KATA PENGANTAR

Puji syukur Penulis panjatkan kehadirat Allah SWT, atas limpahan rahmat
dan petunjuknya-NYA, sehingga penulis dapat menyelesaikan makalah yang memuat
tentang “ASAM NUKLEAT" untuk memenuhi tugas mata kuliah Kimia Organik.
Dalam makalah ini, berisi materi tentang asam nukleat, selanjutnya penulis
mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu penulis dalam
menyelesaikan makalah ini. Terima kasih kepada dosen mata kuliah kimia organik
serta kepada keluarga dan teman-teman penulis yang juga telah membantu penulis
dalam mengerjakan dan memberikan informasi tentang makalah ini.
Apabila dalam makalah ini dijumpai banyak kekurangan, penulis memohon
maaf yang sebesar-besarnya. Mengingat penulis hanyalah manusia biasa yang tak
luput dari kesalahan, dimana segala sesuatu yang diciptakan oleh manusia pasti
memiliki kekurangan. Oleh sebab itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang
bersifat membangun untuk kesempurnaannya makalah ini, dan juga penulis berharap
semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi masyarakat dan para penggunanya

Gorontalo, Desember 2018

Vidia Nadila Nento

 BAB I
PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Berawal tahun 1868 Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang
mengawali pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, di
laboratorium Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah
bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan
dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan
menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan
cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak
larut dalam asam. kemudian zat ini dinamakan ”nuclein” sekarang dikenal dengan
nama nukleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah
satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal.
Asam nukleat dibagi menjadi dua jenis, yaitu DNA (deoxyribonucleic acid)
atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribinucleic acid) atau asam ribonukleat.
Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan mempunyai peranan yang sangat penting
dalam biosintesis protein. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya
terikat oleh protein yang mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat
pada histon. Senyawa gabungan antara asam nukleat dengan protein ini disebut
nukleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan suatu polimer seperti protein, tetapi
yang menjadi monomer bukan asam amino, melainkan nukleotida. Oleh karena itu
untuk mempelajari asam nukleat, perlu dipelajari terlebih dahulu tentang nukleotida.
1.2. Tujuan
1. Untuk mengetahui tentang asam nukleat
2. Untuk mengetahui tentang nukleotida beserta fungsinya
3. Untuk mengetahui tentang sintesi DNA dan RNA
4. Untuk mengetahui tentang Transkripsi dan Translasi
5. Untuk mengetahui implementasi asam nukleat dalam kehidupan
6. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Ikatan fosfodiester
7. Untuk mengetahui bagaimana Struktur tangga berpilin (double helix) DNA
dan Modifikasi struktur molekul RNA
 BAB II
PEMBAHASAN
2.1. Asam Nukleat
Asam nukleat adalah biopolimer yang berbobot molekul tinggi yang terdiri
atas banyak molekul nukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup
danbertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetik, kemudian
menerjemahkaninformasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi
masing-masingsel. Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya deoksiribonukleotida,
disebut asamdeoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri dari unit-unit
ribonukleotida disebut asam ribonukleotida (RNA). Asam nukleat juga merupakan
senyawa majemuk yang dibuat dari banyaknukleotida. Bila nukleotida mengandung
ribosa, maka asam nukleat yang terjadi adalah RNA (Ribonucleic acid = asam
ribonukleat) yang berguna dalam sintesisprotein. Bila nukleotida mengandung
deoksiribosa, maka asam nukleat yang terjadiadalah DNA (Deoxyribonucleic acid =
asam deoksiribonukleat) yang merupakanbahan utama pembentukan inti sel. Dalam
asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen yangberbeda yaitu 2 purin dan 2 primidin.
Baik dalam RNA maupun DNA purin selaluadenine dan guanine. Dalam RNA
pirimidin selalu sitosin dan urasil, sedangkan dalam DNA pirimidin selalu sitosin
dan timin.
Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai nukleoprotein, yaitu
gabungan antara asam nukleat dengan protein. Untuk memperoleh asam nukleat dari
jaringan-jaringan tersebut, dapat dilakukan ekstraksi terhadap nukleoprotein terlebih
dahulu menggunakan larutan garam IM. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat
diuraikan atau dipecah menjadi protein-protein dan asam nukleat dengan menambah
asam-asam lemah atau alkali secara hati-hati, atau dengan menambah NaCl hingga
jenuh akan mengendapkan protein.
