Bagian ke-2: Protein dan enzim

PROTEIN DAN ENZIM
Disajikan sebagai Bahan Kuliah Biokimia bagi Mahasiswa D III Kebidanan Penyusun: Heru Santoso Wahito Nugroho, S.Kep., Ns., M.M.Kes Telefon: 0352-752747 (rumah), 081335251726 (mobile), 0351-895216 (kantor) E-mail: heruswn@yahoo.co.id atau heruswn@telkom.net website: www.heruswn.teach-nology.com

Referensi:
Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwell VW, 2003, Biokimia Harper, Edisi XXV, Penerjemah Hartono Andry, Jakarta: EGC Stryer L, 1996, Biokimia, Edisi IV, Penerjemah: Sadikin dkk (Tim Penerjemah Bagian Biokimia FKUI), Jakarta: EGC www.biology.arizona.edu\biochemistry\biochemistry.html, 2003, Biology Project-Biochemistry, Edisi: 28 Januari 2003 The

www.bioweb.wku.edu\courses\BIOL115\Wyatt\Biochem\metabolism.htm, WKU BIO 113-Chemistry

Fungsi protein
Protein memegang peranan penting dalam berbagai proses biologi. Peran-peran tersebut antara lain: 1. Katalisis enzimatik Hampir semua reaksi kimia dalam sistem biologi dikatalisis oleh enzim dan hampir semua enzim adalah protein. 2. Transportasi dan penyimpanan Berbagai molekul kecil dan ion-ion ditansport oleh protein spesifik. Misalnya transportasi oksigen di dalam eritrosit oleh hemoglobin dan transportasi oksigen di dalam otot oleh mioglobin. 3. Koordinasi gerak Kontraksi otot dapat terjadi karena pergeseran dua filamen protein. Contoh lainnya adalah pergerakan kromosom saat proses mitosis dan pergerakan sperma oleh flagela. 4. Penunjang mekanis Ketegangan kulit dan tulang disebabkan oleh kolagen yang merupakan protein fibrosa 5. Proteksi imun Antibodi merupakan protein yang sangat spesifik dan dapat mengenal serta berkombinasi dengan benda asing seperti virus, bakteri dan sel dari organisma lain. 6. Membangkitkan dan menghantarkan impuls saraf
1 Biokimia-Program D3 Kebidanan

4. Atom C α. Komponen penyusun protein Unit dasar penyusun struktur protein adalah asam amino.1 berikut. pertumbuhan dan diferensiasi diatur oleh protein faktor pertumbuhan. asam aspartat dan leusin memiliki perbedaan hanya pada jenis gugus R saja. Misalnya faktor pertumbuhan saraf mengendalikan pertumbuhan jaringan saraf.Bagian ke-2: Protein dan enzim Respon sel saraf terhadap rangsang spesifik diperantarai oleh oleh protein reseptor.html. banyak hormon merupakan protein. Gugus R yang juga terikat pada atom C α. The Biology Project-Biochemistry Gambar 2.1 Struktur asam amino α Macam asam amino Ada 20 macam asam amino. 2. Jika gugus R berbeda maka jenis asam amino berbeda. 5. Contoh lainnya adalah protein reseptor pada sinapsis 7. Agar lebih jelas dapat Anda cermati Gambar 2.2. 2 Biokimia-Program D3 Kebidanan . Gugus karboksil yang terikat pada atom C α. Misalnya rodopsin adalah protein yang sensitif terhadap cahaya ditemukan pada sel batang retina. Atom H yang terikat pada atom C α. Selain itu. Gugus amino yang terikat pada atom C α.edu\biochemistry\biochemistry. Disebut α karena bersebelahan dengan gugus karboksil (asam). Sumber: www. Dengan kata lain protein tersusun atas asam-asam amino yang saling berikatan. Contohnya ada pada Gambar 2. Pengaturan pertumbuhan dan diferensiasi Pada organisme tingkat tinggi. Dari gambar tersebut tampak bahwa asam amino serin.arizona. 3. 2003. yang masing-masing ditentukan oleh jenis gugus R atau rantai samping dari asam amino.biology. Struktur asam amino Suatu asam amino-α terdiri atas: 1.

