Anda di halaman 1dari 37

SARI PUSTAKA DASAR

DESEMBER 2019

PEMERIKSAAN GENE/XPERT MTB/RIF

BUDI JEFRI

Narasumber : dr.Parluhutan Siagian, M.Ked(Paru), SpP(K), FISR

Peserta Program Pendidikan Dokter Spesialis Departemen Pulmonologi dan


Kedokteran Respirasi FK USU
RSUP H Adam Malik Medan
2019
LEMBARAN PENGESAHAN

Sari Pustaka yang berjudul


Pemeriksaan Gene/Xpert MTB/RIF
Dibacakan oleh dr. Budi Jefri
Telah dilakukan koreksi dan perbaikan dari
Pembimbing,

dr.Parluhutan Siagian,M.Ked(Paru) Sp.P(K)


NIP. 196304051989121001

Medan, Desember 2019

Diketahui oleh
Kepala Program Studi Departemen Narasumber
Pulmonologi dan Kedokteran Respirasi
FK USU

Dr.dr.Amira P Tarigan,M.Ked(Paru)Sp.P(K) dr.Parluhutan Siagian,M.Ked(Paru) Sp.P(K)


NIP. 197202281999032002 NIP. 196304051989121001

ii
DAFTAR ISI

LEMBAR PENGESAHAN ............................................................................. ii


DAFTAR ISI .................................................................................................... iii
DAFTAR TABEL ............................................................................................ iv
DAFTAR GAMBAR ....................................................................................... v
ABSTRAK ....................................................................................................... vi
ABSTRACT ..................................................................................................... vii

BAB 1. PENDAHULUAN .............................................................................. 1


1.1. Latar Belakang .......................................................................................... 1

BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA ..................................................................... 3


2.1. Definisi ...................................................................................................... 3
2.2. Epidemiologi ............................................................................................. 5
2.3. Alur Diagnostil TB Resisten Obat ............................................................ 8
2.4. Klasifikasi hambatan aliran udara ............................................................. 5
2.4.1. Isoniazid ................................................................................................. 9
2.4.2. Rifampisin .............................................................................................. 9
2.4.3. Pirazinamid ............................................................................................ 10
2.4.4. Etambutol ............................................................................................... 10
2.4.5. Streptomisin ........................................................................................... 10
2.5. Sekuensi target DNA & Tekonologi Molecular Beans............................. 12
2.6. Perangkat GeneXpert ................................................................................ 14
2.7. Laporan hasil ............................................................................................. 19
2.8. Monitoring rutin ........................................................................................ 21
2.9. Standar operasional prosedur spesimen ekstrapulmoner .......................... 22

BAB 3. PENUTUP .......................................................................................... 28


3.1. Kesimpulan ............................................................................................... 28

DAFTAR REFERENSI ................................................................................... 29

iii
DAFTAR TABEL

Nomor Judul Halaman


Tabel 2.1. Rata-rata insidens TB-MDR/TB-RR tahun 2017 pada 30 negara .. 6
Tabel 2.2. Gen yang terlibat dalam ‘Acquired Resisteance’ pada
M.Tuberkulosis ................................................................................................ 11

iv
DAFTAR GAMBAR

Nomor Judul Halaman


Gambar 2.1. Persentase TB kasus baru dengan TB-MDR/ TB-RR ................. 7
Gambar 2.2. Persentase kasus TB riwayat pengobatan sebelumnya dengan
TB-MDR/ TB-RR ............................................................................................ 7
Gambar 2.3. Alur diagnostik TB untul fasilitas kesehatan dengan TCM ........ 8
Gambar 2.4. Alur diagnostik TB untul fasilitas kesehatan tanpa TCM ........... 9
Gambar 2.5. Target sekuens region core & teknologi molecular beans .......... 14
Gambar 2.6. Empat catridge GeneXpert.......................................................... 16
Gambar 2.7. Empat modul GeneXpert & 16 modul GeneXpert ...................... 17
Gambar 2.8. Berbagai tahapan prosedur pemeriksaan XpertMtb/Rif .............. 19
Gambar 2.9. Tampilan penggunaan GeneXpert pada amplifikasi probe
A-E & kontrol proses sampel ........................................................................... 20

v
Abstrak

Multidrug-resistant TB (MDR-TB, yang didefinisikan sebagai resistensi setidaknya


terhadap isoniazid dan rifampisin, dua obat paling penting dalam lini pertama obat
anti tuberkulosis). GeneXpert merupakan penemuan terobosan untuk diagnosis TB
berdasarkan pemeriksaan molekuler yang menggunakan metode Real Time
Polymerase Chain Reaction Assay (RT-PCR) semi kuantitatif yang menargetkan
wilayah hotspot gen rpoB pada M. tuberculosis, yang terintegrasi dan secara
otomatis mengolah sediaan dengan ekstraksi deoxyribo nucleic acid (DNA) dalam
cartridge sekali pakai. Teknik pemeriksaan dengan metode RT-PCR GeneXpert
didasarkan pada amplifikasi berulang dari target DNA dan kemudian dideteksi
secara fluorimetrik. Teknik ini dapat mengidentifikasigen rpoB pada M.
tuberkulosis dan urutannya secara lebih mudah, cepat dan akurat. Gen ini berkaitan
erat dengan ketahanan sel dan merupakan target obat rifampisin yang bersifat
bakterisidal pada M. tuberkulosis dan M. leprae. Keuntungan besar dari Gene Xpert
adalah dapat memberikan hasil yang sangat cepat.

Kata kunci : MDR-TB, GeneXpert, PCR

vi
Abstract

Multidrug-resistant TB (MDR-TB, which is defined as the least resistance to


isoniazid and rifampicin, two of the most important drugs in the first line of anti-
tuberculosis drugs).GeneXpert is a breakthrough discovery for TB diagnosis based
on molecular examination using semi-quantitative Real Time Polymerase Chain
Reaction Assay (RT-PCR) method that targets the rpoB gene hotspot in M.
tuberculosis, which is integrated and automatically processes preparations with
extraction of deoxyribo nucleic acid (RT). DNA) in a disposable cartridge. The
inspection technique using the GeneXpert RT-PCR method is based on repeated
amplification of the DNA target and then it is detected fluoridetically. This
technique can identify rpoB oxygen in M. tuberculosis and its sequence more easily,
quickly and accurately. This gene is closely related to cell resistance and is a target
of the bactericidal rifampicin drug in M. tuberculosis and M. leprae. The great
advantage of Gene Xpert is that it can provide results very quickly.
Keywords : MDR-TB, GeneXpert, PCR

