1

MAKALAH EKSPRESI GEN PADA BAKTERI

Disusun oleh:

Nama : Namira Hanin Sal Sabilla

NIM : 1751600016

Semester : 6 (Enam)

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS VETERAN BANGUN NUSANTARA

SUKOHARJO

2019

2
 DAFTAR ISI

A. Transkripsi pada bakteri.......................................................................................................1

B. Struktur gen bakteri..............................................................................................................3
C. Mekanisme transkripsi pada bakteri.....................................................................................5
D. Mekanisme translasi pada bakteri.........................................................................................

3
 PEMBAHASAN

A. TRANSKRIPSI PADA BAKTERI

Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalahorganisasi
dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor. Misal operon lac pada
metabolisme laktosa pada bakteri E.coli . Masing-masing genstructural mempunyai kodon
inisasi dan kodon terminasi, tetapi ekspresinya dikendalikan oleh satu promoter yang sama
(Gambar 1). Pada waktu ditranskripsi,operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang
membawa kode genetik untuk 3polipeptida berbeda, disebut dengan mRNA polisistronik.
Masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yang
sama.

Gambar 1. Organisasi operan lac pada E. coli. Operon lac punya 3 gen struktural yaitulac Z
(mengkode β-galaktosidase), lac Y (mengkode permease) dan lac A (mengkode trans-asetilase). Masing-

4
masing dari gen mempunyai start codon dan stop codon sendiri-sendiri, namun ekspresinya dikendalikan
oleh satu promoter (p) yang sama. Operator (o) adalah bagian dari promoter tempet penempelan protein
repressor yang dikode oleh gen I. Catabolite activator protein (CAP). AUG adalah start kodon.

B. STRUKTUR GEN BAKTERI

Gen prokariot secara tersusun atas promoter, gen struktural, dan terminator. (Gambar 2)

Gambar 2. Struktur gen prokatiot

Promoter adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalaikan

transkripsi gen struktural dan terletak di daerah upstream (hulu) dari bagian struktural gen.
Fungsi promoter adalah sebagai tempat awal pelekatan enzim RNA polimerase yang
nantinya melakukan transkripsi pada bagian gen struktural. Salah satu bagian penting
promoter disebut sebagai Pribnow box pada urutan nukleotida -10 dan -35. Oleh karena
urutan consensus pada Pribnow box adalah TATAAT, maka seringkali disebut juga TATA
box. Pribnow box berperanan dalam mengarahkan enzim RNA polymerase sehingga arah

5
transkripsinya adalah dari ujung 5’3’. Selain itu, daerah ini merupakan tempat pembukaan
heliks DNA untuk membentuk kompleks promoter yang yang terbuka.

Operator merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promoter dan bagian
struktural dan merupakan tempat pelekatan protein represor (penekan atau penghambat
ekspresi gen). Jika ada represor yang melekat di operator maka RNA polimerase tidak bisa
jalan dan ekspresi gen tidak bisa berlangsung. Selain adanya supresor ada juga enhancer.
Jika supresor untuk menghambat, kebalikannya enhancer berfungsi meningkatkan
transkripsi dengan meningkatkan jumlah RNA polimerase. Namun letaknya tidak pada
lokasi yang spesifik, ada yg jauh di upstream atau bahkan downstream dari titik awal
transkripsi.

Coding region (gen structural) merupakan bagian yang mengkode urutan

nukleotida RNA. Transkripsi dimulai dari sekuens inisiasi transkripsi (ATG) sampai kodon
stop (TAA / TGA / TAG). Pada prokariot tidak ada sekuens penyisip (intervening
sequences atau intron, yang tidak dapat diekspresikan) sehingga semuanya berupa ekson
(urutan nukleotida yang mengkode asam amino). Tidak semua gen mengkode urutan asam
amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Gen dibagi menjadi 3 kelompok
yaitu gen yang mengkode protein, gen yang mengkode RNA ribosom (rRNA) dan gen yang
mengkode transfer-RNA (tRNA). Gen yang mengkode rRNA dan tRNA hanya akan
ditranskripsi dan tidak pernah ditranslasi karena yang diperlukan dalam proses ekspresi
genetic adalah molekul RNA-nya. rRNA digunakan untuk menyusun ribosom (tempat
sintesis protein) sedangkan tRNA berfungsi membawa molekul asam amino spesifik yang
akan dirangkaikan menjadi polipeptida dalam proses sintesis protein.

