BAB II

PEMBAHASAN

A. Pengertian Ribosom
Istilah ribosom berasal dari kata “ribo” yang artinya asam ribonukleat dan kata “soma”
yang artinya badan.

Istilah tersebut mengambil kata dari bahasa Yunani yang mulai dipergunakan sejak tahun
1958 oleh ilmuwan bernama Richard B. Robert. Organel sel ini memiliki ukuran yang sangat
kecil dengan diameter hanya 20 nanometer. Strukturnya berbentuk bulat dan biasa ditemukan
pada sitoplasma sel prokariotik dan sel eukariotik. Ribosom adalah organel sel yang
mempunyai bentuk kecil dimana berupa butiran. Beberapa jenis pada organel sel ini ada yang
terjadi secara bebas di sitosol dan lainnya melekat di retikulum endoplasma atau yang biasa
dikenal dengan sebutan membran nuklir. Ribosom adalah komponen sel yang membuat protein
dari semua asam amino. Ribosom umumnya terdapat terikat ke retikulum endoplasma dan
selaput inti, dan sebagian lainnya terdapat bebas dalam sitoplasma. Ribosom bertindak sebagai
mesin produksi protein dan akibatnya ribosom sangat melimpah pada sel yang sedang aktif
dalam sintesis protein. Sejumlah protein yang dihasilkan, diangkut ke luar sel. Ribosom
eukaryot diproduksi dan dirakit di dalam nukleolus. Ribosom dibagi menjadi dua subunit, satu
lebih besar daripada yang lain. Mengikat subunit kecil untuk mRNA, sedangkan mengikat
subunit yang lebih besar kepada tRNA dan asam amino

B. Sejarah Penemuan Ribosom

Saat pertengahan tahun 1950 menggunakan mikroskop elektron, seseorang peneliti asal
Romania yaitu “George Emil Palade” meneliti mengenai ribosom untuk pertama kalinya.
Penelitian tersebut membawa namanya meraih piala nobel di bidang psikologi dan kesehatan.
Organel sel ini diketahui tersusun dari 4 jenis rRNA dengan 80% jenis protein yang berbeda-
beda. Memiliki fungsi untuk sintesis protein, transkripsi DNA menjadi RNA, dan translasi
molekul mRNA menjadi rangkaian asam amino pembentuk protein.

Awal mula penemuan ribosom dipelopori oleh G. Garnier yang melaporkan bahwa sel
kelenjar eksokrin mengandung komponen basofil yang banyak. Substansi ini diwarnai dengan
pewarnaan basa. Kemudian Garnier member nama substansi tersebut ergastoplasma atau cairan
kerja. Ergastoplasma sering dijumpai pasda sel – sel dengan tingkat metabolisme tinggi.
Dengan penemuan mikroskop electron, para ilmuwan mendapati bahwa ergatoplasma
merupakan sejumlah granula dengan ukuran 20 nm dan sering ditemukan di membran
reticulum endoplasma.

Kemudian, proses kemajuan dalam memahami struktur ribosom secara terperinci, tidak
datang dari pengamatan dengan mikroskop elektron tetapi dari analisis komponennya dengan
ultrasentifugasi. Perkembangan teknik ultrasentrifugasi yang dimotori oleh Theodor Svedberg
(Swedia) sekitar 1925 – 1930-an berhasil menentukan laju sedimentasi protein. Penemuan
Svedberg ini kemudian dijadikan sebagai satuan ribosom yang disingkat (s). Sebagaimana
mikroskop elektron sebagai landmark bagi perkembangan sitologi, ultrasentrifugasi adalah
landmark bagi biokimia. Konvergensi dan komplementasi keduanya menyatukan hasil-hasil
pengamatan struktur sel (dalam hal ini organel sel) yang dikombinasikan dengan proses-proses
biokimia yang terjadi di dalamnya. Kegemilangan teknik sentrifugasi dilakukan oleh Albert
2
Claude antara 1940 – 1950-an untuk mengisolasi fraksi subselular. Keduanya mendasari
kelahiran biologi sel modern.

