Anda di halaman 1dari 34

CAHPTER 1

URUTAN NUKLEOTIDA

Informasi turun-temurun dari semua organisme hidup, dengan pengecualian beberapa virus, yang
dibawa oleh asam deoksiribonukleat molekul (DNA). DNA biasanya terdiri dari dua helai
komplementer saling memutar satu sama lain untuk bentuk tangan kanan ganda Helix. Setiap
rantai adalah polynucleotide linier yang terdiri dari empat jenis nukleotida. Ada dua Purin, adenin
(A) dan Guanina (G), dan dua pyrimidines, Timina (T) dan Sitosina (C). (Dengan Konvensi, purin
disingkat sebagai R dan pyrimidines sebagai Y. Semua singkatan satu huruf tercantum dalam tabel
1,1.)

Dua rantai DNA digabungkan sepanjang panjangnya oleh hidrogen ikatan antara pasang
nukleotida. Sebuah purin selalu berpasangan dengan pirimidin: Pasangan adenin dengan Timina
dengan dua ikatan hidrogen, juga disebut sebagai ikatan lemah, dan pasangan guanina dengan
sitosin dengan cara tiga hidrogen ikatan yang kuat (gambar 1,1). Pasangan pelengkap dua
nukleotida dalam heliks ganda diindikasikan dengan titik dua (misalnya, G:C). G:C dan A:T juga
disebut pasangan basa kanonik.

Setiap nukleotida dalam urutan DNA mengandung gula pentosa (deoxyribosa), gugus fosfat, dan
basis purin atau pirimidin. Tulang punggung molekul DNA terdiri dari gula dan moieties fosfat,
yang berikatan kovalen dihubungkan bersamaan dengan asimetris 5 "-3 ' phosphodiester obligasi.
Akibatnya molekul DNA terpolarisasi, satu ujung memiliki fosforil radikal (-P) pada 5 ' karbon
dari nukleotida terminal, yang lain memiliki gugus (-OH) pada 3 ' karbon nukleotida terminal.
Arah ikatan phosphodiester menentukan karakter molekul; dengan demikian, misalnya, urutan 5-
--G-C-A-A-T-3 ' berbeda dari urutan 3 '--G--C-A-A-T-5 '. Dengan Konvensi, nukleotida dalam
urutan DNA itulis dalam urutan transkripsi, yaitu, dari 5 ' akhir ke 3 ' akhir. Karena
komplementarisasi, hanya satu untai ditulis. Relatif terhadap yang ditentukan atau nukleotida
dalam urutan DNA, arah 5 ' dan 3 ' juga disebut hulu dan hilir, masing-masing.

Bentuk ganda heliks DNA memiliki dua helai dalam array antiparalel, atau komplementarisasi
terbalik (gambar 1,2). Untai berat adalah salah satu yang berisi lebih dari 50% dari nukleotida yang
lebih berat, yang Purina A dan G. Tje untai cahaya adalah salah satu yang mengandung lebih dari
50% dari nukleotida lebih ringan, pyrimidines C dan T.

Asam ribonukleat (RNA) ditemukan sebagai satu atau Double-terdampar Molekul. RNA berbeda
dari DNA dengan memiliki ribosa bukan deoxyribosa sebagai tulang punggungnya gula, dan
dengan menggunakan nukleotida uracil (U) di tempat Timina. Adenin, sitosin, guanin, Timina,
dan uracil disebut sebagai nukleotida standar. Beberapa molekul RNA fungsional, terutama
tRNAs, mengandung nukleotida nonstandar, yaitu, nukleotida selain A, C, U, dan G, yang telah
diturunkan oleh modifikasi kimia nukleotida standar setelah transkripsi RNA. Selain pelengkap
kanonik dasar, yang dalam RNA adalah G:C dan A:U, pasangan G:U juga stabil di RNA. (Dalam
DNA, pemasangan stabil tidak terjadi antara G dan T.) Panjang asam nukleat tunggal-terdampar
diukur dalam jumlah nukleotida. Bahwa dari urutan terdampar ganda diukur dalam pasangan dasar
(BP), ribuan pasangan basa (kilobase, KB), atau jutaan pasang basa (megabases,MB).

GENOM DAN REPLIKASI DNA

Seluruh pelengkap materi genetik yang dibawa oleh seorang individu disebut genom. Bagian dari
genom yang mengandung gen disebut genic Dna. Selain gen, sebagian besar genom juga
mengandung berbagai jumlah nongenic DNA (Bab 8). Menurut definisi, nongenic DNA tidak
mengandung Gen. Karena pengetahuan tidak sempurna kita tentang genom, bagaimanapun,
"nongenic DNA "terkadang digunakan sebagai istilah ad hoc yang mungkin termasuk urutan genic
yang fungsinya belum ditentukan. Seluruh set ditranskripsi urutan yang dihasilkan oleh genom
disebut transcriptome; seluruh set protein dikodekan oleh genom disebut proteome. Semua
organisme meniru DNA mereka sebelum setiap pembelahan sel. Replikasi DNA terjadi pada
tingkat elongasi sekitar 500 nukleotida per detik pada bakteri dan sekitar 50 nukleotida per detik
pada vertebrata. Selama replikasi DNA, masing-masing dari dua helai DNA berfungsi sebagai
template untuk pembentukan untai baru. Karena masing-masing dari dua putri dari sel pemisah
mewarisi Helix ganda mengandung satu "tua " dan satu "baru " untai, DNA dikatakan direplikasi
secara semikonservatf.

Replikasi dimulai pada struktur yang disebut gelembung replikasi atau asal replikasi, daerah lokal
di mana dua helai DNA Helix orangtua telah dipisahkan satu sama lain. Replikasi hasil di kedua
arah sebagai dua garpu replikasi. Karena replikasi DNA hanya terjadi di 5 '-ke-3 ' arah, salah satu
helai, yang dikenal sebagai untai terkemuka, berfungsi sebagai template untuk untaian putri yang
terus disintesis (gambar 1,3). Yang lain untai, untaian tertinggal, direplikasi dalam potongan kecil
terputus-putus dikenal sebagai fragmen Okazaki, yang kemudian menjadi ligated. Fragmen
Okazaki lebih panjang dalam bakteri (1000-2000 nukleotida) daripada di vertebrata (100-200
nukleotida).

Kebanyakan genom bakteri memiliki satu asal-usul replikasi, dan bakteri khas genom dapat meniru
dalam waktu kurang dari 40 menit. Dalam eukaryotik sel, banyak replikasi asal-usul yang ada.
Mereka biasanya spasi pada interval 30.000 untuk 300.000 BP dari satu sama lain. Replikasi dalam
sel eukaryotik mungkin memerlukan waktu beberapa jam.

GEN DAN STRUKTUR GEN

Secara tradisional, gen didefinisikan sebagai segmen DNA yang kode untuk rantai polipeptida atau
menentukan molekul RNA fungsional. Molekul terbaru studi, namun, telah mengubah persepsi
kita gen, dan kita akan mengadopsi agak vaguer (atau fuzzier) definisi. Dengan demikian, sebuah
gen adalah urutan DNA genom atau RNA yang sangat penting untuk fungsi tertentu.
Melaksanakan fungsi mungkin tidak memerlukan gen untuk diterjemahkan atau bahkan
ditranskripsi. Tiga jenis gen diakui: (1) gen pengkodean protein, yang ditranskripsi ke RNA dan
kemudian diterjemahkan ke dalam protein, (2) RNAspecifying gen, yang hanya ditranskripsi, dan
(3) tidak ditranskripsi gen. Gen pengkodean protein dan gen penentuan RNA juga disebut sebagai
struktur atau gen produktif. (Perhatikan bahwa beberapa penulis membatasi definisi "gen
struktural " hanya menyertakan gen pengkodean protein.) Transkripsi adalah sintesis molekul
RNA pelengkap pada Template DNA. Transkripsi gen produktif dilakukan oleh DNAdependent
Polimerase RNA. Transkripsi di eubacteria dilakukan oleh hanya satu jenis RNA polymerase.
Dalam archaebacteria, beberapa jenis DNAdependent Polimerases RNA ada, tetapi di masing-
masing spesies archaebakteri dipelajari sampai saat ini hanya satu jenis yang digunakan.
(Perbedaan antara eubacteria dan archaebacteria dibahas dalam Bab 5.) Dalam setiap spesies
eukaryotik, tiga jenis RNA polimerase digunakan dalam transkripsi nuklir Gen. Ribosomal RNA
(rrna) gen ditranskripsi oleh RNA polimerase saya, gen pengkodean protein ditranskripsi oleh
RNA polimerase 1I, dan sitoplasmik kecil Gen RNA, seperti gen yang menentukan transfer RNAs
(tRNAs), ditranskripsi oleh RNA polimerase III. Beberapa gen RNA nuklir kecil (misalnya, U2)
ditranskripsi oleh polimerase II, lain-lain (misalnya U6) oleh polimerase III. Tje gen snrna U3
ditranskripsi oleh polimerase II pada hewan tetapi oleh polimerase III pada tanaman. Gen
pengkodean protein Sebuah gen pengkodean protein eukaryotik standar terdiri dari ditranskripsi
dan tidak ditranskripsi Bagian. Bagian yang tidak ditranskripsi ditetapkan sesuai dengan lokasi
mereka relatif terhadap bagian yang ditranskripsi sebagai 5 ' dan 3 ' diapit daerah. Daerah 5 '
diapking berisi beberapa urutan tertentu yang disebut sinyal yang menentukan inisiasi, tempo,
waktu, dan kekhususan jaringan transkripsi Proses. Karena urutan peraturan ini mempromosikan
transkripsi proses ini, mereka juga dirujuk sebagai promotor, dan wilayah di mana mereka tinggal
disebut daerah promotor.

