Mengetahui
Dosen Penanggung Jawab
A. Isolasi DNA.................................................................................................. 3
B. DNA ............................................................................................................. 5
C. Bentuk-Bentuk DNA.................................................................................... 6
B. Pembahasan ................................................................................................ 11
A. Kesimpulan ................................................................................................ 14
B. Saran ........................................................................................................... 14
i
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Mendel telah mengemukakan bahwa makhluk hidup dari induk kepada
keturunannya, maka dari itu muncul minat para ahli genetika untuk mengadakan
penelitian tentang faktor pembawa sifat tersebut. Para ahli melakukan beberapa
rangkaian percobaan yang disimpulkan bahwa: a. Inti sel yakni merupakan
organik sel yang penting bagi kehidupan sel, b. Potongan dari sel yang terdapat inti
akan tumbuh dan berkembang, c. Sel baru dari hasil pembelahan akan memiliki
sifat yang sama dengan sel induknya. Dapat kita ketahui bahwa
hubungan antara adanya inti dalam sel dengan sifat yang sama antara selinduk den
gan sel turunannya. Jadi pembawa sifat itu berada di dalam inti sel. Benda-benda
halus yang terdapat pada nukleus yang berbentuk seperti batang atau bengkok
dan terdiri dari zat yang mudah mengikat zat warna, benda-benda itu dinamakan
kromosom dan zat yang menyusunnya dinamakan kromatin.
Analisa kromosom biasanya dapat digunakan untuk menentukan tingkat
ploidi (diploid, triploid, dan sebagainya) dan karakteristik suatu spesies yang
dikenal dengan teknik karyotip. Dalam pengamatan ukuran serta jumlah kromosom
dapat dilakukan dengan pembuatan preparat kromosom. Jadi diperlukan
keterampilan khusus dalam pembuatan preparat kromosom. Jika sel sedang
membelah, benang-benang kromatin ini memendek dan menebal membentuk
struktur yang disebut kromosom. Kromosom tersusun atas molekul DNA yang
membawa keterangan genetik, oleh karena itu kromosom mempunyai arti penting
dalam genetika.
Isolasi DNA adalah suatu teknik yang digunakan untuk mendapatkan DNA
murni. Mendapatkan DNA murni dari suatu sel di sebuah dalam jaringan tubuh
makhluk hidup dapat dilakukan dengan suatu teknik isolasi DNA. Prinsip dasar
isolasi DNA ada tiga yaitu penghancuran, ekstraksi dan pemurnian. Isolasi DNA
dilakukan dengan bertujuan untuk memisahkan DNA dari zat-zat lain yang dapat
dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis maupun bagian
1
2
tanaman dapat menimbulkan masalah berbeda, antara lain karena adanya senyawa
polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pemurnian DNA dan juga mempengaruhi enzim-enzim seperti polimerase, ligase,
endonuklease restriksi, atau enzim untuk kegiatan molekuler lain yang dapat
menyebabkan DNA tidak dapat digunakan untuk aplikasi penelitian.
Penting untuk kita melakukan praktikum ini, , setidaknya dengan mengethui
lebih lanjut kita dapat mengetahui cara memisahkan DNA dari jaringan tumbuhan
dengan metode sederhana dan kita dapat melihat DNA secraa langsung.
Diharapakan dapat menjadi referensi bagi perkembangan dunia sains khususnya
disiplin ilmu genetika.
B. Tujuan Praktikum
1. Mengetahui cara memisahkan/ ekstrasi DNA dari jaringan tumbuhan dengan
metode sederhana.
2. Melihat secara langsung DNA.
C. Manfaat Praktikum
1. Mahasiswa mengetahui cara memisahkan/ ekstrasi DNA dari jaringan
tumbuhan dengan metode sederhana.
2. Mahasiwa dapat melihat secara langsung DNA.
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
A. Isolasi DNA
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada
(ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan
ekstraksi atau lisis untuk mencegah DNA rusak. Metode yang digunakan untuk
mengisolasi DNA tergantung pada sumber, umur. Dan Ukuran sampel, dan
bertujuan untuk menyajikan DNA terpisah dalam inti sel dari komponen seluler
lainnya. Isolasi DNA biasanya dimulai dengan lisis atau rusaknya jaringan atau sel.
