoleh informasi terkait keberadaan gen pembentuk senyawa antosianin
dalam menentukan perbedaan antar empat populasi kelompok jagung.
4. Memperoleh informasi terkait keberadaan gen pembentuk senyawa sukrosa-pati
dalam menentukan perbedaan antar empat populasi kelompok jagung.