Jurusan Teknologi Pangan

Fakultas Teknologi Industri Pertanian

Universitas Sahid Jakarta
2018 1
 Pendahuluan

DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)

mempunyai kemampuan untuk
mengadakan replikasi.

Replikasi DNA adalah proses sintesis DNA baru

dengan menggunakan template molekul DNA
yang sudah ada.

Proses ini berlangsung secara semikonservatif dan

bidirectional, artinya berjalan ke dua arah secara
serempak, dimulai dari titik tertentu yang disebut titik
awal replikasi.

2
 Replikasi DNA secara
Semikonservatif

Secara teoritis terdapat tiga hipotesis tentang replikasi DNA,

yaitu: konservatif, semikonservatif, dan dispersif.

3
Pada replikasi konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal
tetap dipertahankan dan akan mengarahkan pembentukkan
tangga berpilin baru.

4
 Pada replikasi semikonservatif tangga berpilin mengalami
pembukaan terlebih dahulu sehingga kedua untai polinukleotida
akan saling terpisah.

Masing-masing untai tetap dipertahankan dan akan bertindak

sebagai cetakan (template) bagi pembentukkan untai
polinukleotida baru.
5
Pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida mengalami
fragmentasi di sejumlah tempat.

Kemudian, fragmen-fragmen polinukleotida yang terbentuk

akan menjadi cetakan bagi fragmen nukleotida baru sehingga
fragmen lama dan baru akan dijumpai berselang-seling di dalam
tangga berpilin yang baru
6
Pada tahun 1958 oleh M. S. Meselson dan F. W. Stahl berhasil
menunjukkan secara empirik bahwa replikasi DNA berlangsung
secara semikonservatif menggunakan percobaan yang disebut
density transfer experiment.

7
 Hasil akhir
percobaan
Meselson-Stahl

8
 Replikasi DNA secara
Bidirectional

• Replikasi bidirectional : replikasi berlangsung dalam 2 arah

yang berlawanan.
• Dengan cara ini akan terbentuk garpu replikasi yang bergerak
ke arah berlawanan.

9
 Replikasi DNA berlangsung bidirection, dimulai dari
satu tempat yang lazim disebut titik awal replikasi atau
origin of replication.

 Pada E. coli (prokariota) titik awal replikasi hanya ada

satu.

 Pada DNA eukariota titik awal replikasi ada ribuan,

dengan demikian replikasi berlangsung pada banyak
titik awal, menghasilkan banyak fragmen-fragmen DNA
yang relatif pendek, yang kemudian akan ditautkan satu
sama lain menjadi satu DNA genom yang utuh oleh
enzim ligase.

10
 Pada DNA eukariota,
karena titik awal
replikasi sangat banyak,
maka tampak seperti
gelembung-gelembung.

Gelembung-gelembung
ini sering disebut
gelembung replikasi
atau replication bubble.

11
 Pada titik awal replikasi terjadi disosiasi DNA untai ganda
(DNA dupleks) untuk memberi jalan pada enzim DNA
polimerase agar dapat berikatan dan membaca template DNA.

 Disosiasi untai ganda DNA ini, baik pada titik awal replikasi
maupun sepanjang untai DNA, dikatalisasi oleh enzim
helikase.

 Proses ini ditandai oleh memisahnya untai DNA, yang masing-

masing akan berperan sebagai cetakan bagi pembentukkan
untai DNA baru

 Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya

diselubungi oleh protein pengikat untai tunggal atau single-
strand binding (SSB) protein untuk melindungi DNA untai
tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi

12
 Pada proses replikasi, DNA baru terbentuk dari ujung 5’ ke arah
ujung 3’, sedangka pembacaan DNA template, berlangsung
sebaliknya, yaitu dari ujung 3’ ke arah 5’.

 Hal ini disebabkan karena enzim DNA polimerase (enzim yang

mengkatalisis penambahan nukleotida untuk memperpanjang
untai DNA), hanya dapat mengkatalisis reaksi penambahan
nukleotida baru pada ujung 3’ dari untai DNA yang sedang
diperpanjang.

 DNA polimerase ini hanya dapat mengakatalisis reaksi esterase

dari gugus fosfat yang terdapat pada C5 nukleotida baru dengan
gugus hidroksil yang terletak pada C3 nukleotida yang sudah
berada dalam untai DNA yang sedang diperpanjang

13
Penambahan nukleotida baru berlangsung pada gugus OH dari
karbon 3 gula deoksiribosa

14
o Sintesis DNA pada dua untai tunggal DNA yang sedang
mengalami replikasi berlangsung secara serentak ke dua arah
berlawanan (bidirectional), padahal perpanjangan rantai DNA
oleh DNA polimerase hanya dapat berlangsung dari arah
ujung 5’ ke arah ujung 3’.

o Akibatnya pada salah satu untai DNA baru secara kontinyu,

sedangkan pada untai DNA template yang lain terjadi
pembentukkan untai DNA baru secara sepotong-sepotong.

o Potongan-potongan DNA ini disebut fragmen okazaki.

o Fragmen-fragmen okazaki ini kemudian akan ditautkan satu

sama lain oleh enzim DNA ligase menjadi untai DNA yang
utuh.