Daerah promotor terdiri dari sinyal berikut: kotak TATA atau Hogness-Goldberg, terletak 19-27
BP hulu dari startpoint transkripsi; kotak CAAT lebih jauh ke hulu; Dan satu atau lebih salinan
kotak GC, yang terdiri dari urutan GGGCGG atau varian yang terkait erat dan sekitar kotak CAAT
(gambar 1,4). CAAT dan GC Box, yang dapat berfungsi baik dalam orientasi, mengontrol
pengikatan RNA polymerase, sedangkan kotak TATA mengatur pilihan startpoint dari transkripsi.
Namun, tidak ada sinyal di atas unik penting untuk fungsi promotor. Beberapa gen tidak memiliki
kotak TATA dan sehingga tidak memiliki startpoint unik transkripsi. Gen lainnya tidak memiliki
kotak CAAT atau GC Box; inisiasi transkripsi mereka dikendalikan oleh elemen lain di wilayah 5
' diapit. Wilayah 3 ' diapking berisi sinyal untuk penghentian Proses transkripsi. Karena
pengetahuan kami yang tidak lengkap tentang elemen regulasi, yang dapat ditemukan pada jarak
yang cukup jauh hulu atau hilir dari daerah yang ditranskripsi gen, adalah mustahil pada saat ini
untuk menggambarkan dengan presisi titik di mana gen dimulai dan berakhir. RNA yang
ditranskripsi disebut sebagai prekursor utusan RNA (premRNA). Karena perbedaan pre-mRNAs
yang dihasilkan pada waktu tertentu sel sangat berbeda satu sama lain dalam panjang dan berat
molekul, premRNAs dalam inti secara kolektif dilambangkan sebagai nuklir heterogen Dan RNA
(hnRNA). Untai DNA dari mana pra-mRNA ditranskripsi adalah disebut untai antisense. Untai
komplementer yang tidak ditranskripsi, yang identik dalam urutan dengan pre-mRNA, disebut
untai rasa. Tje transkripsi protein-coding gen dalam eukariota dimulai pada transkripsi situs inisiasi
(situs topi di transkrip RNA), dan berakhir pada transkripsi situs penghentian, yang mungkin atau
mungkin tidak identik dengan polyadenylation atau poli (A)-penambahan situs dalam Messenger
dewasa RNA (mRNA) molekul. Dengan kata lain, penghentian transkripsi dapat terjadi lebih
lanjut hilir dari situs polyadenylation. Pre-mRNA berisi exons dan intron. Introns, atau
mengintersekuensi adalah urutan yang ditranskripsi yang disambung keluar selama pengolahan
Pre-mRNA mengandung ekson dan intron. Intron, atau sekuens intervening, adalah sekuens yang
ditranskripsi yang disambungkan selama pemrosesan pra-mRNA. Semua urutan lainnya, yang
tetap dalam mRNA setelah penyambungan, disebut sebagai ekson. Selain penyambungan,
pematangan pra-mRNA menjadi mRNA juga terdiri dari pembatasan ujung 5 '(yaitu, penambahan
guanin yang dimetilasi), degradasi nukleotida-nukleotida yang mungkin terletak di bagian hilir
situs polyadenylation, dan polyadenylation dari 3 'akhir (yaitu, penambahan 100-200 residu
adenin). Dua proses terakhir tidak terjadi pada semua gen pengkode protein eukariotik. Modifikasi
mRNA transkripsional dan posttranskripsi ekstensif juga dapat terjadi

Ekson atau bagian dari ekson yang diterjemahkan disebut sebagai proteincoding ekson atau
wilayah pengkodean. Daerah pengkodean pertama dan terakhir gen diapit oleh masing-masing
daerah 5 'dan 3' yang tidak diterjemahkan. Daerah 5 'dan 3' yang tidak diterjemahkan
ditranskripsikan. Wilayah 3 'yang tidak diterjemahkan biasanya lebih panjang dari wilayah 5' yang
tidak diterjemahkan. Sebagai contoh, pada gen preprourokinase manusia, daerah 3 'yang tidak
diterjemahkan (> 850 bp) lebih dari 10 kali lebih panjang daripada daerah 5' yang tidak
diterjemahkan (79 bp). Wilayah yang tidak diterjemahkan dapat berisi urutan pengaturan yang
terlibat dalam pemrosesan pra-mRNA atau mengatur proses penerjemahan. Salah satu urutan
tersebut adalah kotak AATAAA atau ProudfootBrownlee, yang terletak sekitar 20 bp hulu dari
situs terminasi transkripsi dan berfungsi sebagai sinyal polyadenylation. Beberapa bagian yang
tidak diterjemahkan mungkin juga terlibat dalam menentukan tingkat pergantian molekul mRNA
dalam sel.

Menurut mekanisme spesifik dengan mana intron dibelah dari pra-mRNA, kita dapat
mengklasifikasikan intron menjadi dua kategori utama. Intron dalam gen nuklir yang ditranskripsi
oleh RNA polimerase II disebut intron non-self splicing atau spliceosomal, karena mereka dibelah
keluar dari pre-mRNA melalui kompleks enzimatik yang disebut spliceosome. Intron-intron ini
berbeda dari beberapa jenis intron penyambungan sendiri, yang ditemukan terutama pada genom
mitokondria dan kloroplas, yang dibelah tanpa bantuan produk gen eksogen.

Situs splicing atau persimpangan intron spliceosomal ditentukan sebagian besar oleh
nukleotida pada ujung 5 'dan 3' masing-masing intron, yang masing-masing dikenal sebagai situs
donor dan akseptor. Dengan sedikit pengecualian, semua intron nuklir eukariotik dimulai dengan
GT dan berakhir pada AG (aturan GT-AG), dan sekuens ini telah terbukti penting untuk eksisi
yang benar dan splicing intron (Gambar 1.4). Sekuens ekson yang berdekatan dengan intron juga
dapat berkontribusi pada penentuan situs penyambungan. Selain itu, setiap intron berisi a

urutan spesifik yang disebut kotak TACTAAC, terletak sekitar 30 bp hulu dari ujung 3
'intron. Urutan ini sangat dilestarikan di antara gen nuklir ragi, meskipun lebih bervariasi dalam
gen eukariota multiseluler. Penyambungan melibatkan pembelahan sambungan splice 5 'dan
penciptaan lariat melalui ikatan fosfodiester antara G di ujung 5' intron dan A di posisi keenam
kotak TACTAAC. Selanjutnya, sambungan sambatan 3 'dibelah dan dua ekson diikat.

Jumlah intron sangat bervariasi dari gen ke gen. Beberapa gen memiliki puluhan intron;
yang lain (mis., sebagian besar histone dan gen reseptor penciuman) sama sekali tidak memiliki
intron. Distribusi ukuran intron dalam gen vertebrata sangat luas, dan intron terpanjang mencapai
ratusan kilobase. Distribusi ukuran ekson jauh lebih sempit, memuncak pada sekitar 150 bp. Ekson
tidak terdistribusi secara merata sepanjang gen. Beberapa ekson dikelompokkan; yang lain berada
pada jarak yang sangat jauh dari ekson tetangga (Gambar 1.5).
GAMBAR 1.5 Lokalisasi dari delapan ekson dalam gen faktor IX manusia. Bilah vertikal
mewakili ekson. Hanya wilayah yang ditranskripsi yang ditampilkan. Ekson dan intron ditarik ke
skala. Total panjang ekson adalah 1.386 nukleotida yang bertentangan dengan 29.954 nukleotida
untuk total panjang intron. Wilayah 5 'yang tidak diterjemahkan (30 nukleotida) jauh lebih pendek
daripada wilayah 3' yang tidak diterjemahkan (1.389 nukleotida). Hanya sekitar 4% dari urutan
pra-mRNA yang benar-benar mengkodekan protein. Perhatikan kedekatan beberapa ekson (mis.,
2 dan 3, dan 7 dan 8) satu sama lain, berbeda dengan keterpencilan ekson tetangga lainnya (mis.,
6 dan 7). Data dari Yoshitake et al. (1985).

