Bacteriófago Lambda
Luis Kameyama, Norma Oviedo y Gabriel Guarneros.
Departamento de Genética y Biología Molecular, CINVESTAV-Instituto
Politécnico Nacional
Introducción
Infección
Transcripción temprana-tardía
Transcripción tardía
La proteína Q y su función
lisogenización. Sin embargo, CIII no será necesario si el huésped contiene un gen hflA
inactivo (Fig. 5).
Mantenimiento de la Represión
El ADN del fago entra a la célula en forma lineal pero enseguida se circulariza
por complementación de los extremos cohesivos y ligación de los "nicks”
correspondientes. En la respuesta lisogénica las funciones líticas, inclusive la
replicación, están reprimidas por lo que, cuando la bacteria se divide, el ADN circular
del fago l podría ser segregado desigualmente entre la progenie. Este evento se evita por
la integración del ADN de l al genoma de la bacteria, en forma que al replicarse el
profago se transmite igualmente a las células hijas.
La integración se efectúa por un evento de recombinación sitio-específica
mediado por la integrasa (Int) codificada por l y por proteínas del huésped llamadas
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que permite alinearlas con las nuevas cadenas compañeras para ser finalmente ligadas a
estas.
Este primer intercambio de cadenas tiene la topología de una estructura de
Holliday. Para resolver el entrecruzamiento de las cadenas remanentes, estas son
cortadas en el otro extremo del núcleo, rotan y son religadas a las nuevas cadenas
correspondientes. Para esta reacción la presencia de IHF no es necesaria y la proteína Int
la puede llevar a cabo. En cambio para el primer entrecruzamiento de cadenas si es
necesaria la presencia de IHF.
La escisión del ADN del fago requiere de las proteínas Int y Xis. Los genes int
y xis se localizan juntos inmediatamente a la derecha del sitio attP. Las secuencias de
estos genes tienen una superposición de 20 pb. entre el extremo 5´de int y el 3´de xis.
Cuando se induce la fase lítica se requiere la escisión del ADN del fago. La
inactivación del represor CI producida por la proteasa RecA permite la transcripción a
partir de pL para producir un ARNm que contiene al gen xis e int, pero no la región sib
que fue separada físicamente durante la recombinación del sitio attP con attB. Este
transcrito no será degradado y permite la traducción de ambos genes eficientemente, y
cuyos productos son necesarios para la escisión (Fig. 8)
La escisión es de tipo sitio especifica y requiere de Int, Xis e IHF. Para esto las
cadenas con los sitios attL y attR son intercambiadas para restaurar los sitios attP y
attB. La escisión requiere de Xis la cual tiene 2 sitios de unión en el attR. Se piensa que
Xis estabiliza la unión de Int para promover un nuevo evento de recombinación entre
attR y attL. La reacción de escisión es resistente a la temperatura a diferencia de la
integración que es inhibida por la temperatura y altas concentraciones de Xis.
La replicación del ADN del fago l puede llevarse a cabo en forma pasiva o en
forma activa. La replicación en forma pasiva es realizada por la replicación del
cromosoma bacteriano, ya que el ADN de l esta integrado, y al replicarse el cromosoma
bacteriano, se replica también el de l. La replicación activa es independiente de la
replicación del cromosoma del huésped. Esta es llevada a cabo en dos fases: la temprana
y la tardía. En la fase temprana, la replicación es iniciada a partir de un único origen. Es
realizada en forma bi-direccional generando moléculas de ADN circulares. La
replicación sigue la forma q por la semejanza de las estructuras intermedias con la letra
griega Tetha. En la fase tardía de la infección, la replicación sigue la forma del circulo
rodante (s), generando múltiples moléculas lineales de ADN de l (Fig. 10).
