J. Biol. Indon. Vol 6, No.

2 (2010)
ISSN 0854-4425
ISSN 0854-4425

JURNAL
JURNAL
BIOLOGI
BIOLOGI
INDONESIA
INDONESIA
Akreditasi: No 816/D/08/2009
Vol. 6, No. 2, Juni 2010
Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati Raja Ampat Papua 153
Rini Riffiani

Perubahan Tutupan Hutan Mangrove di Pantai Timur Sumatera Utara Periode 1977- 163
2006
Onrizal

Keragaman Genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz] dari Provinsi Riau 173
Berdasarkan Profil Random Amplified Polymorphic DNA
Yulita Kusumadewi, Yuyu S. Poerba, &Tukirin Partomihardjo

Laju Kehilangan dan Kondisi Terkini Habitat Baning Sulawesi (Indotestudo forstenii) di 185
Semenanjung Santigi, Sulawesi Tengah, Indonesia
Awal Riyanto, Suprayogo Soemarno dan Achmad Farajallah

Plant- β Diversity and Composition in Mount Nok and the Waifoi Forest of the Waigeo 195
Raja Ampat Islands: with Special Reference to The Threatened Species
Didik Widyatmoko

Emisi Gas Dinitrogen Oksida dari Tanah Sawah Tadah Hujan yang diberi Jerami Padi 211
dan Bahan Penghambat Nitrifikasi
A. Wihardjaka

Pengelompokan Kelelawar Pemakan Buah dan Nektar Berdasarkan Karakteristik Jenis 225
Pakan Polen di Kebun Raya Bogor, Indonesia
Sri Soegiharto, Agus P. Kartono, & Ibnu Maryanto

BOGOR, INDONESIA
 J. Biol. Indon. Vol 6, No. 2 (2010)

Jurnal Biologi Indonesia diterbitkan oleh Perhimpunan Biologi Indonesia.

Jurnal ini memuat hasil penelitian ataupun kajian yang berkaitan dengan masalah biologi
yang diterbitkan secara berkala dua kali setahun (Juni dan Desember).

Editor Pengelola

Dr. Ibnu Maryanto

Dr. I Made Sudiana
Dr. Anggoro Hadi Prasetyo
Dr. Izu Andry Fijridiyanto

Dewan Editor Ilmiah

Dr. Abinawanto, F MIPA UI

Dr. Achmad Farajalah, FMIPA IPB
Dr. Ambariyanto, F. Perikanan dan Kelautan UNDIP
Dr. Aswin Usup F. Pertanian Universitas Palangkaraya
Dr. Didik Widiyatmoko, PK Tumbuhan, Kebun Raya Cibodas-LIPI
Dr. Dwi Nugroho Wibowo, F. Biologi UNSOED
Dr. Parikesit, F. MIPA UNPAD
Prof. Dr. Mohd.Tajuddin Abdullah, Universiti Malaysia Sarawak Malaysia
Assoc. Prof. Monica Suleiman, Universiti Malaysia Sabah, Malaysia
Dr. Srihadi Agung priyono, F. Kedokteran Hewan IPB
Y. Surjadi MSc, Pusat Penelitian ICABIOGRAD
Drs. Suharjono, Pusat Penelitian Biologi-LIPI
Dr. Tri Widianto, Pusat Penelitian Limnologi-LIPI
Dr. Witjaksono Pusat Penelitian Biologi-LIPI

Alamat Redaksi
Sekretariat
Oscar efendi SSi MSi
d/a Pusat Penelitian Biologi - LIPI
Jl. Ir. H. Juanda No. 18, Bogor 16002 , Telp. (021) 8765056
Fax. (021) 8765068
Email : jbi@bogor.net
Website : http://biologi.or.id
Jurnal ini telah diakreditasi ulang dengan nilai A berdasarkan SK Kepala LIPI 816/
D/2009 tanggal 28 Agustus 2009.
J. Biol. Indon. Vol 6, No.2 (2010)

KATA PENGANTAR

Jurnal Biologi Indonesia edisi volume 6 nomer 2 tahun 2010 yaitu memuat 11
artikel lengkap dan sebuah artikel tulisan pendek. Penulis pada edisi ini sangat
beragam yaitu dari Departemen Kementerian Kehutanan, Pertanian, Fakultas MIPA
IPB, Fakultas Kehutanan IPB, Fakultas. MIPA Universitas Indonesia, Fakultas
Pertanian Universitas Sumatra Utara, Pusat Konservasi Kebun Raya Bogor, Pusat
Penelitian Limnologi-LIPI Bogor dan Pusat Penelitian Biologi LIPI Bogor. Topik
yang dibahas pada edisi ini meliputi empat topik dalam bidang Botani, dua topik
tentang mikrobiologi satu topik mengenaik hasil perombakan bakteri dan bahan
organik lainnya dan lima topik dalam bidang zoologi
Beragamnya penulis pada edisi ini yang membahas tiga topik utama yaitu
Zoologi, Botani dan Mikrobiologi diharapkan semakin banyak keragaman pembaca
dan akhir kata yang diharapkan dari editor jurnal ini akan semakin banyak penulis
yang berkeinginan membagi hasil karya penelitiannya dengan menulis ke dalam
Jurnal Biologi Indonesia.