Sebagian besar gen penyandi protein pada vertebrata sebagian besar terdiri dari intron.
Salah satu contoh ekstrem adalah gen distrofin manusia, yang memiliki 79 ekson yang
membentang lebih dari 2,3 Mb; mRNA hanya 12 Kb, yang mengarah ke rasio exonto-intron sekitar
1: 200, atau 0,5%. Dalam eukariota lain (mis., Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, dan
Caenorhabditis elegans), intron lebih sedikit dan lebih kecil. Tidak semua intron mengganggu
wilayah pengkodean; beberapa terjadi di daerah yang tidak diterjemahkan, terutama di wilayah
antara situs inisiasi transkripsi dan kodon inisiasi terjemahan.

Gen pengkode protein pada eubacteria berbeda dari gen pada eukariota dalam beberapa
hal. Yang paling penting, mereka tidak mengandung intron, yaitu, mereka co-linear dengan produk
protein (Gambar 1.6). Promotor di eubacteria mengandung urutan -10 dan urutan -35, dinamakan
demikian karena mereka berada, masing-masing, 10 bp dan 35 bp hulu dari situs inisiasi
transkripsi. Yang pertama, juga dikenal sebagai kotak Pribnow, terdiri dari urutan TATAAT atau
varian serupa, sedangkan yang terakhir terdiri dari urutan TTGACA atau variannya. Promotor
prokariotik juga dapat mengandung urutan spesifik lainnya yang lebih jauh dari hulu -35.
Serangkaian gen struktural pada prokariota (dan lebih jarang pada eukariota) dapat diatur
secara berurutan untuk membentuk unit ekspresi genetik yang ditranskripsi menjadi satu molekul
mRNA polikistronik dan kemudian diterjemahkan ke dalam protein yang berbeda. Unit semacam
itu biasanya mengandung unsur-unsur genetik yang mengontrol ekspresi terkoordinasi dari gen-
gen yang dimiliki unit tersebut. Susunan gen ini disebut operon.

Gen yang menentukan RNA

Gen yang menentukan RNA ditranskripsi menjadi RNA tetapi tidak diterjemahkan menjadi
protein. Pada eukariota, gen-gen ini mungkin mengandung intron yang harus disambungkan
sebelum molekul RNA berfungsi. Sebagai contoh, banyak gen penentu tRNA nuklir memiliki
intron yang sangat pendek. Elemen sekuens yang terlibat dalam regulasi transkripsi beberapa gen
penentu RNA kadang-kadang dimasukkan dalam urutan yang menentukan produk akhir
fungsional. Secara khusus, semua gen penentu tRNA eukariotik mengandung sinyal awal
transkripsi internal yang dikenali oleh RNA polimerase III (Bab 7). Beberapa elemen pengatur,
mis., RNA nukleolar kecil (snoRNA), terletak di dalam intron gen penentu rRNA.

GAMBAR 1.6. Struktur skematik dari operasi prokariotik yang diinduksi. Gen A dan B
adalah gen penyandi protein dan ditranskripsi menjadi RNA kurir tunggal. Gen represor
mengkodekan protein represor, yang mengikat operator dan mencegah transkripsi gen struktural
A dan B dengan menghalangi pergerakan RNA polimerase. Operator adalah daerah DNA
setidaknya 10 pangkalan, yang dapat tumpang tindih dengan daerah transkripsi gen dalam
operon. Dengan mengikat ke induser (molekul kecil), represor diubah menjadi bentuk yang tidak
dapat mengikat operator. RNA polimerase kemudian dapat memulai transkripsi. Daerah
proteinincoding diarsir. Daerah tidak ditarik ke skala.

Modifikasi pasca-transkripsi RNA

Apakah mereka berasal dari gen pengkode protein atau gen penentu RNA, banyak molekul
RNA dimodifikasi mengikuti transkripsi. Modifikasi tersebut dapat meliputi penyisipan atau
penghapusan nukleotida standar, modifikasi nukleotida standar menjadi nukleotida standar lainnya
(misalnya, C -> U), modifikasi nukleotida standar menjadi nukleotida standar, dan penambahan
enzim dari urutan terminal ribonukleotida menjadi enzim. baik ujung 5 'atau 3'. Proses-proses ini,
yang pada akhirnya menghasilkan produksi molekul RNA yang tidak melengkapi urutan DNA
yang telah ditranskripsikan, secara kolektif dikenal sebagai pengeditan RNA. Dalam beberapa
kasus, pengeditan RNA bisa sangat luas, sehingga RNA yang dihasilkan mungkin memiliki sedikit
kemiripan dengan urutan DNA dari yang telah ditranskripsi (Gambar 1.7). Dalam kasus seperti
itu, gen templat disebut kriptogen (secara harfiah, gen tersembunyi).

Gen yang tidak ditranskripsi

Pengetahuan kita tentang gen yang tidak ditranskripsi kurang maju dibandingkan dengan
jenis gen lainnya. Beberapa jenis gen yang tidak ditranskripsi atau keluarga gen telah diidentifikasi
untuk sementara. Gen replikator menentukan situs untuk inisiasi dan penghentian replikasi DNA.

Istilah ini dapat berlaku untuk sekuens spesifik pada asal usul replikasi, yang merupakan
unit replikasi DNA dalam genom eukariotik. Urutan ini dapat berfungsi sebagai situs pengikatan
untuk inisiator atau molekul penekan tertentu, atau sebagai situs pengenalan untuk enzim yang
terlibat dalam replikasi DNA. Gen rekombinator memberikan situs pengenalan spesifik untuk
enzim rekombinasi selama meiosis. Sekuens telomerik adalah sekuens pendek dan berulang pada
akhir banyak kromosom eukariotik yang menyediakannya dengan tutup pelindung terhadap
kemungkinan seperti degradasi terminal exonucleolytic. Gen segregator menyediakan situs
spesifik untuk pemasangan kromosom pada mesin spindel selama segregasi meiotik dan mitosis.
Dalam kategori ini orang dapat memasukkan urutan sentromerik, yang terdiri dari urutan pendek
dan berulang yang serupa dengan telomer. Situs lampiran adalah urutan yang mengikat protein
struktural, enzim, hormon, metabolit, dan molekul lain dengan spesifisitas tinggi untuk urutan
DNA tertentu. Dalam kategori ini, seseorang dapat memasukkan daerah perlekatan matriks yang
mengikat protein nonhiston yang membentuk matriks nuklir atau perancah, serta peningkat, yang
mengikat protein spesifik yang mengaktifkan transkripsi gen pengkode protein hilir yang letaknya
jauh. Situs konstruksi adalah elemen urutan yang terlibat dalam penentuan fitur struktural
kromosom, seperti superkoil dan situs rapuh.

Ada lebih banyak gen yang tidak ditranskripsi yang mungkin ada, beberapa di antaranya
bisa independen dari gen struktural baik dalam fungsi maupun lokasi dan dapat terlibat dalam
fungsi pengaturan yang kompleks, seperti pengembangan ontogenetik organisme multiseluler.

Pseudogenes

Pseudogen adalah segmen DNA nongenik yang menunjukkan tingkat kemiripan yang
tinggi dengan gen fungsional tetapi yang mengandung cacat, seperti mutasi yang tidak masuk akal
dan mutakhir, yang mencegahnya diekspresikan dengan baik. Pseudogen ditandai oleh awalan V
diikuti dengan nama gen yang menunjukkan kesamaan urutan, misalnya, xI3-globin. Dalam bank
data yang terkomputerisasi, sufiks P digunakan sebagai gantinya, misalnya, CA5P untuk
pseudogene 5-ax carbonic anhydrase.

Kebanyakan pseudogen tidak ditranskripsi; minoritas yang signifikan, bagaimanapun,


menjalani transkripsi tetapi tidak terjemahan, dan beberapa pseudogen bahkan dapat
diterjemahkan. Pseudogen ada di mana-mana di semua lokasi genom dan di semua organisme,
meskipun beberapa organisme cenderung memiliki lebih banyak pseudogen daripada yang lain.
Ada dua jenis utama pseudogen: tidak diproses dan diproses. Kedua jenis ini diciptakan oleh proses
evolusi molekuler yang berbeda dan karena itu akan dibahas secara terpisah, dalam Bab 6 dan 7,
masing-masing.

