MAKALAH

GENETIKA MIKROORGANISME

DISUSUN OLEH:

NAMA : REYNOL MOHAMAD

NIM : G 701 17 217

JURUSAN FARMASI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN

ALAM

UNIVERSITAS TADULAKO

PALU
 KATA PENGANTAR

Segala puji bagi Allah SWT yang telah memberikan kami kemudahan sehingga kami
dapat menyelesaikan makalah ini dengan tepat waktu. Penulis mengucapkan syukur
kepada Allah SWT atas limpahan nikmat sehat-Nya, baik itu berupa sehat fisik
maupun akal pikiran, sehingga penulis mampu untuk menyelesaikan pembuatan
makalah sebagai tugas mata kuliah Mikrobiologi, yang berjudul “Genetika
Mikroorganisme”.

Penulis tentu menyadari bahwa makalah ini masih jauh dari kata sempurna dan masih
banyak terdapat kesalahan serta kekurangan di dalamnya. Untuk itu, penulis
mengharapkan kritik serta saran dari pembaca untuk makalah ini, supaya makalah ini
nantinya dapat menjadi makalah yang lebih baik lagi. Demikian, dan apabila terdapat
banyak kesalahan pada makalah ini penulis mohon maaf yang sebesar-besarnya.

Palu, 21 Maret 2019

 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Ilmu genetika mendefinisikan dan menganalisis keturunan atau konstansi dan
perubahan pengaturan dari berbagai fungsi fisiologis yang membentuk karakter
organisme. Unit keturunan disebut gen yang merupakan suatu segmen DNA yang
nukleotidanya membawa informasi karakter biokimia atau fisiologis tertentu.
Pendekatan tradisional pada genetika telah mengidentifikasikan gen sebagai dasar
kontribusi karakter fenotip atau karakter dari keseluruhan stuktural dan fisiologis dari
suatu sel atau organisme, karakter fenotif seperti warna mata pada manusia atau
resistensi terhadap antibiotik pada bakteri, pada umumnya di amati pada tingkat
organisme. Dasar kimia untuk variasi dalam fenotif atau perubahan urutan DNA
dalam suatu gen atau dalam organisasi gen.

Penelaahan tentang genetika pertama kali dilakukan oleh seorang ahli botani bangsa
Austria, Gregor Mendel pada tanaman kacang polongnya. Pada tahun 1860-an ia
menyilangkan galur-galur kacang polong dan mempelajari akibat-akibatnya.
Hasilnya antara lain terjadi perubahan-perubahan pada warna,bentuk, ukuran, dan
sifat-sifat lain dari kacang polong tersebut. Penelitian inilah ia mengembangkan
hukum-hukum dasar kebakaan. Hukum kebakaan berlaku umum bagi semua bentuk
kehidupan. Hukum-hukum mendel berlaku manusia dan juga organisme percobaan
dahulu amat populer dalam genetika, yakni lalat buah Drosophila. Namun sekarang,
percobaan-percobaan ilmu kebakaan dengan menggunakan bakteri Escherichia coli.
Bakteri ini dipilih karena paling mudah dipelajari pada taraf molekuler sehingga
merupakan organisme pilihan bagi banyak ahli genetika. Hal ini membantu
perkembangan bidang genetika mikroba. Jasad renik yang di pelajari dalam bidang
genetika mikroba meliputi bakteri, khamir, kapang, dan virus.
Genetika mikroba tradisional terutama berdasarkan pada pengamatan atau observasi
perkembangan secara luas. Variasi fenotif telah diamati berdasar kemampuan gen
untuk tumbuh dibawah kondisi terseleksi, misalnya bakteri yang mengandung satu
gen yang resisten terhadap ampisilin dapat dibedakan dari bakteri kekurangan gen
selama pertumbuhannya dalam lingkungan yang mengandung antibiotik sebagai
suatu bahan penyeleksi. Catatan bahwa seleksi gen memerlukan ekspresinya dibawah
 kondisi yang tepat dapat diamati pada tingkat fenotif. Genetika bakteri mendasari
perkembangan rekayasa genetika, suatu teknologi yang bertanggung jawab terhadap
perkembangan di bidang kedokteran.

B. Rumusan Masalah
1. Apakah pengertian gen dan prinsip dogma sentral ?
2. Bagaimanakah replikasi, transkripsi, dan translasi ?
3. Bagaimanakah transformasi genetik mikroorganisme dan rekombinan ?

C. Tujuan
1. Mengetahui pengertian gen dan prinsip dogma sentral
2. Bagaimanakah replikasi, transkripsi, dan translasi ?
3. Bagaimanakah transformasi genetik mikroorganisme dan rekombinan ?
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Pengertian Gen dan Prinsip Dogma Sentral

Gen adalah bagian dari kromosom atau salah satu kesatuan kimia (DNA) dalam
kromosom yaitu dalam lokus yang mengendalikan ciri-ciri genetis dari suatu makhluk
hidup. Gen diturunkan atau diwariskan oleh satu individu kepada keturunannya, yaitu
melalui suatu proses reproduksi. Oleh karena itu, informasi yang menjaga keutuhan
bentuk serta fungsi kehidupan suatu organisme dapat terpelihara/terjaga.