Editor
J. Biol. Indon. Vol 6, No. 2 (2010)

UCAPAN TERIMA KASIH

Jurnal Biologi Indonesia mengucapkan terima kasih dan penghargaan kepada

para pakar yang telah turut sebagai penelaah dalam Volume 6, No 2, Juni 2010:

Dr. Niken TM. Pratiwi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan-IPB

Ir. Majariana Krisanti MSi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan-IPB
Onrizal MSi, Universitas Sumatra Utara
Dr.Tike Sartika, Balitnak, Departemen Pertania, Ciawi bogor
Dr. Dwi Astuti, Puslit Biologi-LIPI
Drs. Edi Mirmanto MSc, Puslit Biologi-LIPI
Drs. Roemantyo, Puslit Biologi-LIPI
Drs. M. Noerdjito, Puslit Biologi-LIPI
Drh. Anang S. Achmadi MSc, Puslit Biologi-LIPI
Sigit Wiantoro SSi ,MSc Puslit Biologi-LIPI
Ir. Dwi Agustiyani MSc, Puslit Biologi-LIPI

Edisi ini dibiayai oleh DIPA Puslit Biologi-LIPI 2010

 J. Biol. Indon. Vol 6, No.2 (2010)

DAFTAR ISI
Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati Raja Ampat Papua 153
Rini Riffiani

Perubahan Tutupan Hutan Mangrove di Pantai Timur Sumatera Utara Periode 1977- 163
2006
Onrizal

Keragaman Genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz] dari Provinsi Riau 173
Berdasarkan Profil Random Amplified Polymorphic DNA
Yulita Kusumadewi, Yuyu S. Poerba, &Tukirin Partomihardjo

Laju Kehilangan dan Kondisi Terkini Habitat Baning Sulawesi (Indotestudo forstenii) di 185
Semenanjung Santigi, Sulawesi Tengah, Indonesia
Awal Riyanto, Suprayogo Soemarno dan Achmad Farajallah

Plant- β Diversity and Composition in Mount Nok and the Waifoi Forest of the Waigeo 195
Raja Ampat Islands: with Special Reference to The Threatened Species
Didik Widyatmoko

Emisi Gas Dinitrogen Oksida dari Tanah Sawah Tadah Hujan yang diberi Jerami Padi 211
dan Bahan Penghambat Nitrifikasi
A. Wihardjaka

Pengelompokan Kelelawar Pemakan Buah dan Nektar Berdasarkan Karakteristik Jenis 225
Pakan Polen di Kebun Raya Bogor, Indonesia
Sri Soegiharto, Agus P. Kartono, & Ibnu Maryanto

Kemampuan Kawasan Nir-Konservasi dalam Melindungi Kelestarian Burung Endemik 237

Dataran Rendah Pulau Jawa Studi Kasus di Kabupaten Kebumen
Eko Sulistyadi

Analysis of Nutrient Requirement and Feed Efficiency Ratio of Maroon Leaf Monkey 255
(Presbytis rubicunda Mueller, 1838)
Wartika Rosa Farida

Oksidasi Nitrit Oleh Bakteri Heterotrofik Pada Kondisi Aerobik 265

Dwi Agustiyani, Ruly Marthina Kayadoe & Hartati Imamuddin

Pencirian Karbon Organik Air Sungai Citarum Hulu Dari Masukan Air Limbah 277
Penduduk dan Industri
Eko Harsono dan Sulung Nomosatryo

TULISAN PENDEK
Arti Kebun Raya Bogor Bagi Kehidupan Kumbang Sungut Panjang (Coleoptera, 289
Cerambicidae)
Woro Anggaraitoningsih Noerdjito
 Jurnal Biologi Indonesia 6(2): 153-161 (2010)

Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati Raja

Ampat Papua

Rini Riffiani

Bidang Mikrobiologi, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Jl. Jakarta – Bogor km 46, Cibinong,
Email: Rar4id@yahoo.com

