LAPORAN KEGIATAN PPDH ROTASI DIAGNOSA LABORATORIK

IDENTIFIKASI BAKTERI SALURAN PENCERNAAN AYAM

yang dilaksanakan di
LABORATORIUM BAKTERIOLOGI DAN MIKOLOGI
FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN
UNIVERSITAS AIRLANGGA SURABAYA

Oleh:

Renatha Caesar Aprilia, S.KH 180130100111029

Yatik Tihepsatiti, S.KH 180130100111046
Koko Adi Raharjo, S.KH 180130100111056
Visti Ajeng Naval, S.KH 180130100111060

PENDIDIKAN PROFESI DOKTER HEWAN

FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2018
 BAB 1 PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Produk unggas berkontribusi dalam memenuhi kebutuhan protein hewani,
dalam pemenuhan kebutuhan itu populasi ternak unggas di Indonesia meningkat
dengan pesat. Tingginya populasi unggas terutama ayam broiler dan ayam layer
di Indonesia harus diimbangi dengan pengelolaan usaha peternakan yang efisien
dan profesional. Peningkatan mutu sanitasi juga peru diperhatikan agar ayam
terhindar dari penyakit yang dapat disebabkan oleh bakteri, jamur, serta
mikroorganisme lainnya.
Penyebaran penyakit pada ternak ayam dapat melaui faktor mekanis, suhu,
lingkungan, kelembapan, nutrisi, metabolis, genetik, zat toksik, imunologis dan
infeksius. Penyakit infeksius pada ternak ayam salah satunya disebabkan oleh
bakteri, utamanya bakteri-bakteri yang ada di saluran pencernaan. Penyakit
bakterial yang sering menyerang ayam antara lain Pullorum, Fowl Cholera, Fowl
Typhoid, Avian Paratyphoid, Colibacillosis, Enteritis Ulcerative, Enteritis,
Staphylocoocosis, Streptococcocis, dan Avian Tuberculosis.
Penyakit bakterial dapat mempengaruhi produksi dan kualitas ayam. Oleh
karena itu diperlukan teknik diagnosa serta penanganan yang tepat untuk
mencegah penyebaran penyakit. Diagnosa sangat bergantung pada anamnesa,
gejala klinis serta diagnosa penunjang yang salah satunya adalah diagnosa
laboratorik. Diagnosa laboratorik membantu mengerucutkan penyebab penyakit
sehingga pengobatan dan pencegahan yang dipilih dapat tepat sasaran. Berbekal
ilmu yang didapat selama pendidikan sarjana kedokteran hewan serta untuk
mengetahui cara dan metode diagnosa laboratorik bakteriologi maka perlu
dilaksanakan Pendidikan Profesi Dokter Hewan (PPDH) diagnosa laboratorik.
Diharapkan dengan adanya kegiatan ini mahasiswa PPDH mampu menerapkan
dan mengaplikasikan ilmu secara langsung.

1
1.2 Rumusan Masalah
Rumusan masalah dari kegiatan koasistensi PPDH ini ialah :
1. Bagaimana proses analisa mikrobiologis pada sampel saluran pencernaan
ayam?
2. Bagaimana hasil analisa mikrobiologis yang ditemukan pada sampel
saluran pencernaan ayam?

1.3 Tujuan
Tujuan yang ingin dicapai dari kegiatan koasistensi PPDH ini ialah :
1. Mengetahui proses analisa mikrobiologis pada sampel saluran pencernaan
ayam
2. Mengetahui dan mendeskripsikan hasil analisa mikrobiologis serta
diagnosa penyakit dari sampel saluran pencernaan ayam

1.4 Manfaat
Manfaat dari kegiatan koasistensi PPDH ini ialah diharapkan mahasiswa
PPDH mampu memahami proses isolasi dan identifikasi sampel saluran
pencernaan ayam, mengetahui dan mendeskripsikan mikroorganisme pada saluran
pencernaan ayam sebagai sarana penegakan diagnosa.

2
 BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Sistem Pencernaan Ayam

Ayam merupakan ternak non ruminansia yang artinya ternak yang memiliki
lambung sederhana atau monogastrik. Sistem pencernaan ayam terdiri dari mulut,
kerongkongan (esofagus), tembolok (crop), ampela bagian depan
(proventrikulus), ampela (ventrikulus), small intestine, caecum, dan large
intestine. Setiap bagian alat pencernaan tersebut memiliki fungsi yang berbeda-
beda. Berikut ini bagian dari fungsi setiap alat pencernaan (Polana dan Fadilah,
2011) :
‒ Mulut berfungsi untuk minum dan memasukkan makanan, menghasilkan
saliva yang mengandung enzim amilase. Enzim amilase berfungsi untuk
menguraikan makanan. Selain itu saliva juga berperan dalam mendorong
makanan dari mulut ke esofagus. Proses pencernaan makanan yang terjadi di
mulut adalah secara kimiawi oleh enzim amilase tersebut
‒ Kerongkongan berfungsi untuk meyalurkan makanan dari esofagus ke
tembolok
‒ Tembolok (crop) berfungsi sebagai penampung sementara makanan sebelum
terjadi proses pencernaan makanan selanjutnya. Tembolok terletak di ujung
kerongkongan yang letaknya di luar tubuh ayam, di daerah leher
‒ Ventriculus berfungsi sebagai penghasil pepsin atau enzim pengurai protein
dan penghasil asam lambung (asam hydrochloric). Ventriculus memiliki otot
yang tebal yang berfungsi sebagai pemecah makanan menjadi bagian-bagian
yang lebih kecil
‒ Di bagian usus halus (small intestine) terdapat pankreas yang menghasilkan
enzim amilase, lipase, tripsin dan tripsin. Ketiga enzim tersebut dan enzim-
enzim lainnya yang diproduksi oleh usus halus berfungsi untuk menguraikan
protein dan gula. Selanjutnya hasil akhir dari penguraian protein dan gula
tersebut akan diserap oleh usus halus untuk didistribusikan ke seluruh tubuh.
Fungsi utama usus halus adalah untuk penyerapan sari-sari makanan. Organ
usus halus ayam dewasa berukuran panjang 1,5 meter

3
‒ Usus buntu (caecum) merupakan dua kantong yang terdapat pada perbatasan
antara usus halus dan usus besar. Pada caecum terjadi absorpsi air dari isi
usus. Selain itu, di caecum juga terjadi proses fermentasi oleh
mikroorganisme yang menghasilkan beberapa vitamin B seperti thiamine,
riboflavin, niacin, pantothenic acid, pyridoxine, biotin, folic acid dan vitamin
B12.
‒ Usus besar berfungsi sebagai penambah kandungan air dalam sel tubuh dan
menjaga keseimbangan air dalam tubuh ayam. Usus besar lebih pendek dari
usus halus. Pada bagian ini terjadi absorpsi air.
‒ Kloaka merupakan bagian akhir dari sistem pencernaan ayam. Kloaka
berfungsi sebagai lubang pengeluaran sisa pencernaan

Gambar 2.1 Saluran Pencernaan Ayam (Polana dan Fadilah, 2011).

2.2 Mikroflora Pencernaan Ayam

Saluran pencernaan ayam yang baru ditetaskan pada umumnya steril. Sesaat
setelah menetas secara alami mikroflora pada saluran pencernaan berkembang
melalui kontaminasi material feses. Faktor lain yang mempengaruhi
perkembangan mikroflora saluran pencernaan ayam adalah transfer mikroba dari
induk ke anak, serta kontak langsung dari lingkungan. Faktor utama yang

4
menentukan populasi mikroba adalah pH. Escherichia coli dan Enterococci
merupakan organisme dominan yang ditemukan pada ayam. Pada saluran
pencernaan ayam terdapat sekitar 100-400 mikroflora, baik yang menguntungkan
maupun merugikan. Beberapa mikroflora menguntungkan diantaranya
Escherichia coli, Lactobacillus sp., Streptococcus sp., dan Bacteriodes sp.
Sedangkan yang termasuk mikroflora merugikan ialah Salmonella sp.
Pada saluran pencernaan ayam, Lactobacillus sp. hampir ditemui di seluruh
bagian saluran pencernaan dengan populasi 109 CFU (Colony Forming Unit).
Sedangkan E.coli, selain di usus juga banyak ditemui di proventrikulus dan feses
dengan populasi 106 CFU. Menurut Nakazawa (1992) mikroflora usus
mempunyai sifat sebagai berikut :
‒ Dapat tumbuh dalam kondisi anaerobik
‒ Terdapat pada saluran pencernaan dewasa normal
‒ Dapat mengkolonisasi pada bagian spesifik saluran pencernaan
‒ Dapat membangun habitat sendiri selama proses perantaian dari manusia dan
hewan muda
‒ Dapat menjaga populasi pada dewasa normal
‒ Dapat melekatkan diri dengan permukaan epitel usus

2.3 Escherichia coli

Escherichia coli merupakan bakteri berbentuk batang gram negatif. Bakteri
ini biasanya dikultur pada media Eosin Methylene Blue Agar (EMBA) dan akan
menghasilkan koloni berwarna logam mengkilap (metalic sheen). Sama seperti
famili enterobacteriaceae lainnya, E.coli juga memfermentasi laktosa dan pada
hasil kultur akan menghasilkan gas dan asam (Levinson, 2008). Mikroorganisme
ini cukup sering menyebabkan infeksi baik infeksi saluran pencernaan maupun
infeksi saluran urinari. Escherichia coli merupakan bakteri yang dapat bersifat
patogen, bertindak sebagai penyebab utama morbiditas dan mortalitas di seluruh
dunia. Bakteri ini memiliki panjang sekitar 2 µm, diameter 0,7 µm, lebar 0,4-0,7
µm dan bersifat anaerob fakultatif. Koloni berbentuk bundar, cembung, dan halus

5
dengan tepi nyata. Pada umumnya bakteri memerlukan kelembaban yang cukup
tinggi, yakni sekitar 85% (Madigan et al, 2005).
Bakteri E.coli umumnya bersifat gram negatif, tidak tahan asam, dan tidak
membentuk spora. Sebagian besar E.coli bersifat motil dengan alat gerak berupa
flagella. Beberapa galur E.coli memiliki kapsula, tetapi pada umumnya
kebanyakan tidak berkapsula. Berdasarkan karakter antigenik dari protein
strukturalnya dikenal beberapa jenis antigen E.coli, yaitu antigen somatik (O),
antigen kapsula (K) dan antigen flagella (H). Bentuk dan ukuran bakteri sangat
bervariasi, dan umumnya berbentuk batang pendek gemuk yang merupakan
peralihan antara bentuk kokus dan batang sehingga sering dikenal sebagai bentuk
cocco-bacillus (Wahyuni dan Michael, 2008).
Pada umumnya E.coli merupakan mikroflora normal pada usus manusia dan
hewan. Kolibasilosis pada unggas umumnya disebabkan oleh Avian Pathogenic
E.coli (APEC). Sejauh ini, APEC didominasi tiga serogrup, yaitu O1, O2 dan
O78. Bakteri tersebut mampu menyebar melalui peredaran darah sehingga dapat
menyebabkan kerusakan pada berbagai organ, seperti perihepatitis, perikarditis,
airsakulitis, mesentritis, ooforitis, salpingitis, arthritis, panopthalmitis dan
koligranuloma atau Hjarre;s disease. Pada unggas, serotipe E.coli tertentu dapat
menyebabkan dermatitis nekrotika (selulitis), yaitu radang pada jaringan
subkutan, terutama pada otot dada bagian bawah. Pada embrio dapat
menyebabkan radang pusar. Faktor penentu virulensi E.coli yang terpenting pada
unggas adalah antigen polisakarida K-1. Antigen tersebut terdapat pada bagian
kapsula dan sangat menetukan resistensinya terhadap pertahanan inang selama
proses septisemia (Dho-Moulin, 2000).
Terdapat dua jenis pili yang menetukan sifat adesi bakteri, yaitu pili tipe I dan
pili tipe P. Pili tipe I berperan dalam kolonisasi awal bakteri pada saluran
pernapasan bagian atas, sedangkan pili tipe P bertanggung jawab atas
kolonisasinya pada organ internal, di luar saluran pencernaan. Pili tipe P ini
dianggap berperan penting dalam infeksi sistemik (Knobi et al., 2006).
Berdasarkan sifat virulensinya, E.coli dibedakan menjadi 3 kelompok, yaitu
virulensi tinggi; virulensi sedang dan avirulen. Virulensinya dapat ditentukan dari

6
kemampuannya membunuh embrio ayam, waktu yang diperlukan untuk
membunuh embrio dan presentase kematian embrio. Escherichia coli yang sangat
virulen mampu menyebabkan kematian embrio antara 10 dan 29% (Wooley et al.,
2000).

7
 BAB 3 METODOLOGI DAN METODE PEMERIKSAAN

3.1 Tempat dan Waktu Pelaksanaan

Pemeriksaan dan analisa mikrobiologis pada sampel saluran pencernaan ayam
dilaksanakan pada tanggal 12 November – 16 November 2018. Pemeriksaan
dilakukan di Laboratorium Bakteriologi dan Mikologi Fakultas Kedokteran
Hewan Universitas Airlangga.

3.2 Alat dan Bahan

3.2.1. Alat
Alat yang digunakan untuk pemeriksaan dan analisa mikrobiologis
sampel saluran pencernaan pada ayam adalah cawan petri, tabung reaksi,
tabung erlenmeyer, tabung durham, rak tabung reaksi, ose bulat, ose lurus,
bunsen, timbangan, inkubator, laminar air flow, autoclave, refrigerator,
object glass, cover glass, spidol permanen, label, disecting set, spuit, masker,
glove, mikroskop.

3.2.1. Bahan
Bahan yang digunakan untuk pemeriksaan dan analisa mikrobiologis
sampel saluran pencernaan pada ayam adalah sebagai berikut :
a. Sampel
Sampel yang digunakan adalah bagian pencernaan ayam dengan gejala
klinis diare. Sampel yang diambil berupa gerusan organ hati, swab usus
halus dan caecum.
b. Media
Media isolasi untuk analisa mikrobiologis saluran pencernaan ayam
yang digunakan adalah media isolasi bakteri berupa Mac Conkey Agar
(MCA), Eosin Methylene Blue Agar (EMBA), Salmonella Shigella Agar
(SSA), dan Nutrient Agar Plate (NAP).

8
 c. Pewarnaan Gram
Bahan yang digunakan untuk pewarnaan gram yaitu aquadest, zat
warna gentian violet, zat warna safranin, larutan lugol dan aseton alkohol.
d. Media Uji Lanjutan dan Identifikasi
Media yang digunakan untuk uji lanjutan dan identifikasi adalah media
Triple Sugar Iron Agar (TSIA), Simmons Citrate Agar (SCA), Urea Agar,
Sulfide Indole Motility (SIM), Indole, Methyl Red (MR), Voges-Proskauer
(VP) dan Urease.

3.3 Langkah Kerja

3.3.1. Koleksi Sampel Saluran Pencernaan
Ayam dieuthanasia dengan emboli udara untuk kemudian dilakukan
nekropsi dan pengambilan saluran pencernaan ayam. Selanjutnya bangkai
ayam dibasahi dengan air dan dilakukan pencabutan bulu. Kemudian
dilakukan pembedahan dengan memotong otot perut, tulang rusuk sampai ke
tulang selangka, lalu seluruh bagian dada dibuka. Dilakukan pemeriksaan
secara makroskopis untuk mengetahui adanya perubahan patologis pada
organ. Selanjutnya dilakukan pengambilan sampel saluran pencernaan secara
aseptis menggunakan pinset, gunting dan cawan petri.
3.3.2. Sterilisasi Alat
Cawan petri, tabung reaksi, tabung durham, tabung erlenmeyer dan
alat bedah yang akan disterilisasi dibungkus dengan kertas agar tidak
membentuk embun. Untuk tabung, bagian bibir tabung disumbat
menggunakan kapas terlebih dahulu. Kemudian alat-alat yang akan
disterilisasi diletakkan ke dalam autoclave dan disterilkan dengan suhu 121ºC
dengan tekanan 1 atm selama ± 30 menit. Apabila autoclave telah mencapai
suhu yang diinginkan, matikan api dan buka lubang yang terletak pada tutup
autoclave agar udara panas keluar. Setelah itu peralatan dikeluarkan dari
autoclave dan diletakkan di dalam oven kering selama ± 20 menit untuk
mengurangi kadar air. Selanjutnya alat-alat diletakkan pada rak bersih.

9
3.3.3. Penentuan Media Tanam
Penentuan media tanam bakteri dilakukan berdasarkan jenis bakteri
yang ingin diisolasi dari sampel. Bakteri yang diaharapkan tumbuh pada
saluran pencernaan ayam adalah bakteri golongan enterobacteriaceae. Oleh
karena itu, media yang digunakan untuk pertumbuhan bakteri golongan
enterobacteriaceae adalah sebagai berikut :
a. Mac Conkey Agar (MCA)
Mac Conkey Agar (MCA) merupakan media selektif untuk isolasi dan
identifikasi bakteri gram negatif. Media ini digunakan untuk membedakan
bakteri yang memfermentasi laktosa dan yang tidak memfermentasi
laktosa. Media MCA mengandung laktosa, garam empedu, dan neutral red
sebagai indikator warna. Garam empedu berperan dalam menghambat
pertumbuhan bakteri gram positif. Bakteri gram negatif yang tumbuh dapat
dibedakan dalam kemampuannya memfermentasikan laktosa. Koloni
bakteri yang memfermentasi laktosa berwarna merah bata dan dikelilingi
oleh endapan garam empedu. Endapan ini muncul karena adanya reaksi
antara laktosa dengan garam empedu. Bakteri yang dapat
memfermentasikan laktosa biasanya bersifat patogen.
b. Eosin Methylene Blue Agar (EMBA)
Eosin Methylene Blue Agar (EMBA) adalah media selektif dan
diferensial. Media ini mengandung eosin dan metilen biru yang berperan
dalam menghambat pertumbuhan bakteri gram positif sehingga hanya
bakteri gram negatif saja yang dapat tumbuh. Media EMBA mengandung
karbohidrat laktosa yang membuat bakteri gram negatif terdiferensiasi
berdasarkan pada kemampuan mereka untuk memfermentasi laktosa.
Warna media sebelum inokulasi bakteri adalah merah keunguan.
Perubahan warna hijau metalik pada EMBA disebabkan karena
Escherichia coli dapat memfermentasi laktosa dan mengakibatkan adanya
peningkatan kadar asam dalam media. Kadar asam yang tinggi dapat
mengendapkan metilen biru dalam media EMBA.

10
c. Salmonella Shigella Agar (SSA)
Salmonella Shigella Agar (SSA) adalah media agar padat diferensial
dan selektif untuk isolasis bakteri Salmonella sp dan Shigella sp. Media
SSA mengandung ekstrak daging sapi, laktosa, garam empedu, sodium
sitrat, brilliant green, ferric citrate, neutral red, dan agar. Ekstrak daging
dan pepton menyediakan kebutuhan nitrogen untuk bakteri. Vitamin,
mineral, dan asam amino diperlukan untuk pertumbuhan. Campuran garam
empedu, sodium sitrat, dan brilliant green berfungsi untuk menghambat
pertumbuhan bakteri gram positif, sebagian besar bakteri coliform dan
pertumbuhan dari Proteus sp sehingga Salmonella sp dan Shigella sp dapat
tumbuh dengan baik. Ferric citrate mendeteksi adanya H2S yang
dihasilkan bakteri seperti Proteus dan beberapa strain dari Salmonella
akan terbentuk koloni dengan titik hitam di tengah.
d. Nutrient Agar Plate (NAP)
Nutrient Agar Plate (NAP) merupakan suatu media yang mengandung
sumber nitrogen dalam jumlah cukup yang dapat digunakan untuk
pertumbuhan bakteri. Komposisi NAP terdiri dari ekstrak daging sapi,
pepton dan agar. Ekstrak daging dan pepton digunakan sebagai bahan
dasar dan merupakan sumber protein, nitrogen, vitamin serta karbohidrat
yang dibutuhkan untuk pertumbuhan dan perkembang biakan bakteri.
3.3.4. Pembuatan Media
Bahan-bahan media Mac Conkey Agar (MCA), Eosin Methylene Blue
Agar (EMBA), Salmonella Shigella Agar (SSA), Nutrient Agar Plate (NAP),
Triple Sugar Iron Agar (TSIA), Simmons Citrate Agar (SCA), Urea Agar,
Sulfide Indole Motility (SIM), Indole, Methyl Red (MR), Voges-Proskauer
(VP) dan Urease ditimbang terlebih dahulu. Setelah ditimbang sesuai
perhitungan masing-masing, bahan media tersebut dimasukkan ke dalam
erlenmeyer yang telah diberi label sesuai bahan media masing-masing.
Selanjutnya ditambahkan aquadest dan diaduk dengan cara memutar
erlenmeyer diatas meja datar hingga serbuk media larut sempurna. Kemudian
tutup erlenmeyer menggunakan aluminium foil. Didihkan seluruh bahan di

11
atas kompor agar terjadi homogenisasi. Setelah mendidih, diamkan sebentar
di suhu ruang lalu dimasukkan ke dalam autoclave. Dilakukan proses
sterilisasi dengan suhu 121ºC dengan tekanan 1 atm selama ± 30 menit.
Setelah proses sterilisasi selesai dan suhu bahan media sudah cukup
dingin, dilakukan penuangan ke dalam cawan petri dan tabung reaksi.
Penuangan dilakukan di laminar air flow untuk mempertahankan agar bahan
tetap steril dan mengurangi resiko terjadinya kontaminasi oleh bakteri lain.
Media Mac Conkey Agar (MCA), Eosin Methylene Blue Agar (EMBA),
Salmonella Shigella Agar (SSA), Nutrient Agar Plate (NAP) dituang ke
cawan petri dengan volume ± 20 ml pada tiap cawan petri. Sementara itu
untuk Triple Sugar Iron Agar (TSIA), Simmons Citrate Agar (SCA), Sulfide
Indole Motility (SIM), Indole, Methyl Red (MR), Voges-Proskauer (VP) dan
Urease dituangkan pada tabung reaksi. Media-media yang telah dituang
tersebut dibiarkan padat terlebih dahulu di dalam laminar air flow sebelum
kemudian diletakkan dalam inkubator. Khusus untuk media TSIA, SCA dan
Urease setelah poses penuangan, posisi tabung reaksi diletakkan miring.
Posisi cawan petri media MCA, EMBA, SSA dan NAP dibalik setelah agar
padat sempurna, hal ini bertujuan untuk mencegah terbentuknya embun pada
tutup cawan petri. Media-media tersebut diletakkan dalam inkubator selama
24 jam, kemudian periksa apakah terjadi kontaminasi sebelum akhirnya dapat
digunakan untuk proses penanaman bakteri pada sampel.
3.3.5. Penanaman Bakteri
Sampel usus dan caecum ditanam dengan cara swab mukosa
menggunakan ose bulat. Penanaman sampel hati dilakukan dengan
memanaskan organ hati terlebih dahulu, kemudian organ hati disayat di
bagian tengah dan diambil sel bagian dalam organ menggunakan ose bulat.
Swab dari usus, caecum dan hati ditanam pada media MCA, EMBA, SSA
dan NAP. Setelah penanaman selesai, media berisi streak bakteri diinkubasi
di dalam inkubator suhu 37ºC selama 24 jam.

12
3.3.6. Identifikasi Awal dengan Pewarnaan Gram
Pewarnaan gram dilakukan untuk identifikasi morfologi secara
makroskopis serta menggolongkan bakteri gram positif dan negatif. Langkah-
langkah pewarnaan gram adalah sebagai berikut :
a. Teteskan sedikit aquadest pada object glass
b. Koloni bakteri yang terpisah diambil menggunakan ose bulat, kemudian
diapuskan secara melingkar pada aquadest yang ada di object glass
c. Lakukan fiksasi dengan melewatkan bagian bawah object glass di atas api
bunsen sampai kering
d. Tetesi preparat dengan pewarna kristal violet, lalu diamkan selama 2 menit
e. Cuci preparat dengan aquadest mengalir, tetesi dengan larutan lugol dan
didiamkan lagi selama 1 menit
f. Cuci kembali preparat dengan aquadest mengalir, kemudian alirkan aseton
alkohol sampai pewarna kristal violet luntur
g. Cuci lagi preparat dengan aquadest mengalir, setelah itu tetesi pewarna
safranin dan diamkan selama 1 menit
h. Cuci preparat dengan aquadest mengalir, biarkan hingga kering dengan
cara diangin-anginkan
i. Amati preparat di bawah mikroskop pada perbesaran 1000x dengan
penambahan minyak emersi

3.3.7. Identifikasi Bakteri Enterobacteriaceae

Enterobacteriaceae adalah kelompok bakteri batang gram negatif
yang besar dan heterogen dengan habitat di saluran pencernaan. Bakteri ini
mayoritas merupakan flora normal pada saluran pencernaan.
Enterobacteriaceae dapat menyebabkan infeksi seperti gatroenteritis,
septikemia, dan kolesistis. Identifikasi bakteri Enterobacteriaceae merupakan
tahap lanjutan untuk mengetahui genus dari koloni bakteri yang tumbuh pada
media tumbuh. Identifikasi dilakukan dengan beberapa uji biokimia. Menurut
skema uji identifikasi Enterobacteriacea (Gambar 3.1) uji yang dilakukan
adalah sebagai berikut :

13
 Gambar 3.1 Skema Identifikasi Enterobacteriaceae

a. Triple Sugar Iron Agar (TSIA)

Uji TSIA bertujuan untuk membedakan berbagai genus
Enterobacteriaceae yang semuanya adalah bakteri gram negatif yang
mampu memfermentasikan glukosa dengan menghasilkan asam dan juga
dapat membedakan Enterobacteriaceae dari basilus usu lain yang gram
negatif. Agar TSI untuk menilai kemampuan bakteri memfermentasi
glukosa, laktosa, dan sukrosa. Hal ini akan ditandai dengan perubahan
warna akibat timbulnya suasana asam, serta terbentuknya H2S yang
ditandai dengan perubahan warna media dari orange menjadi hitam, karena
bakteri mampu mendesulfurasi asam amino dan metion yang akan
menghasilkan H2S dan H2S akan berekasi denga Fe+2 yang terdapat pada

14
 media yang menghasilkan endapan hitam. Hasil fermentasi diamati pada 2
tempat, yaitu bagian miring dan bagian dasar. Pada uji ini diamati adanya
gas, gelembung, H2S, dan pH.
b. Indole
Uji indole atau indol bertujuan mengidentifikasi kemampuan bakteri
menghasilkan indol dengan menggunakan enzim tryptophanase. Produksi
indol di dalam media dimungkinkan karena adanya tryptophan.
Tryptophan adalah asam amino esensial, yang teroksidasi oleh beberapa
bakteri yang mengakibatkan pembentukan indol, asam piruvat, dan
amonia. Hasil uji indol positif ditunjukkan adanya cincin merah pada
bagian atas, hal ini disebabkan karena indol bereaksi dengan aldehid.
Namun dikarenakan cincin mudah memudar oleh gerakan yang tiba-tiba,
cincin menjadi pecah dan menghasilkan warna merah muda.
c. Methyl Red (MR)
Uji Methyl Red (MR) bertujuan untuk mendeteksi kemampuan
organisme dalam memproduksi dan mempertahankan produk akhir asam
stabil daari fermentasi glukosa. Methyl Red adalah indikator pH, yang
tetap berwarna merah pada pH 4,4 atau kurang. Hasil pengamatan uji MR
pada isolat bakteri ialah warna merah.
d. Voges-Proskauer (VP)
Uji VP adalah uji yang digunakan untuk mendeteksi asetonin dalam
kultur cair bakteri. Pengujian ini dilakukan dengan menambahkan
alphanaftol dan kalium hidroksida dengan kaldu Voges Proskeur yang
telah diinokulasi bakteri. Warna merah menunjukkan hasil yang positif
sedangkan warna kuning-coklat atau tidak berwarna merupakan hasil
negatif. Uji ini negatif untuk E.coli dikarenakan E.coli tidak dapat
memfermentasikan karbohidrat menjadi produk asam dan tidak
menghasilkan produk netral seperti asetonin.
e. Simmons Citrate Agar (SCA)
Uji SCA bertujuan mendeteksi kemampuan suatu organisme untuk
memanfaatkan sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi. Jika

15
 bakteri mampu menggunakan sitrat sebagai sumber karbonnya maka akan
menaikkan pH dan mengubah warna media biakan dari hijau menjadi biru.
Hasil pengamatan uji SCA adalah positif apabila warna media berubah
menjadi biru.
f. Sulfide Indole Motility (SIM)
Uji SIM digunakan untuk mengetahui motilitas bakteri. Pengujian ini
untuk melihat bakteri yang memiliki flagella, ditandai dengan melebarnya
bakteri pada hasil streak medium. Pengujian dilakukan dengan cara
menginokulasi isolat bakteri pada media tegak semi padat menggunakan
ose lurus. Kemudian diinkubasi selama 48 jam. Bentuk koloni yang
menyebar merupakan hasil positif, yaitu bakteri motil (bergerak).
g. Urease
Uji urease dilakukan untuk identifikasi bakteri yang memiliki enzim
urease. Beberapa bakteri memiliki kemampuan menghasilkan enzim
urease yang dapat merombak urea. Enzim urease akan menguraikan urea
menjadi amonium dan CO2. Bakteri basillus gram negatif sebagian besar
memiliki enzim urease. Reaksi positif ditandai dengan perubahan media
menjadi merah muda (sangat merah muda). Perubahan warna dapat terjadi
saat enzim urease memutuskan ikatan karbon dan nitrogen untuk
membentuk amoniak. Adanya amoniak menyebabkan suasana media
menjadi alkali/basa sehingga indikator phenol red akan berubah menjadi
merah muda pada media, hal ini mengindikasikan terjadinya reaksi positif
atau dihasilkannya urease.

16
 BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Pemeriksaan Klinis

a. Sinyalemen
Jenis hewan : Ayam
Ras : Gallus domestica
Jenis Kelamin : Betina
Berat Badan : ± 1 kg
Asal Hewan : Pasar Krempyeng Yamuri, Mulyosari
b. Anamnesa
Berdasarkan keterangan pedagang dan gejala klinis yang nampak,
ayam terlihat tidak nafsu makan, disertai diare.
c. Temuan Klinis
Hasil pemeriksaan fisik menunjukkan di daerah kloaka terlihat kotor
akibat dari feses yang encer akibat diare.
d. Diagnosa Banding
Berdasarkan hasil anamnesa dan temuan klinis, maka diagnosa
banding yang diperoleh yaitu penyakit

4.2 Pemeriksaan Patologis

Pemeriksaan patologis dilakukan dengan melakukan nekropsi pada sampel
ayam yang diduga sakit. Organ yang diambil pada saat nekropsi adalah usus,
proventrikulus, ventrikulus, hati, dan caecum. Kelainan patologis yang
ditemukan yaitu ditemukan ptechiae pada caecum ayam. Pada usus,
proventrikulus, ventrikulus, dan hati, tidak ditemukan kelainan apapun.
Kemudian dilanjutkan dengan pemeriksaan mikrobiologi dengan cara
isolasi dan identifikasi agen penyebab penyakit untuk meneguhkan diagnosa
dari gambaran patologis tersebut.

4.3 Pemeriksaan Mikrobiologis

Pemeriksaan mikrobologi dilakukan pada semua organ yang mengalami
kelainan patologis maupun tidak untuk meneguhkan diagnosa. Media yang

17
 digunakan untuk isolasi bakteri berupa Mac Conkey Agar (MCA), Eosin
Methylene Blue Agar (EMBA), Salmonella-Shigella Agar (SSA), dan
Saboraud Dextrose Agar (SDA).

4.3.1 Isolasi Bakteri

Isolasi bakteri merupakan proses pengambilan bakteri dari medium atau
lingkungan asalnya, dan menumbuhkan pada medium buatan sehingga diperoleh
biakkan atau kultur murni hasil isolasi tersebut. Teknik kultur untuk mendapatkan
biakkan murni terbagi menjadi tiga macam teknik, yaitu cara penuangan, cara
penggoresan, dan cara penyebaran (Irianto, 2012).
a. Cara Penuangan
Isolasi bakteri dengan cara penuangan bertujuan untuk menentukan
perkiraan jumlah bakteri hidup dalam suatu cairan. Hasil perhitungan
jumlah bakteri pada penuangan dinyatakan dalam koloni.
b. Cara Penggoresan
Isolasi bakteri dengan cara penggoresan bertujuan membuat garis
sebanyak mungkin pada permukaan medium pembiakkan, dengan jarum
ose yang terlepas pada garis garis tersebut semakin lama semakin sedikit,
sehingga pada garis terakhir koloni yang terbentuk akan terpisah agak
jauh.
c. Cara Penyebaran
Isolasi penyebaran diawali dengan pengenceran sampel. Medium
yang telah dipersiapkan dituangkan ke dalam cawan petri steril tunggu
hingga memadat, setelah itu suspensi sampel dituangkandi atas permukaan
agar. Penyebaran suspensi sampel dilakukan dengan menyebarkan
suspensi dengan batang drugalsky yang telah dipanaskan terlebih dahulu
(Waluyo, 2007).

4.3.2 Identifikasi Bakteri

Pemeriksaan mikroskopis dilakukan dengan cara pewarnaan Gram.
Pewarnaan Gram ini dilakukan untuk melihat bentuk dan jenis gram
(negatif atau positif) bakteri tersebut. Berikut metode pewarnaan Gram:

18
 1. Dilakukan pengambilan sampel bakteri dengan koloni tunggal (single
koloni).
2. Diletakkan pada object glass yang sudah ditetesi aquades sebanyak 1 tetes.
3. Dilakukan fiksasi.
4. Preparat diwarnai dengan Cristal violet selama 2 menit.
5. Ditambahkan larutan lugol atau iodine langsung pada preparat (tanpa
dicuci) selama 1 menit, selanjutnya preparat dicuci dengan air mengalir
6. Dilunturkan dengan alcohol acetone dan dicuci dengan air mengalir.
7. Ditambahkan pewarna safranin atau cairan fuchsin pada preparat selama 1
menit selanjutnya dicuci dengan air mengalir sampai sisa-sisa zat warna
terbuang.
8. Preparat dikeringkan dengan kertas penghisap atau diangin-anginkan.
9. Dilakukan pemeriksaan di bawah pemeriksaan mikroskop dengan
pembesaran 1000x dengan bantuan minyak emersi.

Bentuk bakteri beraneka macam yaitu basil (tongkat/batang), coccus,

spirilum. Bakteri bentuk basil pembagiannya yaitu basil tunggal, diplobasil, dan
tripobasil.Bakteri bentuk kokus dibagi menjadi monokokus, diplokokus, dan
stafilokokus.Untuk bakteri bentuk spirilum hanya dibagi dua yaitu setengah
melengkung dan melengkung (Dwidjoseputro, 1998). Melihat dan mengamati
bakteri dalam kedaan hidup sangat sulit, karena selain bakteri itu tidak berwarna
juga transparan dan sangat kecil. Untuk mengatasi hal tersebut maka
dikembangkan suatu teknik pewarnaan sel bakteri ini merupakan salah satu cara
yang paling utama dalam penelitian-penelitian mikrobiologi (Dwidjoseputro,
1998).

Pewarnaan gram bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri dengan

mudah.Pewarnaan gram untuk membedakan spesies bakteri menjadi dua
kelompok besar, yakni gram positif dan gram negatif, berdasarkan sifat kimia dan
fisik dinding sel mereka. Metode ini diberi nama berdasarkan penemunya,
ilmuwan Denmark Hans Christian Gram (1853–1938) yang mengembangkan
teknik ini pada tahun 1884. Prinsip dasar teknik pewarnaan bakteri adalah adanya

19
ikatan ion antara komponen seluler dari bakteri dengan senyawa aktif dari
pewarnaan yang disebut kromogen. Terjadi ikatan ion karena adanya muatan
listrik baik pada komponen seluler maupun pada pewarnaan. Berdasarkan adanya
muatan ini maka dapat dibedakan pewarna asam dan pewarna basa. Bakteri gram
negatif adalah bakteri yang tidak. Prinsip kerjanya adalah kemampuan dinding sel
mengikat zat warna karena perbedaan sifat kimia dan fisika dinding sel (C. Gram,
1884). Adapun tahapan pewarnaan gram antara lain :

1. Pemberiaan pewarna dasar kristal violet, semua sel ungu

2. Pemberian pewarna penguat (mordan) lugol/iodine, terbentuk kompleks

cv-i, sel ungu tua

3. Pencuci warna dasar : alkohol 96 % gram + : lipid << + alkohol 96% ------
- pori dinding sel yang terbentuk kecil, protein dinding sel
terdehidrasi, pori tertutup kompleks cv-i tidak tercuci Gram - : lipid
>> + alkohol 96% ------- pori dinding sel yang terbentuk besar,
protein dinding sel terdehidrasi, pori tidak tertutup kompleks cv-i
tercuci

4. Pewarna pembanding : menggantikan warna dasar, safranin gram - :

terwarna (merah) gram +: tidak terwarna

20
 A B C

Gambar 4.1 : (A) proses pewarnaan gram, (B) gambaran mikroskopis hasil
pewarnaan gram pada media MCA intestine, (C) gambaran mikroskopis hasil
pewarnaan gram pada media EMBA intestine (sumber : dokumentasi pribadi,
2018).

4.3.3 Isolat Bakteri Pada Media Agar

a. MCA
Media Mac Conkey agar adalah media yang direkomendasikan
untuk pengujian bakteri coliform pada makanan, tumbuhan, dan air. Media
ini juga merupakan media standard untuk pengujian bakteri pada susu dan
produk susu lainnya. Media ini direkomendasikan untuk mengkultur dan
mengidentifikasi Escherichia coli (Downes dan Ito, 2001; Eaton dkk.,
2005; Wehr dan Frank, 2004). Pertumbuhan koloni berwarna merah
menandakan bahwa bakteri tersebut dapat memfermentasi laktosa dan
memproduksi asam dari hasil fermentasi laktosa sehingga dapat merubah
warna indikator menjadi merah apabila pH dibawah 6,8. Pada media Mac
Conkey terlihat juga pertumbuhan koloni tidak berwarna yang
menandakan bakteri tersebut tidak dapat memfermentasi laktosa (Zimboro
dan Power, 2003).
Media selektif merupakan media yang digunakan untuk
menumbuhkan bakteri –bakteri tertentu saja oleh karena media ini
mengandung zat inhibitor untuk menghambat pertumbuhan bakteri lain.
Contohnya media Mac Conkey agar plate (MCA). Pada media MCA

21
mengandung zaaat inhibitor garam empedu (bile salt) yang berfungsi
untuk menekan pertumbuhan bakteri Gram positif tetapi menumbuhkan
Gram negatif kecuali Pasteurella dan Haemophilus. Pada umumnya media
selektif digunakan untuk menumbuhkan bakteri Gram negatif yang
tergolong dalam famili Enterobacteriaceae yang merupakan flora normal
dalam saluran pencernaan Gambar 4.2.
Disamping MCA juga ada beberapa contoh media selektif lainnya
seperti Salmonella-Shigella agar (SSA), Brilliant green agar (BGA), Eosin
methylen blue agar (EMBA), Bismuth sulphite agar (BSA), dan lainnya.
Pada media selektif juga dapat dibedakan koloni-koloni bakteri
Enterobacteriaceae yang memfermentasi laktosa maupun tidak
memfermentasi laktosa. Pada Media MCA dan SSA bakteri yang
memfermentasi laktosa akan tumbuh dengan warna kooni pink, tetapi
bakteri yang tidak memfermentasi laktosa tidak berwarna colourless. Hal
ini disebabkan oleh karena zat indikator neutral red pada media dalam
suasana asam berubah menjadi warna pink sedangkan dalam suasana basa
tidak berwarna. Pada media BGA koloni lactose-fermented berwarna
kuning sedangkan non lactose-fermented berwarna merah (Bradley and
Green, 2001).
E. coli dapat diidentifikasi dengan beberapa media selektif, yaitu
Mac Conkey Agar (MCA) dan Eosin Methylene Blue Agar (EMBA).
Pertumbuhan bakteri E. coli yang baik pada media MCA ditandai dengan
bentuk koloni bulat, sedang-besar, cembung, merah keruh dan smooth
(Bergsten et al, 2005).

22
Gambar 4.2 Hasil streak isolate bakteri intestine pada media MCA (sumber :
dokumentasi pribadi, 2018).

b. EMBA
Media EMBA adalah media selektif dan media diferensial, media
ini selektif untuk menumbuhkan bakteri Gram negatif karena media ini
mengandung eosin yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri Gram
positif dan hanya dapat menumbuhkan bakteri Gram negatif serta menjadi
media diferensial dalam menumbuhkan Escherichia coli. Laktosa dan zat
pewarna eosin serta methylen blue mampu membedakan antara bakteri
yang memfermentasi laktosa dengan non-fermenter laktosa. Bakteri Gram
negatif yang memfermentasi laktosa dan menghasilkan asam akan
membentuk warna hijau metalik disebabkan tingginya kuantitas asam yang
dihasilkan dan pengendapan zat warna diataspermukaan koloni (Gambar
4.3) sedangkan bakteri yang tidak dapat memfermentasi laktosa akan
membentuk koloni berwarna transparan (Zimboro dan Power, 2003).
E. coli dapat diidentifikasi dengan beberapa media selektif, yaitu
Mac Conkey Agar (MCA) dan Eosin Methylene Blue Agar (EMBA)
adalah salah satu yang dapat mengidentifikasi bakteri E. Coli, Salmonela
sp. Shigella sp. Pertumbuhan E.coli pada media EMBA yang dapat dilihat
dengan koloni tampak sedang, cembung, smooth, berwarna hijau metalik,
dan terkadang di tengah koloni terdapat warna ungu (Hidayat, 2002).

23
 Gambar 4.3 Hasil streak isolate bakteri intestine pada media MCA (sumber :
dokumentasi pribadi, 2018).

4.3.3 Identifikasi Bakteri dengan Uji Biokimia

a. Uji TSIA
TSIA adalah media diferensial dengan indikator pH yang dapat
membedakan mikroorganisme berdasarkan kemampuannya dalam
memecah karbohidrat spesifik dengan atau tanpa menghasilkan gas.
Berdasarkan hal tersebut bakteri dapat digolongkan sebagai mikroba non
fermenter, fermenter glukosa, atau fermenter glukosa dan laktosa. Pada
TSIA terdapat karbohidrat berupa glukosa, sukrosa, dan laktosa, fenol
merah sebagai indikator pH, serta natrium tiosulfat (Haryani,dkk., 2012).
Triple Sugar Iron Agar (TSIA) merupakan media untuk melihat
kemampuan suatu mikroorganisme dalam memfermentasikan gula.
Medium TSIA mengandung 3 macam gula, yaitu glukosa, laktosa, dan
sukrosa. Warna dasar media TSIA adalah kuning. Jika terjadi fermentasi
karbohidrat, media akan berubah menjadi merah (asam), jika tidak terjadi
fermentasi makan akan tetap berwarna kuning (basa) (Anggrainil,dkk.,
2016).
Uji TSIA terdapat juga indikator fenol merah serta FeSO4 yang
bertujuan untuk melihat kemampuan bakteri dalam memfermentasi

24
 laktosa, sukrosa, glukosa, produksi H2S ditandai warna hitam pada bagian
dasar media dan terbentuk gas (Leboffe, 2011). Indikator Gas positif
dikarenakan gas yang dihasilkan oleh fermentasi karbohidrat akan muncul
sebagai celah di media atau akan mengangkat agar-agar dari bagian bawah
tabung (Waluyo, 2004). Hasil negatif pada media TSIA yaitu tidak
menghasilkan H2S artinya bakteri tersebut tidak memiliki kemampuan
dalam mereduksi asam-asam amino yang mengandung sulfur.
Mikroorganisme yang menghasilkan desulfurase akan menghasilkan
senyawa FeS yang berwarna hitam, jika dibiakkan pada media yang kaya
dengan asam amino yang mengandung sulfur.
Adapun hasil uji TSIA gas menunjukkan adanya gas yang ditandai
dengan terangkat atau terpecahnya media (Anggrainil,dkk., 2016). Hasil
penanaman bakteri pada media TSIA dapat dilihat pada gambar 4.4. Hasil
tersebut merupakan ciri-ciri dari bakteri E.coli. Pada E. coli yang anaerob
akan memfermentasi laktosa sehingga menyebabkan perubahan warna
media menjadi merah akibat terbentuknya senyawa asam hasil fermentasi
laktosa yang mengubah warna. Indikator Gas positif dikarenakan gas yang
dihasilkan oleh fermentasi karbohidrat akan muncul sebagai celah di
media atau akan mengangkat agar-agar dari bagian bawah tabung
(Waluyo, 2004).

Gambar 4.4
Gambar 4.4 : Hasil penanaman bakteri pada media TSIA, terdapat
gelembung, tidak membentuk H2S dan bersifat asam yang

25
 ditunjukkan dengan perubahan warna menjadi merah (Sumber:
dokumentasi pribadi, 2018).

b. Uji Indole
Uji indol bertujuan mengidentifikasi kemampuan bakteri
menghasilkan indol dengan menggunakan enzim tryptophanase. Produksi
indol di dalam media dimungkinkan karena adanya tryptophan.
Tryptophan adalah asam amino esensial, yang teroksidasi oleh beberapa
bakteri yang mengakibatkan pembentukan indol, asam piruvat, dan
ammonia. Produksi indol di dalam media dimungkinkan karena adanya
tryptophan. Tryptophan adalah asam amino esensial, yang teroksidasi oleh
beberapa bakteri yang mengakibatkan pembentukan indol, asam piruvat,
dan ammonia. Hasil uji Indol pada bakteri Escherichia coli yaitu positif
yang ditunjukan adanya cincin merah pada bagian atas, hal ini disebabkan
karena indol bereaksi dengan aldehid (Rahayu dan Muhammad, 2017).
Pembentukan cincin pada media indole dapat dilihat pada gambar 4.5.

Gambar 4.5 : Hasil positif pada penanaman bakteri di media indole yang
ditunjukkan dengan terbentuknya cincing warna merah muda (Sumber:
dokumentasi pribadi, 2018).

26
c. Uji sitrat
Uji Simmon’s Citrate Agar digunakan untuk melihat kemampuan
organisme enterik berdasarkan kemampuan memfermentasi sitrat sebagai
sumber karbon. Perbenihan Simmon’s Citrate Agar ini mengandung
indikator biru bromtimol. Pemanfaatan sitrat melibatkan enzim citrat
permease, yang memecah sitrat menjadi oksaloasetat dan asetat.
Oksaloasetat lebih lanjut dipecah menjadi piruvat dan CO2. Produksi
Na2CO3 serta NH3 dari pemanfaatan natrium sitrat dan garam amonium
masing-masing menghasilkan pH basa (Hemraj, 2013).
Uji sitrat digunakan untuk menentukan apakah bakteri
menggunakan natrium sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon. Bakteri
yang dapat menggunakan sitrat akan menggunakan garam ammonium dan
menghasilkan ammonia sehingga asam akan dihilangkan dari medium dan
menyebabkan peningkatan pH. Peningkatan pH akan mengubah warna
medium dari hijau menjadi biru (Putri, 2016). Hasil uji biokimia untuk uji
sitrat pada intestine dapat dilihat pada gambar 4.6. Hasil pengamatan
untuk uji sitrat adalah negatif pada Escherichia coli yang ditujukan tidak
adanya perubahan warna pada media uji sitrat. Escherichia coli merupakan
salah satu bakteri yang tidak menggunakan sitrat sebagai sumber karbon
dilingkungan (Rahayu dan Muhammad, 2017).

Gambar 4.6

27
 Keterangan: Hasil penanaman sampel bakteri intestine pada media (SCA)
Simmon’s Citrate Agar :(negatif) tidak terjadi perubahan
warna(tetap hijau) (Sumber: dokumentasi pribadi, 2018).
d. Uji MR
Uji Methyl Red (MR), bertujuan untuk mendeteksi kemampuan
organisme dalam memproduksi dan mempertahankan produk akhir asam
stabil dari fermentasi glukosa. Methyl red adalah indikator pH, yang tetap
berwarna merah pada pH 4,4 atau kurang. Hasil pengamatan untuk uji MR
pada isolat bakteri positif dapat ditunjukkan dengan larutan berwarna
merah (Rahayu dan Muhammad, 2017).
Pada akhir pengamatan indicator metil merah yang ditambahkan
pada media akan menunjukkan perubahan pH menjadi asam dan media
menjadi berwarna merah apabila hasil uji positif. Apabila suasana
lingkungan basa maka media akan berwarna kuning dan hasilnya negatif
(Putri, 2016). Hasil uji biokimia bakteri pada intestine yaitu positif yang
ditunjukkan dengan pembentukan warna merah yang dapat dilihat pada
gambar 4.7. hal tersebut merupakan ciri dari bakteri Escherichia coli
sesuai dengan pendapat (Rahayu dan Muhammad, 2017) bahwa isolat
bakteri Escherichia coli menunjukkan hasil positif yang ditunjukkan
dengan larutan berwarna merah.

Gambar 4.7
Keterangan : Hasil positif uji biokimia MR pada isolat bakteri yang ditunjukkan
dengan warna merah (Sumber: dokumentasi pribadi, 2018).

28
e. Uji Voges Proskauer (VP)
Media yang digunakan untuk uji VP adalah Glukosa phospat. Uji
Voges Proskauer (VP) adalah tes yang digunakan untuk mendeteksi
acetonin dalam kultur cair bakteri. Pengujian ini dilakukan dengan
menambahakan alphanaftol dan kalium hidroksida dengan kaldu voges
Proskauer yang telah diinokulasi dengan bakteri. Warna merah
menunjukkan hasil yang positif, sedangkan warna kuning coklat atau tidak
berwarna merupakan hasil negatif (Rahayu dan Muhammad, 2017). Hasil
uji VP pada isolate bakteri intestine negatif, dimana hasil tersebut
merupakan ciri dari bakteri Escherichia coli. Uji ini negatif untuk
Escherichia coli karena Escherichia coli memfermentasikan karbohidrat
menjadi produk asam dan tidak menghasilkan produk netral seperti
asetonin. Hasil uji biokimia Voges Proskauer (VP) dapat dilihat pada
gambar 4.8

Gambar 4.8: Hasil negatif pada penanaman isolate bakteri intestine di media
VP yaitu tidak terjadi perubahan warna (warna tetap) (Sumber:
dokumentasi pribadi, 2018).

f. Uji urease
Uji Urease bertujuan untuk mengetahui kemampuan bakteri untuk
mengubah urea menjadi amoniak. Media untuk uji urease menggunakan
Urea Base Agar. Hasil positif ditunjukkan dengan adanya perubahan

29
 warna media dari warna kuning menjadi merah muda (Ulfa,dkk., 2016).
Hasil tersebut sesuai dengan pendapat Antriana (2014) bahwa reaksi
positif ditandai dengan perubahan medium menjadi merah muda (sangat
merah muda). Perubahan warna dapat terjadi saat enzim urease memutus
ikatan karbon dan nitrogen untuk membentuk amoniak. Adanya amoniak
menyebabkan suasana medium menjadi alkali atau basa sehingga indikator
phenol red akan berubah menjadi merah muda pada medium, hal ini
mengindikasikan terjadinya reaksi positif atau dihasilkannya urease. Hasil
uji urease pada isolate bakteri intestine negatif yang ditunjukkan dengan
tidak adanya perubahan warna. Hasil tersebut merupakan ciri dari bakteri
E.coli sesuai dengan pendapat Brink (2013) bahwa bakteri E.coli tidak
membutuhkan urea untuk proses metabolismenya.

Gambar 4.9
Keterangan: Hasil negatif pada penanaman isolate bakteri intestine di
media Urease yaitu tidak terjadi perubahan warna (warna tetap) (Sumber:
dokumentasi pribadi, 2018).
g. Uji Motilitas
Motilitas bakteri dapat disebabkan karena bakteri memiliki flagel
(gerak aktif) atau pun karena faktor dari luar (Gerak Brown). Gerak Brown
merupakan gerakan secara acak yang disebabkan karena adanya benturan
dari molekul-molekul dalam medium Media untuk uji motilitas
menggunakan media NA dengan jumlah 1/10 kali lebih lebih sedikit dari

30
 jumlah standar medium yang digunakan sehingga dapat dihasilkan media
inokulasi semi solid (Ulfa,dkk., 2016). Hasil uji motilitas pada isolate
bakteri intestine yaitu motil sesuai dengan pendapat Penelitian yang
dilakukan oleh Jawetz et al. (1996), menyatakan bakteri E. coli pada media
SIM bersifat motil. Hasil uji motilitas pada isolate bakteri intestine dapat
dilihat pada gambar 4.10.

A B

Gambar 4.10
Keterangan : Hasil uji motilitas pada organ intestine, (A) Motil, (B) non
motil (Sumber: dokumentasi pribadi, 2018).

4.4 Hasil Diagnosa

Berdasarkan hasil pemeriksaan klinis, patologis, dan mikrobiologi,
maka diagnosa dari sampel yang telah diperiksa tersebut adalah gangguan
saluran pencernaan akibat infeksi E.coli karena didapatkan isolat bakteri
E.coli yang merupakan agen penyakit. E.coli dapat diidentifikasi dengan
beberapa media selektif, yaitu Mac Conkey Agar (MCA), dan Eosin
Methylene Blue Agar (EMBA). Pertumbuhan bakteri pada media MCA
ditandai dengan bentuk koloni bulat, sedang-besar, cembung merah keruh
dan smooth. Pertumbuhan E.coli pada media EMBA dilihat dengan koloni
tampak sedang, cembung, smooth, dan berwarna hijau metalik. Pada media
Triple Sugar Iron Agar (TSIA) menunjukkan hasil media berubah menjadi
merah (asam) karena bakteri E.Coli mampu memfermentasi karbohidrat.

31
 Fermentasi dari karbohidrat menyebabkan terbentuknya gas positif
sehingga muncul celah di media dan mengangkat agar agar dari bagian
bawah tabung atau terpecahnya media. Pada uji Methyl Red (MR), hasil
yang didapat yaitu isolat bakteri positif yang ditunjukkan dengan larutan
berwarna merah karena perubahan PH menjadi asam. Hal ini menandakan
bahwa bakteri E.Coli membentuk asam dari fermentasi MR. Uji biokimia
indole bereaksi dengan aldehyde dalam reagen dan memberikan warna
merah. Lapisan alkohol merah akan terbentuk seperti cincin di bagian atas
menandakan indole positif.

32
 BAB 5 PENUTUP
5.1 Kesimpulan
1. Berdasarkan hasil anamnesa, temuan klinis, dan perubahan patologi
anatomi yang terjadi pada saluran pencernaan yaitu pada caecum ditandai
dengan adanya sedikit ptechiae sehingga dilakukan pemeriksaan lebih
lanjut yaitu pemeriksaan mikrobiologis dikarenakan gejala klinis kurang
spesifik. Pemeriksaan dilakukan pada media agar MCA,EMBA,SSA,SDA.
Koloni hanya tumbuh pada media MCA dan EMBA.
2. Pemeriksaan dilanjutkan dengan identifikasi bakteri menggunakan uji
biokimia TSIA, Indole, MRVP, motility, urease, dan sitrat. Hasil positif
bakteri E.coli ditunjukkan pada uji TSIA, Indole, dan MR.
3. Berdasarkan uji identifikasi bakteri, ditemukan bakteri pada saluran
pencernaan yaitu E.Coli

33
 DAFTAR PUSTAKA

Anggrainil,R.,D.Aliza.,S.Mellisa.2016.Identifikasi Bakteri Aeromonas Hydrophila

Dengan Uji Mikrobiologi Pada Ikan Lele Dumbo (Clarias Gariepinus)
Yang Dibudidayakan Di Kecamatan Baitussalam Kabupaten Aceh
Besa.Jurnal Ilmiah Mahasiswa Kelautan dan Perikanan Unsyiah Volume 1,
nomor 2 :ISSN. 2527-6395.
Anonimus. 2012. Mengenal Mikroflora Usus. (http://info.medion.co.id). Diakses
19 November 2018; 21:30.
Antriana, N. 2014. Isolasi Bakteri Asal Saluran Pencernaan Rayap Pekerja
(Macrotermes Spp.) [skripsi].Program Studi Keperawatan, STIKES
Harapan Ibu Jambi, Indonesia.
Bergsten. G., B. Wullt, dan C. Svanborg. 2005. Escherichia coli, Fimbriae,
Bacterial Persistence and Host Response Induction in The Human Urinary
Tract. International Journal of Medical Microbiology. 295(6-7): 487-502
Bradley, A. J. dan M. J. Green. 2001. Adaptation of Escherichia coli to the Bovine
Mammary Gland. Journal of Clinical Microbiology. 39(5): 1845-1849.
Case, C.L. & Johnson, T.R. 1984. Laboratory Experiments in Microbiology.
Benjamin/Cummings Publishing Company, Inc. California
Dho-Moulin M. 2000. Role of various Virulence Factors in the Pathogenicity of
Colibacillosis in Poultry. World Poultry Congress, Scientific Program for
Escherichia coli. Pp.: 1-11.
Downes, F. P. dan K. Ito. 2001. Compendium of Methods For the Microbiological
Examination of Food, 4th ed. APHA. Washington D.C.
Dwidjoseputro, D, 1998, Dasar-dasar Mikrobiologi, Djambatan, Malang.
Haryani, Y., Chainulfiffah, dan Rustiana. 2012. Fermentasi Karbohidrat Oleh
Isolat Salmonella Spp. Dari Jajanan Pinggir Jalan. J. Ind.Che.Acta Vol. 3
(1): ISSN 2085-0050.
Hemraj V, Diksha S, Avneet G. A Review On Commonly Used Biochemical Test
For Bacteria. Innovare Journal of Life Science. 2013. 1-7.
Hidayat. A, . 2002. Buku Petunjuk Teknologi Sapi Perah di Indonesia : Kesehatan
Pemerahan. Dairy Technologi Improvement Project. PT. Sonysugema
Presindo, Bandung
Knobl T., T.A.T. Gomes, M.A.M. Viera, J.A. Bottino, A.J.P. Ferreira. 2006.
Occurance of Adhesin encoding Operons in Escherechia coli Isolated from
Breeder with Salphingitis and Chick with Omphalitis. Braz J Microbiol
37:Without page.
Leboffe MJ dan Pierre BE. 2011. A Photographic Atlas for the Microbiology
Laboratory. Morton Publishing Company
Madigan M.Y., J.M. Martinko, dan J Parker. 2000. Brock Biology of
Mikroorganiss. Ninth edition. Prentice- Hall. Inc. New Jersey.
Nakazawa Y. 1992. Function of fermented milk : Challenges for the helath
sciences. Hasono A (eds.). Elsevier Science Publisher Ltd., University Press
: Cambridge.

34
Polana A, R. Fadilah. 2011. 71 Mengatasi Penyakit Pada Ayam. Agro Media :
Jakarta Selatan.
Putri,R.W.A.,2016.Identifikasi bakteri e colli dan salmonella sp pada jajanan
batagor di sekolah dasar di kelurahan pisangan, cirendu dan cempaka putih
kecamatan ciputat timur [skripsi].program studi kedokteran dan profesi
dokter. Fakultas kedokteran dan ilmu kesehatan . uin syarif hidayatullah
Jakarta. Jakarta.
Rahayu,S.A dan Muhammad,H.G., 2017. Uji Cemaran Air Minum Masyarakat
Sekitar Margahayu Raya Bandung Dengan Identifikasi Bakteri Escherichia
coli. IJPST. Volume 4, Nomor 2.
Ulfa,A., E.Suarsini., M.H.I. Muhdhar. 2016. Isolasi dan Uji Sensitivitas Merkuri
pada Bakteri dari Limbah Penambangan Emas di Sekotong Barat Kabupaten
Lombok Barat.(ISSN: 2528-5742), Vol 13(1) 2016: 793-799.
Wahyuni A.E.T., dan H.W. Michael. 2008. Studi patogenesitas Escherichia coli
Isolat Unggas pada Ayam Pedaging Umur 15 Hari. Jurnal Veteriner Juni
2008. Vol. 9 No. 2 : 87-93.
Waluyo, Lud. 2004. Mikrobiologi Umum. UMM PRESS, Malang.
Wooley R.E., P.S. Gibbs, T.P. Brown, J.J. Maurer. 2000. Chicken embryo
lethality assay for determining the virulence of avian Escherichia coli
Isolates. Avian Dis. 44:318-324
Zimboro, M. J. dan D. A. Power. 2003. DifcoTM & BBLTM Manual. Becton,
Dickinson and Company. Maryland.

35