ASAM AMINO
Asam amino adalah unit struktural dasar protein. Semua protein dalam semua organisme
dibangun dari 20 asam amino primer yang tercantum dalam Tabel 1.2. Setiap asam amino memiliki
gugus -NH 2 (amina) dan gugus -COOH (karboksil) di kedua sisi karbon pusat yang disebut karbon
a (Gambar 1.8). Juga terikat pada karbon adalah atom hidrogen dan rantai samping, juga
dilambangkan sebagai gugus -R. Karena kemungkinan membentuk dua enansiomer non-cermin di
sekitar karbon, semua asam amino (kecuali glisin) dapat terjadi dalam dua bentuk isomer optik:
levorotatory (L) dan dextrorotatory (D). Hanya asam L-amino yang digunakan dalam proses
penerjemahan mRNA menjadi protein. (P-isomer dan asam L-amino selain yang primer kadang-
kadang ditemukan dalam protein, tetapi mereka adalah produk dari modifikasi posttranslasional.)
Rantai samping asam amino bervariasi dalam ukuran, bentuk, muatan, kapasitas ikatan hidrogen,
komposisi , dan reaktivitas kimia. Ini adalah rantai samping yang membedakan satu asam amino
dari yang lain. Memang, klasifikasi asam amino dibuat berdasarkan kelompok -R mereka.

Asam amino yang paling sederhana dan terkecil adalah glisin, yang hanya memiliki
hidrogen sebagai rantai sampingnya (berat molekul = 75). Ukuran berikutnya adalah alanin, yang
memiliki metil sebagai gugus -R-nya. Valine memiliki rantai samping tiga karbon panjang. Rantai
samping empat karbon ditemukan di leusin dan isoleusin. Rantai samping alifatik yang besar ini
(yaitu tidak mengandung cincin) bersifat hidrofobik (secara harfiah, takut air) - yaitu, mereka
memiliki keengganan terhadap air dan cenderung mengelompok di bagian internal molekul
protein, jauh dari lingkungan berair sel. Prolin (asam imino daripada asam amino) juga memiliki
rantai samping alifatik, tetapi rantai sampingnya berputar kembali untuk menciptakan ikatan kedua
dengan nitrogen dalam kelompok amina. Cincin ini memaksa belokan yang berkerut pada rantai
polipeptida.

Gambar struktur asam amino (halaman 16-19)


Tiga asam amino memiliki rantai samping aromatik (seperti benzena). Fenilalanin
mengandung cincin fenil yang melekat pada gugus metilen. Cincin aromatik tirosin mengandung
gugus hidroksil, yang membuat asam amino ini lebih sedikit hidrofobik daripada asam amino
lainnya yang disebutkan sejauh ini. Tryptophan, asam amino terbesar (berat molekul = 204),
memiliki cincin indole yang bergabung dengan kelompok metilen. Fenilalanin dan triptofan sangat
hidrofobik. Atom sulfur hadir dalam gugus -R sistein dan metionin. Kedua asam amino yang
mengandung sulfur ini bersifat hidrofobik; Namun, sulfhidril dalam sistein adalah reaktif dan,
melalui oksidasi, dapat membentuk jembatan disulfida (sistin) dengan sistein lain. Serin dan
treonin mengandung gugus hidroksil alifatik dan karena itu jauh lebih hidrofilik (suka air) dan
reaktif daripada alanin dan valin (yang merupakan versi seine dan threonine yang didehidroksilasi
masing-masing). Lima asam amino memiliki rantai samping yang sangat polar dan karenanya
sangat hidrofilik. Lisin dan arginin bermuatan positif pada pH netral, dan rantai sampingnya
termasuk yang terbesar dari 20 asam amino. Cincin imidazol histidin dapat diisi atau bermuatan
positif, tergantung pada lingkungan setempat. Pada pH 6,0, lebih dari 50% molekul histidin positif

Lima asam amino memiliki rantai samping yang sangat polar dan karenanya sangat
hidrofilik. Lisin dan arginin bermuatan positif pada pH netral, dan mereka rantai samping adalah
yang terbesar dari 20 asam amino. Cincin imidazol dari histidin dapat berupa tidak bermuatan atau
bermuatan positif, tergantung pada lingkungan lokal. Pada pH 6,0, lebih dari 50% molekul histidin
bermuatan positif; pada pH 7,0, kurang dari 10% memiliki muatan positif. Dua asam amino
mengandung rantai samping asam: asam aspartat dan asam glutamat. Mereka hampir selalu
bermuatan negatif pada nilai pH fisiologis. Derivatif tidak dibebankan dari asam glutamat dan
asam aspartat masing-masing adalah glutamin dan asparagin, yang mengandung gugus amida
terminal sebagai pengganti karboksilat.
Asam amino dapat diklasifikasikan ke dalam beberapa kategori yang tumpang tindih oleh
menggunakan kriteria yang berbeda. Gambar 1.9 adalah diagram Venn dari asam amino yang
diklasifikasikan sesuai dengan ukuran, polaritas, muatan, dan hidrofobik.

GAMBAR 1.9 Diagram Venn yang menunjukkan pembagian 20 asam amino primer ke dalam kategori
yang tumpang tindih menurut ukuran, struktur rantai samping, polaritas, biaya, dan hidrofobik. Perhatikan
penempatan sistein di dua tempat, sebagai mengurangi sistein (CH) dan sebagai sistin (Cs-s). Lihat Tabel
1.2 untuk singkatan satu huruf dari asam amino. Dimodifikasi dari Taylor (1986).

PROTEIN
Protein adalah makromolekul yang terdiri dari satu atau lebih rantai polipeptida, masing-
masing memiliki urutan asam amino yang unik dan tepat. Di sebuah rantai polipeptida, gugus a
karboksil dari satu asam amino bergabung dengan α amino sekelompok asam amino lain oleh
ikatan peptida. Misalnya, Gambar 1.10 menunjukkan pembentukan dipeptida, gliklalanin, dari dua
asam amino (glisin dan alanin), disertai dengan hilangnya molekul air. Catat itu dalam dipeptida
ini, glisin bertindak sebagai asam karboksilat (ujung amino-nya bebas), sementara alanin bertindak
sebagai amina (ujung karboksilatnya gratis). Jika peran dibalik, kemudian dipeptida yang berbeda,
alanylglycine, akan terbentuk. Di dengan kata lain, polipeptida adalah molekul polar. Presentasi
standar urutan adalah dari ujung amino ke ujung karboksil. Misalnya, glisilalanin dapat ditulis GA,
dan alanylglycine sebagai AG. Setiap asam amino dalam a polipeptida disebut residu. Ujung "kiri"
polipeptida, mengandung gugus amino bebas, disebut amino atau N terminus. Ujung "benar",
dengan gugus karboksil gratis, disebut carboxyl atau terminal C. Polipeptida sangat bervariasi
dalam ukuran, dari beberapa asam amino untuk protein brobdingnagian tersebut sebagai titin
panjang 26.926-asam amino-asam, yang ditemukan dalam sel otot.
GAMBAR 1.10 Pembentukan dipeptida dari dua asam amino.