Pemahaman mengenai struktur ribosom kemudian dikembangkan secara berangsur-angsur

lebih dari 50 tahun. Pada tahun 1940 dan 1950, mikroskop elektron menunjukan bahwa
ribosom bakteri berbentuk oval dengan ukuran 29 nm x 21 nm, lebih kecil dari ribosom eukariot,
dan bermacam-macam ukuran kecil tersebut bergantung pada spesiesnya dengan ciri-ciri
sekitar 32 nm x 22nm. Dalam pertengahan 1950an penemuan ribosom adalah pada daerah
sintesis protein yang di stimulasi percobaan untuk menggambarkan struktur partikel ini dengan
lebih detail.

C. Struktur Ribosom

Ribosom merupakan organel berupa padatan yang tidak bermembran dan berukuran
sangat kecil (20 –25 nm). Ribosom tersusun sebagian besar atas RNA (Ribonucleic Acid)
sekitar 60% dan protein sebesar 40%. RNA ribosom (rRNA) disintesis didalam nukleolus inti
sel dan diekspor serta difungsikan di sitoplasma. Ribosom berfungsi sebagai alat untuk sintesis
protein. Ribosom yang bekerja menyintesis protein berada dalam suatu unit yakni gabungan
antara sub unit besar dan sub unitkecil (Rahman, 2007 : 5).

3
 1. Sub unit kecil
Pada sub unit kecil tersusun dari 1 rRNA dengan 21 protein dalam prokariota pada
bakteri dan 1 rRNA dengan 30 protein dalam eukariota pada mamalia. sub unit kecil
ribosom tidak memilikitonjolan yang mirip tangan tersebut.
2. Sub unit besar
Sementara untuk sub unit besar tersusun oleh 2 rRNA dengan 31 protein pada
prokariota dan untuk eukariota adalah 3rRNA dengan sekitar 49 protein. Secara tiga
dimensi, sub unit besar ribosom dapat digambarkan seperti mempunyaitangan
berjumlah tiga, sedangkan pada Kedua sub unit hanya bergabung ketikamelaksanakan
fungsinya dalam sintesis protein.
Di dalam ribosom diketahui terdapat 3 bagian yang memiliki fungsi tersendiri, yaitu
1. Bagian E (exit site), merupakan tempat keluarnya tRNA yang sudah terdeasilisasi
2. Bagian P (peptidil site), merupakan tempat pengikatan tRNA yang membawa rantai
polipeptida yang sedang tumbuh
3. Bagian A (aminoacyl site). merupakan tempat pengikatan tRNA yang membawa asam
amino yang akan ditambahkan pada rantai
Terdapat dua macam persebaran butiran nucleoprotein pada permukaan ribosoma:
1. Ribosom bebas adalah ribosom yang terdapat di sitoplasma. Protein yang dibuat oleh
ribosom bebas akan digunakandalam sitosol itu sendiri
2. Ribosom terikat adalag ribosom yang melekat pada membran intraseluler, terutama
padaRetikulum Endoplasma. Protein yang disintesis oleh ribosom terikat umumnya
dimasukkan ke dalam membran untuk pembungkusan organel tertentu, atau dikirim
keluar sel. Ribosom bebas dan terikat secara struktural identik dan dapat saling bertukar
tempat.