ABSTRACT
Isolation of Bacteria Degrading Phenanthrene in Batanta- Salawati Districts Raja Ampat
Papua. Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are important environmental contaminants
in soil and water. These compounds have a potential risk to human health, as many of them are
carsinogenic and toxic to marine organisms such as diatome, gasthrophode, mussel, and fish.
Phenanthrene is one of the hazardous hydrocarbon compounds. The purpose of this research
was to characterize microbial strains from Batanta-Salawati Raja Ampat Papua Island and their
ability to remove phenanthrene. Two isolates were identified at their physiological characteristics
based on salinity tolerance, pH tolerance and the composition of nitrogen base. Molecular
identification based on 16S rRNA gene sequences indicated that bacteria had the highest
similarity with Rhodobacteraceae bacterium F9 and Roseobacter sp. RW 37.
Rhodobacteraceae bacterium F9 could grow optimum on ONR7a media with 5% salinity and
at pH of 5-7,5 while Roseobacter sp. RW 37 could grow optimum on ONR7a media with 2%
salinity and at pH of 6,2-7,5.

Key words: Phenanthrene, physiological characteristic, molecular identification, Raja Ampat

PENDAHULUAN perhatian dan tindakan bioremediasi yang

Berbagai kegiatan eksplorasi,
eksploitasi, transportasi melalui media
laut, sering menghasilkan kejadian
kebocoran tumpahan minyak ke
lingkungan. Tumpahan minyak di laut
telah berdampak terhadap pencemaran
multidimensi bagi makhluk hayati laut itu
sendiri, usaha perikanan, usaha
pariwisata, sampai kepada tingkat
kerusakan laut (Edwards & White 1999).
Kecelakaan tanker pengangkut minyak,
tumpahan minyak mentah dari kegiatan
eksplorasi minyak bumi sering terjadi di
perairan Indonesia, yang memerlukan
lebih optimum dengan memanfaatkan
teknologi biostimulasi dan bioaugmentasi.
Aplikasi teknologi bioremidiasi
memerlukan data dasar diversitas jenis
dan fungsi fisiologis mikroba laut. Bakteri
mampu mendegradasi bahan kimia
berbahaya dalam lingkungan menjadi air
dan gas yang tidak berbahaya (CO 2)
(Vidali 2001). Menurut Yamikov et al.
(2004), bakteri pendegradasi senyawa
hidrokarbon dalam minyak bumi banyak
ditemukan di laut. Beberapa bakteri yang
diketahui dapat mendegradasi senyawa
PAH (Polycyclic Aromatic Hydrocar-
bon) dalam minyak bumi antara lain