Terminator adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir dari gen structural.
Fungsinya adalah memeberikan signal pada enzim RNA polymerase agar menghentikan
proses transkripsi. Signal terminasi dicirikan oleh struktur jepit rambut /hairpin dan
lengkungan yang kaya yang akan urutan GC yang terbentuk pada molekul RNA hasil
transkripsi.

RNA Polimerase merupakan enzim yang mengkatalisis proses transkripsi. Susunan

lengkap adalah α2ββ’σ disebut holoenzim, jika σ tidak ada dan hanya ada α2ββ’ disebut
core-enzyme. Fungsi subunit-subunit tersebut adalah: α = diduga berfungsi dalam

6
 penyusunan enzim, β = berfungsi dalam pengikatan nukleotida, β’ = berfungsi dalam
penempelan DNA, σ = berfungsi untuk mengarahkan agar RNA polimerase menempel
pada promoter.

C. MEKANISME TRANSKRIPSI PADA BAKTERI

Tahapan transkripsi terdiri dari inisiasi, elongasi, dan terminasi.

Inisiasi.Transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim pada

bagian promoter. RNA polimerase menuju ke promoter atas bantuan faktor σ yang mampu
menemukan bagian promoter suatu gen. Bisa diibaratkan RNA polymerase adalah pesawat,
faktor sigma adalah antenanya, promoter adalah bandaranya. Pada prokariot, RNA
polymerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui ikatan
dengan protein lain (pada eukariot protein pembantu dibutuhkan sangat banyak.

Kemudian bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk

struktur gelembung transkripsi (transcription bubble) yang stabil. Selanjutnya adalah
penggabungan beberapa nukleotida awal sekitar 10 nukleotida.Basa-basa RNA yang
digabung membentuk ikatan hidrogen dengan basa DNA cetakan. Selanjutnya adalah
pelepasan subunit σ setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida. Terjadi
perubahan konformasi holoenzim jadi core enzyme (tanpa faktor σ) Faktor σ selanjutnya
dapat digunakan lagi dalam proses inisiasi transkripsi selanjutnya (dapat digunakan oleh
enzim inti RNA polimerase lain) (Gambar 3)

7
 Gambar 3. Proses inisiasi transkripsi pada prokariot.

Faktor sigma membantu mengenali promoter suatu gen

Pada elongasi, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3′ molekul RNA
yang baru terbentuk dengan arah 5′3′ pada ikatan fosfodiester (Gambar 4). Nukleotida
RNA yg ditambahkan bersifat komplementer dengan nukleotida untai DNA cetakan.

Gambar 4. Proses pembentukan ikatan fosfodiester. Gugus OH pada posisi 3’ menyerang posphat
pada posisi 5’ melepas 2P dan molekul H2O membentuk ikatan fosfodiester yang stabil.

Penghentian transkripsi (terminasi) ada 2 macam yaitu:

1.Rho-independent yaitu terminasi yang dilakukan tanpa harus melibatkan protein

khusus, namun ditentukan oleh adanya urutan nukleotida tertentu pada bagian terminator.
Ciri urutan adalah adanya struktur jepit rambut/hairpin yang kaya akan basa GC. Akibat
struktur itu, RNA polimerase berhenti dan membuka bagian dari sambungan (hibrid) DNA-
RNA. Sisa hibrid merupakan urutan oligo U (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan
dengan A (dA) ikatan hidrogen hanya 2 buah, akibatnya ikatan lemah terlepas dan RNA
hasil transkripsi lepas.

8
 2.Rho-dependent yaitu terminasi memerlukan protein rho. Faktor rho terikat pada RNA
transkrip kemudian mengikuti RNA polimerase sampai ke daerah terminator. Faktor rho
membentuk destabilisasi ikatan RNA-DNA hingga akhirnya RNA terlepas.