Cara lain untuk memisahkan asam nukleat dari protein ialah menggunakan
enzim pemecah protein, misal tripsin. Ekstraksi terhadap jaringan-jaringan dengan
asam triklorasetat, dapat pula memisahkan asam nukleat. Denaturasi protein dalam
campuran dengan asam nukleat itu dapat pula menyebabkan terjadinya denaturasi
asam nukleat itu sendiri. Oleh karena asam nukleat itu mengandung pentosa, maka
bila dipanasi dengan asam sulfat akan terbentuk furfural. Furfural ini akan
memberikan warna merah dengan anilina asetat atau warna kuning dengan p-
bromfenilhidrazina. Apabila dipanasi dengan difenilamina dalam suasana asam,
DNA akan memberikan warna biru. Pada dasarnya reaksi-reaksi warna untuk ribosa
dan deoksiribosa dapat digunakan untuk keperluan identifikasi asam nukleat.
Fungsi asam nukleat antara lain:
- Menyimpan, mereplikasi dan mentranskripsi informasi genetika
- Turut dalam metabolisme
- Penyimpan energi
- Sebagai ko-enzim
2.2. Jenis-jenis Asam Nukleat
Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu (1) DNA (deoxyribonucleic acid )
atau asam deoksiribonukleat dan (2) RNA (ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat.
Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan
bersifat basa. Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa gabungan
antara protein dan asam nukleat disebut nukleoprotein. Molekul asam nukleat
merupakan polimer sepertiprotein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida. Salah
satu contoh nukleotida asam nukleat bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai
pembawa energi.
2.3. Struktur DNA dan RNA
2.3.1 Struktur DNA
Asam ini adalah polimer yang terdiri atas molekul-molekul
deoksiribonukleotida yang terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai
polinukleotida yang panjang. Molekul DNA yang panjang ini terbentuk oleh ikatan
antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada molekul deoksiribosa dengan
perantaraan gugus fosfat.
Secara kimia, DNA mengandung karakteristik/ sifat sebagai berikut:
1. Memiliki gugus gula deoksiribosa
2. Basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C), timin (T) dan adenin (A)
3. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel
4. Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan
spesifik satu dengan lain. Guanin selalu berpasangan dengan sitosin (G - C), dan
 adenin berpasangan dengan timin (A – T), sehingga jumlah guanin selalu sama
dengan jumlah sitosin. Demikian pula adenin dan timin.
2.3.2 Struktur RNA
Selain DNA, pada umunya sel-sel organisme prokariotik dan eukariotik
mengandung asam nukleat lain yang penting yaitu RNA. RNA merupakan polimer
nukleotida. Masing-masing nukleotida tersusun atas satu gula ribosa, satu gugus
fosfat dan satu basa nitrogen.
Perbedaan antara RNA dengan DNA yaitu :
a) RNA umunya tersusun dari pita nukleotida tunggal sedangkan DNA
merupakan pita nukleotida ganda.
b) RNA mengandung tipe molekul gulayang berbeda yaitu ribosa sebagai
pengganti molekul gula deoksiribosa pada DNA.
c) Seperti pada DNA, RNA juga mengandung 4 basa nitrogen, tetapi basa Timin
(T) diganti dengan basa Urasil (U).
d) Molekul DNA berbentuk rantai rangkap (double helix), sedangkan RNA
berbentuk rantai tunggal. Ukuran molekul DNA lebih besar daripada RNA.
e) Fungsi DNA berkaitan dengan penurunan sifat dan sintesis protein,
sedangkan RNA berkaitan dengan sintesis protein.
f) Kadar DNA tidak dipengaruhi oleh aktivitas sintesis protein sedangkan RNA
dipengaruhi oleh aktifitas sintesis protein.
g) DNA terdapat pada inti sel, sedangkan RNA terdapat pada inti sel dan
sitoplasma.
Didalam sel terdapat 3 macam RNA sesuai dengan tempat dan fungsinya
yaitu RNA duta (RNA massanger), RNAr (RNA ribosom), dan RNAt (RNA transfer)
atau RNAp (RNA pembawa). Pembentukan RNAm oleh DNA hanya pada saat
diperlukan, jadi tidak dicetak terus menerus. Sedangkan macam RNAm yang
dicetak/dibentuk tergantung pada macam protein yang akan disintesis di sitoplasma.