dapat Anda cermati nama dan struktur dari 20 macam asam amino pada Tabel 2. 2003. muatan. bentuk. Berikutnya adalah alanin dengan gugus metil (-CH3) sebagai rantai samping. Untuk selanjutnya.3.1 dan Gambar 2.Bagian ke-2: Protein dan enzim Gambar2. Asam amino yang paling sederhana adalah glisin dengan atom H sebagai rantai samping.html. Tabel 2. Keduapuluh macam asam amino ini tidak pernah berubah.1 Nama-nama asam amino No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Nama Alanin (alanine) Arginin (arginine) Asparagin (asparagine) Asam aspartat (aspartic acid) Sistein (cystine) Glutamin (Glutamine) Asam glutamat (glutamic acid) Glisin (Glycine) Histidin (histidine) Isoleusin (isoleucine) Leusin (leucine) Lisin (Lysine) Metionin (methionine) Fenilalanin (phenilalanine) Prolin (proline) Serin (Serine) Treonin (Threonine) Triptofan (Tryptophan) Tirosin (tyrosine) Valin (valine) Singkatan Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val 3 Biokimia-Program D3 Kebidanan .arizona.edu\biochemistry\biochemistry.2 Contoh struktur dari beberapa asam amino Sumber: www.biology. kapasitas pengikatan hidrogen serta reaktivitas kimia. The Biology Project-Biochemistry Gugus R dari asam amino bervariasi dalam hal ukuran.

Bagian ke-2: Protein dan enzim Alanin Arginin Asparagin (asparagine) 4 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Bagian ke-2: Protein dan enzim Asam aspartat (aspartic acid) Sistein (cystine) Glutamin (Glutamine) 5 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Bagian ke-2: Protein dan enzim Asam glutamat (glutamic acid) Glisin (Glycine) Histidin (histidine) Isoleusin (isoleucine) 6 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Bagian ke-2: Protein dan enzim Leusin (leucine) Lisin (Lysine) 7 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Bagian ke-2: Protein dan enzim Metionin (methionine) Fenilalanin (phenilalanine) Prolin (proline) Serin (Serine) 8 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Bagian ke-2: Protein dan enzim Treonin (Threonine) Triptofan (Tryptophan) Tirosin (tyrosine) 9 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

arizona. coba Anda cermati Gambar 2.edu\biochemistry\biochemistry. Proses pembentukan protein dari asam-asam amino ini dinamakan sintesis protein. dengan urutan yang beraneka ragam untuk membentuk protein.3 Struktur 20 macam asam amino Sumber: www.biology. Pada protein atau rantai asam amino. 2003. gugus karboksil (-COOH) berikatan dengan gugus amino (-NH2). Agar lebih jelas. Ikatan antara asam amino yang satu dengan lainnya disebut ikatan peptida. dikeluarkan 1 molekul air (H2O). Coba Anda pelajari kembali struktur dasar asam amino. Setiap terbentuk satu ikatan peptida. The Biology Project-Biochemistry Ikatan peptida Kedua puluh macam asam amino saling berikatan.4.Bagian ke-2: Protein dan enzim Valin (valine) Gambar 2. Ikatan peptida ini dapat disebut juga sebagai ikatan amida. 10 Biokimia-Program D3 Kebidanan .html.

Struktur primer Struktur primer adalah urutan asam-asam amino yang membentuk rantai polipeptida (Gambar 2. 1. struktur tersier dan struktur kuartener.edu\biochemistry\biochemistry. ikatan peptida ditunjukkan oleh nomor berapa saja? Struktur arsitektur protein Ada 4 tingkat struktur protein yaitu struktur primer.5).5 11 Biokimia-Program D3 Kebidanan .4 Pembentukan ikatan peptida Sumber: www.biology.arizona. 2003. The Biology Project-Biochemistry Soal Latihan: Pada gambar berikut.html. Gambar 2. struktur sekunder.Bagian ke-2: Protein dan enzim Gambar 2.