Para que se lleve a cabo la replicación, se requiere de la maquinaria replicativa,
la cual consta de un gran número de proteínas, y de las cuales la mayoría provienen del
huésped. Solamente dos proteínas fágicas, codificadas por el producto de los genes O y
P, participan directamente en la iniciación de la replicación. Así, la replicación posterior
a su inicio sigue el mecanismo establecido del huésped E. coli. La mayoría de las
proteínas implicadas en la replicación, fueron identificada retando al fago l a replicarse
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Replicación Temprana
Replicación tardía
Iniciación de la Replicación de l
Resulta claro que tanto para la forma q, así como para el 40% de la forma s, la
replicación, se inicia en un origen único ori. El origen de replicación en sus inicios fue
determinado por mapeo con las microfotografias electrónicas, tomando desde el origen
de las asas replicativas y extrapolando a la región cero de replicación. Esto ubicó al ori
entre 81.7 ± 2.9% en relación al extremo izquierdo del genoma de l, y muy cerca de los
genes O y P. Posteriormente, estudios genéticos determinaron con más precisión el sitio
de control para la iniciación de la replicación. Este sitio estuvo localizado dentro del gen
O, aproximadamente a 80.5 - 80.6% del extremo izquierdo del genoma l. El origen de
replicación fue determinado probando diferentes mutantes con deleciones cercanas a y
dentro del gen O, observándose si la replicación se llevaba a cabo o no en profagos. Una
vez delimitada esta región, se clonó en regiones no esenciales de fagos o en plásmidos,
y por complementación de O y P, se observaron si eran capaces de replicar o no. Una
región entre el promotor pR y un sitio EcoRI dentro del gen O permite que se replique
eficientemente tanto en el sistema de profagos y de plásmidos. Sin embargo, una región
de 34 pb a la derecha del sitio EcoRI incrementó la replicación de 20 a 30 veces en el
sistema plasmídico. Así, pruebas con deleciones indicaron que los límites de ori están
comprendidos a no mas de 200 pb del sitio EcoRI. Se han propuestos otros sitios mas
distantes como el sitio ice (inceptor sequence) dentro del gen cII y localizado a 600 pb a
la izquierda de ori que facilitan la replicación. Sin embargo, deleciones en este sitio han
permitido una buena replicación, por lo que a ori se le considera el único sitio
indispensable para que se lleve a cabo una replicación normal. Debido a la capacidad de
suplir la actividad de O por complementación, se pudieron hacer ensayos más finos
mutando el origen de replicación (dentro del gen O) y se definió un segmento mínimo de
63 pb como el origen de la replicación. Sorprendentemente, esta región presenta cuatro
cajas muy parecidas de 19 pb conteniendo repetidos invertidos y separados unos de otro
por pocas bases. El ADN de esta región puede modelarse como una estructura de un
trébol complejo, sugiriendo que pudiese ser el estado activo del ADN para el inicio de la
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replicación. El origen ori tiene otra estructura no usual a la derecha de los repetidos, la
cual es rica en pares de A· T y exponiendo una distribución asimétrica de purinas y
pirimidinas. Estas propiedades deben facilitar la desnaturalización local de la doble
hélice.
La interacción específica entre la proteína O y el segmento ori ha sido
identificado por análisis genéticos y bioquímicos. La proteína O, de 34,000 daltones,
actúa en forma dimérica. La región amino terminal de O es esencial para el
reconocimiento del ADN y se une a una región de 95 pb en la cual están contenidas las
cuatro cajas.
La proteína P es una proteína de 26,000 daltones que de acuerdo a las
evidencias genéticas sugieren que también puede interactuar con la proteína O.
Mutaciones del tipo temperatura sensible pueden ser suprimidas por mutaciones que
mapean en P. La proteína híbrida O que contiene la parte amino terminal de l y la parte
carboxilo terminal O de f80, funciona eficientemente para la replicación con la proteína
P del fago f80 pero no con la proteína P de l, indicando que la interacción a P es con la
parte carboxilo terminal de O. La proteína P interactúa con diferentes proteínas del
huésped, entre estas la mejor caracterizada es con la helicasa del huésped DnaB. La
asociación con la proteína DnaB y su modificación en su actividad podrían permitir que
DnaB entre al complejo replicativo del ADN de l.
