GENOMIK, TRANSKRIPTOMIK, PROTEOMIK DAN METABOLOMIK

Teto M. Wue Djo, Salsa Bella Rohyat, Chrisna Y. Selan, Diana Kause
Jurusan Biologi
Fakultas Sains dan Teknik
Universitas Nusa Cendana

1. Pengertian
1.1 Genomik
Genom adalah gugus atau himpunan gen lengkap dari suatu organisme yang
mengendalikan keseluruhan metabolisme sehingga organisme tersebut dapat hidup
dengan sempurna. Genom terdiri dari satu set lengkap kromosom yang diturunkan
dari tetuanya. Banyaknya gen yang terdapat dalam suatu genom berbeda antar
organisme. Semakin rumit suatu organisme, semakin banyak gen yang dikandung di
dalam genomnya. Istilah genom dipakai untuk menunjukkan keseluruhan kode
genetik pada kromosom yang ada pada suatu organisme.Tahun 1944 diketahui, materi
dari kode genetik itu adalah DNA yang ada pada setiap organisme.DNA berbentuk
seperti tangga memutar.Peneliti menyebut bentuk ini 'double helix'.DNA ditemukan
pada tahun 1869 oleh Johann Friedrich Miescher, seorang ahli Biokimia dari Swiss
yang bekerjadi Tübingen, Germany.Miescher pertama kali mengekstrak dari sel-sel
darah putih dan memperoleh campuran antara DNA dan protein-protein
kromosom.Ekstrak berikutnya yang diperoleh adalah asam nukleat murni dari sperma
ikan salmon.Uji kimiawi DNA tersebut menunjukkan bahwa DNA yang ditemukan
Miescher bersifat asam dan banyak mengandung fosfor.
DNA terdiri dari empat struktur kimia yang hampir sama susunannya,
dinamakan nukleotida, yaitu Adenin (A), Timin (T), Sitosin (C) dan Guanin (G).
Dalam sel tumbuhan terdapat tiga jenis genom yaitu genom inti sel, genom kloroplas
dan genom mitokondria. Informasi dalam DNA harus terorganisasi dengan cara
tertentu supaya dapat disimpan dalam organel dan tetap bisa dimanfaatkan sebagai
sumber informasi. Kebanyakan genom, termasuk milik manusia dan makhluk hidup
bersel lainnya, terbuat dari DNA (asam deoksiribonukleat), namun sejumlah virus
memiliki genom RNA (asam ribonukleat).
Kajian yang mempelajari genom dikenal sebagai genomika (genomics).Saat
ini, urutan nukleotida pada genom sejumlah organisme telah dipetakan seluruhnya
dengan teknik sekuensing DNA dalam berbagai proyek genom, misalnya Proyek
Genom Manusia yang diselesaikan pada tahun 2003. Perbandingan genom organisme
dapat memberikan informasi mengenai karakteristik organisme tersebut, evolusinya,
dan berbagai proses biologis.
Genomik dibagi menjadi dua kelompok yaitu genomik fungsional dan
struktural.Genomik struktural untuk mengungkapkan informasi genetik organisme
dengan pemetaan genetik dan fisik dan metode sekuensing DNA & dasar. Tujuannya
adalah untuk fasilitator genomik fungsional untuk memahami organisme dan