Proses ini sangat penting untuk penghancurasnt ruktur protein dan memungkinkan
untuk pelepasan asam nukleat dari inti. Proses lisis dilakukan dalam larutan garam
atau deterjen yang mengandung protein denaturasi atau protease ini mengakibatkan
kerusakan sel dan melarutkan membran. Isolasi DNA adalah sebuah proses yang
sederhana. Isolasi DNA diperlukan untuk analisis genetik yang digunakan untuk
tujuan ilmiah dan medis atau forensik. Para ilmuwan menggunakan DNA
disejumlah aplikasi seperti pengenalan DNA ke dalam sel pada binatang atau
tanaman atau untuk tujuan diagnostik atau anorganik lainnya dalam penyusunan
DNA dapat mengganggu metode analisis DNA khususnya dengan reaksi rantai
polimerase mereka juga dapat menurunkan mutu DNA yang akan mengarah ke
penyimpanan yang akan menjadi lebih pendek. Setelah itu melalui aplikasi dari
deterjen protein dan lipid selular terpisah jauh dari DNA dan Sejumlah kit
pemurnian DNA menggunakan prinsi_prinsip komersial yang berbeda pada setiap
prinsip kerjanya (Hartati dan Ferry, 2017).
Isolation DNA dengan kualitas tinggi merupakan hal yang esensial dalam
riset molekuler dan keanekaragaman genetic. Kontaminasi Polysaccharida
merupakan salah satu problem dalam kegiatan isolasi DNA pada tanaman berkayu.
Sampel DNA dari tanaman berkayu sering terkontaminasi oleh polisakarida, fenol,
dan derivatnya yang sangat mengganggu kualitas DNA genom yang dihasilkan,
Kualitas DNA genom yang dihasilakan selama isolasi akan mempengaruhi daya
simpan DNA dan munculnya enzim dan inhitor pada saat tahap amplifikasi DNA
3
4
rendah untuk dapat membedakan beberapa spesies yang berkerabat dekat. Oleh
karena itu, pada penelitian ini digunakan gen matK (Damanis dkk, 2015).
B. DNA
Asam deoksiribunukleat atau disingkat DNA merupakan persenyawaan
kimia yang paling penting pada makhluk hidup, yang membawa keterangan genetic
dari sel khususnya atau dari makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke
generasi berikutnya. DNA sangat menarik perhatian para biologiwan modern dalam
abad ini, seperti halnya ahli kimia serta fisika tertarik pada atom. Oleh karena DNA
sangat erat hubungannya dengan hamper semua aktivitas biologi, maka banyak
sekali penyelidikan telah dilakukan, bahkan kini masih terus berjalan untuk
mengetahui lebih banyak lagi tentang DNA. DNA menempati tempat utama dalam
sitologi (ilmu hal sel), genetika, biologi molekul, mikrobiologi, biologi
perkembangan, biokimia dan evolusi (Suryo, 2012).
Gen tersusun atas asam nukleat yang disebut asam deoksiribonukleat
(deoxyribonucleicacid, DNA). Molekul tersebut berperan sebagai pembawa
informasi genetic pada semua organisme selain beberapa jenis virus. Struktur heliks
ganda molekul panjang.T ulang punggung heliks itu tersusun atas dua rantai unit
gula (S)-fosfat (P) yang berselang-seling. Gulanya adalah sebuah pentosa (dengan
lima molekul karbon) yang disebut deoksiribosa, yang berbeda dari kerabat
dekatnya, ribosa, pada satu atom oksigen di posisi 2'. Gugus fosfa(P04)
mebghubungkan gula-gula yang bersebelahan dengan tautan fosfodiester dari posisi
. salah satu gula ke posisi 5' gula yang satunya lagi. Pada salah satu rantai, pertautan
itu terpolarisasi dari 3 ke 5'; pada rantai yang satu lagi, yang dibaca dengan arah
yang sama, urutan pertautan itu terbalik, yaitu dari 5' ke 3'. Semua rantai asam
nukleat berpasangan secara antiparalel seperti itu, tak peduli apakah per
pasangannya terjadi antarrantai DNA, antara rantai DNA dengan rantai RNA,
ataupun antar rantai RNA. Anak-anak tangga pada tangga spiral itu (dengan kata
lain unit_unit yang menghubungkan satu rantai DNA dengan komplemen
terpolarisasinya) tersusun atas basa~basa organik berpasangan. Terdapat 4 macam
basa organik yang membentuk pemasangan tersebut: adenin, sitosin, guanin, dan
timin (dilambangkan secara berturut-turut dengan A., C, G, dan T). Keempatnya
6
diklasifikasikan ke dalam dua kelompok, yaitu purin dan pirimidin. Purin hanya
berpasangan dengan pirimidin, dan demikian pula sebaliknya; sehingga
menghasilkan heliks ganda yang simetris. Sebuah ikatan hidrogen terbentuk di
antara atom hidrogen donor (Elrod dan William, 2007).
