KEMENTRIAN RISET DAN DIKTI

UNIVERSITAS PENDIDIKAN GANESHA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN KIMIA

Ujian Akhir Semester (UAS)

Nama/NIM : Anni Mujahidah/1713031023

Mata Kuliah : BIOKIMIA II
Waktu : 4 jam
Sifat : On line
Semester : Genap 2019/2020
Hari/Tanggal : Selasa, 10 Desember 2019
Prodi : Pendidikan Kimia
Pengajar : Dr. I Nyoman Tika, M.Si

Penjelasan: (1) untuk soal 1/sd 15 pilihlah satu jawaban yang benar. Soal 16 s/d 20 soal uraian.Tulislah jawaban di kertas
lain!

1. Pada pengaturan ekspresi gen, semua pernyataan berikut benar, kecuali

A. Domain aktivitas trans dan pengikatan RNA pada protein pengatur bersifat terpisah dan non interaktif.
B Informasi genetik dalam setiap sel somatik pada hakikatnya identik
C Pengikatan DNA dapat mengakibatkan perubahan bentuk yang umum untuk terjadinya transkripsi.
D Zinc finger merupakan motif kedua yang sudah diketahui dengan jelas bagi pengikatan DNA.

2. Dalam sintesis protein, kode genetik bersifat, kecuali

A. Regeneratif
B Tidak bermakna ganda
C Tumpang tindih dan tanpa pungtuasi
D Universal

3. Aliran informasi genetik terjadi

A. Protein –RNA-DNA
B DNA-Protein-RNA
C DNA-Asam amino-protein
D DNA-RNA-Protein

4. Rangkaian Nukleotida sebuah molekul mRNA adalah

A. Serangkaian asam aminoyang menentukan spesifitas rangkaian kodon pada protein yang dikode
B Serangkaian kodon yang menentukan spesifitas rangkaian asam amino pada protein yang dikode
C Serangkaian DNA yang menentukan spesifitas rangkaian asam amino pada protein yang dikode
D Serangkaian anti kodon yang menentukan spesifitas rangkaian asam amino pada protein yang dikode

5. Semua pernyataan berikut salah, kecuali

A. Elongasi juga merupakan proses mono tahap
B Mutasi supresor menambah efek mutasi mutasi salah makna.
C Serangkaian DNA yang menentukan spesifitas rangkaian asam amino pada protein yang dikode
D Polisom merupakan rakitan ribosom

6. Untuk replikasi DNA yang terjadi dalam sel eukariot melibatkan peran protein, semua pernyataan berikut benar,
kecuali,
A. Histon merpakan protein yang jumlahnya melimpah
B Ada 4 kelompok Histon yang teridentifikasi dalam nukleosom.
C Protein H2A dan H2B adalah Histon yang kaya dengan asam amino sistein
D Histon akan saling berinteraksi dengan cara yang spesifik.

7. Kromatin memiliki struktur tertentu, semua pernyataan berikut benar, kecuali

A. Struktur kromatin dapat diketahui melalui alat mikroskop elektron
B Ada dua struktur kromatin, yaitu struktur fibril dan serat
C Kromatin dengan serat jauh lebih kecil dari bentuk fibril
D Kromosom interfase adalah kromatin dalam bentuk serat

8. Semua pernyataan berikut benar kecuali

1
 KEMENTRIAN RISET DAN DIKTI
UNIVERSITAS PENDIDIKAN GANESHA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN KIMIA

A. DNA dalam genom eukariot dapat dibagi menjadi berbagai kelompok rangkaian yang berlainan.
B DNA non repetitif merupakan kelompok genom pada sel prokariot
C DNA repetitif dalam genom haploid berjumlah 107 copy per sel
D Banyak genom mamalia yang bersifat berlebihan dan tidak ditranskripsikan

9. Semua pernyataan berikut benar kecuali

A. Tempat awal replikasi disebut ORI
B Rangkaian dalam sel yang mengadakan replikasi berlangsung secara otonom
C Dalam sel mamalia, rangkaian mirip ORI belum didefinisikan secara tepat.
D Protein pengikat ORI dalam mamalia telah diidentifikasi.