153
Rini Riffiani
Cycloclasticus, Marinobacter, Pseu-
domonas, dan Sphingomonas (Kasai
et al.2002). Phenanthrene merupakan
salah satu dari senyawa PAH yang
berpotensi sebagai zat karsinogen dan
bersifat racun terhadap biota laut seperti
diatom, gastropoda, remis, serta ikan
(Ouyang 2006; Sack et al. 1997).
Kepulaun Raja Ampat merupakan
kawasan tropis dengan produktivitas
ekosistem yang tinggi, yang mempunyai
peran sentral dalam menjaga ekosistem
dunia. Batanta dan Salawati merupakan
pula u yang masuk dalam wilayah
Kepulaun Raja Ampat. Kepulaun ini
terletak antara pulau Halmahera dan
Papua. Kawasan ini merupakan pulau-
pulau yang berbatasan dengan kawasan
Wallacea dan dikenal memiliki kekayaan
hayati laut sangat tinggi. Ekosistem Raja
Ampat telah mengalami perubahan
dengan adanya kegiatan penambangan,
penyelundupan kayu ilegal melalui
kepulauan Raja Ampat oleh sejumlah
kapal asing, dan ekploitasi sumber daya
perairan. Hampir 99 % mata pencaharian
warga kepulauan Raja Ampat di laut, dan
umumnya warga setempat memiliki
kendaraan laut yang menggunakan bahan
bakar minyak yang dapat mencemari
perairan laut (Kadarusman 2007). Oleh
karena itu, tujuan penelitian ini adalah
untuk mendapatkan bakteri yang dapat
mendegradasi senyawa phenanthrene di
pulau Batanta-Salawati kepulauan Papua
Raja Ampat. Diharapkan dari penelitian
ini dapat diperoleh bakteri unggulan yang
dapat digunakan sebagai landasan untuk
pengembangan teknologi bioremidiasi
hidrokarbon di lepas pantai.
154
BAHAN DAN CARA KERJA
Sampling
Sampel penelitian diambil dari
Kepulauan Raja Ampat, Papua Barat
pada tanggal 21 April-11 Mei 2008.
Kordinat geografi astronomi dari lokasi
pengambilan sampel adalah S: 00.18.865
E: 130.55.17 dan sampai S: 00.19.189 E:
130.066 (Gambar 1).
Sampel yang dikumpulkan berupa
air laut. Untuk menghindari terjadinya
degradasi jumlah bakteri dan kematian
bakteri pada sampel, dilakukan metode
pengayaan (enrichment). Media
pengayaan yang digunakan adalah
medium artificial seawater mineral salt
medium (ONR7a) yang mengandung
phenanthrene (1000 ppm). Komposisi
media ONR7a per liter: 22,79 g NaCl,
3,99 g Na2SO4, 0,72 g KCl, 83 mg NaBr,
31 mg NaHCO3, 27 mg H3BO3, 2.6 g
NaF, 0,27 g NH4Cl, 83 mg Na2HPO4 ,
1,3 g TAPSO, 11,18 g MgCl2, 1,46 g
CaCl2, 24 mg SrCl2, 2 mg FeCl2 (Sheryl
et al.1995).
Pengayaan dilakukan dengan cara
menambahkan 100 μL sampel air laut
pada tabung (PCR tube) yang telah berisi
2 ml medium enrichment secara aseptik
dan dilakukan langsung di lapangan
setelah pengambilan sampel. Sampel
kemudian disimpan pada suhu ruang 27-
280C.
Isolasi bakteri pendegradasi phenan-
threne
Bakteri pendegradasi phenanthrene
diisolasi pada medium minimum agar
ONR7a dengan menggunakan metode
sebar (spread). Medium yang telah
 Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta
Gambar 1. Lokasi pengambilan sampel
diinokulasikan kemudian disublimasi
dengan cara memanaskan senyawa
phenanthrene pada suhu optimum yaitu
100°C selama 10 menit. Kondisi
demikian menyebabkan senyawa
tersebut menguap, lalu tertangkap pada
medium yang diberi pendingin berupa
batu es (Gambar 2). Pemberian batu es
di atas medium yang telah diinokulasi
untuk mencegah mencairnya medium
agar karena terkena uap panas senyawa
phenanthrene.
Medium yang telah disublimasi
kemudian diinkubasi selama 7 hari pada
temperatur 300C. Bakteri yang dapat
mendegradasi senyawa phenanthrene
ditandai dengan terbentuknya zona
bening di sekeliling koloni.
Pemurnian Biakan Potensial Pende-
gradasi Phenanthrene
Isolat yang tumbuh dalam zona
bening kemudian diisolasi secara aseptik
dan diinokulasikan kembali ke medium
ONR7a. Kultur kemudian diinkubasi
pada suhu 30 0 C selama 24-72 jam.
Kemurnian biakan diuji dengan diino-
kulasikan kembali pada medium kaya,
yaitu marine agar. Media marine agar
mengandung 5 gr pepton, 1 gr yeast ex-
tract, 0,1 gr ferric citrate, 19,45 gr sodium
chloride, 8,8 gr MgCl, 3,24 gr sodium
sulfate, 1,88 gr calcium chloride, 0,55 pot-
tasium chloride, 0,16 gr sodium bicarbo-
nate, 15 gr agar, 34 mg stronsium chloride,
22 mg boric acid, 4 mg sodium sillicate,
2,4 mg sodium flouride, 1,6 gr ammonium
nitrat, dan 8 mg disodium phosfate.
Pengujian Konfirmasi
Pengujian konfirmasi bertujuan
untuk memastikan kemampuan biak
terseleksi dalam mendegradasi phenan-
threne. Isolat terseleksi diinokulasikan
kembali pada medium ONR7a, dan
disublimasi kembali dengan senyawa
phenanthrene. Kultur kemudian diinkubasi
pada suhu 300 C selama 24-72 jam. Pem-
bentukan zona bening pada medium
ONR7a kemudian diamati. Zona bening
yang terbentuk di sekeliling koloni
menandakan bahwa isolat tersebut mam-
pu mendegradasi senyawa phenanthrene.
Pengujian Pengaruh Salinitas dan pH
Terhadap Isolat Terpilih
Pengaruh salinitas dan pH terhadap
pertumbuhan isolat SL49 dan B29
dilakukan dengan cara menumbuhkan
kedua isolat dalam medium ONR7a
155
Rini Riffiani
Gambar 2. Teknik sublimasi untuk isolasi mikroba pendegradasi PAHs
dengan variasi salinitas (NaCl) 0%, 2%,
5%, dan 10% serta variasi pH 5, 6,2, 7,
dan 10. Kultur diinkubasi pada shaker
inkubator dengan suhu 30 0 C dan
kecepatan 100 rpm selama 4 hari.
Pengukuran pertumbuhan mikroba (OD)
dilakukan dengan spektrofotometer pada
panjang gelombang 600 nm. Pengukuran
dilakukan setiap 4 jam dan 16 jam.
Penelitian yang dilakukan menggu-
nakan rancangan acak lengkap, dengan
tiga kali ulangan. Data yang diperoleh
dianalisis dengan metode Analysis of
Varian (ANOVA) pada taraf nyata 5%