Dua jenis RNA yang lain (RNAr dan RNAt) berada di sitoplasma dan juga
ditranskripsi dari DNA. RNAt berbentuk daun semanggi, mengikat satu jenis asam
amino khusus, memiliki satu triplet basa yang disebut antikodon yang komplemen
dengan kodon tertentu dalam RNAm. RNA yang ketiga yaitu RNAr (RNA
Ribosomal) yaitu RNA yang terdapat di ribosom. Ketiga jenis RNA tersebut
berperan penting pada proses sintesis protein.
2.4. Nukleotida dan Nukleosida
Molekul nukleotida terdiri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat.
Molekul nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribose ) yang mengikat
suatu basa (purin atau pirimidin). Jadi apabila suatu nukleoprotein dihidrolisis
sempurna akan dihasilkan protein, asam fosfat, pentosa dan basa purin atau
pirimidin.
Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan yang berasal dari RNA
adalah ribosa. Adapun basa purin dan basa pirimidin yang berasal dari DNA ialah
adenin,guanin, sitosin, dan timin. Dari RNA akan diperoleh adenin, guanin, sitosin,
dan urasil.
Urasil terdapat dalam dua bentuk yaitu bentuk keto atau laktam dan bentuk
enol atau laktim. Pada pH cairan tubuh, terutama urasil terdapat dalam bentuk keto.
Nukleosida terbentuk dari basa purin atau pirimidin dengan ribosa atau deoksiribosa.
Basa purin atau pirimidin terikat pada pentosa oleh ikatan glikosidik, yaitu pada atom
karbon nomor satu. Guanosin adalah suatu nukleosida yang terbentuk dari guanin
dengan ribosa. Pada pengikatan glikosidik ini sebuah molekul air yang dihasilkan
terjadi dari atom hidrogen pada atom N-9 dari basa purin dengan gugus OH pada
atomC-1 dari pentosa. Untuk basa pirimidin,gugus OH pada atom C-1 berikatan
dengan atom H pada atom N-1.
Pada umumnya nukleosida diberi nama sesuai dengan nama basa purin atau
basa pirimidin yang membentuknya. Beberapa nukleosida berikut ialah yang
membentuk dari basa purin atau dari basa pirimidin dengan ribosa :
- Adenin nukleosida (adenosin)
- Guanin nukleosida (guanosin)
- Urasil nukleosida (uridin)
- Timin nukleosida (timidin)
- Sitosin nukleosida (sitidin)
Apabila pentosa yang diikat adalah deoksiribosa, maka nama nukleosida
diberi tambahan deoksi di depannya. Sebagai contoh deoksiadenosin, deoksititidin,
dan sebagainya. Di samping lima jenis basa purin atau basa pirimidin yang biasa
terdapat pada asam nukleat, ada pula beberapa basa purin dan pirimidin lain yang
membentuk nukleosida. Hipoksantin dengan ribosa akan membentuk hipoksantin
nukleosida atau inosin. DNA pada bakteri ternyata mngandung hidroksimetilsitosin.
Demikian pula tRNA mengandung derivat metil basa purin atau pirimidin, misalnya
6-N-dimetiladenin atau 2-N-dimetilguanin.
Dalam alam terutama nukleosida terdapat dalam bentuk ester fosfat yang
disebut nukleotida. Nukleotida terdapat sebagai molekul bebas atau berikatan dengan
sesama nukleotida membentuk asam nukleat. Dalam molekul nukleotida gugus fosfat
terikat oleh pentosa pada atom C-5.
Beberapa nukleotida lain ialah sebagai berikut :
- Adenin nukleotida/ adenosinmonofosfat (AMP)
- Guanin nukleotida/ guanosinmonofosfat (GMP)
- Hipoksantin nukleotida/ inosinmonofosfat (IMP)
- Urasil nukleotida/ uridinmonofosfat (UMP)
- Sitidin nukleotida/ sitidinmonofosfat (SMP)
- Timin nukleotida/ timidinmonofosfat (TMP)
Ada beberapa nukleotida yang mempunyai gugus fosfat lebih dari satu,
misalnya adenosintrifosfat dan uridintrifosfat. Kedua nukleotida ini mempunyai
peranan penting dalam reaksi-reaksi kimia dalam tubuh.
