TUGAS KELOMPOK BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

“BAHAN KAJIAN REPLIKASI, TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI”

DI SUSUN OLEH :
KELOMPOK 4

NURFADILLAH
NITRAN AMRUNA
RESTU RISKA GEMVITA
EMILIANTI SELITRA MASKAL
SURYANI IBRAHIM
BADRUN DASRI

PROGRAM STUDI DIII TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIK

FAKULTAS FARMASI, TEKNIK KESEHATAN, ADMINISTRASI RUMAH
SAKIT (FFATERSI)
UNIVERSITAS MEGA REZKY MAKASSAR
TAHUN AJARAN 2018/2019
1. Definisi Replikasi, Transkripsi dan Translasi

1. Replikasi DNA

Adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi DNA
terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus menerus melakukan replikasi
DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu
pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polymerase yang membantu pembentukan ikatan
antara nukleotida-nukleotida
penyusun polimer
DNA. Proses replikasi DNA
dapat pula dilakukan in vitro
dalam proses yang di sebut
reaksi berantai polymerase
(PCR).
 Gambar Model Replikasi DNA

2. Transkripsi

Transkripsi yaitu proses penyalinan kode-kode genetic yang ada

pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Merupakan proses yang
mengawali ekspresi sifat-sifat genetic yang nantinya muncul sebagai
fenotip. RNA selalu single stranded. Pada proses transkripsi hanya 1
untaian DNA yang disalin DNA ke RNA sintesis RNA 5’ ke 3’.

3. Translasi

Translasi adalah proses penerjemahan kode genetic oleh T-rna

kedalam urutana sam amino. Translasi dibagi menjadi tiga tahap (sama
seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Semua
tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA,
tRNA, dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi rantai
polipeptida juga membutuhkan sejumlah energy. Energy ini disediakanoleh
GTP (guanosintriphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP.
2. Model Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah peristiwa sintesis DNA. Saat suatu sel

membelah secara mitosis, tiap-tiap sel hasil pembelahan mengandung DNA
penuh dan identik seperti induknya. Dengan demikian DNA harus secara
 tepat direplikasi (diperbanyak atau dicetak ulang) sebelum proses
pembelahan dimulai. Hipotesis mengenai replikasi dikemukakan setelah
muncul model DNA heliks ganda. Replikasi DNA dapat terjadi dengan
adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama.

Proses komplementasi pasangan basa menghasilkan suatu molekul

DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama sebagai cetakan.
Kemungkinan terjadinya replikasi dapat melalui tiga model. Model
pertama disebut model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak
berubah, berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Model
kedua disebut sebagai model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama
terpisah dan rantai baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada
masing-masing rantai DNA lama tersebut. Akhirnya dihasilkan rantai DNA
baru yang masing-masing mengandung satu rantai cetakan molekul DNA
lama dan satu rantai baru hasil sintesis. Model ketiga disebut sebagai model
dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan
sebagai cetakan sintesis untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu ,
hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada
rantai DNA lama dan baru.
Dari ketiga model tersebut, model semikonservatif merupakan
model yang tepat untuk proses replikasi DNA. Model replikasi DNA ini
telah dibuktikan oleh Meselon dan Stahl. Replikasi DNA semikonservatif
berlaku bagi organisme prokariot maupun eukariot.
3. Komponen Penting Untuk Replikasi

Replikasi bahan genetika ditentukan oleh beberapa komponen utamayaitu:

1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan di replikasi
 2. Molekul deoksiribo nukleotida, yaitu ATP, dTTP, dCTP, dGTP.
Deoksiribonukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu basa purin atau pirimidin,
gula 5-karbon (deoksiribosa) dan gugus fosfat.
3. Enzim DNA polymerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis proses
polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA. Enzim DNA polymerase memiliki
fungsi lain, yaitu mengoreksi DNA yang baru terbentuk, membetulkan setiap
replikasi, dan memperbaiki DNA yang rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan
rangkaian nukleotida DNA sangat stabil dan mutasi jarang terjadi (Desy, 2010)
4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai
replikasi DNA.
5. Enzim pembuka ikatan untaian induk, yaitu enzim helicase dan enzim girase.
6. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu
protein SSB (single strand binding protein).
7. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung
fragmen-fragmen DNA.

4. Mekanisme Terjadinya Replikasi DNA

Penggandaan dalam replikasi DNA menggunakan DNA polymerase yang

dapat membentuk ikatan nukleotida penyusun polimer DNA. Sesuai dengan
penelitian para ahli, hipotesis terjadinya replikasi DNA dapat terjadi secara semi
konservatif, secara konservatif, dan secara dispersive.

1. Secara Semi konservatif, yaitu pita doble heliks molekul DNA lama akan
membuka dengan bantuan enzim. Lalu pada masing-masing pita DNA lama
terbentuklah pita DNA baru.
2. Secara Konservatif, yaitu molekul DNA yang lama tetap atau tidak
membuka, lalu disamping setiap molekul DNA lama dibentuklah molekul
DNA baru.
3. Secara Dispersif, yaitu molekul DNA terputus menjadi beberapa bagian,
kemudian pada setiap potongan tersebut dibentuk DNA baru.

Proses Replikasi DNA Semi konservatif secara rinci

 Inisiasi
Pada tahap inisiasi, enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA
memandai dengan tepat waktu yang sesuai melalui siklus sel yang terjadi.
Pengenalan awal replikasi yang dilakukan oleh protein DNA polymerase
dihasilkan dari gen DNA.
 Terbentuknya Garpu Replikasi
Garpu replikasi atau cabang merupakan struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi karena enzim helicase. Untai ganda DNA terbuka menjadi
untai tunggal. Masing-masing akan menjadi cetakan untuk untai DNA yang
baru dengan bantuan enzim DNA polymerase.
 Pemanjangan untai DNA
Dalam hal ini DNA polymerase membentuk untai DNA baru dengan
menambahkan nukleotida, deoksiribonukleotida keujung 3’ hidroksil bebas
nukleotida DNA yang sedang tumbuh. Sedangkan DNA polymerase bergerak
ke DNA induk dengan arah 3’ ke 5’. Sementara untai DNA yang lain
berorientasi 5’ke 3’, heliks membuka untai ganda DNA dengan arah 5’ ke 3’.
Oleh sebab itu replikasi harus terjadi pada arah berlawanan.
 Pembentukan Leanding Strand
Pada replikasi DNA akan terbentuk leanding strand atau untai
pengawal, yaitu urutan DNA yang disintesis dari arah 5’ ke 3’. DNA
polymerase pada untaai ini dapat membentuk DNA menggunakan ujung 3’
–OH bebas RNA primer serta sintase DNA terjadi secara
berkesinambungan, dan terjadi searah dengan pergerakan garpu replikasi.
 Pembentukan Lagging Strand
Lagging strand yaitu untaian DNA yang berada pada sisi yang
bersebrangan dengan leanding strand. Untaian lagging strand ini disintesis
dalamsegmen yang disebut dengan fragmenokazaki yang panjangnya
mencapai 2.000 nukleotida sepanjang pada sel bacterial serta sekitar 200
panjang nukleotida pada sel eukariotik. Dalam untaian ini, enzim primase
akan membentuk RNA primer. Dengan demikian DNA polymerase bisa
menggunakan gugus OH 3’ yang bebas pada RNA primer untuk
mensintesis DNA dengan arah 5’ ke 3’. Kemudian fragmen RNA
disingkirkan dan DNA baru ditambahkan untuk mengisi celah yang
awalnya diisi oleh RNA. Kemudian DNA ligase menyambung fragmen
sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap.
 Modifikasi Post-Replikasi DNA
Setelah DNA selesai direplikasi, dua helai yang tersintesis
dipasangkan kembali yang melibatkan penambahan molekul tertentu guna
mengkhususkan rantai ganda. Modifikasi post-replikasi DNA mungkin
akan memengaruhi cara pengikatan molekul. DNA sebagai faktor utama
modifikasi penambahan dalam kelompok methyl pada beberapa adenine
serta residu cytosine. DNA methylase menambahkan grup methyl setelah
nukleotida digabungkan dengan DNA polymerase.
5. Perbedaan Promotor Operon dan Terminator