dan dilanjutkan dengan uji Duncan
dengan program SPSS versi 12.
Identifikasi dan Analisis Filoge-
netik.
Identifikasi dilakukan secara
molekular dengan 16S rDNA. Analisis
molekuler yang dilakukan berupa
ekstraksi DNA dan PCR amplifikasi,
purifikasi PCR produk dan sekuensing.
Ekstraksi DNA menggunakan intragene
matrix kit (Biorad) dilanjutkan dengan
amplifikasi. Hasil optimasi PCR diperoleh
komposisi per reaksi sebesar 25 µL
dengan menggunakan Primer 9F
(5‘GAGTTTGATCCTGGCTCG) dan
156
1510R (5‘ GGCTACCTTGTTACGA
CTT) .
Analisis DNA menggunakan
program BioEdit dan dilakukan blast
pada Bank Gen NCBI dataLibrary.
Analisis Filogenetik menggunakan
program multiple aligment Clustal X
versi 1.83. Konstruksi pohon filogenetik
berdasarkan jarak kekerabatan genetik
dengan metode Neighbor joining.
Konstruksi jarak evolusi dalam derajat
kepercayaan menggunakan bootstrap
value pada program NJ plot.
HASIL
Penapisan mikroba pendegradasi
senyawa penanthrene
Hasil isolasi bakteri pendegradasi
penanthrene menggunakan metode
sublimasi terlihat dengan terbentuknya
zona bening di sekeliling koloni. Setelah
dipurifikasi ditemukan 2 isolat, yaitu SL49
dan B29.
Pengaruh Salinitas Terhadap
Pertumbuhan Isolat Terseleksi
Hasil penelitian menunjukkan bahwa
pertumbuhan optimum bakteri SL49
terjadi pada medium dengan salinitas
(NaCl) 2% (Gambar 3A), sedangkan
 Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta
pertumbuhan isolat B29 berada pada
kisaran salinitas lebih luas dibandingkan
SL49, yaitu pada kisaran salinitas 2-10%,
dengan pertumbuhan optimum terjadi
pada salinitas (NaCl) 5% dengan setelah
diinkubasi selama 28 jam (Gambar 3B).
Berdasarkan uji statistik terjadi perbedaan
yang nyata pada pertumbuhan bakteri SL
49 dan B29 dengan perlakuan dengan
variasi salinitas pada taraf uji 0,05.
Pengaruh pH Terhadap Pertumbuhan
Isolat Terpilih
Hasil pengujian pH terhadap
pertumbuhan menunjukkan bahwa
pertumbuhan optimum bakteri SL49
terjadi pada pH normal, yaitu pada
kisaran 6,2-7,5 (Gambar 4A). Pada pH
asam (pH 5) dan pH basa (pH 10)
pertumbuhan bakteri terlihat kurang
optimal.
Pertumbuhan bakteri B29 memiliki
kisaran pH yang lebih luas dibandingkan
dengan SL49, yaitu pada kisaran 5-7,5.
Hasil tersebut menunjukkan bakteri B29
memiliki toleransi terhadap pH dan
salinitas yang lebih luas dibandingkan
bakteri SL49 (Gambar 4B). Berdasarkan
A)
Gambar 3. (A) Kurva pertumbuhan bakteri SL 49; (B) B 29 dalam medium ONR7 dengan variasi
salinitas
uji statistik terjadi perbedaan yang nyata
pada pertumbuhan bakteri SL49 dan B29
dengan perlakuan dengan variasi pH pada
taraf uji 0,05.
Identifikasi dan Analisis Filogenetik
Isolat Terpilih
Berdasarkan analisis penjajaran
urutan nukleotida parsial gen pengkode
16S rDNA menggunakan program
BLAST, bakteri dengan kode isolat B29
mempunyai tingkat kesamaan tertinggi
dengan Rhodobacteraceae bacterium
F9 dengan persentase tingkat kesamaan
100% dan urutan nukleotida yang dapat
dideteksi mencapai hingga 1026 bp.
Sedangkan bakteri dengan kode isolat SL
49 mempunyai tingkat kesamaan dengan
Roseobacter sp. RW 37 dengan tingkat
kesamaan 99% dan nukleotida yang
dapat dideteksi mencapai 910 bp.
PEMBAHASAN
Terbentuknya zona bening di
sekeliling koloni bakteri menunjukkan
bahwa koloni bakteri tersebut dapat
menggunakan senyawa phenanthrene
B)
157
Rini Riffiani
sebagai sumber karbon dan energi bagi
pertumbuhannya. Oleh karena media
ONR7a merupakan media minimum
mineral, setelah sumber karbon dari
medium digunakan untuk pertumbuhan
habis, maka bakteri akan menggunakan
senyawa kar bon aromatik yaitu
phenanthrene sebagai sumber karbon
dan energi bagi bakteri (Sheryl et al.
1995).
Menurut Iwabuchi & Harayama.
(1997), biodegradasi senyawa PAH
diawali dengan masuknya atom oksigen
(reaksi oksidasi) ke dalam inti aromatik.
Reaksi ini dikatalisis oleh multikomponen
dioksigenase. Senyawa PAH yang
teroksidasi akan membentuk prekursor
intermediet dari siklus asam sitrat.
Sebagai produk dari siklus tersebut pada
akhirnya akan terbentuk air dan karbon
dioksida.
Senyawa phenanthrene dapat
didegradasi secara sempurna oleh bakteri
menjadi air dan karbon dioksida melalui
salah satu dari dua jalur yang ada, yakni
jalur o-phthalat dan salisilat (Iwabuchi &
Harayama 1997). Kedua jalur tersebut
melalui senyawa intermediet yang sama,
yaitu 1-hydroxy-2-napthoic acid.
A)
Gambar 4 (A) Kurva pertumbuhan bakteri SL49; (B) B29 dalam medium ONR7a dengan variasi
pH
158
Bakteri Aeromonas dan Nocardioides
sp. strain KP7 mendegradasi senyawa
phenanthrene melalui jalur o-phthalat,
sedangkan bakteri Burkholderia
cepacia F297 melalui jalur salisilat
(Iwabuchi & Harayama 1997; Mrozik
et al.2002). Serangkaian reaksi yang
terjadi dalam proses biodegradasi
senyawa phenanthrene baik melalui jalur
o-phthalat maupun salisilat dapat dilihat
pada.
Menurut Anthoni (2006), NaCl
sangat mempengaruhi salinitas air laut,
karena konsentrasinya paling dominan
dibandingkan dengan senyawa lainnya.
Air laut dengan salinitas 3,5%
mengandung sekitar 85,62% NaCl,
artinya konsentrasi senyawa NaCl di
dalam air laut sebesar 3%. Oleh karena
itu, bakteri SL49 dapat tumbuh optimum
pada medium dengan salinitas (NaCl)
2%, karena konsentrasi NaCl yang
terkandung di dalamnya hampir
menyerupai habitat aslinya (air laut) yaitu
sebesar 3%.
Pertumbuhan isolat B29 berada
pada kisaran salinitas lebih luas
dibandingkan SL49, yaitu pada kisaran
salinitas 2-10%, dengan pertumbuhan
B)
 Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta

optimum terjadi pada salinitas (NaCl) 5%
dengan OD 1,396 setelah diinkubasi
selama 28 jam (Gambar 3B). Hal ini
diduga stabilitas membran, aktivitas
enzim, maupun mekanisme transpor aktif
bakteri ini tidak terganggu oleh kenaikan
konsentrasi Na+. Menurut Kogure et al.
(1991), sebagian bakteri laut memiliki
ketergantungan terhadap ion Na+ untuk
menjaga stabilitas membran, aktivitas
enzim, dan mekanisme tranpor aktif.
Pertumbuhan bakteri B29 memiliki
kisaran pH yang lebih luas dibandingkan
dengan SL49, yaitu pada kisaran 5-7,5.
Hasil tersebut menunjukkan bakteri B29
memiliki toleransi terhadap pH dan
salinitas yang lebih luas dibandingkan
bakteri SL49 (Gambar 4A dan 4B). Hal
ini menunjukkan bahwa bakteri SL49
memiliki pH optimum untuk pertumbuhan
sesuai dengan pH habitat asli dari bakteri
laut, yaitu sekitar 7-8,5 (Peter 2003).
Hasil analisis menampilkan pohon
filogeni kedua isolat bakteri tersebut dapat
dilihat pada Gambar 5. Pohon filogeni
tersebut menunjukkan bahwa B29 adalah
Rhodobacteraceae bacterium F9 dan
bakteri SL49 adalah Roseobacter sp.
RW 37 memiliki kekerabatan yang dekat.
Kedua kelompok tersebut termasuk ke
dalam kelompok α-Proteobacteria.
Mikroba laut dari kelompok Sub klas
Proteobacteria merupakan mikroba laut
terkultur yang mempunyai peran dalam
proses bioremediasi senyawa toksik
seperti senyawa PAH (Polycyclic

