Bab I

Pendahuluan

1.1 Latar Belakang

Anabolisme adalah lintasan metabolisme yang menyusun beberapa senyawa
organik sederhana menjadi senyawa kimia atau molekul kompleks. Proses ini
membutuhkan energi dari luar. Anabolisme meliputi tiga tahapan dasar. Pertama,
produksi prekursor seperti asam amino, monosakarida, dan nukleotida. Kedua,
adalah aktivasi senyawa-senyawa tersebut menjadi bentuk reaktif menggunakan
energi dari ATP. Ketiga, penggabungan prekursor tersebut menjadi molekul
kompleks, seperti protein, polisakarida, lemak, dan asam nukleat.
Berawal tahun 1868 Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang
mengawali pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868,
dilaboratorium Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada
nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam
encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah
protein. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti
sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut
dalam basa tetapi tidak larut dalam asam, kemudian zat ini dinamakan ”nuclein”
sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa
asam nukleat merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal.
Ada dua jenis asam nukleat yaitu DNA (deoxyribonucleic acid) atau
asamdeoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid) atau asam ribonukleat. DNA
oleh seorang dokter muda Friedrich Miescher yang mempercayai bahwa
rahasiakehidupan dapat diungkapkan melalui penelitian kimia pada sel-sel.Sel
yang dipilih oleh Friedrich adalah sel yang terdapat pada nanah untuk dipelajari
nyadan ia mendapatkan sel-sel tersebut dari bekas pembalut luka yang
diperolehnya dari dari ruang bedah. Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan
memiliki peranan yang sangat penting dalam biosintesis protein. Baik DNA
maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikatpada protein yang
mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa
gabungan antara asam nukleat dengan protein ini disebut nukleoprotein. Molekul

1
 asam nukleat merupakan suatu polimer seperti protein, tetapi yang menjadi
monomer bukan asam amino, melainkan nukleotida. Pada makalah ini akan
dibahas mengenai anabolisme asam nukleat.
1.2 Rumusan Masalah
1. Bagaimanakah anabolisme asam nukleat.
2. Bagaimanakah biosintesis nukleosida dan nukleotida.
3. Bagaimanakah biosintesis DNA.

2
 Bab II
Isi
Anabolisme Asam Nukleat

2.1 Asam Nukleat

Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan
bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetic, kemudian menerjemahkan
informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-
masing sel. Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya deoksiribonukleotida ,
disebut asam deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri- dari unit-unit
ribonukleaotida disebut asam ribonukleaotida (RNA).
Asam Nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak
nukleotida. Bila nukleotida mengandung ribose, maka asam nukleat yang terjadi
adalah RNA (Ribnucleic acid = asam ribonukleat) yang berguna dalam sintesis
protein. Bila nukleotida mengandung deoksiribosa, maka asam nukleat yang
terjadi adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat) yang
merupakan bahan utama pementukan inti sel. Dalam asam nukleat terdapat 4 basa
nitrogen yang berbeda yaitu 2 purin dan 2 primidin. Baik dalm RNA maupun
DNA purin selalu adenine dan guanine. Dalam RNA primidin selalu sitosin dan
urasil, dalam DNA primidin selalu sitosin dan timin.
Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai nukleoprotein,
yaitu gabungan antara asam nukleat dengan protein. Untuk memperoleh asam
nukleat dari jaringan-jaringan tersebut, dapat dilakukan ekstraksi terhadap
nukleoprotein terlebih dahulu menggunakan larutan garam IM. Setelah
nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan atau dipecah menjadi protein-protein dan
asam nukleat dengan menambah asam-asam lemah atau alkali secara hati-hati,
atau dengan menambah NaCl hingga jenuh akan mengendapkan protein.
Cara lain untuk memisahkan asam nukleat dari protein ialah menggunakan
enzim pemecah protein, misal tripsin. Ekstraksi terhadap jaringan-jaringan
dengan asam triklorasetat, dapat pula memisahkan asam nukleat. Denaturasi
protein dalam campuran dengan asam nukleat itu dapat pula menyebabkan
terjadinya denaturasi asam nukleat itu sendiri. Oleh karena asam nukleat itu

3
 mengandung pentosa, maka bila dipanasi dengan asam sulfat akan terbentuk
furfural. Furfural ini akan memberikan warna merah dengan anilina asetat atau
warna kuning dengan p-bromfenilhidrazina. Apabila dipanasi dengan
difenilamina dalam suasana asam, DNA akan memberikan warna biru. Pada
dasarnya reaksi-reaksi warna untuk ribosa dan deoksiribosa dapat digunakan
untuk keperluan identifikasi asam nukleat.
2.2 Jenis-jenis Asam Nukleat
Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid)
atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat.
Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein
dan bersifat basa. Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa
gabungan antara protein danasam nukleat disebut nucleoprotein. Molekul asam
nukleat merupakan polimer sepertiprotein tetapi unit penyusunnya adalah
nukleotida. Salah satu contoh nukleutida asam nukleat bebas adalah ATP yang
berfungsi sebagai pembawa energy.

2.3 Struktur DNA dan RNA

Asam nukleat biasanya tersusun atas DNA dan RNA yang terdiri dari
monomer nukleotida,dimana nukleotida ini biasanya tersusun atas gugus fosfat,
basa nitrogen,dan gula pentosa serta kelompok basa purin dan piridin seperti:
adenine, guanine, sitosin, timin dan danurasil.
a. DNA (deoxyribonucleic acid)
Asam ini adalah polimer yang terdiri atas molekul-molekul
deoksiribonukleotida yang terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai
polinukleotida yang panjang. Molekul DNA yang panjang ini terbentuk oleh
ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada molekul
deoksiribosa dengan perantaraan gugus fosfat.
Secara kimia DNA mengandung karakteri/sifat sebagai berikut: 1.
Memiliki gugus gula deoksiribosa. 2. Basa nitrogennya guanin (G), sitosin
(C), timin (T) dan adenin (A). 3. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel 4.
Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan
spesifik satu dengan lain. Guanin selalu berpasangan dengan sitosin (G±C),

4
 dan adenidan adenin berpasangan dengan timin (A - T), sehingga jumlah
guanin selalu sama dengan jumlah sitosin. Demikian pula adenin dan timin.

b. RNA (Ribonukleat acid)

Asam ribonukleat adalah salah satu polimer yang terdiri atas molekul-
molekul ribonukleotida. Seperti DNA, asam ribonukleat ini terbentuk oleh
adanya ikatan antara atom C nomer 3 dengan atom C nomer 5 pada molekul
ribosa dengan perantaraan gugus fosfat. Dibawah ini adalah gambar struktur
sebagian dari molekul RNA:

5
 Meskipun banyak persamaannta dengan DNA, RNA mempunyai
beberapa perbedaan dengan DNA yaitu:
1. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA
adalah deoksiribosa.
2. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda. Bentuk molekul RNA bukan
heliks ganda, tetapi berupa rantai tunggal yang terlipat sehingga
menyerupai rantai ganda.
3. RNA mengandung basa Adenin, Guanin dan Sitosin seperti DNA, tetapi
tidak mengandung Timin. Sebagai gantinya, RNA mengandung Urasil.
Dengan demikian bagian basa pirimidin RNA berbeda dengan bagian
basa pirimidin DNA.
4. Jumlah Guanin adalah molekul RNA tidak perlu sama dengan Sitosin,
demikian pula jumlah adenin tidak harus sama dengan Urasil.

2.3 Nukleotida dan Nukleosida

Molekul nukleotida terdiri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat.
Molekul nukleosida terdiri atas pentosa (deoksiribosa atau ribose) yang
mengikat suatu basa (purin atau pirimidin). Jadi apabila suatu nukleoprotein
dihidrolisis sempurna akan dihasilkan protein, asam fosfat, pentosa dan basa
purin atau pirimidin. Rumus berikut ini akan memperjelas hasil hidrolisis suatu
nukleoprotein.
Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan yang berasal dari
RNA ialah ribose. Adapun basa purin dan basa pirimidin yang berasal dari DNA
ialah adenin,sitosin dan timin. Dari RNA akan diperoleh adenin, guanin, sitosin
dan urasil. Urasil terdapat dalam dua bentuk yaitu bentuk keto atau laktam dan
bentuk enol atau laktim. Pada PH cairan tubuh, terutama urasil terdapat dalam

6
entuk keto. Nukleosida terbentuk dari basapurin atau pirimidin dengan ribose
atau deoksiribosa. Basa purin atau pirimidin terikat padapentosa oleh ikatan
glikosidik,yaitu pada atom karbon nomor 1. Guanosin adalah suatunukleosida
yang terbentuk dari guanin dengan ribosa. Pada pengikatan glikosidik ini sebuah
molekul air yang dihasilkan terjadi dari atom hidrogen pada atom N-9 dari basa
purin dengan gugus OH pada atom C-1 dari pentosa. Untuk basa
pirimidin,gugus OH pada atom C-1 berikatandengan atom H pada atom N-1
Apabila pentose yang diikat oleh deoksiribosa, maka nama nukleosida
diberi tambahan deoksi di depanya. Sebagai contoh “deoksiadinosin,
deoksisitidin” dan sebagainya. Disamping lima jenis basa purin atau basa
pirimidin yang biasa terdapat pada asam nukleat, ada pula beberapa basa purin
dan basa pirimidin lain yang membentuk nukleosida. Hipoksantin dengan ribosa
akan membentuk hipoksantin nukleosida atau inosin. DNA pada bakteri ternyata
mengandung hidroksimetilsitosin.
Demikian pula tRNA (transfer RNA) mengandung derivat metal basa
purin atau basapirimidin, misalnya 6-N-dimetiladenin atau 2-N- dimetilguanin.
Dalam alam nukleosida terutama terdapat dalam bentuk ester fosfat yang disebut
nukleotida. Nukleotida terdapat sebagai molekul bebas atau berikatan dengan
sesama nukleotida membentuk asam nukleat.Dalam molekul nukleotida gugus
fosfat terikat oleh pentosa pada atom C-5.
Pentosa yang terdapat dalam molekul nukleotida pada contoh diatas ialah
ribosa. Apabila pentosanya deoksiribosa, maka ditambah deoksi di depan nama
nukleotida tersebut misalnya deoksiadenosin-monofosfat atau disingkat dAMP.
Ada beberapa nukleotida yang mempunyai gugus fosfat lebih dari 1 misalnya
adenosintrifosfat dan uridintrifosfat, kedua nukleotida ini mempunyai peranan
penting dalam reaksi-reaksi kimia dalam tubuh. Pada rumus molekul ATP dan
UTP, ikatan antara gugus-gugus fosfat diberi tanda yang khas. Pada proses
hidrolisis ATP akan melepaskan gugus fosfat dan terbentuk adenosindifosfat
(ADP). Pada hidrolis ini ternyata dibebaskan energy yang cukup besar yaitu
7.000 kal/mol ATP.Oleh karena itu ikatan antara gugus fosfat dinamakan “ikatan
berenergi tinggi” dan diberi tanda ~ .Dalam tubuh,ATP dan UTP berfungsi
sebagai penyimpan energi yang diperoleh dariproses oksidasi senyawa-senyawa

7
 dalam makanan kita untuk kemudian dibebaskan apabila energi tersebut
diperlukan.

2.4 Sintesis RNA dan DNA

a. Sintesis RNA
Sintesis RNA biasanya dikatalisis oleh enzim DNA-RNA polimerase-
menggunakan sebagai template, sebuah proses yang dikenal sebagai
transkripsi. Inisiasi transkripsi dimulai dengan pengikatan enzim ke urutan
promotor dalam DNA (biasanya ditemukan "upstream" dari gen).
DNA helix ganda dibatalkan oleh aktivitas helikase enzim. Enzim
kemudian berlanjut sepanjang untai template dalam arah 3 'to 5',
mensintesiskan molekul RNA komplementer dengan elongasi terjadi di 5 'ke 3'
arah. Urutan DNA juga menentukan di mana berakhirnya sintesis RNA akan
terjadi. RNA sering dimodifikasi oleh enzim setelah transkripsi. Misalnya, poli
dan topi 5 'ditambahkan ke mRNA eukariotik intron pra-dan dikeluarkan oleh
spliceosome. Ada juga sejumlah polimerase RNA RNA-tergantung yang
menggunakan RNA sebagai template mereka untuk sintesis untai baru RNA.
Sebagai contoh, sejumlah virus RNA (seperti virus polio) menggunakan jenis
enzim untuk mereplikasi materi genetik mereka. Juga, RNA-dependent RNA
polimerase merupakan bagian dari jalur interferensi RNA di banyak
organisme.
Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu
rantai cetakan atau sense, sedangkan rantai komplemennya disebut rantai
antisense. Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut
unit transkripsi. Informasi dari DNA untuk sintesis protein dibawa oleh
mRNA. RNA dihasilkan dari aktifitas enzim RNA polimerase. Enzim
polimerasi membuka pilinan kedua rantai DNA hingga terpisah dan
merangkaikan nukleotida RNA. Enzim RNA polimerase merangkai
nukleotida-nukleotida RNA dari arah 5‟ 3‟, saat terjadi perpasangan basa di
sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang cetakan
DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang DNA menandai dimana
transkripsi suatu gen dimulai dan diakhiri.

8
 Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi
(pemanjangan), terminasi (pengakhiran) rantai mRNA.
1. Inisiasi
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali
transkripsi disebut sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di
mana transkripsi dimulai, juga menentukan yang mana dari kedua untai
heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.
2. Elongasi
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks
ganda DNA, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari
cetakan DNA- nya.
3. Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan
DNA yang disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan
suatu urutan RNA yang berfungsi sebagai sinyal terminasi yang
sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat
pada akhir sinyal terminasi; yaitu, polimerase mencapai titik terminasi
sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel eukariotik
polimerase terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di
dalam mRNA. Pada titik yang lebih jauh kira-kira 10 hingga 35
nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut.
b.Sintesis DNA
Sintesis DNA disini dimaksud adalah replikasi DNA yaitu proses perbanyakan
bahan genetic. Pengkopian rangkaian molekul bahan genetik( DNA atau RNA)
sehingga dihasilkan molekul anakan yang sangat identik. Model replikasi
DNA secara semikonservatif menunjukkan bahwa DNA anakan terdiri atas
pasangan untaian DNA induk dan untaian DNA hasil sintesis baru. Model ini
memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk berperanan sebagai cetakan
(template) bagi pembentukan untaian DNA baru. Model ini memberikan
gambaran bahwa untaian DNA induk berperanan sebagai cetakan (template)
bagi pembentukan untaian DNA baru.
Komponen utama Replikasi, adalah sebagai berikut :
1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.

9
 2. Molekul deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTp.
Deoksiribonukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu: (i) basa purin atau
pirimidin, (ii) gula 5-karbon( deoksiribosa) dan (iii) gugus fosfat.
3. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisi proses
polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA.
4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk
memulai replikasi DNA.
5. Enzim pembuka ikatan untaian DNA induk, yaitu enzim helikase dan
enzim lain yang membantu proses tersebut yaitu enzim girase.
6. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah
terbuka,yaitu protein SSB (single strand binding protein).
7. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk
menyambung fragmen- fragmen DNA.
Meknisme dasar replikasi, adalah sebagai berikut :
1. Denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk,
2. Peng-"awal"-an( initiation, inisiasi) sintesis DNA.
3. Pemanjangan untaian DNA,
4. Ligasi fragmen-fragmen DNA, dan
5. Peng-"akhir"-an (termination, terminasi) sintesis DNA.
Sintesis untaian DNA yang baru akan dimulai segera setelah kedua untaian
DNA induk terpisah membentuk garpu replikasi Pemisahan kedua untaian DNA
induk dilakukan oleh enzim DNA helikase. Sintesis DNA berlangsung dengan
orientasi 5'-P, 3'-OH. Oleh karena ada dua untaian DNA cetakan yang
orientasinya berlawanan, maka sintesis kedua untaian DNA baru juga
berlangsung dengan arah geometris yang berlawanan namun semuanya tetap
dengan orientasi 5' , 3'.
Sintesis untaian DNA baru yang searah dengan pembukaan garpu replikasi
dapat berlangsung tanpa terputus (sintesis secara kontinu). Untaian DNA yang
disintesis secara kontinu semacam ini disebut sebagai untaian DNA awal
(leading strand). Sintesis untaian DNA baru yang searah dengan pembukaan
garpu replikasi dapat berlangsung tanpa terputus (sintesis secara kontinu).
Untaian DNA yang disintesis secara kontinu semacam ini disebut sebagai
untaian DNA awal (leading strand).
Pada untaian DNA awal, polimerisasi DNA berlangsung secara kontinu
sehingga molekul DNA baru yang disintesis merupakan satu unit. Pada untaian
DNA awal, polimerisasi DNA berlangsung secara kontinu sehingga molekul

10
 DNA baru yang disintesis merupakan satu unit. Fragmen-fragmen DNA pendek
yang disintesis tersebut disebut fragmen Okazaki, karena fenomena sintesis
DNA secara diskontinu tersebut pertama kali iungkapkan oleh Reiji Okazaki
pada tahun 1968.
Proses replikasi DNA merupakan suatu masalah yang kompleks, dan
melibatkan set protein dan enzim yang secara kolektif merakit nukleotida dalam
urutan yang telah ditentukan. Dalam menanggapi isyarat molekul yang diterima
selama pembelahan sel, molekul-molekul ini melakukan replikasi DNA, dan
mensintesis dua untai baru menggunakan helai yang ada sebagai template atau
‘cetakan’. Masing-masing dua resultan, molekul DNA yang identik terdiri dari
satu untai baru lama dan salah satu DNA. Oleh karena itu proses replikasi DNA
disebut sebagai semi-konservatif.
Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA prokariotik telah
dijelaskan di bawah ini.

❶ Inisiasi

Replikasi DNA dimulai pada lokasi

spesifik disebut sebagai asal replikasi,
yang memiliki urutan tertentu yang bisa
dikenali oleh protein yang disebut
inisiator DnaA. Mereka mengikat
molekul DNA di tempat asal, sehingga
mengendur untuk docking protein lain
dan enzim penting untuk replikasi
DNA. Sebuah enzim yang disebut
helikase direkrut ke lokasi untuk
unwinding (proses penguraian) heliks
dalam alur tunggal.

11
 Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu
replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi). Setelah heliks yang unwound, protein yang disebut untai tunggal
mengikat protein (SSB) mengikat daerah unwound, dan mencegah mereka untuk
annealing (penempelan). Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi
dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.

❷ Sintesis Primer

Sintesis DNA Primer

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara independen,
dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida
komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang
merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan
pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri
dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan
untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua untai,
DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
Unwinding DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral yang
mengganggu) di wilayah berikut garpu. Ini superkoil DNA Unwinding oleh enzim
khusus yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan garpu

12
replikasi. Ini menciptakan nick di untai DNA dalam rangka untuk meringankan
supercoil tersebut.
❸ Sintesis leading strand

Replikasi DNA untaian pengawal (leading strand)

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3
‘dari untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3 ‘saja.
Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada
satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal
(leading strand). Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3 ‘OH akhir
primer RNA, dan menambahkan nukleotida komplementer baru. Seperti garpu
replikasi berlangsung, nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga
menghasilkan untai baru.
❹ Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)
Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan
serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3′. Fragmen ini disebut
fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus
menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak
proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.

13
sintesis lagging Strand
Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai
unwound. DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida
baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan
demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu geser lebih lanjut up-stream
untuk memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA
di tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.
❺ Penghapusan Primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru
terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA
polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA melalui ’5→ 3′
aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida
baru oleh 5 ‘→ 3′ aktivitas polimerase DNA.

menghilangkan primer RNA

❻ Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah
atau nick antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan

14
segel nick tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3′
gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.

Ligasi
❼ Pemutusan
Replikasi mesin ini menghentikan di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari
urutan nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur
helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan terdekat untai
tunggal protein pengikat.

2.5 Transkripsi dan Translasi

Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada
urutan DNA meniadi molekul RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali
ekspresi sifat-sifat genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan
nukleotida pada salah satu untaian molekul RNA digunakan sebagai cetakan
(template) untuk sintesis molekul RNA yang komptementer.
Translasi adalah proses penerjemah urutan nucleotida yang ada pada
molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu
polipeptida atau protein. Hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan
rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan)

15
 urutan DNA yang menyusun suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame,
kerangka baca terbuka). Molekul rRNA adalah salah satu molekul penyusun
ribosom, yakni organel tempat berlangsungnya sintesis protein, tRNA adalah
pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida.
Dalam proses translasi, rangkaian nukleotida pada mRNA akan dibaca tiap
tiga nukleotida sebagai satu kodon untuk satu asam amino, dan pembacaan
dimulai dari urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau AUG pada RNA).
2.6 Biosintesis Nukleotida
a. Biosintesis Nukleotida Purin
Terjadinya sintesis purin dalam hati. Sintesis dari nukleotida purin dimulai
dengan PRPP dan mengarah ke penuh pertama terbentuk nukleotida, inosine
5′-monophosphate (IMP). jalur ini adalah diagram di bawah ini. Basis purin
tanpa terikat pada molekul ribosa terlampir adalah Hipoxantina. Basis purin
dibangun di atas ribosa dengan beberapa amidotransferase dan reaksi
transformylation. Sintesis IMP membutuhkan lima mol ATP, dua mol
glutamin, satu mol glisin, satu mol CO 2, satu mol aspartate dan dua mol
formate. Para moieties formil dilakukan pada tetrahydrofolate (THF) dalam
bentuk N 5, N 10-methenyl-THF dan N 10-formil-THF.

16
17
 Sintesis AMP dan GMP dari IMP
Sintesis pertama terbentuk sepenuhnya nukleotida purin, monophosphate
inosine, IMP dimulai dengan 5-phospho-α-ribosyl-1-pirofosfat, PRPP.
Melalui serangkaian reaksi menggunakan ATP, tetrahydrofolate (THF)
derivatif, glutamin, glisin dan aspartate ini menghasilkan jalur IMP.
Tingkat membatasi reaksi ini dikatalisis oleh glutamin amidotransferase
PRPP, enzim ditunjukkan oleh 1 pada Gambar tersebut. Struktur
nucleobase dari IMP (Hipoxantina) akan muncul.
IMP merupakan titik cabang untuk biosintesis purin, karena dapat
dikonversi menjadi baik AMP atau GMP melalui dua jalur reaksi yang
berbeda. jalur yang mengarah ke AMP memerlukan energi dalam bentuk
GTP; yang mengarah ke GMP memerlukan energi dalam bentuk ATP.
Pemanfaatan GTP dalam jalur untuk sintesis AMP memungkinkan sel
untuk mengontrol proporsi AMP dan GMP untuk dekat kesetaraan. GTP
akumulasi kelebihan akan menyebabkan sintesis AMP dipercepat dari IMP
sebaliknya, dengan mengorbankan sintesis GMP. Sebaliknya, sejak
konversi IMP untuk GMP memerlukan ATP, akumulasi kelebihan ATP
menyebabkan sintesis percepatan GMP atas yang AMP.

18
c. Biosintesis Nukleotida Pirimidin
Sintesis pirimidin kurang kompleks dibandingkan dengan purin, karena
dasar jauh lebih sederhana. . Basis menyelesaikan pertama adalah berasal dari
1 mol glutamin, satu mol ATP dan satu mol CO 2 (yang merupakan
karbamoilfosfat) dan satu mol aspartate. Sebuah mol tambahan glutamin dan
ATP diperlukan dalam konversi UTP untuk CTP. Jalur biosintesis pirimidin
adalah diagram di bawah ini.
Karbamoilfosfat digunakan untuk sintesis nukleotida pirimidin berasal
dari glutamin dan bikarbonat, dalam sitosol, yang bertentangan dengan siklus
urea carbamoyl fosfat berasal dari amonia dan bikarbonat dalam mitokondria.
Reaksi siklus urea dikatalisis oleh sintetase karbamoilfosfat I (CPS-I)
sedangkan prekursor nukleotida pirimidin disintesis oleh CPS-II. Carbamoyl

19
phosphate is then condensed with aspartate in a reaction catalyzed by the rate
limiting enzyme of pyrimidine nucleotide biosynthesis, aspartate
transcarbamoylase (ATCase). karbamoilfosfat kemudian kental dengan
aspartat dalam reaksi dikatalisis oleh enzim rate limiting biosintesis
nukleotida pirimidin, transcarbamoylase aspartate (ATCase).
 Sintesis karbamoilfosfat oleh CPS II
Sintesis UMP dari karbamoilfosfat. Carbamoyl fosfat digunakan dalam
sintesis nukleotida pirimidin berbeda dari yang disintesis pada siklus urea,
yang merupakan sintesis dari glutamin bukan amonia dan disintesis dalam
sitosol. Reaksi ini dikatalisis oleh fosfat II carbamoyl sintetase (CPS-II).
Selanjutnya karbamoilfosfat dimasukkan ke dalam jalur biosintesis
nukleotida pirimidin melalui aksi transcarbamoylase aspartate, ATCase
(enzim # 1) yang merupakan rate limiting langkah dalam biosintesis
pirimidin Setelah selesai sintesis UMP dapat terfosforilasi untuk UTP dan
digunakan sebagai substrat untuk synthase CTP untuk sintesis nukleotida
CTP uridina. Juga merupakan prekursor untuk sintesis de novo dari
nukleotida timin.
Sintesis pirimidin berbeda dalam dua cara yang signifikan dari tahun
purinPertama, struktur cincin dipasang sebagai basa bebas, tidak dibangun di
atas PRPP. PRPP akan ditambahkan ke base pertama terbentuk sepenuhnya
pirimidin (asam orotic), membentuk monophosphate orotate (OMP), yang
kemudian dekarboksilasi menjadi UMP. Kedua, tidak ada cabang di jalur
sintesis pirimidin. UMP adalah fosforilasi dua kali untuk menghasilkan UTP
(ATP merupakan donor fosfat). Yang pertama adalah fosforilasi dikatalisis
oleh kinase uridylate dan yang kedua oleh nukleosida difosfat kinase mana-
mana. Akhirnya UTP adalah aminated oleh aksi synthase CTP, menghasilkan
CTP. Para nukleotida timin yang pada gilirannya diturunkan oleh sintesis de
novo dari Dump atau dengan jalur selamatkan dari deoxyuridine atau
deoxythymidine.

20
 Sintesis CTP dari UTP
De novo jalan menuju dTTP sintesis pertama yang membutuhkan
penggunaan Dump dari metabolisme baik UDP atau CDP. tempat
pembuangan sampah diubah menjadi dTMP oleh aksi synthase timidilat.
Kelompok metil (ingat timin yang 5-metil urasil) adalah disumbangkan
5, 10-metilen
oleh N THF N, mirip dengan sumbangan dari kelompok metil
selama biosintesis dari purin. Sifat unik dari tindakan synthase timidilat
adalah bahwa THF dikonversi menjadi dihydrofolate (DBD), yang hanya
menghasilkan reaksi seperti DBD dari THF. Agar reaksi synthase timidilat
untuk melanjutkan, THF harus dibuat ulang dari DBD. Hal ini dilakukan
melalui aksi reduktase dihydrofolate (DHFR). . THF kemudian dikonversi
5, 10-THF
menjadi N N melalui tindakan transferase hidroksimetil serin.
Peran penting dalam biosintesis nukleotida DHFR timidin membuat target
yang ideal untuk agen kemoterapi.

21
22
 Bab III
Kesimpulan

3.1 Kesimpulan
Adapun kesimpulan dari makalah ini antara lain:
a. Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida.
b. Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya deoksiribonukleotida, disebut
asam deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri dari unit-unit
ribonukleotida disebut asam ribonukleaotida (RNA).

Daftar Pustaka

Anonim, 2014. Tahap Proses Replikasi DNA. http://www.sridianti.com/tahap-

proses-replikasi-dna-7-langkah.html. Diakses pada tanggal 21 Mei 2014.

Anonim, 2014. Metabolisme nukleotida purin pirimidin.http://septimargi.

wordpress.com /2010/07/28/metabolisme-nukleotida-purin-pirimidin/. Diakses
pada tanggal 21 Mei 2014.

Dryer, L Robert. 1994. BIOKIMIA suat pendekatan berorientasi kasus. UI

press.Jakarta

23
Lehninger, Albert. 1982. Dasar-Dasar Biokimia. Erlangga. Jakarta.
Mardjono, Mahar. 2007. Farmakologi dan Terapi. Universitas Indonesia Press.
Jakarta.
Murray, Robert K, 1996, Harper’s, Biochemistry. Mc Graw Hill. New York.
Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwell VW. 2003, Biokimia Harper, Edisi
XXV, Penerjemah Hartono Andry, Jakarta: EGC
Poedjiadi, Anna. 2007. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta: UI Press
Stryer L. 1996. Biokimia Edisi IV. Penerjemah: Sadikin dkk (Tim Penerjemah Bagian
Biokimia FKUI). Jakarta: EGC

24