10. Semua pernyataan berikut berkaitan dengan DNA Polimerase

A. DNA polimerase III merupakan holoenzim
B DNA polimerase III merupakan kompleks fungsional.
C DNA polimerase mamalia mampu melakukan polimerisasi 100 nukleotida /detik
D Nukleosom mempengaruhi sintesis DNA polimerase

11. Semua pernyataan berikut benar, kecuali

A. Protein yang mengatur transkripsi gen harus memiliki sedikitnya dua buah domain.
B Domain pengatur transkripsi bersifat hibrida
C Informasi domain pengatur transkripsi diketahii sangat luas dalam E.coli.
D Sintesis protein mengikuti polaritas 3’ ke 5’

12. Semua pernyataan berikut benar kecuali

A. Toksin difteri merupakan eksotoksin
B Banyak antibiotik bekerja selektif mengambat sintesis DNA dalam bakteri
C Pemrosesan pascatranslasi mempengaruhi aktivitas banyak protein
D Sebagian mutasi terjadi lewat substitusi basa

13. Semua pernyataan berikut benar kecuali

A. Sintesis protein dan kode genetik penting untuk mengetahui cacat pada protein
B Duapuluh jenis asam amino yang sama diperlukan untuk sintesis komplementer seluler protein
C Setiap kodon terdiri atas rangkaian tiga nukleotida.
D Pembacaan dan penguraian kode genetik sangat tergantung pada sintesis kimiawi nukleotidanya, khususnya
bentuk triplet

14. Ekspresi gen diatur dengan beberapa cara, kecuali

A. Pengaturan kestabilan RNA
B Penyusunan kembali gen
C Pemrosesan RNA
D Perangkaian DNA silih berganti

15. Berikut adalah beberapa langkah-langkah replikasi eukariot, kecuali

A. Identifikasi letak replikasi
B Denaturasi dsDNA untuk menyediakan cetakan ssDNA
C Inisiasi sintensis dan elongasi
D Dekomposisi struktur kromatin

16. Jelaskan Sintesis Heme di Mitokondria dari aspek enzim dan proses pengendaliannya?
Jawab: Biosintesis heme dapat terjadi pada sebagian besar jaringan kecuali eritrosit dewasa yang tidak
mempunyai mitokondria. Sekitar 85% sintesis heme terjadi pada sel-sel prekursor eritoid di sumsum
tulang dan sebagian besar sisanya di sel hepar. Biosintesis heme dapat dibagi menjadi 2 tahap, yaitu:
(1) Sintesis porfirin; (2) Sintesis heme.
Biosintesis heme dimulai di mitokondria melalui reaksi kondensasi antara suksinil-KoA yang
berasal dari siklus asam sitrat dan asam amino glisin. Reaksi ini memerlukan piridoksal fosfat untuk
mengaktivasi glisin, diduga piridoksal bereaksi dengan glisin membentuk basa Shiff, di mana karbon
alfa glisin dapat bergabung dengan karbon karbosil suksinat membentuk α-amino-β-ketoadipat yang
dengan cepat mengalami dekarboksilasi membentuk d-amino levulinat (ALA/AmLev). Rangkaian

2
 KEMENTRIAN RISET DAN DIKTI
UNIVERSITAS PENDIDIKAN GANESHA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN KIMIA

reaksi ini dikatalisis oleh AmLev sintase/sintetase yang merupakan enzim pengendali laju reaksi pada
biosintesis porfirin.
Enzim yang bertindak sebagai regulator biosintesis heme adalah AmLev sintase. Heme yang
mungkin bekerja melalui molekul aporepresor menghambat sintesis AmLev sintase, dalam hal ini
kemungkinan terjadi feed back negative. Obat yang metabolismenya menggunakan hemoprotein
spesifik di hati (sitokrom-P450) menyebabkan konsentrasi heme intra seluler menurun. Hal ini
menyebabkan represi terhadap AmLev sintase menurun. Aktivitas AmLev sintase meningkat sehingga
sintesis heme juga meningkat. Pemberian glukosa dan hematin dapat mencegah pembentukan AmLev
sintase sehingga menurunkan sintesis heme.

17. Jelaskan bagaimana enzim bisa memperbaiki DNA yang rusak?

Jawab: Perbaikan kerusakan DNA akibat mutasi secara langsung oleh aktivitas enzim
polimerisasi DNA.
Selain mempunyai aktivitas polimerisasi dalam arah 5’→ 3’, enzim polimerisasi DNA pada
bakteri (tidak ada pada eukariotik) juga memiliki aktivitas eksonuklease dalam arah 3’ → 5’.
Pengenalan kesalahan insersi nukleotida selama polimerisasi oleh enzim polimerisasi DNA sebagai
akibat adanya semacam bonggol pada unting ganda molekul DNA yang ditimbulkan oleh adanya
pasangan basa yang salah. Dalam hal ini, mungkin enzim polimerisasi DNA memang tidak akan
menambah nukleotida baru pada ujung 3’ jika belum terbentuk ikatan hidrogen pada pasangan
nukleotida sebelumnya. Polimerisasi DNA akan terhenti dan tidak berlaku hingga nukleotida yang
salah dipotong dan diikuti dengan penggantian nukleotida yan benar dan terbentuk ikatan hidrogen yan
diperlukan. Pemotongan nukleotida yan dilakukan oleh aktivitas eksonuklease berlangsung dalam arah
3’ → 5’, kemudian setelah pemotongan selesai aktivitas polimerisasi dalam arah 5’→ 3’ oleh enzim
polimerase DNA, kemudian DNA akan pulih.
Peran penting aktivitas eksonuklease dari enzim polimerase DNA yang menekan laju mutasi
pada bakteri dapat terlihat pada mutasi gen mutator pada E. Coli. Jika gen-gen mutator pada E. Coli
mengalami mutasi, maka frekuensi mutasi pada E. Coli menjadi lebih tinggi. Misalnya, mutasi pada
gen mut D mengakibatkan perubahan suatu sub unit ε (epsilon) polimerase III DNA yang menimbulkan
cacat pada aktivitas perbaikan arah 3’ → 5’, sehingga banyak nukleotida yan salah tidak sempat
diperbaiki.

18. Jelskan perbedaan antara transkripsi, replikasi dan translasi dalam sel eukariot dan prokariot?
Jawab:
a) Transkripsi
 Transkripsi pada sel eukariot
Transkripsi pada sel eukariot terjadi di dalam inti sel. Dalam transkripsi eukariot awalnya
molekul pra-mRNA(transkrip primer)terbentuk dan kemudian diproses untuk menghasilkan
mRNA matang. Pada eukariot transkripsi, jenis RNA bervariasi. Misalnya RNA yang polymerase
I, II, III hadir di semua eukariota, tetapi RNA polymerase IV dan V hanya hadir pada tumbuhan.
Dalam eukariot,RNA polymerase terdiri dari 10-17 subunit. Pada eukariot pengakuan promotor
tidak dapat dilakukan oleh RNA polymerase saja, tetapi protein aksesori di sel harus mengenali

3
 KEMENTRIAN RISET DAN DIKTI
UNIVERSITAS PENDIDIKAN GANESHA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN KIMIA

promotor, sehingga merrekrut RNA polymerase spesifik untuk promotor. Sebuah kompleks protein
histon dan DNA harus dapat diakses, sebelum transkripsi.
 Transkripsi pada sel prokariot
Transkripsi pada sel prokariot terjadi pada sitoplasma sel. Dalam transkripsi prokariotik,
mRNA ditranskripsi langsung dari template molekul DNA. Jenis RNA polymerase tidak berbeda
dengan jenis bakteri. Satu jenis RNA polymerase yang memiliki enzim inti dan subunit lainnya,
yang terlibat dalam transkripsi prokariotik. Dalam prokariotik, RNA polymerase terdiri dari lima
subunit. Pada prokariota, holoenzyme (RNA polymerase + faktor sigma) mengakui dan mengikat
langsung ke promotor. Pada prokariot DNA tidak terikat pada protein histon. Oleh karena itu,
transkripsi terjadi secara langsung.
b) Replikasi
 Replikasi pada sel prokariot
Replikasi pada sel prokariotik terjadi di dalam sitoplasma. Replikasi pada prokariot dimulai
dari satu situs awal replikasi (ORI) dan berlangsung ke dua arah menuju daerah terminasi. Karena
sel-sel prokariotik memiliki struktur yang lebih sederhana dari sel eukariotik, proses replikasi
DNA sel prokariotik lebih sederhana. Sel prokariotik tidak memiliki nukleus di mana materi
genetik ditemukan, replikasi dalam sel prokariotik terbatas pada satu tempat, replikasi terjadi satu
titik pada suatu waktu. Selain itu, sel-sel prokariotik hanya memiliki satu replikasi percabangan,
romosom sel prokariotik tidak memiliki kromatin, replikasi prokariotik terjadi secara cepat.
Kecepatan ini di mana sel-sel prokariotik terlihat pada pesatnya pertumbuhan bakteri
 Replikasi pada sel eukariot
Replikasi sel eukariotik terjadi di inti, replikasi pd eukariot dimulai dari banyak ORI, bergerak
ke dua arah. Replikasi dalam sel eukariotik tidak terbatas pada satu tempat, ada lebih dari 1.000
dalam sel eukariotik, replikasi eukariotik terjadi di semua titik secara bersamaan. sel-sel eukariotik
memiliki banyak replikasi percabangan, kromosom membentuk sebagian besar dari dalam sel
eukariotik. Replikasi prokariotik terjadi secara lambat.
c) Translasi
 Translasi pada sel eukariot
Translasi terjadi setelah transkripsi selesai, tidak dapat terlaksana secara bersamaan. Translasi
sel eukariot terjadi dalam fase pasca transkripsi. Ribosom eukariotik relatif besar dan disebut 80S
ribosom. Ribosom terdiri dari dua subunit yang disebut subunit besar dan subunit kecil. Pada
eukariota, subunit kecil dari ribosom 80S berikatan dengan 5′ ujung mRNA.
 Translasi pada sel prokariot
Translasi terjadi sebelum proses transkripsi selesai sempurna, terlaksana hamper sempurna.
Hal ini dimungkinkan karena pada prokariot molekul Mrna ditranslasikan berdasarkan arah dari
ujung 5’ ke ujung 3’. Selain dari itu, pada prokariot tidak terdapat membrane inti, sehingga tidak
ada yang memisahkan transkripsi dan translasi. Prokariot mengandung ribosom kecil yang disebut
70S ribosom. Dalam prokariota, subunit kecil, ribosome 70S berikatan dengan sekuens Shine-

4
 KEMENTRIAN RISET DAN DIKTI
UNIVERSITAS PENDIDIKAN GANESHA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN KIMIA

Dalgarno di mRNA. Urutan Shine-Dalgarno menandai awal setiap urutan pengkode dari operon
prokariotik.

19. Jelaskan apa yang dimaksud dengan tahap terminasi terjadi ketika kodon tanpa makna dikenali.
Jawab: Yang dimaksud dengan tahap terminasi terjadi ketika kodon tanpa makna dikenali adalah bahwa
setelah tahap elongasi dalam proses polimerisasi menghasilkan protein, kodon terminasi (tanpa makna)
muncul ditempat A. Elongasi berlanjut hingga kodon stop mencapai ribosom, triplet basa kodon stop
adalah UAA, UAG, dan UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino melainkan bertindak
sebagai sinyal untuk menghentikan translasi. Faktor pelepasan dan GTP akan menghidrolisis ikatan
antara peptida dan t-RNA (tempat A), proses hidrolisis ini menghasilkan protein dan tRNA.
Selanjutnya ribosom 80S berdisosiasi menjadi 40S dan 60S dan kemudian didaur ulang.

20. Jelaskan fungsi masing-masing enzim yang terapat dalam mekanisme gambar berikut!

Jawab:

A. Enzim DNA Helikase, berfungsi melepaskan atau memecah DNA helix ganda untuk membentuk garpu
replikasi yang dibantu oleh topoisomerase.
B. Enzim RNA Primase, enzim yang digunakan untuk memulai polimerisasi DNA pada lagging strand.
Berfungsi membentuk primer RNA
C. Enzim DNA Polimerase, enzim yang mempolimerisasi nukleotida-nukleotida.Berfungsi membaca rantai
DNA utuh dan menggunakannya untuk membentuk segmen salinan.
D. Enzim DNA Ligase, enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging. Berfungsi menggabungkan
segmen salinan (fragmen Okazaki).