Bagian ke-2: Protein dan enzim Struktur primer protein Sumber: www. Lihat contoh Gambar 2. 2003.biology. Gambar 2. berbentuk globuler. Lihat Gambar 2.arizona.6. The Biology Project-Biochemistry 2.arizona. Struktur sekunder Struktur sekunder protein bersifat reguler.7 Struktur tersier dari protein enzim triosa fosfat isomerase (TPI) 4. pola lipatan berulang dari rangka protein. Dua pola terbanyak adalah alpha helix dan beta sheet.edu\biochemistry\biochemistry. Struktur tersier Struktur tersier protein adalah lipatan secara keseluruhan dari rantai polipeptida sehingga membentuk struktur 3 dimensi tertentu. Sebagai contoh.html.biology.html. The Biology Project-Biochemistry 3. Gambar 2.edu\biochemistry\biochemistry.7. struktur tersier enzim sering padat. Struktur kuartener 12 Biokimia-Program D3 Kebidanan . 2003.6 Alpha helix dan beta sheet sebagai struktur sekunder protein Sumber: www.

biology. Daya katalitik enzim Daya katalitik enzim sangat besar. The Biology Project-Biochemistry Pengertian enzim Enzim merupakan katalis dalam sistem biologi. kecepatan sebagian besar reaksi kimia di dalam sistem biologi sangatlah rendah sehingga tak dapat diukur. atau seperangkat reaksi yang sejenis.html. yang dipaparkan pada Gambar 2. Gambar 2. Tanpa enzim. Gambaran spesifitas enzim tercantum pada Gambar 2. Sebagai contoh adalah molekul hemoglobin manusia yang tersusun atas 4 subunit. Dua sifat penting enzim adalah memiliki daya katalitik yang sangat besar dan sangat spesifik. yaitu mampu mempercepat reaksi kimia minimal sejuta kali.edu\biochemistry\biochemistry.9. 2003. 13 Biokimia-Program D3 Kebidanan . Dalam reaksi enzimatik sangat jarang terjadi reaksi sampingan yang menyebabkan terbentuknya hasil sampingan yang tak berguna. Masih ingatkah Anda apa yang dimaksud dengan katalis? Katalis adalah molekul yang berfungsi mempercepat reaksi kimia. Bahkan reaksi yang sederhana sekalipun seperti hidrasi CO2 harus dikatalisis oleh enzim karbonat anhidrase. Hampir semua enzim merupakan protein. CO2 Karbonat anhidrase + H2O ―――――――――→ H2CO3 Spesifitas enzim Enzim sangat spesifik.arizona.8 Struktur hemoglobin yang merupakan struktur kuartener protein Sumber: www.Bagian ke-2: Protein dan enzim Beberapa protein tersusun atas lebih dari satu rantai polipeptida. Struktur kuartener menggambarkan subunit-subunit yang berbeda dipak bersama-sama membentuk struktur protein. Satu enzim biasanya mengkatalisis satu jenis reaksi kimia saja.8. baik terhadap terhadap jenis reaksi yang dikatalisisnya maupun terhadap substrat atau reaktan yang diolahnya.

Pada awalnya hanya ada beberapa enzim yang dikenal.10 untuk ilustrasi lebih jelas. dan kebanyakan mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan kovalen. Lihat Gambar 2.biology. 2003. Gambar 2.edu\biochemistry\biochemistry.edu\courses\BIOL115\Wyatt\Biochem\metabolism.9 Model spesifitas enzim terhadap substrat dan reaksi tertentu Sumber: www.bioweb.10 Sumber: www.arizona. The Biology Project-Biochemistry Klasifikasi enzim Enzim diklasifikasikan berdasarkan tipe reaksi dan mekanisme reaksi yang dikatalisis. yaitu tempat tertentu pada molekul enzim untuk mengikat substrat. Enzim memiliki situs aktif. Emil Fischer mengumpamakan substrat dan situs aktif sebagai anak kunci dan kunci.htm.Bagian ke-2: Protein dan enzim Gambar 2. Semua 14 Biokimia-Program D3 Kebidanan .html. WKU BIO 113-Chemistry Kompleks enzim-substrat Sebagian besar daya katalitik enzim berasal dari kemampuan enzim menempatkan substrat ke dalam kedudukan yang menguntungkan pada kompleks enzim-substrat.wku.

