Nama kelompok 3 :

Khairunnisa
Rizki Rahma Putri
Salfina
Kelas : A
Ringkasan: Genetika Mikroba

Pengantar Genetika dan Gen: Membuka Kunci Rahasia Keturunan

Genetika adalah studi tentang, keturunan, dari makhluk hidup

1. Transmisi sifat biologis (ciri-ciri) dari induk ke anak;

2. dan variasi sifat-sifat tersebut;

3. Struktur dan fungsi bahan genetik; dan

4. Bagaimana materi ini berubah.

genetika terjadi pada beberapa tingkatan. Genetika organisme hereditas

seluruh organisme atau sel; genetika kromosom memeriksa karakteristik dan

tindakan kromosom; dan penawaran genetika moler dengan biokimia gen.

Tingkat Struktur dan Fungsi Genom

Genom adalah jumlah total materi genetik suatu sel. sebagian besar genom

ada dalam bentuk kromosom, materi genetik juga dapat muncul di situs

nonkromosom. Sebagai contoh, bakteri dan beberapa jamur mengandung potongan

ekstra kecil DNA (plasmid), dan organel eukariota tertentu (mitokondria dan

kloroplas) dilengkapi dengan program genetik sendiri Genom sel tersusun secara

eksklusif dari DNA,

Secara umum, kromosom adalah struktur seluler diskrit yang tersusun dari

molekul DNA memanjang . Struktur kromosom eucaryotic terdiri dari molekul

DNA yang terikat erat di sekitar protein histon, sedangkan kromosom bakteri

(tubuh kromatin) terkondensasi dan diamankan ke dalam melalui protein seperti

histone. Kromosom ucaryotic terletak di nukleus; jumlahnya bervariasi dari

beberapa hingga ratusan; dapat terjadi berpasangan (diploid) atau Chaploid lajang);

dan pir memanjang. Sebaliknya, sebagian besar bakteri memiliki satu, kromosom

melingkar, banyak bakteri memiliki beberapa kromosom melingkar dan beberapa

memiliki kromosom linier.

Gen terbagi dalam tiga kategori dasar: gen struktural yang mengkode

protein, gen yang mengkode RNA, dan gen pengatur yang mengendalikan gen.

Jumlah dari semua jenis gen ini membentuk susunan genetika khas suatu

organisme, atau genotipe. genotipe menhasilkan sifat-sifat (struktur atau fungsi

tertentu) disebut sebagai fenotipe.

Nukleotida saling mengikat untuk membentuk ikatan gula-fosfat yang

menjadi tulang punggung untai. gula melekat dalam pola berulang pada dua fosfat.
Salah satu ikatan adalah karbon nomor 5 ' pada deoksiribosa, dan yang lainnya

adalah ke karbon 3', yang memberikan urutan dan arah tertentu pada untai.

Basa nitrogen, purin dan pirimidin, dilampirkan dengan ikatan kovalen

pada posisi 1 'gula . Pasangan purin dan pirimidin tidak acak; itu ditentukan oleh

formasi ikatan hidrogen antara basis tertentu. Jadi, dalam DNA purin adenin (A)

selalu berpasangan dengan timin pirimidin (T), dan purin guanin (G) selalu

berpasangan dengan pirimidin cytosine (C). Pasangan basa umumnya tidak

bervariasi, molekul DNA dapat mengambil urutan apa pun, menghasilkan jumlah

tak terbatas dari urutan nukleotida.

Satu sisi heliks berjalan berlawanan arah dengan sisi lain, yang disebut pengaturan

anti-paralel. Urutan ikatan antara karbon pada deoksiribosa dan fosfat digunakan

untuk melacak arah kedua sisi dari heix., satu heliks berjalan dari arah 5 'ke 3', dan

yang lain berjalan dari arah 3 'ke 5'. Torsi dalam helix dan susun bertahap dari basis

nitrogen menghasilkan dua fitur permukaan berukuran berbeda, alur utama dan

minor
Struktur DNA

Pengaturan basa nitrogen dalam DNA memiliki dua efek sential.

1. Pemeliharaan kode selama reproduksi. Ketika dua untai dipisahkan, masing-

masing memberikan templat (pola atau model) untuk replikasi (penyalinan

yang tepat) dari molekul baru.

2. Menyediakan variasi. Urutan basa di sepanjang untai DNA merupakan program

genetik, dari kode DNA. Pesan yang ada dalam gen adalah urutan yang tepat dari

basis-basis.

Proses Replikasi Keseluruhan

Replikasi DNA membutuhkan orkestrasi yang hati-hati dari aksi 30 enzim

yang berbeda , yang memisahkan untaian molekul DNA yang ada, menyalin

templatnya, dan menghasilkan dua molekul anak lengkap.

 1. Membuka gulungan molekul DNA induknya,

2. Membuka ritsleting ikatan hidrogen antara pasangan basa, sehingga

memisahkan dua untai dan mengekspos urutan nukleotida dari untai

3. Mensintesis dua untai baru dengan ada nukleotida komplementer benar

untuk masing-masing templat beruntai tunggal

Kode DNA: Transkripsi dan Translasi

DNA pertama kali digunakan untuk mengukur ukuran molekul RNA

melalui proses yang disebut transkripsi, dan informasi yang terkandung dalam RNA

kemudian digunakan untuk menghasilkan protein dalam proses

kode jenis dan urutan asam amino dalam rantai polipeptida (protein).
fungsi DNA dan protein adalah:

1. Struktur primer protein - urutan dan jenis asam amino dalam rantai karakteristik

dan fungsi

2. Protein pada fenotipe, semua aspek dari protein. fungsi dan struktur sel.

Sederhananya, makhluk hidup adalah apa yang protein buat.