D. MEKANISME TRANSLASI PADA BAKTERI

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida/kode-kode genetik yang
ada pada molekul mRNA menjadi urutan rangkaian asam-asam amino yang menyusun
suatu polipeptida atau protein, (Yuwono, T. 2005).
Pada proses translasi hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan
tRNA tidak ditranslasi, yaitu dilakukan secara hampir serentak dengan proses transkripsi,
artinya sebelum transkripsi selesai maka proses translasi sudah dimulai. Hal ini disebabkan
oleh perbedaan dalam hal struktur sel prokaryot sangat sederhana dan belum ada
pembagian ruang sehingga molekul DNA genom berada di dalam sitoplasma bersama-
sama dengan komponen sel yang lain. Dengan demikian, molekul mRNA hasil transkripsi
dapat langsung melakukan kontak dengan ribosom sebelum untaian mRNA tersebut selesai
disintesis.
Translasi dapat berlangsung memerlukan 3 komponen:
1. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun suatu gen
dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka), didalamnya terdapat
rangkaian kodon-kodon yang akan diterjemahkan.
2. Molekul tRNA merupakan pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan
menjadi rantai polipeptida, tRNA sebagai penterjemah, yang membawa antikodon.
3. Ribosom merupakan tempat penterjemahan berlangsung/proses translasi, disusun oleh
molekul rRNA dan beberapa macam protein, ribosom tersebar diseluruh bagian sel.
ORF dicirikan oleh:
1. Kodon inisiasi translasi, yaitu urutan ATG (pada DNA) atau AUG (pada mRNA).
2. Terdapat serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon yang dibaca tiap
tiga nukleotida sebagai satu kodon untuk satu asam amino, dan pembacaan dimulai dari
urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau AUG pada mRNA).

9
3. Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada mRNA), TAG (UAG pada mRNA),
atau TGA (UGA pada mRNA).
Translasi, atau pada hakekatnya sintesis protein, berlangsung di dalam ribosom, suatu
struktur organel yang banyak terdapat di dalam sitoplasma. Ribosom terdiri atas dua
subunit, besar dan kecil, yang akan menyatu selama inisiasi translasi dan terpisah ketika
translasi telah selesai. Ukuran ribosom sering dinyatakan atas dasar laju pengendapannya
selama sentrifugasi sebagai satuan yang disebut satuan Svedberg (S). Pada jasad prokaryot,
subunit kecil mempunyai koefisien sedimentasi sebesar 30S sedangkan subunit besar
berukuran 50S, tetapi pada saat kedua unit tersebut bergabung koefisien sedimentasinya
adalah 70S, sedangkan pada jasad eukaryot, subunit kecil berukuran 40S, sedangkan
subunit besar berukuran 60S, tetapi pada saat kedua unit tersebut bergabung koefisien
sedimentasinya adalah 80S. Tiap ribosom mempunyai dua tempat pengikatan tRNA, yang
masing-masing dinamakan tapak aminoasil (tapak A) dan tapak peptidil (tapak P). Molekul
aminoasil-tRNA yang baru memasuki ribosom akan terikat di tapak A, sedangkan molekul
tRNA yang membawa rantai polipeptida yang sedang diperpanjang terikat di tapak P.
Gambaran penting sintesis protein adalah bahwa proses ini berlangsung dengan arah
tertentu sebagai berikut.
Molekul mRNA ditranslasi dengan arah 5’→ 3’, tetapi tidak dari ujung 5’ hingga ujung
3’. Polipeptida disintesis dari ujung amino ke ujung karboksil dengan menambahkan asam-
asam amino satu demi satu ke ujung karboksil. Sebagai contoh, sintesis protein yang
mempunyai urutan NH2-Met-Pro-Gly-Ser-COOH pasti dimulai dengan metionin dan
diakhiri dengan serin.

Tahapan Translasi Prokariot:

a) Inisiasi
Tahap pertama pada inisiasi dimulai dengan disosiasi/pemisahan ribosom 70S
menjadi subunit besar (50S) dan subunit kecil (30S) dengan menggunakan faktor IF-1,
kemudia pada tahapan inisiasi ini subunit ribosom 30S terbebas dari ikatan dengan
subunit 50S melalui interaksinya dengan protein IF-3, kemudian terjadinya
penggabungan mRNA, subunit 30S, dan formilmetionil-tRNAf (fMet-tRNAf)
membentuk kompleks inisiasi 30S dengan membutuhkan GTP (guanosin triphosphat)

10
dan beberapa protein/faktor inisiasi (IF-1, IF-2, IF-3) yang dilakukan oleh IF-2, IF-3.
IF-3 tersebut akan mengikat pada subunit 30S (ribosom kecil), setelah kompleks
inisiasi 30S terbentuk selanjutnya subunit 50S (ribosom besar) bergabung dan
membentuk kompleks inisiasi 70S dengan menggunakan energi hasil hidrolisis GTP
yang terjadi pada waktu IF-1, IF-2 dan IF-3 terlepas dari kompleks, kompleks inisiasi
70S inilah yang siap melakukan proses pemanjangan polipeptida.