Ribosom pada organel :

1. Ribosom pada Mitokondria
Ribosom yang terdapat pada mitokondria sangat heterogen. Selain terdapat bebasdi
matriks organel, ribosom ini juga mampu berdisosiasi dengan membran krista.Ribsosom
sitoplasma menempel pada sisi luar membran mitokondria yang berhadapan dengan sitosol

4
 dan kemungkinan terlibat dalam sintesis proteinintramitokondria.Terdapat variasi ukuran
pada sub unit – sub unit dan monomer – monomer yangmembentuk ribosom pada organel.
Ribosom pada mitokondria ragi, jamur, protista dan tumbuhan tingkat tinggi memiliki
karakteristik koefisien sedimentasiantara 70– 80 S. Sedangkan pada sel hewan memiliki
koefisien sedimentasiantara 50– 60 S. Ribosom pada mitokondria hanya tersusun oleh dua
jenisrRNA.2.
2. Ribosom pada Kloroplas
Ribosom pada kloroplas memiliki koefisien sedimentasi 70 S dan terdiri dari subunit 50 S
dan 33 S. dalam hal ini, ribosom pada kloroplas serupa dengan ribosomyang terdapat pada
sel prokaryotik dan berbeda dengan ribosom sitoplasmik padasel eukaryotik.

D. Fungsi Ribosom
 Fungsi ribosom yang utama ialah memproduksi zat protein dalam sel untuk kemudian
dilakukan sintesis protein.
 Ribosom juga mempunyai peran penting untuk setiap aktivitas metabolisme yang
terjadi di dalam sel itu sendiri.
 Mengumpulkan asam amino dan mempersiapkan protein yang penting bagi aktivitas
sel.
 Mengatur dan menyediakan komponen yang dibutuhkan dalam sintesis protein serta
menjadi organel sel yang mengikat asam-asam amino pada sitiplasma.
Dalam menjalankan fungsinya, ribosom dibantu oleh beberapa komponen, yaitu :
1. mRNA
mRNA merupakan tempat cetakan protein. mRNA merupakan salinan suatu gendi dalam
DNA di dalam inti, yang kemudian diekspor menuju sitoplasma untuk diterjemahkan
sebagai protein dengan bantuan ribosom.
2. Asam amino
3. tRNA
tRNA merupakan pembawa asam amino spesifik. tRNA memiliki antikodontriplet yang
komplemen dengan kodon yang terdapat pada mRNA. Denganadanya komplementasi
antara kodon dengan antikodon, maka urutan asam aminoakan didikte oleh urutan kodon
mRNA.

E. Sintesis Protein
Sintesis protein adalah sebuah proses pengubahan asam amino yang melibatkan sintesis
RNA dan dipengaruhi DNA menjadi partikel protein (bahasa biologi “molekuler”). Selama
proses sintesis protein (biosintesis protein), molekul DNA (sumber pengkodean asam nukleat)
akan menjadi asam amino. Asam amino tersebutlah yang akan menyusun protein. Tapi proses
tersebut terjadi secara tidak langsung. adi prosesnya adalah molekul DNA pada sel akan
menjadi molekul RNA melalui proses transkripsi, selanjutnya molekul RNA inilah yang akan
terlibat langsung selama proses sintesis protein. Sehingga dalam sintesis protein ada tiga
komponen yang terlibat yaitu molekul DNA, RNA juga asam amino, hubungan ketiga
komponen tersebut dalam proses sintesis protein dikenal dengan “ Dogma sentral biologi”.
Rangkaian prosesnya secara singkat yaitu DNA -> RNA -> Protein, DNA membuat RNA dan

5
DNA, kemudian RNA membuat protein. Selanjutnya berdasarkan bukti-bukti penguatan
dogma tersebut yang telah ditemukan, akhirnya dogma diatas disebut sebagai aturan. Selain
memerlukan DNA dan RNA pada proses sintesis protein juga dibantu oleh enzim. Enzim
merupakan biomolekul yang berupa protein berfungsi sebagai katalis artinya senyawa yang
membantu mempercepat pada proses reaksi dan tanpa habis bereaksi yang terjadi dalam sebuah
reaksi kimia organik.
Proses Sintesis Protein :
Awal mula proses sintesis protein dilakukan oleh Paul Zamecnik yang melakukan
percobaan pengamatan proses tersebut pada tikus pada tahun 1950-an. Pada saat itu, Paul
menggunakan asam amino radioaktif yang dimasukkan ke dalam tubuh tikus. Kemudian
ditemukanlah dimana tempat terjadinya proses sintesis protein. Paul bersama Mahlom
melakukan penelitian dan diperoleh kesimpulan bahwa yang berperan dalam proses sintesis
adalah molekul RNA pemindah/ tRNA. Sebelum tRNA membawa asam amino, terlebih dahulu
RNAt mengenal urutan dari nukleotida sehingga dapat disusun sebagai asam amino. Hal ini
dibuktikan dalam sebuah penelitian oleh Francis Crick.
Tahapan-Tahapan Sintesis Protein :
1. Replikasi DNA