Molekul ADN pertama-tama diisolir oleh F. Miescher (1869) dari sel
spermatozoa dan dari nukleus sel-sel darah merah burung. Akan tetapi ia tidak dapat
mengenal sifat kimianya yang pasti dan menamakannya sebagai nuklein. Dalam
tahun 1880 Fischer dapat mengenal adanya zat-zat pirimidin dan purin di dalam
asam nukleat, Kossel menemukan 2 pirimidin.(yaitu sitosin dan tifnin) dan 2 purin
(yaitu adenin dan guanin) di dalam asam nukleat itu, sehingga ia mem dapatkan
hadiah Nobel dalam tahun 1910. Levine, seorang ahli biokimia kelahiran Rusia
mengenal gula 5 karbon ribose dalam tahun 1910 dan kemudian menemukan gula
deoksiribose di dalam asam nukleat. Ia juga menyatakan adanya asam pospat dalam
asam nukleat. Robert Feulgen (1914) menunjukkan suatu tes warna untuk ADN,
yang kemudian dikenal sebagai reaksi Feulgen. Avery, Macleod dan McCarthy
(1944) pertama_tama membuktikan bahwa ADN mempunyai hubungan langsung
dengan keturunan._Chargaff (1947) membuat studi kimiawi dari ADN. Ia
membuktikan bahwa ADN terdiri dari bagian yang sarna dari basa purin dan
pirimidin dan bahwa adenin dan timin terdapat dalam proporsi yang sama, begitu
pula sitosin dan guanin (Suryo, 2012).
C. Bentuk-Bentuk DNA
Informasi tentang aspek molekuler pasak bumi di Indonesia masih kurang.
Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa pasak bumi mempertahankan
keanekaragaman moderat. Penelitian tentang genetika populasi, proses isolasi DNA
dan penanda referensi juga terbatas. Penelitian tentang isolasi DNA dan penanda
referensi yang bisa digunakan untuk analisis molekuler lebih lanjut karena itu
diperlukan untuk pengetahuan dasar yang mendasarinya dalam membangun upaya
konservasi spesies yang tepat. Kualitas DNA adalah salah satu faktor penting untuk
menentukan keberhasilan analisis molekuler. Kualitas tinggi dan kemurnian stok
DNA akan mempengaruhi amplifikasi DNA pada proses Reaksi Rantai Polimerase
(PCR). Berbeda dengan herba tanaman, banyak bagian pohon yang mengandung
7
beberapa penghambat DNA seperti polisakarida, tanin, fenol dan zat metabolit
sekunder lainnya. Zat-zat ini akan mendiami aktivitas DNA polimerase selama
proses PCR. Banyak metode dan teknologi yang berbeda tersedia untuk isolasi
genomic DNA (Susilowati dkk, 2019).
Ekstraksi DNA tanaman dalam bentuk yang relatif murni sangat penting
dalam penelitian lebih lanjut tentang tanaman yang berdasarkan studi biologi
molekuler, yaitu PCR pengurutan, dll. DNA isolasi dari jaringan tanaman / daun
biasanya dikompromikan oleh kontaminasi berlebihan metabolit sekunder,
polisakarida dan polifenol yang menghambat ekstraksi tinggi asam nukleat
genomik utuh berkualitas. Jika ini kontaminan tidak dihilangkan, itu akan
mempengaruhi lebih lanjut pengujian selanjutnya. Polisakarida menghambat
aktivitas pembatasan enzim dan Taq DNA polimerase. Kehadiran polisakarida
dalam DNA sampel, membentuk solusi yang sangat kental melalui kopresipitasi
dengan DNA yang diekstraksi.Bentuk teroksidasi dari polifenol berikatan dengan
DNA secara kovalen dan memberikan warna coklat dan tidak cocok untuk studi
molekuler lebih lanjut (Lakmini dan Ranganath, 2015).