 Promotor merupakan rangkaian DNA yang berfungsi untuk

menjalankan struktural yang terletak di dalam kawasan upstream
karena bentuk ini berperan sebagai enzim RNA polimerase dan
kemudian menjalankan salinan pada bentuk struktural.
 Operon adalah sekumpulan gen bersebelahan yang kerjanya diatur
oleh sebuah promoter. Operon akan diawali oleh promoter yang
menjadi tempat yang dikenali enzim RNA polimerase untuk memulai
proses transkripsi. Selanjutnya di dalam promoter atau setelah
promoter akan terdapat operator yang menentukan aktif tidaknya
transkripsi. Selanjutnya terdapat beberapa gen dalam operon
tersebut.Di akhir gen terdapat terminator yang menjadi tanda
berakhirnya transkripsi.

 Terminator berguna untuk menentukan struktur yang kaya akan

susunan GC dan yang terwujud pada molekul RNA dari perolehan
salinan.

6. Mekanisme Transkripsi Pada Eukariotik dan Prokariotik

a. Mekanisme Transkripsi Pada Eukariotik
Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai
mekanisme pada prokariot. Namun, begitu banyaknya polipeptida yang
berkaitan dengan mesin transkripsi pada eukariot menjadikan
mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada mekanisme pada
prokariot. Secara umum mekanisme transkripsi dimulai dari inisiasi,
elongasi dan terminasi. Tetapi pada eukariot terdapat tiga gen kelas yang
berperan dalam proses transkripsi, karena itu transkripsi harus dilakukan
pada masing-masing gen kelas tersebut.
Transkripsi gen Kelas II
Pembentukan kompleks pra-inisiasi transkripsi pada eukariot
 Transkripsi gen kelas II dilakukan oleh RNA polimerase II yang
dibantu oleh beberapa faktor transkripsi umum. Penyusunan kompleks faktor
transkripsi umum dan RNA polimerase II pada daerah promotor membentuk
kompleks pra inisiasi yang akan segera mengawali transkripsi jika ada
nukleotida. Ikatan semacam ini membuat daerah promotor menjadi terbuka
sehingga RNA polimerase II dapat membaca urutan DNA pada cetakan.
Faktor transkripsi umum yang berperan dalam mengarahkan RNA polimerase
II kepromotor adalah TFIIA, TFIIB, TFIID,TFIIE, TFIIF, TFIIH dan TFIIJ.
Faktor-faktor transkripsi tersebut akan menempel ke daerah promotor secara
beratahap sebelum akhirnya terbentuk kompleks pra inisiasi. Penempelan
faktor transkripsi tersebut terjadi dengan urutan (1) pertama-tama TFIID
menempel pada bagian kotak TATA pada promotor, yang dibantu oleh faktor
TFIIA sehingga membentuk kompleks DA. (2) kemudian diikuti oleh
penempelan TFIIB, (3) TFIIF selanjutnya menempel diikuti oleh penempelan
RNA polimerase II, (4) akhirnya faktor TFIIE akan menempel diikuti oleh
TFIIH dan TFIIJ. Kompleks pra inisiasi yang terbentuk disebut kompleks
DABPolFEH.

Setelah terbentuk kompleks pra inisiasi RNA polimerase II siap untuk

melakukan proses transkripsi jika ada nukleotida. Faktor transkripsi yang
penting untuk mengawali inisiasi proses transkripsi adalah TBP, TFIIB,
TFIIF, dan RNA polimerase II tanpa adanya TFIIE dan TFIIH, sebenarnya
sudah dapat terjadi transkripsi namun tidak sempurna. Pembentukan
transkripsi yang tidak sempurna tersebut menandakan telah terbentuknya
kompleks inisisasi termasuk terjadinya pembukaan DNA secara lokal dan
pembentukan ikatan pospodiester pertama. Dalam hal ini faktor TFIIE dan
TFIIH tidak diperlukan dalam proses inisiasi melainkan diperlukan dalam
proses pelepasan dari promotor yang menandai dimulainya transkripsi
(pemanjangan transkip) secara aktif. Pelepasan dari promotot tersebut
dikatalisis oleh aktifitas DNA helikase yang dimiliki oleh TFIIH sehingga
menyebabkan terbukanya DNA pada daerah promotor. Hal ini dilakukan
dengan cara memuntir DNA di daerah hilir dari bagian yang berikatan dengan
faktor transkripsi yang lain sehingga terbentuk gelembung transkripsi.
Pembentukan gelembung transkripsi memunkinkan RNA polimerase untuk
memulai transkripsi dan bergerak dari hilir sepanjang 10-12 nukleotida.
Pergerakan RNA polimerase tersebut dibantu oleh aktifitas TFIIH yang
menyebabkan pemanjangan gelembung transkripsi.

Faktor TFIIH mempunyai banyak peranan salah satunya adalah proses

fosforilasi RNA polimerase II menjadi bentuk IIO. TFIIH diketahui
mempunyai aktifitas kinase CTD. Bentuk RNA polimerase IIO inilah yang
selanjutnya melakukan proses pemanjangan transkripsi. Fosforilasi terjadi
pada asam-asam amino pada bagian CTD yang ada pada subunit RNA
polimerase II yang paling besar. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa
proses fosforilasi RNA polimerase II menjadi inisiasi dan selanjutnya terjadi
pemanjangan transkripsi. fosforilasi pada RNA polimerase II menyebabkan
terjadinya komfirmasi kompleks inisiasi menjadi bentuk yang siap untuk
melakukan pemanjangan transkripsi. Pemanjangan transkripsi tersebut dapat
terjadi karena fosforilasi RNA polimerase II menyebabkan ikatan antara CTD
dan TBP menjadi lemah. Dengan adanya nukleotida maka kompleks
pemanjangan (elongation kompleks) dapat meneruskan pemanjangan
transkrispi (RNA).

Proses pemanjangan transkripsi akan berjalan sampai RNA polimerase

II mencapai daerah terminator. Terminasi transkripsi dapat terjadi karena
adanya aktifitas fosfatase yang spesifik untuk CTD sehingga mengembalikan
RNA polimerase II menjadi bentuk yang tidak mengalami fosoforilasi. Dalam
keadaan tidak mengalami fosforilasi RNA polimerase II dapat digunakan lagi
untuk proses transkripsi berikutnya.