Replikasi merupakan sebuah proses yang terjadi di dalam nukleus sel dimana DNA
baru telah dihasilkan dari DNA induk dan proses replikasi ini dibantu oleh enzim helikase.
Enzim helikase pada proses replikasi DNA berperan untuk melepaskan basa dan juga ikatan
hidrogen yang terdapat pada rangkaian ikatan DNA di dalam nukleus sel. Dengan bantuan
enzim helikase dalam proses replikasi DNA maka induk DNA akan melakukan penggandaan
menghasilkan DNA baru yang bentuknya sama dengan induknya. Selain enzim helikase ada
juga enzim yang membantu proses replikasi DNA yang terjadi pada beberapa virus yaitu enzim
polimerase. Pendapat ini disampaikan oleh Baltimore, Temin dan Muzushima pada tahun 1970
yang menyampaikan ada beberapa virus dapat melakukan proses sintesis DNA berasal dari
RNA yang menghasilkan rantai tunggal dengan bantuan enzim yang disebut DNA polimerase.

6
 2. Transkripsi

Tahap selanjutnya adalah transkripsi. Pada tahap ini terjadi penguraian kode genetik
DNA yang terjadi di dalam sitoplasma dan membentuk tiga jenis RNA yaitu mRNA, tRNA
dan rRNA. Tahap transkripsi terjadi di sitoplasma dengan bantuan enzim RNA polimerase.
Dengan bantuan enzim tersebut, proses transkripsi ini diawali dengan proses pembukaan rantai
ganda pada DNA dan menghasilkan rantai tunggal yang mempunyai peran sebagai rantai sense
dan rantai yang lain yang berasal dari pasangan DNA berperan sebagai rantai anti sense.
Pada tahap transkripsi terbagi lagi menjadi tiga tahap sebagai berikut :

 Tahap Permulaan ( Inisiasi )

Pada proses replikasi kita mengenal terdapat daerah pangkal replikasi, pada transkripsi
ini kita akan mengenal promoter. Promoter merupakan daerah DNA tempat melekatnya
RNA polimerase sehingga dapat melakukan proses transkripsi. Setelah RNA melekat
pada promoter, kemudian promoter melakukan pengikatan terhadap sekumpulan
protein. Proses inilah yang disebut sebagai faktor transkripsi. Ketiga komponen yaitu
promoter, RNA polimerase dan faktor transkripsi dalam proses transkripsi disebut
sebagai kompleks inisiasi transkripsi, yang mana RNA polimerase mempunyai peran
sebagai pembuka rantai ganda pada DNA.
 Tahap Pemanjangan ( Elongasi )
Selanjutnya setelah terjadi pembukaan rantai ganda DNA oleh RNA polimerase, akan
terjadi penyusunan untaian nukleotida-nukleotida RNA oleh RNA dengan ketentuan
arah 5’ ke arah 3’. Kemudian pada tahap ini akan terjadi pemanjangan RNA yang
sejalan dengan proses terbentuknya pasangan DNA dengan basa nitrogen. Kemudian
karena RNA tidak mempunyai basa pirimidin (T) tapi mempunyai urasil (T),
selanjutnya RNA akan membentuk pasangan urasil (U) dengan dibantu oleh adenin