Gambar 5. Pohon kekerabatan 2 bakteri potensial pendegradasi phenanthrene yaitu B29

(Rhodobacteraceae bacterium F9) dan bakteri SL49 (Roseobacter sp. RW 37) dengan
kelompok luar sebagai pembanding Microbacteriaceae bacterium yang dianalisis
dengan program BioEdit. Tingkat ketelitian dendogram ditentukan melalui nilai
bootstrap dengan pengulangan 1000 kali.

159
Rini Riffiani
Aromatic Hydrocarbon) yang banyak
terdapat pada bahan bakar fosil terutama
minyak bumi (Kasai et al. 2002)
KESIMPULAN
Dua bakteri pendegradasi senyawa
phenanathrene dari kepulauan Raja
Ampat telah diisolasi, masing-masing
adalah Roseobacter sp. RW 37 dan
Rhodobacteraceae bacterium F9.
Keduanya merupakan kelompok α-
Proteobacteria. Pertumbuhan optimum
Roseobacter sp. RW 37 berlangsung
pada salinitas 2% dan pada kisaran pH
6,2-7,5 sedangkan Rhodobacteraceae
bacterium F9 pada salinitas 5% dan pada
kisaran pH 5-7,5.
UCAPAN TERIMAKASIH
Ucapan terimakasih penulis
sampaikan kepada Dr. Bambang
Sunarko, Dr. I Made Sudiana, Dra. Nunik
Sulistinah, Arif Nurkanto S. Si, yang telah
memberikan kontribusi yang besar
selama penelitian.
DAFTAR PUSTAKA
Anthoni, FJ. 2006. The Chemical
Composition of Seawater. http:/
/www.seafriends.orgnz/oceano/
seawater.htm
Edward, R.& I.White. 1999. The Sea
Empress Oil Spill.Environmental
Impact and Recovery. Procee-
ding of International Oil Spill
Conference. American Petroleum
Institute Washington DC.
160
Iwabuchi, T.& S. Harayama. 1997.
Biochemical and Genetic Charac-
terization of 2-Carboxybenzalde-
hyde Dehydrogenase, an Enzyme
Involved in Phenanthrene
Degradation by Nocardioides sp.
Strain KP7. J. Bacteriology. 179:
6488-6494.
Kadarusman, 2007. Studi Awal
Pengeboman Ikan di Raja Ampat,
Suatu Ancaman Megadiversitas
Jantung Segitiga Karang Dunia.
Factsheet Apsor: www.apsordkp.
com. Akademi Perikanan Sorong-
DKP. Sorong, Papua Barat.
Kasai, Y, H. Kishira, & S. Harayama.
2002. Bacteria Belonging to the
Genus Cycloclasticus Play a
Primary Role in the Degradation
of Aromatic Hydrocar bons
Released in a Marine Environment.
Appl.& Envi. Microbiology.
5625–5633.
Kogure, K, O. Suwan, K. Ohwada, &
U. Simidu. 1991. Correlation
between Possession of a
Respiration-Dependent Na+ Pump
and Na+ Requirement for Growth
of Marine Bacteria”. Appl.&
Envi.Microbiology. 57. 1844-
1846.
MacLeod, RA. 1965. The Question of
the Existence Specific Marine
Bacter ia. Bacteriological
Review, 29 (1).
Mrozik, A., Z. Piotrowska-Seget & S.
Labuzek. 2002. Bacterial
Degradation and Bioremediation
of Polycyclic Aromatic Hydrocar-
bons. Polish Journal of Envir.
Studies 12: 15-25.
 Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta
Ouyang, Jun. 2006. Phenanthrene
Pathway Map. http://umbbd.msi.
umn. edu/pha/phamap. html
Peter L., JA.Musick & Jeanette
Wyneken. 2003. The Biology of
Sea Turtles. II: 420.CRC Press
LLC.
Sack, U, MH.Thomas, D. Joanna, EC.
Carl, M. Rainer, Z. Frantisek & F.
Wolfgang 1997. Comparison of
Phenanthrene and Pyrene Degra-
dation by Different Wood-Deca-
ying Fungi”. Appl.& Envi.
Microbiolog. 63: 3919-3925.
Yamikov, MM., Laura G., Renata D.,
Ermanno C., Tatiana N. C., Wolf-
Rainer A., Heinrich L., Kenneth
N. Timmis & Peter N. Golyshin.
2004. “Thalassolituus oleivorans
gen. nov., sp. nov., a Novel Marine
Bacterium That Obligately Utilizes
Hydrocar-bons”. International
Journal of Systematic and
Evolutionary Microbiology,
141–148
Sheryl, E Dykstershouse, JP. Gray, RP.
Herwig, Canolara & JT. Staley.
1995. Cycloclasticus pugetii gen.
Nov, sp. Nov, on Aromatic
Hydr oca rbon-Degra ding
Bacterium from Marine Sadi-
ments. International Journal of
Systematic Bacteriology. 116-
123.
Vidali, M. 2001. “Bioremediation and
Overview”. Pure and Applied.
Chemistry.IUPAC, Vol. 73, 7:
1163–1172.
Memasukkan: Mei 2009
Diterima: Desember 2009
161
 J. Biol. Indon. Vol 6, No. 2 (2010)

PANDUAN PENULIS

Naskah dapat ditulis dalam bahasa Indonesia atau bahasa Inggris. Naskah disusun dengan urutan:
JUDUL (bahasa Indonesia dan Inggris), NAMA PENULIS (yang disertai dengan alamat Lembaga/
Instansi), ABSTRAK (bahasa Inggris, maksimal 250 kata), KATA KUNCI (maksimal 6 kata),
PENDAHULUAN, BAHAN DAN CARA KERJA, HASIL, PEMBAHASAN, UCAPAN
TERIMA KASIH (jika diperlukan) dan DAFTAR PUSTAKA.

