Beda protein sangat berbeda kecepatan evolusinya

Tidak seharusnya mengandalkan hanya satu protein untuk membuat pohon evolusi. Jika

membuat pohon evolusi dengan beberapa protein, seringkali mendapatkan hubungan evolusi

yang agak mirip. Namun, berbeda protein berbeda pula kecepatan protein tersebut untuk

berevolusi. Seperti contoh yang sudah dijelaskan diatas, manusia dan

ikan berbeda 50% dalam rantai hemoglobin tetapi kurang dari 20% dalam rantai sitokrom c.

Tabel 20.05 menunjukan tingkat evolusi untuk bermacam-macam protein. Fibrinopeptida

terlibat dalam proses pembekuan darah. Mereka membutuhkan arginin di

akhir dan harus bersifat agak asam secara keseluruhan. Terlepas dari itu, mereka sangat

bervariasi disana juga sangat sedikit kendala fari apa yang dibutuhkan. Sebaliknya, histones

mengikat DNA dan bertanggung jawab atas lipatan yang benar. Hampir semua perubahan

pada histone akan mematikan sel, sehingga mereka berkembang sangat lambat.

Sitokrom c adalah enzim yang fungsinya sangat tergantung pada beberapa residu asam amino

di situs aktif, yang mengikat kofaktor heme. Akibatnya, residu situs aktif jarang bervariasi,

meskipun asam amino di sekitarnya berubah. Dari 104 residu, hanya Cys-17, His-18 dan

Met-80 yang benar-benar invarian. Di tempat lain variasi rendah; residu asam amino besar,

nonpolar, selalu mengisi posisi 35 dan 36. Beberapa molekul sitokrom c telah diperiksa

dengan kristalografi sinar-X dan semuanya memiliki struktur 3-D yang sama. Meskipun

molekul cytochrome c dapat bervariasi sebanyak 88% dari residu mereka, mereka

mempertahankan konformasi 3-D yang sama. Jadi, sedikit variasi terlihat dengan asam amino

yang penting untuk fungsi atau struktur sitokrom c.

Insulin adalah hormon yang berkembang pada tingkat yang sama dengan sitokrom

c. Insulin terdiri dari dua rantai protein (A dan B) yang dikodekan oleh gen insulin

tunggal. Selama sintesis protein, molekul pro-insulin yang panjang dibuat. Ini
memiliki bagian tengah, Cpeptide, dipotong dan dibuang. Obligasi disulfida

menyatukan rantai A dan B. Sejak rantai C bukan bagian dari hormon akhir, itu

bebas untuk berkembang lebih cepat dan itu berubah hampir 10 kali lipat laju rantai

A dan B. Perhatikan bahwa semua protein ini mempertahankan residu kritis

sepanjang evolusi. Penting untuk dicatat itu mutasi itu acak. Mutasi kemungkinan

terjadi di bagian A, B, dan C dari gen insulin. Mutasi yang terjadi pada bagian A dan

B dapat merusak organisme, oleh karena itu, mutasi ini tidak pernah diturunkan ke

generasi baru. Di sisi lain, terjadi mutasi pada bagian C, jangan sampai merusak

fungsi protein, dan diteruskan ke keturunan.

JAM MOLEKULER UNTUK MELACAK EVOLUSI

Protein yang berkembang dengan cepat pada akhirnya akan menjadi sangat berubah secara
berurutan organisme yang berbeda yang hubungannya tidak lagi dapat dikenali. Sebaliknya,
protein yang berevolusi sangat lambat akan menunjukkan sedikit atau tidak ada perbedaan di
antara keduanya organisme yang berbeda. Oleh karena itu, kita perlu menggunakan urutan
perubahan yang perlahan untuk bekerja hubungan evolusi yang jauh dan urutan berevolusi
cepat untuk terkait erat organisme.
Sebagian besar protein manusia memiliki urutan identik dengan yang dimiliki simpanse yang
terkait erat. Bahkan jika kita meneliti fibrinopeptida yang berkembang pesat, manusia dan
simpanse berakhir pada cabang pohon evolusi yang sama. Jadi bagaimana kita bisa memberi
tahu orang selain simpanse? Mutasi yang tidak memengaruhi urutan protein menumpuk
jauh lebih cepat selama evolusi, karena mereka memiliki sedikit atau tidak ada efek yang
merugikan. Jadi jika alih-alih urutan protein, kita melihat urutan DNA yang sangat erat
hubungannya organisme kita menemukan lebih banyak perbedaan. Ini ditemukan terutama
dalam non-coding urutan dan dalam posisi kodon ketiga. Seperti dibahas dalam Bab 8,
mengubah basa ketiga dari kebanyakan kodon tidak mengubah asam amino yang disandikan.
Jadi mengubah Urutan DNA pada pangkalan ketiga kebanyakan kodon membuat protein
yang dikodekan tidak berubah (Gbr. 20.16).

Intron adalah urutan non-coding yang disambungkan keluar dari transkrip primer dan
karenanya tidak muncul dalam RNA messenger (lihat Bab 12). Oleh karena itu urutan intron
tidak terwakili dalam protein akhir. Terlepas dari batas intron dan sambungan situs
pengenalan, urutan DNA intron bebas untuk bermutasi secara luas. Lain urutan non-coding
ada antara gen dan, jika tidak terlibat dalam regulasi, mereka juga relatif bebas untuk
bermutasi.
Data awal tentang sitokrom c, hemoglobin, dll, diperoleh dengan mengurutkan protein secara
langsung. Karena pengurutan DNA jauh lebih mudah dan lebih akurat, sebagian besar
sekuens protein yang baru ditemukan disimpulkan dari sekuens DNA. Karenanya, kami
memiliki banyak informasi DNA tentang hewan terkait erat. Menggunakan data ini akan
membantu menyempurnakan hubungan evolusi antara hewan seperti manusia dan manusia
simpanse.