STRUKTUR, FUNGSI, & REPLIKASI INFORMASI MAKROMOLEKUL

I. Nukleotida
Dalam kondisi fisiologis, tautomer amino dan oxo dari purin, pirimidin, dan
turunannya mendominasi. Asam nukleat mengandung, selain A, G, C, T, dan U, jejak
5-methylcytosine, 5-hydroxymethylcytosine, pseudouridine (ψ), dan N-methylated
heterocycles. Sebagian besar nukleosida mengandung D-ribosa atau 2-deoksi-D-
ribosa yang terkait dengan N-1 dari pirimidin atau N-9 dari purin oleh ikatan β-
glikosidik yang konformer utamanya mendominasi. Suatu bilangan prima
menunjukkan hidroksil yang melekatkan gugus fosforil dari gula mononukleotida
(misalnya, 3′-GMP, 5′-dCMP). Kelompok fosforil tambahan yang dihubungkan
dengan ikatan anhidrida asam membentuk nukleosida difosfat dan trifosfat.
Nukleosida trifosfat memiliki potensi transfer kelompok yang tinggi dan
berpartisipasi dalam sintesis ikatan kovalen. Fosforodi siklik cAMP dan cGMP
berfungsi sebagai pembawa pesan kedua intraseluler. Mononukleotida yang
dihubungkan oleh ikatan 3 ′ → 5′-fosfodiester membentuk polinukleotida,
makromolekul terarah dengan ujung 3′ dan 5′ yang berbeda. Ketika direpresentasikan
sebagai pTpGpT atau TGCATCA, ujung 5′ berada di sebelah kiri, dan semua ikatan
fosfodiester adalah 3 ′ → 5 ′. Analog sintetik dari pangkalan purin dan pirimidin dan
turunannya berfungsi sebagai obat antikanker baik dengan menghambat enzim
biosintesis nukleotida atau dengan dimasukkan ke dalam DNA atau RNA.
II. Metabolisme Purinin & Pirimidin Nukleotida
Asam nukleat yang dicerna terdegradasi menjadi purin dan pirimidin. Purin
dan pirimidin terbentuk dari zat antara amfibi dan dengan demikian bersifat non-
esensial. Beberapa reaksi biosintesis IMP membutuhkan turunan folat dan glutamin.
Akibatnya, obat antifolat dan analog glutamin menghambat biosintesis purin.
IMP adalah pendahulu dari AMP dan GMP. Glutamin menyediakan kelompok
2-amino GMP, dan aspartat kelompok 6-amino AMP. Pemindahan fosforil dari ATP
mengubah AMP dan GMP menjadi ADP dan PDB. Transfer fosforil kedua dari ATP
membentuk GTP, tetapi ADP dikonversi menjadi ATP terutama oleh fosforilasi
oksidatif.
Biosintesis nukleotida purin hati secara ketat diatur oleh ukuran kumpulan
PRPP dan oleh penghambatan umpan balik PRPP glutamyl amidotransferase oleh
AMP dan GMP. Regulasi terkoordinasi biosintesis nukleotida purin dan pirimidin
memastikan keberadaannya dalam proporsi yang sesuai untuk biosintesis asam
nukleat dan kebutuhan metabolisme lainnya.
Manusia mengkatabolisasi purin menjadi asam urat (pKa 5.8), hadir sebagai
asam yang relatif tidak larut pada pH asam atau sebagai garam natrium urat yang
lebih larut pada pH mendekati netralitas. Kristal urat merupakan diagnostik dari gout.
Gangguan katabolisme purin lainnya termasuk sindrom Lesch-Nyhan, penyakit von
Gierke, dan hypouricemias. Karena pirimidin katabolit larut dalam air, kelebihan
produksi mereka tidak menghasilkan kelainan klinis. Namun, ekskresi prekursor
pirimidin dapat dihasilkan dari defisiensi ornithine transcarbamoylase karena
kelebihan karbamoil fosfat tersedia untuk biosintesis pirimidin.
