Anda di halaman 1dari 16

J. Biol. Indon. Vol 6, No.

2 (2010)
ISSN 0854-4425
ISSN 0854-4425

JURNAL
JURNAL
BIOLOGI
BIOLOGI
INDONESIA
INDONESIA
Akreditasi: No 816/D/08/2009
Vol. 6, No. 2, Juni 2010
Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati Raja Ampat Papua 153
Rini Riffiani

Perubahan Tutupan Hutan Mangrove di Pantai Timur Sumatera Utara Periode 1977- 163
2006
Onrizal

Keragaman Genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz] dari Provinsi Riau 173
Berdasarkan Profil Random Amplified Polymorphic DNA
Yulita Kusumadewi, Yuyu S. Poerba, &Tukirin Partomihardjo

Laju Kehilangan dan Kondisi Terkini Habitat Baning Sulawesi (Indotestudo forstenii) di 185
Semenanjung Santigi, Sulawesi Tengah, Indonesia
Awal Riyanto, Suprayogo Soemarno dan Achmad Farajallah

Plant- β Diversity and Composition in Mount Nok and the Waifoi Forest of the Waigeo 195
Raja Ampat Islands: with Special Reference to The Threatened Species
Didik Widyatmoko

Emisi Gas Dinitrogen Oksida dari Tanah Sawah Tadah Hujan yang diberi Jerami Padi 211
dan Bahan Penghambat Nitrifikasi
A. Wihardjaka

Pengelompokan Kelelawar Pemakan Buah dan Nektar Berdasarkan Karakteristik Jenis 225
Pakan Polen di Kebun Raya Bogor, Indonesia
Sri Soegiharto, Agus P. Kartono, & Ibnu Maryanto

BOGOR, INDONESIA
J. Biol. Indon. Vol 6, No. 2 (2010)

Jurnal Biologi Indonesia diterbitkan oleh Perhimpunan Biologi Indonesia.


Jurnal ini memuat hasil penelitian ataupun kajian yang berkaitan dengan masalah biologi
yang diterbitkan secara berkala dua kali setahun (Juni dan Desember).

Editor Pengelola

Dr. Ibnu Maryanto


Dr. I Made Sudiana
Dr. Anggoro Hadi Prasetyo
Dr. Izu Andry Fijridiyanto

Dewan Editor Ilmiah

Dr. Abinawanto, F MIPA UI


Dr. Achmad Farajalah, FMIPA IPB
Dr. Ambariyanto, F. Perikanan dan Kelautan UNDIP
Dr. Aswin Usup F. Pertanian Universitas Palangkaraya
Dr. Didik Widiyatmoko, PK Tumbuhan, Kebun Raya Cibodas-LIPI
Dr. Dwi Nugroho Wibowo, F. Biologi UNSOED
Dr. Parikesit, F. MIPA UNPAD
Prof. Dr. Mohd.Tajuddin Abdullah, Universiti Malaysia Sarawak Malaysia
Assoc. Prof. Monica Suleiman, Universiti Malaysia Sabah, Malaysia
Dr. Srihadi Agung priyono, F. Kedokteran Hewan IPB
Y. Surjadi MSc, Pusat Penelitian ICABIOGRAD
Drs. Suharjono, Pusat Penelitian Biologi-LIPI
Dr. Tri Widianto, Pusat Penelitian Limnologi-LIPI
Dr. Witjaksono Pusat Penelitian Biologi-LIPI

Alamat Redaksi
Sekretariat
Oscar efendi SSi MSi
d/a Pusat Penelitian Biologi - LIPI
Jl. Ir. H. Juanda No. 18, Bogor 16002 , Telp. (021) 8765056
Fax. (021) 8765068
Email : jbi@bogor.net
Website : http://biologi.or.id
Jurnal ini telah diakreditasi ulang dengan nilai A berdasarkan SK Kepala LIPI 816/
D/2009 tanggal 28 Agustus 2009.
J. Biol. Indon. Vol 6, No.2 (2010)

KATA PENGANTAR

Jurnal Biologi Indonesia edisi volume 6 nomer 2 tahun 2010 yaitu memuat 11
artikel lengkap dan sebuah artikel tulisan pendek. Penulis pada edisi ini sangat
beragam yaitu dari Departemen Kementerian Kehutanan, Pertanian, Fakultas MIPA
IPB, Fakultas Kehutanan IPB, Fakultas. MIPA Universitas Indonesia, Fakultas
Pertanian Universitas Sumatra Utara, Pusat Konservasi Kebun Raya Bogor, Pusat
Penelitian Limnologi-LIPI Bogor dan Pusat Penelitian Biologi LIPI Bogor. Topik
yang dibahas pada edisi ini meliputi empat topik dalam bidang Botani, dua topik
tentang mikrobiologi satu topik mengenaik hasil perombakan bakteri dan bahan
organik lainnya dan lima topik dalam bidang zoologi
Beragamnya penulis pada edisi ini yang membahas tiga topik utama yaitu
Zoologi, Botani dan Mikrobiologi diharapkan semakin banyak keragaman pembaca
dan akhir kata yang diharapkan dari editor jurnal ini akan semakin banyak penulis
yang berkeinginan membagi hasil karya penelitiannya dengan menulis ke dalam
Jurnal Biologi Indonesia.

Editor
J. Biol. Indon. Vol 6, No. 2 (2010)

UCAPAN TERIMA KASIH

Jurnal Biologi Indonesia mengucapkan terima kasih dan penghargaan kepada


para pakar yang telah turut sebagai penelaah dalam Volume 6, No 2, Juni 2010:

Dr. Niken TM. Pratiwi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan-IPB


Ir. Majariana Krisanti MSi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan-IPB
Onrizal MSi, Universitas Sumatra Utara
Dr.Tike Sartika, Balitnak, Departemen Pertania, Ciawi bogor
Dr. Dwi Astuti, Puslit Biologi-LIPI
Drs. Edi Mirmanto MSc, Puslit Biologi-LIPI
Drs. Roemantyo, Puslit Biologi-LIPI
Drs. M. Noerdjito, Puslit Biologi-LIPI
Drh. Anang S. Achmadi MSc, Puslit Biologi-LIPI
Sigit Wiantoro SSi ,MSc Puslit Biologi-LIPI
Ir. Dwi Agustiyani MSc, Puslit Biologi-LIPI

Edisi ini dibiayai oleh DIPA Puslit Biologi-LIPI 2010


J. Biol. Indon. Vol 6, No.2 (2010)

DAFTAR ISI
Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati Raja Ampat Papua 153
Rini Riffiani

Perubahan Tutupan Hutan Mangrove di Pantai Timur Sumatera Utara Periode 1977- 163
2006
Onrizal

Keragaman Genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz] dari Provinsi Riau 173
Berdasarkan Profil Random Amplified Polymorphic DNA
Yulita Kusumadewi, Yuyu S. Poerba, &Tukirin Partomihardjo

Laju Kehilangan dan Kondisi Terkini Habitat Baning Sulawesi (Indotestudo forstenii) di 185
Semenanjung Santigi, Sulawesi Tengah, Indonesia
Awal Riyanto, Suprayogo Soemarno dan Achmad Farajallah

Plant- β Diversity and Composition in Mount Nok and the Waifoi Forest of the Waigeo 195
Raja Ampat Islands: with Special Reference to The Threatened Species
Didik Widyatmoko

Emisi Gas Dinitrogen Oksida dari Tanah Sawah Tadah Hujan yang diberi Jerami Padi 211
dan Bahan Penghambat Nitrifikasi
A. Wihardjaka

Pengelompokan Kelelawar Pemakan Buah dan Nektar Berdasarkan Karakteristik Jenis 225
Pakan Polen di Kebun Raya Bogor, Indonesia
Sri Soegiharto, Agus P. Kartono, & Ibnu Maryanto

Kemampuan Kawasan Nir-Konservasi dalam Melindungi Kelestarian Burung Endemik 237


Dataran Rendah Pulau Jawa Studi Kasus di Kabupaten Kebumen
Eko Sulistyadi

Analysis of Nutrient Requirement and Feed Efficiency Ratio of Maroon Leaf Monkey 255
(Presbytis rubicunda Mueller, 1838)
Wartika Rosa Farida

Oksidasi Nitrit Oleh Bakteri Heterotrofik Pada Kondisi Aerobik 265


Dwi Agustiyani, Ruly Marthina Kayadoe & Hartati Imamuddin

Pencirian Karbon Organik Air Sungai Citarum Hulu Dari Masukan Air Limbah 277
Penduduk dan Industri
Eko Harsono dan Sulung Nomosatryo

TULISAN PENDEK
Arti Kebun Raya Bogor Bagi Kehidupan Kumbang Sungut Panjang (Coleoptera, 289
Cerambicidae)
Woro Anggaraitoningsih Noerdjito
Jurnal Biologi Indonesia 6(2): 153-161 (2010)

Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati Raja


Ampat Papua

Rini Riffiani

Bidang Mikrobiologi, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Jl. Jakarta – Bogor km 46, Cibinong,
Email: Rar4id@yahoo.com

ABSTRACT
Isolation of Bacteria Degrading Phenanthrene in Batanta- Salawati Districts Raja Ampat
Papua. Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are important environmental contaminants
in soil and water. These compounds have a potential risk to human health, as many of them are
carsinogenic and toxic to marine organisms such as diatome, gasthrophode, mussel, and fish.
Phenanthrene is one of the hazardous hydrocarbon compounds. The purpose of this research
was to characterize microbial strains from Batanta-Salawati Raja Ampat Papua Island and their
ability to remove phenanthrene. Two isolates were identified at their physiological characteristics
based on salinity tolerance, pH tolerance and the composition of nitrogen base. Molecular
identification based on 16S rRNA gene sequences indicated that bacteria had the highest
similarity with Rhodobacteraceae bacterium F9 and Roseobacter sp. RW 37.
Rhodobacteraceae bacterium F9 could grow optimum on ONR7a media with 5% salinity and
at pH of 5-7,5 while Roseobacter sp. RW 37 could grow optimum on ONR7a media with 2%
salinity and at pH of 6,2-7,5.

Key words: Phenanthrene, physiological characteristic, molecular identification, Raja Ampat

PENDAHULUAN perhatian dan tindakan bioremediasi yang


lebih optimum dengan memanfaatkan
Berbagai kegiatan eksplorasi, teknologi biostimulasi dan bioaugmentasi.
eksploitasi, transportasi melalui media Aplikasi teknologi bioremidiasi
laut, sering menghasilkan kejadian memerlukan data dasar diversitas jenis
kebocoran tumpahan minyak ke dan fungsi fisiologis mikroba laut. Bakteri
lingkungan. Tumpahan minyak di laut mampu mendegradasi bahan kimia
telah berdampak terhadap pencemaran berbahaya dalam lingkungan menjadi air
multidimensi bagi makhluk hayati laut itu dan gas yang tidak berbahaya (CO 2)
sendiri, usaha perikanan, usaha (Vidali 2001). Menurut Yamikov et al.
pariwisata, sampai kepada tingkat (2004), bakteri pendegradasi senyawa
kerusakan laut (Edwards & White 1999). hidrokarbon dalam minyak bumi banyak
Kecelakaan tanker pengangkut minyak, ditemukan di laut. Beberapa bakteri yang
tumpahan minyak mentah dari kegiatan diketahui dapat mendegradasi senyawa
eksplorasi minyak bumi sering terjadi di PAH (Polycyclic Aromatic Hydrocar-
perairan Indonesia, yang memerlukan bon) dalam minyak bumi antara lain

153
Rini Riffiani

Cycloclasticus, Marinobacter, Pseu- BAHAN DAN CARA KERJA


domonas, dan Sphingomonas (Kasai
et al.2002). Phenanthrene merupakan Sampling
salah satu dari senyawa PAH yang Sampel penelitian diambil dari
berpotensi sebagai zat karsinogen dan Kepulauan Raja Ampat, Papua Barat
bersifat racun terhadap biota laut seperti pada tanggal 21 April-11 Mei 2008.
diatom, gastropoda, remis, serta ikan Kordinat geografi astronomi dari lokasi
(Ouyang 2006; Sack et al. 1997). pengambilan sampel adalah S: 00.18.865
Kepulaun Raja Ampat merupakan E: 130.55.17 dan sampai S: 00.19.189 E:
kawasan tropis dengan produktivitas 130.066 (Gambar 1).
ekosistem yang tinggi, yang mempunyai Sampel yang dikumpulkan berupa
peran sentral dalam menjaga ekosistem air laut. Untuk menghindari terjadinya
dunia. Batanta dan Salawati merupakan degradasi jumlah bakteri dan kematian
pula u yang masuk dalam wilayah bakteri pada sampel, dilakukan metode
Kepulaun Raja Ampat. Kepulaun ini pengayaan (enrichment). Media
terletak antara pulau Halmahera dan pengayaan yang digunakan adalah
Papua. Kawasan ini merupakan pulau- medium artificial seawater mineral salt
pulau yang berbatasan dengan kawasan medium (ONR7a) yang mengandung
Wallacea dan dikenal memiliki kekayaan phenanthrene (1000 ppm). Komposisi
hayati laut sangat tinggi. Ekosistem Raja media ONR7a per liter: 22,79 g NaCl,
Ampat telah mengalami perubahan 3,99 g Na2SO4, 0,72 g KCl, 83 mg NaBr,
dengan adanya kegiatan penambangan, 31 mg NaHCO3, 27 mg H3BO3, 2.6 g
penyelundupan kayu ilegal melalui NaF, 0,27 g NH4Cl, 83 mg Na2HPO4 ,
kepulauan Raja Ampat oleh sejumlah 1,3 g TAPSO, 11,18 g MgCl2, 1,46 g
kapal asing, dan ekploitasi sumber daya CaCl2, 24 mg SrCl2, 2 mg FeCl2 (Sheryl
perairan. Hampir 99 % mata pencaharian et al.1995).
warga kepulauan Raja Ampat di laut, dan Pengayaan dilakukan dengan cara
umumnya warga setempat memiliki menambahkan 100 μL sampel air laut
kendaraan laut yang menggunakan bahan pada tabung (PCR tube) yang telah berisi
bakar minyak yang dapat mencemari 2 ml medium enrichment secara aseptik
perairan laut (Kadarusman 2007). Oleh dan dilakukan langsung di lapangan
karena itu, tujuan penelitian ini adalah setelah pengambilan sampel. Sampel
untuk mendapatkan bakteri yang dapat kemudian disimpan pada suhu ruang 27-
mendegradasi senyawa phenanthrene di 280C.
pulau Batanta-Salawati kepulauan Papua
Raja Ampat. Diharapkan dari penelitian Isolasi bakteri pendegradasi phenan-
ini dapat diperoleh bakteri unggulan yang threne
dapat digunakan sebagai landasan untuk Bakteri pendegradasi phenanthrene
pengembangan teknologi bioremidiasi diisolasi pada medium minimum agar
hidrokarbon di lepas pantai. ONR7a dengan menggunakan metode
sebar (spread). Medium yang telah

154
Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta

Gambar 1. Lokasi pengambilan sampel

diinokulasikan kemudian disublimasi tract, 0,1 gr ferric citrate, 19,45 gr sodium


dengan cara memanaskan senyawa chloride, 8,8 gr MgCl, 3,24 gr sodium
phenanthrene pada suhu optimum yaitu sulfate, 1,88 gr calcium chloride, 0,55 pot-
100°C selama 10 menit. Kondisi tasium chloride, 0,16 gr sodium bicarbo-
demikian menyebabkan senyawa nate, 15 gr agar, 34 mg stronsium chloride,
tersebut menguap, lalu tertangkap pada 22 mg boric acid, 4 mg sodium sillicate,
medium yang diberi pendingin berupa 2,4 mg sodium flouride, 1,6 gr ammonium
batu es (Gambar 2). Pemberian batu es nitrat, dan 8 mg disodium phosfate.
di atas medium yang telah diinokulasi
untuk mencegah mencairnya medium Pengujian Konfirmasi
agar karena terkena uap panas senyawa Pengujian konfirmasi bertujuan
phenanthrene. untuk memastikan kemampuan biak
Medium yang telah disublimasi terseleksi dalam mendegradasi phenan-
kemudian diinkubasi selama 7 hari pada threne. Isolat terseleksi diinokulasikan
temperatur 300C. Bakteri yang dapat kembali pada medium ONR7a, dan
mendegradasi senyawa phenanthrene disublimasi kembali dengan senyawa
ditandai dengan terbentuknya zona phenanthrene. Kultur kemudian diinkubasi
bening di sekeliling koloni. pada suhu 300 C selama 24-72 jam. Pem-
bentukan zona bening pada medium
Pemurnian Biakan Potensial Pende- ONR7a kemudian diamati. Zona bening
gradasi Phenanthrene yang terbentuk di sekeliling koloni
Isolat yang tumbuh dalam zona menandakan bahwa isolat tersebut mam-
bening kemudian diisolasi secara aseptik pu mendegradasi senyawa phenanthrene.
dan diinokulasikan kembali ke medium
ONR7a. Kultur kemudian diinkubasi Pengujian Pengaruh Salinitas dan pH
pada suhu 30 0 C selama 24-72 jam. Terhadap Isolat Terpilih
Kemurnian biakan diuji dengan diino- Pengaruh salinitas dan pH terhadap
kulasikan kembali pada medium kaya, pertumbuhan isolat SL49 dan B29
yaitu marine agar. Media marine agar dilakukan dengan cara menumbuhkan
mengandung 5 gr pepton, 1 gr yeast ex- kedua isolat dalam medium ONR7a

155
Rini Riffiani

Gambar 2. Teknik sublimasi untuk isolasi mikroba pendegradasi PAHs

dengan variasi salinitas (NaCl) 0%, 2%, 1510R (5‘ GGCTACCTTGTTACGA


5%, dan 10% serta variasi pH 5, 6,2, 7, CTT) .
dan 10. Kultur diinkubasi pada shaker Analisis DNA menggunakan
inkubator dengan suhu 30 0 C dan program BioEdit dan dilakukan blast
kecepatan 100 rpm selama 4 hari. pada Bank Gen NCBI dataLibrary.
Pengukuran pertumbuhan mikroba (OD) Analisis Filogenetik menggunakan
dilakukan dengan spektrofotometer pada program multiple aligment Clustal X
panjang gelombang 600 nm. Pengukuran versi 1.83. Konstruksi pohon filogenetik
dilakukan setiap 4 jam dan 16 jam. berdasarkan jarak kekerabatan genetik
Penelitian yang dilakukan menggu- dengan metode Neighbor joining.
nakan rancangan acak lengkap, dengan Konstruksi jarak evolusi dalam derajat
tiga kali ulangan. Data yang diperoleh kepercayaan menggunakan bootstrap
dianalisis dengan metode Analysis of value pada program NJ plot.
Varian (ANOVA) pada taraf nyata 5%
dan dilanjutkan dengan uji Duncan HASIL
dengan program SPSS versi 12.
Penapisan mikroba pendegradasi
Identifikasi dan Analisis Filoge- senyawa penanthrene
netik. Hasil isolasi bakteri pendegradasi
Identifikasi dilakukan secara penanthrene menggunakan metode
molekular dengan 16S rDNA. Analisis sublimasi terlihat dengan terbentuknya
molekuler yang dilakukan berupa zona bening di sekeliling koloni. Setelah
ekstraksi DNA dan PCR amplifikasi, dipurifikasi ditemukan 2 isolat, yaitu SL49
purifikasi PCR produk dan sekuensing. dan B29.
Ekstraksi DNA menggunakan intragene
matrix kit (Biorad) dilanjutkan dengan Pengaruh Salinitas Terhadap
amplifikasi. Hasil optimasi PCR diperoleh Pertumbuhan Isolat Terseleksi
komposisi per reaksi sebesar 25 µL Hasil penelitian menunjukkan bahwa
dengan menggunakan Primer 9F pertumbuhan optimum bakteri SL49
(5‘GAGTTTGATCCTGGCTCG) dan terjadi pada medium dengan salinitas
(NaCl) 2% (Gambar 3A), sedangkan

156
Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta

pertumbuhan isolat B29 berada pada uji statistik terjadi perbedaan yang nyata
kisaran salinitas lebih luas dibandingkan pada pertumbuhan bakteri SL49 dan B29
SL49, yaitu pada kisaran salinitas 2-10%, dengan perlakuan dengan variasi pH pada
dengan pertumbuhan optimum terjadi taraf uji 0,05.
pada salinitas (NaCl) 5% dengan setelah
diinkubasi selama 28 jam (Gambar 3B). Identifikasi dan Analisis Filogenetik
Berdasarkan uji statistik terjadi perbedaan Isolat Terpilih
yang nyata pada pertumbuhan bakteri SL Berdasarkan analisis penjajaran
49 dan B29 dengan perlakuan dengan urutan nukleotida parsial gen pengkode
variasi salinitas pada taraf uji 0,05. 16S rDNA menggunakan program
BLAST, bakteri dengan kode isolat B29
Pengaruh pH Terhadap Pertumbuhan mempunyai tingkat kesamaan tertinggi
Isolat Terpilih dengan Rhodobacteraceae bacterium
Hasil pengujian pH terhadap F9 dengan persentase tingkat kesamaan
pertumbuhan menunjukkan bahwa 100% dan urutan nukleotida yang dapat
pertumbuhan optimum bakteri SL49 dideteksi mencapai hingga 1026 bp.
terjadi pada pH normal, yaitu pada Sedangkan bakteri dengan kode isolat SL
kisaran 6,2-7,5 (Gambar 4A). Pada pH 49 mempunyai tingkat kesamaan dengan
asam (pH 5) dan pH basa (pH 10) Roseobacter sp. RW 37 dengan tingkat
pertumbuhan bakteri terlihat kurang kesamaan 99% dan nukleotida yang
optimal. dapat dideteksi mencapai 910 bp.
Pertumbuhan bakteri B29 memiliki
kisaran pH yang lebih luas dibandingkan PEMBAHASAN
dengan SL49, yaitu pada kisaran 5-7,5.
Hasil tersebut menunjukkan bakteri B29 Terbentuknya zona bening di
memiliki toleransi terhadap pH dan sekeliling koloni bakteri menunjukkan
salinitas yang lebih luas dibandingkan bahwa koloni bakteri tersebut dapat
bakteri SL49 (Gambar 4B). Berdasarkan menggunakan senyawa phenanthrene

A) B)

Gambar 3. (A) Kurva pertumbuhan bakteri SL 49; (B) B 29 dalam medium ONR7 dengan variasi
salinitas

157
Rini Riffiani

sebagai sumber karbon dan energi bagi Bakteri Aeromonas dan Nocardioides
pertumbuhannya. Oleh karena media sp. strain KP7 mendegradasi senyawa
ONR7a merupakan media minimum phenanthrene melalui jalur o-phthalat,
mineral, setelah sumber karbon dari sedangkan bakteri Burkholderia
medium digunakan untuk pertumbuhan cepacia F297 melalui jalur salisilat
habis, maka bakteri akan menggunakan (Iwabuchi & Harayama 1997; Mrozik
senyawa kar bon aromatik yaitu et al.2002). Serangkaian reaksi yang
phenanthrene sebagai sumber karbon terjadi dalam proses biodegradasi
dan energi bagi bakteri (Sheryl et al. senyawa phenanthrene baik melalui jalur
1995). o-phthalat maupun salisilat dapat dilihat
Menurut Iwabuchi & Harayama. pada.
(1997), biodegradasi senyawa PAH Menurut Anthoni (2006), NaCl
diawali dengan masuknya atom oksigen sangat mempengaruhi salinitas air laut,
(reaksi oksidasi) ke dalam inti aromatik. karena konsentrasinya paling dominan
Reaksi ini dikatalisis oleh multikomponen dibandingkan dengan senyawa lainnya.
dioksigenase. Senyawa PAH yang Air laut dengan salinitas 3,5%
teroksidasi akan membentuk prekursor mengandung sekitar 85,62% NaCl,
intermediet dari siklus asam sitrat. artinya konsentrasi senyawa NaCl di
Sebagai produk dari siklus tersebut pada dalam air laut sebesar 3%. Oleh karena
akhirnya akan terbentuk air dan karbon itu, bakteri SL49 dapat tumbuh optimum
dioksida. pada medium dengan salinitas (NaCl)
Senyawa phenanthrene dapat 2%, karena konsentrasi NaCl yang
didegradasi secara sempurna oleh bakteri terkandung di dalamnya hampir
menjadi air dan karbon dioksida melalui menyerupai habitat aslinya (air laut) yaitu
salah satu dari dua jalur yang ada, yakni sebesar 3%.
jalur o-phthalat dan salisilat (Iwabuchi & Pertumbuhan isolat B29 berada
Harayama 1997). Kedua jalur tersebut pada kisaran salinitas lebih luas
melalui senyawa intermediet yang sama, dibandingkan SL49, yaitu pada kisaran
yaitu 1-hydroxy-2-napthoic acid. salinitas 2-10%, dengan pertumbuhan
A) B)

Gambar 4 (A) Kurva pertumbuhan bakteri SL49; (B) B29 dalam medium ONR7a dengan variasi
pH

158
Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta

optimum terjadi pada salinitas (NaCl) 5% ini menunjukkan bahwa bakteri SL49
dengan OD 1,396 setelah diinkubasi memiliki pH optimum untuk pertumbuhan
selama 28 jam (Gambar 3B). Hal ini sesuai dengan pH habitat asli dari bakteri
diduga stabilitas membran, aktivitas laut, yaitu sekitar 7-8,5 (Peter 2003).
enzim, maupun mekanisme transpor aktif Hasil analisis menampilkan pohon
bakteri ini tidak terganggu oleh kenaikan filogeni kedua isolat bakteri tersebut dapat
konsentrasi Na+. Menurut Kogure et al. dilihat pada Gambar 5. Pohon filogeni
(1991), sebagian bakteri laut memiliki tersebut menunjukkan bahwa B29 adalah
ketergantungan terhadap ion Na+ untuk Rhodobacteraceae bacterium F9 dan
menjaga stabilitas membran, aktivitas bakteri SL49 adalah Roseobacter sp.
enzim, dan mekanisme tranpor aktif. RW 37 memiliki kekerabatan yang dekat.
Pertumbuhan bakteri B29 memiliki Kedua kelompok tersebut termasuk ke
kisaran pH yang lebih luas dibandingkan dalam kelompok α-Proteobacteria.
dengan SL49, yaitu pada kisaran 5-7,5. Mikroba laut dari kelompok Sub klas
Hasil tersebut menunjukkan bakteri B29 Proteobacteria merupakan mikroba laut
memiliki toleransi terhadap pH dan terkultur yang mempunyai peran dalam
salinitas yang lebih luas dibandingkan proses bioremediasi senyawa toksik
bakteri SL49 (Gambar 4A dan 4B). Hal seperti senyawa PAH (Polycyclic

Gambar 5. Pohon kekerabatan 2 bakteri potensial pendegradasi phenanthrene yaitu B29


(Rhodobacteraceae bacterium F9) dan bakteri SL49 (Roseobacter sp. RW 37) dengan
kelompok luar sebagai pembanding Microbacteriaceae bacterium yang dianalisis
dengan program BioEdit. Tingkat ketelitian dendogram ditentukan melalui nilai
bootstrap dengan pengulangan 1000 kali.

159
Rini Riffiani

Aromatic Hydrocarbon) yang banyak Iwabuchi, T.& S. Harayama. 1997.


terdapat pada bahan bakar fosil terutama Biochemical and Genetic Charac-
minyak bumi (Kasai et al. 2002) terization of 2-Carboxybenzalde-
hyde Dehydrogenase, an Enzyme
KESIMPULAN Involved in Phenanthrene
Degradation by Nocardioides sp.
Dua bakteri pendegradasi senyawa Strain KP7. J. Bacteriology. 179:
phenanathrene dari kepulauan Raja 6488-6494.
Ampat telah diisolasi, masing-masing Kadarusman, 2007. Studi Awal
adalah Roseobacter sp. RW 37 dan Pengeboman Ikan di Raja Ampat,
Rhodobacteraceae bacterium F9. Suatu Ancaman Megadiversitas
Keduanya merupakan kelompok α- Jantung Segitiga Karang Dunia.
Proteobacteria. Pertumbuhan optimum Factsheet Apsor: www.apsordkp.
Roseobacter sp. RW 37 berlangsung com. Akademi Perikanan Sorong-
pada salinitas 2% dan pada kisaran pH DKP. Sorong, Papua Barat.
6,2-7,5 sedangkan Rhodobacteraceae Kasai, Y, H. Kishira, & S. Harayama.
bacterium F9 pada salinitas 5% dan pada 2002. Bacteria Belonging to the
kisaran pH 5-7,5. Genus Cycloclasticus Play a
Primary Role in the Degradation
UCAPAN TERIMAKASIH of Aromatic Hydrocar bons
Released in a Marine Environment.
Ucapan terimakasih penulis Appl.& Envi. Microbiology.
sampaikan kepada Dr. Bambang 5625–5633.
Sunarko, Dr. I Made Sudiana, Dra. Nunik Kogure, K, O. Suwan, K. Ohwada, &
Sulistinah, Arif Nurkanto S. Si, yang telah U. Simidu. 1991. Correlation
memberikan kontribusi yang besar between Possession of a
selama penelitian. Respiration-Dependent Na+ Pump
and Na+ Requirement for Growth
DAFTAR PUSTAKA of Marine Bacteria”. Appl.&
Envi.Microbiology. 57. 1844-
Anthoni, FJ. 2006. The Chemical 1846.
Composition of Seawater. http:/ MacLeod, RA. 1965. The Question of
/www.seafriends.orgnz/oceano/ the Existence Specific Marine
seawater.htm Bacter ia. Bacteriological
Edward, R.& I.White. 1999. The Sea Review, 29 (1).
Empress Oil Spill.Environmental Mrozik, A., Z. Piotrowska-Seget & S.
Impact and Recovery. Procee- Labuzek. 2002. Bacterial
ding of International Oil Spill Degradation and Bioremediation
Conference. American Petroleum of Polycyclic Aromatic Hydrocar-
Institute Washington DC. bons. Polish Journal of Envir.
Studies 12: 15-25.

160
Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta

Ouyang, Jun. 2006. Phenanthrene gen. nov., sp. nov., a Novel Marine
Pathway Map. http://umbbd.msi. Bacterium That Obligately Utilizes
umn. edu/pha/phamap. html Hydrocar-bons”. International
Peter L., JA.Musick & Jeanette Journal of Systematic and
Wyneken. 2003. The Biology of Evolutionary Microbiology,
Sea Turtles. II: 420.CRC Press 141–148
LLC. Sheryl, E Dykstershouse, JP. Gray, RP.
Sack, U, MH.Thomas, D. Joanna, EC. Herwig, Canolara & JT. Staley.
Carl, M. Rainer, Z. Frantisek & F. 1995. Cycloclasticus pugetii gen.
Wolfgang 1997. Comparison of Nov, sp. Nov, on Aromatic
Phenanthrene and Pyrene Degra- Hydr oca rbon-Degra ding
dation by Different Wood-Deca- Bacterium from Marine Sadi-
ying Fungi”. Appl.& Envi. ments. International Journal of
Microbiolog. 63: 3919-3925. Systematic Bacteriology. 116-
Yamikov, MM., Laura G., Renata D., 123.
Ermanno C., Tatiana N. C., Wolf- Vidali, M. 2001. “Bioremediation and
Rainer A., Heinrich L., Kenneth Overview”. Pure and Applied.
N. Timmis & Peter N. Golyshin. Chemistry.IUPAC, Vol. 73, 7:
2004. “Thalassolituus oleivorans 1163–1172.

Memasukkan: Mei 2009


Diterima: Desember 2009

161
J. Biol. Indon. Vol 6, No. 2 (2010)

PANDUAN PENULIS

Naskah dapat ditulis dalam bahasa Indonesia atau bahasa Inggris. Naskah disusun dengan urutan:
JUDUL (bahasa Indonesia dan Inggris), NAMA PENULIS (yang disertai dengan alamat Lembaga/
Instansi), ABSTRAK (bahasa Inggris, maksimal 250 kata), KATA KUNCI (maksimal 6 kata),
PENDAHULUAN, BAHAN DAN CARA KERJA, HASIL, PEMBAHASAN, UCAPAN
TERIMA KASIH (jika diperlukan) dan DAFTAR PUSTAKA.

Naskah diketik dengan spasi ganda pada kertas HVS A4 maksimum 15 halaman termasuk
gambar, foto, dan tabel disertai CD. Batas dari tepi kiri 3 cm, kanan, atas, dan bawah masing-
masing 2,5 cm dengan program pengolah kata Microsoft Word dan tipe huruf Times New Roman
berukuran 12 point. Setiap halaman diberi nomor halaman secara berurutan. Gambar dalam
bentuk grafik/diagram harus asli (bukan fotokopi) dan foto (dicetak di kertas licin atau di scan).
Gambar dan Tabel di tulis dan ditempatkan di halam terpisah di akhir naskah. Penulisan simbol α,
β, χ, dan lain-lain dimasukkan melalui fasilitas insert, tanpa mengubah jenis huruf. Kata dalam
bahasa asing dicetak miring. Naskah dikirimkan ke alamat Redaksi sebanyak 3 eksemplar (2 eksemplar
tanpa nama dan lembaga penulis).
Penggunaan nama suatu tumbuhan atau hewan dalam bahasa Indonesia/Daerah harus
diikuti nama ilmiahnya (cetak miring) beserta Authornya pada pengungkapan pertama kali.
Daftar pustaka ditulis secara abjad menggunakan sistem nama-tahun. Contoh penulisan
pustaka acuan sebagai berikut :

Jurnal :
Hara, T., JR. Zhang, & S. Ueda. 1983. Identification of plasmids linked with polyglutamate
production in B. subtilis. J. Gen. Apll. Microbiol. 29: 345-354.
Buku :
Chaplin, MF. & C. Bucke. 1990. Enzyme Technology. Cambridge University Press. Cambridge.
Bab dalam Buku :
Gerhart, P. & SW. Drew. 1994. Liquid culture. Dalam : Gerhart, P., R.G.E. Murray, W.A. Wood,
& N.R. Krieg (eds.). Methods for General and Molecular Bacteriology. ASM., Washington.
248-277.
Abstrak :
Suryajaya, D. 1982. Perkembangan tanaman polong-polongan utama di Indonesia. Abstrak
Pertemuan Ilmiah Mikrobiologi. Jakarta . 15 –18 Oktober 1982. 42.
Prosiding :
Mubarik, NR., A. Suwanto, & MT. Suhartono. 2000. Isolasi dan karakterisasi protease
ekstrasellular dari bakteri isolat termofilik ekstrim. Prosiding Seminar nasional Industri
Enzim dan Bioteknologi II. Jakarta, 15-16 Februari 2000. 151-158.
Skripsi, Tesis, Disertasi :
Kemala, S. 1987. Pola Pertanian, Industri Perdagangan Kelapa dan Kelapa Sawit di
Indonesia.[Disertasi]. Bogor : Institut Pertanian Bogor.
Informasi dari Internet :
Schulze, H. 1999. Detection and Identification of Lories and Pottos in The Wild; Information
for surveys/Estimated of population density. http//www.species.net/primates/loris/
lorCp.1.html.
J. Biol. Indon. Vol 6, No.2 (2010)

Kemampuan Kawasan Nir-Konservasi dalam Melindungi Kelestarian Burung Endemik 237


Dataran Rendah Pulau Jawa Studi Kasus di Kabupaten Kebumen
Eko Sulistyadi

Analysis of Nutrient Requirement and Feed Efficiency Ratio of Maroon Leaf Monkey 255
(Presbytis rubicunda Mueller, 1838)
Wartika Rosa Farida

Oksidasi Nitrit Oleh Bakteri Heterotrofik Pada Kondisi Aerobik 265


Dwi Agustiyani, Ruly Marthina Kayadoe & Hartati Imamuddin

Pencirian Karbon Organik Air Sungai Citarum Hulu Dari Masukan Air Limbah 277
Penduduk dan Industri
Eko Harsono & Sulung Nomosatryo

TULISAN PENDEK
Arti Kebun Raya Bogor Bagi Kehidupan Kumbang Sungut Panjang (Coleoptera, 289
Cerambicidae)
Woro Anggaraitoningsih Noerdjito