Empat tingkat organisasi struktural biasanya disebutkan ketika berhadapan dengan protein.
Struktur utama hanyalah pengaturan linear dari residu asam amino sepanjang urutan polipeptida.
Struktur sekunder mengacu pada penataan ruang, atau lipat, dari residu asam amino yang dekat
satu sama lain dalam struktur utama. Beberapa pengaturan ini adalah dari jenis reguler
menimbulkan struktur periodik. Salah satu sekunder berkala tersebut struktur adalah o: helix,
entitas rodlike yang rantai utamanya melilit erat sebagai sekrup tangan kanan, dengan semua rantai
samping mencuat ke luar dalam heliks Himpunan. Struktur helix cc yang sangat ketat distabilkan
oleh hidrogen dengan untai yang sama ikatan antara kelompok -NH dan - kelompok CO berjarak
empat-aminoacid- interval residu. Motif struktural periodik lainnya adalah P-lipit sheet, di mana
helai P paralel atau antiparalel yang longgar dilipat distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus
-NH dan - CO dari untai yang berdekatan. Beberapa daerah protein tetap dalam koil acak, mis.,
Tidak memiliki pola reguler dari struktur sekunder. Protein yang berbeda memiliki proporsi (X
helix, Lembar 3-lipit, dan koil acak. Misalnya, protein utama pada rambut, keratin, hampir
seluruhnya terbuat dari (heliks x. Sebaliknya, sutra adalah protein yang dibuat seluruhnya dari
lembar berlipat β3.
Struktur tiga dimensi protein disebut struktur tersier, yang mengacu pada penataan ruang
residu asam amino yang tidak berdekatan satu sama lain dalam urutan primer linier. Struktur tersier
dibentuk oleh pengemasan fitur lokal, seperti heliks cc dan lembar P, oleh gaya kovalen dan
nonkovalen, seperti ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik, garam jembatan antara residu bermuatan
positif dan negatif, seperti serta ikatan disulfida antara pasangan sistein. Dalam proses tiga dimensi
lipatan, residu asam amino dengan rantai samping hidrofobik cenderung dikubur di bagian dalam
protein, sedangkan yang memiliki sisi hidrofilik rantai cenderung berada di luar. Kecenderungan
ini sangat kuat di dunia protein, yang biasanya berfungsi dalam lingkungan berair.
Suatu protein dapat terdiri dari lebih dari satu polipeptida. Protein semacam itu harus
dikumpulkan setelah setiap polipeptida individu memiliki struktur tersiernya. Setiap rantai
polipeptida dalam protein semacam itu disebut subunit. Sebagai contoh, hemoglobin, pembawa
oksigen dalam darah, terdiri dari empat subunit: dua cglobin dan dua 0-globin. Piruvat
dehidrogenase, protein mitokondria yang terlibat dalam metabolisme energi, terdiri dari 72
subunit. Protein yang mengandung lebih dari satu rantai polipeptida menunjukkan tingkat
tambahan organisasi struktural. Struktur kuarter mengacu pada penataan ruang subunit dan sifat
kontak mereka.
Setelah rantai polipeptida terbentuk, molekul secara otomatis melipat dirinya sebagai tanggapan
terhadap ikatan hidrogen, jembatan garam, dan interaksi hidrofobik dan hidrofilik. Struktur primer
protein secara unik menentukan struktur sekunder dan tersiernya. Namun, pengetahuan kita
tentang pelipatan protein belum cukup untuk memprediksi secara akurat struktur sekunder dan
tersier dari protein dari struktur utamanya. Ini adalah masalah yang menantang dalam kimia
protein saat ini.
Beberapa protein memerlukan komponen nonprotein untuk menjalankan fungsinya. Komponen
semacam itu disebut kelompok prostetik. Kompleks protein dan gugus prostetiknya disebut
holoprotein; protein tanpa kelompok prostetik disebut apoprotein.
TRANSLASI DAN KODE GENETIK
Sintesis protein melibatkan proses decoding, di mana informasi genetik yang dibawa oleh molekul
mRNA diterjemahkan menjadi asam amino primer melalui penggunaan mediator transfer RNA
(tRNA). Transfer RNA adalah molekul kecil, biasanya panjangnya 70-90 nukleotida. Masing-
masing dari 20 asam amino memiliki setidaknya satu jenis tRNA yang ditugaskan padanya;
sebagian besar memiliki beberapa tRNA. Setiap tRNA dirancang untuk hanya membawa satu asam
amino. Dua puluh enzim spesifik, yang disebut aminoacyl-tRNA synthetases, memasangkan
masing-masing asam amino ke ujung 3 'dari tRNA yang sesuai. Penerjemahan melibatkan
pengenalan berurutan dari triplet nukleotida nonoverlapping yang berdekatan, yang disebut kodon,
dengan urutan komplementer dari tiga nukleotida (antikodon) dalam tRNA. Sebuah tRNA dibatasi
oleh superskrip yang menunjukkan asam amino yang dibawanya dan sebuah subskrip yang
mengidentifikasi kodon yang dikenali. Jadi, tRNA yang mengenali kodon U1UA dan membawa
asam amino leusin disebut tRNAYA-.
Penerjemahan dimulai pada kodon inisiasi dan berlanjut sampai kodon penghentian atau
penghentian ditemukan. Fase di mana urutan diterjemahkan ditentukan oleh kodon inisiasi dan
disebut sebagai kerangka baca. Dalam mesin translasi pada antarmuka antara ribosom, tRNA
bermuatan, dan mRNA, masing-masing kodon diterjemahkan menjadi asam amino spesifik, yang
kemudian ditambahkan ke polipeptida memanjang. Stop codon dikenali oleh protein sitoplasma
yang disebut faktor pelepasan, yang menghentikan proses penerjemahan.
Setelah terjemahan, pembuatan protein fungsional dapat melibatkan proses posttranslasional,
seperti modifikasi asam amino primer, penghapusan urutan terminal di kedua ujungnya,
transportasi intra atau antar sel, penambahan kelompok prostetik, dan penyambungan protein.
Korespondensi antara kodon dan asam amino ditentukan oleh seperangkat aturan yang disebut
kode genetik. Dengan sedikit pengecualian, kode genetik untuk gen pengkode protein nuklir
bersifat universal, yaitu, penerjemahan hampir semua gen nuklir eukariotik dan gen prokariotik
ditentukan oleh seperangkat aturan yang sama. (Karena memang ada pengecualian, kode genetik
tidak benar-benar universal, dan beberapa ahli biologi lebih suka istilah "kode genetik standar.")