Gen terdapat berpasangan dalam satu lokus pada kromosom homolog. Dari
masing-masing gen dalam pasangan tersebut disebut dengan alel. Kedua alel dapat
membawa ciri sifat yang sama ataupun sifat yang berbeda, seperti misalnya sifat
tangkai panjang dan tangkai pendek.

Gen diwariskan oleh satu individu kepada keturunannya, yaitu lewat suatu proses
reproduksi. Oleh sebab itu, segala macam bentuk serta fungsi informasi kehidupan suatu
organisme dapat terjaga keutuhannya. Sebuah gen bisa berpasangan dalam satu lokus pada
kromosom homolog. Dan gen-gen yang berpasangan tersebut dinamakan dengan alel. Alel
bisa membawa ciri-ciri sifat yang sama ataupun berbeda, seperti contohnya sifat tangkai
panjang dan tangkai pendek.

Fungsi Gen

Gen-gen merupakan substansi hereditas yang mempunyai fungsi sebagai berikut:

 Dapat memberikan informasi tentang genetika dari generasi ke generasi.

 Dapat mengendalikan, artinya bisa mengatur metabolisme dan pertumbuhan
tubuh.
 Dapat menentukan sifat-sifat pada keturunannya. Seperti yang dicontohkan
pada fakta di depan. Sifat-sifat itu bisa berupa bentuk rambut, bentuk badan,
warna kulit, dan lain sebagainya.
 Proses reaksi kimia di dalam tubuh bisa terjadi secara bertubi-tubi. Dan pada
tiap-tiap reaksinya dibutuhkan enzim. Pembentukan dan juga pengendalian
kerja enzim tersebut dilaksanakan oleh gen. Dan juga pada proses
perkembangan yang membutuhkan hormon juga diatur oleh gen.
Sifat Gen

Gen yang memperlihatkan senyawa kimia merupakan substansi hereditas,

mempunyai sifat sebagai berikut di bawah ini:

 Yang pertama, gen mengandung informasi genetik

 Yang kedua, Setiap gen mempunyai tugas dan fungsi yang berbeda-beda
 Yang ketiga Ketika, waktu pembelahan mitosis dan meiosis bisa mengadakan
duplikasi
 Yang keempat, kerjanya ditentukan oleh susunan komniasi basa nitrogennya
 Yang kelima, sebagai zarah yang terdapat di dalam kromosom
 Dogma sentral adalah proses ekspresi gen yang mengikuti tahapan-tahapan
dalam info genetik yang terdiri proses dasar replikasi DNA,transkripsi DNA menjadi
RNA, dan translasi RNA menjadi protein atau polipeptida. Dalam sentral dogma,
bahwa semua sel memiliki DNA yang merupakan kode genetik yang dapat
dipergunakan untuk memproduksi protein dengan cara memproduksi mRNA.
Perlunya mRNA dalam produksi protein karena DNA merupakan kode genetik yang
sangat berharga sehingga perlu dibuat salinannya, yaitu dengan proses transkripsi.
Setelah diperoleh salinan, maka salinan tersebut ditranslasi (diterjemahkan) menjadi
urutan AA (asam amino).

Yang dimaksud disini adalah Dogma central semua informasi yang

terkandung dalam DNA, kemudian akan digunakan untuk menghasilkan molekul
RNA melalui transkripsi, dan beberapa informasi pada RNA tersebut akan digunakan
untuk menghasilkan protein melalui proses yang disebut translasi.

Berikut adalah mekanisme prosesnya:

Sebenarnya dalam proses dogma central, ada beberapa referensi yang mencakup
replikasi DNA, dan ada yang tidak. Karena ada yang mengartikan dogma central
adalah proses ekspresi gen dari DNA –> RNA –> protein. Ada pula yang
menyebutkan sebelum ekspresi gen berlangsung, DNA harus dilipat gandakan dulu.
B. Replikasi, Transkripsi dan Translasi

■ REPLIKASI
Proses replikasi DNA adalah proses pengandaan DNA dimana proses ini
diperlukan dalam pembelahan sel. Sebelum proses ekspresi gen, biasanya DNA
dilipatgandakan menjadi lebih banyak. Proses replikasi DNA pada dasarnya adalah 1
double stranded DNA dicopy menjadi 2 buah, dari 2 buah akan dicopy menjadi 4
buah. Jadi berawal dari denaturasi DNA yang akan membuka pilinan dari double
stranded menjadi single stranded. Kemudian dengan bantuan sebuah enzim yang
disebut DNA polimerase, DNA akan terikat DNA polimerase kemudian copy DNA
terjadi. Melalui prinsip replikasi DNA ini lah PCR (Polymerase Chain Reaction)
dilakukan.

