MAKALAH METABOLISME NITROGEN

BIOKIMIA

Disusun Oleh :
1. Sayidah Milasari (L1A018004)
2. Fenina Octavia Balquisa (L1A018006)
3. Ahmad Endar Nur F (L1A018015)
4. Ramadani Ermizal P (L1A018026)
5. Mutiara Ayu K (L1A018028)
6. Syarifah Twienadilla F (L1A018035)
7. Farah Amelia (L1A018049)

KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
PURWOKERTO
2019

1
 Daftar Isi

Halaman Judul....................................................................................................................... 1

Daftar Isi................................................................................................................................ 2

Pembahasan........................................................................................................................... 3

Pertanyaan dan Jawaban........................................................................................................ 18

Daftar Pustaka....................................................................................................................... 22

2
1. Fiksasi Nitrogen
Fiksasi Nitrogen adalah proses penggabungan nitrogen atmosfer dengan unsur-unsur lain
untuk membentuk senyawa yang berguna. Hanya ada beberapa cara di mana nitrogen, yang
relatif inert (sulit bereaksi dengan unsur lain), dapat dikombinasikan dengan unsur-unsur
lain. Nitrogen sangat penting untuk makhluk hidup dan, karena sebagian besar organisme
tidak dapat menggunakan nitrogen yang tidak dikombinasikan dengan unsur-unsur lain,
fiksasi nitrogen menjadi penting untuk kelangsungan hidup di bumi. Perbaikan atau
penggabungan nitrogen juga diperlukan untuk pembuatan berbagai zat, termasuk bahan
peledak dan pupuk komersial (Sridianti, 2018)

Fiksasi Nitrogen Secara Industri

Proses Haber, disebut juga proses Haber–Bosch, adalah suatu proses fiksasi nitrogen
artifisial dan merupakan prosedur industri utama untuk produksi amonia yang berlaku saat
ini. Proses ini dinamakan demikian setelah para penemunya, kimiawan Jerman Fritz Haber
dan Carl Bosch, mengembangkan proses ini pada paruh pertama abad ke-20. Proses ini
mengubah nitrogen (N2) atmosfer menjadi amonia (NH3) melalui suatu reaksi dengan
hidrogen (H2) menggunakan katalis logam di bawah temperatur dan tekanan tinggi:

N2 + 3 H2 → 2 NH3 (ΔH = −92.4 kJ·mol-1)

(Max, 2006)

Sejarah singkat dari proses Haber-Bosch sebagai berikut, para ahli berpaling pada
oksidasi NH3 dalam udara (mulai 1978) dengan tujuan untuk meningkatkan faktor ekonomis.
Pada tahun 1901, Wilhelm Ostwald menemukan proses oksidasi katalitik dari NH3 dengan
katalis platinum (Pt). Gas nitrogen oksida yang diproduksi dengan mudah dapat didinginkan
dan dilarutkan dalam air untuk menghasilkan larutan HNO3.

Hingga tahun 1908 fasilitas pertama yang ada untuk memproduksi HN03 menggunakan
proses oksidasi katalitik tersebut didirikan di dekat Bochurn, Jerman. Fritz Haber, seorang
ahli kimia Jerman, mengembangkan proses dalam dekade pertama abad ke-20. Karl Bosch,
ilmuwan Jerman yang lain, mengadaptasi proses untuk keperluan industri. Proses sintesa

3
NH3 dengan cara Haber-Bosch pertama kali muncul pada tahun 1913, yang akhimya
berkembang dan menjanjikan masa depan yang baik bagi proses oksidasi NH3 untuk
menghasilkan HNO3 (Arkitos, 2003).

Proses Haber, atau Haber-Bosch Process. Dalam proses ini, nitrogen dipanaskan (dari
udara) dan hidrogen dicampur di bawah tekanan yang sangat tinggi dalam bejana di mana
mereka bergabung secara kimiawi. Bejana berisi katalis (biasanya besi dengan oksida
alumunium dan kalium), yang mempercepat reaksi kimia. Proses Haber adalah proses yang
paling banyak digunakan untuk produksi komersial amonia (Sridianti, 2018).
Fiksasi Nitrogen Secara Biologi
Sumber nitrogen yang paling penting adalah udara, yang mana empat per lima molekul
nitrogen (N2). Namun, relatif sedikit spesies dapat mengubah nitrogen atmosfer menjadi
bentuk berguna bagi organisme hidup. Di biosfer, proses metabolisme dari berbagai spesies
yang berbeda berfungsi saling tergantung dan berkesinambungan untuk mengolah dan
menggunakan kembali nitrogen yang tersedia secara biologis dalam siklus nitrogen yang
luas. langkah pertama dalam siklus adalah fiksasi (reduksi) nitrogen di atmosfer oleh bakteri
pengikat nitrogen untuk menghasilkan amonia (NH3 atau NH4).

1. Gambar X. Siklus Nitrogen

2. (Lehninger, 2000)

4
 Secara biologis, NH3 dapat dibentuk dari N2 oleh enzim nitrogenase yang terdapat pada
bakteri pemfiksasi nitrogen. Hanya beberapa spesies mikroorganisme yang dapat melakukan
fiksasi nitrogen yaitu seperti: ganggang hijau biru dan azobacter. Bakteri dari genus
Rhizobium, hidup di dalam tanaman, terutama kacang-kacangan seperti kacang polong,
semanggi, dan alfalfa. Bakteri menyebabkan akar kacang-kacangan untuk membentuk bintil
akar (pembengkakan) di mana organisme hidup. Tanaman menyediakan bakteri dengan
makanan. Sebagai imbalannya, bakteri mengeluarkan senyawa amonium yang diserap dan
digunakan oleh kacang-kacangan dan tanaman lain yang ditanam di tanah yang sama
(Sridianti, 2018).

Menurut Purwaningsih (2015) dalam jurnal penelitiannya, kedelai merupakan tanaman

legum yang dapat bersimbiosis dengan bakteri Rhizobium untuk memfiksasi N2 udara.
Penggunaan inokulan Rhizobium pada tanaman kedelai dapat mendukung peningkatan
produktivitas tanaman kedelai. Nitrogen merupakan senyawa penting yang dibutuhkan bagi
pertumbuhan tanaman. Nitrogen merupakan unsur utama pembentuk asam-asam amino,
protein dan asam nukleat. Kebutuhan nitrogen bagi tanaman dapat diperoleh melalui fiksasi
N2, penyerapan NH4- maupun NO3+.
Penambatan nitrogen pada simbiosis Rhizobium-legum terjadi di bintil akar yang
mengandung bakteroid. Bakteroid mensintesis enzim nitrogenase yang diperlukan sebagai
katalisator reduksi nitrogen menjadi amonium. Nitrogenase yang disintesis oleh Rhizobium
diketahui sangat mirip dengan nitrogenase dari bakteri-bakteri diazotrop lain yang terdiri atas
enzim yang mengandung molibdenum (Mo) dan besi (Fe) atau disebut nitrogenase-Mo.
Enzim nitrogenase diperlukan dalam penambatan nitrogen pada simbiosis Rhizobium-legum
yang terjadi pada bintil akar. Enzim nitrogenase berfungsi sebagai katalisator reduksi
nitrogen menjadi amonium. Besarnya aktivitas enzim nitrogenase sering digunakan sebagai
indikator aktivitas fiksasi nitrogen.
Mikro organisme yang melakukan fiksasi nitrogen antara lain : Cyanobacteria,
Azotobacteraceae, Rhizobia, Clostridium, dan Frankia. Selain itu ganggang hijau biru juga
dapat memfiksasi nitrogen. Beberapa tanaman yang lebih tinggi, dan beberapa hewan

5
(rayap), telah membentuk asosiasi (simbiosis) dengan diazotrof. Selain dilakukan oleh
mikroorganisme, fiksasi nitrogen juga terjadi pada proses non-biologis, contohnya sambaran
petir.
Pembakaran Bahan Bahar Fosil
Mesin mobil dan pembangkit listrik termal, yang melepaskan berbagai nitrogen oksida
(NOx).

Proses Lain
Selain itu, pembentukan NO dari N2 dan O2 karena foton dan terutama petir, dapat
memfiksasi nitrogen.

2. Nitrifikasi

Konversi amonium menjadi nitrat dilakukan terutama oleh bakteri yang hidup di dalam
tanah dan bakteri nitrifikasi lainnya. Tahap utama nitrifikasi, bakteri nitrifikasi seperti
spesies Nitrosomonas mengoksidasi amonium (NH4 +) dan mengubah amonia menjadi nitrit
(NO2-). Spesies bakteri lain, seperti Nitrobacter, bertanggung jawab untuk oksidasi
nitrit menjadi dari nitrat (NO3-). Proses konversi nitrit menjadi nitrat sangat penting
karena nitrit merupakan racun bagi kehidupan tanaman.

Proses nitrifikasi dapat ditulis dengan reaksi berikut ini :

1. NH3+ CO2 + 1.5 O2 + Nitrosomonas → NO2– + H2O + H+

2. NO2–+ CO2 + 0.5 O2 + Nitrobacter → NO3–
3. NH3+ O2 → NO2− + 3H+ + 2e−
4. NO2−+ H2O → NO3− + 2H+ + 2e

Note : “Karena kelarutannya yang sangat tinggi, nitrat dapat memasukkan air tanah.
Peningkatan nitrat dalam air tanah merupakan masalah bagi air minum, karena nitrat dapat
mengganggu tingkat oksigen darah pada bayi dan menyebabkan sindrom
methemoglobinemia atau bayi biru. Ketika air tanah mengisi aliran sungai, nitrat yang
memperkaya air tanah dapat berkontribusi untuk eutrofikasi, sebuah proses dimana populasi
alga meledak, terutama populasi alga biru-hijau. Hal ini juga dapat menyebabkan kematian

6
kehidupan akuatik karena permintaan yang berlebihan untuk oksigen. Meskipun tidak secara
langsung beracun untuk ikan hidup (seperti amonia), nitrat dapat memiliki efek tidak
langsung pada ikan jika berkontribusi untuk eutrofikasi ini.”

3. Denitrifikasi
Denitrifikasi adalah proses reduksi nitrat untuk kembali menjadi gas nitrogen (N2),
untuk menyelesaikan siklus nitrogen. Proses ini dilakukan oleh spesies bakteri
seperti Pseudomonas dan Clostridium dalam kondisi anaerobik. Mereka
menggunakan nitrat sebagai akseptor elektron di tempat oksigen selama respirasi. Fakultatif
anaerob bakteri ini juga dapat hidup dalam kondisi aerobik.
Denitrifikasi umumnya berlangsung melalui beberapa kombinasi dari bentuk
peralihan sebagai berikut:
NO3− → NO2− → NO + N2O → N2 (g)

Proses denitrifikasi lengkap dapat dinyatakan sebagai reaksi redoks:

2 NO3− + 10 e− + 12 H+ → N2 + 6 H2O

- Oksidasi Amonia Anaerobik

Dalam proses biologis, nitrit dan amonium dikonversi langsung ke elemen (N2) gas
nitrogen. Proses ini membentuk sebagian besar dari konversi nitrogen unsur di
lautan. Reduksi dalam kondisi anoxic juga dapat terjadi melalui proses yang disebut
oksidasi amonia anaerobik
NH4+ + NO2− → N2 + 2 H2O (D. Dwidjoseputro, 1998)
- Deaminasi Oksidatif
Reaksi deaminasi oksidatif terjadi dalam jaringan ginjal dan hati. Berbeda dengan
reaksi transaminasi yang memindahkan gugus amino, deaminasi oksidatif oleh glutamat
dehidrogenase menghasilkan gugus amino bebas diseut amonia (NH3). Asam amino
dengan reaksi transaminasi dapat diubah menjadi asam glutamat. Dalam beberapa sel
misalnya dalam bakteri, asam glutamat dapat mengalami proses deaminasi oksidatif yang
menggunakan glutamat dehidrogenase sebagai katalis.
Asam glutamat + NAD + α - ketoglutarat + NH4 + NADH + H+

7
 Dalam proses ini asam glutamat melepaskan gugus amino dalam bentuk NH4+. Selain
NAD+ glutamat dehidrogenase dapat pula menggunakan NADP+ sebagai aseptor elektron.
Oleh karena asam glutamat merupakan hasil akhir proses transaminasi, maka glutamat
dehidrogenase merupakan enzim yang penting dalam metabolisme asam amino oksidase dan
D-asam oksidase. Tumbuhan mengasimilasi nitrat yang diabsorbsi menjadi senyawa nitrogen
organik. (Harvey,2011)

4. Asimilasi

Tanaman mendapatkan nitrogen dari tanah melalui absorbsi akar baik dalam bentuk ion
nitrat atau ion amonium. Sedangkan hewan memperoleh nitrogen dari tanaman yang mereka
makan. Tanaman dapat menyerap ion nitrat atau amonium dari tanah melalui rambut
akarnya. Jika nitrat diserap, pertama-tama direduksi menjadi ion nitrit dan kemudian ion
amonium untuk dimasukkan ke dalam asam amino, asam nukleat, dan klorofil. Pada tanaman
yang memiliki hubungan mutualistik dengan rhizobia, nitrogen dapat berasimilasi dalam
bentuk ion amonium langsung dari nodul. Hewan, jamur, dan organisme heterotrof lain
mendapatkan nitrogen sebagai asam amino, nukleotida dan molekul organik kecil
(D.Dwidjoseputro, 1998).

5. Amonifikasi
Amonifikasi merupakan tahapan dalam siklus nitrogen dimana sisa sisa tanaman dan
produk produk limbah akan terurai oleh mikroorganisme untuk selanjutnya akan
menghasilkan ammonia. Jika tumbuhan atau hewan mati, nitrogen organik diubah menjadi
amonium (NH4+) oleh bakteri dan jamur (D. Dwidjoseputro, 1998).
Mikroorganisme dalam tanah akan memakan bahan organik mati yang kemudian
menjadi energy dan nantinya akan menghasilkan ammonia serta senyawa dasar lainnya yang
akan menjadi produk sampingan dari metabolism yang terjadi. Ammonia ini akan
dipertahankan didalam tanah dalam bentuk ion ammonium.
Nitrogen hadir di lingkungan dalam berbagai bentuk kimia termasuk nitrogen
organik, amonium (NH4 +), nitrit (NO2-), nitrat (NO3-), dan gas nitrogen (N2). Nitrogen
organik dapat berupa organisme hidup, atau humus, dan dalam produk antara dekomposisi

8
bahan organik atau humus dibangun. Proses siklus nitrogen mengubah nitrogen dari satu
bentuk kimia lain. Banyak proses yang dilakukan oleh mikroba baik untuk menghasilkan
energi atau menumpuk nitrogen dalam bentuk yang dibutuhkan untuk pertumbuhan.
Reaksi pertama adalah reduksi nitrat menjadi nitrit dalam sitosol oleh enzim nitrat
reduktase:
Reduksi nitrat menjadi nitrat pada proses asimilasi dalam tumbuhan dibantu dengan
adanya enzim nitrat reduktase yang berupa flavoprotein yang diatur oleh komponen
logamnya yakni molibdenum. Nitrogenase merubah gas N2 menjadi ammonia dalam mikroba
pengikat N. Reduksi nitrat merupakan suatu proses enzimatik yang memerlukan energi.
Menurut Lakitan (1996), ion hidrogen dan energi diperoleh dari respirasi aerobik. Nitrat yang
diabsorbsi oleh akar akan diasimilasikan oleh tumbuhann menjadi senyawa organik yang
mengandung nitrogen. Tahap pertama adalah reduksi nitrat menjadi nitrit yang terjadi
dalam sitosol, dikatalis oleh enzim nitrat reduktase dengan reaksi sebagai berikut :

NO3- + NAD(P)H + H+ + 2e- NO2- +NAD(P)+ + H2O

NAD(P)H sebagai donor elektron. Enzim nitrat reduktase pada tumbuhan tingkat tinggi
tersusun atas 2 subunit yang identik, masing-masing mengandung 3 gugus
prostetik: FAD (flavin adenin dinukleotida), heme dan molibdat (Mo) yang ketiganya
membentuk komplek dengan molekul organik yang disebut protein. Nitrat reduktase
merupakan protein yang mengandung Mo dan bila terjadi defisiensi Mo maka akan terjadi
akumulasi nitrat sebagai akibat aktivitas nitrat reduktase berkurang.
Nitrit (NO2-) adalah ion yang sangat reaktif dan toksik. Hasil aktivitas enzim Nitrat
Reduktase berupa nitrit bersifat toksit, sehingga harus segera diubah menjadi amonium.
Demikian pula halnya dengan amonium, juga bersifat toksit, maka segera diubah menjadi
glutamine yang dikatalisis oleh GS (Glutamine Synthetase). Nitrit (NO2) merupakan bentuk
peralihan antara ammonia dan nitrat (nitrifikasi) dan antara nitrat dengan gas nitrogen
(denitrifikasi) oleh karena itu, nitrit bersifat tidak stabil dengan keberadaan oksigen.

Tumbuhan kemudian secara cepat memindahkan nitrit dari sitosol ke kloroplas (daun)
atau platida (akar) untuk kemudian direduksi menjadi amonium oleh enzim nitrit reduktase.

Kebanyakan jenis tanaman lebih mudah mengasimilasi nitrat diikuti oleh nitrit dan
amonium. Tanaman mendapatkan nitrogen dari tanah melalui absorbsi akar baik dalam

9
bentuk ion nitrat atau ion amonium. Sedangkan hewan memperoleh nitrogen dari tanaman
yang mereka makan.

Tanaman dapat menyerap ion nitrat atau amonium dari tanah melalui rambut akarnya.
Jika nitrat diserap, pertama-tama direduksi menjadi ion nitrit dan kemudian ion amonium
untuk dimasukkan ke dalam asam amino, asam nukleat, dan klorofil. Pada tanaman yang
memiliki hubungan mutualistik dengan rhizobia, nitrogen dapat berasimilasi dalam bentuk
ion amonium langsung dari nodul.
Taraf amonium yang tinggi bersifat toksik baik pada tumbuhan maupun hewan yang
dapat menghilangkan gradient proton yang dibutuhkan untuk fotosintesis dan repiratory
transport elektron.

Akumulasi nitrat pada tanaman tidak membahayakan tanaman tersebut namun akan
berbahaya jika dikonsumsi oleh manusia yang akan menyebabkan penyakit
methemoglobinemia, begitupun juga dengan hewan akan menghindar dari bau amonium
yang menyengat.

Sementara tumbuhan akan segera menyimpan amonium dalam vacuola sehingga

menghindari efek toksik pada membran dan sitosol. Sel-sel tumbuhan menghindari toksisitas
amonium yang dihasilkan dari asimilasi nitrat atau fotorespirasi dengan cara merubahnya
secara cepat menjadi asam amino. Adapun konversi ammonium menjadi asam amino
membutuhkan 2 enzim yaitu : Glutamine synthetase (GS) dan Glutamate synthetase
(GOGAT).

(Glutamine : 2-Oxoglutarate aminotransferase).

o Amoniak yang terbentuk dapat dibangun menjadi asam amino oleh tanaman, yang
kemudian dipergunakan oleh hewan sebagai sumber asam amino esensial dan nonesensial
untuk membangun protein hewan.
o Pada hewan yg telah mati degradasi protein mengembalikan amoniak ke tanah,
selanjutnya bakteri nitrifikasi mengubahnya menjadi nitrat (NO-2) dan nitrat (NO-3)
kembali.

Bakteri penambat N2 di daerah perakaran dan bagian dalam jaringan tanaman padi, yaitu
Pseudomonas spp., Enterobacteriaceae , Bacillus , Azotobacter, Azospirillum dan Herbaspirillum

10
telah terbukti mampu meningkatkan secara nyata penambatan N2 (James dan Olivares,
1997).
Bakteri penambat N2 pada rizosfer tanaman gramineae, sepertiAzotobacter paspali dan
Beijerinckia spp. termasuk salah satu dari kelompok bakteri aerobik yang mengkolonisasi
permukaan akar (Baldani et al ., 1997).
Azotobacter merupakan bakteri penambat N2 yang mampu menghasilkan substansi zat
pemacu tumbuh giberelin, sitokinin, dan asam indol asetat,sehingga pemanfaatannya dapat
memacu pertumbuhan akar (Alexander,1977). PopulasiAzotobacter dalam tanah dipengaruhi
oleh pemupukan dan jenis tanaman.
Simbiosis antara bakteri dan tanaman saling menguntungkan kedua belah pihak.
Tanaman kedelai tergolong sub family Papilionoideae, family Leguminosae. Kebanyakan
spesies tanaman dalam sub family Papilionoideae berbintil akar. Bintil akar merupakan
tonjolan kecil di akar yang terbentuk akibat infeksi bakteri pengikat nitrogen yang
bersimbiosis secara mutualistik dengan tumbuhan. Kerja sama ini memungkinkan
tersedianya nitrogen bagi tumbuhan simbion, khususnya pada keadaan kurangnya
ketersediaan nitrogen larut di tanah. Bintil akar biasa ditemukan berkelompok.
BINTIL AKAR
Bintil akar merupakan organ simbiosis yang mampu melakukan fiksasi N dari udara,
sehingga tanaman mampu memenuhi sebagian besar kebutuhan nitogen dari hasil fiksasi
N2.Hal ini merupakan ciri khas leguminosa yang berbintil akar dan perlu diperhitungkan
dalam upaya meningkatkan produksinya.Bintil akar terbentuk dengan serangkaian proses
yang diawali dengan kehadiran suatu strain Rhizobium sp pada bulu akar tanaman
leguminosae,dilanjutkan dengan penyusupan sel Rhizobium kedalam sel bulu akar dan
penyusupan lebih lanjut ke sel jaringan akar yang lebih dalam. Interaksi antara
sel Rhizobium dengan sel jaringan akar,akan membentuk bintil-bintil akar. Dalam interaksi
itu sel Rhizobium akan berubah menjadi bentuk bakteroid, sedangkan dibagian tengah sel
bintil akar yang mengandung bakteroid terbentuk pigmen merah (leghemoglobin). Ensim
nitrogenase yang dibentuk oleh bakteroid dan leghemoglobin merupakan dua komponen
yang terlibat daam proses fiksasi N2.Sesuai kespesifikan dan ciri-ciri khas lain dapat
dibedakan beberapa spesies bakteri Rhizobium yaitu diantaranya Rhizobium leguminosarum,
R.m eliloti, R.trifolii, R.phaseoli, R.lupini, R.japonicum.

11
 Tetapi tidak semua hubungan antara tanaman legunminosae dengan bakteri
Rhizobium berjalan dengan serasi,tapi apabila hubungannya berjalan serasi maka akan
menghasilkan bintil akar yang sangat efektif dalam fiksasi N2,bintil akar yang efektif
umumnya dapat memenuhi kurang lebih dua pertiga dari kebutuhan nitrogen tanaman,bahkan
pada tanaman kedelai dapat memenuhi hingga 74% kebutuhan nitrogen tanaman.
Keserasian hubungan antara strain Rhizobium dan varietas kedelai yang berbintil
akar menentukan keefektipan fiksasi N2. Untuk menghasilkan fiksasi N2 yang maksimal,
bintil akar yang efektif memerlukan dukungan faktor-faktor tertentu dalam tanah dan yang
mendukung pertumbuhan tanamannya.
Faktor-faktor yang mempengaruhi keberadaan bakteri bintil akar :
1. Jika terdapat bintil akar,efektifitas dalam fiksasi N2 selain ditentukan oleh keserasian
hubungan antara bakteri Rhizobium (mikrosimbion) dengan tanaman leguminosa
(makrosimbion), ditentukan pula oleh ketersediaan usur hara tertentu (Ca, Mg, P, dan
Mo).Ketersediaan dan keadaan unsur-unsur hara tersebut dipengaruhi oleh pH.
2. Pada pH yang sangat rendah yaitu pada kisaran 4-6, Ca, P, dan Mo kurang tersedia,
sedang kadar Al dan Mn berada pada tingkat meracuni tanaman.
3. Suhu optimal untuk Rhizobium berkiar antara 18 o – 26 o C,minimal 3 o C dan maksimal
45 o C.
4. Mikroorganisme lain (sebagai kompetitor di rizosfir).
Mikroorganisme lain,terutama yang antagonis, dapat menghalangi bakteri bintil akar
untuk menginfeksi akar.
5. Leghemoglobin.
Aktifitas nitrogenase dan fikasasi N2 oleh legume berhubungan erat dengan
Leghemoglobin.Fungsi Leghemoglobin diduga untuk mengirim O2 bagi respirasi dalam
bintil dan produksi ATP.
6. Sumber makanan (BO dan perakaran).
Sumber makanan diperlukan untuk bertahan sambil menginfeksi akar.
7. Kelembaban.
Kelembaban yang berlebihan akan menurunkan jumlah fiksasi N2menurun.
Kelembaban tanah 25-75% dari kapasitas lapang optimal untuk simbiosis kedelai dan
alfalfa.

12
8. Senyawa racun.
Atom N dalam ion NH4+ dan dan NO3- mengurangi bintil akar dan fiksasi N2oleh bintil
akar dengan cara mengganggu pembentukan benang – benang infeksi oleh Rhizobium.
Mn pada kadar tinggi mengganggu pertumbuhan bintil akar.
9. Ketersediaan nutrisi.
Atom P diperlukan untuk pembentukan dan aktifitas bintil yang maksimal. Ca
dibutuhkan oleh Rhizobium untuk meginfeksi akar. Kekurangan S akan
mengganggu sitesis nitrogenase sehingga kekurangan S menurunkan fiksasi N2. Mo
adalah unsur penting bagi pertumbuhan bakteri karena Mo berperan pada nitrogenase.

MEKANISME PENAMBATAN NITROGEN OLEH BINTIL AKAR

Adanya bakteri menyebabkan rambut akar menggulung.Sejalan dengan masuknya
bakteri akar membentuk benang infeksi yang di dalamnya ada bakteri bintil.Benang infeksi
terus berkembang sampai di korteks dan mengadakan percabangan.Percabangan ini
menyebabkan jaringan korteks membesar yang dapat dilihat sebagai bintil.Di tempat ini
terjadi fiksasi N.
Mekanisme penambatan nitrogen secara biologis dapat digambarkan melalui persamaan
berikut ini.Dua molekul amonia dihasilkan dari satu molekul gas nitrogen dengan
menggunakan 16 molekul ATP dan pasokan elektron dan proton (ion hidrogen).

N2+8H+8e+16ATP=2NH3+H2+16ADP+16Pi

Reaksi ini hanya dilakukan oleh bakteri prokariot, menggunakan suatu kompleks enzim
nitrogenase.Enzim ini mengandung 2 molekul nutrien yaitu molekul protein besi dan 1
molekul protein molibden besi.Reaksi ini berlangsung ketika molekul N2 terikat pada
kompleks enzim nitrogenase.Protein Fe mula-mula direduksi oleh elektron yang diberikan
oleh ferredoksin. Kemudian Fe reduksi mengikat ATP dan mereduksi protein molibden besi
yang memberikan elektron pada N2 sehingga menghasilkan NH=NH. Pada dua daur
berikutnya prosesi ini ( masing-masing membutuhkan elektron yang disumbangkan oleh
ferredoksin) NH=NH direduksi menjadi H2N-NH2 dan selanjutnya direduksi menjadi NH3
tergantung pada jenis mikrobanya, ferredoksin reduksi yang memasok elektron untuk proses
ini diperoleh melalui fotosintesis, respirasi atau fermentasi.

13
Rumus pemanfaatan nitrogen bagi tanaman sendiri dapat dilihat sbb :

N2+H2→NH4→NO3

Simbiosis mutualisme yang terjadi.Bakteri mendapatkan zat hara yang kaya energi dari
tanaman inang sedangkan tanaman inang mendapatkan senyawa nitrogen dari bakteri untuk
melangsungkan kehidupannya. Untuk menambat nitrogen, bakteri ini menggunkan enzim
nitrogenase, dimana enzim ini akan menghambat gas nitrogen di udara dan merubahnya
menjadi gas amoniak. Gen yang mengatur proses penambatan ini adalah gen nif, (singkatan
nitrogen-fixation). Gen-gen nif ini berbentuk suatu rantai, tidak terpencar ke dalam sejumlah
DNA yang sangat besar yang menyusun kromosom bakteri, tetapi semuanya terkelompok
dalam suatu daerah. Hal ini memudahkan untuk memotong bagian untaian DNA yang sesuai
dari kromosom ribozobium yang menyisipkannya ke dalam mikroorganisme lain.

Mekanisme Infeksi Bakteri Rhizobium Pada Akar

Adanya bakteri menyebabkan rambut akar menggulung yg dirangsang oleh

IAA.Sejalan dgn masuknya bekteri akar membentuk benang infeksi yg didlmnya ada bakteri
bintil. Benang infeksi trs berkembang sampai di kortek dan mengadakan
percabangan.Percabangan ini menyebabkan jaringan kortek membesar yg dpt dilihat sbg
bintil. Di tempat ini terjadi fiksasi N

Tipe bintil akar :

1. Globus
Ciri: berbentuk bulat, gampang lepas dari akar
2. Peanut
Ciri: berbentuk agak bulat, letaknya terbenam
3. Semi Globus
Ciri: bentuknya tidak beraturan, permukaannya ada yang kasar dan licin.
4. Memanjang
5. Koral

14
 Bakteri mendapat zat hara yang kaya energi dari tanaman inang sedangkan tanaman
inang mendapatkan nitrogen dari bakteri untuk melangsungkan kehidupannya.

Bakteri Rhizobium bila bersimbiosis dengan tanaman legum, kelompok bakteri ini akan
menginfeksi akar tanaman dan membentuk bintil akar di dalamnya. Akar tanaman tersebut
menyediakan karbohidrat dan senyawa lain bagi bakteri melalui kemampuannya mengikat
nitrogen bagi akar. Jika bakteri dipisahkan dari inangnya (akar), maka tidak dapat mengikat
nitrogen sama sekali atau hanya dapat mengikat nitrogen sedikit sekali. Bintil-bintil akar
melepaskan senyawa nitrogen organik ke dalam tanah tempat tanaman polong hidup.
Dengan demikian terjadi penambahan nitrogen yang dapat menambah kesuburan
tanah.Terjadinya bintil akar diawali oleh interaksi antara tanaman dan bakteri Rhizobia.
Akar tanaman mengeluarkan sinyal yang akan mengaktifkan ekspresi gen dari bakteri yang
berperan pada nodulasi. Setelah adanya sinyal tadi, bakteri (Rhizobia) akan mensintesis
sinyal yang menginduksi pembentukan meristem nodul dan memungkinkan bakteri untuk
masuk ke dalam meristem tersebut melalui proses infeksi. Sinyal‐sinyal kimia yang di
sintesis oleh bakteri itu pada dasarnya merupakan asam amino termodifikasi (homoserin
lakton) yang membawa subtituen rantai asil yang bervariasi yang disebut asil homoserin
lakton (AHL). Melalui pendeteksian dan reaksi terhadap senyawa‐senyawa kimia tersebut
sel‐sel tanaman secara individu dapat merasakan berapa banyak sel yang mengelilingi
mereka.
Interaksi secara simbiosis terjadi karena adanya pertukaran sinyal antara tumbuhan
dan bakteri (Rhizobia). tanaman mensekresikan senyawa‐senyawa flavonoid yang gugus
fenolnya bersama dengan NodD (protein penggerak) dari bakteri menginduksi ekspresi dari
gen pembentukan nodul dari Rhizobia (nod, nol, noe). Sebagai hasilnya, Rhizobia
memproduksi Nod factors. Induksi Nod factors direspon oleh tanaman (yang salah satunya)
dengan pembentukan nodul.
Proses pembentukan nodul terjadi melalui beberapa tahap perkembangan yang
dimulai dengan kolonisasi bakteri Rhizobia dan lalu menempel pada rambut akar. Kemudian
Rhizobia terjebak di dalam lekukan lipatan rambut akar yang kemudian mengakibatkan
Rhizobia mencoba masuk melalui dinding sel dengan menyusup dengan membentuk infeksi
(luka). Sel kortikoid tertentu dari tanaman membelah untuk membentuk primordial nodul
dan melalui primordial ini penyusupan sel secara infeksi tumbuh. Pertumbuhan tersebut

15
lebih lanjut akan membentuk suatu tumor. Di dalam daerah infeksi tersebut bakteri
membelah diri sebelum akhirnya terbentuk nodul dan bakteri tersebut terdiferensiasi
menjadi bakteroid dan mulai mengikat nitrogen
Pada awal respon tanaman terhadap induksi Nod factors, melibatkan aliran ion yang
melewati membran plasma dan berasosiasi di membran, yang diikuti getaran secara berkala
ion kalsium yang diikuti pembentukan ulang rambut akar dan inisiasi pembelahan sel
kortikoid. Pembentkan bintil akar membutuhkan Nod factors karena apabila Rhizobia tidak
memproduksi Nod factors maka tidak akan terjadi pembentukan bintil.
Nitrogenase merupakan enzim kompleks yang terlibat dalam proses fiksasi nitrogen.
Nitrogenase berperan dalam pengubahan bentuk nitrogen bebas di udara menjadi amonia
(NH3). Nitrogenase terdiri atas dua komponen yaitu komponen I (dinitrogenase atau protein
Fe-Mo) dan komponen II (dinitrogenase reduktase atau protein Fe). Nitrogenase dikode oleh
sekitar 20 gen nif (Lee et al., 2000), diantara 20 gen nif tersebut, gen nifH merupakan gen
terpenting yang dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan nitrogenase karena
menyandi subunit pembentuk kompleks nitrogenase
Keluarga glutamat meliputi glutamate,glutamin, prolin, dan arginin. Seperti
dijelaskan, α-ketoglutarat mungkin dikonversi menjadi glutamat oleh aminasi reduktif dan
oleh reaksi transaminasi melibatkan sejumlah asam amino. Meskipun kontribusi relatif dari
reaksi sintesis glutamat bervariasi dengan jenis sel dan kondisi metabolisme, transaminasi
memainkan peran utama dalam kebanyakan sintesis molekul glutamat dalam sel eukariotik.
Selain sebagai komponen protein dan sebagai prekursor untuk asam amino lainnya, glutamat
juga digunakan dalam sistem saraf pusat sebagai neurotransmitter rangsang. (Trudy
McKee.2004)
Pengubahan glutamat menjadi glutamin, dikatalisis oleh glutamin sintase, yang
berlangsung di sejumlah jaringan mamalia (hati, otak, ginjal, otot, dan usus). BCAA ( rantai
cabang asam amino) merupakan sumber penting dari gugus amino dalam sintesis glutamine.
Gugus amino BCAA mungkin digunakan terutama untuk sintesis asam amino nonesensial.
Selain perannya dalam sintesis protein, glutamine adalah pendonor gugus amino dalam
berbagai reaksi biosintesis (misalnya, purin, pirimidin, dan sintesis gula amino) dan sebagai
bentuk penyimpanan dan transportasi yang aman dari NH4+ . (Trudy McKee.2004).

16
 ALT mengkatalisasi transfer gugus amino dari L-alanin ke α-ketoglutarat , produk-
produk dari reaksi transaminasi reversibel ini adalah piruvat dan L-glutamat .
L-alanin + α-ketoglutarate ⇌ piruvat + L-glutamat
L-glutamat + oksaloasetat ⇌ α-ketoglutarate + L- aspartat,
Aspartat merupakan anggota pertama dari keluarga aspartat asam amino, berasal dari
oksaloasetat dalam reaksi transminasi.
L-glutamat + glioksilat ⇌ α-ketoglutarate + glysin,
Glisin disintesis dari glikosilat yang mengalami transaminasi dengan glutamate dan alanin ,
dikatalisa oleh glisin transaminase. Reaksinya berjalan dua arah sehingga selain
untuk→sintesis glisin juga untuk sintesis serin.

Pertanyaan dan Jawaban

1. Manakah diantara pernyataan di bawah ini yang menunjukkan proses nitrifikasi pada siklus
nitrogen :
A. Konversi dari ion amonium menjadi nitrat
B. Konversi dari ion amonium menjadi nitrit
C. Konversi dari gas nitrogen menjadi nitrit

17
 D. Konversi dari gas nitrogen menjadi nitrat
E. Konversi dari nitrit menjadi nitrat

2. Karena kadar N2 di udara mencapai 78%, tumbuhan tidak mengalami kesukaran dalam
memanfaatkan N2 tersebut secara langsung di alam.
SEBAB
Nitrogen perlu terlebih dahulu difiksasi dengan bantuan mikroba, menjadi amonium, nitrit
dan nitrat untuk dapat diserap oleh tumbuhan.
Jawaban : D. Pernyataan salah dan alasan benar.
(Mutiara Ayu, L1A018028)

3. Perubahan anomia menjadi nitrit pada siklus nitrogen dilakukan oleh…

A. Nitrobacter
B. Nitrosomonas
C. Anabaena
D. Rhizobium
E. Azobacter

4. Karena kadar N2 di udara mencapai 78%, tumbuhan tidak mengalami kesukaran dalam
memanfaatkan N2 tersebut secara langsung di alam.
SEBAB
Nitrogen perlu terlebih dahulu difiksasi dengan bantuan mikroba, menjadi amonium, nitrit
dan nitrat untuk dapat diserap oleh tumbuhan.
Jawaban : D. Pernyataan salah dan alasan benar.
(Farah Amelia, L1A018049)

18
5. Dimana reaksi pertama terjadinya reduksi nitrat menjadi nitrit pada tumbuhan?
A. Sitosol
B. Vakuola
C. Organel
D. Ribosom
E. Sentriol

6. Tumbuhan akan segera menyimpan ammonium dalam vacuola

SEBAB
Untuk menghindari efek toksit pada membrane dan sitosol
Jawaban: A. Pernyataan 1 benar, pernyataan 2 benar, memiliki hubungan sebab-akibat.

(Sayidah Milasari, L1A018004)

7. Fiksasi nitrogen secara biologis melibatkan enzim....

A. Amilase
B. Lipase
C. Selulase
D. Nitrogenase
E. Reduktase

Karena menurut Purwaningsih (2015), enzim nitrogenase berfungsi sebagai katalisator

reduksi nitrogen menjadi amonium. Besarnya aktivitas enzim nitrogenase sering digunakan
sebagai indikator aktivitas fiksasi nitrogen.

8. Hubungan antara tumbuhan kacang kedelai dengan bakteri dari genus Rhizobium adalah
simbiosis mutualisme
SEBAB
Tumbuhan kacang kedelai memberikan makanan dan tempat hidup bagi bakteri Rhizobium.
Bakteri Rhizobium menghasilkan zat amonia yang bermanfaat bagi tumbuhan.

Jawaban: A. Pernyataan 1 benar, pernyataan 2 benar, memiliki hubungan sebab-akibat.

19
 Karena menurut Sridianti (2018), bakteri Rhizobium menyebabkan akar kacang-
kacangan untuk membentuk bintil akar (pembengkakan) di mana organisme hidup.
Tanaman menyediakan bakteri dengan makanan. Sebagai imbalannya, bakteri
mengeluarkan senyawa amonium yang diserap dan digunakan oleh kacang-kacangan dan
tanaman lain yang ditanam di tanah yang sama.
(Ahmad Endar, L1A018015)

9. Berikut adalah tipe bintil akar, kecuali ?

A. Globus
B. Peanut
C. Semi Globus
D. Pendek
E. Koral

10. Tanaman mampu memenuhi sebagian besar kebutuhan nitogen dari hasil fiksasi N2
SEBAB
Bintil akar merupakan organ simbiosis yang mampu melakukan fiksasi N dari udara
(Ramadani Ermizal Putri, L1A018026)

11. Fiksasi nitrogen dalam siklus nitrogen dapat dilakukan melalui beberapa cara, kecuali
A. Mikroorganisme yang ada di dalam tanah
B. Proses industri melalui temperatur dan tekanan yang tinggi
C. Mikroorganisme dalam nodul–nodul akar pada tumbuhan leguminose
D. Beberapa jenis tumbuhan yang dapat mengabsorbsi langsung gas nitrogen
E. Ketika terjadi petir/kilat di langit

12. Nitrat reduktase merupakan protein yang mengandung Mo dan bila terjadi defisiensi Mo
maka akan terjadi akumulasi nitrat
SEBAB
Aktivitas nitrat reduktase berkurang
Jawaban (A) pernyataan sebab dan akibat benar, keduanya berhubungan

20
 (Syarifah Twienadilla, L1A018035)

13. Perbedaan antara proses asimilasi dengan fiksasi dalam suatu siklus nitrogen adalah …
A. Fiksasi merupakan tahapan awal penyerapan nitrogen sebelum asimilasi
B. Fiksasi melalui tahapan demineralisasi lebih kompleks jika dibandingkan proses
asimilasi
C. Asimilasi tidak memerlukan bantuan proses amonifikasi sedangkan fiksasi perlu
D. Fiksasi memerlukan bantuan organisme penambat nitrogen sedangkan asimilasi tidak
E. Secara umum proses asimilasi berlangsung lebih cepat dibandingkan fiksasi

14. Salah satu bentuk struktur sekunder protein adalah α-helix, dimana bentuk protein terpilin
seperti spiral
SEBAB
Struktur sekunder protein distabilkan oleh ikatan hidrogen.
Jawaban (A) pernyataan sebab dan akibat benar, keduanya berhubungan
(Fenina Octavia, L1A018006)

DAFTAR PUSTAKA

Arkitos, C. 2003. Pra rencana Pabrik Asam Nitrat kapasitas 15000 ton / tahun. Undergraduate
thesis. Widya Mandala Catholic University: Surabaya.
Dwidjoseputro, D. 1998, Pengantar Fisiologi, Tumbuhan, Gramedia. Jakarta.
Effendi, Hefni. 2003. Siklus Nitrogen. Champbell, Reece Mitchell Bologi Edisi Kelima
(Terjemahan). Penerbit Erlangga. Jakarta. Diakses tanggal 4 Mei 2019.

21
Harvey Richard A., Denise Ferrier. 2011. Biochemistry 5th Edition. Philadelphia : Lippincott
Wiliams Wilkins.
Lakitan, B. 1996. Fisiologi pertumbuhan dan Perkembangan Tanaman. PT Raja Grafindo
Persada. Jakarta. Diakses tanggal 4 Mei 2019.
Lehninger, A.L., Nelson, D.L., Cox, M.M. 2000. Lehninger principles of biochemistry. Worth
Publishers: New York.
Max. 2011. Ammonia in Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry 7th Edition. Wiley-
VCH : New York.
Purwaningsih, O. 2015. Penggunaan Bakteri Rhizobium Japonicum Untukmeningkatkan Fiksasi
Nitrogen Pada Berbagai Kultivar Kedelai. Seminar Nasional Universitas PGRI:
Yogyakarta.
Sridianti. 2018. Pengertian Fiksasi Nitrogen. https://www.sridianti.com/pengertian-fiksasi-
nitrogen.html. Diakses pada hari Kamis, 6 Mei 2019.

22