Soil DNA extraction (Zymobiomics DNA Miniprep Kit)

1. 250mg tanah ditimbang dengan neraca analitik kemudian dimasukkan ke dalam ZR

Bashing Beads Lysis Tube.
2. Pipet 750µL Lysis solution ke dalam ZR Bashing Beads Lysis Tube. Vortex tube secara
mendatar selama 5-10 menit.
3. Sentrifugasi ZR Bashing Beads Lysis Tube ≥10000 x g selama 1 menit. (Beads dan
partikel tanah akan berkumpul di bawah tube)
4. Pindahkan ~400µL supernatan ke dalam Zymo-Spin™ III-F Filter yang dipasangkan
pada collection tube. Pastikan tidak ada beads ataupun partikel tanah yang terambil.
5. Sentrifugasi Zymo-Spin™ III-F Filter 8000 x g selama 1 menit.
6. Tambahkan 1200µL Binding Buffer ke dalam collection tube. Campurkan larutan secara
merata.
7. Pindahkan 700µL larutan pada tahap 6 kepada Zymo-Spin™ IIC-Z Column dalam
collection tube baru kemudian sentrifugasi pada 10000 x g selama 1 menit. Buang flow-
through. Top up jika masih ada sisa larutan di tahap 6.
8. Pipet 400µL Wash Buffer 1 pada Zymo-Spin™ IIC-Z Column dalam collection tube.
Sentrifugasi 10000 x g selama 1 menit. Buang flow-through.
9. Pipet 700µL Wash Buffer 2 pada pada Zymo-Spin™ IIC-Z Column dalam collection
tube. Sentrifugasi 10000 x g selama 1 menit. Buang flow-through.
10. Pipet 200µL Wash Buffer 2 pada Zymo-Spin™ IIC-Z Column dalam collection tube.
Sentrifugasi 10000 x g selama 1 menit. Buang flow-through.
11. Pindahkan Zymo-Spin™ IIC-Z Column ke dalam tabung microcentrifuge 1.5mL baru
kemudian tambahkan 50-100µL DNase/RNase Free Water ke dalam kolom. Inkubasi
kolom selama 1 menit dan sentrifugasi 10000 x g selama 1 menit. Pada tahap ini DNA
sudah terelusi.
12. Ukur konsentrasi dan kemurnian menggunakan NanoDrop 2000.

DNA Clean Up
1. Pasang Zymo-Spin™ III-HRC Filter dalam collection tube baru dan tabahkan 600µL
ZymoBIOMICS™ HRC Prep Solution. Sentrifugasi 8000 x g selama 3 menit kemudian
buang flow through.
2. Pindahkan Zymo-Spin™ III-HRC Filter ke dalam tabung microcentrifuge 1.5mL baru.
3. Pindahkan DNA yang telah dielusi pada Zymo-Spin™ III-HRC Filter. Sentrifugasi
16000 x g selama 3 menit.
4. Ukur konsentrasi dan kemurnian menggunakan NanoDrop 2000.