Replikasi DNA berlangsung dalam beberapa tahap yaitu:

1) Denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk,

2) Peng-”awal”-an (initiation, inisiasi) sintesis DNA,
3) Pemanjangan untaian DNA,
4) Ligasi fragmen fragmen DNA, dan
5) Peng-“akhir”an (termination, terminasi) sintesis DNA.
■ Transkripsi

Ini merupakan tahap awal dalam proses sintesis protein yang pada akhirnya
proses ini akan mengekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip. Dan
untuk mempelajari biologi molekuler tahap dasar yang perlu kita ketahui adalah
bagaimana mekanisme sintesis protein dapat dinyatakan sebagai sehingge fenotipe.

Transkripsi adalah sintesis molekul RNA dalam template DNA.Proses ini

terjadi dalam inti sel (nukleus) tepatnya pada kromosom.
Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu: DNA template yang terdiri
dari basa nukleotida Adenin (A), Guanin (G), Timin (T), Sitosin (S); enzim
polimerase RNA, faktor transkripsi, prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai
diinduksi) .
Hasil dari proses sintesis tiga jenis RNA, yaitu mRNA messeger RNA), tRNA
(transfer RNA), rRNA (RNA ribosomal).
Sebelum itu saya akan menjelaskan terlebih dahulu bagian utama dari gen. Gen terdiri
atas: promoter, bagian struktural (terdiri dari gen yang mengkode sifat yang akan
diekspresikan), dan terminator.
Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas: beta, beta-prime, alpha, sigma. Pada
struktur beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam transkripsi. struktur
Sigma untuk polimerase RNA holoenzim berlangsung hanya menempel
promotor.Bagian yang disebut enzim inti terdiri dari alfa, beta, dan beta-prime.
Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap:

1. Inisiasi (pengawalan)
Transkripsi tidak dimulai di mana saja pada DNA, tapi di hulu (upstream) dari
gen promotor. Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow
(TATA box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim RNA polimerase menempel pada
promotor. Tahapan dimulai dari pembentukan kompleks promoter tertutup,
pembentukan kompleks promoter terbuka, penggabungan beberapa nukleotida awal,
dan perubahan konformasi RNA polimerase karena struktur sigma holoenzim
kompleks dihapus.

2. Elongasi (pemanjangan)
Proses selanjutnya adalah perpanjangan. Berikut ini adalah pemanjangan
nukleotida perpanjangan. Setelah promotor RNA polimerase melekat pada enzim
tersebut akan terus bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan
heliks tersebut. Dalam pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada
ujung 3 „molekul RNA yang baru dibentuk. Misalnya, DNA template nukleotida A,
maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U, dan seterusnya. Pemanjangan
maksimum tingkat molekul transkrip RNA berrkisar antara 30-60 nukleotida per
detik. Pemanjangan kecepatan tidak konstan.

3. Penghentian (terminasi)
Penghentian juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir
ketika sebuah nukleotida spesifik melihat kodon STOP.Selain itu, terlepas dari
template DNA RNA ribosom.
■ TRANSLATION

Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah terjemahan.Penerjemahan adalah

suatu proses penerjemahan urutan nukleotida molekul mRNA yang ada dalam
rangkaian asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein.
Apa yang dibutuhkan dalam proses penerjemahan adalah: mRNA, ribosom, tRNA,
dan asam amino.

Tiap penambahan melibatkan partisipasi beberapa protein yang disebut

faktor elongasi dan terjadi dalam siklus tiga tahap yaitu:

1. Pengenalan kodon. Kodon mRNA pada tempat A dari ribosom

membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon molekul tRNA yang baru
masuk yang membawa asam amino yang tepat. Faktor elongasi
membawa tRNA ke tempat A. Langkah ini juga membutuhkan hidrolisis
GTP.
2. Pembentukan ikatan peptida. Molekul rRNA dari subunit ribosom besar,
berfungsi sebagai ribozim, mengkatalis pembentukan ikatan peptida
yang menggabungkan polipeptida yang memanjang dari tempat P ke
asam amino yang baru tiba di tempat A. Pada tahap ini, polipeptida
memisahkan diri dari tRNA tempat pelekatannya semula, dan asam
amino pada ujung karboksilnya berikatan dengan asam amino yang
dibawa oleh tRNA di tempat A.
 3. Translokasi. Molekul tRNA di tempat A, sekarang terikat pada
polipeptida yang sedang tumbuh, ditranslokasikan ke tempat P. Saat
RNA berpindah tempat, antikodonnya tetap berikatan dengan hidrogen
pada kodon mRNA; mRNA bergerak bersama -sama dengan antikodon
ini dan membawa kodon berikutnya untuk ditranslasi pada tempat A.
Sementara t RNA yang tadinya berada pada tempat P bergerak ketempat
E dan dari tempat ini keluar dari ribosom. Langkah translokasi
membutuhkan energi yang disediakan oleh hidrolisis GTP. mRNA
bergerak melalui ribosom ke satu arah saja, mulai dari ujung 5' hal ini
sama dengan ribosom yang bergerak 5'→3' pada mRNA. Hal yang
penting disini adalah ribosom dan mRNA bergerak relatif satu sama
lain, dengan arah yang sama, kodon demi kodon. Siklus Elongasi
menghabiskan waktu kurang dari 1/10 detik dan terus diulang saat tiap
asam amino ditambahkan pada rantai hingga polipeptidanya lengkap.

Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA, UGA, UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dalam
keadaan normal tidak ada aminoasil-tRNA yang membawa asam amino sesuai
dengan ketiga kodon tersebut. oleh karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari
ketiga kodon terminasi tersebut, maka proses translasi berakhir. Pada E. coli ketiga
sinyal penghentian proses translasi tersebut dikenali oleh suatu protein yang disebut
release factors (RF) misalnya RF1 yang mengenali kodon UAA atau UAG atau RF2
yang mengenali kodon UAA atau UGA. Sebaliknya pada eukaryot hanya ada satu
release factor yaitu eRF yang mengenali ketiga kodon terminasi tersebut
 Ribosom terdiri atas subunit besar dan kecil. Ketika dua subunit digabungkan
untuk membentuk sebuah monosom. subunit kecil berisi peptidil (P), dan Aminoasil
(A). Sedangkan subunit besar mengandung Exit (E), P, dan A. Kedua subunit
mengandung satu atau lebih molekul rRNA. rRNA sangat penting untuk
mengidentifikasi bakteri pada tingkat biologi molekuler, pada prokariotik dan
eukariotik 16 S 18 S.

Seperti transkripsi, terjemahan ini juga dibagi menjadi tiga tahap:

1. Inisiasi
Pertama tRNA mengikat asam amino, dan ini menyebabkan acara diaktifkan
atau tRNA disebut asilasi-amino. Amino-asilasi proses dikatalisis oleh enzim tRNA
sintetase. Kemudian ribosom mengalami pemisahan menjadi subunit besar dan
kecil.Selanjutnya molekul mRNA subunit kecil menempel pada tongkat dengan
kodon awal: 5 „- AGGAGG – 3‟. Situs order dimana subunit kecil disebut urutan
Shine-Dalgarno. Subunit kecil dapat menempel pada mRNA bila IF-3. IF-3/mRNA-
fMet IF-2/tRNA-fMet pembentukan kompleks dan asam amino yang disebut N-
formylmethionine dan memerlukan banyak GTP sebagai sumber energi. tRNA-fMet,
melekat pada kodon pembuka P subunit kecil.Selanjutnya, subunit besar menempel
pada subunit kecil. Dalam proses ini IF-1 dan IF-2 dilepas dan GTP dihidrolisis
terhadap GDP, dan siap untuk perpanjangan.

2. Pemanjangan
Perbedaan dalam proses transkripsi, terjemahan dari asam amino
diperpanjang. Langkah-langkah yang diambil dalam proses perpanjangan, yang
pertama adalah pengikatan tRNA ke sisi A pada ribosom. Transportasi akan
membentuk ikatan peptida.

3. Penghentian
Terjemahan akan berakhir pada satu waktu dari tiga kodon terminasi (UAA,
UGA, UAG) yang berada dalam posisi A pada mRNA mencapai ribosom. Pada E.
coli ketiga sinyal penghentian proses translasi diakui oleh protein yang disebut faktor
rilis (RF).Anil RF pada kodon terminasi mengaktifkan enzim transferase peptidil
yang menghidrolisis ikatan antara polipeptida dng tRNA pada P dan menyebabkan
tRNA kosong translokasi ke sisi memiliki E (exit).
Perbedaan DNA dan RNA

Perbedaan DNA dan RNA Dirunut dari sisi bahasa, DNA adalah akronim dari
kata Deoxyribo Nucleic Acid atau Asam Deoksiribosa Nukleat, sedangkan RNA
adalah akronim dari kata Ribonucleic Acid atau Asam Ribosa Nukleat. Adapun jika
dirunut dari pengertiannya, DNA merupakan gugus asam amino rantai ganda yang
berfungsi dalam mengendalikan aktivitas genetis dan sintesis protein dengan
kandungan 3 basa nitrogen (purin, pirimidin, dan gugus fosfat). Sedangkan RNA
adalah gugus asam amino rantai tunggal yang mengandung 2 basa nitrogen (yaitu
purin dan pirimidin) hanya berfungsi untuk melakukan sintesis protein.