Kode genetik universal diberikan pada Tabel 1.3. Karena kodon terdiri dari tiga nukleotida, dan
karena ada empat jenis nukleotida yang berbeda, ada 43 = 64 kodon yang mungkin. Dalam kode
genetik universal, 61 kode ini untuk asam amino spesifik dan disebut kodon indera, sedangkan tiga
sisanya adalah kodon stop. Codon berhenti dalam kode genetik universal adalah UAA, UAG, dan
UGA.
Dengan pengecualian yang sangat jarang, kode genetiknya tidak ambigu, yaitu, satu kodon dapat
mengkode hanya satu asam amino. Pengecualian biasanya melibatkan kodon terminasi, yang
kadang-kadang diterjemahkan oleh tRNA yang dibebankan, sehingga terjemahan berlanjut di luar
kodon terminasi asli hingga kodon pemberhentian berikutnya ditemukan. Proses ini disebut
readthrough translasional, dan tRNA yang terlibat dalam readthrough disebut penekan terminasi.
Dalam beberapa organisme, penekan terminasi alami diketahui. Sebagai contoh, dalam
Escherichia coli, kodon UGA dapat mengarahkan penggabungan asam amino selenosistein yang
tidak biasa alih-alih memberi sinyal penghentian proses penerjemahan.
Karena ada 61 kodon indera dan hanya 20 asam amino primer dalam protein, sebagian besar asam
amino (18 dari 20) dikodekan oleh lebih dari satu kodon. Kode semacam itu disebut sebagai kode
degenerasi. Berbagai kodon yang menentukan asam amino yang sama disebut kodon sinonim.
Kodon identik yang berbeda satu sama lain di posisi ketiga hanya disebut sebagai keluarga kodon.
Misalnya, empat kodon untuk valin (GUU, GUC, GUA, GUG) membentuk keluarga empat kodon.
Sebaliknya, enam kodon untuk leusin dibagi menjadi keluarga empat kodon (CUU, CUC, CUA,
dan CUG) dan keluarga dua kodon (UUA dan UUG).
Asam amino pertama dalam sebagian besar protein eukariotik dan archaebacterial adalah metionin
yang dikodekan oleh kodon inisiasi AUG. Asam amino ini biasanya dihilangkan dalam protein
matang. Sebagian besar gen eubakteri juga menggunakan kodon AUG untuk inisiasi, tetapi asam
amino yang mengawali proses penerjemahan adalah turunan metionin yang disebut
formylmethionine. Kodon inisiasi alternatif diketahui dalam prokariota dan eukariota. Misalnya,
dalam eubakteri, kodon GUG, UUG, dan AUU, dalam urutan frekuensi yang menurun, juga
digunakan. Selain AUG, kodon AUA, GUG, UUG, AUC, dan AAG digunakan untuk inisiasi
terjemahan dalam ragi Saccharomyces cerevisiae.
Kode genetik universal juga digunakan dalam proses penerjemahan independen yang dilakukan
oleh genom plastid, seperti kloroplas tanaman vaskular. Sebaliknya, sebagian besar genom
mitokondria hewan menggunakan kode yang berbeda dari kode genetik universal. Salah satu
contohnya, kode mitokondria vertebrata, ditunjukkan pada Tabel 1.4. Perhatikan bahwa dua dari
kodon yang menentukan serin dalam kode genetik universal digunakan sebagai kodon terminasi,
dan bahwa triptofan dan metionin masing-masing dikodekan oleh dua kodon daripada satu.
Beberapa genom prokariotik telah terbukti menggunakan kode genetik alternatif. Sebagai contoh,
spesies eubakteri milik genus Mycoplasma menggunakan UGA untuk mengkode triptofan.
Penyimpangan dari kode genetik universal juga telah diamati dalam genom nuklir beberapa
eukariota. Misalnya, ciliate milik genera Paramecium dan Tetrahymena menggunakan UAA dan
UAG untuk mengkode glutamin, dan dalam ragi Candida cylindracea, kode CUG untuk serin.
Sebagai aturan, hanya ada perbedaan kecil antara kode genetik universal dan kode genetik
alternatif.
Pada beberapa organisme, beberapa kodon mungkin tidak pernah muncul dalam gen penyandi
protein. Ini disebut abson kodon. Untuk beberapa kodon, tidak ada tRNA yang sesuai yang dapat
dipasangkan dengannya. Ini disebut kodon yang belum ditetapkan. Misalnya, dalam genom Gram-
positif eubacterium Micrococcus luteus, kodon AGA dan AUA tidak ditetapkan (Kano et al. 1993).
Situasi serupa ditemukan untuk CGG kodon dalam genom Mycoplasma capricolum (Oba et al.
1991). Kodon yang tidak ditugaskan berbeda dari kodon stop dengan tidak dikenali oleh faktor
rilis. Dengan demikian, setelah bertemu dengan kodon yang tidak ditugaskan, kios terjemahan dan
polipeptida tetap melekat pada ribosom.
MUTASI
Urutan DNA biasanya disalin tepat selama proses replikasi. Namun, jarang terjadi kesalahan dalam
replikasi atau perbaikan DNA sehingga menimbulkan urutan baru. Kesalahan ini disebut mutasi.
Mutasi adalah sumber utama variasi dan kebaruan dalam evolusi. Empat aspek dari proses mutasi
akan dibahas dalam bagian ini: (1) mekanisme molekuler yang bertanggung jawab untuk
menciptakan mutasi, (2) efek yang dimiliki masing-masing jenis mutasi terhadap bahan herediter
dan produk-produknya, (3) atribut spasial dan temporal dari mutasi, dan (4) randonmess mutasi.
Mutasi dapat terjadi pada sel somatik atau germline. Karena mutasi somatik tidak diwariskan, kita
dapat mengabaikannya dalam konteks evolusi, dan di seluruh buku ini istilah "mutasi" akan
digunakan secara eksklusif untuk menunjukkan mutasi dalam sel germline. Beberapa organisme
(mis., Tanaman) tidak memiliki germline yang diasingkan, sehingga perbedaan antara mutasi
somatik dan germline tidak mutlak. Mutasi dapat diklasifikasikan berdasarkan panjangnya urutan
DNA yang dipengaruhi oleh peristiwa mutasi. Sebagai contoh, mutasi dapat mempengaruhi
nukleotida tunggal (mutasi titik) atau beberapa nukleotida yang berdekatan (mutasi segmental).
Mutasi juga dapat diklasifikasikan berdasarkan jenis perubahan yang disebabkan oleh peristiwa
mutasi menjadi: (1) mutasi substitusi, penggantian satu nukleotida dengan yang lain; (2)
rekombinasi, pertukaran urutan dengan yang lain; (3) penghapusan, penghapusan satu atau lebih
nukleotida dari DNA; (4) insersi, penambahan satu atau lebih nukleotida ke dalam urutan; dan (5)
inversi, rotasi oleh 180 'dari segmen DNA untai ganda yang terdiri dari dua atau lebih pasangan
basa (Gambar 1.11).