Para que se inicie la replicación se requiere de la salida de P del complejo de
iniciación, para ésto DnaJ/DnaK se asocian a P dejando libre a DnaB. El producto de los
genes grpD y grpE están involucrados también en la salida y regeneración de P. Además
de las proteínas replicativas y al sitio ori, la iniciación de la replicación requiere una
activación transcripcional de la síntesis de un ARN cercano al origen de la replicación.
En una lisógena para l cuando se coinfecta con el mismo fago y un fago auxiliar
heteroinmune que provee las proteínas O y P de l, el genoma reprimido de lambda no es
capaz de replicarse indicando la necesidad de la activación transcripcional.
Existen algunos antibióticos como la rifampicina que inhiben la replicación. Su
acción es indirecta, ya que al inhibir la transcripción de pR, evita la activación
transcripcional para la replicación. Similarmente, existen otros antibióticos que inhiben
indirectamente la replicación como son el Ac. Nalidíxico y la Coumermicina,
inhibidores de la ADN-girasa. Esto sugiere que el sustrato para la iniciación de la
replicación debe ser un sistema de ADN superenrollado. El mecanismo propiamente de
la replicación como el reconocimiento para su iniciación, el complejo ARN polimerasa
para la elongación y para la terminación es muy similar a la que ocurre con su huésped
E. coli y se recomienda ver el capítulo de la Replicación en E. coli.
por parte de la enzima terminasa que se encarga del empaquetamiento y corte posterior
en la región cos. La entrada de solamente una unidad cromosomal por cápside es
controlada por el reconocimiento del sitio cos terminal por la terminasa. Sin embargo, es
posible introducir ADN heterólogo con gran eficiencia en vectores que cuenten con las
regiones cos al ser empaquetados en reacciones in vitro.
La cápside del virión se forma independientemente del ensamble del tallo, y al
unirse ambos conforman la partícula viral madura. Se requiere de la participación de
cuatro proteínas del fago y por lo menos de dos proteínas de la bacteria para formar la
cápside. La proteína E forma la estructura del poliedro principal y la proteína D se
encuentra en la superficie formando un arreglo eicosaédrico en la cápside madura.
Las proteínas B, C y Nu3 del fago junto con las proteínas GroEL y GroES del
huésped interactúan para formar la cápside primitiva. Las proteínas del huésped son
necesarias para evitar malformaciones de la cápside al ensamblarse las proteínas E y
Nu3. La proteína Nu3 facilita el ensamble de las proteínas E, B y C en la estructura del
precursor. La proteína B forma el conector entre la cápside y el tallo del virión, el cual
está dispuesto en forma de un anillo con un orificio central. Este será el orificio de la
entrada del ADN. Durante la maduración de la cápside, la proteína B es escindida para
formar la proteína B* en tanto que la proteína Nu3 es degradada y removida de la
estructura. Las proteínas C y E participan en una fusión para formar proteínas híbridas
X1 y X2 (Fig. 11).
Como se mencionó antes, en la etapa final de maduración requiere del
empaquetamiento del ADN dentro de la cápside. El ADN concatemérico del fago es
reconocido en el sitio cos por la terminasa (complejo I), también se necesita la
participación de dos proteínas del hospedero, las proteínas IHF y THF, para que se
realice el corte en el sitio cos. La terminasa de l consiste de dos subunidades (Nu1 y A)
que reconoce secuencias especificas en la región cos. Solo se sintetizan de 100 a 200
moléculas de terminasa en el curso de una infección. El reconocimiento es llevado a
cabo gracias al motivo a hélice -vuelta- a hélice de la subunidad pequeña de la enzima
Nu1. Esta subunidad se une a 3 o a 4 secuencias repetidas en la región cos. La
subunidad mayor tiene actividad de endonucleasa que rompe el enlace fosfodiester en
una de las cadenas (nick). En el sitio cos se localizan dos de estos sitios en cadenas
opuestas y a una distancia de 12 nucleótidos. La afinidad de la terminasa en la región de
cos es estimulada por la unión y doblamiento del ADN, efectuado por el factor IHF del
huésped.