3. DNA terutama cetak biru yang memberitahu sel jenis protein mana yang harus

dibuat dan bagaimana membuatnya.

Peserta Utama dalam Transkripsi dan Terjemahan

Transkripsi, pembentukan RNA menggunakan DNA sebagai templat, dan

terjemahan, sintesis protein menggunakan RNA sebagai templat, sangat kompleks.

Sejumlah komponen berpartisipasi: yang paling menonjol, messenger RNA, RNA

transfer, ribosom, beberapa jenis enzim, dan gudang bahan baku. Setelah terlebih

dahulu memeriksa masing-masing komponen ini, kita akan melihat bagaimana

bersatu dalam jalur perakitan RNA sel: Alat-alat dalam struktur umum Majelis Line

berbeda dalam beberapa cara Asam ribonukleat adalah molekul yang dikodekan

seperti DNA, tetapi

1. Ini adalah molekul beruntai tunggal yang ada dalam bentuk heliks. Untai tunggal

ini dapat mengasumsikan tingkat kompleksitas sekunder dan tersier karena

ikatan dalam molekul, yang mengarah ke atom khusus RNA (tRNA dan rRNA-

gambar 9.9)

2. RNA mengandung urasil, alih-alih timin, sebagai komplemen. pasangan

pasangan berbasis mental untuk adenin. Ini tidak mengubah kode DNA yang

melekat dengan cara apa pun karena urasil masih mengikuti aturan pasangan.

3. RNA, seperti DNA, mengandung tulang punggung yang terdiri dari molekul

gula dan fosfat bolak-balik, gula dalam RNA adalah ribosa daripada

deoksiribosa.

Ribosom

Ribosom adalah komposisi partikel RNA ribosom (rRNA) dan protein yang

dikemas dengan ketat. Interaksi protein dan rRNA menhasilkan dua subunit dari

ribosom yang terlibat dalam terjemahan akhir kode. Sel bakteri yang aktif secara

metabolik dapat menampung hingga 20.000.

Transkripsi: Tahap Pertama Gen Selama transkripsi,

Kode DNA dikonversi menjadi RNA melalui beberapa tahap, diarahkan

oleh sistem enzim yang sangat besar dan sangat kompleks, RNA polimerase

(gambar 9.12). Hanya satu untai DNA - untai templat - berisi instruksi yang
bermakna untuk sintesis polipeptida yang berfungsi. Urutan pertama, yang terjadi

sekitar 35 basa sebelum dimulainya transkripsi, terikat erat oleh RNA polimerase.

Transkrip mulai ketika heliks DNA mulai melepas pada urutan kedua, yang Ketika

heliks DNA terlepas, polimerase maju dan mulai mensintesis molekul RNA yang

saling melengkapi dengan untai cetakan DNA. Urutan nukleotida promotor hanya

berbeda sedikit dari gen ke gen, dengan semua promotor kaya akan adenin dan timin

Selama perpanjangan, yang menghasilkan dalam arah 5 'sampai 3' (berkaitan

dengan molekul RNA yang tumbuh),

Tahap Kedua Gen Dalam terjemahan,

Semua elemen yang diperlukan untuk mensintesis protein, dari mRNA ke

asam amino, disatukan pada ribosom. Proses ini terjadi dalam lima tahap: inisiasi,

perpanjangan, terminasi, dan pemrosesan dan pelipatan protein.

Inisiasi Terjemahan
 Molekul mRNA meninggalkan situs transkripsi DNA dan diangkut ke

ribosom dalam sitoplasma. Sub-unit ribosom secara khusus disesuaikan untuk

membentuk situs untuk menahan mRNA dan tRNA. Ribosom dengan demikian

mengakui molekul-molekul ini dan menikam reaksi di antara . Subunit kecil

mengikat ujung 5 'dari mRNA, dan subunit besar memasok enzim untuk membuat

ikatan peptida pada protein. Ribosom mulai memindai mRNA dengan bergerak ke

arah 5 hingga 3 sepanjang mRNA. Kodon pertama yang ditemukannya adalah

kodon START, yang hampir selalu AUG (dan , GUG)

Kode Genetik Master: Pesan dalam RNA Messenger

struktur protein kodon mRNA yang tepat karena faktor yang disebut

redundansi, 2 yang berarti bahwa asam amino tertentu dapat dikodekan oleh lebih

dari satu kodon tunggal. dan spesifisitas asam amino yang sesuai diberikan. Karena

ada 64 kode triplet yang berbeda dan hanya 20 asam amino yang berbeda, tidak

mengherankan bahwa beberapa asam amino diwakili oleh tujuh. Misalnya, leusin

dan serin masing-masing dapat direpresentasikan oleh enam triplet yang berbeda,

dan hanya triptofan dan metionin yang diwakili oleh kodon tunggal. Sedemikian

kodon sebagai leusin, hanya dua nukleotida pertama yang diperlukan untuk

menyandikan asam amino yang benar, dan nukleotida

 Beberapa protein harus memiliki asam amino awal yang terpotong; protein

untuk menjadi enzim kompleks telah ditambahkan kofaktor; dan beberapa

bergabung dengan protein lengkap lainnya untuk membentuk tingkat struktur

kuartener. transkripsi dan translasi sangat mirip dalam ketepatannya. Sintesis

protein pada bakteri efisien dan cepat. Pada 37 ° C, 12 hingga 17 asam amino per
rantai. Protein rata-rata yang terdiri dari sekitar 400 asam amino membutuhkan

kurang dari setengah menit untuk sintesis lengkap.