Transkripsi gen klas III

Pembentukan Kompleks pra-inisiasi gen kelas III

Transkripsi gen kelas III (gen tRNA dan 5S rRNA) dilakukan oleh

RNA polimerase III dibantu oleh sekelompok protein yang dikenal sebagai

faktor transkripsi TFIII yang meliputi; TFIIIA, TFIIIB, dan TFIIIC serta

protein TBP.
 Mekanise transkripsi gen kelas III pertama-tama, faktor TFIIIC

menempel pada kotak A dan kotak B yang ada pada promotor internal.

Penempelan TFIIIC tersebut mendorong penempelan TFIIIB dan TBP pada

daerah sebelah hulu dari titik awal replikasi. Selanjutnya, RNA polimerase III

menempel pada daerah awal transkripsi dan siap memulai proses transkripsi.

Pada saat transkripsi dimulai RNA polimerase III menyebabkan TFIIIC

terlepas dari ikatannya dengan kotak A dan kotak B pada daerah promotor

internal, sementara TFIIIB tetap berada ditempatnya untuk memulai rangkaian

proses transkripsi berikutnya. Secara invitro kompleks ikatan TFIIIA, TFIIIB,

TFIIIC, dan RNA polimerase III tersebut dapat mendukung proses transkripsi

sampai kurang lebih 40 kali. Selama rangkaian proses tersebut, RNA

polimerase III akan berdisosiasi dan berasosiasi kembali ke dalam kompleks

protein setiap kali terjadi proses transkripsi. Sejauh ini diketahui bahwa

terminasi transkripsi gen kelas III terjadi pada suatu daerah tertentu dan tidak

melibatkan protein khusus.

RNA Pol III terdapat di dalam nukleoplasma dan sekurang-kurangnya

terdiri atas 16 subunit yang berbeda.Enzim ini menyintesis prekursor tRNA,

5S rRNA, serta berbagai snRNA dan RNA sitosolik. Transkrip pertama yang

dihasilkan dari gen-gen tRNA merupakan molekul prekursor yang akan

diproses menjadi RNA matang. Daerah kontrol transkripsi gen-gen tRNA

terletak di sebelah hilir tapak inisiasi transkripsi. Ada dua urutan yang sangat
konservatif di dalam gen tRNA, yaitu kotak A (5’- TGGCNNAGTGG – 3’)

dan kotak B (5’- GGTTCGANNCC – 3’). Kedua urutan ini juga menyandi

urutan penting di dalam tRNA sendiri, yang disebut dengan kala D (D-loop)

dan kala TΨC.Hal ini berarti bahwa urutan yang sangat konservatif di dalam

tRNA juga merupakan urutan promoter yang sangat konservatif.

Dua faktor pengikatan DNA yang kompleks telah diketahui memegang

peranan penting dalam inisiasi transkripsi tRNA oleh RNA Pol III TFIIIC

mengikat baik kotak A maupun kotak B di dalam promoter tRNA. Sementara

itu, TFIIIB mengikat daerah sejauh 50 pb ke arah hulu dari kotak A. TFIIIB

terdiri atas tiga subunit, yang salah satu di antaranya adalah TBP, suatu faktor

inisiasi umum yang diperlukan oleh ketiga RNA polimerase. Subunit yang

kedua dan ketiga masing-masing dinamakan BRF dan B’’.Faktor TFIIIB tidak

memiliki spesifisitas urutan sehingga tempat pengikatannya bergantung

kepada posisi pengikatan TFIIIC pada DNA.TFIIIB memungkinkan RNA Pol

III untuk melakukan inisiasi transkripsi.Begitu TFIIIB terikat, TFIIIC dapat

dikeluarkan tanpa mempengaruhi transkripsi.Oleh karena itu, TFIIIC dapat

dilihat sebagai faktor perakitan untuk penempatan faktor inisiasi TFIIIB.

RNA Pol III mentranskripsi gen 5S rRNA, yang merupakan satu-

satunya subunit rRNA yang ditranskripsi secara terpisah. Seperti halnya gen-

gen rRNA lainnya yang ditranskripsi oleh RNA Pol I, gen-gen 5S rRNA

tersusun secara tandem (berurutan) di dalam suatu rumpun gen. Pada manusia
terdapat suatu rumpun yang berisi sekitar 2.000 gen. Promoter gen 5S rRNA

mengandung daerah kontrol internal yang dinamakan kotak C. Letaknya

sekitar 81 hingga 99 pb ke arah hilir dari tapak inisiasi transkripsi. Selain itu,

terdapat juga kotak A yang berada pada posisi sekitar +50 hingga +65. Kotak

C pada promoter 5S rRNA berperan sebagai tempat pengikatan protein

spesifik, yaitu TFIIIA.TFIIIA bekerja sebagai faktor perakitan yang

memungkinkan TFIIIC berinteraksi dengan promoter 5S rRNA. Sementara

itu, kotak A akan menstabilkan pengikatan TFIIIC sehingga faktor ini

berikatan dengan DNA pada posisi yang relatif sama dengan posisi pengikatan

pada promoter tRNA. Begitu TFIIIC terikat pada DNA, TFIIIB dapat

berinteraksi dengan kompleks pengikatan tersebut dan memungkinkan RNA

Pol III untuk melakukan inisiasi transkripsi.

Banyak gen yang ditranskripsi oleh RNAs Pol III bergantung kepada

urutan hulu untuk regulasi transkripsinya. Beberapa promoter seperti U6

snRNA dan gen-gen RNA kecil dari virus Epstein-Barr hanya menggunakan

urutan regulator yang letaknya di sebelah hulu dari tapak inisiasi

transkripsinya. Daerah penyandi U6 snRNA mempunyai sebuah kotak A yang

khas. Akan tetapi, urutan ini tidak diperlukan untuk transkripsi.Daerah hulu

pada U6 snRNA mengandung urutan khas promoter RNA Pol II, yang

meliputi kotak TATA pada posisi -30 hingga -23. Promoter ini juga memiliki

beberapa urutan di daerah hulu sebagai tempat pengikatan faktor transkripsi

lainnya seperti pada kebanyakan gen U RNA yang ditranskripsi oleh RNA Pol

II. Hal ini mendukung pendapat bahwa faktor-faktor transkripsi umum dapat

mengatur gen-gen yang ditranskripsi baik oleh RNA Pol II maupun oleh RNA

Pol III.

Terminasi transkripsi oleh RNA Pol III nampaknya hanya memerlukan

pengenalan polimerase berupa urutan nukleotida sederhana.Urutan ini terdiri

atas sekelompok residu dA yang efisiensi terminasinya dipengaruhi oleh

urutan di sekitarnya. Urutan 5’- GCAAAAGC – 3’ merupakan sinyal

terminasi yang efisien untuk gen 5S rRNA pada Xenopus borealis.