7
 (basa yang terdapat dalam rantai DNA). Sehingga pada rantai RNA terdapat tiga jenis
basa antara lain sitosin, guanin dan adenin yang akan berpasangan dengan basa
komplemen. Sesuai dengan aturan pasangan basa antara lain adenin berpasangan
dengan urasil dan guanin berpasangan dengan sitosin.
 Tahap Akhir ( Terminasi )
Pada tahap ini akan terjadi penyatuan kembali rantai DNA seperti semula. Kemudian
RNA polimerase akan terlepas dari rantai DNA dan akan membentuk mRNA yang baru.
Untuk Sel prokariotik yaitu sel yang tidak mempunyai nukleus (inti sel terbungkus oleh
membran), RNA hasil dari proses transkripsi akan aktif berperan menjadi mRNA
setelah melalui tahap tertentu. Akhirnya mRNA akan mempunyai tiga jenis urutan basa
nitrogen yaitu pada nukleotida mRNA dari hasil transkripsi yang disebut sebagai kodon
(triplet).

3. Translasi

Pada tahap ini terjadi proses translasi, yaitu proses penerjemahan. Kode kodon yang
berasal dari mRNA diterjemahkan sehingga menjadi asam amino yang akan membentuk
protein. Kode-kode yang berbeda dari masing-masing urutan pada basa nitrogen akan
diterjemahkan menjadi asam-asam amino yang berbeda pula. Sebagai contoh penerjemahan
yang terjadi pada asam amino fenilalanin yang merupakan hasil penerjemahan dari kodon tiga
basil urasil (UUU). Asam amino glisin merupakan hasil penerjemahan dari kode CGC, asam
amino serin merupakan hasil penerjemahan dari kode UCA, dan asam amino triptofan
merupakan hasil penerjemahan dari kode UGG. Pada tahap ini setidaknya untuk menghasilkan
protein yang berasal dari penerjemahan kodon mRNA membutuhkan 20 macam jenis asam
amino. Selanjutnya akan dihasilkan rantai polipeptida yang spesifik dari beberapa asam amino
sehingga pada tahap ini akan terbentuk protein yang spesifik pula.
Dalam proses translasi terdapat tiga tahap sebagai berikut :
 Tahap Permulaan ( Inisiasi )
Pada tahap ini terjadi pengikatan oleh bagian terkecil ribosom pembawa kode genetik
asam amino yang kemudian akan dibuat dan mengikat pada mRNA dan pada inisiator
8
 tRNA. Kemudian terjadi pembentukan komplek inisiasi dari molekul ribosom yang
mengikat secara bersama tiga molekul tersebut Kemudian molekul tRNA akan
melakukan pengikatan dan pemindahan asam amino yang dari sitoplasma ke bagian
ribosom tentunya dengan bantuan enzim dan juga energi GTP (guanosin trifosfat).
Dalam pemindahan ini pada ujung masing-masing tRNA membawa satu antikodon dan
satu asam amino. Terakhir pada tahap ini terjadi pengaktifan asam amino oleh tRNA
dan pada mRNA akan dihubungkan antara kodon dan antikodon.
 Tahap Pemanjangan ( Elongasi )
Tahap selanjutnya setelah asam amino sudah aktif, terjadi penghubungan oleh ikatan
peptida yang akan terbentuk ikatan polipeptida pada ujung tRNA pembawa asam amino.
Sebagai contoh asam amino fenilalanin akan dibawa oleh tRNA yang antikodonnya
adalah AAA sehingga kemudian berhubungan pada kodon mRNA UUU. Selanjutnya
rantai ikatan polipetida akan mengalami pemanjangan dikarenakan adanya
penambahan asam amino.
 Tahap Akhir ( Terminasi )
Selanjutnya pada tahap terminasi, setelah tRNA membawa antikodon dan kemudian
antikodon tersebut bertemu dengan kodon UGA, UAA dan juga UAG. Setelah itu akan
terjadi pelepasan rantai ikatan polipeptida yang sudah terbentuk, kemudian setelah
terlepas dari ribosom maka akan diolah menjadi protein yang bersifat fiungsional.