2.5. Sintesis DNA
Replikasi adalah peristiwa sintesis DNA. Saat suatu sel membelah secara
mitosis, tiap-tiap sel hasil pembelahan mengandung DNA penuh dan identik seperti
induknya. Dengan demikian, DNA harus secara cepat direplikasi (diperbanyak atau
dicetak ulang) sebelum proses pembelahan dimulai.
Hipotesis mengenai replikasi DNA dikemukakan setelah muncul model DNA
heliks ganda. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida
baru dari rantai nukleotida lama.
Proses komplementasi pasangan basa menghasilkan suatu molekul DNA baru
yang sama dengan molekul DNA lama sebagai cetakan. Kemungkinan terjadinya
replikasi dapat melalui tiga model, yaitu konservatif, semikonservatif, dan dispersif.
(a) Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama.
Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu
rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis.
(b) Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi
sebagai cetakan untuk dua rantaiDNA baru. Replikasi ini mempertahankan
molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru.
(c) Model dispertif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan
sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya
diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan
baru. Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang
saling berselang-seling pada setiap untai.
Dari ketiga model tersebut, model semi konservatif merupakan model yang
tepat untuk proses replikasi DNA. Model replikasi DNA ini telah dibuktikan oleh
Maselon dan Stahl. Replikasi DNA semi konservatif berlaku bagi organisme
prokariot maupun eukariot.
Tahapan replikasi DNA secara umum tidak banyak berbeda antara organisme
prokariot dan eukariot. Perbedaannya ada pada jenis dan jumlah enzim yang terlibat,
serta kecepatan dan kompleksitas replikasi DNA. Pada organisme eukariot, peristiwa
replikasi terjadi sebelum pembelahan mitosis, tepatnya pada fase sintesis dan siklus
pembelahan sel. Proses sintesis DNA ada dua tahap, yaitu transkripsi dan translasi.
1. Transkripsi
Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu rantai
cetakan atau sense, sedangkan rantai komplemennya disebut rantai antisense.
Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkripsi.
Informasi dari DNA untuk sintesis protein dibawa oleh mRNA. RNA dihasilkan dari
aktifitas enzim RNA polimerase. Enzim polimerasi membuka pilinan kedua rantai
DNA hingga terpisah dan merangkaikan nukleotida RNA. Enzim RNA polimerase
merangkai nukleotida-nukleotida RNA dari arah 5’ - 3’, saat terjadi perpasangan
basa di sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang cetakan
DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang DNA menandai dimana transkripsi
suatu gen dimulai dan diakhiri.
Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi
(pemanjangan), terminasi (pengakhiran) rantai mRNA. Transkripsi mensintesis baik
RNAd, RNAt, maupun RNAr. Namun hanya basa nitrogen yang terdapat pada
RNAd saja yang nantinya diterjemahkan menjadi asam amino (protein).
a. Inisiasi
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi
disebut sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana transkripsi dimulai,
juga menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai
cetakan.
b. Elongasi
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks ganda
DNA, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan DNA-nya.
c. Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA
yang disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA
yang berfungsi sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik,
transkripsi biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi; yaitu, polimerase
mencapai titik terminasi sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel
eukariotik polimerase terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di
dalam mRNA. Pada titik yang lebih jauh kira-kira 10 hingga 35 nukleotida, mRNA
ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut.
2. Transalasi
Translasi adalah proses penerjemah urutan nukleotida yang ada pada molekul
mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein. Hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak
ditranslasi. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang
menyusun suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca
terbuka). Molekul rRNA adalah salah satu molekul penyusun ribosom, yakni organel
tempat berlangsungnya sintesis protein, tRNA adalah pembawa asam-asam amino
yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida.
Dalam proses translasi, rangkaian nukleotida pada mRNA akan dibaca tiap tiga
nukleotida sebagai satu kodon untuk satu asam amino, dan pembacaan dimulai dari
urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau AUG pada RNA). Translasi juga
melalui tiga tahap, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.
a. Inisiasi Translasi
 RNAt memuat asam amino pertama dari polipeptida dan dua sub unit
ribosom.