Transkripsi gen kelas I

Transkripsi gen kelas I dilakukan oleh RNA polimerase I. proses

transkripsi gen kelas I juga dimulai dengan pembentukan kompleks pra

inisiasi yang dilakukan oleh RNA polimerase I dan dua faktor transkripsi

yaitu SL1 dan UBF (Upstream binding factor). SL1 merupakan faktor

transkripsi yang mempunyai spesifisitas untuk suatu species, artinya dapat

membedakan antara promotor gen pada manusia dan promotor gen pada

hewan. Faktor SL1 diketahui berperan dalam penyusunan kompleks pra

inisiasi RNA polimerase 1.Spesifisitas SL1 terhadap suatu promotor dibantu

oleh elemen promotor utama (core promoter elemen).

 Transkripsi gen kelas I dimulai dari daerah promotor antara dan

berakhir pada sisi sebelah hulu promotor utama. Hal ini dimaksudkan untuk

mengantarkan molekul RNA polimerase I dalam jumlah besar kesisi inisiasi.

Secara rinci mekanisme inisiasi transkripsi gen kelas I sampai saat ini belum

diketahui secara jelas. Selain faktor SL1 inisiasi transkripsi gen kelas I juga

memerlukan faktor transkripsi UBF. Faktor UBF inilah yang menempel pada

daerah promotor gen rRNA secara langsung dan bukan RNA polimerase I.

hasil penelitian menunjukan bahwa faktor SL1 yang berasal dari manusia

tidak berikatan langsung pada DNA sedangkan SL1 yang berasal dari mencit

dapat menempel pada promotor gen rRNA mencit sehingga faktor faktor

transkripsi SL1 yang berasal dari manusia hanya aktif terhadap promotor

manusia sedangkan SL1 mencit juga aktif pada promotor mencit. Sebaliknya,

faktor transkripsi UBF yang berasal dari manusia dapat menggantikan fungsi

UBF dari mencit dan sebaliknya.

RNA Pol I bertanggung jawab dalam sintesis rRNA secara terus-

menerus selama interfase. Sel manusia mengandung lima rumpun (cluster)

gen penyandi rRNA yang terdiri atas sekitar 40 salinan dan terletak pada

kromosom-kromosom yang berbeda. Masing-masing gen rRNA menghasilkan

transkrip 45S rRNA yang panjangnya lebih kurang 13.000 nukleotida (nt).

Transkrip ini akan terbagi menjadi sebuah 28S (5.000 nt), 18S (2.000 nt), dan

5,8S (160 nt) rRNA. Transkripsi salinan gen-gen rRNA secara

berkesinambungan diperlukan untuk mencukupi produksi rRNA yang

selanjutnya akan dikemas ke dalam ribosom.

Masing-masing rumpun gen rRNA dikenal sebagai daerah pengatur

nukleolar (nucleolar organizer region) karena nukleolus mengandung kala

(loop) DNA berukuran besar yang sesuai dengan rumpun-rumpun gen

tersebut. Setelah sebuah sel dihasilkan dari mitosis, sintesis rRNA akan

dimulai kembali dan nukleoli yang kecil akan muncul pada lokasi

kromosomal yang ditempati oleh gen-gen rRNA. Selama sintesis rRNA

berlangsung aktif, transkrip pra-rRNA dikemas di sepanjang gen-gen rRNA

dan jika divisualisasikan menggunakan mikroskop elektron akan nampak

sebagai ’struktur pohon natal’. Di dalam struktur ini transkrip-transkrip RNA

dikemas dengan rapat di sepanjang molekul DNA dan masing-masing muncul

tegak lurus dari DNA.Transkrip yang pendek dapat dilihat pada bagian awal

gen tersebut. Transkrip akan makin bertambah panjang pada bagian-bagian

berikutnya untuk kemudian menghilang ketika mencapai ujung unit

transkripsi.

Promoter-promoter gen pra-rRNA pada mamalia mempunyai suatu

daerah kontrol transkripsi bipartit, yang terdiri atas elemen inti atau core

element dan elemen kontrol hulu atau upstream control element (UCE).

Elemen inti meliputi tapak awal transkripsi dan terbentang dari posisi -31

hingga +6, yang merupakan urutan esensial untuk transkripsi. Sementara itu,
UCE mempunyai panjang sekitar 50 hingga 80 pb yang dimulai dari posisi -

100. UCE bertanggung jawab untuk peningkatan transkripsi sekitar 10 hingga

100 kali bila dibandingkan dengan laju transkripsi oleh elemen inti saja.

UCE akan berikatan dengan suatu protein spesifik pengikat DNA,

yang disebut dengan faktor pengikatan hulu atau upstream binding factor

(UBF). Selain dengan UCE, UBF juga berikatan dengan suatu urutan di

sebelah hulu elemen inti.Kedua urutan yang berikatan dengan UBF tersebut

tidak mempunyai kesamaan yang nyata.Sebuah molekul UBF diduga

mengikat UCE, sedangkan sebuah molekul UBF lainnya mengikat urutan

yang kedua. Selanjutnya, kedua molekul UBF akan saling berikatan melalui

interaksi protein-protein sehingga terbentuk struktur kala (loop) pada segmen

DNA di antara kedua tempat pengikatan tersebut.

Selain UBF, terdapat faktor lain yang esensial untuk transkripsi RNA

Pol I. Faktor ini adalah faktor selektivitas atau selectivity factor (SL1), yang

akan berikatan dengan kompleks UBF-DNA dan kemudian menstabilkannya.

SL1 berinteraksi dengan bagian hilir elemen inti yang bebas.Pengikatan

kompleks UBF-DNA oleh SL1 memungkinkan RNA Pol I untuk memasuki

kompleks tersebut dan melakukan inisiasi transkripsi.

Saat ini SL1 telah diketahui mengandung beberapa subunit, antara lain

berupa suatu protein yang dinamakan protein pengikat TATA atau TATA-
binding protein (TBP). TBP diperlukan untuk inisiasi ketiga RNA polimerase

eukariot, dan nampaknya merupakan faktor penting dalam transkripsi

eukariot.Ketiga subunit SL1 lainnya dikenal sebagai faktor-faktor yang

berasosiasi dengan TBP atau TBP-associated factors (TAFs), dan di antara

subunit tersebut yang diperlukan untuk transkripsi RNA Pol I dinamakan

TAF1s.

Pada Acanthamoeba, suatu eukariot sederhana, terdapat elemen

kontrol tunggal di daerah promoter gen rRNA yang terletak sekitar 12 hingga

72 pb ke arah hulu dari titik awal transkripsi. Tempat ini akan diikat oleh

faktor TIF-1, yang homolog dengan SL1. Dengan pengikatan ini RNA Pol I

akan dapat melakukan inisiasi transkripsi. Pada waktu RNA Pol I bergerak di

sepanjang molekul DNA, faktor TIF-1 tetap terikat pada tempat semula

sehingga memungkinkan terjadinya inisiasi transkripsi oleh RNA Pol I yang

lain, dan beberapa putaran transkripsi dapat berlangsung.Oleh karena itu,

mekanisme ini dapat dilihat sebagai sistem kontrol transkripsi yang sangat

sederhana. Di sisi lain, untuk vertebrata nampaknya terdapat suatu UBF

tambahan yang bertanggung jawab atas pengikatan promoter oleh SL1 secara

spesifik.

Terdapat 3 produk hasil transkripsi pada eukariot antara lain :

 1. RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA.

Enzim ini terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap α-amanitin.

2. RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi

protein dan beberapa gen RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di

dalam nukleoplasma dan sangat sensitif terhadap α-amanitin.

3. RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S

rRNA, U6 snRNA dan beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di

dalam nukleoplasma dan agak sensitif terhadap α-amanitin.

b. Mekanisme Transkripsi Pada Prokariotik

Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida

yang terdapat pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu
untaian DNA yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkrip RNA).
Urutan nukleotida pada transkrip RNA bersifat komplementer dengan urutan
DNA cetakan/template, tetapi identik dengan urutan nukleotida DNA pada
untaian pengkode/coding DNA.
a. Inisiasi
Insisiasi meliputi empat langkah yaitu:1) pembentukan kompleks
promoter tertutup, 2) pembentukan kompleks promoter terbuka, 3)
penggabungan beberapa nukleotida awal sekiar 10 nukleotida, 4) perubahan
konformasi RNA polimerase karena sub unit alfa dilepaskan dari kompleks
holoenzim. Sub unit alfa tersebut selajutnya digunakan lagi dalam proses
insisasi transkripsi selanjutnya. Bagian DNA yang terbuka setelah RNA
polimerase menempel biasanya terjadi pada daerah sekitar -9 sampai +3
sehingga menjadi struktur untai tunggal. Bagian DNA yang berikatan dengan
DNA polimerase membentuk suatu struktur gelembung transkripsi
 (transcription bubble) sepanjang lebih kurang 17 pasangan basa. Setelah
struktur promoter terbuka secara stabil, maka selanjutnya RNA polimerase
melakukan proses inisiasi transkripsi dengan mengunakan urutan DNA
cetakan sebagai panduannya. Dalam proses transkripsi, nukleotida RNA
digabungkan sehingga membentuk transkrip RNA. Subunit alfa mempunyai
peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak mempercepat laju
pertambahan untaian RNA. Proses inisiasi transkripsi merupakan proses yang
menentukan laju transkripsi. Setelah proses inisiasi transkripsi terjadi,
selanjutnya sub unit alfa terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan lagi oleh
enzim inti RNA polimerase yang lain.
b. Elongasi/proses pemanjangan transkrip
Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA
membentuk hibrid dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12
nukleotida. Hibrid RNA-DNA ini bersifat sementara sebab setelah RNA
polimerasenya berjalan, maka hibrid tersebut akan terlepas dan bagian DNA
yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. RNA polimerase akan
berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan proses
pemanjangan/elongation untaian RNA. Laju pemanjangan maksimum
molekul transkrip antara 30 sampai 60 nukleotida per detik meskipun laju
rata-ratanya lebih rendah dari nilai ini. Secara umum berdasarkan atas nilai
laju semacam ini suatu gen yang mengkode protein akan disalin menjadi RNA
dalam waktu sekitar satu menit. Meskipun demikian, laju pemanjangan
transkrip dapat menjadi sangat rendah (sekitar 0,1 nukleotida perdetik) jika
RNA polimerase melewati sisi jeda yang biasanya banyak mengandung basa
GC. Dalam pemanajngan transkrip nukleotida ditambahkan secara kovalen
pada ujung 3’ molekul RNA yang baru terbenuk. Nukleotida RNA yang
ditambahkan tersebut bersifat komplementer dengan nukleotida pada untaian
DNA cetakan .
 Dalam proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan
mengenai perubahan topologi DNA. Hipotesis pertama menyatakan bahwa
enzim RNA polimerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang
perjalanannya. Dengan cara demikian maka dapat dihindari terjadinya
pelintiran pada struktur DNA, tetapi untaian RNA hasil transkripsinya akan
melintir sepanjang untaian DNA. Sebaliknya hipotesis kedua, menyatakan
bahwa enzim RNA polimerase bergerak lurus sepanjang untaian DNA
sehingga RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian
DNA yang ditranskripsi harus mengalami puntiran. Untaian DNA yang ada di
depan RNA polimerase akan membuka sedangkan DNA yang berada
dibelakangnya akan memuntir kembali untuk menutup.
Dalam proses pemanjangan transkrip RNA, demikian juga pada proses
inisiasi sintesis RNA, terjadi pembentukan ikatan fosfodisester antara
nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida berikutnya. Pembentukan ikatan
fosfodiester tersebut, ditentukan oleh keberadaan sub unit beta pada RNA
polimerase. Transkripsi akan berakhir pada saat RNA polimerase mencapai
ujung gen yang disebut terminator.
c. Pengakhiran /terminasi transkripsi pada prokariot

Pada bakteri E. Coli ada dua macam terminator, yaitu: 1) terminator yang
tidak tergantung pada protein rho (rho dependent terminator), 2) terminator
yang tergantung pada protein rho (rho-independent terminator). Protein Rho:
Enzim ini mempunyai aktivitas RNA-DNA helikase, untuk aktivitasnya
membutuhkan ATP, mungkin berfungsi untuk merusak/mengganggu hibrid
RNA-DNA. ATP dihidrolisa oleh protein Rho pada terminasi.
1. Pengakhiran transkripsi yang tidak tergantung pada fakto rho
Pengakhiran transkripsi yang tidak tergantung pada faktor rho
dilakukan tanpa harus melibatkan suatu protein khusus, melainkan ditentukan
oleh adanya sustu urutan nukleotida tertentu pada bagian terminator. Sinyal
yang akan mengkhiri transkripsi dengan mekanisme semacam ini ditentukan
oleh daerah yang banyak mengandung urutan GC yang dapat membentuk
struktur batang dan lengkung (stem and loop) pada RNA dengan panjang
sekitar 20 basa disebelah hulu dari ujung 3’ OH dan diikut oleh rangkaian 4-8
residu uridin berturutan. Struktur batang lengkung tersebut menyebabkan
RNA polimerase berhenti dan merusak bagian dari hibrid RNA-DNA. Bagian
sisa hibrid RNA-DNA tersebut berupa urutan oligo rU yang tiada cukup stabil
berpasnagan dengan dA. Akibatnya ujung 3’ hibrid tersebut akan terlepas
sehingga transkripsi berakhir.
Eksperimen yang dilakukan Peggy Franham dan Terry Platt
menunjukkan bahwa pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan faktor rho
mempunyai dua ciri utama yaitu: 1) lengkungan, 2) adanya rangkaian basa T
pada untaian DNA bukan cetakan/nontemplate strand sehingga terbentuk
pasangan basa yang lemah antara rU-dA yang menahan transkrip RNA pada
untaian DAN cetakan. Pada waktu lenkungan RNA terbentuk, maka RNA
polimerase berhenti dan ikatan basa yang lemah menyebabkan RNA yang
baru terbentuk akan terlepas.

2. Pengakhiran transkripsi yang tergantung pada faktor Rho

Mekanisme pengakhiran transkripsi semacam ini memerluka

protein rho, hanya terjadi pada daerah jeda yang terletak pada jarak tertentu
dari promoter. Dengan demikian jika ada daereh jeda yang terletak pada
jarak tertentu dari promoter, tidak dapat berfungsi sebagai daerah
pengakhiran transkipsi. Terminator yang tergantung pada rho terdiri atas
suatu urutan berulang balik yang dapat membentuk lengkungan loop tetapi
tidak ada rangkaian basa T seperti pada daerah terminator yang tidak
melibatkan faktor rho.
 Faktor rho diduga ikut terikat pada proses transkrip dan mengikuti
pergerakan RNA polimerase sampai akhirnya RNA polimerase berhenti
pada daerah terminator yaitu sesaat setelah menyintesis lengkungan RNA.
Selanjutnya faktor rho menyebabkan destabilisasi ikatan RNA-DNA
sehingga transkrip RNA terlepas dari cetakan (Yuwono, 2005).