GAMBAR 1.11 Jenis mutasi. (a) Urutan asli. (B) Transisi dari C ke T. (c) Transversi dari G ke C.
(d) Rekombinasi, pertukaran urutan GTCTT oleh CAAAC. (e) Penghapusan urutan ACCTA. (f)
penyisipan urutan AAAGC. (g) Pembalikan 5'-GCAAAC-3 'ke 5'-GTTTGC-3'.

Mutasi substitusi Mutasi substitusi dibagi menjadi beberapa transisi dan transisi. Transisi adalah
perubahan antara A dan G (purin), atau antara C dan T (pirimidin). Transversi adalah perubahan
antara purin dan pirimidin. Ada empat jenis transisi, A -> G, G --- A, C - T, dan T - C, dan delapan
jenis transisi, A - C, A - T, C --- A , C - G, T - A, T - C, G - * C, dan G - T. Mutasi pergantian
yang terjadi di daerah pengkode protein dapat diklasifikasikan menurut pengaruhnya terhadap
produk terjemahan-the protein. Mutasi dikatakan bersinonim jika tidak menyebabkan perubahan
asam amino yang ditentukan (Gambar 1.12a). Kalau tidak, itu bukan nama asli. Perubahan asam
amino karena perubahan nukleotida nonsinonim disebut pengganti.
Itu istilah mutasi sinonim dan diam sering digunakan secara bergantian, karena dalam sebagian
besar kasus, perubahan sinonim tidak mengubah urutan asam amino protein dan karenanya tidak
terdeteksi pada tingkat asam amino. Namun, mutasi sinonim mungkin tidak selalu diam. Ini dapat,
misalnya, membuat situs splicing baru atau melenyapkan yang sudah ada, sehingga mengubah
urutan eksonik menjadi intron atau sebaliknya, dan menyebabkan polipeptida yang berbeda untuk
diproduksi (Bab 6). Sebagai contoh, perubahan sinonim dari kodon glisin GGT ke GGA dalam
kodon 25 dari ekson pertama f3-globin telah terbukti membuat sambungan sambungan baru,
menghasilkan produksi protein frameshifted dengan panjang abnormal (Goldsmith et al. 1983).
Perubahan seperti itu jelas bukan "diam." Karena itu, disarankan untuk membedakan antara kedua
istilah tersebut. Tentu saja, semua mutasi bisu dalam gen proteincoding adalah identik.
Istilah mutasi sinonim dan diam sering digunakan secara bergantian, Karena dalam
sebagian besar kasus, perubahan sinonim tidak mengubah urutan asam amino protein dan
karenanya tidak terdeteksi pada tingkat Asam amino. Namun, mutasi sinonim mungkin tidak selalu
diam. Ini dapat, misalnya, membuat situs splicing baru atau melenyapkan yang sudah ada,
sehingga mengubah urutan eksonik menjadi intron atau sebaliknya, dan menyebabkan polipeptida
yang berbeda untuk diproduksi (Bab 6). Sebagai contoh, perubahan sinonim dari kodon glisin GGT
ke GGA dalam kodon 25 dari ekson pertama f3-globin telah terbukti membuat sambungan
sambungan baru, menghasilkan produksi protein frameshifted dengan panjang abnormal
(Goldsmith et al. 1983). Perubahan seperti itu jelas bukan "diam." Karena itu, disarankan untuk
membedakan kedua istilah tersebut. Tentu saja, semua mutasi bisu dalam gen proteincoding adalah
identik.
Mutasi non sinonim atau pengubah asam amino selanjutnya diklasifikasikan menjadi
mutasi missense dan nonsense. Mutasi missense mengubah kodon yang terkena menjadi kodon
yang menentukan asam amino yang berbeda dari yang sebelumnya dikodekan (Gambar 1.12b).
Mutasi yang tidak masuk akal mengubah kodon indera menjadi kodon terminasi, dengan demikian
mengakhiri proses penerjemahan secara prematur dan akhirnya menghasilkan produksi protein
terpotong (Gambar 1.12c). Kodon yang dapat bermutasi menjadi kodon terminasi oleh perubahan
nukleotida tunggal, mis., UGC (Tyr), disebut kodon preterminasi. Mutasi dalam stop kodon yang
menyebabkan terjemahan berlanjut, kadang-kadang sampai ke situs polyadenylation, Juga dikenal
Masing-masing kodon indera dapat bermutasi menjadi sembilan kodon lainnya melalui
perubahan nukleotida tunggal. Misalnya, CCU (Pro) dapat mengalami enam mutasi nonsynonim,
ke UCU (Ser), ACU (Thr), GCU (Ala), CUU (Leu), CAU (His), atau CGU (Arg), dan tiga mutasi
sinonim, ke CCC, CCA, atau CCG. Karena kode genetik universal terdiri dari 61 kodon indera,
terdapat 61 x 9 = 549 kemungkinan mutasi substitusi. Jika kita mengasumsikan mereka terjadi
dengan frekuensi yang sama, dan bahwa semua kodon sama seringnya di daerah pengkodean, kita
dapat menghitung proporsi yang diharapkan dari berbagai jenis mutasi substitusi dari kode genetik.
Ini ditunjukkan pada Tabel 1.5
Karena struktur kode genetik, perubahan sinonim terjadi terutama pada posisi ketiga
kodon. Memang, hampir 70% dari semua kemungkinan perubahan nukleotida pada posisi ketiga
adalah sama. Sebaliknya, semua perubahan nukleotida pada posisi kedua kodon adalah tidak sama,
dan juga sebagian besar perubahan nukleotida di posisi pertama (96%).
Dalam sebagian besar kasus, pertukaran kodon dengan sinonim, yaitu yang mengkode
asam amino yang sama, hanya membutuhkan satu atau paling banyak dua perubahan nukleotida
sinonim. Satu-satunya pengecualian untuk aturan ini adalah pertukaran seron kodon milik keluarga
empat kodon (UCU, UCC, UCA, dan UCG) oleh satu milik keluarga kodon dua (AGU dan AGC).
Acara semacam itu membutuhkan dua perubahan nukleotida yang tidak identik.
Mutasi substitusi diperkirakan muncul terutama dari kesalahan basis basa selama replikasi
DNA. Sebagai bagian dari formulasi asli dari replikasi DNA mereka, Watson dan Crick (1953)
menyarankan bahwa transisi mungkin disebabkan oleh pembentukan misin purin-pirimidin yang
salah (misalnya, A: C), di mana salah satu pangkalan mengasumsikan bentuk tautomerik yang
tidak disukai, yaitu, enol bukannya keto dalam kasus guanin dan timin, atau imino alih-alih amino
dalam kasus adenin dan sitosin (Gambar 1.13). Kemudian, Topal dan Fresco (1976) mengusulkan
bahwa kesalahan purin-purin juga dapat terjadi, tetapi kesalahan pasangan pirimidin-pirimidin
tidak dapat terjadi. Kekeliruan purin-pirimidin adalah A *: C, A: C *, G *: T dan G: T *, dan
mispairs purin-purin adalah A *: A, A *: G, G *: A, dan G *: G, di mana tanda bintang
menunjukkan bentuk tautomer yang tidak disukai. Dengan demikian, ada dua jalur melalui mana
mutasi substitusi dapat muncul. Pada awalnya, transisi muncul dari mispairing purin-pirimidin dan
dapat terjadi pada kedua strand. Misalnya, transisi A: T -ý G: C dapat muncul dari salah satu dari
empat kemungkinan kesalahan: A *: C, A: C *, G: T *, atau G *: T. Dalam yang kedua, transversi
muncul dari mispairing purin-purin, tetapi ini hanya dapat terjadi jika purin berada pada untai
cetakan. Sebagai contoh, transversion A: T <-> T: A dapat muncul hanya dari A *: A, di mana
tautomer A * yang tidak disukai berada di untai cetakan.
Rekombinasi
Ada dua jenis rekombinasi homolog: crossing over (rekombinasi timbal balik) dan konversi
gen (rekombinasi non-timbal balik). Rekombinasi Reciprocal Melibatkan pertukaran genap urutan
homolog antara kromosom Homolog, sehingga menghasilkan kombinasi baru dari urutan yang
berdekatan sementara pada saat yang sama mempertahankan kedua varian yang terlibat dalam
peristiwa rekombinasi. Sebaliknya, rekombinasi non-resiprokal melibatkan penggantian yang
tidak rata dari satu urutan dengan yang lain, suatu proses yang mengakibatkan hilangnya salah satu
dari sekuens varian yang terlibat dalam peristiwa rekombinasi. Kedua jenis rekombinasi homolog
dianggap melibatkan perantara molekul yang disebut struktur Holliday atau persimpangan
(Gambar 1.14). Resolusi dari struktur Holliday menghasilkan pembentukan bentangan DNA untai
ganda yang tidak cocok yang disebut heteroduplex. Ketidakcocokan dalam heteroduplex diakui
dan dieksisi oleh enzim seluler. Kemudian, menggunakan untai komplementer sebagai templat,
DNA polimerase mengisi celah yang dihasilkan. Cara di mana struktur Holliday diselesaikan
(dipotong) dan cara di mana heteroduplex diperbaiki menentukan hasil rekombinasi (Gambar
1.15).
Crossing over dan konversi gen melibatkan rekombinasi antara sekuens homolog, dan
karenanya termasuk dalam kelas peristiwa molekuler yang disebut rekombinasi homolog atau
umum. Sebaliknya, rekombinasi spesifik lokasi melibatkan pertukaran urutan (biasanya yang
sangat pendek, terdiri dari tidak lebih dari beberapa nukleotida) oleh yang lain (biasanya yang
panjang yang tidak memiliki kemiripan dengan urutan aslinya). Rekombinasi spesifik situs
bertanggung jawab, misalnya, untuk integrasi genom fag ke dalam kromosom bakteri. Dari sudut
pandang mutasi, oleh karena itu tepat untuk memperlakukan rekombinasi khusus situs sebagai
jenis penyisipan.
Rekombinasi resiprokal bersama dengan mutasi substitusi adalah generator yang kuat
untuk variabilitas genetik. Sebagai contoh, rekombinasi antara sekuens 5'-AACT-3 'dan 5' -
CACG-3 'dapat menghasilkan dua sekuens baru: 5'-AACG-3 'dan 5'-CACT - 3'. Semakin banyak
alel, semakin banyak alel yang terbentuk melalui rekombinasi, dan tingkat menghasilkan varian
genetik baru mungkin menjadi cukup tinggi. Golding dan Strobeck (1983) menyebut fenomena ini
sebagai "variasi melahirkan variasi."
Penghapusan dan penyisipan
Penghapusan dan penyisipan dapat terjadi oleh beberapa mekanisme. Satu mekanisme adalah
penyeberangan yang tidak sama. Gambar 1.16a menunjukkan model sederhana, di mana
penyimpangan yang tidak sama antara dua kromosom menghasilkan penghapusan segmen DNA
dalam satu kromosom dan penambahan timbal balik pada yang lain. Peluang lintas yang tidak
setara sangat meningkat jika segmen DNA diduplikasi bersamaan (Gambar 1.16b) karena
kemungkinan misalignment yang lebih tinggi. Mekanisme lain adalah penghapusan intrastrand,
sejenis rekombinasi spesifik lokasi yang muncul ketika urutan berulang diulangi dengan yang lain
dalam orientasi yang sama pada kromatid yang sama, dan terjadi persilangan intrachromosomal
atas kejadian sebagai akibatnya (Gambar 1.17). Sebagai contoh, dalam Escherichia coli,
penghapusan spontan pada gen laI sering tampak disebabkan oleh rekombinasi intrastrand yang
melibatkan daerah kecil yang memiliki kesamaan. Eksisi yang tepat dari elemen transposable
sering melibatkan rekombinasi antara pengulangan langsung, panjang 5-9 pasangan basa,
mengapit elemen (Bab 7). Demikian pula, penghapusan infrastruktur bertanggung jawab atas
pengurangan jumlah pengulangan dalam tandem array, seperti sederhana DNA berulang dan DNA
satelit (Bab 8).