Perbedaan DNA dan RNA Dari pengertian di atas, tentu kita sudah dapat
mengidentifikasi apa saja yang menjadi perbedaan antara DNA dan RNA. Perbedaan
keduanya antara lain terletak pada fungsi, letak, bentuk, ukuran, komponen gula dan
basa nitrogen yang dikandungnya, serta pada fluktuasi kadarnya. Secara lebih
lengkap, berikut ini kami telah cantumkan tabel perbedaan DNA dan RNA untuk
dapat Anda identifikasi. Perbedaan DNA RNA Fungsi Mengendalikan faktor
keturunan dan sintesis protein Mengendalikan sintesis protein Letak Terdapat pada
inti sel Terdapat pada inti sel, sitoplasma, atau ribosom Komponen Gula
Deoksiribosa Ribosa Ukuran Panjang Pendek Jenis Basa Nitrogen Purin (adenin dan
guanin) gugus fosfat. dan Pirimidin (sitosin dan timin) Purin (adenin dan guanin) dan
Pirimidin (sitosin dan urasil) Kadar Tidak berubah Berubah

1. Perbedaan Fungsi Perbedaan RNA dan DNA yang pertama terletak pada fungsi
keduanya. Fungsi DNA lebih kompleks, yakni sebagai pengendali aktivitas genetis
(faktor keturunan) dan kegiatan sintesis protein. Sementara itu, RNA hanya sekedar
berfungsi sebagi pengendali sintesis protein saja.

2. Perbedaan Letak Letak DNA dan RNA juga berbeda. DNA umumnya dapat kita
temukan hanya pada inti sel, sementara RNA bisa ditemukan pada beberapa organel
sel antara lain inti sel, sitoplasma, atau ribosom.

3. Perbedaan Bentuk dan Ukuran DNA adalah gugus asam amino rantai ganda,
sedangkan RNA adalah gugus asam amino rantai pendek. Oleh karena itu, secara
ukuran, bentuk DNA umumnya lebih panjang dengan bentuk membulat, sementara
ukuran RNA lebih pendek bentuk bentuk yang lebih tipis. Lihat gambar di atas untuk
mengetahui perbedaan ukuran tersebut.

4. Perbedaan Komponen Gula Gugus gula yang menyusun DNA adalah gugus
Deoksirobosa, sedangkan gugus gula yang menyusun RNA adalah Ribosa.
Deoksiribosa merupakan gabungan 2 gusus gula ribosa. Perbedaan Cuaca dan Iklim.
 5. Perbedaan Jenis Basa Nitrogen Perbedaan DNA dan RNA juga terletak pada jenis
basa nitrogen yang dikandungnya. DNA mengandung 3 basa nitrogen yang antara
lain Purin (adenin dan guanin), Pirimidin (sitosin dan timin), dan gugus fosfat,
sementara RNA hanya mengandung 2 basa nitrogen yaitu Purin (adenin dan guanin)
dan Pirimidin (sitosin dan urasil).

6. Perbedaan Kadar Kadar RNA dapat berubah karena adanya aktivitas sintesis
protein, sedangkan kadar DNA bersifat statis karena tidak dipengaruhi aktivitas
sintesis protein maupun aktivitas genetis.
C.Transformasi Genetik Mikroorganisme dan Rekombinan

Transformasi genetik adalah proses introduksi gen dari satu organisme

ke organisme lain yang memungkinkan untuk memunculkan sifat harapan
tanpa mengubah sifat lain. Transgenik adalah suatu organisme yang
mengandung transgen melalui proses bioteknologi (bukan proses pemuliaan
tanaman). Transgen adalah gen asing yang ditambahkan kepada suatu spesies.
Suatu jasad yang memiliki sifat baru, yang sebelumnyatidak dimiliki oleh
jenis jasad tersebut, sebagai hasil penambahan gen yang berasal dari jasadlain.
Juga disebut organisme transgenik.
Teknik bioteknologi tanaman telah dimanfaatkan terutama untuk memberikan
karakter baru pada berbagai jenis tanaman. Teknologi rekayasa genetika
tanaman memungkinkan pengintegrasian gen-gen yang berasal dari organisme
lain untuk perbaikan sifat tanaman. Salah satu contoh aplikasi bioteknologi
dibidang pertanian adalah mengembangkan tanaman transgenic yang memiliki
sifat toleran terhadap zat kimia tertentu (tahan herbisida), tahan terhadap hama
dan penyakit, serta mempunyai sifat-sifat khusus (misalnya tomat yang
matangnya lama, padi yang memproduksi beta-caroten dan vitamin A).
Tanaman transgenic diperoleh dari hasil rekayasa genetika dengan teknologi
DNA rekombinan. Teknologi DNA rekombinan atau sering disebut juga
rekayasa genetika ini adalah suatu ilmu yang mempelajari tentang
pembentukan kombinasi materi genetik yang baru dengan cara penyisipan
molekul DNA ke dalam suatu vektor sehingga memungkinkannya terjadinya
integrasi dan mengalami perbanyakan dalam suatu sel organisme lain yang
berperan sebagai sel inang. Manfaat rekayasa genetika ini diantaranya adalah
dimungkinkannya melakukan isolasi dan mempelajari fungsi masing¬masing
gen dan mekanisme kontrolnya. Selain itu, rekayasa genetika juga
memungkinkan diperolehnya suatu produk dengan sifat tertentu dalam waktu
lebih cepat dan jumlah lebih besar daripada produksi secara konvensional.
Teknik DNA rekombinan merupakan kumpulan teknik untuk merekombinasi
gen dalam tabung reaksi. Teknik itu diantaranya isolasi DNA, teknik
memotong DNA, teknik menggbung DNA dan teknik untuk memasukan
DNA ke dalam sel hidup. Setelah DNA rekombinan terbentuk maka
dilakukan proses transformasi ke host cell kemudian dilkakukan proses
inkubasi sel bakteri tersebut. Setelah dilakukan inkubasi maka sel bakteri
dapat diuji kehadiran DNA rekombinannya yaitu melalui uji antibiotik, uji
medium seleksi dan seleksi putih biru. Setelah didapatkan bakteri dengan
DNA rekombinan maka dilakukan purifikasi untuk mengisolasi gen yang
direplikasi.
Transfer DNA atau perpindahan DNA atau perpindahan DNA ke dalam
bakteri dapat melalui tiga cara, yaitu konjugasi, transformasi, dan transduksi.
DNA yang masuk ke dalam sel bakteri selanjutnya dapat berintegrasi dengan
DNA atau kromosom bakteri sehingga terbentuk kromosom rekombinan.
Pada pembuatan kedelai transgenik resisten terhadap herbisida digunakan
transfer DNA dengan cara transformasi genetic. Transformasi merupakan
pengambilan DNA oleh bakteri dari lingkungan di sekelilingnya. DNA yang
berada di sekitar bakteri (DNA asing) dapat berupa potongan DNA atau
fragmen DNA yang berasal dari sel bakteri yang lain atau organisme yang
lain. Masuknya DNA dari lingkungan ke dalam sel bakteri ini dapat terjadi
secara alami.