Secara umum mekanisme dasar transkripsi pada eukariot serupa

dengan yang terjadi pada prokariot, yaitu memerlukan DNA cetakan, DNA
polimerase, NTP ribonukleotida serta molekul protein regulator.
Transkripsi pada eukariot juga berlangsung dengan diawali proses inisiasi
transkripsi kemudian dilanjutkan dengan pemanjangan transkrip, dan
berhenti pada saat DNA polimerase mencapai daerah terminator. Meskipun
demikian ada banyak perbedaan fundamental antara sistem transkipsi
prokariot dengan transkripsi pada eukariot.

Berbeda halnya dari organisasi gen pada prokariot yang ada

umumnya bersifat polisistronik, gen-gen pada jasad eukariot bersifat
monosistronik, artinya satu transkrip yang dihasilkan hanya mengkode atau
macam produk ekspresi. Pada jasad eukariot tidak dikenal adanya sistem
operon karena satu gen struktural dikendalikan oleh satu promoter. Gen-
gen eukariot tersebar pada beberapa kromosom. Hal ini berbeda dari
organisasi gen prokariot yang umumnya hanya terdapat dalam satu unit
bahan genetik utama. Banyak gen eukaryot yang bagian strukturalnya
berselang seling antara sekuens yang mengkode suatu urutan spesifik
(ekson), dan sekuens yang tidak mengkode urutan spesifik (intron).

Secara genetis jasad eukaryot yang paling sederhana mempunyai

organisasi gen yang lebih kompleks dibandingkan prokaryot. Tidak seperti
pada prokariot pada jasad eukariot terdapat tiga macam RNA polimerase
 yang bertanggungjawab di dalam proses transkripsi tiga kelas gen. Pada
eukariot dapat dibedakan tiga kelas gen yaitu: 1) gen kelas I (ditranskripsi
oleh RNA polimerae I) meliputi gen-gen yang mengkode 18S RNA dan
28S rRNA dan 5,8S rRNA; 2) gen kelas II (ditranskipsi oleh RNA
polimerase II) meliputi semua gen yang mengkode protein dan beberapa
RNA berukuran kecil yang terdapat di dalam nukleus; 3) gen kelas III
(ditranskripsi oleh RNA polimerase III) meliputi gen-gen yang mengkode
tRNA, 5S rRNA, dan beberapa RNA kecil yang ada di dalam nukleus.
Perbedaan kelas gen tersebut mempunyai implikasi dalam hal struktur gen.
Corebima (2002) menyatakan secara opeasional kajian transkripsi pada
makhluk hidup eukariotik ini adalah yang dikatalisasi oleh enzim RNA
polimerase I, II, III. Russel (1992) dalam Corebima (2002) menyatakan
RNA polimerisasi I hanya mengkatalisasi transkripsi unit-unit transkripsi
RNA r precursor.
7. Karakteristik Kimiawi Sintesis RNA
a. Prekusor untuk sintesis RNA adalah empat macam ribonukleotida yaitu
5’-trifosfat ATP,GTP, CTP, dan UTP (Pada RNA tidak ada thymine).
b. Reaksi polimerisasi RNA pada prinsipnya sama dengan polimerisasi
DNA, yaitu dengan arah 5’-3’.
c. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh cetakannya, yaitu
urutan DNA yang ditranskripsi. Nukleotida RNA yang digabungkan
adalah nukleotida yang komplementer dengan cetakannya. Sebagai
contoh, jika urutan DNA yang ditranskripsi adalah ATG, maka urutan
nukleotida RNA yang digabungkan adalah UAC.
d. Molekul DNA yang ditranskripsi adalah molekul untai-ganda, tetapi
yang berperan sebagai cetakan hanya salah satu untaiannya.
e. Hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal
 Skema dasar transkripsi diperlihatkan sebagai berikut

8. Regulasi Positif Dan Negatif Operan Lac Pada Ekspresi Gen Prokariotik
1. Pengendalian Negatif Operon Lac.

a. Tanpa laktosa : represi ekspresi gen Pengendalian operon laktosa secara

negatif dilakukan oleh protein repressor yang dikode oleh gen Lac I.Repressor
LacI adalah suatu protein tetra merik yang tersusun atas empat polipeptida
yang identik. Represor ini menempel pada daerah operator (Lac O) yang
terletak disebelah hilir dari promoter. Operator lac berukuran sekitar 28
pasangan basa. Penempelan semacam ini menyebabkan RNA Polimerase
tidak dapat melakukan transkripsi gen-gen struktural Lac Z, Lac Y, Lac A.
Sehingga operon laktosa dikatakan mengalami represi.Proses penekanan atau
represi semacam ini akan terjadi terus menerus selama tidak ada laktosa dalam
sel. Inilah yang disebut mekanisme efisiensi selular karena sel tak perlu
mengaktifkan operon laktosa jika memang tidak ada laktosa sehingga energi
selularnya dapat dihemat.
 b. Ada laktosa : derepresi ekspresi gen Eksperesi gen didahului oleh proses
pengaktifan operon laktosa.Proses pengaktifan operon laktosa disebut sebagai
proses induksi. Induksi operon laktosa dapat terjadi jika ada laktosa di dalam
sel. Laktosa yang ada di dalam medium pertumbuhan diangkut ke dalam sel
dengan menggunakan enzim permease galaktosida. Operon laktosa tidak
sepenuhnya ketat karena di dalam sel sel selalu ada produk ekspresi operon ini
meskipun pada aras paling dasar ( basal level). Oleh karena itu, meskipun
belum ada induksi sepenuhnya, di dalam sel sudah ada produk enzim
permease galaktosida. Enzim inilah yang akan mengangkut laktosa ke dalam
sel. Demikian pula halnya dengan enzim β- galaktosidase di dalam sel yang
selalu ada dalam jumlah yang terbatas, meskipun belum ada induksi
sepenuhnya, sehingga dapat mengubah laktosa menjadi allolaktosa. Page 1
Regulasi Ekspresi Gen Allolaktosa inilah yang sesungguhnya menjadi induser
untuk mengaktifkan operon laktosa. Allolaktosa adalah suatu isomer yang
terbentuk dari laktosa , mendepresi operon dengan cara menginaktifkan
repressor. Dengan cara ini, enzim untuk metabolisme terinduksi atau
transkripsi berjalan. Di bawah ini diberikan gambar skema pola regulasi
ekspresi operon Lac pada Eschericaia coli.

