BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Pendahuluan

Asam nukleat merupakan pengemban kode genetik dalam sistem kehidupan.

Karena informasi yang terkandung dalam asam-asam nukleat itu, suatu

organisme mampu membiosintesis tipe protein yang berlainan (rambut, kulit,

otot, enzim dan sebagainya) dan memproduksi lebih banyak organisme dari

jenisnya sendiri. Asam nukleat merupakan suatu polimer yang terdiri dari banyak

molekul nukleotida. Ada dua macam asam nukleat, yaitu DNA dan RNA. DNA

terutama dijumpai dalam inti sel, asam ini merupakan pengemban kode genetik

dan dapat mereproduksi atau mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk sel-

sel baru untuk reproduksi organisme itu, dalam sebagian besar organisme, DNA

suatu sel mengarahkan sintesis molekul RNA. Satu tipe RNA yakni RNA

pesuruh (mRNA) meninggalkan inti sel dan mengarahkan biosintesis dari

berbagai tipe protein dalam organisme itu sesuai dengan kode DNAnya.

Asam-asam Anukleat terdapat pada jaringan-jaringan tubuh sebagai

nukleoprotein, yaitu gabungan antara asam nukleat dengan protein. Untuk

memperoleh asam nukleat dari jaringan-jaringan tersebut, dapat di lakukan

ekstraksi terhadap nukleoprotein terlebih dahulu menggunakan larutan garam

1M. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan menjadi protein-protein dan

asam nukleat dengan menambah asam-asam lemah atau alkali secara hati-hati,

atau dengan menambah NaCl hingga larutan menjadi jenuh. Setelah terpisah dari
protein yang mengikatnya, asam nukleat dapat diendapkan dengan penambahan

alkohol perlahan-lahan. Disamping itu penambahan NaCl hingga jenuh akan

mengendapkan protein.

Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan

oleh Santoriopada tahun1614 di dalam bukunya, “Ars de statica medecina” yang

membuatnya terkenal di Eropa. Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang

dilakukannya , yang melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi

yang digantung pada sebuah timbangan besar sebelum dan sesudah makan, tidur ,

bekerja, berpuasa makan atau minum, dan buang air besar . Dia menemukan

bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannnya hilang dari tubuh melalui

“perspiratioinsensibilis” (mungkin dapat diterjemahkan sebagai keringatan yang

tidak tampak). Secara umum, metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi

kimia organik yaitu:

1) Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa moleku organik

untuk mendapatkan energy.

2) Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-

molekul tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh.

Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap

organismeuntuk dapat bertahan hidup. Arah lintasan metabolisme ditentukan

oleh suatusenyawa yang disebut sebagai hormon, dan dipercepat (dikatalisis)

oleh enzim. Ada dua jenis asam nukleat yaitu DNA ( deoxyribonucleic acid )

atau asam deoksiribonukleat dan RNA ( ribonucleic acid ) atau asam

ribonukleat.DNA ditemukan padatahun 1869 oleh seorang dokter muda

Friedrich Miescher yang mempercayai bahwa rahasia kehidupan dapat

diungkapkan melalui penelitian kimia pada sel-sel. Sel yang dipilih oleh

Friedrich adalah sel yang terdapat pada nanah untuk dipelajarinya dan ia

mendapatkan sel-sel tersebut dari bekas pembalut luka yang diperolehnya

dari dari ruang bedah. Sel-sel tersebut dilarutkan nya dalam asam encer dan

dengan cara ini diperolehnya intisel yang masih terikat pada sejumlah

protein. Kemudian dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat

memperoleh inti sel saja dan dengan cara dan dengan cara ekstraksi terhadap

inti sel ini ia memperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut

dalam asam. Pada waktu itu ia belum menentukan rumus kimia untuk untuk

zat tersebut,sehingga ia menamakannya nuclein. Sebenarnya apa yang ia

peroleh dari ekstrak inti sel tersebut adalah campuran senyawa-senyawa

yang mengandung 30% DNA. Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan

memiliki peranan yang sangat penting dalam biosintesis protein. Baik DNA

maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat pada protein yang

mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon.

Senyawa gabungan antara asam nukleat dengan protein ini disebut

nukleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan suatu polimer seperti

protein, tetapi yang menjadi monomer bukan asam amino , melainkan

nukleotida. Dibawah ini merupakan hasil hidrolisis nucleoprotein :

a. Asam nukleat

b. Nukleotida

c. Protein
 d. Asam fosfat

e. Nukleosida

f. Basa purin/basa pirimidin

g. Pentosa

1.2 Rumusan masalah

Mengetahui tentang proses dan enzim yang berperan dalam metabolisme asam

nukleat.
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang

peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya

tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida

karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap

nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan

basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua macam asam nukleat, yaitu

asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat

atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua

macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya.Pada

RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya

mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan

gula 2’-deoksiribosa.

Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya.

Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin

aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi

dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin

(bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik).

Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan
 tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA.Kalau pada DNA

basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin

dan sebagai gantinya terdapat urasil (U).Timin berbeda dengan urasil hanya

karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga

dikatakan sebagai 5-metilurasil.

2.2 Komponen Asam Nukleat

a. Gugus fosfat

b. Gula pentosa

c. Basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N-

lah yang memungkinkan terjadinya variasi.Pada kenyataannya memang urutan

(sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi

spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan

berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan

suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.

Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer

berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula

pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat

dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara

umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat.Sebagai

contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan

nukleosida dengan tiga gugus fosfat.

 Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya

dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan

ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin

monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah

deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2’-deoksiribo)nukleosidanya terdiri

atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin.

Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan

protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme

hidup. Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen

DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet',

tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan

satu asam amino (atau kode untuk berhenti), monomer yang menyusun protein.Lihat

ekspresi genetic untuk keterangan lebih lanjut. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA

menunjukkan bukti yang mendukung atas teori 'dunia RNA', yang menyatakan bahwa

pada awal proses evolusi, RNA merupakan bahan genetik universal sebelum

organisme hidup memakai DNA.2.3 Mekanisme kerja Metabolisme Asam Nukleat

2.3 Sifat fisika dan kimia Asam Nukleat

1. Stabilitas asam nukleat

Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun

struktur sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut

menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang

berpasangan. Padahal, sebenarnya tidaklah demikian.Ikatan hidrogen di antara

 pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen

antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal.

Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam

nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa.Penentu

stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking

interactions) antara pasangan-pasangan basa.Permukaan basa yang bersifat

hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela

perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.

2. Pengaruh asam

Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari

100ºC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-

komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan

glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat

dikatakan bersifat apurinik.

3. Pengaruh alkali

Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan

status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan

perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena

molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan

menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya

rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada

RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap
 hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom

C nomor 2 di dalam gula ribosanya.

4. Denaturasi kimia

Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat

pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan

formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-

senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen.Artinya, stabilitas struktur

sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami

denaturasi.

5. Viskositas

DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi

karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai

beberapa sentimeter.Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis

memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga

larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah

molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik.Hal ini

menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA

yang utuh.

6. Kerapatan apung

Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung

(bouyant densitynya). Di dalam larutan yang mengandung garam pekat

dengan berat molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA

mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7
 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi,

maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan

membentuk gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi

menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal

sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density

gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.

Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di

dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik

dari RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk

keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi

linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 + 0,098% (G + C).

2.4 Proses Metabolisme Asam Nukleat

2.4.1 Degradasi Nukleotida

2.4.1.1 Proses

Asam nukleat dalam usus halus terjadi pemutusan ikatan fosfodiester oleh

endonuklease (pankreas) oligonukleotida , dipecah lebih lanjut dengan fosfodiesterase

(enzim exonuclease non spesifik) mononukleotida, dipecah lebih lanjut

fosfomonoesterase dikenal sebagai nukleotidase menghasilkan nukleosida dan fosfat

dengan nukleosida fosforilase menghasilkan basa dan ribose-1-fosfat

 2.4.1.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.1.2.1 Endonuklease

‒ Pengertian

Endonuklease adalah enzim yang memecah ikatan fosfodiester dalam rantai

polinukleotida. Beberapa, seperti deoksiribonuklease saya, memotong DNA relatif

nonspesifik (tanpa memperhatikan urutan), sementara banyak, biasanya disebut

endonuklease restriksi atau enzim restriksi, membelah hanya pada urutan nukleotida

yang sangat spesifik.

Enzim restriksi endonuklease adalah dari Eubacteria dan archaea yang mengakui

urutan DNA tertentu. Urutan nukleotida diakui untuk pembelahan oleh enzim

restriksi disebut situs pembatasan. Biasanya, situs pembatasan akan urutan

palindromic sekitar 4-6 nukleotida panjang. Kebanyakan endonuklease restriksi

membelah untai DNA tidak merata, meninggalkan melengkapi untai tunggal berakhir.

Tujuan ini dapat berhubungan kembali melalui hibridisasi dan disebut "ujung

lengket". Setelah dipasangkan, obligasi fosfodiester fragmen dapat bergabung dengan

DNA ligase. Ada ratusan endonuklease restriksi dikenal, masing-masing menyerang

situs pembatasan yang berbeda. Fragmen DNA dibelah oleh endonuklease yang sama

dapat bergabung bersama-sama tanpa memandang asal-usul DNA. DNA tersebut

disebut DNA rekombinan; DNA dibentuk oleh bergabung gen ke dalam

endonuklease combinationsRestriction baru (enzim restriksi) dibagi menjadi tiga

kategori, Tipe I, Tipe II, dan Type III, menurut mekanisme aksi mereka. Enzim ini
 sering digunakan dalam rekayasa genetika untuk membuat DNA rekombinan untuk

pengenalan ke bakteri, tanaman, atau sel-sel hewan, serta dalam biologi sintetis

‒ Kategori

ada tiga kategori endonuklease restriksi yang relatif kontribusi pada pembelahan

urutan tertentu. Jenis I dan III yang kompleks multisubunit besar yang mencakup baik

endonuklease dan kegiatan methylase. Tipe I dapat membelah di situs acak dari

sekitar 1.000 pasangan basa atau lebih dari urutan pengakuan dan memerlukan ATP

sebagai sumber energi. Tipe II berperilaku sedikit berbeda dan pertama kali diisolasi

oleh Hamilton Smith pada tahun 1970. Mereka adalah versi sederhana dari

endonuklease dan tidak memerlukan ATP dalam proses degradasi mereka. Beberapa

contoh tipe II endonuklease restriksi BamHI termasuk, EcoRI, EcoRV, dan Haelll.

Tipe III, namun, memotong DNA pada sekitar 25 pasangan basa dari urutan

pengakuan dan juga memerlukan ATP dalam proses

2.4.1.2.2 Fosfodieterase

‒ Pengertian

Fosfodiesterase (PDE) adalah enzim yang memecah ikatan fosfodiester. Biasanya,

orang berbicara tentang phosphodiesterase mengacu fosfodiesterase nukleotida siklik,

yang memiliki signifikansi klinis besar dan dijelaskan di bawah ini. Namun, ada
 banyak keluarga lain fosfodiesterase, termasuk fosfolipase C dan D, autotaxin,

sphingomyelin phosphodiesterase, DNases, RNases, dan endonuklease restriksi (yang

semua mematahkan tulang punggung fosfodiester DNA atau RNA), serta berbagai

kurang baik ditandai fosfodiesterase molekul kecil.

Fosfodiesterase nukleotida siklik terdiri sekelompok enzim yang mendegradasi ikatan

fosfodiester di kedua molekul pembawa pesan cAMP dan cGMP. Mereka mengatur

lokalisasi, durasi, dan amplitudo siklik nukleotida sinyal dalam domain subselular.

Oleh karena itu PDE adalah regulator penting dari transduksi sinyal dimediasi oleh

molekul-molekul pembawa pesan kedua.

‒ Nomenklatur dan klasifikasi

PDE nomenklatur menandakan keluarga PDE dengan angka Arab, kemudian huruf

kapital menunjukkan gen dalam keluarga, dan angka Arab kedua dan terakhir

kemudian menunjukkan varian sambatan berasal dari sebuah gen tunggal (misalnya,

PDE1C3: keluarga 1, gen C , splicing varian 3)

Superfamili dari PDE enzim diklasifikasikan menjadi 12 keluarga, yaitu PDE1-

PDE12, pada mamalia. Klasifikasi ini didasarkan pada:

PDE substrat kekhususan oleh keluarga enzim. Kedua berarti menghidrolisis baik

cAMP dan cGMP.

PDE berbeda dari keluarga yang sama secara fungsional terkait meskipun fakta

bahwa sekuens asam amino mereka dapat menunjukkan perbedaan yang cukup besar.

[7] PDE memiliki kekhususan substrat yang berbeda. Beberapa hidrolase cAMP-
 selektif (PDE4, 7 dan 8); lain cGMP-selektif (PDE5, 6, dan 9). Lainnya dapat

menghidrolisis baik cAMP dan cGMP (PDE1, 2, 3, 10, dan 11). PDE3 kadang-

kadang disebut sebagai cGMP-dihambat phosphodiesterase. Meskipun PDE2 dapat

menghidrolisis kedua nukleotida siklik, pengikatan cGMP ke domain GAF-B

peraturan akan meningkatkan cAMP afinitas dan hidrolisis yang merugikan cGMP.

Mekanisme ini, serta yang lain, memungkinkan untuk cross-peraturan cAMP dan

cGMP jalur. PDE12 memotong cAMP dan oligoadenylates.

‒ Signifikansi klinis

Enzim phosphodiesterase sering target untuk penghambatan farmakologi karena

distribusi mereka yang unik jaringan, sifat struktural, dan sifat fungsional.

Inhibitor PDE dapat memperpanjang atau meningkatkan efek proses fisiologis

dimediasi oleh cAMP atau cGMP oleh penghambatan degradasi mereka dengan PDE.

Sildenafil (Viagra) adalah inhibitor cGMP-spesifik phosphodiesterase tipe 5, yang

meningkatkan efek vasodilatasi dari cGMP dalam corpus cavernosum dan digunakan

untuk mengobati disfungsi ereksi. Sildenafil juga saat ini sedang diselidiki untuk efek

myo dan kardioprotektif, dengan minat khusus yang diberikan kepada nilai terapeutik

senyawa dalam pengobatan distrofi otot Duchenne dan benign prostatic hyperplasia.