III. Struktur & Fungsi Asam Nukleat
DNA terdiri dari empat basa — A, G, C, dan T — yang disimpan dalam
susunan linear oleh ikatan fosfodiester melalui posisi 3 ′ dan 5 of dari gugus
deoksiribosa yang berdekatan. DNA disusun menjadi dua untaian dengan
memasangkan basa A ke T dan G ke C pada untaian komplementer. Helai ini
membentuk heliks ganda di sekitar poros tengah.
DNA pada manusia diatur 3 × 109 bp ke dalam komplemen haploid dari 23
kromosom. Urutan yang tepat dari 3 miliar nukleotida ini mendefinisikan keunikan
masing-masing individu. DNA menyediakan templat untuk replikasi sendiri dan
dengan demikian memelihara genotipe dan untuk transkripsi sekitar 25.000 protein
yang mengkode gen manusia serta sejumlah besar ncRNA yang mengatur kode
nonprotein.
RNA ada dalam beberapa struktur untai tunggal yang berbeda, yang sebagian
besar secara langsung atau tidak langsung terlibat dalam sintesis protein atau
pengaturannya. Susunan linear nukleotida dalam RNA terdiri dari A, G, C, dan U,
dan bagian gula adalah ribosa. Bentuk utama RNA termasuk mRNA, rRNA, tRNA,
dan snRNA dan ncRNA regulatori. Molekul RNA tertentu bertindak sebagai katalis
(ribozim).
IV. Organisasi, Replikasi, & Perbaikan DNA
DNA dalam sel eukariotik dikaitkan dengan berbagai protein, menghasilkan
struktur yang disebut kromatin. Sebagian besar DNA dikaitkan dengan protein histon
untuk struktur yang disebut nukleosom. Nukleosom terdiri dari satu oktamer histon
yang mengelilingi sekitar 150 bp DNA. Histon tunduk pada beragam modifikasi
kovalen dinamis yang memiliki konsekuensi peraturan penting. Nukleosom dan
struktur tingkat tinggi yang terbentuk darinya berfungsi untuk memadatkan DNA.
DNA di daerah aktif transkripsi relatif lebih sensitif terhadap serangan nuklease in
vitro; beberapa daerah, yang disebut situs hipersensitif sangat sensitif dan sering
ditemukan mengandung situs kontrol transkripsi.
DNA (gen) yang sangat aktif secara transkripsi sering dikelompokkan di
daerah-daerah dari masing-masing kromosom. Dalam wilayah ini, gen dapat
dipisahkan oleh DNA tidak aktif dalam struktur nukleosom. Dalam banyak unit
transkripsi eukariotik (yaitu, bagian dari gen yang disalin oleh RNA polimerase)
sering terdiri dari daerah pengkodean DNA (ekson) yang diinterupsi oleh urutan
intervensi DNA nonkode (intron). Ini terutama berlaku untuk gen penyandi mRNA.
Setelah transkripsi, selama pemrosesan RNA, intron dihapus dan ekson diikat
bersama untuk membentuk mRNA matang yang muncul dalam sitoplasma; proses ini
disebut penyambungan RNA.
DNA dalam setiap kromosom direplikasi secara tepat sesuai dengan aturan
pasangan basa selama fase S dari siklus sel. Setiap helai heliks ganda direplikasi
secara bersamaan tetapi dengan mekanisme yang agak berbeda. Kompleks protein,
termasuk DNA polimerase, mereplikasi untai terkemuka secara terus-menerus dalam
arah 5 ′ hingga 3.. Untaian lagging direplikasi secara terputus-putus, dalam potongan
pendek 100 hingga 250 nukleotida oleh DNA polimerase yang disintesis dalam arah 5
′ → 3 ′.
Replikasi DNA dimulai di situs khusus yang diistilahkan dengan asal, atau ori,
untuk menghasilkan gelembung replikasi. Setiap kromosom eukariotik mengandung
banyak asal. Seluruh proses memakan waktu sekitar 9 jam dalam sel manusia yang
khas dan hanya terjadi selama fase S dari siklus sel.