Gambar 1 : Proses Transformasi

Gambar 2 : Proses transformasi pada sel bakteri

Perangkat teknologi DNA rekombinan

Adapun perangkat yang digunakan dalam teknik DNA rekombinan diantaranya enzim
restriksi untuk memotong DNA, enzim ligase untuk menyambung DNA dan vektor
untuk menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel hidup, transposon sebagai alat
untuk melakukan mutagenesis dan untuk menyisipkan penanda, pustaka genom untuk
menyimpan gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan, enzim transkripsi balik
untuk membuat DNA berdasarkan RNA, pelacak DNA atau RNA untuk mendeteksi
gen atau fragmen DNA yang diinginkan atau untuk mendeteksi klon yang benar.
Vektor yang sering digunakan diantaranya plasmid, kosmid dan bakteriofag.

Enzim restriksi digunakan untuk memotong DNA. Enzim restriksi mengenal dan
memotong DNA pada sekuens spesifik yang panjangnya empat sampai enam pasang
basa. Enzim tersebut dikenal dengan nama enzim endonuklease restriksi.

Gambar : Plasmid bakteri sebagai vector

Isolasi DNA

Isolasi DNA diawali dengan perusakan dan atau pembuangan dinding sel, yang dapat
dilakukan baik dengan cara mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku¬leleh
maupun dengan cara enzimatis seperti pemberian lisozim. Langkah berikutnya adalah
lisis sel. Bahan-¬bahan sel yang relatif lunak dapat dengan mudah diresuspensi di
dalam medium bufer nonosmotik, sedangkan bahan¬bahan yang lebih kasar perlu
diperlakukan dengan deterjen yang kuat seperti triton X¬ 100 atau dengan sodium
dodesil sulfat (SDS).
Pada eukariot langkah ini harus disertai dengan perusakan membran nukleus. Setelah
sel mengalami lisis, remukan¬remukan sel harus dibuang. Biasanya pembuangan
remukan sel dilakukan dengan sentrifugasi. Protein yang tersisa dipresipitasi
menggunakan fenol atau pelarut organik seperti kloroform untuk kemudian
disentrifugasi dan dihancurkan secara enzimatis dengan proteinase. DNA yang telah
dibersihkan dari protein dan remukan sel masih tercampur dengan RNA sehingga
perlu ditambahkan RNAse untuk membersihkan DNA dari RNA. Molekul DNA yang
telah diisolasi tersebut kemudian dimurnikan
dengan penambahan amonium asetat dan alkohol atau dengan sentrifugasi kerapatan
menggunakan CsCl.
Teknik isolasi DNA tersebut dapat diaplikasikan, baik untuk DNA genomik maupun
DNA vektor, khususnya plasmid. Untuk memilih di antara kedua macam molekul
DNA ini yang akan diisolasi dapat digunakan dua pendekatan. Pertama, plasmid pada
umumnya berada dalam struktur tersier yang sangat kuat atau dikatakan mempunyai
bentuk covalently closed circular (CCC), sedangkan DNA kromosom jauh lebih
longgar ikatan kedua untainya dan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi.
Perbedaan tersebut menyebabkan DNA plasmid jauh lebih tahan terhadap denaturasi
apabila dibandingkan dengan DNA kromosom. Oleh karena itu, aplikasi kondisi
denaturasi akan dapat memisahkan DNA plasmid dengan DNA kromosom.