Transkripsi dan Terjemahan Eucaryotic:

Eucaryotes dan procaryotes yang Mirip dan Berbeda memiliki banyak

kesamaan dalam sintesis protein. Mulai kodon dalam eucaryotes juga AUG, tetapi

kode untuk bentuk metionin yang berbeda. Perbedaan lain adalah bahwa kode

mRNA eucaryotic hanya untuk satu protein, tidak seperti mRNA bakteri, yang

sering mengandung informasi dari beberapa gen secara seri. Ada beberapa

perbedaan antara gen procarvotic dan euu caryotic. Kehadiran DNA dalam

kompartemen terpisah nukleus) berarti bahwa transkripsi dan translasi eukariotik

tidak dapat dilakukan secara simultan. Itu Transkrip mRNA harus melewati pori-

pori di membran nuklir dan dibawa ke ribosom di sitoplasma untuk diterjemahkan.

Kami telah memberikan definisi sederhana dari gen yang bekerja dengan baik untuk

procaryotes, tetapi sebagian besar gen eucaryotic bukan colinear-artinya tidak ada.

sebagai rangkaian triplet yang tidak terputus yang mengkode protein. Gen
eucaryotic mengandung kode untuk protein, tetapi terletak di sepanjang gen adalah

satu atau beberapa urutan basa, yang disebut intron, yang tidak mengkode protein.

Intron diselingi antara daerah pengkodean, yang disebut ekson, yang akan

diterjemahkan menjadi protein (gambar 9.18). Kita bisa menggunakan kata-kata

sebagai contoh. Arsitektur genetika yang tidak biasa ini, kadang-kadang disebut gen

split, membutuhkan pemrosesan lebih lanjut sebelum diterjemahkan Transkripsi

seluruh gen dengan ekson dan intron terjadi pertama kali, menghasilkan pre-

mRNA. Selanjutnya, jenis RN / A dan protein yang disebut spliceosome mengenali

persimpangan ekson-intron dan secara enzimatik memotongnya. Tindakan enzim

splicer ini memotong-motong intron menjadi potongan-potongan berbentuk

menjerat, mengeluarkannya, dan bergabung dengan ekson ujung ke ujung. Dengan

ini berarti untaian mRNA tanpa bahan intron diproduksi.

The Lactose Operon: Sebuah Model untuk Regulasi Gen Inducible di Bakteri

Operon laktosa memiliki tiga fitur penting

1. Regulator, terdiri dari gen yang mengkode protein yang mampu menekan

operon (penekan);

2. Lokus kontrol, terdiri dari dua area, promotor (i oleh RNA polimerase) dan

operator, suatu urutan yang bertindak sebagai sakelar on / off untuk transkripsi;

dan

3. Lokus struktural, terdiri dari tiga gen, masing-masing mengkodekan enzim

berbeda yang diperlukan untuk katabolisasi laktosa.

 Salah satu enzim, B-galactosidase, menghidrolisis laktosa menjadi

monosakarida; yang lain, diamkan, membawa laktosa melintasi membran sel.

Operon adalah strategi efisien yang mekan gen untuk jalur metabolisme tertentu

diinduksi atau ditekan bersamaan oleh satu elemen pengatur tunggal. Komponen

promotor, operator, dan struktural terletak berdekatan satu sama lain, tetapi

regulator dapat berada di lokasi yang jauh. Dalam sistem yang dapat diinduksi

seperti operon lac, operonnya adalah biasanya dalam mode mati dan tidak memulai

sintesis enzim ketika substrat yang sesuai tidak ada. ada pada protein re-pressor

yang dikodekan oleh gen pengatur. Molekul yang relatif besar ini adalah alosterik,

artinya memiliki dua situs pengikatan, satu untuk operator dan lainnya untuk

laktosa. Dengan tidak adanya laktosa, represor ini mengikat dengan lokus operator,

sehingga menghalangi transkripsi gen struktural yang terletak di hilir.

Jika laktosa ditambahkan ke lingkungan sel, itu memicu beberapa peristiwa

yang menyalakan operon. Pengikatan lac tose ke protein represor menyebabkan

perubahan konformasi pada represor yang mengeluarkannya dari segmen operator

(gambar 9.19b). Dengan operator terbuka, RNA polimerase dapat mengikat

promotor.

Mutasi: Perubahan dalam Kode Genetik

Perubahan genetik adalah kekuatan pendorong evolusi. Dalam

mikroorganisme, perubahan tersebut dapat menjadi bukti dalam gen yang berubah,

seperti penampilan atau hilangnya sifat anatomi atau fisiologis. Sebagai contoh,

bakteri yang dipelihara oleh babi dapat kehilangan kemampuannya untuk

membentuk pigmen, atau strain parasit malaria dapat mengembangkan resistensi

terhadap suatu obat. Ketika perubahan fenotipik disebabkan oleh perubahan

genotipe, itu disebut mutasi. Pada tingkat moler yang ketat, mutasi adalah

perubahan dalam urutan basa nitrogen DNA. Ini bisa melibatkan hilangnya

pasangan basa, penambahan pasangan basa, atau pengaturan ulang dalam urutan

pasangan basa. Jangan bingung dengan rekombinasi genetik, di mana mikroba

mentransfer seluruh segmen informasi genetik di antara . Mikroorganisme yang

menunjukkan karakteristik alami dan tidak dipetakan sebagai tipe liar, atau strain
liar. Ifam croorganism mengandung mutasi, itu disebut strain mutan. Strain mutan