1
 menganalisis fungsi gen dalam hal ekspresi gen, dalam hal konformasi, konsentrasi
dan waktu pada tingkat genom.
1.2 Transkriptomik
Pada organisme multiseluler, hampir setiap sel mengandung genom yangsama
dan tentu saja jumlah gen yang sama. Tidak semua gen ditranskripsi secara aktif di
dalam sel. Dengan kata lain, sel dan jaringan yang berbeda menunjukkan pola atau
profil ekspresi yang berbeda. Variasi tersebut dapat mengungkap perbedaan secara
fisik, biokimia, dan perkembangan tanaman yang kemungkinan berperan menentukan
antara tanaman sehat dan sakit. Dengan mengumpulkan serta membandingkan
transkriptom dari berbagai tipe sel yang berbeda,dapat memperoleh pemahaman yang
lebih dalam tentang bagaimana perubahan aktivitas transkripsi berpengaruh
terhadap respon terhadap penyakit atau stress. Sebuah transkriptom
merepresentasikan lima persen dari kode genetic yang diterjemahkan menjadi
molekul RNA. Setiap gen dapat memproduksi lebih dari satu varian mRNA
dikarenakan proses alami seperti alternative splicing dan transkripsi alternatif pada
5’-UTR (situsinisiasi) atau 3’-UTR (situsterminal). Oleh karena itu, studi
transkriptomik memberikan tingkat kerumitan yang lebih tinggi dibanding sebuah
sekuens genomik.
Transkriptomik adalah bagian dari molekul molekuler yang mengkaji tentang
produk transkripsi secara keseluruhan (transkripton). Sebagai contoh, informasi dari
transkrip berpotensi mengungkap apakah beberapa gen yang terekspresi khusus dalam
selsomaklonal dari tanaman kelapa sawit dan menentukan pada tahap pertumbuhan
sel yang mana variasi somaklonal muncul.
Untuk dapat mempelajari gen-gen yang terekspresi secara spesifik dalam
jaringan tertentu, dalam proses perkembangan atau dalam kondisi cekaman
lingkungan, sebuah bank DNA komplementer (cDNAlibrary) dapat dikonstruksi.
Bank tersebut berisi semua gen yang secara aktif terekspresi dalam sampel terpilih.
Proses pembuatan bank Cdna tersebut dapat dilakukan dengan mengumpulkan RNA
total yang diekstraksi dari sel atau jaringan sampel. RNA tersebut kemudian disintesis
menjadi cDNA melalui proses reverse transcription.
1.3 Proteomik
Proteomik adalah studi skala besar protein, khususnya struktur dan fungsi.
Protein adalah bagian penting dari organisme hidup, karena merupakan komponen
utama dari jalur rmetabolisme fisiologis sel. Istilah proteomik pertama kali diciptakan
pada tahun 1997 untuk membuat analogi dengan genomik, penelitian gen. Kata
"proteome" adalah campuran dari "protein" dan "genom", dan diciptakan oleh Marc
Wilkins pada tahun 1994 ketika bekerja sebagai mahasiswa PhD.
Proteome adalah komplemen seluruh protein, diketahui bahwa mRNA tidak
selalu diterjemahkan menjadi protein, dan jumlah protein yang dihasilkan untuk suatu
jumlah tertentu tergantung pada mRNA gen itu ditranskripsi dari dan pada keadaan
fisiologis saat ini sel. Proteomika menegaskan kehadiran protein dan menyediakan
ukuran langsung dari jumlah ini.Para ilmuwan sangat tertarik pada proteomik karena
2
 memberikan pemahaman yang lebih baik dari suatu organisme dari genomik.Pertama,
tingkat transkripsi gen hanya memberikan perkiraan kasar dari tingkat ekspresi
menjadi protein.Proteomik menjelaskan struktur, lokalisasi, konsentrasi, modifikasi
pasca-translasi, fungsi sel dan jaringan dan interaksi dengan protein lain dan molekul
makro darisemua protein dalam waktu tertentu dan tempat.
1.4 Metabolomik
Metabolomik merupakan bidang ilmu yang melibatkan pengukuran metabolit
secara komprehensif dan merupakan studi ilmu yang menggabungkan ilmu biologi,
kimia analitik dan bioinformatik. Ada tiga pendekatan utama yang digunakan dalam
metabolomik:
 Targetedapproach yakni analisis yang ditargetkan komponen metabolitnya
(pengukuran kuantitatifdan tepat dari konsentrasi metabolit yang diketahui)
 Untargeted approach (pengukuran metabolomik secara komprehensif)
 Metabolite fingerprinting (pengukuran cepat, evaluasi total biochemical fingerprint
untuk diskriminasi sampel yang berbeda dimana identifikasi metabolit tidak
diperlukan).