15
Untai DNA yang disintesis secara kontinyu tersebut dinamakan
“leading strand”, sedangkan untai DNA yang terbentuk dari
fragmen-fragmen okazaki disebut “lagging strand”

16
 Fungsi Primer Oligoribonukleotida
dalam Replikasi DNA

 Untuk memulai proses replikasi, enzim DNA polimerase

memerlukan primer, suatu oligoribonukleotida sepanjang
10-60 nukleotida (umumnya antara 15-30 nukleotida).

 Hal ini disebabkan enzim DNA polimerase hanya dapat

mengakibatkan nukleotida (baru) pada gugus 3’OH dari
nukleotida yang sudah ada sebelumnya pada rantai poli- atau
oligonukleotida.

 Sintesis oligoribonukleotida ini dikatalisis oleh suatu kompleks

enzim RNA polimerase yang disebut primosom atau primase.

17
 Fungsi Primer Oligoribonukleotida
dalam Replikasi DNA

 Primase dapat melakukan polimerasisasi ribonukleotida tanpa

adanya untai ribonukleotida sebelumnya.

 Primer yang dibentuk oleh enzim primase merupakan

komplementer dari sekuens DNA template pada titik awal
replikasi atau pada bagian DNA template memulai sintesis
DNA.

 Menjelang akhir proses replikasi, primer oligoribonukleotida

ini dibuang lalu diganti dengan sekuens deoksiribonukleotida
yang sesuai melalui aktivitas enzim DNA polimerase

18
 Protein-Protein yang Berperan
dalam Replikasi DNA

Terdapat lebih dari 20 macam protein yang sudah diketahui

memiliki peran dalam proses replikasi DNA. Sebagian besar dari
protein ini berasosiasi dan berkoordinasi satu sama lain pada garpu
replikasi membentuk suatu “mesin replikasi” yang sangat efisien
dan efektif
19
20
 DNA Polimerase

Dari beberapa penelitian terungkap bahwa ternyata DNA

polimerase merupakan kompleks enzim dengan multi
aktivitas.

Secara umum fungsi atau aktivitas yang dilakukan secara

bersama-sama oleh kompleks enzim ini dapat dibagi menjadi
tiga fungsi, yaitu:
1. Perpanjangan rantai (chain elongation)
2. Prosesivitas (processivity), dan
3. Pengoreksian (proofreadig).

21
 DNA Polimerase

 Perpanjangan rantai adalah aktivitas menambahkan residu-

residu nukleotida pada untai DNA nascent (untai DNA yang
sedang diproses) selama replikasi berlangsung.

 Prosesivitas adalah ekspresi jumlah nukleotida yang

ditambahkan pada untai DNA nascent sebelum kompleks
enzim DNA polimerase melepaskan diri dari template.

 Proofreading atau pengoreksian adalah aktivitas memeriksa,

mengidentifikasi kesalahan-kesalahan yang terjadi selama
pembacaan template dan penambahan nukleotida, sekaligus
melakukan perbaikan atau koreksi terhadap kesalahan-
kesalahan tersebut

22
 DNA Polimerase

 Di samping itu ada dua aktivitas tambahan yaitu aktivitas

eksonuklease 5’  3’ dan eksonuklease 3’  5’.

 Aktivitas eksonuklease 5’  3’ diperlukan untuk memotong

dan membuang primer ribonukleotida yang digunakan pada
tahap awal replikasi, sekaligus menggantikannya dengan
deoksiribonukleotida yang sesuai melalui proses polimerisasi
5’  3’ nya.

 Aktivitas eksonuklease 5’  3’ ini juga digunakan pada saat

perbaikan sekuens DNA yang rusak atau tidak sesuai.

 Fungsi eksonuklease 3’  5’ digunakan selama replikasi

untuk memotong dan membuang nukleotida-nukleotida yang
tidak sesuai atau tidak match dengan template-nya.

23
 DNA Polimerase

 Pada E. coli telah diidentifikasi 3 macam enzim DNA polimerase,

yaitu DNA polimerase I, II, dan III.

 Peran utama DNA polimerase I adalah menjamin ketepatan dan

ketelitian proses replikasi melalui perbaikan dan pembetulan
kesalahan yang terjadi pada saat penambahan deoksiribonukleotida,
rusak atau tidak sesaui dengan sekuens DNA template-nya, pada
replikasi DNA.

 Sintesis untai DNA baru pada replikasi genom E. coli merupakan

tanggung jawab utama dari enzim DNA polimerase III.

 Peran DNA polimerase II lebih banyak ke arah DNA proofeading and

repair, yaitu aktivitas memeriksa kecocokan nukleotida-nukleotida
yang ditambahkan selama proses replikasi dan sekaligus
memperbaikinya jika ada kesalahan atau kerusakan

24
TERIMA KASIH

25