Anda di halaman 1dari 4

Pemuliaan Tanaman

Guiding Question 3C

MARKER ASSISTED SELECTION (MAS) & TANDEM SELECTION

1. Pemanfaatan dasar marka molekuler disbanding pemuliaan tanaman.

Pemanfaatan markah DNA sebagai alat bantu seleksi Marker Assisted Selection (MAS) lebih
menguntungkan dibandingkan dengan seleksi secara fenotipik. Seleksi dengan bantuan markah
molekuler didasarkan pada sifat genetik tanaman saja, tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan.
Dengan demikian, kegiatan pemuliaan tanaman menjadi lebih tepat, cepat, dan relatif lebih hemat
biaya dan waktu

2. Alas an utama dibalik pemanfaatan MAS

Marker assisted selection (MAS): merupakan metode seleksi yang mengacu pada pemanfaatan
marka DNA yang berpautan dengan lokus target, sebagai alat untuk menduga dan membantu seleksi
penotipe sifat yang menjadi target pemuliaan.

Untuk melakukan pemuliaan tanaman agar memperoleh suatu individu yang unggul. Pendekatan
molekuler yang langsungmemperoleh hasil secara genetic superior.

3. Kunci utama keberhasilan pengembangan marka molekuler sehingga bisa MAS !

Seiring perkembangan marka molekuler serta teknologi komputer, maka Marker-assited Selection
(MAS) mulai dirumuskan terkait peningkatan karakter kuantitatif pada tanaman, ada 3 kunci untuk
berhasil mengaplikasikan marka molekuler agar sesuai dengan tujuan, pertama yaitu kita harus
mengetahui karakter kuantitatif apa dan mengapa kita membutuhkan itu, kedua adalah prosedur
marka berdasarkan karakter kuantitatif tersebut, ketiga adalah estimasi pengaruh karakter
kuantitatif terhadap karakter lainnya dan terakhir adalah pertimbangan waktu dan biaya dalam
prosesnya.

4. Komponen yang dibutuhkan agar MAS lebiih efisien?

Pemilihan teknik molekuler yang tepat disesuaikan dengan materi genetik yang akan digunakan,
jenis studi genetik, dan tujuan yang ingin dicapai. Selain itu, ketersediaan alat yang dimiliki suatu
laboratorium dan dana yang tersedia merupakan hal utama yang harus dipertimbangkan sebelum
memilih markah yang sesuai.

5. Hal yang perlu diperhatikan dan dipenuhi untuk marka DNA dlam MAS !

Terdapat lima pertimbangan utama dalam menggunakan marka DNA pada metode MAS, yaitu
(1) tingkat reliabilitas, marka yang digunakan sebaiknya terpaut erat pada lokus target dengan
jarak genetik kurang dari 5 cM. Penggunaan marka pengapit atau marka intragenik akan
meningkatkan reliabilitas marka tersebut dalam memprediksi fenotipe.

(2) kuantitas dan kualitas DNA, beberapa teknik marka molekuler membutuhkan DNA dalam
jumlah banyak dan kualitas bagus, kadang-kadang sulit untuk mendapatkannya, dan hal ini akan
menyebabkan bertambahnya biaya yang dibutuhkan;

(3) prosedur teknis, proses yang sederhana dan waktu yang dibutuhkan untuk teknik MAS
merupakan pertimbangan yang cukup penting;
(4) tingkat polimorfis, idealnya marka molekuler mempunyai tingkat polimorfis tinggi pada
materi pemuliaan, yaitu harus dapat membedakan antara genotipe yang berbeda, khususnya
pada bahan pemuliaan inti; dan

(5) biaya, uji marka sebaiknya yang hemat biaya agar MAS dapat dikerjakan dengan mudah
(Mackill & Ni, 2000; Mohler & Singrun, 2004)

Keberhasilan penggunaan suatu markah penyeleksi dalam kegiatan pemuliaan bergantung pada
tiga syarat utama yang harus dipenuhi, yaitu (1) peta genetik dengan jumlah markah polimorfik
yang cukup memadai, sehingga dapat mengidentifikasi QTL atau gen-gen mayor sasaran dengan
akurat, (2) markah terkait erat antara QTL atau gen mayor target pada peta genetik yang sudah
dikonstruksi, dan (3) kemampuan menganalisis sejumlah besar tanaman dalam waktu dan biaya
secara efektif.

6. Marka dominan danko-dominan.

Marka dominan (dominant marker) dapat menandai adanya lokus target, tetapi tidak bisa
membedakan homozigot dengan heterozigot.