Kekuatan metabolomik terletak pada perolehan data analitik dimana metabolit

dalam sistem seluler dihitung secara keseluruhan, dan ekstraksi elemen data yang
paling berperan pada sampel dengan menggunakan berbagai jenis analisis data
menggunakan pendekatan statistik.Bidang metabolomik terus bertumbuh dengan
cepat selama dekade terakhir dan telah terbukti menjadi teknologi yang sangat kuat
dalam memprediksi dan menjelaskan fenotip kompleks dalam sistem biologis yang
beragam. Penerapan teknologi metabolomik di bidang biologi mencakup :
 Analisis informatif untuk mengkarakterisasi dan mengidentifikasi senyawa yang
diinginkan (disebut sebagai “metabolomik informatif”)
 Prediksi berbagai fenotip melalui analisis multivariat dengan menggunakan data
metabolom sebagai variabel penjelas (di sini disebut "metabolomik prediktif")
 Metabolomik komparatif untuk menentukan metabolit yang bertanggung jawab
untuk klas-ifikasi sampel menurut jenis atau untuk tujuan diskriminatif.

Secara umum, alur kerja metabolomik terdiri dari pembuatan rancangan

penelitian, persiapan sampel biologis, analisis dengan menggunakan berbagai
instrumen, pengolahan data dan analisis data.

2. Manfaat
2.1 Genomik
Genomik adalah ilmu yang berkaitan dengan penemuan dan mencatat semua
urutan di seluruh genom organisme tertentu.Menentukan urutan genom adalah awal
genomik. Urutan genom digunakan untuk mempelajari fungsi dari berbagai gen
(genomik fungsional), untuk membandingkan gen dari satu organisme dengan
organisme lain (genomik komparatif), atau untuk menghasilkan struktur 3-D dari satu
3
 atau lebih banyak protein dari masing-masing jenis protein, sebagai petunjuk untuk
fungsi mereka (genomik struktural).
Di bidang pertanian tanaman, tujuan utama dari penerapan genomik adalah untuk
mendapatkan pemahaman yang lebih baik dari seluruh genom tanaman. Agronomis
gen penting dapat diidentifikasi dan ditargetkan untuk menghasilkan makanan yang
lebih bergizi dan aman sementara pada saat yang sama melestarikan lingkungan.
Genomik adalah titik masuk untuk melihat ilmu-ilmu 'omics'yang lain. Informasi
genotip dalam gen dari suatu organisme, dan sebagian besar bertanggung jawab untuk
penampakan akhir dari organisme atau fenotip. Namun, lingkungan juga memiliki
pengaruh pada fenotip.

2.2 Transkriptomik
Pada saat ini, teknologi sekuensing RNA atau yang dikenal sebagai RNAseq
memberikan solusi untuk konstruksi bank cDNA dalam jumlah besar dan dalam
waktu yang lebih singkat. Semua sampel dari berbagai sel, jaringan dan perlakuan
dapat digunakan sebagai bahan. Teknologi ini menggunakan pendekatan yang sama
seperti sekuensing DNA, hanya saja sampel yang digunakan adalah RNAyang
kemudian disintesis menjadi cDNA.
Teknologi RNAseq tersebut merupakan salah satu pendekatan untuk
mengumpulkan data transkriptomik. Data tersebut pada umumnya kemudian disimpan
dalam sebuah basis data yang berfungsi sebagai transcriptomic resources. Basis data
tersebut dapat diperbaharui dan disempurnakan dengan menambah informasi transkrip
dari berbagai jaringan baru. Fungsi dari basis data tersebut juga sangat luas. Sebagai
contoh, teknologi RNAseq telah digunakan pada berbagai tanaman untuk
mengidentifikasi satu set famili gen yang berperan penting dalam respon terhadap gas
etilen.
Terlepas dari keunggulan dan keterbatasannya, studi transkriptomik saat ini telah
digunakan dalam berbagai spesies tanaman untuk mempelajari berbagai topic
penelitian terkait masalah tanaman. Ke depan, pemahaman terhadap transkrip sebuah
gen dengan mempertimbangkan segala regulasi terkait, tentu saja akan meningkatkan
pemahaman yang lebih baik lagi antara genom dan fungsi sel.
2.3 Proteomik
Manfaat dari proteomik adalah :
a. Mengkaji modifikasi pada akhir translasi protein
b. Indentifikasi target protein baru untuk obat
c. Analisis tumor atau kanker
d. Membandingkan antara jaringan normal dan jaringan sakit
e. Membandingkan antara jaringan sakit dan jaringan yang mendapatkan pengobatan
2.4 Metabolomik
Metabolomik adalah salah satu ilmu yang 'omics' terbaru. Metabolome
mengacu pada set lengkap senyawa dengan berat molekul rendah dalam sampel.
Senyawa ini adalah substrat dan produk reaksi enzimatik dan memiliki efek langsung
4
 pada fenotip sel. Dengan demikian, metabolomik bertujuan untuk mengetahui profil
sampel senyawa ini pada waktu tertentu di bawah kondisi lingkungan tertentu.
Metabolomik dapat digunakan untuk menentukan perbedaan antara tingkat
ribuan molekul antara tanaman sehat dan sakit.Teknologi ini juga dapat digunakan
untuk menentukan perbedaan nutrisi antara tanaman tradisional dan rekayasa
genetika, dan dalam mengidentifikasi metabolit pertahanan tanaman.