 Subunit ribosom kecil mengikat diri pada RNAd dan RNAt inisiator
 Subunit ribosom kecil melekat pada tempat tertentu di ujung 5’ dari RNAd
 Didekat tempat pelekatan ribosom subunit kecil terdapat kodon inisiasi AUG,
yang memberikan sinyal dimulainya proses translasi.
 RNAt inisiator yang membawa asam amino metionin melekat pada kodon
AUG.
b. Elongasi Translasi
 Asam amino-asam amino berikutnya ditambahkan satu per satu pada asam
amino pertama (metionin)
 Kodon RNAd pada ribosom membentuk ikatan hidrogen pada antikodon
molekul RNAt yang komplemen dengannya.
 Molekul RNAr dari subunit ribosom besar mengkatalis pembentukan ikatan
peptida yang memanjang ke asam amino yang baru tiba. Pada tahap ini,
polipeptida memisahkan diri dari RNAt tempat perlekatannya semula.
 Saat RNAd berpindah tempat, antikodonnya tetap berikatan dengan kodon
RNAt.
  RNAd bergerak bersama-sama dengan antikodon ini dan bergeser pada
kodon berikutnya yang akan ditranslasi.sementara itu, RNAt sekarang tanpa
asam amino karena telah diikatkan pada polipeptida yang sedang memanjang.
 RNAt keluar dari ribosom.
 Siklus elongasi terus berlangsung hingga rantai polipeptidanya lengkap
c. Terminasi Translasi
 Elogansi berlanjut hingga ribosom mencapai kodon stop.
 Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, atau UGA.
 Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino melainkan bertindak sebagai
sinyal unttuk menghentikan translasi.
2.6 Kodon (Kode Genetik)
Kodon (kode genetik) adalah urutan nukleotida yang terdiri atas 3 nukleotida
yang berurutan sehingga sering disebut sebagai triplet kodon, yang menyandi suatu
kodon asam amino tertentu, misalnya urutan ATG (AUG pada mRNA) mengkode
asam amino metionin. Kodon inisiasi translasi merupakan kodon untuk asam amino
metionin yang mengawali struktur suatu polipeptida (protein). Pada prokariot, asam
amino awal tidak berupa metionin tetapi formil metionin (fMet). Ada beberapa
aspek yang perlu diketahui mengenai kode genetik, yaitu:
a. Kode genetik bersifat tidak saling tumpang-tindih (non- overlapping kecuali
pada kasus tertentu, misalnya pada bakteriofag
b. Tidak ada sela (gap) di antara kodon satu dengan kodon yang lain.
c. Tidak ada koma di antara kodon.
d. Kodon bersifat degenerotea, buktinya ada beberapa asam amino yang
mempunyai lebih dari satu kodon.
e. Secara umum, kodon bersifat hampir universal karena pada beberapa organel
jasad tinggi ada beberapa kodon yang berbeda dari kodon yang digunakan
pada sitoplasma.
f. Dalam proses translasi, setiap kodon berpasangan dengan antikodon yang
sesuai yang terdapat pada molekul tRNA.
g. Sebagai contoh, kodon metionin (AUG) mempunyai komplemennya dalam
bentuk antikodon UAC yang terdapat pada tRNA
 h. Pada waktu tRNA yang membawa asam amino diikat ke dalam sisi A pada
ribosom, maka bagian antikodonnya berpasangan dengan kodon yang sesuai
yang ada pada sisi A tersebut.
i. Oleh karena itu, suatu kodon akan menentukan asam amino yang
disambungkan kedalam polipeptida yang sedang disintesis di dalam ribosom.
2.7. Ikatan fosfodiester
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N,
pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan gugus
hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan
ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester
(Gambar 2.2).

Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida

dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan
kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu
rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan
oleh ikatan fosfodiester. Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada
kromosom dan plasmid bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu
ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5’ gula pentosa. Oleh karena
itu, ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5’. Ujung yang lainnya berupa gugus
hidroksil yang terikat pada posisi 3’ gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan
ujung OH atau ujung 3’. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai
polinukleotida linier mempunyai arah tertentu. Pada pH netral adanya gugus fosfat
akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif. Inilah alasan pemberian nama
’asam’ kepada molekul polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak
basa N. Kenyataannya, asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau
merupakan polimer yang sangat bermuatan negatif.