Marka ko-dominan (co-dominant marker) dapat menandai adanya lokus target homozigot atau lokus
target heterozigo

7. Alasan butuh peta molekuler dengan kerapatan tinggi?

Ketersediaan peta molekuler dengan tingkat resolusi tinggi akan mempermudah penentuan lokus
suatu gen dalam kromosom, jumlah gen, dan kekuatan gen yang bertanggung jawab terhadap
karakter tertentu. Gen yang bertanggung jawab terhadap karakter kualitatif maupun kuantitatif
(QTLs). Makin banyak marka DNA yang digunakan dalam analisis segregasi, peluang untuk
mendapatkan peta genetik yang lebih lengkap akan makkin tinggi. Kontruksi peta genetik terdiri dari
sejumlah marka molekuler pada populasi tertentu. Tersedianya marka DNA dalam jumlah besar dan
tersebar pada seluruh kromosom suatu tanaman akan sangat membantu kesuksesan kontruksi peta
genetik dengan kerapatan tinggi.

8. Mengapa perlu mengetahui Polymorphism information content (PIC) value dalam MAS?

Dengan mengetahui nilai Polymorphism information content (PIC) kita dapat mengetahui tingkat
polimorfisme marker. Nilai PIC berfungsi untuk menentukan marker-marker yang tersedia untuk
digunakan dalam analisis tingkat keragaman/jarak genetik/clustering antar genotipe-genotipe yang
digunakan.

9. Keuntungan MAS

Kelebihan penggunaan MAS yaitu jumlah benih, bibit, dan galur yang dibutuhkan dalam pengujian
dapat dikurangi, karena banyak yang sudah tidak terpilih setelah seleksi. Selain itu penggunaan MAS
akan menghemat waktu dan tenaga kerja, karena tidak harus menunggu tanaman tumbuh besar dan
DNA yang digunakan tidak dipengaruhi oleh lingkungan.

10. Apakah langkah benar?

Sudah. Dimana langakah pertama spidol 5 dapat di-multiple9ing melakukan P25 dan untuk
beberapa-sampel loading pada gel menggunakan label fluorescent. D76 diekstraksi dari sepotong
kecil daun atau dari biji kering tunggal akan cukup untuk menjalankan beberapa hun-dreds
penanda. ebagai gen semakin banyak kloning, akan mungkin untuk mengembangkan penanda
molekuler berdasarkan urutan dalam gen yang diinginkan. spidol intragenik memberikan beberapa
keunggulan dibandingkan penanda gen-linked. Pertama, tidak ada rekombinasi antara penanda dan
gen, atau rekombinasi intergenic. Kedua, beberapa alel dapat ditandai dan dibedakan. 2ontohnya
adalah penanda 5 beras, 5M 8, berasal dari urutan mikrosatelit dengan situs sambatan dalam
gen lilin, yang bertanggung ja!ab untuk sintesis amilosa, suatu sifat kualitas gabah penting untuk
beras. ebagai gen semakin banyak kloning menjadi tersedia, spidol fungsional dikembangkan dari
gen target akan menjadi pilihan terbaik di M6 .

11. Alasan mendasari seorang pemulia melakuk tandem selection?

Untuk dapat mengambil contoh kasus dari literature Pengembangan populasi Mentimun dengan
pemanfaatan tandem selection. Mempersingkat waktu yang dibutuhkan untuk memasukkan sifat
eksotis ke dalam plasma nutfah ketimun komersial. Dengan demikian, sebuah proyek dirancang
untuk menggabungkan sifat eksotis yang mengkondisikan arsitektur tanaman menjadi mentimun
komersial untuk meningkatkan hasil panen. Bal ini dilakukan dengan menghubungkan jalur unik yang
berbeda dalam kebiasaan tanaman untuk menghasilkan populasi dasar yang dikenai tiga siklus
seleksi massa berulang oleh fenotip untuk empat komponen hasil. selanjutnya, garis hasil tinggi
diekstraksi melalui seleksi strategis dengan penanda molekuler, dan penyilangan silang.

12. Keuntungan Tandem Selection

Keuntungannya yaitu pada sebagian besar program pemuliaan tanaman, ada kebutuhan untuk
memperbaiki lebih dari satu sifat pada satu waktu. Co: kultivar hasil tinggi yang rentan terhadap
penyakit yang lazim tidak akan banyak berguna bagi petani. Pengakuan bahwa perbaikan satu sifat
dapat menyebabkan perbaikan atau penurunan sifat terkait berfungsi untuk menekankan
kebutuhan akan pertimbangan simultan dari semua sifat yang penting dalam spesies tanaman.