vii
BAB 1

PENDAHULUAN

1.1.LATAR BELAKANG

Tuberkulosis (TB) tetap menjadi masalah kesehatan global utama dan menempati
peringkat sebagai penyebab utama kematian akibat penyakit menular di seluruh
dunia. Pada tahun 2017, TB menginfeksi sekitar 10,0 juta orang dan sekitar 16%
(1,6 juta) pasien yang terinfeksi meninggal karena penyakit tersebut. Dari 1,6 juta
kasus meninggal, 300.000 terjadi di antara orang yang terinfeksi human
immunodeficiency virus (HIV) (WHO, 2018).
TB resisten obat, meliputi multidrug-resistant TB (MDR-TB, yang
didefinisikan sebagai resistensi setidaknya terhadap isoniazid dan rifampisin, dua
obat paling penting dalam lini pertama obat anti tuberkulosis) dan extensively drug-
resistant TB (XDR-TB, didefinisikan sebagai MDR-TB ditambah resistensi
terhadap fluorokuinolon, seperti ofloxacin atau moxifloxacin, dan setidaknya satu
dari obat injeksi lini kedua seperti amikasin, kapreomisin, atau kanamisin) menjadi
penanganan yang serius untuk kesehatan dunia (Zumla A, 2012). Di tahun 2017,
setidaknya 460.000 orang , dimana 3,5% kasus baru dan 18% sebelumnya pernah
mendapat pengobatan TB , diperkirakan terkena MDR-TB secara global. Dan 9,0%
dari mereka berkembang menjadi XDR-TB. Resistensi Rifampisin (RR)
merupakan resitensi obat yang paling sering , yaitu sekitar 558.000 orang yang
terkena (WHO, 2018).
Kultur merupakan metode baku emas dan uji resistensi obat/ drug sensitivity
test (DST) dapat dilakukan namun harga nya mahal dan tidak tersedia pada
beberapa tempat. Hal ini juga beresiko untuk terkontaminasi dan membutuhkan
waktu yang lama karena tingkat pertumbuhan TB bacilli yang lambat (Cuevas LE,
2011).
Mesin Gene/Xpert (metode pemeriksaan Xpert MTB/RIF) berpotensial
terhadap revolusi diagnosis TB berdasarkan kecepatan, sensitivitas dan
spesifisitasnya (Carlton AA, 2011). Uji diagnostik ini menggunakan cartridge-

1
2

based automated, membutuhkan waktu kurang dari 2 jam mendeteksi kuman


Mikobakterium Tuberkulosis serta resistensi terhadap rifampisin dengan
pemeriksaan tiga molekul spesifik primer dan lima molekul khusus yang menjamin
dari tingginya nilai spesifisitas. Penggunaan catridges yang tertutup dan sekali
pakai tampaknya mengatasi masalah kontaminasi silang. Ada sedikit bio-hazard
sehingga lemari bio-safety tidak diperlukan secara wajib. Metode pengujian Xpert
MDR / Rif yang merupakan tes amplifikasi asam nukleat/ nucleic acid
amplification test (NAAT) berdasarkan prinsip reaksi berantai polimerase (PCR)
telah membuka era baru diagnosis molekuler luas dari TB. Pengoperasian praktis,
mudah dan membutuhkan keahlian teknis minimal (WHO, 2012).
Uji GeneXpert MTB / RIF berpotensi untuk diagnosis TB di sebagian besar
sampel ekstra pulmoner dan di dalam paru (selain dahak). Walaupun Uji GeneXpert
MTB / RIF memberikan hasil diagnostik yang cepat, sensitivitas keseluruhan untuk
menyingkirkan penyakit ini adalah suboptimal untuk beberapa jenis spesimen.
Performanya beragam sesuai dengan jenis spesimen dan status apusan AFB.
Sensitivitas dan spesifisitas jaringan kelenjar getah bening adalah 63% dan 33%.
Semua sampel harus dikultur terlepas dari hasil uji GeneXpert MTB / RIF (Pandey
S, 2016).
BAB 2

TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Definisi

Tuberkulosis (TB) adalah penyakit yang disebabkan oleh Mycobacterium


tuberculosis (M.tuberculosis) dan merupakan salah satu penyebab utama
morbiditas dan mortalitas. Sepertiga dari populasi dunia dilaporkan terinfeksi TB,
dimana 10% dari mereka yang terinfeksi berkembang menjadi penyakit yang serius.
Menurut WHO pada tahun 2014 dilaporkan sekitar 1,5 juta meninggal akibat TB,
sebagian besar kematian terjadi pada dewasa muda dan usia produktif. TB memiliki
peringkat kematian yang sama dengan Human immunodeficiency virus (HIV).
(Alimuddin et al, 2013; WHO, 2015)
Penyebab TB telah lama diketahui dan sudah ditemukan berbagai macam
obat yang efektif untuk mengatasinya, namun masalah yang timbul dalam upaya
pemberantasan TB adalah Multidrug resistant tuberculosis (TB-MDR) yang
disebabkan oleh resistensi M. tuberculosis terhadap obat anti TB. Penyakit TB
dengan resistensi dicurigai kuat jika kultur Basil Tahan Asam (BTA) tetap positif
setelah terapi 3 bulan atau kultur kembali positif setelah terjadi konversi negatif.
Menurut WHO (2011) diperkirakan terdapat sekitar 500.000 kasus TB yang resisten
terhadap INH dan Rifampisin (TB-MDR) setiap tahunnya dengan angka kematian
sekitar 150.000. Dari sejumlah tersebut baru sekitar 10% yang didiagnosis dan
mendapat pengobatan. (Saltini et al., 2006; Rosales et al., 2011)
TB-MDR adalah kasus TB yang disebabkan oleh M. tuberculosis resisten
minimal terhadap dua obat anti tuberkulosis (OAT) yang paling kuat yaitu
rifampisin dan isoniazid secara bersamaan, dengan atau tanpa obat OAT lini I yang
lain. Kasus TB-MDR menyebabkan masalah yang lebih rumit lagi karena prognosis
menjadi lebih buruk, pengobatan yang lama, resiko penularan terhadap orang lain
dan biaya menjadi lebih mahal. Lama pengobatan TB-MDR sekitar 20 bulan dan
banyaknya efek samping dari obat TB-MDR sehingga perlu pemantauan yang lebih
ketat. Kemajuan dalam pengendalian dan pemberantasan TB dalam beberapa tahun

3
4

terakhir telah terancam dengan munculnya strain resisten obat M.tuberculosis.


Meskipun dari 5 negara terbanyak penderita TB-MDR mempunyai tingkat
keberhasilan pengobatan 50%, namun pada tahun 2015 keberhasilan pengobatan
TB-MDR mencapai ≥75% telah tercapai oleh 43 dari 127 negara. (Saltini et al,
2006; WHO, 2015)
Diagnosis TB paru dapat dikenal mulai dari gejala klinis, kelainan fisis,
kelainan radiologis sampai dengan kelainan bakteriologis. Tetapi dalam prakteknya
tidaklah selalu mudah menegakkan diagnosisnya. Pemeriksaan BTA pada spesimen
sputum telah digunakan di seluruh dunia untuk menegakkan diagnosa TB.
Meskipun metode tercepat, termudah dan termurah yang tersedia adalah pewarnaan
BTA namun sensitivitasnya yang rendah telah membatasi penggunaannya terutama
di daerah dengan insiden TB rendah, TB ekstrapulmoner serta pada pasien
terinfeksi HIV (Vincent , 2007).
Teknik kultur masih dianggap sebagai pemeriksaan baku emas karena
identifikasi dan sensitivitas yang lebih baik dibanding pemeriksaan BTA, namun
pertumbuhan lambat bakteri M. tuberculosis merupakan hambatan besar untuk
diagnosis cepat penyakit ini. Kelemahan lainnya adalah fasilitas pemeriksaan kultur
yang hanya ada di laboratorium tertentu (Lyanda, 2012).
GeneXpert merupakan penemuan terobosan untuk diagnosis TB
berdasarkan pemeriksaan molekuler yang menggunakan metode Real Time
Polymerase Chain Reaction Assay (RT-PCR) semi kuantitatif yang menargetkan
wilayah hotspot gen rpoB pada M. tuberculosis, yang terintegrasi dan secara
otomatis mengolah sediaan dengan ekstraksi deoxyribo nucleic acid (DNA) dalam
cartridge sekali pakai. Penelitian invitro menunjukkan batas deteksi kuman TB
dengan metode RT-PCR GeneXpert minimal 131 kuman/ml sputum.Waktu hingga
didapatkannya hasil kurang dari dua jam dan hanya membutuhkan pelatihan yang
simpel untuk dapat menggunakan alat ini (Dinnes, 2007).
Teknik pemeriksaan dengan metode RT-PCR GeneXpert didasarkan pada
amplifikasi berulang dari target DNA dan kemudian dideteksi secara fluorimetrik.
Teknik ini dapat mengidentifikasigen rpoB pada M. tuberkulosis dan urutannya
secara lebih mudah, cepat dan akurat. Gen ini berkaitan erat dengan ketahanan sel
dan merupakan target obat rifampisin yang bersifat bakterisidal pada M.
5

tuberkulosis dan M. leprae. Penelitian pendahuluan menyatakan sensitivitas dan


spesifisitas yang cukup tinggi pada sampel saluran pernapasan untuk mendeteksi
M. tuberkulosis dan sekaligus mendeteksi resistensi M. tuberkulosis terhadap
rifampisin (Palomino, 2005).