Berbagai mekanisme yang menggunakan sistem enzim yang berbeda
memperbaiki DNA seluler yang rusak setelah terpapar sel dengan mutagen kimia dan
fisik. Sel-sel normal yang mengandung DNA yang tidak dapat diperbaiki mengalami
kematian sel terprogram.
V. Sintesis, Pemrosesan, dan Modifikasi RNA
RNA disintesis dari cetakan DNA oleh enzim DNA dependent RNA
polimerase. Sementara bakteri mengandung tetapi RNA polimerase tunggal (ββα2σω)
ada tiga polimerase RNA bergantung DNA yang berbeda pada mamalia: RNA
polimerase I, II, dan III. Enzim-enzim ini mengkatalisasi transkripsi rRNA (Pol I),
mRNA / mi / siRNAs / lncRNAs (Pol II), dan tRNA dan 5S rRNA (Pol III) gen
penyandi. RNA polimerase berinteraksi dengan daerah gen aktif-cis yang unik, yang
disebut promotor, untuk membentuk kompleks preinitiasi (PIC) yang mampu
dimulai. Dalam eukariota, proses pembentukan PIC pol II membutuhkan, selain
polimerase, beberapa faktor transkripsi umum (GTF), TFIIA, B, D, E, F, dan H.
Pembentukan PIC eukariotik dapat terjadi pada promotor yang dapat diakses,
baik secara bertahap — melalui interaksi sekuensial, interaksi GTF dan RNA
polimerase dengan promotor DNA — atau dalam satu langkah dengan pengakuan
promotor oleh kompleks holoenzyme polimerase GTFRNA yang telah dibentuk
sebelumnya.
Transkripsi menunjukkan tiga fase: inisiasi, perpanjangan, dan penghentian.
Semua tergantung pada elemen cis DNA yang berbeda dan dapat dimodulasi oleh
faktor protein trans-acting yang berbeda.
 Keberadaan nukleosom dapat meningkatkan atau menyumbat pengikatan
kedua transfaktor dan mesin transkripsi pada elemen cis DNA serumpunnya,
sehingga menghambat transkripsi.
Sebagian besar RNA eukariotik disintesis sebagai prekursor yang
mengandung sekuens berlebih yang dihilangkan sebelum generasi RNA fungsional
yang matang. Reaksi pemrosesan ini memberikan langkah potensial tambahan untuk
pengaturan ekspresi gen.
Sintesis mRNA eukariotik menghasilkan prekursor pra-mRNA yang
mengandung jumlah berlebihan RNA (intron) dalam jumlah besar yang harus
dihilangkan dengan tepat oleh penyambungan RNA untuk menghasilkan fungsional,
mRNA yang dapat diterjemahkan yang terdiri dari pengkodean eksonik dan 5 ′ dan 3
sequ urutan nonkoding.
Semua langkah — mulai dari perubahan templat, urutan, dan aksesibilitas
DNA dalam kromatin hingga stabilitas dan translatabilitas RNA — tunduk pada
modulasi dan karenanya merupakan lokasi kontrol potensial untuk regulasi gen
eukariotik.
VI. Sintesis Protein & Kode Genetik
Aliran informasi genetik mengikuti urutan DNA → RNA → protein.
Informasi genetik dalam suatu gen ditranskripsi menjadi molekul RNA
sedemikian rupa sehingga urutan yang terakhir saling melengkapi dengan yang ada di
satu untai DNA. RNA ribosomal (rRNA), RNA transfer (tRNA), dan messenger
RNA (mRNA), terlibat langsung dalam sintesis protein. mi / siRNAs mengatur fungsi
mRNA pada level terjemahan dan / atau stabilitas.
Informasi dalam mRNA adalah susunan kodon yang berkelanjutan, yang
masing-masing panjangnya tiga nukleotida. mRNA dibaca terus menerus dari kodon
start (AUG) hingga terminasi (UAA, UAG, UGA). Kerangka pembacaan terbuka,
atau ORF, dari mRNA adalah serangkaian kodon yang berdekatan, masing-masing
menentukan asam amino tertentu, yang menentukan urutan asam amino protein yang
tepat.