3. Aplikasi
3.1 Genomik
a. Kedokteran Molekular
Teknologi dan sumber daya dipromosikan oleh Human Genome Project mulai
memiliki dampak yang mendalam pada penelitian biomedis dan berjanji untuk
merevolusi spektrum yang lebih luas penelitian biologi dan kedokteran
klinis.Semakin rinci peta genom telah membantu peneliti mencari gen yang
berhubungan dengan puluhan kondisi genetik, termasuk distrofi myotonic, rapuh
sindrom X, neurofibromatosis jenis 1 & 2, mewarisi kanker usus besar, penyakit
Alzheimer, dan kanker payudara. Era baru obat molekul ditandai dengan mengobati
gejala kurang dan lebih dengan melihat penyebab paling mendasar dari penyakit. Tes
diagnostik yang lebih spesifik akan membuat pengobatan lebih dini dalam
pengobatan penyakit yang tak terhitung jumlahnya. Peneliti medis juga akan mampu
untuk merancang regimen terapi baru berdasarkan kelas obat, teknik imunoterapi,
penghindaran dari kondisi lingkungan yang dapat memicu penyakit, dan
kemungkinan augmentation atau bahkan penggantian gen yang rusak melalui terapi
gen. contoh:

 Peningkatan diagnosis penyakit

 Deteksi kecenderungan genetik terhadap penyakit
 Desain obat rasional
 Terapi gen dan sistem kontrol untuk obat
 Pharmacogenomics "custom obat"

b. Energi dan Lingkungan Aplikas

Pada tahun 1994, mengambil keuntungan dari kemampuan baru yang
dikembangkan oleh proyek genom, DOE memprakarsai Program Genom Mikroba
untuk urutan genom bakteri berguna dalam produksi energi, rehabilitasi
lingkungan, pengurangan limbah beracun, dan industri pengolahan. Tindak-
program, Genomic Program Ilmu (GSP) didasarkan pada data dan sumber daya
dari Human Genome Project, Mikroba Genome Program, dan biologi sistem.
GSP akan mempercepat pemahaman tentang sistem kehidupan yang dinamis
untuk solusi untuk tantangan misi DOE dalam energi dan lingkungan. Meskipun
ketergantungan kita pada dunia mikroba, kita tahu sedikit dari mereka atau sifat
mereka: perkiraan adalah bahwa kurang dari 0,01% dari seluruh mikroba telah