13. Prosedur tandem selection

Prosedur yang dilakukan dalam tandem selection untuk menyeleksi karakter yang diinginkan.

Sebelum peternak dapat memanfaatkan asosiasi berbasis hubungan antara sifat-sifat dan spidol,
asosiasi harus dinilai dengan tingkat tertentu accur-ACY dan dengan demikian genotipe marker
dapat digunakan sebagai indikator atau prediktor genotipe sifat dan fenotipe. Ketika alel di 4ues-
tion sedikit jumlahnya dan memiliki efek besar pada fenotipe, seperti ketahanan terhadap penyakit
tunggal berbasis gen, penilaian asosiasi sangat mudah, pemetaan sifat monogenik sejalan
dengan pemetaan penanda, sementara pengenalan alel yang diinginkan ke kultivar dapat dilakukan
dengan mudah dengan prosedur pemuliaan klasik persimpangan, silang balik, selfing dan seleksi.
Dalam kedua kasus, peternak tergantung pada hubungan kapal yang jelas antara genotipe dan
fenotipe untuk memantau kehadiran alel yang diinginkan dalam populasi perhatian. Untuk sifat
kuantitatif, namun, penilaian yang dapat diandalkan sifat penanda diasosiasikan asi membutuhkan
percobaan lapangan skala besar serta teknik statistik, dikenal sebagai lokus sifat kuantitatif
pemetaan QTL.

BENAR SALAH

1. Penggunaan DNA marker untuk sleksi tidak langsug memberi manfaat terbaik untuk kar.
Kuantitatif dengan heretabilitas rendah (benar)

2. Seleksi dengan MAS tidak tergantung pada marka molekulr yg digunakan, karena tidak ada
hubungan dengan pengkarakteristikan. (Salah)
3. Marka kodominan tidak lebih penting dibanding marka dominan dalam MAS untuk tanaman
hibrida (salah, karena marka kodominan dapat menandai adanya lokus target hetertozigot untuk
tanaman hibrida)

4. Sebaik apa marka dapat terkait dengan karakter target menjadikan faktor besar yang
mempengaruhi efisiensi dalam MAS (benar, karakter yg diinginkan sbg target seleksi harus kuat
kaitannya dengan marka molekuler yang dipakai/digunakan)

5. Karakterisasi dengan marka molekuler tidak terlalu berperan penting dalam mengidentifikasi
marka yang dekat dengan gen dari karakter yang dibutuhkan (salah, karena karakterisasi marka
molekuler berperan dalam identifikasi marka yang dekat denngan gen yang dibutuhkan )

6. Semakin sedikit alel yang terdapat dalam lokus, semakin sedikit pula keragaman yang dimiliki
(benar)

7. Penggunaan MAS belum dapat memungkinkan untuk menyeleksi pada seluruh tingkat genome
(benar)

8. Tandem selection merupakan panggabungan prosedur seleksi pada pemuliaan tanaman antara
seleksi fenotipik dan seleksi berbasis marka molekuler (salah, panggabungan prosedur seleksi seleksi
fenotipik dan seleksi berbasis marka molekuler merupakan seleksi index, tandem selection ialah
metode seleksi buatan dimana berbagai sifat yg berguna dipilih secara berurut hingga menghasilkan
yg sangat diinginkan)

9. Pada tandem selection, karakter yang diseleksi terus ditingkatkan hingga memenuhi indikator
yang diinginkan atau memenuhi nilai kritis genotipe (benar, karena seleksi tandem tujuannya
mendapat satu sifat yg paling baik yang diinginkan, kemudian baru memilih sifat yang selanjutnya )

10. Genotyping dan selection adalah bagian dari prosedur MAS yang dilakukan dalam tandem
selection (salah, karena genotyping digunakan untuk melihat perbedaan individu pada tingkat DNA)

Daftar Pustaka

Izzah N.K. Peran Marka Molekuler Dalam Perbaikan Genetik Tanaman Kakao. Balai Pertanian
Tanaman Industri dan Penyegar. Sukabumi

Azrai Muhammad. 2005. Pemanfaatan Markah Molekuler dalam Proses Seleksi Pemuliaan Tanaman.
Jurnal AgroBiogen 1(1):26-37. Balai Penelitian Tanaman Serelia. Maros.