 Sintesis protein, seperti sintesis DNA dan RNA, mengikuti polaritas mRNA 5
′ hingga 3 and dan dapat dibagi menjadi tiga proses: inisiasi, perpanjangan, dan
terminasi.
Protein mutan muncul ketika substitusi basa tunggal menghasilkan kodon yang
menentukan asam amino yang berbeda pada posisi tertentu, ketika kodon berhenti
menghasilkan protein terpotong, atau ketika penambahan atau penghapusan basa
mengubah kerangka bacaan, sehingga kodon yang berbeda dibaca.
Berbagai senyawa, termasuk beberapa antibiotik, menghambat sintesis protein
dengan mempengaruhi satu atau lebih langkah yang terlibat dalam sintesis protein.
VII. Regulasi ekspresi gen
Konstitusi genetik sel somatik metazoan hampir semuanya identik.
Fenotip (spesifisitas jaringan atau sel) ditentukan oleh perbedaan ekspresi gen
komplemen seluler gen. Perubahan ekspresi gen memungkinkan sel untuk beradaptasi
dengan perubahan lingkungan, isyarat perkembangan, dan sinyal fisiologis.
Ekspresi gen dapat dikontrol pada berbagai tingkatan dengan mengubah
transkripsi, pemrosesan RNA, lokalisasi, dan stabilitas atau pemanfaatan. Amplifikasi
dan penataan ulang gen juga memengaruhi ekspresi gen. Kontrol transkripsi
beroperasi pada tingkat interaksi protein-DNA dan protein-protein. Interaksi ini
menampilkan modularitas domain protein dan spesifisitas tinggi. Beberapa kelas
domain pengikat DNA yang berbeda telah diidentifikasi dalam faktor transkripsi.
Modifikasi kromatin dan DNA berkontribusi penting dalam kontrol transkripsi
eukariotik dengan memodulasi aksesibilitas DNA dan menentukan rekrutmen
koaktivator spesifik dan korepresor untuk gen target.
Beberapa mekanisme epigenetik untuk pengendalian gen telah dijelaskan dan
mekanisme molekuler yang melaluinya proses-proses ini dijalankan dijelaskan pada
tingkat molekuler. ncRNA memodulasi ekspresi gen. MiRNA dan siRNA yang
pendek memodulasi terjemahan dan stabilitas mRNA; mekanisme ini melengkapi
kontrol transkripsi untuk mengatur ekspresi gen.
VIII. Genetika Molekuler, DNA Rekombinan, & Teknologi Genomik
Dalam kloning DNA, suatu segmen DNA tertentu disintesis secara langsung,
atau dihilangkan dari lingkungan normalnya menggunakan PCR atau salah satu dari
banyak endonukleas yang diarahkan oleh DNA. DNA tersebut kemudian diikat ke
dalam vektor di mana segmen DNA dapat diperkuat dan diproduksi dalam jumlah
besar.
Manipulasi DNA untuk mengubah strukturnya, yang disebut rekayasa
genetika, adalah elemen kunci dalam kloning (misalnya, pembangunan molekul
chimeric) dan juga dapat digunakan untuk mempelajari fungsi fragmen DNA tertentu
dan untuk menganalisis bagaimana gen diatur.
Berbagai teknik yang sangat sensitif sekarang dapat diterapkan pada isolasi
dan karakterisasi gen dan kuantisasi produk gen dalam mode statis (yaitu,
keseimbangan) dan dinamis (kinetik). Metode-metode ini memungkinkan identifikasi
gen yang bertanggung jawab atas penyakit, dan untuk studi tentang bagaimana
regulasi gen / gen yang salah menyebabkan penyakit.
Genom mamalia sekarang dapat direkayasa secara tepat untuk merajut
(menambah / mengganti gen), knockout (menghapus atau menonaktifkan) dan / atau
secara aktif dan kondisional memanipulasi gen spesifik menggunakan enzim
pengeditan genom baru (rekombinasi) dan sistem enzim-RNA (CRISPR-Cas).