5
 dibudidayakan dan dikarakterisasi. sekuensing genom mikroba akan membantu
meletakkan dasar untuk pengetahuan yang pada akhirnya akan menguntungkan
kesehatan manusia dan lingkungan. Perekonomian akan mendapatkan keuntungan
dari aplikasi industri lebih lanjut kemampuan mikroba. Informasi yang didapat
dari genom mikroba karakterisasi yang lengkap akan menyebabkan wawasan ke
dalam pengembangan energi seperti bioteknologi terkait baru sebagai sistem
fotosintesis, sistem mikroba yang berfungsi di lingkungan yang ekstrim, dan
organisme yang dapat metabolisme sumber daya terbarukan tersedia dan bahan
limbah dengan fasilitas yang sama. Manfaat yang diharapkan juga mencakup
pengembangan produk baru yang beragam, proses, dan metode pengujian yang
akan membuka pintu ke lingkungan yang lebih bersih.Biomanufacturing akan
menggunakan bahan kimia beracun dan enzim untuk mengurangi biaya dan
meningkatkan efisiensi proses industri. enzim mikroba telah digunakan untuk
pemutih pulp kertas, denim batu mencuci, menghapus lipstik dari gelas, memecah
pati dalam pembuatan bir, dan mengentalkan protein susu untuk produksi
keju. Dalam arena kesehatan, urutan mikroba dapat membantu para peneliti
menemukan gen manusia baru dan menjelaskan sifat penyakit-memproduksi
patogen. Genomik mikroba juga akan membantu para peneliti farmasi
mendapatkan pemahaman yang lebih baik tentang bagaimana patogen
menyebabkan penyakit mikroba. Sequencing mikroba ini akan membantu
mengungkapkan kerentanan dan mengidentifikasi target obat baru. Mendapatkan
pemahaman yang lebih dalam dunia mikroba juga akan memberikan wawasan ke
dalam strategi dan batas-batas kehidupan di planet ini. Data yang dihasilkan
dalam program ini muda telah membantu para ilmuwan mengidentifikasi jumlah
minimum gen yang diperlukan untuk hidup dan mengkonfirmasi keberadaan
sebuah kerajaan terbesar ketiga dalam kehidupan. Selain itu, teknik genetik baru
sekarang memungkinkan kita untuk membangun lebih tepatnya keragaman
mikroorganisme dan mengidentifikasi mereka yang kritis untuk memelihara atau
memulihkan fungsi dan integritas ekosistem besar dan kecil; pengetahuan ini juga
dapat berguna dalam monitoring dan memprediksi perubahan
lingkungan. Akhirnya, studi tentang komunitas mikroba menyediakan model
untuk memahami interaksi biologi dan sejarah evolusi. Contoh:

 Gunakan mikroba penelitian genomik untuk menciptakan sumber energi baru

(biofuel)
 Gunakan mikroba penelitian genomik untuk mengembangkan teknik
pemantauan lingkungan untuk mendeteksi polutan
 Gunakan mikroba penelitian genomik untuk aman, rehabilitasi lingkungan
efisien
 Gunakan mikroba penelitian genomik untuk penyerapan karbon

c. Penilaian Resiko

6
 Memahami genom manusia akan memiliki dampak yang sangat besar pada
kemampuan untuk menilai risiko yang ditimbulkan kepada individu oleh paparan
agen beracun. Para ilmuwan tahu bahwa perbedaan genetika membuat beberapa
orang lebih rentan dan lainnya lebih tahan terhadap agen tersebut. Jauh lebih
banyak pekerjaan yang harus dilakukan untuk menentukan dasar genetik
variabilitas tersebut. Pengetahuan ini secara langsung akan membahas DOE misi
jangka panjang untuk memahami dampak dari eksposur tingkat rendah radiasi dan
agen energi terkait lainnya, terutama dalam hal risiko kanker. Contoh:
 Menilai kesehatan kerusakan dan risiko yang disebabkan oleh paparan radiasi,
termasuk paparan dosis rendah
 Menilai kesehatan kerusakan dan risiko yang disebabkan oleh paparan bahan
kimia mutagenik dan racun penyebab kanker
 Mengurangi kemungkinan mutasi diwariskan

d. Bioarchaeology, Antropologi, Evolusi, dan Migrasi Manusia

Memahami genomik akan membantu kita memahami evolusi manusia dan
biologi umum kita berbagi dengan semua kehidupan. genomik Perbandingan
antara manusia dan organisme lainnya seperti tikus sudah telah menyebabkan
gen sama yang berhubungan dengan penyakit dan sifat. studi banding lebih
lanjut akan membantu menentukan fungsi belum-diketahui dari ribuan gen
lainnya. Membandingkan urutan DNA dari genom seluruh mikroba differerent
akan memberikan wawasan baru tentang hubungan antara tiga kerajaan
kehidupan: archaebacteria, eukariota, dan prokariota. Contoh:

 Studi evolusi melalui mutasi germline dalam garis keturunan

 Studi migrasi dari kelompok populasi yang berbeda berdasarkan warisan
genetik perempuan
 Studi mutasi pada kromosom Y untuk menelusuri garis keturunan dan
migrasi dari laki-laki
 Bandingkan breakpoints dalam evolusi mutasi dengan usia populasi dan
peristiwa sejarah
e. DNA Forensik (Identifikasi)
Setiap jenis organisme dapat diidentifikasi dengan pemeriksaan DNA
sekuens unik dengan species. Mengidentifikasi individu adalah kurang tepat,
meskipun saat sekuensing DNA teknologi kemajuan lebih lanjut, karakterisasi
langsung dari segmen DNA yang sangat besar, dan bahkan mungkin seluruh
genom, akan menjadi mudah dan praktis dan akan memungkinkan identifikasi
individu yang tepat. Untuk mengidentifikasi individu, ilmuwan forensik DNA
scan daerah sekitar 10 yang berbeda dari orang ke orang dan menggunakan
data tersebut untuk membuat profil DNA dari individu (terkadang disebut

7
 sidik jari DNA). Ada kesempatan yang sangat kecil bahwa orang lain
memiliki profil DNA yang sama untuk satu set tertentu daerah. Contoh:

 Identifikasi calon tersangka yang mungkin cocok dengan bukti DNA di

TKP
 membebaskan orang yang bersalah dalam tuduhan kejahatan
 Mengidentifikasi kejahatan dan korban bencana
 Identifikasi spesies langka dan dilindungi sebagai bantuan kepada
pejabat satwa liar (dapat digunakan untuk para pemburu menuntut)
 Mendeteksi bakteri dan organisme lain yang dapat mencemari udara, air,
tanah, dan makanan
 Match organ donor dengan penerima dalam program-program
transplantasi
 Tentukan silsilah untuk bibit bibit atau ternak
 Mengotentikasi habis pakai seperti kaviar dan anggur
f. Pertanian, Pembibitan Peternakan, dan Bioprocessing
Memahami dan genom hewan akan memungkinkan kita untuk membuat
kuat, tanaman lebih tahan penyakit dan hewan - mengurangi biaya pertanian
dan menyediakan konsumen dengan lebih bergizi, makanan bebas pestisida.
Petani menggunakan benih buatan untuk tumbuh tanaman dan serangga-tahan
kekeringan yang memerlukan pestisida sedikit atau tidak ada. Petani telah
mampu meningkatkan output dan mengurangi limbah karena tanaman mereka
dan lembu sapi yang sehat. Alternatif menggunakan untuk tanaman seperti
tembakau telah ditemukan. Salah satu peneliti telah rekayasa genetika
tanaman tembakau di laboratorium untuk menghasilkan enzim bakteri yang
memecah bahan peledak seperti TNT dan dinitroglycerin. Limbah yang akan
mengambil berabad-abad untuk memecah dalam tanah dapat dibersihkan
dengan hanya menanam tanaman khusus di daerah tercemar.

3.2 Transkiptomik
a. Analisis transkriptomik untuk pengesahan khasiat herba
Dalam kajian pengesahan potensi herba dan tahap toksikologinya, model haiwan
seperti mencit dan tikus serta kultur titisan sel mamalia manusia telah banyak
digunakan sebagai model kajian. Ujian biokimia tertentu dilakukan bagi
menentukan ekstrak herba yang diberi pada dos yang tertentu terhadap model
kajian mampu untuk mengurangkan atau mengubati sesuatu jenis penyakit.Namun
begitu, kemajuan dalam bidang biologi molekul dan juga penambahbaikan dalam
kajian tapak laluan gen-gen berkaitan penyakit membolehkan kajian pengesahan
ekstrak herba dilakukan menggunakan analisis transkriptomik. Penggunaan
analisis transkriptomik untuk mengesahkan potensi herba bagi merawat dan
mengurangkan sesuatu jenis penyakit dapa menguatkan lagi bukti saintifik yang