Naskah diketik dengan spasi ganda pada kertas HVS A4 maksimum 15 halaman termasuk
gambar, foto, dan tabel disertai CD. Batas dari tepi kiri 3 cm, kanan, atas, dan bawah masing-
masing 2,5 cm dengan program pengolah kata Microsoft Word dan tipe huruf Times New Roman
berukuran 12 point. Setiap halaman diberi nomor halaman secara berurutan. Gambar dalam
bentuk grafik/diagram harus asli (bukan fotokopi) dan foto (dicetak di kertas licin atau di scan).
Gambar dan Tabel di tulis dan ditempatkan di halam terpisah di akhir naskah. Penulisan simbol α,
β, χ, dan lain-lain dimasukkan melalui fasilitas insert, tanpa mengubah jenis huruf. Kata dalam
bahasa asing dicetak miring. Naskah dikirimkan ke alamat Redaksi sebanyak 3 eksemplar (2 eksemplar
tanpa nama dan lembaga penulis).
Penggunaan nama suatu tumbuhan atau hewan dalam bahasa Indonesia/Daerah harus
diikuti nama ilmiahnya (cetak miring) beserta Authornya pada pengungkapan pertama kali.
Daftar pustaka ditulis secara abjad menggunakan sistem nama-tahun. Contoh penulisan
pustaka acuan sebagai berikut :

Jurnal :
Hara, T., JR. Zhang, & S. Ueda. 1983. Identification of plasmids linked with polyglutamate
production in B. subtilis. J. Gen. Apll. Microbiol. 29: 345-354.
Buku :
Chaplin, MF. & C. Bucke. 1990. Enzyme Technology. Cambridge University Press. Cambridge.
Bab dalam Buku :
Gerhart, P. & SW. Drew. 1994. Liquid culture. Dalam : Gerhart, P., R.G.E. Murray, W.A. Wood,
& N.R. Krieg (eds.). Methods for General and Molecular Bacteriology. ASM., Washington.
248-277.
Abstrak :
Suryajaya, D. 1982. Perkembangan tanaman polong-polongan utama di Indonesia. Abstrak
Pertemuan Ilmiah Mikrobiologi. Jakarta . 15 –18 Oktober 1982. 42.
Prosiding :
Mubarik, NR., A. Suwanto, & MT. Suhartono. 2000. Isolasi dan karakterisasi protease
ekstrasellular dari bakteri isolat termofilik ekstrim. Prosiding Seminar nasional Industri
Enzim dan Bioteknologi II. Jakarta, 15-16 Februari 2000. 151-158.
Skripsi, Tesis, Disertasi :
Kemala, S. 1987. Pola Pertanian, Industri Perdagangan Kelapa dan Kelapa Sawit di
Indonesia.[Disertasi]. Bogor : Institut Pertanian Bogor.
Informasi dari Internet :
Schulze, H. 1999. Detection and Identification of Lories and Pottos in The Wild; Information
for surveys/Estimated of population density. http//www.species.net/primates/loris/
lorCp.1.html.
J. Biol. Indon. Vol 6, No.2 (2010)

Kemampuan Kawasan Nir-Konservasi dalam Melindungi Kelestarian Burung Endemik 237

Dataran Rendah Pulau Jawa Studi Kasus di Kabupaten Kebumen
Eko Sulistyadi

Analysis of Nutrient Requirement and Feed Efficiency Ratio of Maroon Leaf Monkey 255
(Presbytis rubicunda Mueller, 1838)
Wartika Rosa Farida

Oksidasi Nitrit Oleh Bakteri Heterotrofik Pada Kondisi Aerobik 265

Dwi Agustiyani, Ruly Marthina Kayadoe & Hartati Imamuddin

Pencirian Karbon Organik Air Sungai Citarum Hulu Dari Masukan Air Limbah 277
Penduduk dan Industri
Eko Harsono & Sulung Nomosatryo

TULISAN PENDEK
Arti Kebun Raya Bogor Bagi Kehidupan Kumbang Sungut Panjang (Coleoptera, 289
Cerambicidae)
Woro Anggaraitoningsih Noerdjito