11
12
b) Elongasi
Proses pemanjangan polipeptida secara umum mempunyai mekanisme 3 tahapan:
1) pengikatan aminoasil –tRNA pada sisi A yang ada di ribosom, 2) pemindahan rantai
polipeptida yang tumbuh dari tRNA yang ada pada sisi P ke arah sisi A dengan
membentuk ikatan peptide, 4) translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon
selanjutnya yang ada di sisi A.
Di dalam kompleks ribosom, molekul fMet-tRNAf Met menempati sisi P (peptidil),
sisi yang lain pada ribosom, yaitu sisi A (aminoasil), masih kosong pada saat awal
sintesis protein. Berpasangannya triplet kodon inisiasi (AUG/GUG) pada mRNA
dengan antikodon pada metionil-tRNAfMet di tapak P menentukan urutan triplet kodon
dan aminoasil-tRNAfMet berikutnya yang akan masuk ke tapak A. Pengikatan
aminoasil-tRNAfMet berikutnya, misalnya alanil- tRNAala, ke tapak A memerlukan
protein-protein elongasi EF-Ts dan EF-Tu. Pembentukan ikatan peptida antara gugus
karboksil pada metionil-tRNAfMet di tapak P dan gugus amino pada alanil-tRNAala
di tapak A dikatalisis oleh enzim peptidil transferase, suatu enzim yang terikat pada
subunit ribosom 50S. Reaksi ini menghasilkan dipeptida yang terdiri atas f-metionin
dan alanin yang terikat pada tRNAala di tapak A. Langkah berikutnya adalah
translokasi, yang melibatkan (1) perpindahan f-met-ala- tRNAala dari tapak A ke tapak
P dan (2) pergeseran posisi mRNA pada ribosom sepanjang tiga basa sehingga triplet
kodon yang semula berada di tapak A masuk ke tapak P. Dalam contoh ini triplet kodon
yang bergeser dari tapak A ke P tersebut adalah triplet kodon untuk alanin. Triplet
kodon berikutnya, misalnya penyandi serin, akan masuk ke tapak A dan proses seperti
di atas hingga translokasi akan terulang kembali. Translokasi memerlukan aktivitas
faktor elongasi berupa enzim yang biasa dilambangkan dengan EF-G. Pemanjangan
atau elongasi rantai polipeptida akan terus berlangsung hingga suatu tripet kodon yang
menyandi terminasi memasuki tapak A, Sebelum suatu rantai polipeptida selesai
disintesis terlebih dahulu terjadi deformilisasi pada f-metionin menjadi metionin. yang
kemudia berlanjut pada proses terminasi.

13
14
15
c) Terminasi

Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA,UGA,UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dimana
RF1 yang mengenali kodon UAA atau UAG sehingga rantai kodon tersebut akan
terlepas, kemudian RF2 akan mengenali kodon UAA atau UGA sehingga rantai kodon
tersebut terlepas. Proses terminasi ditandai oleh terlepasnya mRNA, tRNA di tapak P,
dan rantai polipeptida dari ribosom. Selain itu kedua subunit ribosompun memisah,
pada terminasi diperlukan aktivitas dua protein yang berperan sebagai faktor pelepas
atau releasing factors, yaitu RF-1 dan RF-2 yang bekerja sama dengan RF-3.

16
17
 DAFTAR PUSTAKA

Kamrianti, Ramli. 2011. Translasi pada Prokariotik. Diakses pada tanggal 23 Juni 2019 dari
https://kamriantiramli.wordpress.com/2011/05/07/331/
Kevin, Frederick. 2015. FROM GENE TO PROTEIN: TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI. Diakses
pada tanggal 23 Juni 2019 dari
https://www.academia.edu/6208866/FROM_GENE_TO_PROTEIN_TRANSKRIPSI_DAN_
TRANSLASI

18