Bentuk DNA terdiri dari 3 bentuk yakni DNA-A, DNA-B, dan DNA-Z.
bentuk utama yang DNA di alam yakni DNA-B. Jenis bentuk DNA tersebut
tergantung pada kondisi seperti sifat dari ion positif yang terkait dengan DNA dan
urutan spesifik basanya. Salah satu bentuk lain adalah DNA-A,yang memiliki 11
pasangan basa untuk setiap pergantian heliks. Karakteristik penting dari DNA
adalah DNA dapat mereplikasi atau membuat Salinan daro drinya sendiri. Setiap
rangkaian DNA di double helix dapat berfungsi sebagai popla untuk
menduplikasikan urutan basa. Hal ini penting ketika sel membelah karena ketika
sel membelah karena masing-masing sel baru perly memiliki Salinan tepat sama
dari DNA pada sel induk. Meskipun sebagian besar DNA dikemas dalam
kromosom di inti sel, tetapi di mitokondria juga memiliki sejumlah kecil DNA.
Materi genetic ini dikenal sebagai DNA mitokondria (Sumbono, 2019).
BAB III
METODE PRAKTIKUM
8
9
A. Hasil Pengamatan
Tabel 4.1. Hasil pengamatan isolasi DNA
Waktu Keterang
Bentuk Gambar
No Sampel Presipi an
DNA Pengamatan
tasi
1 Buah Anggur 1.DNA
(Vitis vinifera) Benang
09:10
memisah 1
10
11
B. Pembahasan
Praktikum isolasi DNA dilakukan bertujuan untuk mengetahui cara
memisahkan DNA pada tumbuhan dengan metode sederhana dan untuk melihat
secara langsung DNA. Buah yang digunakan dalam proses isolasi DNA ini adalah
Buah Anggur (Vitis vinifera), Buah Strawberry (Fragaria vesca), Buah kiwi
(Actinidia deliciosa), Buah Naga (Hylocereus polyrhizus), Bunga Tasbih (Canna
hibrida), Bunga Kembang Sepatu (Hibiscus rosasinensis). Sedangkan jenis
deterjen yang dipakai adalah deterjen cair. Sumber DNA yang berupa buah
dihaluskan dalam plastic gula. Penghalusan ini bertujuan untuk merusak membran
sel, dinding sel dan membran inti sehingga DNA bisa keluar dari sel dan masuk ke
larutan. Setelah dihaluskan, ekstrak buah ditambah garam dapur dan disaring serta
ditambahkan etanol. Penambahan garam dan penyaringan serta penambahan etanol
bertujuan untuk memudahkan pemisahan benang-benang DNA dari larutan
sehingga benang-benang DNA tersebut akan mudah diamati.
Setelah dilakukan proses pengisolasian DNA, didapatkan data bahwa pada
penggunaan buah tomat sebagai sumber DNA, DNA yang berhasil diisolasi banyak
ditemukan pada semua bahan atau sampel. Sedangkan waktu pembentukan DNA
pada masing-masing perlakuan bervariasi. Untuk DNA paling cepat terbentuk pada
DNA bunga tasbih dengan waktu presipitasinya hanya 2 menit 30 detik saja. Waktu
paling lama yang dibutuhkan untuk mengisolasi DNA adalah pada buah naga
dengan waktu presipitasinya 11 menit 11 detik.
Jika dilihat secara keseluruhan, semua sumber DNA mampu menghasilkan
DNA dengan cukup baik. Untuk masing-masing sumber DNA, deterjen yang
digunakan mempengaruhi banyaknya DNA yang dihasilkan dan waktu
pembentukannya pun bervariasi. Bentuk DNA yang dihasilkan pada pengamatan
kali ini adalah bentuk benang dengan warna secara umum adalah putih. Adanya
12
hasil warna dan perbedaan lama waktu yang dibutuhkan untuk menghasilkan DNA
dipengaruhi oleh beberapa faktor, selain karena deterjen dan sumber DNA memiliki
kemampuan yang berbeda-beda, perbedaan waktu ini juga disebabkan oleh kurang
telitian praktikan dalam mengamati DNA yang terbentuk. Dari data yang
diperoleh juga menunjukkan bahwa buah yang memiliki kadar air paling rendah
dapat terbentuk jumlah DNA yang paling banyak dan paling bagus.