2.8 Sekuens asam nukleat
Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas
suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul
asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja. Selanjutnya,
dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5’
di sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan. Sebagai contoh, suatu sekuens DNA
dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu sekuens RNA dituliskan 5’-
GGUCUGAAUG-3’. Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh
sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang
memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut
dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5’→ 3’, sedangkan yang lain 3’→
5’).
2.9 Struktur tangga berpilin (double helix) DNA dan Modifikasi struktur
molekul RNA
Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model
struktur molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan
dasar dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA. Model tersebut
dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Secara alami DNA pada umumnya
mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini.
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua
rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke
kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu
pilinan, sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan
yang sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal
ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya,
sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini
dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T
dihubungkan oleh ikatan hydrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut
menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling
komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui, maka
sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan. 19 Oleh karena basa bisiklik
selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka jarak antara kedua rantai
polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap. Dengan perkataan lain,
kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satu dibaca dari arah 5’ ke
3’, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’. Jadi, kedua rantai tersebut
sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel).

Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0,34 nm. Sementara
itu, di dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara
dua basa yang tegak lurus di dalam masing-masing rantai menjadi 3,4 nm. Namun,
kondisi semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium larutan
fisiologis dengan kadar garam rendah seperti halnya yang terdapat di dalam
protoplasma sel hidup. DNA semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B atau
bentuk yang sesuai dengan model asli Watson-Crick. Bentuk yang lain, misalnya
bentuk A, akan dijumpai jika DNA berada dalam medium dengan kadar garam
tinggi. Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa dalam setiap putaran spiral. Selain
itu, ada pula bentuk Z, yaitu bentuk molekul DNA yang mempunyai arah pilinan
spiral ke kiri. Bermacam-macam bentuk DNA ini sifatnya fleksibel, artinya dapat
berubah dari yang satu ke yang lain bergantung kepada kondisi lingkungannya.
Tidak seperti DNA, molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal
sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. Namun, modifikasi struktur juga
terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri
(intramolekuler). Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA, kita mengenal
tiga macam RNA, yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA), RNA pemindah
atau transfer RNA (tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Struktur mRNA dikatakan
sebagai struktur primer, sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai
struktur sekunder. Perbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut
berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing.
2.10. Implementasi Asam Nukleat dalam Kehidupan
Penerapan Rekayasa Genetika Dalam Kehidupan Manusia
Teknologi DNA rekombinan atau rekayasa genetika telah melahirkan
revolusi baru dalam berbagai bidang kehidupan manusia, yang dikenal sebagai
revolusi gen. Penerapan rekayasa genetika dalam kehidupan manusia menghasilkan
berbagai produk yang dapat meningkatkan kesejahteraan umat manusia sesuai
dengan kebutuhannya. Produk teknologi tersebut berupa organisme transgenik atau
organisme hasil modifikasi genetik (OHMG), yang dalam bahasa Inggris disebut
dengan Genetically Modified Organism (GMO). Namun, sering kali pula aplikasi
teknologi DNA rekombinan bukan berupa pemanfaatan langsung organisme
transgeniknya, melainkan produk yang dihasilkan oleh organisme transgenik. Berikut
ini akan dikemukakan beberapa contoh pemanfaatan organisme transgenik dan
produk yang dihasilkannya dalam berbagai bidang kehidupan manusia.
1 Bidang Pertanian dan Peternakan
Beberapa contoh aplikasi rekayasa genetika di bidang pertanian adalah
mengembangkan tanaman transgenik yang memiliki sifat: 1) toleran terhadap zat
kimia tertentu (tahan herbisida); 2) tahan terhadap hama dan penyakit tertentu; 3)
mempunyai sifat-sifat khusus (misalnya tomat yang matangnya lama, padi yang
memproduksi beta-karoten dan vitamin A, kedelai dengan lemak tak jenuh rendah,
kentang dan pisang yang berkhasiat obat, dll.); 4) dapat mengambil nitrogen sendiri
dari udara (gen dari bakteri pemfiksasi nitrogen disisipkan ke tanaman sehingga
tanaman dapat memfiksasi nitrogen udara sendiri); dan 5) dapat menyesuaikan diri
terhadap lingkungan buruk (kekeringan, cuaca dingin, dan tanah dengan kandungan
garam tinggi)
Di bidang peternakan hampir seluruh faktor produksi telah tersentuh oleh
teknologi DNA rekombinan, misalnya penurunan morbiditas penyakit ternak serta
perbaikan kualitas pakan dan bibit. Vaksin-vaksin untuk penyakit mulut dan kuku
pada sapi, rabies pada anjing, blue tongue pada domba, white-diarrhea pada babi, dan
fish-fibrosis pada ikan telah diproduksi menggunakan teknologi DNA rekombinan.