dapat menunjukkan perbedaan dalam morfologi, karakteristik nutrisi, mekanisme

kontrol genetik, resistensi terhadap bahan kimia, preferensi suhu, dan hampir semua

jenis fungsi enzimatik. Strain mutan sangat berguna untuk track-

Metode ini dikembangkan oleh Joshua Lederberg untuk mendeteksi dan

mengisolasi galur mikroorganisme mutan. ing peristiwa genetik, mengungkap

organisasi genetik, dan menunjukkan penanda genetik. Metode klasik untuk

mendeteksi galur mutan melibatkan penambahan berbagai nutrisi ke kultur untuk

menyaring penggunaan nutrisi tersebut. Misalnya, dalam kultur bakteri tipe liar

yang positif laktosa (artinya memiliki enzim yang diperlukan untuk memfermentasi

gula ini), sejumlah kecil sel mutan telah menjadi laktosa-negatif, setelah kehilangan

kapasitas untuk memfermentasi gula ini. . Jika biakan dilapisi pada media yang

mengandung indikator untuk fermentasi, masing-masing koloni dapat diamati

untuk reaksi fermentasi, dan strain negatif diisolasi.

Perubahan dalam DNA yang timbul dari kesalahan dalam replikasi yang

terjadi secara acak. Frekuensi mutasi spontan telah diukur untuk sejumlah

organisme. Tingkat mutasi sangat bervariasi, dari satu mutasi dalam 105 replikasi

(tingkat tinggi) hingga satu mutasi pada 1010 replikasi (tingkat rendah). Tingkat

cepat reproduksi bakteri mekan mutasi ini diamati lebih mudah pada bakteri

daripada di sebagian besar eucaryotes. mutasi yang berkurang terjadi akibat paparan

terhadap mikroorganisme yang diketahui, yang terutama merupakan agen fisik atau

kimia yang berinteraksi dengan DNA secara mengganggu (tabel 9.3). Penggunaan

mutagen yang dikendalikan dengan hati-hati telah terbukti bermanfaat untuk

menginduksi strain mikroorganisme mutan untuk dipelajari. Agen mutagenik kimia

bertindak dalam berbagai cara untuk mengubah DNA. Agen seperti pewarna asridin

menyisipkan seluruh heliks DNA antara basa yang berdekatan untuk menghasilkan

mutasi yang mendistorsi heliks. Analog dari basis nitrogen (5-bromodeoxyuridine

dan 2-aminopurine, misalnya) adalah tiruan kimiawi dari basis alami yang

digabungkan ke dalam DNA selama replikasi. Penambahan basis abnormal ini

menyebabkan kesalahan dalam pemasangan pasangan. Banyak mutagen kimia juga

karsinogen, atau agen penyebab kanker (lihat pembahasan tes Ames di bagian

selanjutnya dari bab ini). Agen fisik yang mengubah DNA terutama adalah jenis

radiasi. Sinar gamma berenergi tinggi dan sinar X memperkenalkan perubahan fisik

besar ke dalam DNA, dan itu mengakumulasi kerusakan yang tidak dapat

diperbaiki. Radiasi ultraviolet (UV) menginduksi ikatan abnormal antara pirimidin

yang berdekatan yang mencegah replikasi normal. Paparan radiasi dosis besar bisa

berakibat fatal, itulah sebabnya radiasi sangat efektif dalam pengendalian mikroba;

itu juga bisa bersifat karsinogenik pada hewan.

Kategori Mutasi Mutasi berkisar dari mutasi besar, di mana sekuens genetik

besar diperoleh atau hilang, ke yang kecil yang hanya mempengaruhi satu basis

tunggal pada gen. Mutasi yang terakhir ini, yang melibatkan penambahan,

penghapusan, atau penggantian basis tunggal, disebut mutasi titik. Untuk

memahami bagaimana perubahan dalam DNA memengaruhi sel, ingatlah bahwa

kode DNA muncul dalam urutan triplet (tiga basa) tertentu yang ditranskripsi ke

dalam kodon mRNA, yang masing-masingnya asam amino. Perubahan permanen

pada DNA yang disalin dengan setia ke mRNA dan diterjemahkan dapat mengubah
struktur protein. Perubahan protein juga dapat mengubah morfologi dan fisiologi

sel. Sebagian besar mutasi memiliki efek berbahaya pada sel, menyebabkan

disfungsi sel atau kematian; ini disebut mutasi yang mematikan. Mutasi netral tidak

menghasilkan perubahan yang merugikan atau membantu. Sejumlah kecil mutasi

bermanfaat karena memberi sel perubahan yang bermanfaat dalam struktur atau

fisiologi.

perubahan dalam kode yang mengarah ke penempatan asam amino yang

berbeda disebut mutasi missense. Mutasi missense dapat melakukan salah satu dari

yang berikut:

1. membuat protein yang salah, tidak berfungsi (atau kurang berfungsi),

2. menghasilkan protein yang berfungsi dengan cara yang berbeda, atau

3. menyebabkan tidak ada perubahan signifikan dalam fungsi protein.

Mutasi omong kosong, di sisi lain, mengubah kodon normal menjadi kodon stop

yang tidak mengkode asam amino dan menghentikan produksi protein di mana pun

ia terjadi. Mutasi yang tidak masuk akal hampir selalu menghasilkan protein yang

tidak berfungsi. Mutasi diam-diam mengubah basa tetapi tidak mengubah asam

amino dan karenanya tidak berpengaruh. Sebagai contoh, karena redundansi kode,

ACU, ACC, ACG, dan ACA semua kode untuk threonine, sehingga mutasi yang

hanya mengubah basis terakhir tidak akan mengubah arti pesan dengan cara apa

pun. Mutasi kembali terjadi ketika gen yang mengalami mutasi undergone berbalik

(bermutasi kembali) ke basis aslinya.