2.2. Epidemiologi
Secara global pada tahun 2017, diperkirakan 3,5% (Confidence Interval 95% [CI]:
2,5-4,7%) dari kasus baru dan 18% (95% CI:6,3-34%) dari kasus yang diobati
sebelumnya memiliki MDR / TB-RR (Tabel 2.1). Proporsi baru dan kasus TB yang
diobati sebelumnya dengan MDR / TB- RR di tingkat Negara ditunjukkan pada
Gambar 2.1 dan Gambar 2.2 (WHO, 2018).
Diperkirakan ada 558.000 (berkisar, 483.000–639.000) kasus insiden MDR
/ TB-RR pada tahun 2017. Seperti sebelumnya, proporsi kasus yang diperkirakan
memiliki TB-MDR adalah 82% (460.000 dari 560.000) (Tabel 2.1). Negara-negara
dengan jumlah kasus MDR / TB-RR terbesar (47% dari total global) adalah Cina,
India dan Federasi Rusia (WHO, 2018).
6

Tabel 2.1. Rata-rata insidens TB-MDR/TB-RR di tahun 2017 pada 30 negara


dengan beban TB tertinggi, region WHO dan global (WHO, 2018).
7

Gambar 2.1. Persentase TB kasus baru dengan TB-MDR/ TB-RR (WHO, 2018).

Gambar 2.2. Persentase kasus TB riwayat pengobatan sebelumnya dengan TB-


MDR/TB-RR (WHO, 2018).
8

2.3. Alur Diagnostik TB Resiten Obat

Gambar 2.3. Alur diagnosis TB untuk Fasilitas Kesehatan dengan TCM


(Kesehatan Republik Indonesia, 2018).

Gambar 2.4. Alur diagnosis TB untuk Fasilitas Kesehatan tanpa TCM


Kementerian (Kesehatan Republik Indonesia, 2018).
9

2.4. Mekanisme Kerja dan Resistensi OAT

2.4.1. Isoniazid (INH)

INH memiliki mekanisme kerja menghambat sintesis asam mikolat. INH


merupakan prodrug yang akan diaktifasi oleh catalase-peroxidase yang dikode oleh
Kat-G. Setelah teraktifasi, INH akan menghasilkan radikal bebas, target utama INH
yaitu menghambat kerja enzim yang dikode oleh InhA yaitu NADPH-dependent
enoyl-acyl carrier protein reductase yang berperan untuk sintesis asam mikolat
yang merupakan komponen dinding sel. Mekanisme resistensinya adalah adanya
mutasi pada Kat-G (50-90%) mutasi pada InhA (20-35%), mutasi ahpC, mutasi
KasA (Irianti T, 2016).

2.4.2. Rifampisin

Rifampisin memiliki mekanisme kerja yaitu menghambat transkripsi gen yang


mengikat subunit β RNA polymerase (dikode oleh gen rpo-B) sehingga
menyebabkan gangguan proses transkripsi dan elongasi oleh RNA. Mekanisme
resitensinya adalah mutasi pada gen rpo-B. Hampir 90% galur yang resisten
terhadap rifampisin mengalami resistensi terhadap INH sehingga bila terdapat
resistensi terhadap rifampisin dapat digunakan petunjuk resisten INH (Irianti T,
2016).

2.4.3 Pirazinamid

Pirazinamid adalah prodrug yang akan diaktifasi oleh enzim pyrazinamidase


(dikode oleh gen pncA) menjadi bentuk aktif yaitu asam pirazinoat (POA). Anion
POA kemudian keluar ke ekstrasel dan dalam suasana asam, POA akan mengalami
protonisasi menjadi HPOA yang akan difusi ke dalam sel sehingga terjadi
peningkatan keasaman di sitoplasma Mtb yang menyebabkan gangguan potensial
listrik membran sel dan menghambat produksi energi sel dan fungsi transport
(Irianti T, 2016).
10

2.4.4. Etambutol

Etambutol memiliki mekanisme kerja menghambat sintesis arabinogalaktan dan


lipoarabinomanan. Etambutol menghambat enzim arabinosil transferase (dikode
oleh gen embB netraksi dengan embA dan embC) yang berperan dalam sintesis
arabinogalaktan. Mekanisme resistensi terjadi bila mutasi pada embCAB (Irianti T,
2016).

2.4.5. Streptomisin

Streptomisin memiliki mekanisme kerja berikatan dengan ribosom subunit 30s


yang nantinya akan menghambat sintesis protein. Mekanisme resistensi terjadi bila
mutasi pada protein S12 (gen rpsL) dan rRNA 165 (gen rrs) (Irianti T, 2016).

Tabel 2.2. Gen yang terlibat dalam ‘Acquired Resistance’ pada M.Tuberkulosis
(Smith, 2013)

Lini Obat Gen Fungsi Gen Peran


Pertama Isoniazid KatG Katalase- Aktifasi prodrug
peroksidase
inhA Target obat
Enoil ACP reduktase
ndh Modulasi
NADH aktivitas
ahpC dehydrogenase II
Penanda
Alkil hidroperoksida resistensi

Rifampisin rpoB β subunit RNA Target obat


polimerase

Pirazinamid PncA Pirazinamidase Aktifasi prodrug


rspA Protein ribosomal S1 Target obat

Etambutol EmbCAB Arabinosil Target obaf


transferase
ambR Ekspresi target
Regulator transkripsi obat
EmbCAB

Lini Streptomisin rpsL Protein ribosomal Target obat


S12
11

Kedua Rrs 16S rRNA Target obat


gidB 16S rRNA Modifikasi
metiltransferase target

Amikasin/ Rrs 16S rRNA Target obat


Kanamisin
EIS Asetiltransferase Modifikasi obat

Etionamid ethA Flavin Aktifasi prodrug


monooksigenase

inhA Enoil ACP reduktase Target obat

ethR Penekan transkripsi Ekspresi


gen ethA aktifator prodrug

ndh NADH Modulasi


dehydrogenase II aktifitas

mshA Glikosil transferase Aktifasi prodrug

Fluprokuinolon gyrA DNA gyrase subunit Target obat


A
gyrB Ikatan obat
DNA gyrase subunit
B

2.5. Sekuensing DNA Target dan Teknologi Molecular Beacon

Resistensi rifampisin sangat dapat diterima untuk deteksi molekul cepat atau tes
cepat molekular karena> 95% dari semua galur resisten rifampisin mengandung
mutasi yang terlokalisasi dalam wilayah inti 81 bp dari gen RNA rpoB polimerase
bakteri, yang mengkode sisi aktif enzim (Musser, 1995). Selain itu, mutasi yang
terjadi di wilayah ini sangat prediktif terhadap resistensi rifampisin, sedangkan
isolat yang rentan hampir selalu memiliki urutan nukleotida wild-type yang sama
(Sreevatsan, 1997). Selain itu, wilayah inti rpoB diapit oleh Mikobakterium
12