GAMBAR 1.16 (a) Persimpangan yang tidak sama mengakibatkan penghapusan urutan
DNA pada salah satu untaian anak perempuan dan duplikasi urutan yang sama pada
untaian lainnya. (B) Ketika segmen DNA digandakan bersama-sama, peluang misalignment
meningkat, seperti halnya peluang lintas yang tidak setara. Sebuah kotak menunjukkan
rentangan DNA tertentu. Dimodifikasi dari Li (1997).

gambut, 5-9 pasangan basa panjang, mengapit elemen (Bab 7). Demikian pula, penghapusan
infrastruktur bertanggung jawab atas pengurangan jumlah pengulangan dalam array tandem,
seperti DNA berulang sederhana dan DNA satelit (Bab 8).
Mekanisme ketiga adalah replikasi slippage, atau slipped-strand mispairing. Jenis peristiwa
ini terjadi di wilayah DNA yang berisi pengulangan pendek yang berdekatan. Gambar 1.18a
menunjukkan bahwa, selama replikasi DNA, selip dapat terjadi karena salah pasang antara
pengulang yang berdekatan, dan selip itu dapat mengakibatkan penghapusan atau duplikasi
segmen DNA, tergantung pada apakah selip terjadi pada arah 5 '- * 3' atau ke arah yang
berlawanan. Gambar 1.18b menunjukkan bahwa mispairing terpeleset-untai juga dapat terjadi
pada DNA yang tidak bereplikasi. Mekanisme keempat yang bertanggung jawab untuk penyisipan
atau penghapusan sekuens DNA adalah transposisi DNA (Bab 7).
GAMBAR 1.17 Generasi penghapusan oleh proses penghapusan intrastrand. Urutan
berulang (panah) yang berorientasi pada arah yang sama bergabung kembali (x) untuk
menghasilkan penghapusan genomik (kiri) dan elemen ekstrachromosomal (kanan).
Penghapusan dan penyisipan secara kolektif disebut sebagai indels (kependekan dari
penyisipan-atau-penghapusan), karena ketika dua urutan dibandingkan, tidak mungkin untuk
mengetahui apakah penghapusan telah terjadi dalam satu atau penyisipan telah terjadi di yang lain
(Bab 3) . Jumlah nukleotida dalam rentang indel dari satu atau beberapa nukleotida untuk
peregangan berdekatan yang melibatkan ribuan nukleotida. Panjang indels pada dasarnya
menunjukkan jenis distribusi frekuensi bimodal, dengan indels pendek (hingga 20-30 nukleotida)
paling sering disebabkan oleh kesalahan dalam proses replikasi DNA, seperti slippedstrand
mispairing yang dibahas di atas, dan dengan insersi yang panjang. atau penghapusan yang terjadi
terutama karena persilangan yang tidak merata, rekombinasi spesifik lokasi, transposisi DNA, atau
transfer gen horizontal (Bab 7).
Di wilayah pengkodean, sebuah indel yang bukan kelipatan dari tiga nukleotida
menyebabkan pergeseran dalam bingkai pembacaan sehingga urutan pengkodean di hilir celah
akan dibaca pada fase yang salah. Mutasi seperti itu dikenal sebagai mutasi frameshift. Akibatnya,
indels tidak hanya dapat menyebabkan banyak perubahan asam amino, tetapi juga dapat
melenyapkan kodon terminasi atau membawa ke dalam fase kodon stop baru, menghasilkan
protein dengan panjang abnormal (Gambar 1.19).
GAMBAR 1.18. Generasi duplikasi atau penghapusan dengan kesalahan-menyelinap selip
di antara pengulangan yang berdekatan (bergaris bawah). Panah kecil menunjukkan arah
sintesis DNA. Titik-titik menunjukkan pemasangan. (A) Slippage dua-basa di wilayah
pengulangan TA selama replikasi DNA. Selip dalam arah 3 '--- 5' menghasilkan penyisipan
satu unit pengulangan TA (panel kiri). Selipkan ke arah lain (5 '-> 3') menghasilkan
penghapusan satu unit berulang (panel kanan). Penghapusan yang diperlihatkan di panel
kanan dihasilkan dari eksisi unit berulang yang tidak berpasangan (tanda bintang) pada
ujung 3 'dari untai yang tumbuh, mungkin oleh aktivitas 3' -> 5 'eksonuklease aktivitas DNA
polimerase. (B) Slippage dua-basa di wilayah pengulangan TA dalam DNA yang tidak
mereplikasi. Daerah yang tidak cocok membentuk loop beruntai tunggal, yang mungkin
menjadi sasaran perbaikan eksisi dan ketidakcocokan. Hasil (penghapusan atau penyisipan)
akan tergantung pada untai mana yang dieksisi dan diperbaiki dan untai mana yang
digunakan sebagai templat dalam proses perbaikan DNA. Dimodifikasi dari Levinson dan
Gutman (1987).
Pembalikan
Inversi adalah jenis penataan ulang DNA yang dapat terjadi setelah salah satu dari dua
proses: (1) kerusakan kromosom dan bergabung kembali, atau (2) persilangan intrachromosomal
antara dua segmen homolog yang berorientasi pada arah yang berlawanan (Gambar 1.20).
Sebagian besar inversi yang diketahui melibatkan bentangan DNA yang sangat panjang, biasanya
panjangnya ratusan atau ribuan nukleotida.
Tingkat mutasi
Karena kelangkaan mutasi, laju mutasi spontan sangat sulit untuk ditentukan secara
langsung, dan pada saat ini hanya beberapa perkiraan seperti itu ada pada tingkat urutan DNA
(mis., Drake et al. 1998). Tingkat mutasi, bagaimanapun, dapat diperkirakan secara tidak langsung
dari tingkat substitusi pada pseudogen (Bab 4). Li et al. (1985a) dan Kondrashov dan Crow (1993)
memperkirakan tingkat mutasi rata-rata dalam DNA nuklir mamalia adalah 3 hingga 5 x 10-9
substitusi nukleotida per situs nukleotida per tahun. Tingkat mutasi, sangat bervariasi dengan
wilayah genom; dalam mikrosatelit, misalnya, tingkat penyisipan dan penghapusan pada manusia
diperkirakan lebih besar dari 10-3 (Brinkmann et al. 1998).
Tingkat mutasi pada DNA mitokondria mamalia telah diperkirakan setidaknya 10 kali lebih
tinggi dari rata-rata laju nuklir (Brown et al. 1982). Virus RNA memiliki polimerase rawan
kesalahan (yaitu, tidak memiliki mekanisme proofreading), dan mereka tidak memiliki mekanisme
perbaikan pasca-replikasi yang efisien dari kerusakan mutasional. Dengan demikian, laju mutasi
mereka beberapa kali lipat lebih tinggi daripada organisme dengan genom DNA. Gojobori dan
Yokoyama (1985), misalnya, memperkirakan tingkat mutasi pada virus influenza A dan virus
sarkoma Moloney murine berada pada urutan 10-2 mutasi per situs nukleotida per tahun, yaitu
sekitar 2 juta kali lebih tinggi daripada tingkat mutasi pada DNA inti vertebrata. Tingkat mutasi
pada virus Rous sarcoma mungkin bahkan lebih tinggi, karena 9 mutasi terdeteksi dari 65.250
nukleotida yang direplikasi, yaitu tingkat 1,4 x 10-4 mutasi per nukleotida per siklus replikasi
(Leider et al. 1988).
Hanya ada beberapa perkiraan langsung dari tingkat penghapusan, penyisipan, rekombinasi,
dan inversi dalam literatur (mis., Sommer 1995).

GAMBAR 1.19 Contoh frameshifts dalam bingkai membaca. (a) Penghapusan G


menyebabkan terminasi dini. (b) Penghapusan huruf A melenyapkan kodon stop. (c)
Penyisipan G melenyapkan kodon stop. (D) Penyisipan dinukleotida GA menyebabkan
penghentian prematur terjemahan. Stop kodon ditampilkan dalam huruf tebal.

GAMBAR 1.20 Mekanisme inversi. (A) Kerusakan dan bergabung kembali kromosom. (B)
Crossing over (W) antara segmen homolog (panah) pada kromosom yang sama yang
berorientasi pada arah yang berlawanan menghasilkan inversi yang melibatkan urutan
DNA antara pengulangan terbalik homolog

Distribusi mutasi spasial


Mutasi tidak terjadi secara acak di seluruh genom. Beberapa daerah lebih rentan untuk
bermutasi daripada yang lain, dan mereka disebut hotspot mutasi. Salah satu hotspot tersebut
adalah dinukleotida 5'-CG-3 '(sering dilambangkan sebagai CpG), di mana sitosin sering dimetilasi
dalam banyak genom hewan, mengubahnya menjadi 5'-TG-3'. The dinucleotide 5'-TT-3 'adalah
hotspot mutasi pada prokariota tetapi biasanya tidak pada eukariota. Pada bakteri, daerah dalam
DNA yang mengandung palindrom pendek (yaitu, urutan yang membaca sama pada untai
komplementer, seperti 5'-GCCGGC-3 ', 5'-GGCGCG-3', dan 5'-GGGCCC-3 ') ditemukan lebih
rentan untuk bermutasi daripada daerah lain. Dalam genom eukariotik, pengulangan tandem
pendek seringkali merupakan hotspot untuk penghapusan dan penyisipan, mungkin sebagai akibat
dari mispairing yang terpeleset-untai. Sekuens yang mengandung aliran dimer purin-pirimidin
bergantian, seperti GC, AT, dan GT, mampu mengadopsi konformasi DNA kidal yang disebut Z-
DNA, yang merupakan hotspot untuk penghapusan yang melibatkan jumlah pasangan basa genap
(Freund et al. 1989).
Pola mutasi
Arah mutasi adalah nonrandom. Secara khusus, transisi ditemukan terjadi lebih sering
daripada transversi. Dalam DNA nuklir hewan, transisi ditemukan sekitar 60-70% dari semua
mutasi, sedangkan proporsi transisi di bawah mutasi acak diperkirakan hanya 33%. Dengan
demikian, dalam genom nuklir hewan, mutasi transisional terjadi dua kali lebih sering daripada
transversi. Dalam genom mitokondria hewan, rasio transisi ke transversi sekitar 15 sampai 20.
Beberapa nukleotida lebih bisa berubah daripada yang lain. Misalnya, dalam DNA inti mamalia,
G dan C cenderung bermutasi lebih sering daripada A dan T.
Apakah mutasi itu acak?
Mutasi umumnya dikatakan terjadi "secara acak." Namun, seperti yang telah kita lihat,
mutasi tidak terjadi secara acak sehubungan dengan lokasi genomik, juga tidak semua jenis mutasi
terjadi dengan frekuensi yang sama. Jadi, aspek mutasi apa yang acak? Mutasi diklaim bersifat
acak sehubungan dengan pengaruhnya terhadap kebugaran organisme yang membawanya (Bab 2).
Artinya, setiap mutasi yang diberikan diharapkan terjadi dengan frekuensi yang sama di bawah
kondisi di mana mutasi ini memberi keuntungan pada organisme yang membawanya, seperti dalam
kondisi di mana mutasi ini tidak memberikan keuntungan atau merusak. "Ini mungkin terlihat
sebagai ketidaksempurnaan alam yang menyedihkan," kata Dobzhansky (1970), "bahwa sifat tidak
berubah tidak terbatas pada perubahan yang meningkatkan kemampuan operator mereka." Dan
memang, masalah apakah mutasi itu acak atau tidak sehubungan dengan efeknya pada kebugaran
secara berkala diperdebatkan dalam literatur, kadang-kadang dengan intensitas sengit (lihat,
misalnya, Hall 1990; Lenski dan Mittler 1993; Rosenberg et al. 1994; dan Sniegowski 1995).

Anda mungkin juga menyukai