Edvotek 100 Series. For 6 Gels (6 lanes per gel). Time Required: 45 min.

Destaining is not
required. Results must be analyzed upon completion of electrophoretic separation and cannot
be stored overnight.

This kit demonstrates the basic procedures of agarose gel electrophoresis, including gel
casting, sample application, and separation, using a selected set of dyes that have different
properties and various rates of mobility during electrophoresis.

REQUIREMENTS: Horizontal gel electrophoresis apparatus; D.C. power supply;

visualization system (white light optional); automatic micropipet with tips; pipet pump or
bulb; 250ml flasks; hot gloves and safety goggles; distilled or deionized water; microwave
oven or hot plate; photodocumentation system (optional); balance; latex or vinyl gloves.

CONTENTS: Ready-to-load Dye Samples; Practice Gel Loading Solution; UltraSpec-

Agarose™ Powder; Concentrated 50x Electrophoresis Buffer; 1ml Pipet; 100ml Graduated
Packaging Cylinder; 10 Microtipped Transfer Pipets; Complete instructions, background
information, and study questions.

gambar skematik dari sampel instrument.the electrophesis kapiler yang diperkenalkan pada sisi
kanan dan kromatografi yang terdeteksi di sisi kiri
This is a schematic of the major components of a capillary electrophoresis instrument. Different
capillaries, buffers, and polarities are used in assays for proteins, carbohydrates, DNA, electrolytes,
and many other compounds of biological interest.

ini adalah skema dari komponen-komponen utama dari alat elektroforesis kapiler. kapiler yang
berbeda, buffer, dan polaritas digunakan dalam tes untuk protein, karbohidrat, DNA, elektrolit, dan
senyawa lainnya kepentingan biologis.

Protein pertama kali dipisahkan dengan elektroforesis menurut biaya. Isoelectrofocusing (IEF)
dilakukan dengan sampel protein dengan setara untuk ekstrak 8 400 bibit, sesuai dengan sekitar
150μg protein untuk semua sampel. Protein dari berbagai ekstrak dipisahkan menggunakan gel strip
membentuk gradien pH non-linear amobil 3 sampai 10 (ImmobilineTM DryStrip pH 3-10 NL, 18 cm;
Amersham Pharmacia Biotech). Strip yang direhidrasi selama 14 jam pada 22 ° C dengan tiourea /
buffer lisis yang mengandung urea 2% (v / v) Triton X-100, 20 mM DTT dan protein ekstrak. EF
dilakukan pada 22 ° C dalam sistem II Multiphor (Amersham Pharmacia Biotech) selama 1 jam pada
300 V dan 7 jam pada 3500 Protein V. kemudian dipisahkan berdasarkan ukuran. Sebelum dimensi
kedua, strip gel diequilibrasi selama 2 x 20 menit dalam 2 x 100 ml larutan yang mengandung 6
equilibrium urea M, 30% (v / v) gliserol, 2,5% (b / v) SDS, 0,15 M bis- tris, dan HCl 0,1 M (gorg et al,
1987;. Harder et al, 1999.). DTT (50 mM) ditambahkan ke dalam larutan equilibrium pertama, dan
iodoacetamide [4% (b / v)] untuk yang kedua (et al Harder, 1999.). Gel strip diequilibrasi
ditempatkan di atas gel poliakrilamida vertikal [10% (v / v) akrilamida, 0,33% (b / v) diacrylamide
piperarine, 0,18 M basis Trizma, 0,166 M HCl, 0,07% (b / v) amonium persulfat, 0,035% (v / v)]
Temed. Sebuah solusi denaturing [1% (w / v) leleh rendah agarosa (Gibco BRL), 0,4% (b / v) SDS, 0,15
M bis-Tris, dan 0,1 M HCl] telah dimuat di strip gel. Setelah solidifikasi agarosa, elektroforesis
dilakukan pada 10 ° C dalam buffer (pH 8,3) yang mengandung 25 mM dasar Trizma, 200 mM taurin,
dan 0,1% (b / v) SDS, selama 1 jam pada 35 V dan 14 jam pada 110 V Sepuluh gel (200 x 250 x 1,0
mm). dijalankan secara paralel (Isodalt sistem dari Amersham Pharmacia Biotech). Untuk kondisi
masing-masing dianalisis, 2D gel dibuat dalam rangkap tiga dan dari dua ekstraksi protein
independen.
Proteins were first separated by electrophoresis according to charge. Isoelectrofocusing (IEF) was
carried out with protein samples with an equivalent to an extract of 8 400 seeds, corresponding to
about 150µg protein for all samples. Proteins from the various extracts were separated using gel
strips forming an immobilized non-linear pH gradient from 3 to 10 (ImmobilineTM DryStrip pH 3-10
NL, 18 cm; Amersham Pharmacia Biotech). Strips were rehydrated for 14 h at 22°C with the
thiourea/urea lysis buffer containing 2% (v/v) Triton X-100, 20 mM DTT and the protein extracts. IEF
was performed at 22°C in the Multiphor II system (Amersham Pharmacia Biotech) for 1 h at 300 V
and 7 h at 3500 V. Proteins were then separated according to size. Prior to the second dimension,
the gel strips were equilibrated for 2 x 20 min in 2 x 100 ml equilibration solution containing 6 M
urea, 30% (v/v) glycerol, 2.5% (w/v) SDS, 0.15 M bis-Tris, and 0.1 M HCl (Görg et al., 1987; Harder et
al., 1999). DTT (50 mM) was added to the first equilibration solution, and iodoacetamide [4% (w/v)]
to the second (Harder et al., 1999). Equilibrated gel strips were placed on top of vertical
polyacrylamide gels [10% (v/v) acrylamide, 0.33% (w/v) piperarine diacrylamide, 0.18 M Trizma base,
0.166 M HCl, 0.07% (w/v) ammonium persulfate, 0.035% (v/v) Temed]. A denaturing solution [1%
(w/v) low-melting agarose (Gibco BRL), 0.4% (w/v) SDS, 0.15 M bis-Tris, and 0.1 M HCl] was loaded
on gel strips. After agarose solidification, electrophoresis was performed at 10°C in a buffer (pH 8.3)
containing 25 mM Trizma base, 200 mM taurine, and 0.1% (w/v) SDS, for 1 h at 35 V and 14 h at 110
V. Ten gels (200 x 250 x 1.0 mm) were run in parallel (Isodalt system from Amersham Pharmacia
Biotech). For each condition analyzed, 2D gels were made in triplicate and from two independent
protein extractions.
PAPER

ELECTROPHORESIS
Electrophoresis is another separation technique. It is based on the different mobility of ions
(molecules which are charged) in a support which is subjected to an electric field. Ions run more or
less quickly along the substrate according their charge, size, shape, etc. According to the technique
which is used, the apparatus consists of two small basins which contain an electrolyte, a support
(i.e.: filter paper, cellulose acetate strips, polyacrylamide gel, or a capillary tube), an electrical DC
power supply and two electrodes. Electrophoresis is widely used to separate substances such as
amino acids, proteins, strands of DNA, etc. As in the case of chromatography, people use different
supports and solvents according to the substances to be separated and the techniques used. C. L.
Stong, on the magazine "Scientific American" proposed an experiment on paper electrophoresis (4).
1 - As shown by the figure 21, inspired by this article, place two little basins a few cm (one inch)
apart. Pour in the basins an electrolyte made of a teaspoon of table salt and another of baking soda
in 300 ml(1 1/2 cups) of tap water. Place a glass plate on the two basins and on it place a stripe of
filter paper soaked with the electrolyte. This stripe has to be immersed with each end in the
electrolyte in the basin for to complete the electrical circuit. With a pencil, draw a line across the
filter paper and place a little drop of blood on it. Cover the paper with a second glass plate. Put an
electrode into the electrolyte of each basin and apply 45V in direct current (from 4 to 8 Volt per cm).
You can obtain this from 5, 9volt batteries connected in series. With the passing of time, you should
see 5 little spots move toward the negative electrode. These spots are made of different proteic
components of the plasma: globulins (alpha, beta, gamma), albumin and fibrinogen. In reality, to
make these substances better visible it is necessary use a stain such as bromphenol blue. Lacking it,
try red cabbage juice.
2 - Try also to separate the components of the substances already used in the chromatography
experiments and observe what it happens. Keep in mind that some of these substances may not be
ionic.
LOOK OUT!: Do not use high voltages for this experiment. Never touch the electrodes, the
electrolytes, or the paper stripe. Take care never to short out the two electrodes. Finally, we
recommend to insert a fuse on one of the two cables. The fuse will break the circuit when there is
too high a current. We suggest about 10 mA. At the end of the migration of the spots, remove the
electrodes from the basins and take off the cables from the batteries.

Elektroforesis merupakan teknik pemisahan. Hal ini didasarkan pada mobilitas yang berbeda dari ion
(molekul yang dibebankan) dalam dukungan yang terkena medan listrik. Ion berjalan lebih atau
kurang cepat sepanjang biaya substrat menurut mereka, ukuran, bentuk, dll

Menurut teknik yang digunakan, aparatur terdiri dari dua cekungan kecil yang mengandung
elektrolit, dukungan (yaitu: kertas saring, strip asetat selulosa, gel poliakrilamid, atau tabung
kapiler), catu daya listrik DC dan dua elektroda. Elektroforesis yang banyak digunakan untuk zat
terpisah seperti asam amino, protein, untai DNA, dll Seperti dalam kasus kromatografi, orang
menggunakan pelarut yang berbeda dan mendukung sesuai dengan zat untuk dipisahkan dan teknik
yang digunakan. CL Stong, di majalah "Scientific American" yang diusulkan percobaan di
elektroforesis kertas (4).

- Seperti yang ditunjukkan oleh, angka 21 terinspirasi oleh artikel ini, tempat dua wastafel kecil
beberapa cm (satu inci) terpisah. Tuang di cekungan elektrolit yang terbuat dari satu sendok teh
garam meja dan lain baking soda dalam 300 ml (1 1 / 2 cangkir) air keran. Tempatkan piring kaca
pada dua cekungan dan di atasnya tempat jalur dari kertas saring direndam dengan elektrolit. Jalur
ini harus direndam dengan setiap akhir dalam elektrolit dalam baskom untuk untuk melengkapi
rangkaian listrik. Dengan pensil, menggambar garis di kertas filter dan tempat setetes kecil darah di
atasnya. Tutup kertas dengan sebuah piring kaca kedua. Masukkan elektroda ke masing-masing
cekungan elektrolit dan menerapkan 45V pada arus searah (4-8 Volt per cm). Anda dapat
memperoleh ini dari 5, baterai 9volt dihubungkan secara seri. Dengan berjalannya waktu, Anda akan
melihat 5 bintik kecil bergerak menuju elektrode negatif. Bintik ini terbuat dari komponen yang
berbeda proteic plasma: globulin (alfa, beta, gamma), albumin dan fibrinogen. Pada kenyataannya,
untuk membuat zat ini terlihat lebih baik itu perlu, gunakan noda seperti biru bromphenol.
Kekurangan itu, mencoba jus kol merah.
2 - Coba juga untuk memisahkan komponen-komponen dari bahan yang telah digunakan dalam
percobaan kromatografi dan mengamati apa yang terjadi. Perlu diingat bahwa beberapa zat-zat ini
mungkin tidak ion.

LIHAT OUT: Jangan menggunakan tegangan tinggi untuk percobaan ini. Jangan pernah menyentuh
elektroda, elektrolit, atau kertas garis. Berhati-hatilah untuk tidak pendek keluar dua elektroda.
Akhirnya, kami sarankan untuk menyisipkan sekering pada salah satu dari dua kabel. sekering akan
mematahkan sirkuit ketika ada yang terlalu tinggi saat ini. Kami menyarankan sekitar 10 mA. Pada
akhir migrasi tempat, lepaskan elektroda dari cekungan dan melepas kabel dari baterai.

Elektroforesis

Oleh karena partikel sol bermuatan listrik, maka partikel ini akan bergerak dalam medan listrik.

Pergerakan ini disebut elektroforesis. Untuk lebih jelas, mari kita lihat tabung berikut di samping.

Pada gambar, terlihat bahwa partikel-partikel koloid bermuatan positif tersebut bergerak

menuju elektrode dengan muatan berlawanan, yaitu elektrode negatif. Jika sistem koloid bermuatan
negatif,

maka partikel itu akan menuju elektrode positif

 Terjadinya Elektroforesis Terjadinya Elektroforesis Peristiwa Elektroforesis

Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian

Biologi Molekular
Tuesday, May 19th, 2009 | 37 Comments Posted by yepyhardi

Gel Electrophoresis; image from

http://clearlyexplained.com/culture/health/electrophoresisgel.jpg

Saat ini, teknik pemisahan dan pemurnian DNA/RNA merupakan teknik yang tidak dapat
dipisahkan dari biologi molekular. Hampir semua penelitian DNA/RNA mesti melibatkan
pemisahan dan pemurnian yang tekniknya cukup beragam. Elektroforesis adalah salah satu
teknik pemisahan paling populer, maka tak heran jika elektroforesis disebut sebagai pintu
gerbang dari berbagai penelitian biologi molekular. Nah, sekarang ada baiknya kita telusuri
dulu teknik-teknik tersebut dari masa ke masa.
Oh ya, pada prinsipnya elektroforesis itu adalah teknik pemisahan campuran molekul yang
didasarkan pada perbedaan muatan listriknya sehingga pergerakan molekul-molekul tersebut
pada suatu fasa diam (stationary phase) dalam sebuah medan listrik akan berbeda-beda.

Elektroforesis dengan Kertas Saring

Smithies menerima hadiah Nobel

Smithies menerima hadiah Nobel

Kisah teknik pemisahan DNA/RNA ini berawal dari sekelompok ilmuwan biokimia di awal
tahun 1950-an yang sedang meneliti mekanisme molekular DNA/RNA hidrolisis. Saat itu,
tepatnya tahun 1952, Markham dan Smith mempublikasikan bahwa hidrolisis RNA terjadi
melalui mekanisme pembentukan zat antara (intermediate) posfat siklik, yang kemudian
menghasilkan nukleosida 2′-monoposfat dan 3′-monoposfat. Bagaimana keduanya bisa
mengungkap rahasia ini?

Paper Electrophoresis. Image from www.funsci.com

Paper Electrophoresis. Image from www.funsci.com

Ternyata mereka menggunakan suatu peralatan yang dapat memisahkan komponen campuran
reaksi hidrolisis tadi, salah satunya yaitu nukleotida ‘siklik’ yang membawa pada kesimpulan
bahwa hidrolisis RNA terjadi melalui pembentukan intermediate posfat siklik. Peralatan itu
mereka namakan ‘elektroforesis‘, yang dibuat dari kertas saring Whatman nomor 3, sebuah
tangki kecil dan berbagai larutan penyangga (buffer). Nukleotida yang sudah terhidrolisis
ditaruh di atas kertas saring, kemudian arus listrik dialirkan melalui kedua ujung alat
elektroforesis.

Arus listrik yang dialirkan ini ternyata dapat memisahkan campuran kompleks reaksi tadi
menjadi komponen-komponennya, ini akibat adanya perbedaan minor antara struktur molekul
RNA yang belum terhidrolisis, zat antara (intermediate) dan hasil reaksi (nukleosida 2′-
monoposfat dan nukleosida 3′-monoposfat) yang menyebabkan mobilitas alias pergerakan
mereka pada kertas saring berbeda-beda kecepatannya. Karena pada akhir proses
elektroforesis komponen tersebut terpisah-pisah, mereka dapat mengisolasi dan
mengidentifikasi setiap komponen tersebut.
Elektroforesis Gel Kanji

Starch Gel Electrophoresis. Image from http://www.terrapub.co.jp

Starch Gel Electrophoresis. Image from http://www.terrapub.co.jp

Selanjutnya teknik elektroforesis dikembangkan untuk memisahkan biomolekul yang lebih

besar. Tahun 1955 Smithies mendemonstrasikan bahwa gel yang terbuat dari larutan kanji
dapat digunakan untuk memisahkan protein-protein serum manusia. Caranya yaitu dengan
menuangkan larutan kanji panas ke dalam cetakan plastik, setelah dibiarkan mendingin kanji
tersebut akan membentuk gel yang padat namun rapuh. Gel kanji berperan sebagai fasa diam
(stationary phase) menggantikan kertas saring Whatman pada teknik terdahulu.

Ternyata elektroforesis gel yang diperkenalkan Smithies memicu para ilmuwan untuk
menemukan bahan kimia lain yang dapat digunakan sebagai bahan gel yang lebih baik,
seperti agarosa dan polimer akrilamida.  Dan penemuan elektroforesis gel kanji di awal karir
Smithies membawanya menerima hadiah nobel bidang kedokteran tahun 2007.

Polyacrilamide Gel Electrophoresis (PAGE)

Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE). Image from

www.siumed.edu
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE). Image from www.siumed.edu

Teknik elektroforesis gel makin berkembang dan disempurnakan, hingga 12 tahun kemudian
ditemukan gel poliakrilamida (PAGE = Polyacrilamide Gel Electrophoresis) yang terbentuk
melalui proses polimerisasi akrilamida dan bis-akrilamida. PAGE ini sanggup memisahkan
campuran DNA/RNA atau protein dengan ukuran lebih besar.

Meskipun aplikasi elektroforesis makin berkembang luas, namun ternyata teknik ini masih
menyerah jika digunakan untuk memisahkan DNA dengan ukuran yang super besar, misalnya
DNA kromosom. Campuran DNA kromosom tidak dapat dipisahkan meskipun ukuran
mereka berbeda-beda.
Pulse-Field Gel Electrophoresis (PFGE)

Skema Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE)

Skema Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE)

Pertengahan 1980-an, Schwartz dan Cantor membeberkan ide cerdasnya untuk memisahkan
campuran DNA berukuran super besar menggunakan teknik yang dinamakan Pulse-field
Gradient Gel Electrophoresis (PFGE), yang menggunakan pulsa-pulsa pendek medan listrik
tegak lurus yang arahnya berganti-ganti. Teknik PFGE kini digunakan secara luas oleh para
ahli biologi dalam studi genotyping berskala masif, juga analisa epidemiologi molekular pada
patogen.

Keempat teknik di atas merupakan pintu masuk bagi penelitian-penelitian lainnya dalam
bidang biologi molekular yang kini berkembang sangat pesat. Sulit dibayangkan sebuah
laboratorium biologi molekular dapat menghasilkan sesuatu tanpa teknik elektroforesis.
Tanpa elektroforesis, DNA/RNA yang sedang kita teliti akan bercampur dengan kontaminan
yang tidak kita inginkan, sulit pula membayangkan cara mengetahui ukuran
DNA/RNA/protein yang lebih praktis selain dengan elektroforesis, bahkan teknik DNA
sequencing modern sekalipun sangat bergantung pada teknik elektroforesis ini. Terima kasih
kepada Markham dan Smith yang telah mencoba meneteskan RNA hidrolisat pada selembar
kertas saring dan memisahkannya dengan arus listrik.