4. pertama menunjukkan substrat dan kedua ditambah dengan –ase yang menunjukkan tipe reaksi yang dikatalisis. Koenzim Banyak enzim yang memerlukan koenzim untuk dapat berfungsi aktif sebagai katalisator. namun ditambahkan pada jenis reaksi yang dikatalisisnya.Subsubkelas 1 : alkohol merupakan akseptor fosfat .Digit ketiga : subsubkelas tipe reaksi . Contoh: heksosa isomerase (subsrat: heksosa dengan reaksi isomerase). protease menghidrolisis protein.Enzim spesifik 1 : heksokinase atau ATP:D-heksosa 6fosfotransferase Suatu enzim yang mengkatalisis pemindahan fosfat dari ATP ke gugus hidroksil atom C ke enam molekul glukosa. Reaksi dan enzim yang mengkatalisis membentuk 6 kelas. Namun sampai sekarang masih banyak buku-buku yang masih menggunakan sistem penamaan lama yang lebih pendek. 3. amilase menghidrolisis amilum. Contoh: 1.37 L-malat:NAD+ oksidoreduktase (dekarboksilasi).Kelas 2 : transferase . Secara ringkas. ditambah dengan informasi tambahan tentang reaksi dalam tanda kurung di bagian akhir nama. Jika diperlukan. Nama enzim terdiri atas 2 bagian.1. Untuk menghindari kesulitan penamaan karena semakin banyak ditemukan enzim yang baru.Subkelas 7 : transfer fosfat . Contoh: lipase menghidrolisis lipid. masingmasing mempunyai 4-13 subkelas 2. Reaksi-reaksi yang memerlukan koenzim antara lain: reaksi 15 Biokimia-Program D3 Kebidanan . maka International Union of Biochemistry (IUB) telah mengadopsi sistem penamaan yang kompleks tetapi tidak meragukan berdasarkan mekanisme reaksi. Contoh: enzim dehidrogenase mengkatalisis reaksi pengeluaran hidrogen. enzim transferase mengkatalisis pemindahan gugus tertentu. Setiap enzim mempunyai nomor kode (EC) yang terdiri atas: . Sistem penamaan enzim sekarang tetap menggunakan –ase.1.Bagian ke-2: Protein dan enzim enzim ini diidentifikasi dengan menambahkan akhiran –ase pada nama substansi atau substrat yang dihidrolisis.1 diuraikan menjadi: . sistem penamaan enzim menurut IUB dijelaskan sebagai berikut: 1. Contohnya ada enzim yang megkatalisis reaksi reduksi terhadap fungsi alkohol gula dan ada pula yang mengkatalisis reaksi oksidasi pada substrat yang sama. Koenzim akan memperbesar kemampuan katalitik suatu enzim sehingga jauh melebihi kemampuan yang ditawarkan. Koenzim yang berikatan secara erat dengan enzim melalui ikatan kovalen atau non kovalen sering disebut sebagai gugus prostetik.Digit pertama : kelas tipe reaksi .Digit keempat : untuk enzim spesifik Contoh: 2.Digit kedua : subkelas tipe reaksi .1.7. Pemakaian penamaan tersebut terbukti tidak memadai karena banyak enzim mengkatalisis substrat yang sama tetapi dengan reaksi yang berbeda.

dan reaksi yang membentuk ikatan kovalen.Bagian ke-2: Protein dan enzim oksidoreduksi. pemindahan gugus serta isomerisasi. 16 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful