Saluran drainase di daerah perkotaan menerima tidak hanya air hujan, tetapi juga air buangan (limbah) rumah tangga dan limbah pabrik. Hujan yang jatuh di wilayah perkotaan kemungkinan besar terkontaminasi, manakala air itu memasuki dan melintasi atau berada pada lingkungan perkotaan tersebut. Setelah limbah domestik tersebut melewati perkotaan dan mengalir bersama air hujan kemudian membawa polutan ke badan air. Salah satu sistem jaringan prasarana perkotaan adalah sistem jaringan drainase. Sistem jaringan drainase yang dimaksud adalah sistem saluran drainase primer yang ditetapkan dalam rangka mengurangi genangan air dan mendukung pengendalian banjir, terutama di kawasan permukiman, kawasan perdagangan, kawasan perkantoran dan kawasan pariwisata. Bencana banjir merupakan masalah yang harus dihadapi oleh penduduk yang bahkan di lokasi tertentu harus dihadapi secara rutin. Permasalahan banjir tidak luput dari buruknya drainase yang diakibatkan adanya pengembangan kawasan bisnis maupun perumahan sering mengakibatkan terjadinya alih fungsi lahan dari daerah pengaman dan daerah resapan seperti daerah sepadan sungai, kolam tempat penampung air sementara berubah menjadi area perumahan tempat dan pusat perdagangan. Permasalahan umum yang terjadi di sistem ini adalah dwifungsi saluran drainase (drainase berfungsi ganda), saluran drainase yang memiliki kemiringan seadanya sehingga aliran air menjadi lambat dan muncul sedimentasi, berkurangnya kemampuan saluran untuk membawa air saat terjadi pasang air laut, banyaknya alih fungsi lahan dan berubahnya kondisi tangkapan air.