Sebelum dilakukan nekropsi ikan dilakukan, pemeriksaan keadaan umum luar tubuh ikan diamati. Pemeriksaan keadaan umum ikan meliputi pemeriksaan sisik, pemeriksaan mulut, pemeriksaan sirip sirip ikan dan pemeriksaan insang pada ikan. Karena beberapa penyakit dapat terlihat diluar tubuh ikan seperti virus,parasit,jamur dan bakteri. Beberapa jenis bakteri yang umum menyerang ikan air tawar seperti Aeromonas sp, dan streptococcus sp. Penyakit yang disebabkan oleh bakteri memperlihatkan gejala-gejala seperti kehilangan nafsu makan, luka- luka pada permukaan tubuh, perdarahan pada insang, perut membesar berisi cairan,sisik lepas, sirip ekor lepas .Pada saat pemeriksaan keadaan umum luar pada ikan, lesio ditemukan pada daerah mulut,daerah insang bagian bawah dan bagian abdomen.
3.2 Pengambilan Sampel Darah
Setelah pemeriksaan keadaan umum luar dilakukan, pengambilan darah pada ikan dilakukan untuk pemeriksaan lebih lanjut. Pengambilan darah pada ikan dapat dilakukan pada gurat sisi atau intrakardial yang kemudian darah tersebut dibuat ulas darah untuk pemeriksaan.
3.3 Nekropsi Regio Abdomen Ikan
Nekropsi ikan dilakukan dengan membuka cavum abdomen menggunakan
gunting bedah yang dimulai memotong lewat kloaka ke arah depan sampai belakang operculum, dilanjutkan pemotongan ke arah depan sampai belakang operculum, dilanjutkan pemotongan kea rah dorsal sampai kloaka lagi sehingga terlihat organnya. Untuk melepaskan dinding perut maka dilakukan irisan yang menghubungkan ujung-ujung irisan pertama dan rongga badan dapat diperiksa.
3.4 Pemeriksaan Organ Abdomen
Organ yang pertama kali di periksa adalah gelumbung renang. Gelembung renang pada terdiri dari dua kantung gas yang terletak pada bagian dorsal.gelembung reang merupakan organ internal yang dipenuhi oleh gas yang berfungsi member kemampuan ikan untuk mengendalikan daya apung sehingga mampu menghemat energi untuk berenang. Fungsi lain gelembung renang adalah digunakan sebagai ruang beresonansi untuk memproduksi atau menerima suara.pada saat nekropsi ikan, kantung gelembung terlihat tidak ada perubahan. Pada ikan, hati dan pancreas menyatu menjadi hepatopankreas. Pengertian hepato pancreas adalah kelenjar pencernaan yang dibangun dari sel-sel kelenjar hati dan sel-sel kelenjar pancreas. Pada hati terdapat kantung empedu yang berfungsi untuk menyalurkan cairan empedu. Pemeriksaan hati dan kantung empedu dilakukan saat nekropsi ikan, pada keadaan normal hati ikan berwarna kemerahan, kantung empedu ikan berwarna hijau tua terletak sebelah ventral dari lobus dekster hepar. Usus adalah tempat penyerapan utama dari makanan yang telah diolah dilambung pada ikan. Saat nekropsi usus dan lambung di gunting untuk melihat keadaan dari mukosa usus dan lambung. Hasil yang terdapat adalah mukosa usus dan lambung usus tidak memiliki kelainan. Pada keadaan tertentu usus mengalami perdarahan yang disebut enteritis. Gonad ikan dapat terlihat ketikan nekropsi dilakukan, cara membedakan gonad ikan mas jantan dengan gonad ikan mas betina dapat terlihat bahwa gonad ikan mas jantan lebih memanjang jika dibanding dengan gonad betina. Dan apabila gonad ikan mas betina sudah matang, telur telur ikan mas dapat terlihat dengan jelas. Pemeriksaan otak dilakukan dengan cara tulang bagian dorsal caput dibuka dengan menyayat memakai scalpel. Otak akan tanmpak pada cavum cranium. Pemeriksaan terakhir adalah pemeriksaan insang, insang ikan berbentuk lembaran-lembaran tipis berwarna merah muda dan selalu lembap terdapat 4 lembar insang pada ikan mas. Tiap lembaran insang terdiri dari sepasang filament dan tiap filament mengandung banyak banyak lapisan lamella. Agen patologi seperti protozoa,jamur,cacing dapat ditemukan di insang.