ISOLASI DNA PLASMID

LAPORAN PRAKTIKUM
disusun untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biologi Molekuler
Dosen pengampu:
Dr. Any Fitriani, M.Si.
Dr. Hj. Diah Kusumawaty, M.Si.

Oleh:
Kelas C 2017
Kelompok 6
Amanah Muthmainnah Idris 1703093
Dwi Lestari Damayanti 1700622
Miftah Agung Fauzi 1704248
Putu Chandra Swandewi 1700518

PROGRAM STUDI BIOLOGI

DEPARTEMEN PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA
BANDUNG
2019
A. Judul
Isolasi DNA Plasmid

B. Tujuan
1. Dapat melakukan isolasi DNA plasmid dari bakteri E. coli.
2. Untuk mendapat hasil elektroforesis dari DNA plasmid.

C. Dasar Teori
Plasmid merupakan identitas genetik yang ditemukan secara alami di
dalam sel beberapa kelompok prokariot dan eukariot. Dengan teknik rekayasa
genetik, sekarang telah dikembangkan plasmid artifisial dengan cara
menggabungkan gen-gen dari plasmid alami maupun genom tertentu
(Yuwono, 2009). Plasmid merupakan DNA ekstra kromosom yang dikenal
pada bakteri, berutas ganda, dan berbentuk sirkuler (Jusuf, 2001).
Plasmid dalam bakteri secara umum berbentuk DNA rantai ganda sirkuler
yang secara stabil diwariskan ke keturunannya. Akan tetapi ada pula plasmid
yang berbentuk linear yang ditemukan pada beberapa varietas bakteri, seperti
Streptomyces sp. dan Borrelia burgdorferi (Primrose, dkk, 2001). Plasmid
bakteri yang biasanya merupakan molekul DNA untai ganda dengan ukuran
dari 1 kb sampai dengan lebih dari 200 kb. Plasmid ini terdapat dalam
berbagai spesies bakteri dan merupakan satuan genetik tambahan yang
bereplikasi dengan tidak tergantung pada kromosom bakteri dan diturunkan
kepada anakan. Akan tetapi, dalam replikasi dan transkripsi tetap tergantung
pada enzim yang terdapat pada sel inang. Biasanya, plasmid membawa gen
yang menjadi enzim yang pada keadaan tertentu menguntungkan sel inang, di
antaranya resisten terhadap antibiotik, produksi antibiotik,, degradasi senyawa
organik kompleks, produksi kolkisin, produksi enterotoksin, enzim restriksi,
dan enzim modifikasi (Sudjadi, 2008).
Plasmid mempunyai 3 komponen penting yaitu (Yadav et.al, 2011).:
1) Origin of replication (ORI), sehingga plasmid dapat bereplikasi secara
mandiri;
2) Mempunyai daerah unik sebagai situs pemotongan enzim endonuclease,
yang biasa disebut multiple cloning site (MCS);
3) Membawa penanda seleksi (biasanya resistensi terhadap antibiotika) untuk
membedakan antara sel inang yang mengandung plasmid atau tidak.
Klasifikasi plasmid berdasarkan karakteristik gen yang dikodenya.
Terdapat 5 jenis plasmid, yaitu (Brown, 2010) :
1) Plasmid fertilitas atau F, membawa gen tra sehingga plasmid dapat
berpindah secara konyugasi, contoh plasmid F pada E. coli;
2) Plasmid resisten atau R, membawa gen resistensi terhadap antibiotika,
contoh: resistensi terhadap kloramfenikol, ampisilin, dan zeocin;
3) Plasmid Col mempunyai gen pengkode protein kolisin, protein yang dapat
membunuh bakteri lain, contoh ColE1 pada E. coli;
4) Plasmid degradatif memungkinkan sel inang memetabolisme senyawa
yang tidak umum (toluene dan asam salisilat), contoh: Tol pada
Pseudomonas putida;
5) Plasmid virulensi, memungkinkan sel inang dapat menginfeksi organisme
lain. Contoh plasmid Ti pada Agrobacterium tumefaciens.
Terdapat beberapa bentuk plasmid, yaitu (Hermin, dkk, 2015) :
1. Circular
Sebagian besar plasmid berbentuk sirkuler.