2. Pengendalian positif

Pengaturan gen diartikan sebagai positif hanya ketika suatu molekul aktivator
berinteraksi langsung dengan genom untuk mengubah transkripsi ke keadaan on.
Selain dikendalikan secara negatif, operon lac juga dikendalikan secara positif.
Dalam sistem semacam ini operon Lac diaktifkan kembali setelah sebelumnya
ditekan sampai aras yang paling dasar (basal level). Pengendaliaan ini memberikan
keuntungan bagi sel karena operon laktosa tetap dalam keadaan non-aktif selama
masih tersedia glukosa dalam jumlah yang banyak. Dalam kasus operon lac,
penghilangan represor dari operator tidak cukup untuk mengaktifkan operon
tersebut sehingga diperlukan suatu sistem yang bekerja secara positif
 (mempercepat) proses pengaktifan operon. Pada saat E.coli ditumbuhkan dalam
medium yang mengandung dua macam sumber karbon yang berbeda, yaitu
glukosa dan galaktosa, maka sel tidak perlu mengaktifkan operon laktosa jika
dalam sel masih tersedia glukosa.

Represi katabolit pada operon Lac dilakukan melalui protein regulator yang
dikenal sebagai CAP (catabolite activator protein) dan suatu molekul efektor yaitu
cAMP. Pada saat konsentrasi cAMP meningkat, yaitu pada saat konsentrasi
glukosa rendah, maka cAMP akan berikatan dengan CAP dan mengaktifkan
operon lac. Operon lac mempunyai dua sisi pengikatan yang berbeda, yaitu sisi
pengikatan untuk RNA polimerase dan sisi pengikatan untuk kompleks CAP-
cAMP. Kompleks CAP- cAMP terikat pada promoter lac, pengikatan kompleks
CAP-cAMP pada promoter membantu RNA polimerase untuk terikat pada
promoter. Pengikatan CAP-cAMP pada promoter membentuk kompleks tertutup
yang selanjutnya mekjadi kompleks terbuka yang siap melakukan transkripsi.

9. Regulasi Pengendalian Ekspresi Gen Pada Eukariotik

Mekanisme regulasi transkripsi pada prokariot terbagi ke dalam dua kategori
umum:

1. Mekanisme yang melibatkan laju turn-on dan turn-off ekspresi gen sebagai respon
pada perubahan lingkungan. Mekanisme pengaturan ini penting pada
mikroorganisme karena organisme ini sering terpapar perubahan lingkungan yang
mendadak. Hal itu memberikan mikroorganisme cukup banyak "Plastisitas” atau
kemampuan untuk menyesuaikan proses metabolisme mereka dengan cepat agar
mencapai pertumbuhan maksimal dan reproduksi di bawah berbagai kondisi
lingkungan.

2. Mekanisme yang disebut sirkuit terprogram ekspresi gen. dalam kasus ini, berapa
peristiwa memicu ekspresi satu set gen. Produk dari satu atau lebih fungsi gen ini
dengan mematikan transkripsi dari rangkaian gen pertama atau menyalakan
 transkripsi gen pada set kedua. Kemudian, satu atau lebih produk dari set kedua
bertindak dengan menyalakan transkripsi pada set ketiga dan seterusnya. dalam
kasus ini, ekspresi sekuensial gen adalah diprogram secara genetis dan gen
biasanya tidak dapat dinyalakan di luar sekuens.

10. Regulasi Ekspresi Gen Pasca Transkripsi

Regulasi ekspresi gen berjalan pada berbagai tingkatan, mulai dari tingkat gen
sampai tingkat jaringan. Regulasi ini berjalan sehubungan dengan proses
diferensiasi sel, dalam rangka pembentukan berbagai jaringan dan organ, dan
juga berjalan karena ada kebutuhan tertentu, yang berhubungan dengan siklus
biologi (Jusuf, 2003).

a. Regulasi Ekspresi pada Tingkat Transkripsi

Penggulungan dan pengudaran gulungan DNA pada kromosom
memberikan arahan penentuan gen-gen mana yang akan diekspresikan dan gen
mana yang tidak akan diekspresikan. Namun demikian masih ada sistem
berikutnya yang mengatur berjalannya proses ekspresi. Hanya sebagian kecil
gen-gen pada sel tipikal pada tanaman dan hewan yang diekspresikan yaitu gen-
gen yang diperlukan untuk fungsi yang telah terspesialisasi. Namun gen-gen
yang produknya secara rutin dimanfaatkan oleh semua sel, seperti glikolisis, akan
selalu dalam keadaan terekspresi setiap saat.
Pada eukariot tidak dikenal adanya operon seperti yang terdapat pada prokariot,
tiap gen mempunyai promotor dan terminator masing-masing. Pada eukariot
terdapat lebih banyak protein dan lebih banyak ruas DNA yang terlibat dalam
regulasi, protein-protein ini disebut faktor transkripsi. Lebih lanjut pada eukariot
protein-protein tersebut kelihatan lebih banyak yang berperan sebagai aktivator
ketimbang sebagai represor. Aktivator pada aktivitasnya akan berinteraksi
dengan ruas-ruas DNA yang disebut ruas pemacu (enchancer). Berbeda dengan
operator prokariot, ruas pemacu mempunyai jarak yang cukup jauh dari
promotor, mungkin berada di sebelah hilir atau sebelah hulu dari gen. Aktivator
 mungkin juga berinteraksi dengan protein yang lain, ramuan besar dari protein
ini meningkatkan ketepatan penempelan transkriptase pada promotor dan inisiasi
transkripsi. Beberapa ruas pemicu ikut terlibat dalam proses regulasi. Faktor
transkripsi lainnya yaitu represor berperan menghambat atau mencegah
terjadinya transkripsi. Proses kerjanya mirip dengan aktivator, yaitu berinteraksi
dengan ruas pengendali yang disebut silencer, dan mencegah transkriptase
melakukan inisiasi transkripsi.
Pada eukariot sering terdapat gen-gen penyandi enzim untuk lintasan
metabolisme yang sama terdapat secara tepencar pada berbagai kromosom.
Koordinasi ekspresi gen kelihatannya sangat bergantung pada asosiasi antara
ruas-ruas pemacu dengan gen-gen yang terpencar tersebut. Sejumlah faktor
translasi yang mengenali runtutan basa dari ruas tersebut akan menempel pada
ruas-ruas tersebut dan secara serempak menjalankan transkripsi dari gen-gen
tersebut (Jusuf, 2003).
b. Regulasi Tingkat Pasca transkripsi
Struktur mRNA eukariot tidak sama dengan RNA prokariotik. Pada hnRNA
sebagai molekul hasil transkripsi terdapat ruang intron dan ekson. Bagian intron
akan dipotong dan hanya bagian eksonnya yang dipertahankan untuk membentuk
membentuk mRNA. Pemilihan ruas intron dan ekson dapat merupakan salah satu
cara regulasi. Dengan cara memilih ruas hnRNA mana yang akan diambil
(sebagai ekson) atau akan dibuang (sebagai intron), maka dari satu ruas gen yang
sama dapat disandikan dua jenis mRNA atau polipepetida.
Sebagai contoh pada tikus, enzim amilase yang dihasilkan oleh kelenjar ludah
dengan yang dihasilkan pada hati. Pada lalat buah, perbedaan antara lalat jantan
dan betina ditentukan oleh gugus protein, yang satu khas pada jantan dan yang
lain pada betina. Kedua protein ini disandikan oleh gen yang sama, yang berbeda
hanya pada cara pemilihan intron dan eksonnya

11. Mekanisme Translasi

 Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida atau kodon yang
ada pada molekul mRNA menjadi rangkaian asam amino yang menyusun sesuatu
polipeptida atau protein. Translasi hanya terjadi pada molekul mRNA, sedangkan
rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA yang merupakan salinan urutan
DNA menyusun suatu gen dalam bentuk kerangka baca terbuka. Proses translasi
berupa penterjemahan kodon atau urutan nukleotida yang terdiri atas 3 nukleotida
berurutan yang mengkode suatu asam amino tertentu. Kodon pada mRNAakan
berpasangan dengan antikodon yang ada pada tRNA. Setiap tRNA mempunyai
antikodon yang spesifik. Tiga nukleotida di antikodon tRNA saling berpasangan
dengan tiga nukleotida dalam kodon mRNA mengkode asam amino tertentu.
Proses translasi dibagi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu
inisiasi, elongasi, dan terminasi. Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor
protein yang membantu mRNA, tRNA, dan ribosom selama proses translasi.
Inisiasi dan elongasi rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi
ini disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan
ATP.

