Jika AF berkembang di awal kehamilan, masalah antikoagulan menjadi sangat
kontroversial. Penggunaan warfarin selama trimester pertama dikontraindikasikan karena risiko tinggi embriopati. Namun, kehamilan adalah keadaan prothrombotik, dan risiko stroke pada wanita hamil dengan AF dan MS agaknya cukup tinggi. Kardioversi setelah ekokardiografi transesophageal yang membuktikan tidak ada trombus atrium lebih disukai. Jika ada trombus atau gagal jantung, maka pilihan menjadi terbatas.