2. Linear
Biasanya ditemukan pada
organisme tertentu, seperti : Borrelia
burgdorferi dan Streptomyces.

3. Supercoil
Struktur superkoil terjadi karena
enzim topoisomerase membuat sebagian
DNA utas ganda lepas (tidak terikat) selama
replikasi plasmid berlangsung. Struktur superkoil akan menyebabkan
 DNA plasmid berada dalam konformasi yang disebut lingkaran tertutup
kovalen atau covalently closed circular (ccc), tetapi apabila kedua utas
DNA terlepas maka akan plasmid akan kembali dalam keadaan normal
(tidak terpilin) dan konformasi tersebut disebut sebagai open circuler
(Brown, 2010).
Migrasi bentuk-bentuk plasmid tersebut dari yang paling cepat adalah
supercoiled, circular, dan linear. Bentuk plasmid yang semakin kecil atau
ramping akan lebih mudah bergerak melalui pori gel agarose sehingga akan
mencapai bagian bawah terlebih dahulu (Lodish et. al, 2004).

D. Alat dan Bahan

Tabel D.1. Alat yang Digunakan pada Isolasi DNA Plasmid
No Nama Alat Jumlah

1 Loop 1 unit

2 Tabung reaksi 2 unit

3 Lampu bunsen 1 unit

4 Inkubator 1 unit

5 Centrifuge 1 unit

6 Tube 2 unit

7 Vortex 1 unit

8 Micropipet 1 unit

9 Tusuk gigi steril 1 unit

Tabel D.2. Bahan yang Digunakan pada Isolasi DNA Plasmid

No Nama Bahan Jumlah

1 Medium LB Cair 2 tabung

2 Ampisilin 100 μg/ml (x2)

3 Bakteri mengandung plasmid pGlo Secukupnya

4 Bakteri tidak mengandung plasmid pGlo Secukupnya

 No Nama Bahan Jumlah

5 GTE 150 μl

6 Buffer lisis 300 μl

7 Potassium asetat 5M (dingin) 200 μl

8 Alkohol absolut 100% (dingin) 900 μl - 1000 μl

9 TE 100 μl

E. Langkah Kerja
 Bagan alir E.1. Langkah Kerja Isolasi DNA Plasmid

F. Hasil Pengamatan
Tabel F.1. Hasil Pengamatan Isolasi DNA Plasmid
No. LB+Amp+Ara (+p) LB+Amp (+p)

1.
G. Pembahasan
Isolasi plasmid mengjasilkan plasmid yang selanjutnya dielektroforesis
untuk pemisahan molekul DNA plasmid. Terdapat dua bentuk plasmid pada
hasil elektroforesis kelompok kami. Bentuk plasmid tersebut adalah supercoil
dan circular. Penentuan bentuk tersebut dilihat dari hasil running pada saat
elektroforesis dimana plasmid supercoil berukuran 2.500 bp dan plasmid
dengan bentuk sirkuler 3.000 bp. Setiap DNA mempunyai bentuk berbeda-
beda, sehingga kecepatan migrasinya juga berbeda, hal ini sesuai dengan
literatur, menurut Lodish et.al (2004) yang mengatakan bahwa migrasi
bentuk-bentuk plasmid dari yang paling cepat adalah supercoil, circular, dan
linear. Bentuk plasmid yang semakin kecil atau ramping akan lebih mudah
bergerak melalui pori gel agarose sehingga akan mencapai bagian bawah
terlebih dahulu. Hal tersebut menyebabkan letak DNA berurutan sesuai
dengan kecepatan laju migrasinya. DNA supercoil memiliki bentuk yang
memuanya fleksibel untuk bergerak.

H. Kesimpulan
Isolasi DNA plasmid berhasil dilakukan, hal ini dapat terlihat dari hasil
elektroforesis yang dilihat dengan menggunakan sinar UV terlihat ada dua
bentuk DNA plasmid dengan ukuran yaitu 2500 bp dan 3000 bp. Jika berada
pada ukuran tersebut, dapat diperkirakan bentuk plasmid yang didapat adalah
supercoil dan circular.
 DAFTAR PUSTAKA

Brown. 2010. Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction, 6th ed.
Hongkong : Graphicraft Limited.
Hermin, dkk. 2015. Penuntun Praktikum Rekayasa Genetika S1 Biologi Berbasis
Komputer. Departemen Biologi. Fakultas Sains dan Matematika.
Universitas Diponegoro. Semarang.
Jusuf. 2001. Genetika I Struktur dan Ekspresi Gen. Jakarta : CV. Medika.
Lodish et. Al. 2004. Molecular Cell Biology. New York : Wh. Freeman Company.
Primrose, dkk. 2001. Principles of gene manipulation, 6th edition. Oxford :
Blackwell Publishing.
Sudjadi. 2008. Bioteknologi Kesehatan. Yogyakarta : Penerbit Kanisius.
Yadav et.al. 2011. A novel method of plasmid isolation using laundry detergent.
Indi J Exp Biol. 49:558-560.
Yuwono. 2009. Biologi Molekuler. Jakarta : Erlangga.