La unión del complejo I al precursor de la cápside genera el complejo II, cuya
reacción es potenciada por la proteína FI del fago (Fig. 11). La entrada del genoma de l
a la cápside se realiza en forma polar, es decir, la dirección de empaquetamiento del
ADN es del gen Nu1 a R. La terminasa no solo se encarga del reconocimiento de los
sitios cos, sino también de la unión de este con el precursor de la cápside, y establece el
origen y dirección de empaquetamiento. El empaquetamiento requiere de la hidrólisis
de ATP para la condensación del ADN de 30 a 200 veces dentro de la cápside. Durante
el empaquetamiento del ADN, la cápside sufre una expansión del 75% en su tamaño,
dejando espacios en la estructura de la red conformada por la proteína E. Estos nuevos
espacios son ocupados por la proteína D en un número equivalente al de la proteína E,
brindándole estabilidad a la cápside madura. El corte del ADN en su región cos termina
con el empaquetamiento, la terminasa se disocia de la cápside madura pero continua
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unida al ADN concatemérico para formar un nuevo complejo II con otro precursor de la
cápside. En tanto que las proteínas W y FII se unen al conector del tallo para evitar la
salida del ADN y formar el sitio de unión del tallo con la cápside madura.
En tanto, el ensamblaje del tallo se lleva a cabo en forma independiente de la
cápside. El tallo del fago l consiste de un tubo flexible (no contráctil como en el caso
de T4) de 135 nm con un extremo cónico de 15 nm, una fibra terminal de 23 nm. Se
compone principalmente de 32 anillos apilados compuesto cada uno de 6 subunidades de
la proteína V. El producto del gen J compone la fibra terminal que interacciona
directamente con el receptor LamB de la superficie de la bacteria.
El ensamblaje de la partícula viral se debe principalmente a un fino equilibrio
de las diferentes proteínas de la cápside y tallo. Los genes estructurales no se encuentran
dispuesto al azar en el genoma de l sino que los genes de la cápside y del tallo se hallan
agrupados en dos regiones que no se solapan. Es interesante notar que los productos de
genes que interactúan durante el ensamblaje se encuentran codificados en genes
adyacentes. Los polipéptidos precursores son sintetizados secuencialmente en las
cantidades apropiadas durante el ensamblaje, a pesar de ser transcriptos a partir de un
solo promotor (pR’).
Esto se explica por la expresión diferencial de las proteínas, producto de la
traducción diferencial de los cistrones. Pero si se altera la producción de algunas
proteínas, se produce un ensamblaje inadecuado que deriva en la formación de cápsides
defectuosas.
Lisis Celular
Una vez formadas las partículas virales, éstas deberán salir y dispersarse para
encontrar nuevas bacterias y poder multiplicarse. Una de las principales barreras para la
salida de las partículas es la malla continua de peptidoglicanos de la pared celular. Esta
estructura es estable y resistente y permite mantener la presión osmótica interna de la
célula.
La estrategia que sigue el bacteriófago para sortear esta barrera es producir una
endolisina para degradar los componentes de la pared celular. La endolisina es una
transglicosilasa que por si sola no es capaz de llegar a su sustrato porque la pared celular
se encuentra separado del citosol por la membrana celular, y para llegar a éste requiere
de un segundo factor lítico, la holina. Esta es una proteína de membrana que daña a la
membrana interna y da libre acceso de la endolisina a la pared celular (Fig.12).
