LTM REKAYASA GENETIKA

Nama : Callista Dara Ninggar Tanggal: 7 Oktober 2019

NPM : 1706044591 Pemicu 2- Kloning DNA ke Bakteri
Kelompok : 7-Liger

OUTLINE

1 Plasmid

1.1 Definisi Plasmid

1.2 Fitur Pada Plasmid
1.2.1 Replication Origins
1.2.2 Antibiotic Resistance Marker
1.2.3 Multiple Cloning Site (MCS)
1.2.4 Insert
1.2.5 Promoter Region
1.2.6 Selectable Marker
1.2.7 Primer Binding Site
1.2.8 Fitur Pada Plasmid pGEX-6P-1
1.3 Fungsi Plasmid
1.3.1 Plasmid Resistan (R-Plasmid)
1.3.2 Plasmid Degradatif
1.3.3 Plasmid Fertilitas (F-Plasmid)
1.3.4 Col Plasmid
1.3.5 Tumor-Inducing Plasmid (Ti-Plasmid)
1.3.6 Plasmid sebagai Vektor
 ISI

1 Plasmid

1.1 Definisi Plasmid

Gambar 1. Bakteri dengan (1) Kromosom DNA (2) Plasmid

(Sumber: https://www.newworldencyclopedia.org/entry/Plasmid )

Plasmid adalah double-strand DNA ekstrakromosomal yang ditemukan dalam

sitoplasma mikroba. Plasmid merupakan entitas genetik yang mampu mereplikasikan
dirinya sendiri secara otonom dan independen dari DNA kromosom dari organisme
inang dengan stabil. Plasmid biasanya ditemukan pada organisme prokariotik.

Plasmid dapat dikategorikan menjadi dua tipe, yaitu konjugatif dan non konjugatif.
Hal ini tergantung apakah plasmid membawa gen transfer (yang disebut tra gen) atau
tidak. Plasmid konjugatif dapat menjadi media transfer antar bakteria pada proses
konjugasi, yang membutuhkan tra (transfer) dan mob (mobilizing) region. tra gen
berperan dalam konjugasi bakteri. Plasmid juga bisa dikategorikan berdasarkan
banyaknya plasmid dalam sel, yaitu relaxed plasmid dan stringent plasmid.

• Relaxed plasmid memiliki jumlah plasmid lebih banyak dan replikasi DNA
tidak tergantung pada sel inang.
• Stringent plasmid memiliki jumlah plasmid yang lebih sedikit, dimana
replikasi pDNA bergantung pada sel inang.
1.2 Fitur Plasmid

Gambar 2. Ilustrasi Plasmid dan Fiturnya

(Sumber: addgene.org)

1.2.1 Replication Origins

Disebut juga sebagai Origin of Replication (ORI), elemen genetik yang ada
pada plasmid menginisiasi proses replikasi plasmid. Terdapat beberapa
replication origin yang berbeda, dikategorikan pada copy number per sel,
yaitu banyaknya molekul plasmid yang terdapat dalam sel.
1.2.2 Antibiotic Resistance Marker
Antibiotic Resistance Marker mempengaruhi pertumbuhan sel dengan
menyeleksi ketika ada antibiotik tertentu yang berpotensi menghambat
pertumbuhan sel.
1.2.3 Multiple Cloning Site (MCS)
Disebut juga sebagai polylinker adalah segmen DNA tempat insersi DNA
baru tanpa mengganggu struktur plasmid.
1.2.4 Insert
Gen, promoter atau fragmen DNA lainnya yang kemudian dikloning ke
MCS.
1.2.5 Promoter Region
Seperti namanya, merupakan area yang berfungsi sebagai promoter, yaitu
tempat dimulainya transkripsi.
1.2.6 Selectable Marker
Gen yang kebal terhadap antibiotik dapat menyeleksi bakteria.
1.2.7 Primer Binding Site
Single-strand DNA digunakan sebagai titik inisiasi untuk PCR atau
sequencing. Primer dapat digunakan untuk identifikasi sekuens pada
plasmid.
1.2.8 Fitur Pada Plasmid pGEX-6P-1

p-GEX-6P-1 memiliki genetic feature, pada gambar berupa garis vertical

pendek berwarna merah, genes, yaitu GST dan ampicillin, regulatory,
digambarkan dengan garis horizontal berwarna abu-abu dengan ukuran
lebih panjang, promoters, yaitu tac_promoter, primers, terminators,
origins, digambarkan dengan garis horizontal berwarna abu-abu dengan
ukuran lebih pendek, ORFs.

Gambar 3. Linear Map p-GEX-6P-1

(Sumber: addgene.org)
 Gambar 4. Circular Map p-GEX-6P-1

(Sumber: addgene.org)

1.3 Fungsi Plasmid

1.3.1 Plasmid Resistan (R-Plasmid)
R-Plasmid memiliki gen yang memungkinkan inang untuk menjadi resisten
terhadap antibiotic atau racun.
1.3.2 Plasmid Degradatif
Plasmid degradatif menanamkan sel inang dengan kemampuan untuk
memetabolisme senyawa organic, biasanya sulit atau tidak biasa seperti
toluene dan asam salisilat.
1.3.3 Plasmid Fertilitas (F-Plasmid)
F-Plasmid terlibat dalam konjugasi bakteri, memiliki tra gen yang memulai
pembentukan F-Pilus untuk memungkinkan konjugasi. Materi genetik
ditransfer melalui F-pilus ini antara sel-sel terkonjugasi. F-pilus disebut
juga dengan pilus seks.
1.3.4 Col Plasmid
Plasmid ini menghasilkan racun yang disebut bakteriosin yang mematikan
bakteri, tetapi kepemilikan plasmid ini membuat inang tahan terhadap
racun.
1.3.5 Tumor-Inducing Plasmid (Ti-Plasmid)
 Ti-plasmid mampu mengubah sel inang menjadi pathogen. Saat infeksi,
plasmid ditransfer ke sel-sel normal dari tanaman.

1.3.6 Plasmid sebagai Vektor

Dalam konteks rekayasa genetika, plasmid yang dimodifikasi untuk

membawa gen non-diri disebut vektor. Hal ini digunakan untuk
mengekspresikan atau mengisolasi gen tertentu dalam organisme inang.
Hal ini juga dapat digunakan untuk menginduksi produksi beberapa
salinan gen. Gen yang diinginkan dimasukkan ke dalam plasmid vektor
dengan cara pembatasan / ligasi dilakukan dengan menggunakan enzim
restriksi yang sesuai.

SUMBER

Bestave. Fundamentals of Molecular Biotechnology. Memorial University of Newfoundland.

Available at: http://www.mun.ca/biology/desmid/brian/BIOL4900/FMBplasmids.html
[Accessed October 7th, 2019]

Monroe, M. 2014. Plasmid 101: What is a Plasmid? Available at: https://blog.addgene.org/plasmids-

101-what-is-a-plasmid [Accessed October 7th, 2019]

Nair, A. J. Biotechnology and Genetic Engineering. Infinity Science Press LLC. New Delhi, India.

Nicholl, D. An Introduction to Genetic Engineering. 2008. Cambridge University Press.

Cambridge, United Kingdom.

Primrose, S. B., Twyman, R.M., Old, R.W. Principles of Gene Manipulation. 2001. United States
of America.

Tjahjoleksono, A. Plasmid. Available at: http://ppku.ipb.ac.id/materi-kuliah/category/9-

genetika?download=104%3Aplasmid [Accessed October 7th, 2019]