8
 menyokong sesuatu penemuan yang ditemui pada ekstrak herba itu agar ia
mempunyai nilai untuk dikomersialkan.
g. Analisis pengekspresan gen menggunakan qPCR,
Kajian transkriptomik untuk analisis pengekspresan gen berkaitanpenyakit yang
telah dirawat dengan ekstrak herba haruslahbermula dengan kerja pemencilan asid
ribonukleik atau jugadikenali sebagai RNA keseluruhan daripada sampel yang
dikajisama ada daripada sampel darah ataupun menggunakan organyang tertentu.
Kerja pemencilan RNA merupakan proses yangsangat kritikal kerana RNA
merupakan komponen biologi yangmudah terdegradasi. Oleh yang demikian,
langkah pencegahanuntuk mengawal degradasi RNA perlu dilakukan bagi
mengelakkeputusan transkriptomik yang tidak tepat hasil daripadapenggunaan
RNA yang tidak berkualiti.
h. Aplikasi analisis transkriptomik dalam pembangunan produkherba di MARDI
Teknologi PCR Array untuk analisis transkriptomik bagipengesahan kesan ekstrak
tumbuhan terhadap penyakitatheroskleorosis telah dijalankan di Pusat
PenyelidikanBioteknologi, MARDI.Atheroskleorosis merupakan penebalansalur
arteri darah yang disebabkan oleh pengumpulan kalsiumdan komponen lemak
seperti kolesterol dan trigliserida.Penyakitini menyebabkan keanjalan dinding
arteri semakin berkurangandan menyebabkan pengaliran darah tidak dapat melalui
salurarteri dengan sempurna.Keadaan ini menyebabkan berlakupeningkatan
tekanan darah dan juga merupakan antara penyebabberlaku penyakit strok dan
lemah jantung.Kajian ekstraktumbuhan iaitu campuran ekstrak dukung anak
(Phylanttus watsonii), belimbing (Averrhoa carambola) dan betik (Carica
papaya)telah dilakukan terhadap mencit yang telah diaruhkan untukmempunyai
kandungan kolesterol yang tinggi dalam darah.
3.4 Proteomik
Sebuah aplikasi proteomik dikenal sebagai protein “ekspresi profiling” di
mana protein diidentifikasi pada waktu tertentu dalam suatu organisme sebagai akibat
dari ekspresi untuk stimulus.Proteomik juga dapat digunakan untuk mengembangkan
peta protein-jaringan di mana interaksi antara protein dapat ditentukan untuk sistem
hidup tertentu.Proteomik juga dapat diterapkan untuk memetakan modifikasi protein
untuk menentukan perbedaan antara tipe liar dan organisme yang dimodifikasi secara
genetik.Hal ini juga digunakan untuk mempelajari interaksi protein-protein yang
terlibat dalam reaksi pertahanan tanaman.Misalnya, proteomik penelitian di Iowa
State University, USA meliputi:

 pemeriksaan perubahan protein dalam proteome jagung selama suhu rendah yang
merupakan masalah utama bagi bibit jagung muda;
 analisis perbedaan yang terjadi pada ekspresi genom dalam mengembangkan kedelai
ditekankan oleh suhu tinggi; dan
 mengidentifikasi protein diekspresikan dalam menanggapi penyakit seperti kista
kedelai nematoda.
9
3.4 Metabolomik
a. Aplikasi di dalam ilmu pangan
Aplikasi teknologi metabolomik dalam ilmu pangan meliputi analisis
informatif untuk mengkarakterisasi dan mengidentifikasi senyawa target,
memprediksi nilai kuantitatif fungsi pangan dengan bantuan analisis multivariat
(metabolomik prediktif) dan metabolomik komparatif untuk menentukan metabolit
yang bertanggung jawab dalam pengelompokkan sampel (diskriminatif) (Cevallos-
Cevallos et al, 2009).
1. Metabolomik Model Prediktif
Analisis multivariat yang paling umum digunakan untuk analisis prediktif
adalah pendekatan berbasis Projection to Latent Structure (PLS) yang
meliputi Partial Least Square-Dis-criminative Analysis (PLS-DA), PLS
orthogonal, dan lain-lain. Metode-metode tersebutmendeskripsikan variasi
yang terdapat dalam matriks variabel respon (Y) dengan menggunakan
informasi yang diperoleh dari variabel penjelas. Jika matriks Y memiliki var-
iabel yang spesifik, seperti evaluasi kualitas makanan dengan uji sensori,
maka pendekatan PLS sangat membantu dalam mengekstrak metabolit penting
yang berkaitan dengan variabel Y (Putri et al, 2013)
Prediksi berbasis PLS yang menggunakan data metabolom sangat berguna
dalam memprediksi atribut sensori dari berbagai macam sampel makanan
seperti teh hijau (Pongsuwan et al, 2007), keju (Ochi et al, 2012), kecap (Song
et al, 2010; Yamamoto et al, 2012) ataupun produk laut seperti udang.Prinsip
dari permodelan prediktif sensori untu k makanan, terletak pada penggunaan
model statistik dimana profil metabolit berperan sebagai variabel penjelas dan
atribut sensori sebagai variabel respon.Data metabolom yang di plot sebagai
variabel penjelas dapat diperoleh dengan metode analisis target (pengukuran
secara kuantitatif ke-lompok metabolit tertentu), pemrofilan metabolit
(identifikasi metabolit yang belum diketahui) dan sidik jari metabolit (evaluasi
sidik jari biokimia tanpa memerlukan identifi-kasi metabolit) (Putri et al,
2013). Kerangka kerja utama dari studi ini meliputi beberapa poin, dimulai
dari melakukan analisis metabolit dengan menggunakan instrumen analitik
dan analisis multivariat; membuat pemodelan prediktif sensori yang
menjelaskan keterkaitan antara analisis sensori deskriptif dan set data
metabolit; dan mengklasifikasi komponen-komponen yang berkontribusi
terhadap model prediktif.
b. Metabolomik Diskriminatif
Analisis diskriminatif digunakan untuk membedakan populasi-populasi
sampel tanpa me-manfaatkan model statistik ataupun evaluasi
pathwayhipotetik(Cevallos-Cevallos dan Reyes-De-Corcuera, 2012). Secara
umum, kerangka kerja utama studi ini adalah untuk; melakukan pemrofilan
metabolik atau sidik jari metabolit menggunakan instrumen analitik;
memvisualisasikan struktur data dan mengidentifikasi faktor yang
10
 memungkinkan pengklas-ifikasian sampel dengan menggunakan analisis
multivariat; dan mengidentifikasi biomarker untuk klasifikasi.
Metabolomik diskriminatif telah banyak diaplikasikan dalam
mengevaluasi kualitas ma-kanan, keamanan pangan, dan menentukan
perbedaan antar varietas atau habitat asli (origin) (Cevallos-Cevallos et al,
2009).Aplikasi terbaru dalam metabolomik diskriminatif meliputi studi
mengenai nutrisi (nutrimetabolomics) dan evaluasi produk hasil rekayasa
genetika terkait dengan keamanan pangan regulasi (García-Cañas et al,
2011).Autentikasi pangan juga merupakan salah satu aplikasi penting dari
metabolomik diskriminatif. Contoh aplikasinya adalah pemrofilan metabolit
berbasis NMR untuk autentikasi keju mozarela dan sample wine dengan
menggunakan PCA dan Discriminative analysis (DA) analisis multi-variat
(Cevallos-Cevallos dan Reyes-De-Corcuera, 2012). Metode pengenalan pola
multivariat atau chemometrics merupakan metode yang sangat bermanfaat
dalam mengkarak-terisasi dan mengautentikasi pangan dikarenakan
kelebihannya dalam mengkategorikan dan memprediksi kelompok-kelompok
pangan berdasarkan tipe, varietas, asal geografis, bahkan mendeteksi
adulterasi pada produk pangan.Dari semua metode yang digunakan, PLS-DA
(metode diskriminasi) merupakan metode klasifikasi paling populer
dikarenakan potensi dan kegunaannya (Bosque-Sendra et al, 2012).

11
12
DAFTAR PUSTAKA

Genomics dan Dampaknya pada Medicine dan Masyarakat.Sebuah 2001

primer.http://www.ornl.gov/TechResources/Human_Genome/publicat/primer2001/1.html

Primer pada Molecular

Genetics.http://www.ornl.gov/TechResources/Human_Genome/publicat/primer/primer.p
df

Ilmu Tanaman Institut Update. Iowa State University.Oktober 2001.Volume 2 No.1.

Proyek genom.http://www.tigr.org/tdb

Memenuhi 'omics' 2003 Agbiotech Infosource. Pusat Informasi Saskatchewan

Bioteknologi Pertanian, Sebuah layanan dari Ag-Barat Biotech Inc

13