Inhibitor PDE telah diidentifikasi sebagai terapi potensial baru di daerah seperti

hipertensi paru arteri, penyakit jantung koroner, demensia, depresi, asma, PPOK,

infeksi protozoa (termasuk malaria) dan skizofrenia.

 2.4.1.2.3 Nukleotidase

‒ Pengertian

Sebuah nucleotidase adalah enzim hidrolitik yang mengkatalisis hidrolisis nukleotida

menjadi nukleosida dan fosfat. Misalnya, mengubah adenosine monophosphate ke

adenosin, dan guanosin monofosfat untuk guanosin. Nucleotidases memiliki fungsi

penting dalam pencernaan dalam bahwa mereka memecah asam nukleat dikonsumsi.

Mereka dapat dibagi menjadi dua kategori, berdasarkan akhir yang dihidrolisis:

EC 3.1.3.5: 5'-nucleotidase - NT5C, NT5C1A, NT5C1B, NT5C2, NT5C3

EC 3.1.3.6: 3'-nucleotidase - NT3

5'-Nucleotidases membelah off fosfat dari ujung 5 'dari bagian gula. Mereka dapat

diklasifikasikan ke dalam berbagai jenis tergantung pada preferensi substrat dan

lokalisasi subselular. Membran-terikat 5'-nucleotidases menampilkan kekhususan

terhadap monophosphates adenosin dan terlibat terutama dalam penyelamatan

nukleotida preformed dan sinyal kaskade transduksi melibatkan reseptor purinergic.

Larut 5'-nucleotidases semua diketahui milik superfamili dehalogenase haloacid

enzim, yang merupakan dua protein domain ditandai dengan Rossman dimodifikasi
 lipat sebagai inti dan topi variabel atau tudung. Bentuk larut lanjut

disubklasifikasikan didasarkan pada kriteria yang disebutkan di atas. MDN dan CDN

yang nucleotidases 5'-3'-pirimidin mitokondria dan sitosol. CN-I adalah nucleotidase

sitosol (CN) ditandai dengan afinitas ke arah AMP sebagai substrat nya. CN-II

diidentifikasi oleh afinitas ke arah baik IMP atau GMP atau keduanya. CN-III adalah

pirimidin 5'-nucleotidase. 5'-Nucleotidases terlibat dalam fungsi beragam seperti

komunikasi sel-sel, perbaikan asam nukleat, purin penyelamatan jalur untuk sintesis

nukleotida, transduksi sinyal, transportasi membran, dll

2.4.1.2.4 Nukleotida Fosforilase

‒ Pengertian

Purin fosforilase nukleosida adalah enzim yang terlibat dalam metabolisme purin.

PNP memetabolisme inosin ke hipoksantin dan guanosin menjadi guanin, dalam

setiap kasus menciptakan ribosa fosfat. Catatan: adenosin pertama dimetabolisme

untuk inosin melalui deaminase enzim adenosine.

Fosforilase nukleosida adalah enzim yang memotong sebuah nucleoside oleh

fosforilasi ribosa untuk menghasilkan nucleobase dan ribosa 1 fosfat. Ini adalah salah

satu enzim dari jalur nukleotida penyelamatan. Jalur ini memungkinkan sel untuk

menghasilkan monophosphates nukleotida ketika de novo sintesis jalur telah

terganggu atau tidak ada (seperti halnya di otak). Seringkali de novo jalur terganggu

sebagai akibat dari obat kemoterapi seperti methotrexate atau aminopterin.

 Semua enzim penyelamatan jalur memerlukan donor fosfat energi tinggi seperti ATP

atau PRPP.

‒ Signifikansi klinis

PNPase, bersama-sama dengan deaminase adenosin (ADA), melayani peran kunci

dalam purin katabolisme, disebut sebagai jalur penyelamatan. Mutasi ADA

menyebabkan akumulasi (d) ATP, yang menghambat ribonucleotide reduktase, yang

mengarah ke kekurangan dalam (d) CTPs dan (d) TTPs, yang, pada gilirannya,

menginduksi apoptosis pada T-limfosit dan B-limfosit, terkemuka untuk

immunodeficiency gabungan yang parah (SCID). [rujukan?]

Pasien PNP-kekurangan akan memiliki masalah immunodeficiency. Ini

mempengaruhi hanya T-sel; -Sel B tidak terpengaruh oleh kekurangan.

2.4.2 Biosintesis Nukleotida (De Novo Synthesis)

2.4.2.1 Proses

Purin disintesis menggunakan Ribosa 5-fosfat sebagai substrat awal (step by step),

kemudian pembentukan PRPP (fosforibosil difosfat) dimana R-5-P sebagai donor

 aktif, lalu pembentukan IMP (inosin monofosfat), dan akhirnya pembentukan AMP

dan GMP dari IMP

2.4.2.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.2.2.1 Ribosa 5 Fosfat

‒ Pengertian

Ribosa 5-fosfat adalah baik produk dan perantara dari jalur fosfat pentosa. Langkah

terakhir dari reaksi oksidatif dalam jalur fosfat pentosa adalah produksi ribulosa 5-

fosfat. Tergantung pada negara tubuh, ribulosa 5-fosfat reversibel dapat isomerize

untuk ribosa 5-fosfat. Ribulosa 5-fosfat alternatif dapat menjalani serangkaian

isomerizations serta transaldolations dan transketolations yang menghasilkan

produksi fosfat pentosa lainnya serta fruktosa 6-fosfat dan gliseraldehida 3-fosfat

(baik perantara dalam glikolisis).

Difosfokinase enzim ribosa-fosfat mengkonversi ribosa-5-fosfat menjadi

phosphoribosyl pirofosfat.

2.4.2.2.2 Aminotransferase

‒ Pengertian
Dalam biokimia, sebuah transaminase atau aminotransferase adalah enzim yang

mengkatalisis tipe reaksi antara asam amino dan asam α-keto. Mereka adalah penting

dalam sintesis asam amino, yang membentuk protein. Dalam pengobatan, mereka

adalah indikator penting dari kerusakan hati.

Asam amino mengandung amina (NH2) kelompok. Suatu asam keto berisi keto (= O)

kelompok. Dalam transaminasi, kelompok NH2 pada satu molekul dipertukarkan

dengan = O kelompok pada molekul lain. Asam amino menjadi asam keto sebuah,

dan asam keto menjadi asam amino.

Beberapa kegiatan transaminasi ribosom telah ditemukan dikatalisis oleh yang

disebut ribozim (RNA enzim). Contoh menjadi ribozim martil, ribozim VS dan

ribozyme hairpin.

Enzim transaminase yang penting dalam produksi berbagai asam amino, dan

mengukur konsentrasi berbagai transaminase dalam darah adalah penting dalam

banyak penyakit mendiagnosa dan pelacakan. Transaminase memerlukan koenzim

piridoksal-fosfat, yang diubah menjadi pyridoxamine di tahap pertama reaksi, ketika

asam amino diubah menjadi asam keto. Enzim-terikat pyridoxamine pada gilirannya

bereaksi dengan piruvat, oksaloasetat, atau alpha-ketoglutarat, memberikan alanin,

asam aspartat, asam glutamat atau masing-masing. Banyak reaksi transaminasi terjadi

pada jaringan, dikatalisis oleh transaminase khusus untuk amino / keto pasangan

asam tertentu. Reaksi yang mudah reversibel, arah yang ditentukan oleh yang reaktan
yang berlebihan. Enzim spesifik nama dari salah satu pasangan reaktan, misalnya;

reaksi antara asam glutamat dan asam piruvat untuk membuat asam ketoglutarat alpha

dan alanin disebut glutamat-piruvat transaminase atau GPT untuk pendek.