Enzim Restriksi

Selanjutnya adalah pemotongan DNA dengan menggunakan enzim restriksi

endonuklease. Pemutusan ini dilakukan di dalam strain tertentu yang bertujuan untuk
mencegah agar tidak merusak DNA. Selain itu strain tersebut juga mempunyai suatu
sistem modifikasi yang menyebabkan pemutusan basa pada urutan tertentu yang
merupakan recognition sites bagi enzim restriksi tersebut. Pemotongan DNA
genomik dan DNA vektor dengan menggunakan enzim restriksi ini harus
menghasilkan ujung–ujung potongan yang kompatibel dalam arti setiap fragmen
DNAnya harus dapat disambungkan dengan DNA vektor yang sudah berbentuk
linier.
Pada aplikasi transformasi gen bakteri Agrobacterium tumefaciens resisten terhadap
herbisida pada tanaman kedelai, bakteri ini dapat menginfeksi tanaman kedelai secara
alami karena memiliki plasmid Ti, suatu vektor (pembawa DNA) untuk menyisipkan
gen asing. Di dalam plasmid Ti terdapat gen yang menyandikan sifat virulensi untuk
menyebabkan penyakit tanaman tertentu. Gen asing yang ingin dimasukkan ke dalam
tanaman dapat disisipkan di dalam plasmid Ti. Selanjutnya, A. tumefaciens secara
langsung dapat memindahkan gen pada plasmid tersebut ke dalam genom (DNA)
tanaman. Setelah DNA asing menyatu dengan DNA tanaman maka sifat-sifat yang
diinginkan dapat diekspresikan tumbuhan kedelai resisten terhadap herbisida.

Ligasi molekul DNA

Pemotongan DNA genomik dan DNA vektor menggunakan enzim restriksi harus
menghasilkan ujung¬ujung potongan yang kompatibel. Artinya, fragmen¬-fragmen
DNA genomik nantinya harus dapat disambungkan (diligasi) dengan DNA vektor
yang sudah berbentuk linier. Ada tiga cara yang dapat digunakan untuk meligasi
fragmen-fragmen DNA secara in vitro. Pertama, ligasi menggunakan enzim DNA
ligase dari bakteri. Kedua, ligasi menggunakan DNA ligase dari sel¬sel E. coli yang
telah diinfeksi dengan bakteriofag T4 atau lazim disebut sebagai enzim T4 ligase.
Jika cara yang pertama hanya dapat digunakan untuk meligasi ujung-¬ujung lengket,
cara yang kedua dapat digunakan baik pada ujung lengket maupun pada ujung
tumpul. Sementara itu, cara yang ketiga telah disinggung di atas, yaitu pemberian
enzim deoksinukleotidil transferase untuk menyintesis untai tunggal homopolimerik
3‟.
Suhu optimum bagi aktivitas DNA ligase sebenarnya 37ºC. Akan tetapi, pada suhu
ini ikatan hidrogen yang secara alami terbentuk di antara ujung-ujung lengket akan
menjadi tidak stabil dan kerusakan akibat panas akan terjadi pada tempat ikatan
tersebut. Oleh karena itu, ligasi biasanya dilakukan pada suhu antara 4 dan 15ºC
dengan waktu inkubasi (reaksi) yang diperpanjang (sering kali hingga semalam).
Pada reaksi ligasi antara fragmen¬fragmen DNA genomik dan DNA vektor,
khususnya plasmid, dapat terjadi peristiwa religasi atau ligasi sendiri sehingga
plasmid yang telah dilinierkan dengan enzim restriksi akan menjadi plasmid sirkuler
kembali. Hal ini jelas akan menurunkan efisiensi ligasi. Untuk meningkatkan efisiensi
ligasi dapat dilakukan beberapa cara, antara lain penggunaan DNA dengan
konsentrasi tinggi (lebih dari 100Ng/ml), perlakuan dengan enzim alkalin fosfatase
untuk menghilangkan gugus fosfat dari ujung 5‟ pada molekul DNA yang telah
terpotong, serta pemberian molekul linker, molekul adaptor, atau penambahan enzim
deoksinukleotidil transferase untuk menyintesis untai tunggal homopolimerik 3‟
seperti telah disebutkan di atas.
Transformasi Sel Inang
Tahap berikutnya setelah ligasi adalah analisis terhadap hasil pemotongan DNA
genomik dan DNA vektor serta analisis hasil ligasi molekul¬-molekul DNA tersebut.
Tahap memasukkan campuran reaksi ligasi ke dalam sel inang ini dinamakan
transformasi karena sel inang diharapkan akan mengalami perubahan sifat tertentu
setelah dimasuki molekul DNA rekombinan. Teknik transformasi pertama kali
dikembangkan pada tahun 1970 oleh M. Mandel dan A. Higa, yang melakukan
transformasi bakteri E. coli. Sebelumnya, transformasi pada beberapa spesies bakteri
lainnya yang mempunyai sistem transformasi alami seperti Bacillus subtilis telah
dapat dilakukan. Kemampuan transformasi B. subtilis pada waktu itu telah
dimanfaatkan untuk mengubah strain¬strain auksotrof (tidak dapat tumbuh pada
medium minimal) menjadi prototrof (dapat tumbuh pada medium minimal) dengan
menggunakan preparasi DNA genomik utuh. Baru beberapa waktu kemudian
transformasi
dilakukan menggunakan perantara vektor, yang selanjutnya juga dikembangkan pada
transformasi E.coli.