tuberkulosis - urutan DNA spesifik. Dengan demikian, adalah mungkin untuk


menguji M. tuberculosis dan untuk resistansi rifampisin secara bersamaan, dengan
menargetkan amplikon tunggal yang dihasilkan menggunakan teknologi PCR.
Selain itu, resistansi rifampisin, meskipun tidak selalu, menunjukkan MDR-TB
(didefinisikan oleh resistansi yang bersamaan terhadap isoniazid - kunci lain agen
antituberkulosis). Resistensi terhadap isoniazid, sebaliknya, diberikan oleh mutasi
pada sejumlah gen dan merupakan penanda yang buruk dari TB-MDR karena
monoresistensi isoniazid umum terjadi. Dengan menargetkan dua gen paling umum
ini, kat G dan inh A, menggunakan uji prototipe untuk menguji isolat klinis dari
Spanyol dan AS, sensitivitas untuk mendeteksi resistansi isoniazid hanya 85%
dibandingkan dengan 98% untuk deteksi resistansi rifampisin. dengan menargetkan
gen rpoB. Dengan demikian, gen rpoB mewakili target molekuler yang jauh lebih
baik untuk deteksi simultan TB dan bentuk utama resistensi obat.
Uji Xpert MTB / RIF menggunakan teknologi Molecular Beacon untuk
mendeteksi sekuens DNA yang diamplifikasi dalam uji rt-PCR hemi-nested (Tyagi,
1996). Lima probe hibridisasi asam nukleat yang berbeda digunakan dalam reaksi
multipleks yang sama. Masing-masing pemeriksaan melengkapi urutan target yang
berbeda di dalam gen rpoB dari M. tuberkulosis yang rentan terhadap rifampisin
dan diberi label dengan fluorofor berwarna berbeda. Bersama-sama, probe yang
tumpang tindih ini mencakup seluruh wilayah inti 81 bp dari gen rpoB (Piatek,
2000).
Molecular Beacon adalah sekuens oligonukleotida yang mengandung
sekuens probe yang disisipkan di antara dua ‘lengan‘ sekuens. Dua ‘lengan‘
sekuens dirancang untuk saling melengkapi satu sama lain sehingga, dalam kondisi
pengujian, mereka hibridisasi untuk membentuk struktur sekunder batang-dan-loop
; Probe terletak di dalam struktur loop . Fluorofor secara kovalen terkait dengan
ujung satu lengan dan quencher nonfluoresen ke lengan lainnya. Dengan probe
dalam keadaan bebas dan tidak dihibridisasi, kedekatan yang dekat dari molekul
quencher dan fluorophore menekan fluoresensi. Namun, ketika urutan probe
berikatan dengan target DNA komplementernya, suar molekuler mengalami
perubahan konformasi. Hal ini menyebabkan pemisahan kedua lengan dan molekul
13

fluorofor dan quencher, menghasilkan timbulnya fluoresensi yang cerah (Tyagi,


1996).
Molecular Beacon dirancang untuk hanya melakukan hibridisasi dengan
benar dengan sekuens rpoB wild-type (sensitif rifampisin) yang diperkuat. Mutasi
dalam sekuens ini mengganggu hibridisasi sedemikian rupa sehingga integritas
konformasi probe dapat dipertahankan dalam keadaan non-fluorescing. Dengan
demikian, mutasi di mana saja di daerah inti dari gen rpoB menghasilkan onset
tertunda (penghambatan parsial) atau penekanan lengkap fluoresensi dari molecular
beacon yang sesuai. Menggunakan DNA genom atau kultur dari sejumlah besar
strain klinis M. tuberculosis, uji prototipe ini ditemukan memiliki sensitivitas dan
spesifisitas yang tinggi untuk mendeteksi resistensi rifampisin (Piatek, 2000).

Gambar 2.5. Target sekuense regio core gen rpoB dan teknologi molecular beacon.
(Lawn, 2012).
a. Gen rpoB, sekuense nukleotida pada region core dan lokalisasi dari probe
molecular beacon yang saling melengkapi seluruh daerah ini/ region core.
b. Struktur stem-and-loop dari molecular beacon dan timbulnya fluoresensi
setelah mengikat untai DNA komplementer. Struktur loop dari molecular
beacon berisi urutan penyelidikan oligonukleotida komplementer, dan molekul
fluorofor dan quencher melekat pada ujung struktur batang. Setelah hibridisasi,
perubahan konformasi pada probe mengarah ke pemisahan molekul fluorofor
dan quencher dan timbulnya fluoresensi
14

2.6. Perangkat GeneXpert

Empat catridge Gene Xpert berlawanan dengan tes yang ada saat ini, bekerja pada
tingkat molekuler untuk mengidentifikasi Mikobakterium Tuberkulosis . Hal ini
menunjukkan bahwa tidak menggunakan mikroskop tetapi semacam tes kimia
untuk mencari bakteri TB. GeneXpert adalah mesin kecil, seukuran oven
microwave, yang dapat ditempatkan dengan mudah di atas meja kecil. Alat telah
dikembangkan di Amerika Serikat oleh sebuah perusahaan bernama Cepheid dan
sebuah organisasi bernama Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND),
didukung oleh American National Institutes of Health. Tes ini juga disebut Xpert
MTB / RIF (untuk mikobakterium tuberkulosis dan rifampisin). Cara kerja Gene
Xpert adalah mesin yang dapat mendeteksi mikobakterium tuberkulosis dalam
sampel dahak.
Seseorang yang dicurigai menderita TB perlu memberikan kepada petugas
kesehatan sampel dahak, yang ditempatkan dalam tabung kecil. Sampel di dalam
tabung dimasukkan ke dalam mesin, dan kemudian reaksi biokimia dimulai untuk
melihat apakah sampel mengandung bakteri TB. Mesin akan mencari DNA yang
spesifik untuk bakteri TB. Jika ada bakteri TB dalam sampel, mesin akan
mendeteksi DNA mereka dan secara otomatis melipatgandakannya. Teknik ini
disebut PCR (polymerase chain reaction), dan memungkinkan mesin untuk juga
melihat struktur gen. Hal ini juga penting untuk mendeteksi apakah bakteri TB
mengembangkan resistansi terhadap obat. DNA bakteri TB, dalam cara tertentu,
memiliki untaian yang panjang dengan warna yang berbeda. Jika satu atau lebih
warna berubah (jika ada mutasi pada DNA), maka bakteri dapat menjadi kebal
terhadap obat TB tertentu. Gene Xpert dapat menguji resistansi terhadap salah satu
obat TB yang paling umum, rifampisin. Ini berarti ia dapat memberi tahu kita dua
hal: pertama, apakah seseorang menderita TB atau tidak, dan kedua, apakah TB
yang dimiliki orang tersebut dapat diobati dengan rifampisin atau tidak. Tes ini
sangat cepat dan hanya memakan waktu sekitar dua jam - jauh lebih cepat daripada
tes TB lainnya, yang biasanya memakan waktu setidaknya beberapa hari. Gene
Xpert hadir dalam berbagai ukuran. Mesin terkecil memiliki kapasitas untuk empat
catridge (dengan kata lain empat tes dapat dijalankan sekaligus). Yang terbesar
memiliki kapasitas untuk 100 catridge.
15