Di samping itu, juga telah dihasilkan hormon pertumbuhan untuk sapi (recombinant
bovine somatotropine atau rBST), babi (recombinant porcine somatotropine atau
rPST), dan ayam (chicken growth hormone). Penemuan ternak transgenik yang
paling menggegerkan dunia adalah ketika keberhasilan kloning domba Dolly
diumumkan pada tanggal 23 Februari 1997.
2. Bidang Farmasi dan Industri
1) Pembuatan insulin melalui proses rekayasa genetika
Insulin adalah suatu hormon polipetida yang diproduksi dalam sel-sel β
kelenjar Langerhaens pankreas. Insulin berperan penting dalam regulasi kadar gula
darah (kadar gula darah dijaga 3,5-8,0 mmol/liter). Hormon insulin yang diproduksi
oleh tubuh kita dikenal juga sebagai sebutan insulin endogen. Namun, ketika kalenjar
pankreas mengalami gangguan sekresi guna memproduksi hormon insulin, disaat
inilah tubuh membutuhkan hormon insulin dari luar tubuh, dapat berupa obat buatan
manusia atau dikenal juga sebagai sebutan insulin eksogen. Kekurangan insulin dapat
menyebabkan penyakit seperti diabetes mellitus tergantung insulin (diabetes tipe I).
Insulin terdiri dari 51 asam amino. Molekul insulin disusun oleh 2 rantai polipeptida
A dan B yang dihubungkan dengan ikatan disulfida. Rantai A terdiri dari 21 asam
amino dan rantai B terdiri dari 30 asam amino.
 BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Asam nukleat merupakan biopolimer yang berbobot molekul tinggi yang
terdiri atas banyak molekul nukleotida. Fungsi dari asam nukleat antara lain
menyimpan, mereplikasi, dan mentranskripsi informasi genetika, turut berperan
dalam proses metabolisme, penyimpan energi, dan sebagai koenzim. Asam nukleat
dibagi menjadi dua jenis, yaitu DNA dan RNA. DNA merupakan jenis dari asam
nukleat yang mempunyai pita berpilin ganda, mengandung gula deoksiribosa, basa
nitrogen adenin, sitosin, guanin, dan timin, berperan dalam penurunan sifat dan
sintesis protein, dan terdapat di inti sel. Sedangkan RNA mempunyai pita berpilin
tunggal, mengandung gula ribosa, basa nitrogen adenin, sitosin, guanin, dan urasil,
berperan dalam sintesis protein, serta berada dalam inti sel dan sitoplasma.
Nukleotida merupakan molekul yang tersusun dari gugus basa (purin dan
pirimidin), gula pentosa (ribosa atau deoksiribosa), dan satu atau lebih gugus fosfat.
Sedangkan nukleosida merupakan sebutan untuk bagian dari nukleotida tanpa gugus
fosfat. Proses sintesis DNA dan RNA melalui tiga proses, yaitu replikasi DNA,
transkripsi, dan translasi. Kodon (kode genetik) yaitu urutan nukleotida yang terdiri
atas 3 nukleotida yang berurutan sehingga sering disebut sebagai triplet kodon, yang
menyandi suatu kodon asam amino tertentu.
Implementasi dari rekayasa genetika dalam kehidupan antara lain ada dalam
beberapa bidang, seperti bidang pertanian, peternakan, perkebunan, kehutanan,
florikultur, farmasi dan industri, lingkungan, serta dalam bidang hukum dan forensik.
 DAFTAR PUSTAKA

Poedjiadi, Anna. 2005. Dasar-dasar Biokimia. UI press: Jakarta.

Martin,D.W,dkk. 1992. Biokimia ( Review of Biochemistry ). EGC Penerbit Buku

Kedokteran: Jakarta.

Lehninger,A.L. 1992.Dasar-dasar Biokimia. Erlangga: Jakarta