 Mutasi juga terjadi ketika satu pangkalan lainnya berada dari untai DNA

yang baru disintesis. Jenis mutasi ini, sebagai frameshift, dinamakan demikian

karena kerangka pembacaan mRNA telah diubah. Mutasi frameshift hampir selalu

menghasilkan protein yang tidak berfungsi karena asam amino setelah mutasi

berbeda dari apa yang dikodekan dalam DNA asli. Perhatikan juga bahwa

penyisipan atau penghapusan basa dalam kelipatan tiga. Menghasilkan

penambahan atau penghapusan asam amino tetapi tidak mengganggu kerangka

bacaan. Efek dari semua jenis mutasi ini dapat dilihat pada tabel 9.4. Perbaikan

Mutasi Sebelumnya kami mengindikasikan bahwa DNA memiliki mekanisme

proofreading untuk memperbaiki kesalahan dalam replikasi yang sebaliknya

menjadi permanen (lihat halaman 258). Karena mutasi berpotensi mengancam

kehidupan, sel memiliki sistem tambahan untuk menemukan dan memperbaiki

DNA yang telah dirusak oleh berbagai agen dan proses mutagenik. Sebagian besar

kerusakan DNA biasa diselesaikan dengan sistem enzimatik yang khusus untuk

menemukan dan memperbaiki cacat tersebut. DNA yang telah dirusak oleh radiasi

ultraviolet dapat dipulihkan dengan photoactivation atau perbaikan cahaya.

Mekanisme perbaikan ini membutuhkan cahaya yang terlihat dan enzim yang peka

terhadap cahaya, DNA photolyase, yang dapat mendeteksi dan menempel pada area

yang rusak (tempat ikatan pirimidin abnormal). Mekanisme perbaikan hanya

berhasil hanya untuk sejumlah kecil mutasi UV. Sel tidak dapat memperbaiki

kerusakan parah dan meluas dan akan mati. Pada manusia, penyakit genetik

xeroderma pigmentosa disebabkan oleh gen yang tidak berfungsi untuk enzim

photolyase. Orang yang menderita kelainan langka ini mengembangkan kanker

kulit yang parah; hubungan ini memberikan bukti kuat untuk hubungan antara

kanker dan mutasi. Mutasi dapat dihilangkan dengan serangkaian enzim yang

memindahkan basa yang salah dan menambahkan yang benar. Proses ini sebagai

perbaikan eksisi. Pertama, enzim memutus ikatan antara basa dan untaian gula-

fosfat di lokasi kesalahan. Enzim yang berbeda selanjutnya menghilangkan basa

yang rusak satu per satu, meninggalkan celah yang akan diisi

GAMBAR 9.22 Perbaikan eksisi mutasi oleh enzim. (a) Kompleks enzim pertama

mengenali satu atau beberapa basa yang salah dan menghilangkannya. (B)

Kompleks kedua (DNA polimerase I dan ligase) menempatkan basis yang benar

dan menutup celah (c) DNA yang diperbaiki. DNA polimerase I dan ligase (gambar

9.22). Sistem perbaikan juga dapat menemukan pangkalan yang tidak cocok yang

terlewatkan selama pembacaan bukti: misalnya, C secara keliru dipasangkan

dengan A, atau G dengan T Pangkalan harus diganti segera setelah ketidakcocokan

dibuat, atau tidak akan i oleh perbaikan enzim

Peristiwa Rekombinasi

DNA Rekombinasi genetik melalui reproduksi seksual merupakan cara

penting untuk variasi genetik pada eucaryotes. bakteri tidak memiliki padanan yang

setara dengan reproduksi seksual, menunjukkan cara primitif untuk berbagi atau

menggabungkan kembali bagian-bagian genom . Suatu peristiwa di mana satu

bakteri melakukan DNA ke bakteri lain adalah jenis transfer genetik yang disebut

rekombinasi, hasil adalah strain baru yang berbeda dari donor dan strain penerima

asli. Rekombinasi pada bakteri sebagian tergantung pada fakta bahwa bakteri

mengandung DNA ekstrachromosomal - yaitu plasmid - dan mahir dalam gen yang

saling bertukar. Perubahan ex genetik memiliki efek luar biasa pada keragaman

genetik bakteri, dan tidak seperti mutasi spontan, umumnya bermanfaat bagi .

menyediakan gen tambahan untuk resistensi terhadap obat dan racun metabolisme,

nutrisi baru dan

kemampuan metabolisme, dan peningkatan virulensi dan adaptasi terhadap

lingkungan. Secara umum, organisme yang mengandung (dan mengkan) gen yang

berasal dari organisme lain disebut rekombinan.

Transmisi Bahan Genetik dalam Bakteri Transfer DNA

Antara sel-sel bakteri biasanya melibatkan potongan-potongan kecil DNA

dalam bentuk plasmid atau fragmen kromosom. Plasmid adalah potongan-potongan

kecil DNA bundar yang mengandung asal-usul replikasi sendiri dan karenanya
dapat mereplikasi secara independen dari kromosom bakteri. Plasma ditemukan di

banyak bakteri (dan juga beberapa jamur) dan biasanya mengandung, paling

banyak, hanya beberapa lusin gen. plasmid tidak diperlukan untuk kelangsungan

hidup bakteri, sering membawa sifat-sifat yang berguna, seperti resistensi

antibiotik. Fragmen kromosom yang telah lolos dari sel bakteri lis juga biasanya

terlibat dalam transfer informasi genetik antar sel. Perbedaan penting antara

plasmid dan fragmen adalah bahwa sementara plasmid memiliki asal replikasi

sendiri dan direplikasi dan diwariskan secara stabil, fragmen kromosom harus

mengintegrasikan diri ke dalam kromosom bakteri agar dapat diulang dan

diteruskan ke sel keturunan. Proses rekombinasi genetik terjadi di alam, tetapi

frekuensinya dapat ditingkatkan di laboratorium, di mana kemampuan untuk gen

acak antar organisme sangat berharga. Bergantung pada cara penularannya, cara

rekombinasi genetik pada bakteri disebut konjugasi, transformasi, atau transduksi.

Konjugasi membutuhkan perlekatan dua spesies terkait dan pembentukan jembatan

yang dapat mengangkut DNA. Transformasi memerlukan transfer DNA telanjang

dan tidak memerlukan kendaraan khusus. Transduksi adalah transfer DNA yang

dimediasi melalui aksi virus bakteri (tabel 9.5).

Konjugasi: Konjugasi Seks "Bakteri adalah mode pertukaran genetika di mana

plasmid atau bahan genetik lainnya ditransfer oleh donor ke sel penerima melalui

koneksi langsung (gambar 9.24). Baik sel gram negatif dan gram positif dapat

berkonjugasi. Dalam sel gram negatif, donor memiliki plasmid (faktor kesuburan,

atau F) yang mekan sintesis pilus konjugatif. Sel penerima terkait spesies atau genus

yang memiliki situs pengenalan di permukaannya. Peran sel dalam konjugasi

dilambangkan dengan F untuk sel yang memiliki F plasmid dan oleh F untuk sel

yang tidak memilikinya. Kontak dilakukan ketika pilus tumbuh dari sel F,

menempel pada permukaan sel F, berkontraksi, dan menarik kedua sel bersama-

sama (gambar 9.24a; lihat juga gambar 4.8). Dalam sel gram positif dan gram

negatif, sebuah celah dibuat antara sel yang terhubung, dan DNA yang direplikasi

melewati dari satu sel ke sel lainnya (gambar 9.24 b). Konjugasi adalah proses

konservatif, dalam arti don atau bakteri umumnya menyimpan salinan materi

genetik yang ditransfer.

Ada ratusan plasmid konjugatif dengan beberapa variasi sifatnya. Salah satu

plasmid yang paling dipahami adalah faktor F pada E. coli, yang menunjukkan pola

transfer: 1. Sel donor (F +) membuat salinan faktor F-nya dan mentransmisikannya

ke penerima (F) sel. Sel F dengan demikian diubah menjadi sel F yang mampu

menghasilkan pilus dan berkonjugasi dengan sel lain (gambar 9.24c). Tidak ada gen

donor tambahan yang ditransfer saat ini. 2. Pada donor rekombinasi frekuensi tinggi

(Hfr), faktor kesuburan telah diintegrasikan ke dalam kromosom donor F +. Istilah

rekombinasi frekuensi tinggi diadopsi untuk menyatakan bahwa sel dengan faktor

F terintegrasi mentransmisikan gen kromomomalnya pada frekuensi yang lebih

tinggi daripada sel lain. Faktor F dapat mengarahkan transfer bagian kromosom

donor yang lebih komprehensif ke sel penerima. Transfer ini terjadi melalui

duplikasi DNA melalui mekanisme lingkaran bergulir. Satu untai DNA

dipertahankan oleh donor, dan untai lainnya dipindahkan ke sel penerima (gambar

9.24d). Faktor F tidak ditransfer selama proses ini. Pemindahan seluruh kromium
membutuhkan waktu sekitar 100 menit, tetapi jembatan pilus antara sel biasanya

rusak sebelum waktu ini, dan seluruh genom dari sel donor ditransfer.

Ada ratusan plasmid konjugatif dengan beberapa variasi sifatnya. Salah satu

plasmid yang paling dipahami adalah faktor F pada E. coli, yang menunjukkan pola

transfer: 1. Sel donor (F +) membuat salinan faktor F-nya dan mentransmisikannya

ke penerima (F) sel. Sel F dengan demikian diubah menjadi sel F yang mampu

menghasilkan pilus dan berkonjugasi dengan sel lain (gambar 9.24c). Tidak ada gen

donor tambahan yang ditransfer saat ini. 2. Pada donor rekombinasi frekuensi tinggi

(Hfr), faktor kesuburan telah diintegrasikan ke dalam kromosom donor F +. Istilah

rekombinasi frekuensi tinggi diadopsi untuk menyatakan bahwa sel dengan faktor

F terintegrasi mentransmisikan gen kromomomalnya pada frekuensi yang lebih

tinggi daripada sel lain. Faktor F dapat mengarahkan transfer bagian kromosom

donor yang lebih komprehensif ke sel penerima. Transfer ini terjadi melalui

duplikasi DNA melalui mekanisme lingkaran bergulir. Satu untai DNA

dipertahankan oleh donor, dan untai lainnya dipindahkan ke sel penerima (gambar
9.24d). Faktor F tidak ditransfer selama proses ini. Pemindahan seluruh kromium

membutuhkan waktu sekitar 100 menit, tetapi jembatan pilus antara sel biasanya

rusak sebelum waktu ini, dan seluruh genom dari sel donor ditransfer.

Konjugasi memiliki kepentingan biomedis yang besar. Plasmid resistensi

khusus (R), atau faktor-faktor, yang mengandung gen untuk melawan antibiotik dan

obat-obatan lain umumnya dibagi di antara bakteri melalui konjugasi. Pemindahan

faktor-faktor R dapat menyebabkan resistensi ganda terhadap antibiotik seperti

tetrasiklin, kloramfenikol, streptomisin, sulfonamid, dan penisilin. Fenomena ini

dibahas lebih lanjut dalam bab 12. Jenis faktor R lainnya membawa kode genetik

untuk ketahanan terhadap logam berat (nikel dan merkuri) atau untuk mensintesis

faktor virulensi (toksin, enzim, dan molekul adhesi) yang meningkatkan liputan

patogenisitas strain bakteri. . Studi konjugasi juga memberikan cara terbaik untuk

memetakan kromosom bakteri. Transformasi: Menangkap DNA dari Solusi Salah

satu penemuan landasan dalam genetika mikroba dibuat pada akhir 1920-an oleh

ahli biokimia Inggris Frederick Griffith yang bekerja dengan Streptococcus

pneumoniae dan tikus laboratorium. Pneumococcus ada dalam dua jenis utama

berdasarkan keberadaan kapsul, morfologi kolonial, dan patogenisitas. Strain yang

dienkapsulasi memiliki penampilan kolonial yang halus dan ganas; strain yang

kurang kapsula memiliki penampilan kasar (R) dan nonvirulen. (Ingat dari bab 4

bahwa kapsul melindungi bakteri dari pertahanan inang fagositik.) Untuk

menetapkan dasar, Griffith menunjukkan bahwa ketika tikus disuntik dengan galur

virulen hidup (S), segera mati (gambar 9.25a). Tikus yang dihubungkan dengan

galur hidup, nonvirulen (R) tetap hidup dan sehat (gambar 9.25b). Selanjutnya ia
mencoba variasi pada tema ini. Pertama, ia memanaskan galur S dan

menyuntikkannya ke tikus, yang tetap sehat (gambar 9.25c).

Tes pamungkas: Griffith menyuntikkan kedua sel S yang mati dan sel R

yang hidup ke dalam tikus, dengan hasil bahwa tikus tersebut mati karena infeksi

darah pneumokokus (gambar 9.25d). Jika sel-sel bakteri yang terbunuh tidak hidup

kembali dan strain hidup yang nonvirulen tidak berbahaya, mengapa tikus-tikus itu

mati? dia tidak mengetahuinya pada saat itu, Griffith telah menunjukkan bahwa

sel-sel S yang mati, ketika melewati tubuh tikus, membuka dan melepaskan

beberapa DNA (secara kebetulan, bagian yang mengandung gen untuk membuat

kapsul). Beberapa sel R hidup kemudian mengambil DNA yang longgar ini dan

ditransformasikan olehnya menjadi galur pembentuk kapsul yang ganas. Studi-

studi selanjutnya mendukung konsep bahwa sebuah kromosom yang dilepaskan

oleh sel yang diiris menjadi beberapa bagian yang cukup kecil untuk diterima oleh

sel penerima dan bahwa DNA, bahkan dari sel yang mati, mempertahankan kode

genetiknya. Penerimaan nonspesifik oleh sel bakteri dari fragmen kecil DNA yang

dapat larut dari lingkungan sekitarnya disebut transformasi. Transformasi

tampaknya difasilitasi oleh protein pengikat DNA khusus di dinding sel yang

menangkap DNA dari media sekitarnya. Sel yang mampu menerima materi genetik

melalui cara ini disebut cment. DNA baru diproses oleh membran sel dan diangkut

ke sitoplasma, di mana beberapa di antaranya dimasukkan ke dalam kromosom

bakteri. Transformasi adalah peristiwa alami yang ditemukan dalam beberapa

kelompok spesies bakteri gram positif dan gram negatif. Selain gen yang mengkode

kapsul, bakteri juga bertukar gen untuk resistensi antibiotik Karena transformasi
tidak memerlukan pelengkap khusus, dan sel donor dan penerima tidak harus

berhubungan langsung, proses ini berguna untuk jenis teknologi DNA rekombinan

tertentu. Dengan teknik ini, gen asing dari organisme yang sama sekali tidak terkait

dimasukkan ke dalam plasmid, yang kemudian dimasukkan ke dalam sel bakteri

yang kompeten melalui transformasi. Rekombinasi ini dapat dilakukan dalam

tabung reaksi, dan gen manusia dapat dieksplorasi dan bahkan dikan di luar tubuh

manusia dengan menempatkannya dalam sel mikroba. Fenomena yang sama dalam

sel eukariotik ini, disebut transfeksi, adalah aspek penting dari ragi, tanaman, dan

tikus yang direkayasa secara genetis, dan telah diusulkan sebagai teknik masa depan

untuk menyembuhkan penyakit genetik pada manusia.

Transduksi: Kasus Piggyback DNA

Bacteriophage (virus bakteri) sebelumnya telah digambarkan sebagai

parasit bakteri yang merusak. Virus sebenarnya bisa berfungsi sebagai vektor

genetik (suatu entitas yang dapat membawa DNA asing ke dalam sel). Proses di

mana bakteriofag berfungsi sebagai pembawa DNA dari sel donor ke sel penerima

adalah transduksi. terjadi secara alami dalam spektrum bakteri yang luas, bakteri

yang berpartisipasi dalam satu transduksi harus spesies yang sama karena

kekhususan virus untuk sel inang Ada dua versi transduksi. Dalam transduksi
umum (gambar 9.26), fragmen acak dari DNA inang disintegrasi diambil oleh fag

selama perakitan. Hampir semua gen dari bakteri dapat ditularkan melalui cara ini.

Dalam transduksi khusus (gambar 9.27), bagian yang sangat spesifik dari genom

inang secara teratur dimasukkan ke dalam virus. Spesifisitas ini dijelaskan oleh

keberadaan sebelumnya dari profag beriklim sedang yang dimasukkan ke dalam

suatu lokasi tetap pada kromosom bakteri. Ketika diaktifkan, profage DNA terpisah

dari kromosom bakteri, membawa sebagian kecil gen inang bersamanya. Selama

siklus litik, kombinasi gen host-virus spesifik ini dimasukkan ke dalam partikel

virus dan dibawa ke sel bakteri lain. Beberapa kasus transduksi khusus memiliki

kepentingan biomedis. Strain bakteri yang mematikan seperti Corynebac terium

diphtheriae, Clostridium spp., Dan Streptococcus pyogenes semuanya

menghasilkan toksin dengan efek fisiologis yang mendalam, sedangkan strain

nonvirulen tidak menghasilkan toksin.

GAMBAR 9.26 Transduksi umum: transter genetik melalui pembawa virus. (1) Fag

menginfeksi sel A (sel donor) dengan cara normal. (2) Selama replikasi dan
perakitan, partikel fag menggabungkan segmen DNA bakteri secara tidak sengaja.

(3) Sel A kemudian melisiskan dan melepaskan fag yang matang, termasuk yang

secara genetik diubah. (4) Fag yang diubah mengadsorpsi dan menembus sel inang

lain (sel B), menyuntikkan DNA dari sel A daripada asam nukleat virus. (5) Sel B

menerima DNA yang disumbangkan ini, yang bergabung kembali dengan DNAnya

sendiri. Karena virusnya rusak (secara biologis tidak aktif sebagai virus), ia tidak

dapat menyelesaikan siklus litik. Sel yang ditransduksi bertahan hidup dan dapat

menggunakan bahan genetik baru ini.

GAMBAR 9.27 Transduksi khusus: transfer bahan genetik spesifik melalui

pembawa virus. (1) Transduksi khusus dimulai dengan sel yang berisi profage

(genom virus yang diintegrasikan ke dalam kromosom sel inang). (2) virus

memasuki siklus litik dan, saat dikeluarkan dari sel inangnya, secara tidak sengaja

memasukkan beberapa DNA bakteri. (3) Replikasi dan perakitan menghasilkan

produksi virus chimeric, yang mengandung beberapa DNA bakteri. (4) Pelepasan
virus rekombinan dan infeksi selanjutnya dari inang baru menghasilkan transfer

DNA bakteri antar sel. (5) Rekombinasi dapat terjadi antara kromosom bakteri dan

DNA virus, menghasilkan DNA bakteri atau kombinasi virus dan DNA bakteri

yang dimasukkan ke dalam kromosom bakteri.

bahwa toksisitas muncul dari gen bakteriofag yang telah diperkenalkan oleh

transduksi. Hanya bakteri yang terinfeksi fag sedang adalah pembentuk toksin.

(Perincian tindakan toksin dibahas dalam bab penyakit sistem organ spesifik.)

Contoh lain dari transduksi terlihat dalam transfer stafilokokus resistensi obat dan

dalam transmisi regulator gen dalam batang gram negatif (Escherichia, Salmonella)

Transposon: "Gen Ini Is Jumpin "Salah satu jenis pemindahan genetika yang sangat

menarik melibatkan unsur-unsur transposabel, atau transposon. Transposon

memiliki perbedaan bergeser dari satu bagian genom ke bagian lain dan oleh

karenanya disebut "gen pelompat." Ketika gagasan keberadaan dalam tanaman

jagung pertama kali didalilkan oleh ahli genetika Barbara McClintock, disambut

dengan skeptis, karena telah lama diyakini bahwa lokasi gen yang diberikan telah

ditetapkan dan bahwa gen tidak atau tidak dapat bergerak. . terbukti bahwa gen-

gen pelompat tersebar luas di antara sel-sel dan virus procaryotic dan eucarvotic.

Transposon mengandung DNA yang mengkode enzim yang diperlukan

untuk menghilangkan dan mengintegrasikan kembali transposon di situs lain dalam

genom. Mengapit daerah pengkodean DNA adalah urutan yang disebut

pengulangan terbalik, yang menandai titik di mana transposon dihapus atau

dimasukkan kembali ke dalam genom. Transposon terkecil hanya terdiri dari dua

sekuens genetik ini dan sering disebut sebagai elemen penyisipan. Suatu jenis
transposon yang disebut retrotransposon dapat mentranskripsikan DNA ke dalam

RNA, dan kemudian kembali ke DNA untuk penyisipan di lokasi baru. Transposon

lain mengandung gen tambahan yang menyediakan sifat-sifat seperti resistensi

antibiotik atau produksi toksin. Keseluruhan efek transposon - untuk mengacak

bahasa genetik - dapat bermanfaat atau merugikan, tergantung pada variabel seperti

di mana penyisipan terjadi dalam kromosom, jenis gen apa yang ada. dipindahkan,

dan jenis sel yang terlibat. Pada bakteri, transposon diketahui terlibat dalam

1. perubahan sifat-sifat seperti morfologi koloni, pigmentasi, dan karakteristik

antigenik;

2. penggantian DNA yang rusak; dan

3. transfer antar mikroba resistensi obat (pada bakteri).