Keuntungan besar dari Gene Xpert adalah dapat memberikan hasil yang
sangat cepat. Seseorang dapat mengetahui pada hari yang sama apakah dia
menderita TB atau tidak. Juga sangat penting dan baik bahwa Gene Xpert dapat
mendeteksi apakah TB orang tersebut resistan terhadap rifampisin. Ini adalah
indikator yang baik bahwa pasien mungkin memiliki TB multi-drug resistant
(MDR), yang didefinisikan sebagai resistansi terhadap rifampisin dan isoniazid.
Jika petugas kesehatan tahu sejak awal bahwa TB seseorang resisten terhadap
rifampisin, ia dapat memilih obat lain untuk mengobati TB secara efektif. Gene
Xpert juga lebih sensitif daripada kebanyakan tes TB lainnya (hingga 98%). Ini
penting karena seringkali sangat sulit untuk mendeteksi TB; sering orang dengan
sistem kekebalan tubuh yang terganggu, terutama jika mereka menderita AIDS, tes
negatif untuk TB walaupun mereka sakit dengan penyakit ini. Sayangnya, Gene
Xpert lebih mahal daripada tes dahak standar. Perlu pemeriksaan menyeluruh
setidaknya setahun sekali. Ini juga membutuhkan pasokan listrik yang tidak
terputus. Mesin harus terhubung ke komputer. Karena itu, penting agar semua
klinik dan rumah sakit tempat Gene Xpert digunakan memiliki infrastruktur dan
langkah-langkah keamanan yang tepat dan dapat diandalkan.
Harga pasar Gene Xpert adalah sekitar $ 60.000. FIND dan Cepheid telah
menandatangani perjanjian yang menetapkan harga perangkat dan catridge untuk
sektor publik di 120 negara berpenghasilan rendah dan menengah, serta berbagai
organisasi yang menyediakan layanan kesehatan di negara-negara tersebut. Untuk
lembaga-lembaga ini, harga pada tahun 2011 adalah $ 17.000 untuk mesin 4-
catridge dan sekitar $ 17 per kartrid (Muller A, 2011).

Gambar 2.6. Empat Catridge GeneXpert (Muller A, 2011).


16

Gambar 2.7. Empat modul GeneXpert dan 16 modul GeneXpert (Stop TB


Partnership, 2019)

Catridge Xpert MTB / RIF dan reagen spesimen harus disimpan pada suhu 2–28 °
C, mengikuti rekomendasi pabrikan, meskipun telah dinyatakan oleh pabrikan
bahwa catridge stabil jika disimpan pada suhu 2-45 ° C selama kurang dari 6
minggu. pada kelembaban relatif 75%. Catridge besar ketika dikemas dan
membutuhkan ruang penyimpanan yang besar. Kulkas rumah tangga rata-rata dapat
menampung persediaan yang dibutuhkan selama 2 minggu di laboratorium dengan
melakukan 12-16 tes per hari. Masa simpan catridge Xpert MTB / RIF dapat
menimbulkan tantangan di area yang relatif tidak dapat diakses yang memiliki
prosedur bea cukai yang kompleks. Ketika pesanan dilakukan, umur simpan
catridge yang dibeli harus diminta dari pabrik. Perencanaan sangat penting untuk
mencegah kehabisan stok dan catridge sebelum habis digunakan; pesanan harus
didasarkan pada jumlah catridge yang telah digunakan, masa pakai catridge, waktu
pengiriman yang tepat dan waktu yang dibutuhkan untuk membersihkan bea cukai.
Sejak April 2012, instrumen GeneXpert baru memiliki garansi 2 tahun awal
yang tergantung pada modul yang dikalibrasi secara teratur. Jika mesin tidak
dikalibrasi setelah tahun pertama, tahun kedua garansi tidak valid. Garansi
mencakup perbaikan instrumen dan bagian apa pun. Perpanjangan opsional garansi
dapat dibeli setiap tahun atau sebagai perpanjangan 3 tahun.
Modul GeneXpert memerlukan kalibrasi tahunan. Opsi kalibrasi jarak jauh
menggunakan kit yang berisi catridge khusus yang dapat dijalankan pada setiap
modul (tanpa spesimen) saat kalibrasi jatuh tempo. Selama proses ini, yang
17

berlangsung sekitar 20 menit, instrumen akan dikalibrasi secara otomatis. Namun,


dalam beberapa kasus kalibrasi jarak jauh tidak akan cukup, dan pada akhir proses,
pengguna akan diberi tahu bahwa modul perlu dipertukarkan (atau ditukar); dalam
hal ini, modul pengganti akan dikirim dari Cepheid dan modul asli harus
dikembalikan untuk kalibrasi. Setiap kit cukup untuk mengkalibrasi hingga 4
modul.
Instrumen GeneXpert membutuhkan suplai daya listrik yang stabil, bahkan
gangguan daya jangka pendek dapat menyebabkan hasil yang hilang, catridge
menjadi terbuang, dan kebutuhan untuk mendapatkan spesimen lain. Pasokan listrik
yang tidak stabil juga dapat merusak elektronik instrumen dan komputer, yang
mungkin tidak tercakup oleh garansi pabrik. Karena itu, penstabil saluran listrik dan
unit suplai daya tanpa gangguan (UPS) direkomendasikan untuk instrumen
GeneXpert.
Jika listrik tidak stabil dan jika listrik padam, maka penting untuk memiliki
unit pasokan tanpa gangguan dengan baterai tambahan; biaya solusi untuk masalah
pemadaman listrik akan bervariasi tergantung pada pengaturan dan durasi
pemadaman. Anggaran untuk unit UPS akan meningkat secara signifikan jika unit
juga akan bertindak sebagai sumber cadangan daya untuk periode yang lebih lama;
biaya dan UPS tergantung pada lamanya waktu pencadangan akan diperlukan,
konsumsi daya dari instrumen diagnostik dan kapasitas baterai internal dalam unit.
Misalnya, jika pemadaman listrik tidak pernah melebihi beberapa menit, unit kecil
akan cukup untuk memastikan bahwa siklus uji tidak terganggu, dan akan
mencegah catridge terbuang dan melindungi peralatan. Ketika pemadaman yang
lebih lama dimungkinkan, adalah bijaksana untuk memiliki unit suplai dengan
paket baterai eksternal yang dapat menyediakan daya untuk instrumen dan
komputer selama rata-rata durasi pengujian - yaitu, 2 jam. Biaya untuk unit seperti
itu tergantung pada pilihan unit dan ketersediaan solusi lokal menggunakan baterai
eksternal dan power inverter (WHO,2018).
18

Gambar 2.8. Berbagai tahapan prosedur pemeriksaan XpertMtb/Rif


(Lawn, 2012).

2.7.Laporan hasil

Printer dapat dipasang untuk mencetak hasil tes jika diperlukan untuk pengajuan
medis atau laporan pengujian. Mekanisme untuk melaporkan hasil dengan cepat
dari Xpert MTB / RIF ke dokter dan untuk menyediakan akses tepat waktu ke
pengobatan yang sesuai harus ditetapkan sehingga pasien mendapat manfaat dari
diagnosis dini.
Pengujian Xpert MTB / RIF mencakup beberapa kontrol kualitas internal yang
memverifikasi pemrosesan spesimen, keberhasilan PCR dan integritas catridge.
Setiap catridge menyertakan kontrol pemrosesan sampel (SPC), yang berisi spora
non-infeksius dalam bentuk spora kering yang disertakan dalam setiap catridge
untuk memverifikasi pemrosesan MTB yang memadai untuk:
 Memverifikasi bahwa lisis MTB telah terjadi jika organisme tampak
 Memverifikasi bahwa pemrosesan spesimen memadai
 Mendeteksi spesimen terkait hambatan uji PCR real-time.