Semakin sedikit air yang terkandung dalam buah maka DNA yang akan
terpresipitasi akan semakin sedikit. DNA yang dihasilkan dari percobaan ini bukan
DNA murni karena sumber DNA yang digunakan berasal dari serat buah yang
disaring, sehingga yang dihasilkan pada percobaan ini bukanlah supernatan
melainkan hanya endapan putih.
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada
(ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan
ekstraksi atau lisis untuk mencegah DNA rusak. Metode yang digunakan untuk
mengisolasi DNA tergantung pada sumber, umur. Dan Ukuran sampel, dan
bertujuan untuk menyajikan DNA terpisah dalam inti sel dari komponen seluler
lainnya. Isolasi DNA biasanya dimulai dengan lisis atau rusaknya jaringan atau sel.
Proses ini sangat penting untuk penghancurasnt ruktur protein dan memungkinkan
untuk pelepasan asam nukleat dari inti. Proses lisis dilakukan dalam larutan garam
atau deterjen yang mengandung protein denaturasi atau protease ini mengakibatkan
kerusakan sel dan melarutkan membran. Isolasi DNA adalah sebuah proses yang
sederhana. Isolasi DNA diperlukan untuk analisis genetik yang digunakan untuk
tujuan ilmiah dan medis atau forensik. Para ilmuwan menggunakan DNA
disejumlah aplikasi seperti pengenalan DNA ke dalam sel pada binatang atau
tanaman atau untuk tujuan diagnostik atau anorganik lainnya dalam penyusunan
DNA dapat mengganggu metode analisis DNA khususnya dengan reaksi rantai
polimerase mereka juga dapat menurunkan mutu DNA yang akan mengarah ke
penyimpanan yang akan menjadi lebih pendek. Setelah itu melalui aplikasi dari
deterjen protein dan lipid selular terpisah jauh dari DNA dan Sejumlah kit
pemurnian DNA menggunakan prinsi_prinsip komersial yang berbeda pada setiap
prinsip kerjanya (Hartati dan Ferry, 2017).
13
BAB V
PENUTUP
A. Kesimpulan
Berdasarkan percobaan yang telah kami lakukan, dapat ditarik kesimpulan
sebagai berikut:
1. DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dan bunga dengan
penambahan larutan deterjen dan etanol serta garam untuk membantu presipitasi
DNA. Perbedaan jumlah DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi disebabkan
oleh jenis deterjen yang digunakan serta macam buah yang dipakai sebagai
sumber DNA.
2. DNA dapat terlihat setelah etanol dimasukkan dalam tabung reaksi yang berisi
ekstrak buah atau bunga dengan melihat waktu presipitasinya, pada DNA buah
yang diamati dapat dilihat bentuk DNA nya berupa benang begitupun pada
bunga.
B. Saran
1. Adapun saran untuk praktikan agar sebelum masuk kedalam laboratorium
setidaknya tangan harus dalam keadaan steril (disemprotkan alkohol) dan juga
memakai masker agar terhindar dari larutan larutan yang berbahaya jika
dihirup oleh manusia.
2. Saran untuk asisten agar kedepannya lebih membimbing lagi praktikannya
selama praktikum.
3. Saran untuk laboran agar memperbaiki dan menambah fasilitas laboratorium
agar terciptanya suasana yang nyaman dan kondusif.
14
DAFTAR PUSTAKA
Damanis, J., Lidya, IM., Meiske, SS., dan Maureen, K. 2015. Isolasi dan
Karakterisasi Barcode DNA Tanaman Nusa indah putih(Mussaenda
frondosa) Berdasarkan Gen matK. Jurnal Mipa Unsrat Online. 4 (2):
111-114.
Elrod, S., dan William, S. 2007. Schaum’s Outlines Teori dan Soal-soal Genetika
Edisi Keempat. Jakarta: Penerbit Erlangga.
Suryo. 2012. Genetika Untuk Strata 1. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press.
Susilowati, A., Henti, HR., Ahmad, BR., Deni, E., dan Ami, A. 2019. Optimizing
Genomic DNA Isolation and PCR Amplification For Pasak Bumi
(Eurycoma longifolia). International Conference on Basic Sciences and
Its Applications. 2019(1): 30-39.