Kegiatan jaringan transaminase dapat diselidiki dengan menginkubasi homogenat

dengan berbagai pasang amino / asam keto. Transaminasi ditunjukkan jika asam

amino baru yang sesuai dan asam keto terbentuk, seperti diungkapkan oleh

kromatografi kertas. Reversibilitas ditunjukkan dengan menggunakan keto / amino

acid pasangan yang saling melengkapi sebagai awal reaktan. Setelah kromatogram

telah diambil dari pelarut kromatogram kemudian diobati dengan ninhidrin untuk

menemukan tempat.

Kehadiran transaminase tinggi dapat menjadi indikator kerusakan hati. Dua enzim

transaminase penting adalah transaminase aspartat (AST), juga dikenal sebagai serum

transaminase oksaloasetat glutamat (SGOT); dan alanin transaminase (ALT), juga

disebut SGPT (ALAT) atau serum glutamat-piruvat transaminase (SGPT). Penemuan

ini dibuat oleh Fernando De Ritis, Mario Coltorti dan Giuseppe Giusti pada tahun

1955 di University of Naples

2.4.3 Biosintesis Nukleotida (Salvage Pathways)

2.4.3.1 Proses
Sebuah jalur penyelamatan adalah jalur di mana nukleotida (purin dan pirimidin)

disintesis dari intermediet dalam jalur degradatif untuk nukleotida.

Jalur penyelamatan digunakan untuk memulihkan basis dan nukleosida yang

terbentuk selama degradasi RNA dan DNA. Hal ini penting dalam beberapa organ

karena beberapa jaringan tidak dapat menjalani de novo sintesis.

Basa dan nukleosida yang diselamatkan kemudian dapat diubah kembali menjadi

nukleotida.

Uridine fosforilase atau pirimidin-nucleoside fosforilase menambahkan ribosa 1-

fosfat ke dasar urasil gratis, membentuk uridin. Kinase uridin (kinase alias uridin-

cytidine) maka dapat memfosforilasi nucleoside ini ke monofosfat uridin (UMP).

UMP / CMP kinase (EC 2.7.4.14) dapat memfosforilasi UMP ke difosfat uridin, yang

nucleoside difosfat kinase dapat memfosforilasi ke trifosfat uridin.

Timidin fosforilase atau pirimidin-nucleoside fosforilase menambahkan 2-deoksi-

alpha-D-ribosa 1-fosfat untuk timin, membentuk timidin. Timidin kinase kemudian

dapat memfosforilasi senyawa ini ke timidin monofosfat (TMP). Timidilat kinase

dapat memfosforilasi TMP menjadi timidin difosfat, yang nucleoside difosfat kinase

dapat memfosforilasi ke timidin trifosfat.

Nukleosida cytidine dan deoxycytidine dapat diselamatkan sepanjang jalur urasil oleh

cytidine deaminase, yang mengubah mereka untuk uridin dan deoxyuridine, masing-
 masing. Atau, uridin-cytidine kinase dapat memfosforilasi mereka ke cytidine

monofosfat (CMP) atau deoxycytidine monofosfat (dCMP). UMP / CMP kinase

dapat memfosforilasi (d) CMP ke cytidine difosfat atau deoxycytidine difosfat, yang

nucleoside difosfat kinase dapat memfosforilasi ke cytidine trifosfat atau

deoxycytidine trifosfat.

Fosforibosiltransferase menambahkan diaktifkan ribosa-5-fosfat (phosphoribosyl

pirofosfat, PRPP) ke pangkalan, menciptakan monophosphates nukleotida. Ada dua

jenis fosforibosiltransferase: fosforibosiltransferase adenin (aprt) dan hipoksantin-

guanin fosforibosiltransferase (HGPRT). Ini adalah enzim penting dalam

metabolisme Purin jalur. Hal ini juga terlibat dalam sindrom Lesch-Nyhan terkait

dengan kekurangan HGPRT.

2.4.3.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.3.2.1 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferase

‒ Pengertian

Hipoksantin-guanin fosforibosiltransferase (HPRT) adalah enzim dikodekan pada

manusia dengan gen HPRT1.

HPRT adalah transferase yang mengkatalisis konversi hipoksantin untuk monofosfat

inosin dan guanin untuk guanosin monofosfat. Reaksi ini transfer kelompok 5-

phosphoribosyl dari 5-phosphoribosyl 1-pirofosfat (PRPP) ke purin tersebut. HGPRT

 memainkan peran sentral dalam generasi nukleotida purin melalui jalur purin

penyelamatan.

2.4.4 Sintesis Pirimidin (De novo synthesis)

2.4.4.1 Proses

Sebagian besar enzim terletak pada sitosol, tetapi beberapa enzim ada di mitokondria.

Carbamoyl phosphate synthetase (CPS) II, pertama-tama disintesis cincin pirimidin,

kemudian menggabungkan dengan PRPP. Sintesis UMP, kemudian UMP digunakan

untuk sintesis nukleotida pirimidin lainnya

2.4.4.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.4.2.1 Carbamoyl Phosphate Synthetase

‒ Pengertian

Sintetase karbamoil fosfat mengkatalisis sintesis ATP-dependent dari karbamoil

fosfat dari glutamin (EC 6.3.5.5) atau amonia (EC 6.3.4.16) dan enzim

bicarbonate.This mengkatalisis reaksi ATP dan bikarbonat untuk menghasilkan

karbamoil fosfat dan ADP. Karboksi fosfat bereaksi dengan amonia untuk

memberikan karbamat. Pada gilirannya, karbamat bereaksi dengan ATP kedua untuk

memberikan karbamoil fosfat ditambah ADP.

Ini merupakan langkah pertama dalam berkomitmen pirimidin dan arginin biosintesis

di prokariota dan eukariota, dan dalam siklus urea di sebagian besar vertebrata darat.

Kebanyakan prokariota membawa satu bentuk Kasus yang berpartisipasi di kedua

 arginin dan biosintesis pirimidin, namun bakteri tertentu dapat memiliki bentuk yang

terpisah.

Ada tiga bentuk yang berbeda yang melayani fungsi yang sangat berbeda:

 sintetase karbamoil fosfat I (mitokondria, siklus urea)

 karbamoil fosfat sintetase II (sitosol, metabolisme pirimidin).

 Karbamoilfosfat sintetase III (ditemukan pada ikan)

‒ Mekanisme

Synthase karbamoil fosfat memiliki tiga langkah utama dalam mekanisme dan, pada

dasarnya, tidak dapat diubah. Ion bikarbonat terfosforilasi dengan ATP untuk

membuat karboksil fosfat. The karboksil fosfat kemudian bereaksi dengan amonia

membentuk asam karbamat, melepaskan fosfat anorganik. Sebuah molekul kedua

ATP kemudian memfosforilasi asam karbamat, menciptakan karbamoilfosfat.

Aktivitas enzim yang dikenal dihambat oleh Tris dan HEPES buffer.

‒ Struktur

Synthase karbamoil fosfat (CPSase) adalah enzim heterodimeric terdiri dari kecil dan

subunit besar (dengan pengecualian CPSase III, yang terdiri dari polipeptida tunggal

yang mungkin muncul dari fusi gen dari glutaminase dan sintetase domain). CPSase

memiliki tiga situs aktif, satu di subunit kecil dan dua di subunit besar. Subunit kecil

berisi situs mengikat glutamin dan mengkatalisis hidrolisis glutamin untuk glutamat

dan amonia, yang pada gilirannya digunakan oleh rantai besar untuk mensintesis

karbamoilfosfat. Subunit kecil memiliki struktur 3-layer beta / beta / alpha, dan
 dianggap ponsel di sebagian besar protein yang membawanya. Domain C-terminal

dari subunit kecil CPSase memiliki aktivitas amidotransferase glutamin. Subunit

besar memiliki dua domain fosfat karboksi homolog, yang keduanya memiliki situs

ATP-mengikat; Namun, domain karboksi fosfat N-terminal mengkatalisis fosforilasi

karbonat, sedangkan domain C-terminal mengkatalisis fosforilasi karbamat

menengah. Domain fosfat karboksi ditemukan digandakan dalam subunit besar

CPSase juga hadir sebagai satu salinan dalam enzim tergantung biotin karboksilase

asetil-CoA (ACC), propionil-CoA karboksilase (PCCase), karboksilase piruvat (PC)

dan urea karboksilase.

Subunit besar di CPSase bakteri memiliki empat domain struktural: domain karboksi

fosfat 1, domain oligomerisation, domain karbamoilfosfat 2 dan domain alosterik.

Heterodimer CPSase dari Escherichia coli mengandung dua terowongan molekul:

sebuah terowongan amonia dan terowongan karbamat. Ini terowongan antar-domain

menghubungkan tiga situs aktif yang berbeda, dan berfungsi sebagai saluran untuk

pengangkutan intermediet reaksi yang tidak stabil (amonia dan karbamat) antara

berturut situs.Hotel aktif mekanisme katalitik CPSase melibatkan difusi karbamat

melalui interior enzim dari tempat sintesis dalam domain N-terminal dari subunit

besar ke situs fosforilasi dalam domain C-terminal.

2.4.4.2.2 Aspartame Transcarbomoylase.

‒ Pengertian
 Aspartat karbamoiltransferase (juga dikenal sebagai aspartat transcarbamoylase atau

ATCase) mengkatalisis langkah pertama dalam biosintesis pirimidin jalur (EC

2.1.3.2).

ATCase tidak mengikuti Michaelis-Menten kinetika, tetapi terletak di antara aktivitas

rendah, afinitas rendah "tegang" atau T dan negara-negara tinggi-aktivitas, afinitas

tinggi "santai" atau R. Pengikatan substrat ke katalitik hasil subunit dalam pergeseran

kesetimbangan ke arah negara R, sedangkan pengikatan CTP dengan peraturan hasil

subunit dalam pergeseran kesetimbangan ke arah negara T. Pengikatan ATP ke

peraturan hasil subunit dalam pergeseran kesetimbangan ke arah negara R.

‒ Reaksi

ATCase adalah enzim yang sangat diatur bahwa mengkatalisis langkah pertama

dalam berkomitmen biosintesis pirimidin, kondensasi l-aspartat dan karbamoilfosfat

untuk membentuk N-karbamoil-L-aspartat dan fosfat anorganik. ATCase mengontrol

laju biosintesis pirimidin dengan mengubah kecepatan katalitik dalam menanggapi

tingkat seluler dari kedua pirimidin dan purin. Akhir-produk dari jalur pirimidin,

CTP, menurun kecepatan katalitik, sedangkan ATP, akhir-produk dari purin jalur

paralel, meningkatkan kecepatan katalitik.

‒ Pusat katalisis

Situs katalitik dari ATCase terletak pada antarmuka antara dua rantai katalitik

tetangga di trimer yang sama dan menggabungkan asam amino rantai samping dari

kedua subunit ini. Insight ke modus pengikatan substrat ke pusat katalitik ATCase
 pertama kali dimungkinkan oleh pengikatan analog bisubstrate, N- (phosphonacetyl) -

L-aspartat (PALA). Senyawa ini merupakan penghambat kuat ATCase dan memiliki

struktur yang dianggap sangat dekat dengan yang ada pada keadaan transisi dari

substrat. Selain itu, struktur kristal dari ATCase terikat karbamoilfosfat dan suksinat

telah diperoleh. [Studi-studi ini, selain investigasi menggunakan mutagenesis situs-

diarahkan dari asam amino tertentu, telah mengidentifikasi beberapa residu yang

sangat penting untuk katalisis, seperti Ser52, Thr53, Arg54, Thr55, Arg105, His134,

Gln137, Arg167, Arg229, Glu231, dan Ser80 dan Lys84 dari rantai katalitik yang

berdekatan. Situs aktif adalah saku yang sangat bermuatan positif. Salah satu sisi-

rantai yang paling penting adalah dari Arg54, yang berinteraksi dengan oksigen

terminal dan oksigen anhidrida dari karbamoilfosfat, menstabilkan muatan negatif

dari gugus fosfat meninggalkan. Arg105, His134, dan Thr55 membantu

meningkatkan electrophilicity dari karbon karbonil dengan berinteraksi dengan

oksigen karbonil. Secara umum, peningkatan laju ATCase dicapai dengan orientasi

dan stabilisasi substrat, intermediet, dan produk bukan oleh keterlibatan langsung dari

residu asam amino dalam mekanisme katalitik.

2.4.4.2.3 Dihydroorotase

‒ Pengertian

Dihydroorotase (EC 3.5.2.3, dehydrase carbamoylaspartic, hidrolase dihydroorotate)

adalah enzim yang mengubah karbamoil asam aspartat menjadi asam 4,5-
 dihydroorotic dalam biosintesis pyrimidines.It membentuk enzim multifungsi dengan

sintetase karbamoil fosfat dan aspartat transcarboymalase.

2.4.4.2.4 Dihydroorotate dehydrogenase

‒ Pengertian

Dehidrogenase Dihydroorotate (DHODH) adalah enzim yang pada manusia

dikodekan oleh gen pada kromosom DHODH 16. protein yang dikode oleh gen ini

mengkatalisis langkah enzimatik keempat, oksidasi ubiquinone-dimediasi

dihydroorotate untuk memutar, di de novo biosintesis pirimidin. Protein ini adalah

protein mitokondria yang terletak pada permukaan luar dari inner membran

mitokondria (IMM) Inhibitor enzim ini digunakan untuk mengobati penyakit

autoimun seperti rheumatoid arthritis.

‒ Mekanisme

Sebagai enzim yang terkait dengan rantai transpor elektron, DHODH bisa

menghubungkan bioenergetika mitokondria, proliferasi sel, produksi ROS, dan

apoptosis pada jenis sel tertentu. DHODH deplesi juga mengakibatkan peningkatan

produksi ROS, penurunan potensial membran dan keterbelakangan pertumbuhan sel.

Juga, karena perannya dalam sintesis DNA, penghambatan DHODH dapat

menyediakan sarana untuk mengatur perpanjangan transkripsi.

Obat-obatan imunomodulator teriflunomide dan leflunomide telah terbukti

menghambat DHODH. Manusia DHODH memiliki dua domain: domain alpha / beta-

barel berisi situs aktif dan domain alpha-heliks yang membentuk pembukaan
 terowongan yang mengarah ke situs aktif. Leflunomide telah ditunjukkan untuk

mengikat di dalam terowongan ini. Leflunomide sedang digunakan untuk pengobatan

rheumatoid arthritis dan psoriasis, serta multiple sclerosis. Efek imunosupresif yang

telah dikaitkan dengan menipisnya pasokan pirimidin untuk sel T atau interferon

yang lebih kompleks atau jalur interleukin-dimediasi, tapi tetap membutuhkan

penelitian lebih lanjut.

Selain itu, DHODH mungkin memainkan peran dalam retinoid N- (4-hidroksifenil)

retinamide (4HPR) penekanan kanker -dimediasi. Penghambatan aktivitas DHODH

dengan teriflunomide atau ekspresi dengan interferensi RNA mengakibatkan

berkurangnya generasi ROS di, dan dengan demikian apoptosis, mengubah kulit dan

prostat sel epitel.

Mutasi pada gen ini telah terbukti menyebabkan sindrom Miller, juga dikenal sebagai

sindrom Genee-Wiedemann, sindrom Wildervanck-Smith atau posting aksial dystosis

acrofacial (POADS)

2.4.4.2.5 Orotate phosphoribosyl transferase

‒ Pengertian

fosforibosiltransferase orotate dan orotidine-5'-dekarboksilase adalah enzim (EC

4.1.1.23) yang mengkatalisis pembentukan monofosfat uridin (UMP), molekul-energi

membawa dalam banyak jalur biosintesis penting. Pada manusia, gen yang mengkode

enzim ini terletak pada lengan panjang kromosom 3 (3q13).

‒ Struktur dan fungsi

Enzim bifunctional ini memiliki dua domain utama, fosforibosiltransferase orotate

(OPRTase, EC 2.4.2.10) subunit dan dekarboksilase orotidine-5'-fosfat (ODCase, EC

4.1.1.23) subunit. Kedua situs mengkatalisis dua langkah terakhir dari de novo uridin

monofosfat (UMP) biosintesis jalur. Setelah penambahan ribosa-P untuk orotate oleh

OPRTase untuk membentuk orotidine-5'-monofosfat (OMP), OMP dekarboksilasi

membentuk uridin monofosfat oleh ODCase. Dalam mikroorganisme, dua domain

adalah protein yang terpisah, tetapi, pada eukariota multiseluler, dua situs katalitik

disajikan pada protein tunggal, uridin monofosfat sintetase.

Umps ada dalam berbagai bentuk, tergantung pada kondisi eksternal. In vitro, umps

monomer, dengan sedimentasi koefisien S20, w dari 3,6 akan menjadi dimer, S20, w

= 5.1 setelah penambahan anion seperti fosfat. Di hadapan OMP, produk dari

OPRTase, perubahan dimer ke bentuk yang lebih cepat-sedimenting S20, w 5.6.

Bentuk-bentuk konformasi terpisah menampilkan kegiatan enzimatik yang berbeda,

dengan monomer UMP synthase menampilkan aktivitas dekarboksilase rendah, dan

hanya dimer 5.6 S menunjukkan aktivitas dekarboksilase penuh.

Hal ini diyakini bahwa dua situs katalitik terpisah menyatu menjadi protein tunggal

untuk menstabilkan bentuk monomer nya. Serikat kovalen di umps menstabilkan

domain yang mengandung pusat katalitik masing, meningkatkan aktivitasnya di

organisme multisel mana konsentrasi cenderung 1/10 dari rekan-rekan yang terpisah

di prokariota. Mikroorganisme lain dengan enzim dipisahkan harus mempertahankan

 konsentrasi yang lebih tinggi untuk menjaga enzim dalam bentuk dimer lebih aktif

mereka.

2.4.4.2.6 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

‒ Pengertian

Orotidine dekarboksilase 5'-phosphate (OMP dekarboksilase) atau dekarboksilase

orotidylate adalah enzim yang terlibat dalam biosintesis pirimidin. Ini mengkatalisis

dekarboksilasi dari monofosfat orotidine (OMP) untuk membentuk uridin monofosfat

(UMP). Fungsi enzim ini sangat penting untuk biosintesis de novo dari nukleotida

pirimidin uridin trifosfat, cytidine trifosfat, dan timidin trifosfat. OMP dekarboksilase

telah menjadi target sering untuk penyelidikan ilmiah karena menunjukkan efisiensi

katalitik ekstrim dan kegunaannya sebagai penanda seleksi untuk engineering ragi

ketegangan.

‒ Katalisis

OMP dekarboksilase yang dikenal sebagai katalis luar biasa efisien yang mampu

mempercepat laju reaksi dikatalisis dengan faktor 1017. Untuk menempatkan ini

dalam perspektif, reaksi yang akan mengambil 78 juta tahun tanpa adanya enzim

dibutuhkan 18 milidetik ketika enzim dikatalisis .Ini efisiensi enzimatik ekstrim

sangat menarik karena OMP dekarboksilase tidak menggunakan kofaktor dan tidak

mengandung logam atau situs kelompok prostetik. Katalisis bergantung pada

segelintir residu asam amino bermuatan diposisikan dalam situs aktif enzim.

Gambar mewakili struktur situs aktif dari OMP dekarboksilase ketika terikat pada

inhibitor BMP. Perhatikan Lys dan Asp residu sekitar 6-hidroksil substrat. (Gambar
diambil dari PyMOL penampil snapshot dari struktur kristal 1LOR) [

Mekanisme yang tepat yang OMP dekarboksilase mengkatalisis reaksi yang telah

menjadi subjek penyelidikan ilmiah yang ketat. Kekuatan pendorong untuk hilangnya

karboksil terkait dengan C6 dari cincin pirimidin berasal dari dekat sebuah gugus

karboksil residu aspartat di situs aktif enzim, yang mendestabilkan tanah negara

relatif terhadap keadaan transisi reaksi uncatalyzed. Ada beberapa hipotesis tentang

apa yang membentuk keadaan transisi dibutuhkan sebelum protonasi karbon C6

terjadi untuk menghasilkan produk akhir. Banyak penelitian menyelidiki pengikatan

inhibitor ampuh OMP dekarboksilase, 6-hidroksi monofosfat uridin (BMP, turunan

asam barbiturat), dalam situs aktif, untuk mengidentifikasi residu asam amino

esensial yang terlibat langsung dengan stabilisasi keadaan transisi. (Lihat gambar

enzim terikat BMP) Beberapa mekanisme enzimatik dekarboksilasi dari OMP telah

diusulkan, termasuk protonasi di O2 untuk membentuk spesies zwitterionic sebagai

perantara, anion stabilisasi O4, atau serangan nukleofilik pada C5. Konsensus saat ini

menunjukkan bahwa mekanisme hasil melalui Karbanion stabil di C6 setelah

kehilangan karbon dioksida. Mekanisme ini disarankan dari penelitian menyelidiki

efek isotop kinetik dalam hubungannya dengan penghambatan kompetitif dan situs

aktif mutagenesis. Dalam mekanisme ini spesies Karbanion berumur pendek

distabilkan oleh residu lisin terdekat, sebelum dipadamkan oleh proton

2.4.5 Sintesis Citosis Trifosfat

2.4.5.1 Proses
CTP sintetase mengkatalisis langkah berkomitmen terakhir di pirimidin nukleotida

biosintesis:

ATP + UTP + glutamin → ADP + Pi + CTP + glutamat

Ini adalah enzim tingkat-membatasi untuk sintesis nukleotida sitosin dari kedua de

novo dan uridin penyelamatan jalur.

Reaksi hasil oleh fosforilasi ATP-dependent dari UTP pada atom 4-oksigen,

membuat 4-karbon elektrofilik dan rentan terhadap reaksi dengan amonia. Sumber

dari kelompok amino di CTP adalah glutamin, yang dihidrolisis dalam domain

glutamin amidotransferase untuk menghasilkan amonia. Ini kemudian disalurkan

melalui interior enzim ke domain sintetase. Di sini, amonia bereaksi dengan

menengah 4-fosforil UTP.

2.4.5.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.5.2.1 Citosis trifosfat sintase

CTP synthase diatur secara tepat dengan konsentrasi intraseluler dari CTP dan UTP,

dan kedua hCTPS1 dan hCTPS2 telah terlihat menjadi maksimal aktif pada

konsentrasi fisiologis ATP, GTP, dan glutamin.

Aktivitas manusia CTPS1 isozim telah terbukti dihambat oleh fosforilasi. [12] Salah
satu contoh utama dari hal ini adalah fosforilasi dari Ser-571 residu oleh glikogen

sintase kinase 3 (GSK3) dalam menanggapi kondisi serum rendah. Selain itu, Ser 568

telah dilihat dapat terfosforilasi oleh kasein kinase 1, menghambat aktivitas CTP

synthase.

CTP juga tunduk pada berbagai bentuk regulasi alosterik. GTP bertindak sebagai

aktivator alosterik yang sangat mendorong hidrolisis glutamin, tetapi juga

menghambat pembentukan CTP tergantung glutamin pada konsentrasi tinggi. Ini

bertindak untuk menyeimbangkan jumlah relatif purin dan pirimidin nukleotida. CTP

produk reaksi juga berfungsi sebagai inhibitor alosterik. Situs pengikatan trifosfat

tumpang tindih dengan yang dari UTP, tetapi bagian dari nukleosida CTP mengikat

dalam saku alternatif berlawanan situs mengikat untuk UTP.

Glutamin analog DON juga telah terlihat untuk bertindak sebagai inhibitor

ireversibel, dan telah digunakan sebagai agen anti-kanker.

2.4.6 Sintesis Pirimidin (Salvage Pathways)

2.4.6.1 Proses

Sebagaimana seringkali dijumpai pada sistem heterosiklik induk, sintesis pirimidina

tidak begitu lazim dan biasanya dilakukan dengan menghilangan gugus fungsi dari

derivatif. Sintesis primer dalam jumlah besar melibatkan formamida telah dilaporkan.

Sebagai suatu kelas, pirimidina biasanya disintesis melalui “Principal Synthesis”

melibatkan siklisasi senyawa beta-dikarbonil dengan senyawa N-C-N. Reaksi

 sebelumnya dengan amidina menghasilkan substitusi pirimidina pada posisi 2,

biasanya dengan urea menghasilkan 2-pirimidion, dan dengan guanidina

menghasilkan 2-aminopirimidina.

2.4.6.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.6.2.1 Uridin cytidine kinase

Dalam enzim, suatu kinase uridin (EC 2.7.1.48) adalah enzim yang mengkatalisis

reaksi kimia

ATP + uridin \ rightleftharpoons ADP + UMP

Dengan demikian, dua substrat enzim ini adalah ATP dan uridin, sedangkan dua

produknya adalah ADP dan UMP.

Enzim ini milik keluarga dari transferase, khususnya yang mentransfer kelompok

yang mengandung fosfor (phosphotransferases) dengan kelompok alkohol sebagai

akseptor. Nama sistematis kelas enzim ini adalah ATP: uridin 5'-phosphotransferase.

Nama lain yang umum digunakan termasuk pirimidin ribonukleosida kinase, uridin-

cytidine kinase, kinase uridin (fosforilasi), dan uridin fosfokinase. Enzim ini

berpartisipasi dalam metabolisme pirimidin.

2.4.6.2.2 Thymidine kinase

‒ Pengertian
 Timidin kinase adalah enzim, suatu phosphotransferase (kinase a): kinase 2'-

deoksitimidin, ATP-timidin 5'-phosphotransferase, EC 2.7.1.21. Hal ini dapat

ditemukan dalam sel-sel hidup yang paling. Hal ini hadir dalam dua bentuk dalam sel

mamalia, TK1 dan TK2. Virus tertentu juga memiliki informasi genetik untuk

ekspresi kinase virus timidin.

Timidin kinase mengkatalisis reaksi:

THD + ATP → TMP + ADP

mana Thd adalah deoksitimidin, ATP adalah adenosin 5'-trifosfat, TMP adalah

deoksitimidin 5'-fosfat dan ADP adalah adenosin 5'-difosfat.

Kinase timidin memiliki fungsi penting dalam sintesis DNA dan dengan demikian

dalam pembelahan sel, karena mereka adalah bagian dari rantai reaksi yang unik

untuk memperkenalkan deoksitimidin ke dalam DNA. Deoksitimidin hadir dalam

cairan tubuh sebagai akibat dari degradasi DNA dari makanan dan dari sel-sel mati.

Timidin kinase diperlukan untuk tindakan banyak obat antivirus. Hal ini digunakan

untuk memilih jalur sel hibridoma dalam produksi antibodi monoklonal. Dalam kimia

klinis digunakan sebagai penanda proliferasi dalam diagnosis, pengobatan dan

pengendalian tindak lanjut dari penyakit ganas, terutama keganasan hematologi.

‒ Klasifikasi
 Dua kelas yang berbeda dari kinase timidin telah diidentifikasi dan termasuk dalam

keluarga super:

‒ satu kelompok keluarga bersama-sama timidin kinase dari virus herpes serta kinase

timidilat seluler

‒ kelompok keluarga kedua TK dari berbagai sumber yang meliputi, vertebrata,

bakteri, T4 Bacteriophage , poxvirus, babi Afrika demam virus (ASFV) dan Ikan

lymphocystis virus penyakit (FMDV). Protein kapsid utama virus warni serangga

juga milik keluarga ini.

Pola Prosite hanya mengakui jenis seluler kinase timidin.

2.4.6.2.3 Deoxycytidine kinase

‒ Pengertian

Deoxycytidine kinase (DCK) diperlukan untuk fosforilasi beberapa

deoxyribonucleosides dan analog nukleosida mereka. Kekurangan dari DCK

dikaitkan dengan resistensi terhadap agen kemoterapi antivirus dan antikanker.

Sebaliknya, peningkatan aktivitas kinase deoxycytidine dikaitkan dengan peningkatan

aktivasi senyawa ini untuk sitotoksik derivatif trifosfat nukleosida. DCK secara klinis

penting karena hubungannya dengan resistensi obat dan sensitivitas.

2.4.7 Katabolisme Nukleotida Purin dan Pirimidin

2.4.7.1 Proses
Sintesis nukleotida dari basa purin dan nukleosida purin terjadi dalam serangkaian

langkah-langkah yang dikenal sebagai jalur penyelamatan. Dasar bebas purin, adenin,

guanin, dan Hipoxantina, dapat dikonversi untuk nukleotida yang berhubungan

dengan phosphoribosylation. Dua enzim transferase kunci yang terlibat dalam sisa

dari purin: phosphoribosyltransferase adenosine (APRT), yang mengkatalisis reaksi

berikut:

adenin + PRPP <-> AMP + PP i

dan Hipoxantina-guanin phosphoribosyltransferase (HGPRT), yang mengkatalisis

reaksi berikut:

Hipoxantina + PRPP <-> IMP + PP i

guanin + PRPP <-> GMP + PP i

Sebuah enzim penting kritis sisa barang purin dengan cepat membagi sel adalah

adenosin deaminase (ADA) yang mengkatalisis deaminasi untuk inosine disebut

adenosin.

Katabolisme dari nukleotida pirimidin akhirnya menyebabkan β-alanin (ketika CMP

dan UMP yang rusak) atau β-aminoisobutyrate (ketika dTMP diturunkan) dan NH 3

dan CO 2. The β-alanin dan β-aminoisobutyrate berfungsi sebagai donor-NH 2 di

transaminasi dari α-ketoglutarate untuk glutamat.Reaksi selanjutnya mengubah

produk untuk malonyl-KoA (yang dapat dialihkan ke sintesis asam lemak) atau

methylmalonyl-KoA (yang dikonversikan ke succinyl-KoA dan dapat didorong

dengan siklus TCA).

Sisa barang dari basa pirimidin memiliki signifikansi klinis kurang daripada purin,

karena kelarutan dengan-produk katabolisme pirimidin. Namun, seperti yang

ditunjukkan di atas, jalur penyelamatan untuk sintesis nukleotida timidin sangat

penting dalam persiapan untuk pembelahan sel. Urasil dapat diselamatkan untuk

membentuk UMP melalui tindakan bersama dari fosforilase uridina dan uridina

kinase, seperti ditunjukkan:

urasil fosfat + ribosa-1-<-> uridina + P i

uridina + ATP -> ADP + UMP

. Deoxyuridine juga merupakan substrat untuk fosforilase uridina. Pembentukan

dTMP, dengan menyelamatkan dari dTMP membutuhkan fosforilase timin dan

sebelumnya dihadapi kinase timidin:

timin <+ deoksiribosa-1-fosfat -> timidin + P i

timidin + ATP -> ADP + dTMP

Sisa barang dari deoxycytidine ini dikatalisis oleh kinase deoxycytidine:

deoxycytidine + ATP <-> dCMP + ADP

Deoxyguanosine Deoxyadenosine dan juga substrat untuk kinase deoxycytidine,

meskipun m K untuk substrat ini jauh lebih tinggi daripada deoxycytidine.

Fungsi utama dari kinase pirimidin nukleosida adalah untuk menjaga keseimbangan

selular antara tingkat pirimidin nukleosida dan monophosphates pirimidin nukleosida.

Namun, karena keseluruhan selular dan konsentrasi plasma dari pirimidin nukleosida,

serta mereka yang ribosa-1-fosfat, rendah, sisa barang dari pirimidin oleh kinase ini

relatif tidak efisien.

2.4.7.2 Uraian enzim yang berperan

 2.4.7.2.1 Xanthin oxidase

‒ Pengertian

Xantin oksidase (XO, kadang-kadang 'XAO') adalah bentuk xanthine

oksidoreduktase, jenis enzim yang menghasilkan spesies oksigen reaktif. Enzim ini

mengkatalisis oksidasi hipoksantin untuk xantin dan selanjutnya dapat mengkatalisis

oksidasi xanthine untuk asam urat. Enzim ini berperan penting dalam katabolisme

purin dalam beberapa spesies, termasuk manusia.

Xantin oksidase didefinisikan sebagai aktivitas enzim (EC 1.17.3.2). Protein yang

sama, yang pada manusia memiliki HGNC disetujui gen simbol XDH, juga dapat

memiliki aktivitas xanthine dehidrogenase (EC 1.17.1.4). Sebagian besar protein

dalam hati ada dalam bentuk dengan aktivitas xanthine dehidrogenase, tetapi dapat

dikonversi ke xantin oksidase oleh sulfhidril oksidasi reversibel atau dengan

modifikasi proteolitik ireversibel

‒ Reaksi

Karena XO adalah enzim superoxide-memproduksi, dengan spesifisitas yang rendah

umum, dapat dikombinasikan dengan senyawa lain dan enzim dan menciptakan

oksidan reaktif, serta oksidasi substrat lainnya.

Bovine xantin oksidase (dari susu) awalnya diperkirakan memiliki situs mengikat

untuk mengurangi sitokrom c dengan, tetapi telah menemukan bahwa mekanisme

untuk mengurangi protein ini adalah melalui XO ini anion superoksida sampingan,

dengan penghambatan kompetitif dengan anhydrase karbonat.

Reaksi lain dikatalisasi oleh xantin oksidase adalah dekomposisi S-nitrosothiol

(Rsno), spesies nitrogen reaktif, untuk oksida nitrat (NO), yang bereaksi dengan

anion superoksida untuk membentuk peroxynitrite dalam kondisi aerobik.

XO juga telah ditemukan untuk menghasilkan satu-elektron oksidan karbonat anion

radikal yang kuat dari oksidasi dengan asetaldehida di hadapan katalase dan

bikarbonat. Disarankan bahwa radikal karbonat kemungkinan diproduksi di salah satu

pusat redoks enzim de

 BAB IV

KESIMPULAN

1. Asam amino glutamin, glisin, dan aspartat memberikan semua atom nitrogen dari

purin. Dua langkah cincin-penutupan membentuk inti purin.

2. Pyrimidine disintesis dari karbamoil fosfat dan aspartat, dan ribosa 5- fosfat

kemudian melekat menghasilkan ribonucleotides pirimidin.

3. Monophosphates Nucleoside dikonversi ke trifosfat mereka dengan enzimatik

phosphorylationreactions. Ribonucleotides dikonversi ke deoksiribonukleotida oleh

reduktase ribonucleotide, enzim dengan novel mekanistik dan peraturan karakteristik.

Nukleotida timin yang berasal dari dCDP dan dump.

4. Asam urat dan urea adalah produk akhir purin dan degradasi pirimidin.

5. purin dapat diselamatkan dan dibangun kembali menjadi nukleotida. Kekurangan

genetik di enzim penyelamatan tertentu menyebabkan gangguan serius seperti

sindrom Lesch-Nyhan dan Defisiensi ADA.

6. Akumulasi kristal asam urat pada sendi, mungkin disebabkan oleh genetik lain

ekurangan, menghasilkan asam urat.

7. Enzim dari nukleotida jalur biosintesis adalah target untuk berbagai agen

kemoterapi digunakan untuk mengobati kanker dan penyakit lainnya.

 DAFTAR PUSTAKA

Runingtyas, T. R. (2013). Universitas Gadjah Mada. Dipetik Januari 23, 2016, dari

Perpustakaan Universitas Gadjah Mada: http://lib.ugm.ac.id/ind/

Suarsana, I. N. (2011). Metabolisme Asam Nukleat. Dipetik January 23, 2016, dari E-Journal

Universitas Udayana: http://ojs.unud.ac.id/