SPC harus positif dalam sampel negatif dan SPC dapat negatif atau positif
dalam sampel positif.
19

Setiap modul dalam instrumen GeneXpert harus dievaluasi “sesuai untuk


tujuan” melalui verifikasi dengan bahan positif atau negatif yang diketahui sebelum
memulai pengujian rutin spesimen klinis. Uji verifikasi tunggal harus dilakukan per
modul pada saat pemasangan instrumen dan setelah kalibrasi modul instrument
(WHO,2018)..
Setiap instrumen harus dipantau menggunakan set indikator minimum berikut
untuk mengevaluasi penggunaan yang tepat (WHO,2018). :
 Jumlah tes yang dilakukan per bulan per modul
 Jumlah dan proporsi hasil positif MTB
 Jumlah dan proporsi hasil resisten rifampisin positif MTB
 Jumlah dan proporsi kesalahan/ error (dipilah berdasarkan jenis kesalahan)
 Jumlah dan proporsi hasil intermediate.

Gambar 2.9.Tampilan penggunaan GenXpert pada amplifikasi probe A-E dan


kontrol proses sampel (Lawn, 2012).
Trace (A) menunjukkan pembacaan dari pemrosesan strain Mikoobakterium
tuberculosis yang peka terhadap rifampisin sebagaimana dilambangkan dengan
20

amplifikasi kelima probe dengan ambang siklus yang sama. Trace (B)
menunjukkan pembacaan strain resisten rifampisin seperti yang ditunjukkan
oleh kegagalan amplifikasi Probe B. SPC: Kontrol pemrosesan sampel.

2.8. Monitoring Rutin

Di satu sisi, pemantauan penggunaan Xpert MTB / RIF memastikan bahwa diikuti
oleh algoritma diagnostik yang mapan, mendeteksi apakah modul instrumen
tertentu berfungsi secara optimal atau apakah pengguna memerlukan pelatihan
tambahan, dan memungkinkan persediaan dikelola secara efektif. Informasi harus
dibagi dengan laboratorium rujukan regional atau nasional yang mengawasi; hal ini
akan memungkinkan laboratorium yang relevan untuk memberikan panduan
tentang tindakan apa pun yang perlu dilakukan untuk meningkatkan efektivitas,
efisiensi atau kinerja pengguna, dan untuk memperkuat proses manajemen
persediaan untuk mencegah kehabisan stok atau catridge agar tidak kadaluwarsa
dengan menukar catridge di antara lokasi (WHO,2018)..
Data kunci yang direkomendasikan dikumpulkan setiap bulan atau
triwulanan termasuk dalam tiga kategori utama (WHO,2018).
1. Memantau kelompok pasien yang dites dan hasil tes:
 Jumlah tes Xpert MTB / RIF yang dilakukan, dipisahkan berdasarkan alasan
pengujian (yaitu, oleh kelompok pasien TB atau individu yang diduga
menderita TB.
 Jumlah tes dengan MTB DETECTED, resistensi Rif TIDAK DETECTED
 Jumlah tes dengan MTB DETECTED, resistensi Rif DETECTED
 Jumlah tes dengan MTB DETECTED, Rif resistance INDETERMINATE;
 Jumlah tes dengan MTB TIDAK DETECTED
 Jumlah tes yang memiliki hasil tidak valid, tidak ada hasil atau kesalahan
lainnya.
2. Memantau operasi platform GeneXpert dan kinerja pengguna:
 Jumlah dan jenis dari berbagai kesalahan. Identifikasi jenis kesalahan
terbanyak yang dapat membantu dalam segala proses hambatan, melihat
kesalahan yang mungkin berhubungan dengan proses spesimen ; kesalaham
21

lain dapat berhubungan dengan masalah mekanis, modul instrumen atau


temperature ruangan.
 Jumlah masalah yang timbul karena kesalahan instrument
 Jumlah kesalahan yamg timbul akibat pengguna.
 Jumlah , durasi, dan penyebab gangguan rutin servis uji MTB Xpert/ Rif.
Penyebab terbanyak dari gangguan servis seperti catridge kadaluarsa, tidak
ada staf yang tersedia, instrument dan komputer rusak.
 Jumlah modul instrument yang tidak berfungsi dan durasi (dalam hitungan
hari) dari kegagalan modul selama periode laporan hasil.
 Kalibrasi instrument yang melewati batas waktu.
3. Memantau manajemen suplai
 Jumlah stok catridge pada awal periode dilaporkan
 Jumlah catridge yang diterima pada selama periode yang dilaporkan
 Jumlah catridge yang digunakan selama periode yang dilaporkan
 Jumlah catridge yang hilang atau berbahaya
 Jumlah stok catridge pada akhir periode dilaporkan
 Jumlah catridge yang kadaluarsa sebelum digunakan

2.9. Standar operasional prosedur spesimen ekstrapulmoner (WHO,2018).


WHO memiliki aturan rekomendasi tentang penggunaan Xpert MTB/Rif untuk
mendiagnosa TB ekstrapulmoner dan untuk mendeteksi resitensi rifampisin
(WHO,2018). :

 Xpert MTB/Rif harus digunakan dalam pilihan mikroskopis konvensional dan


kultur sebagai uji diagnosis inisial untuk spesimen cairan serebrospinal/
cerebrospinal fluid (CSF) pada pasien dengan suspek meningitis TB.
 Xpert MTB/Rif dapat digunakan sebagai uji pengganti untuk praktek yang biasa
dilakukan (seperti mikroskopi konvensional, kultur, histopatologi) atau uji
spesifik spesimen non respiratori (lymph node atau jaringan lainnya) pada
pasien dengan suspek memiliki TB ekstrapulmoner .

Dalam mencapai diagnosis yang cepat menggunakan spesimen CSF , Xpert


MTB/Rif harus digunakan sebagai pilihan daripada kultur jika volume spesimem
22

sedikit atau spesimen tambahan tidak diperoleh. Individu yang disuspek memiliki
TB ekstrapulmoner tetapi memiliki hasil Xpert MTB/Rif negatif harus menjalani
uji diagnostik lebih lanjut; proses spesimen jaringan (lymph node atau jaringan
lainnya) untuk Xpert MTB/Rif harus meliputi tahapan dekontaminasi terhadap
spesimen yang tersedia untuk di kultur secara konkuren.
Cairan pleura merupakan spesimen yang suboptimal untuk mengkonfirmasi
bakteri pada TB pleura dengan menggunakan berbagai metode. Ketersediaan biopsi
pleura merupakan pilihan spesimen lebih baik dibandingkan cairan pleura.
Rekomendasi ini tidak diterapkan pada spesimen feses, urin, atau darah
karena memberikan data yang tidak akurat terhadap uji XpertMTB/ Rif. Uji Xpert
MTB / RIF dapat digunakan langsung pada spesimen CSF dan spesimen
ekstrapulmoner yang dihomogenisasi (dari biopsi kelenjar getah bening atau
jaringan lain) atau pada spesimen yang tidak terkontaminasi jika kultur dilakukan
bersamaan.
Jika memungkinkan, spesimen harus diangkut dan disimpan pada 2-8 ° C
sebelum pemrosesan (waktu maksimum untuk penyimpanan dan pemprosesan
adalah 7 hari).

2.9.1.Kelenjar getah bening dan jaringan lain (hanya untuk Xpert MTB / RIF)
(WHO,2018).

1. Dengan menggunakan forsep dan gunting steril, potong spesimen jaringan


menjadi potongan-potongan kecil dalam mortar steril (atau homogenizer atau
penggiling jaringan).
2. Tambahkan sekitar 2 ml buffer fosfat steril (PBS)
3. Giling larutan jaringan dan PBS menggunakan mortar dan alat penumbuknya
(atau homogenizer atau penggiling jaringan) sampai suspensi homogen telah
diperoleh.
4. Gunakan pipet transfer untuk memindahkan sekitar 0,7 ml spesimen jaringan
yang dihomogenisasi ke tabung kerucut tertutup sekrup yang steril.
5. Gunakan pipet transfer untuk menambahkan volume ganda Reagen Sampel
Xpert MTB / RIF (1,4 ml) ke 0,7 ml jaringan yang dihomogenisasi.
23

6. Kocok tabung dengan kuat 10 hingga 20 kali atau vortex selama setidaknya 10
detik.
7. Inkubasi selama 10 menit pada suhu kamar, dan kemudian kocok spesimen
dengan kuat lagi untuk 10-20 kali atau vortex selama setidaknya 10 detik.
8. Inkubasi spesimen pada suhu kamar selama 5 menit tambahan.
9. Menggunakan pipet transfer baru, transfer 2 ml sampel yang diproses ke
catridge Xpert MTB / RIF
10. Masukkan catridge ke dalam instrumen GeneXpert dengan mengikuti instruksi
dari pabriknya

2.9.2.Kelenjar getah bening dan jaringan lain (kumpulan nonsterile untuk


Xpert MTB / RIF dan kultur) (WHO,2018).

1. Dengan menggunakan forsep dan gunting steril, potong sampel jaringan


menjadi potongan-potongan kecil dalam mortar steril (atau homogenizer atau
penggiling jaringan)
2. Tambahkan sekitar 2 ml PBS steril
3. Giling larutan jaringan dan PBS dengan mortar dan alat penumbuknya (atau
homogenizer atau penggiling jaringan) sampai suspensi homogen telah
diperoleh.
4. Gunakan pipet transfer steril untuk menambahkan suspensi ke tabung kerucut
50 ml.
5. Tambahkan volume yang sama dari 4% NaOH dan kencangkan tutup sekrup.
6. Vortex secara menyeluruh untuk menghomogenkan suspensi.
7. Diamkan tabung selama 15 menit pada suhu kamar.
8. Isi tabung ke dalam 2 cm dari atas (yaitu, dengan tanda 50 ml pada tabung)
dengan PBS.
9. Sentrifugasi pada 3000 g selama 15 menit.
10. Tuang supernatan dengan hati-hati melalui corong ke dalam wadah yang berisi
5% fenol atau desinfektan mikobakteri lainnya.
11. Simpan kembali setoran dalam kira-kira 1-2 ml PBS.
24

12. Gunakan pipet transfer steril lain untuk menginokulasikan deposit ke dalam
media cair dan / atau ke dua lereng media berbasis telur yang dilabeli dengan
nomor identifikasi spesimen.
13. Beri label pada catridge Xpert / MTB / RIF dengan nomor identifikasi
spesimen.
14. Dengan menggunakan pipet transfer, pindahkan sekitar 0,7 ml spesimen
jaringan yang dihomogenisasi ke tabung kerucut dengan sekrup yang akan
digunakan untuk uji Xpert MTB / RIF.
15. Dengan menggunakan pipet transfer lain, tambahkan volume ganda Reagen
Sampel Xpert MTB / RIF (1,4 ml) ke 0,7 ml jaringan yang dihomogenisasi.
16. Kocok kuat 10-20 kali atau vortex selama setidaknya 10 detik.
17. Inkubasi selama 10 menit pada suhu kamar, dan kemudian kocok spesimen
dengan penuh semangat lagi untuk 10-20 kali, atau vortex selama setidaknya 10
detik.
18. Inkubasi spesimen pada suhu kamar selama 5 menit tambahan.
19. Menggunakan pipet transfer baru, pindahkan 2ml spesimen yang diproses ke
catridge Xpert MTB / RIF.
20. Masukkan kartrid ke dalam instrumen GeneXpert mengikuti instruksi dari
pabriknya.

2.9.3.Kelenjar getah bening dan jaringan lain (pengumpulan steril untuk


Xpert MTB / RIF dan kultur) (WHO,2018).

1. Dengan menggunakan forsep dan gunting steril, potong spesimen jaringan


menjadi potongan-potongan kecil dalam mortar steril (atau homogenizer atau
penggiling jaringan).
2. Tambahkan sekitar 2 ml PBS steril
3. Giling larutan jaringan dan PBS dengan mortar dan alat penumbuknya (atau
homogenizer atau penggiling jaringan) hingga suspensi homogen diperoleh,
dan tambahkan PBS untuk menyesuaikan volume akhir sekitar 2 ml.
4. Dengan menggunakan pipet transfer steril, pindahkan suspensi ke tabung
kerucut 50 ml.
25

5. Gunakan pipet transfer lain untuk menginokulasi suspensi ke dalam media cair
dan / atau ke dua lereng media berbasis telur yang dilabeli dengan nomor
identifikasi spesimen.
6. Labeli catridge Xpert / MTB / RIF dengan nomor identifikasi spesimen.
7. Dengan menggunakan pipet transfer, pindahkan sekitar 0,7 ml spesimen
jaringan yang dihomogenisasi ke tabung kerucut dengan sekrup yang akan
digunakan untuk pengujian Xpert MTB / RIF.
8. Gunakan pipet transfer, pindahkan volume ganda Reagen Sampel Xpert MTB /
RIF (1,4 ml) ke 0,7 ml jaringan yang dihomogenisasi.
9. Kocok tabung dengan kuat 10-20 kali atau pusaran selama setidaknya 10 detik.
10. Inkubasi selama 10 menit pada suhu kamar, dan kemudian kocok spesimen
dengan kuat lagi untuk 10-20 kali atau vortex selama setidaknya 10 detik.
11. Inkubasi sampel pada suhu kamar selama 5 menit tambahan.
12. Dengan menggunakan pipet transfer baru, pindahkan 2 ml sampel yang diproses
ke catridge Xpert MTB / RIF.
13. Masukkan catridge ke dalam instrumen GeneXpert dengan mengikuti instruksi
dari pabriknya.

2.9.4. CSF (WHO,2018).

Metode pemrosesan yang disukai untuk CSF di Xpert MTB / RIF tergantung pada
volume spesimen yang tersedia untuk pengujian.

Jika ada lebih dari 5 ml CSF

1. Pindahkan semua spesimen ke tabung sentrifugasi berbentuk kerucut, dan


konsentrasikan spesimen pada 3000 g selama 15 menit.
2. Tuang supernatan dengan hati-hati melalui corong ke wadah yang mengandung
5% fenol atau desinfektan mikobakteri lainnya.
3. Resuspend deposit ke volume akhir 2 ml dengan menambahkan reagen sampel
Xpert MTB / RIF.
4. Beri label catridge Xpert / MTB / RIF dengan nomor identifikasi spesimen.
5. Dengan menggunakan pipet transfer baru, pindahkan 2 ml spesimen CSF pekat
ke catridge Xpert MTB / RIF.
26

6. Masukkan catridge ke dalam instrumen GeneXpert dengan mengikuti instruksi


dari pabriknya.