Los genes de la holina y endolisina, S y R respectivamente del genoma del fago
l, están localizados en el inicio de la unidad transcripcional tardía, bajo el control del
promotor pR´. Este se “prende” aproximadamente a los 8 min del ciclo vegetativo y se
expresa en forma constitutiva. La endolisina activa se acumula en el citosol, no teniendo
acceso inmediato a su sustrato. La holina forma lesiones en la membrana que terminan
con la respiración y permiten que la endolisina ataque a la mureína. La más simple
explicación, es que la holina forme poros, y permita que la endolisina cruce la
membrana celular. Deleciones en los genes de los holina permite que la respiración
continúe, así como la síntesis macromolecular, observándose un incremento de la masa
celular, con una acumulación de viriones en el citosol. Una característica común del
sistema basado en la holina es su dependencia con la membrana energizada, ya que la
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Propiedades de la holina
El gen S de la holina codifica para dos péptidos: uno de 105 aminoácidos y otro
similar, pero con 2 aminoácidos adicionales, o sea de 107 aminoácidos, presenta 3
regiones transmembranales con la topología amino terminal siempre hacia fuera y el
carboxilo terminal hacia el citosol. La holina puede unirse al menos en multímeros de
seis para formar el poro. La parte citoplasmática del carboxilo terminal es necesaria
para la formación del poro y tiene un papel regulatorio, dependiendo de sus residuos
cargados positivamente. Se ha observado que una misma mutación en la región
transmembranal 2 (TM2) que cambia la alanina por valina (A52V), le confiere un
defecto total en la lisis, acumulándose los viriones mas de la cuenta. Mientras que la
mutación alanina por glicina (A52G) causa una catastrófica lisis temprana, ~20 min,
antes de que el primer virion sea ensamblado. Si no se tiene algo adicional, esta es una
prueba de que la holina tiene dos funciones esenciales: causar la lisis permeabilizando la
membrana y retardar la lisis hasta que el programa del ensamblaje del virión haya
generado un número suficiente de viriones.
¿Qué es lo que hace que la holina dispare la formación del poro en el minuto 50
sin hacerlo antes o después?, y sabiendo que ciertos venenos que interfieren con el
proceso energético disparan prematuramente la lisis. ¿Cuál es el papel de las membranas
energizadas?. Parte de la respuesta está en la proteína de 107 residuos. Tanto la holina
activa de 105 aminoácidos, así como la inhibitoria de 107 aminoácidos, son traducidas
de diferentes Shine Dalgarno. El cronometraje de la lisis depende de la proporción de
las dos proteínas, la cual es 2:1 a favor de la de 105 aminoácidos, bajo condiciones
estándares de cultivo. La función inhibitoria de la proteína de 107 es su carga positiva de
la posición 2 (lisina). Graschopf y Bläsi fusionando una secuencia señal en la parte
amino terminal de 107, eliminan su capacidad inhibitoria y la convierte en una holina
activa. Estas consideraciones han permitido proponer un modelo para el evento del
disparo de la holina, su dependencia energética, y su mecanismo inhibitorio.
La holina S es insertada en la membrana formando una estructura de horquilla
con las regiones TM2 y TM3. La formación del poro deberá requerir que la estructura
final tenga 3 regiones TM, por la penetración amino terminal a través de la capa
bilipídica. Así, el inhibidor 107 es defectuosa en llevar a cabo este reacomodo ya que
presenta una carga positiva extra en la porción amino terminal.
Alterando artificialmente la proporción del inhibidor o de la holina, se puede
retardar o acelerar la lisis, respectivamente, sugiriendo que la habilidad para retardar la
lisis del inhibidor 107 es un evento poblacional.
Debería parecer que la relación holina – inhibidor estuviera activamente
regulado bajo condiciones fisiológicas, donde un ciclo vegetativo más extendido pudiera
ser favorecido, pero aún no se tienen evidencias que tal regulación haya sido reportado.
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Bibliografia