1. Inisiasi

Tahap inisiasi terjadi karena adanya tiga komponen yaitu mRNA, sebuah
tRNA yang memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit
ribosom.mRNA yang keluar dari nukleus menuju sitoplasma didatangi oleh
ribosom, kemudian mRNA masuk ke dalam “celah” ribosom. Ketika mRNA
masuk ke ribosom, ribosom “membaca” kodon yang masuk. Pembacaan
dilakukan untuk setiap 3 urutan basa hingga selesai seluruhnya. Sebagai
catatan ribosom yang datang untuk mebaca kodon biasanya tidak hanya satu,
melainkan beberapa ribosom yang dikenal sebagai polisom membentuk
rangkaian mirip tusuk satu, di mana tusuknya adalah “mRNA” dan daging
adalah “ribosomnya”. Dengan demikian, proses pembacaan kodon dapat
berlangsung secara berurutan. Ketika kodon I terbaca ribosom (misal
 kodonnya AUG), tRNA yang membawa antikodon UAC dan asam amino
metionin datang. tRNA masuk ke celah ribosom.Ribosom di sini berfungsi
untuk memudahkan perlekatan yang spesifik antara antikodon tRNA dengan
kodon mRNA selama sintesis protein. Sub unit ribosom dibangun oleh
protein-protein dan molekul-molekul RNA ribosomal.

2. Elongasi

Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino-asam amino ditambahkan

satu per satu pada asam amino pertama (metionin). Ribosom terus bergeser
agar mRNA lebih masuk, guna membaca kodon II. Misalnya kodon II UCA,
yang segera diterjemahkan oleh tRNA berarti kodon AGU sambil membawa
asam amino serine. Di dalam ribosom, metionin yang pertama kali masuk
dirangkaikan dengan serine membentuk dipeptida.Ribosom terus bergeser,
membaca kodon III. Misalkan kodon III GAG, segera diterjemahkan oleh
antikodon CUC sambil membawa asam amino glisin. tRNA tersebut masuk ke
ribosom. Asam amino glisin dirangkaikan dengan dipeptida yang telah
terbentuk sehingga membentuk tripeptida. Demikian seterusnya proses
pembacaan kode genetika itu berlangsung di dalam ribobom, yang
diterjemahkan ke dalam bentuk asam amino guna dirangkai menjadi
polipeptida.Kodon mRNA pada ribosom membentuk ikatan hidrogen dengan
antikodon molekul tRNA yang baru masuk yang membawa asam amino yang
tepat. Molekul mRNA yang telah melepaskan asam amino akan kembali ke
sitoplasma untuk mengulangi kembali pengangkutan asam amino. Molekul
rRNA dari sub unit ribosom besar berfungsi sebagai enzim, yaitu
mengkatalisis pembentukan ikatan peptida yang menggabungkan polipeptida
yang memanjang ke asam amino yang baru tiba.

3. Terminasi

Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga kodon

stop mencapai ribosom. Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, dan
 UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino melainkan bertindak
sinyal untuk menghentikan translasi. Polipeptida yang dibentuk kemudian
“diproses” menjadi protein.
12. Regulasi Ekspresi Gen Pasca Translasi

Regulasi Ekspresi Gen adalah rangkaian proses penggunaan informasi dari

suatu gen untuk sintesis produk gen fungsional. Produk-produk tersebut dapat
berupa protein, juga gen penyandi non-protein seperti transfer RNA (tRNA) atau
gen RNA intikecil (snRNA) yang mana keduanya merupakan produk RNA
fungsional.
Proses ekspresi gen digunakan oleh semua makhluk hidup termasuk
eukariota, prokariota (bakteri dan arkea),dan dimanfaatkan oleh virus untuk
menghasilkan mesin makromolekul untuk kelangsungan hidupnya. Beberapa
tahapan dalam proses ekspresi gen yaitu transkipsi penyambungan atau splicing
RNA, translasi, dan modifikasi pasca translasi dari protein. regulasi gen
memberikan control sel terhadap struktur dan fungsi,dan merupakan dasar untuk
diferensi sel,morfogenesis, keserbagunaan dan kemampuan beradaptasi dari
setiap organisme. regulasi gen juga dapat berfungsi sebagai substrat untuk
perubahan evolusioner, karena control waktu,lokasi,dan jumlah ekspresi gen
dapat memiliki efek besar pada fungsi (aksi) gen dalam sel atau dalam organisme
multiseluler.
Dalam genetika, ekspresi gen merupakan tingkat paling mendasar yang
mana genotype memunculkan fenotipe,yaitu sifat yang dapat diamati. Kode
genetic yang disimpan dalam DNA ditafsirkan oleh ekspresi gen dan sifat-sifat
ekspresi tersebut memunculkan fenotipe organisme. Fenotipe semacam itu
sering di ekspresikan oleh sintetis protein yang mengendalikan bentuk
organisme,atau yang bertindak sebagai enzim yang mengkatalisasi lintasan
metabolisme. Regulasi ekspresi gen dengan demikian penting untuk
perkembangan suatu organisme. (Yuwono.T 2011).
 DAFTAR PUSTAKA

Gardner, E, J., Michael J. Simmons, D. Peter Snustad. 1991. Principles of Genetic

Eighth Edition.

Jusuf., M. 2003. Regulasi Ekspresi Gen. IPB Press. Bogor.

Marks, D.B. 2004. Pengaturan Ekspresi Gen. Dalam Biokimia Kedokteran Dasar.
Jakarta. Buku Kedokteran EGC.

Marks B. Dawn. 2000. Biokimia Kedokteran Dasar. EGC. Jakarta

Murray, R.K. 2003. Regulasi Ekspresi Gen. Dalam Biokimia Harper. Jakarta. Buku
Kedokteran EGC.

Suharsono dan Egi Nuryadin. 2018. Biologi Sel. Tasikmalaya. LPPM Universitas
Siliwangi.

Suryo. 2008. Genetika Manusia. Yogyakarta. Gadjah Mada University Press.

Sumadi A. , 2010. Proses Ekspresi Gen Dalam Organisme Bagian I. Bandung

Yuwono Triwibowo. 2011. Biologi Molekuler. Penerbit Erlangga. Jakarta