Jika ada 1–5 ml CSF


1. Tambahkan volume yang sama dari reagen sampel ke CSF.
2. Tambahkan 2 ml campuran sampel langsung ke catridge Xpert MTB / RIF.
3. Masukkan catridge ke dalam instrumen GeneXpert dengan mengikuti instruksi
dari pabriknya.

Jika ada 0,1–1ml CSF


1. Resuspensi CSF ke volume akhir 2 ml dengan menambahkan reagen sampel
Xpert MTB / RIF.
2. Tambahkan 2 ml campuran sampel langsung ke catridge Xpert MTB / RIF.
3. Masukkam catridge ke dalam instrumen GeneXpert dengan mengikuti instruksi
dari pabriknya.

Jika kurang dari 0,1 ml


Ini adalah sampel yang tidak cukup untuk pengujian menggunakan uji Xpert
MTB / RIF.
27

BAB 3

PENUTUP

3.1. Kesimpulan

1. TB-MDR adalah kasus TB yang disebabkan oleh M. tuberculosis resisten


minimal terhadap dua obat anti tuberkulosis (OAT) yang paling kuat yaitu
rifampisin dan isoniazid secara bersamaan, dengan atau tanpa obat OAT lini
I yang lain.
2. GeneXpert merupakan penemuan terobosan untuk diagnosis TB
berdasarkan pemeriksaan molekuler yang menggunakan metode Real Time
Polymerase Chain Reaction Assay (RT-PCR) semi kuantitatif yang
menargetkan wilayah hotspot gen rpoB pada M. tuberculosis, yang
terintegrasi dan secara otomatis mengolah sediaan dengan ekstraksi
deoxyribo nucleic acid (DNA) dalam cartridge sekali pakai.
3. Resistensi rifampisin sangat dapat diterima untuk deteksi molekul cepat atau
tes cepat molekular karena> 95% dari semua galur resisten rifampisin
mengandung mutasi yang terlokalisasi dalam wilayah inti 81 bp dari gen
RNA rpoB polimerase bakteri, yang mengkode sisi aktif enzim.
4. Keuntungan besar dari Gene Xpert adalah dapat memberikan hasil yang
sangat cepat.
5. Cairan pleura merupakan spesimen yang suboptimal untuk mengkonfirmasi
bakteri pada TB pleura dengan menggunakan berbagai metode.
DAFTAR REFERENSI

Alimudin Z, Raviglione M, Hafner R, Von Reyn CF, (2013) Tuberculosis N Engl J Med
; 368:745-55.
Cuevas, LE, Vassin, MA, Al-Sonboli, Lawson, N, Bahader, J, 2011, ‘A multi-
country non-inferiory cluster randomized trial of front-loaded smear
microscopy for the diagnosis of pulmonary tuberculosis’, Plos med,
vol.8.

Dinnes J, Deeks J, Kunst H, Gibson A, Cummins E, Waugh N, et al., 2007, ‘A


systematic review of rapid diagnostic tests for the detection of tuberculosis
infection’, Health Technol Assess, vol.11, pp:1-96

Irianti, T, Kuswandi, Yasin NM, Kusumaningtyas, RA, 2016, ‘Mengenal Anti-


Tuberkulosis’, Buku anti-tuberkulosis,

Kementerian Kesehatan Republik Indonesia, 2018, ‘Panduam pelayanan


tuberkulosis resistan obat untuk fasilitas pelayanan kesehatan’, Gerakan
Masyarakat Hidup Sehat, Edisi 2.

Lawn, SD, Nicol, MP, 2012, ‘XpertMtb/Rif assay: development , evaluation, and
implementation of a new rapid molecular diagnostic for tuberculosis and
rifampisin resistance’, Future microbiol, Vol.6, no.9, pp: 1067-1082.

Lyanda, A, 2012, ‘Rapid TB test’, Jurnal Tuberkulosis Indonesia. Vol.8, pp: 12-17.

Muller, A, 2011, ‘Gene Xpert’, TB Online, TB CAB, Available from :


http://www.tbonline.info/posts/2011/10/3/gene-xpert/ [Accessed 28
October 2019].

Musser, JM, 1995, ‘Antimicrobial agent resistance in mycobacteria : a molecular


genetic insight’, Clin Microbiol Rev’, vol.8, pp:496-514.

Palomino, JC, 2005, ‘Nonconventional and new methods in the diagnosis of


tuberculosis: feasibility and applicability in the field’, Eur Respir, vol.26,
pp: 339-50

Pandey, S, Congdon, J, McInnes, B, Pop, A, Coulter, C, 2016, ‘Evaluation of the


GeneXpert MTB/ Rif assay on extrapulmonary and respiratory samples
other than sputum : a low burden country experience’, Pathol, pp: 1-5.

Piatek, AS, Talenti, A, Murray, MR, 2000, ‘Genotypics analysis of mycobacterium


tuberculosis in two distinct populations using molecular beacons :
implications for rapid susceptibility testing’, Antimicrob, Agents
Chemother, Vol.44, pp: 103-110.

29
30

Rosales, S, 2011, ‘Rapid Detection of drug Resistence and Genetic Characterisation


of ycobacteerium tuberculosis islates in Honduras’, Swedies Institute for
infectious Diseasi control.

Saltini, C, 2006, ‘Chemotherapy and Diagnosis of Tuberculosis’, Respir Med,


100(12): 2085-2097

Smith, T, Kerstin, A, Wolff & Liem N, 2013, ‘Molecular biology of drug resistance
in mycobacterium tuberculosis’, Curr Top Microbiol Immunol, vol.374,
pp: 53-80.

Sreevatsan, S, Pan, X, Stockbauer, KE, 1997, ‘Restricted structural gene


polymorphism in the mycobacterium tuberculosis complex indicates
evolutionary recent global dissemination’, Proc Natl Acad Sci, vol.94,
pp:9869-9874.

Stop TB Partnership ,
http://www.stoptb.org/assets/documents/gdf/drugsupply/Xpert_info_note
.pdf

Tyagi,S, Kramer, FR, 1996, ‘Molecular beacons: probes that fluoresce upon
hybridization ‘, Nat biotechnol, Vol. 14, pp: 303-308.

Vincent, V, Gutiérrez, MC, 2007, ‘Mycobacterium: Laboratory characteristics of


slowly growing mycobacteria’, In: Murray PR, Baron EJ, Jorgensen JH,
Landry ML, Pfaller MA, editor (penyunting). Manual of clinical
microbiology. 9th ed. Washington DC: American Society for
Microbiology.

World Health Organization (WHO), 2014, ‘Xpert MTB/Rif implementation


manual, Technical and operational how to practical consideration’, France,
Available from : [Accessed 28 October 2019].

World Health Organization (WHO), 2012, ‘WHO Nigeria supports introduction of


Xpert MTB/Rif technology for diagnosis MDR-TB in Nigeria’, Geneva ,
Available from : [Accessed 28 October 2019].

World Health Organization (WHO), 2018, ‘Tuberkulosis report 2018’, Geneva ,


Available from : [Accessed 28 October 2019].

World Health Organization. (2015) Multidrug-resistant Tuberculosis (TB-MDR).


Geneva, Switzerland.

Zumla, A, Abubakar, I, Raviglione, M, Hoelscher , M, Ditiu, L, McHugh, TD, et


al., 2012, ‘Drug-resistents tuberculosis- current dilemmas, unanswered
31

questions, challenges, and priority needs’, J Infect Dis, vol.205, no.2, pp:
228-240.