Seleksi Transforman dan Seleksi Rekombinan

Oleh karena DNA yang dimasukkan ke dalam sel inang bukan hanya DNA
rekombinan, maka kita harus melakukan seleksi untuk memilih sel inang transforman
yang membawa DNA rekombinan. Selanjutnya, di antara sel¬sel transforman yang
membawa DNA rekombinan masih harus dilakukan seleksi untuk mendapatkan sel
yang DNA rekombinannya membawa fragmen sisipan atau gen yang diinginkan.
Pada dasarnya ada tiga kemungkinan yang dapat terjadi setelah transformasi
dilakukan, yaitu (1) sel inang tidak dimasuki DNA apa pun atau berarti transformasi
gagal, (2) sel inang dimasuki vektor religasi atau berarti ligasi gagal, dan (3) sel inang
dimasuki vektor rekombinan dengan/tanpa fragmen sisipan atau gen yang diinginkan.
Untuk membedakan antara kemungkinan pertama dan kedua dilihat perubahan sifat
yang terjadi pada sel inang. Jika sel inang memperlihatkan dua sifat marker vektor,
maka dapat dipastikan bahwa kemungkinan kedualah yang terjadi. Selanjutnya, untuk
membedakan antara kemungkinan kedua dan ketiga dilihat pula perubahan sifat yang
terjadi pada sel inang. Jika sel inang hanya memperlihatkan salah satu sifat di antara
kedua marker vektor, maka dapat dipastikan bahwa kemungkinan ketigalah yang
terjadi. Seleksi sel rekombinan yang membawa fragmen yang diinginkan dilakukan
dengan mencari fragmen tersebut menggunakan fragmen pelacak (probe), yang
pembuatannya dilakukan secara in vitro menggunakan teknik reaksi polimerisasi
berantai atau polymerase chain reaction (PCR).
Pelacakan fragmen yang diinginkan antara lain dapat dilakukan melalui cara yang
dinamakan hibridisasi koloni. Koloni¬koloni sel rekombinan ditransfer ke membran
nilon, dilisis agar isi selnya keluar, dibersihkan protein dan remukan sel lainnya
hingga tinggal tersisa DNAnya saja. Selanjutnya, dilakukan fiksasi DNA dan
perendaman di dalam larutan pelacak. Posisi¬posisi DNA yang terhibridisasi oleh
fragmen pelacak dicocokkan dengan posisi koloni pada kultur awal (master plate).
Dengan demikian, kita bisa menentukan koloni¬koloni sel rekombinan yang
membawa fragmen yang diinginkan.
 BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan
Dari uraian diatas, dapat diambil kesimpulan sebagai berikut:
1. Gen adalah bagian dari kromosom atau salah satu kesatuan kimia (DNA)
dalam kromosom yaitu dalam lokus yang mengendalikan ciri-ciri genetis
dari suatu makhluk hidup.
2. Sentral Dogma adalah proses penyimpanan dan pemindahan informasi
genetik melalui 3 tahap yaitu replikasi, transkripsi dan translasi.
3. Proses replikasi DNA adalah proses pengandaan DNA dimana proses ini
diperlukan dalam pembelahan sel. Sebelum proses ekspresi gen, biasanya
DNA dilipatgandakan menjadi lebih banyak. Proses replikasi DNA pada
dasarnya adalah 1 double stranded DNA dicopy menjadi 2 buah, dari 2
buah akan dicopy menjadi 4 buah. Transkripsi adalah proses sintesis
protein dimana DNA diterjemahkan menjadi kode-kode dalam bentuk
basa nitrogen membentuk rantai RNA yang bersifat single strain.
4. Tahapan dalam proses transkripsi diantaranya adalah inisiasi, elongasi
dan terminasi.
5. transkripsi adalah terjemahan.Penerjemahan adalah suatu proses
penerjemahan urutan nukleotida molekul mRNA yang ada dalam
rangkaian asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein .
6. Dalam pembagian berdasarkan fungsinya terdapat 2 pembagian utama
yaitu coding RNA dan non-coding RNA. Coding RNA terdiri dari
transkripton dan hanya terdiri dari satu kelas molekul yaitu messenger
RNA (mRNAs), sedangkan non coding RNA terdiri dari tRNA dan
rRNA.
 DAFTAR PUSTAKA

https://danperbedaan.blogspot.com/2016/05/perbedaan-dna-dan-rna-tabel.html

https://aguskrisnoblog.wordpress.com/2012/01/12/genetika-lanjut-rekayasa-genetika/

https://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/44255

http://wanenoor.blogspot.com/2011/11/sentral-dogma-biologi-pengertian-
gen.html#.XJIljSgzbcc