Pemodelan Struktur Kimia 2D dan 3D dengan Chemoffice

1.1 Tujuan Instruksional Umum:

Mampu membuat model struktur kimia 2D dan 3D suatu senyawa dan melakukan
prediksi sifat fisikokimia dan spektrum UV/Vis, IR, dan NMR.

1.2 Tujuan Instruksional Khusus:

1. Mampu membuat model 2D dari struktur kimia sederhana menggunakan

ChemDraw.

2. Mampu memanfaatkan toolbars dari Chemdraw untuk prediksi spektrum yang

umumnya diperoleh dengan pengukuran spektroskopi.

1.4 Dasar Teori

Chem Office merupakan salah satu software yang digunakan untuk membuat
struktur kimia dengan mudah. Sofware ini banyak memilki kelebihan untuk
mempermudah kita menggambar rumus kimia. Untuk menggambar rumus molekul
kimia Chem Office menyertakan Chem Draw dan Chem 3D.

Chem Draw merupakan salah satu program aplikasi dari Chem Office, untuk
menggambar struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia,
dan polimer. Software ini dapat membantu kita dalam menggambar struktur kimia
dengan berbagai fasilitasnya. Sementara itu, pemodelan 3D struktur senyawa kimia
dapat dibuat melalui Chem 3D.

Chem Draw merupakan software kimia dari produk CambridgeSoft.com. Chem

Draw memiliki banyak fungsi, diantaranya membuat nama dan struktur senyawa,
membuat struktur streokimia dengan benar dari nama kimia, menghitung rumus
molekul dan berat molekul, dan mendapatkan nama IUPAC dengan akurat dari
struktur. Perkiraan spektra NMR dari struktur suatu senyawa dengan atom langsung
dengan korelasi spektral. Selain itu, Chem Draw dilengkapi dengan peringatan jika
terjadi kesalahan dalam pembuatan struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya
berwarna merah dan mengelilingi bagian struktur yang salah.

Struktur-struktur tertentu yang telah umum dapat digambar secara langsung

dengan mengklik tools, misalnya seperti atrujtur cincin benzen, siklopentana,
sikloheksana, dan senyawa siklik lainnya. Tool yang ada juga menyajikan gambar
strujtur untuk asam amino, DNA, RNA, dan lain-lain yang terdapat pada template.
Selain itu ChemDraw dilengkapi dengan peringatan jika terjadi kesalahan dalam
penggambaran struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna merah yang
mengelilingi struktur yang salah.

Keunggulan yang lain ChemDraw yaitu dapat sekaligus digunakan untuk

menganalisis struktur kimia yang telah dibuat dengan menggunakan Analysis
Structure yang terdapat pada menu structure. Selain itu juga dapat diketahui
puncak-puncak dari NMR, proton, dan karbon. Kemudian dengan mnggunakan
ChemDraw 3D dapat digambar struktur 3D dari senyawa obat, dapat diprediksi
stuktur kimia suatu senyawa yang paling stabil dengan energi yang paling minimum,
dan dapat mengetahui panjang ikatan antar atom.

1.4 Hasil Pengamtan

1.4.1 Struktur Kimia 2D dan Nama Struktur Kimia

1.4.2 Sifat Fisiko Kimia

 Data hasil komputasi :

a. Heat of formation : 61.24 Kcal/mol at 25 C

b. LogP : 3.189

c. Molar Refractivity : -99.9

d. Henry’s Law Constant : 1.4047 log[unitless]

e. HOMOEnergy : -8.26388 eV

 Muatan Senyawa
Electrostatic Potential Charges (Dielectric Constant = 78.500)

C(1) -0.22851 N(20) 0.31385

C(2) 0.33528 O(21) -0.27399

C(3) -0.08983 O(22) -0.96717

C(4) -0.03467 C(23) 0.41700

C(5) 0.07357 N(25) 0.31600

C(6) -0.03052 O(26) -0.26766

C(7) -0.23478 O(27) -0.97155

C(8) -0.35035 H(36) 0.30390

S(9) 0.02649 H(38) 0.24842

C(10) 0.21632 H(35) 0.20232

N(11) -0.38134 H(37) 0.27470

C(12) -0.03340 H(34) 0.29031

N(13) -0.68785 H(32) 0.15538

C(14) -0.30354 H(33) 0.15315

C(15) 0.34313 H(31) 0.28541

C(16) -0.19745 H(29) 0.31296

C(17) -0.07076 H(28) 0.21301

C(18) -0.05650 H(30) 0.23755

C(19) 0.29031 H(24) 0.17080

1.4.3 Data NMR H dan C
1.4.4 Gambar 3D

 Data hasil komputasi :

a. Gamma ZZZZ : 40922.11771 AU

b. Charge/Dipole : 0.4922
 c. Dipole/Dipole : -1.3009

d. Total : -38.6402

1.5 Pembahasan

Pada percobaan kali ini dilakukan pemodelan molekul dari senyawa

(E)-N-(3-nitrobenzylidene)-5-(3-nitrophentyl)-4H-1,3-thiazin-2-amine. Metode kimia
komputasi yang digunakan dalam menganalisis sifat senyawa tersebut yaitu dengan
menggunakan beberapa metode molekular mekanik untuk menentukan konformasi
yang stabil pada senyawa tersebut.
Kimia komputasi adalah suatu metode pemodelan dari struktur suatu molekul
dengan menggunakan komputer. Mula-mula struktur senyawa
(E)-N-(3-nitrobenzylidene)-5-(3-nitrophentyl)-4H-1,3-thiazin-2-amine digambarkan
dalam bentuk 2D dengan menggunakan ChemOffice 2004 (ChemDraw Ultra 8.0).
Pada saat pembuatan struktur 2D ini harus dipastikan bahwa semua ikatan yang
terjadi tersambung/menyatu dengan baik. Jika ikatan tidak tersambung dengan baik
maka akan muncul warna merah pada ikatan (tempat penempelan) suatu gugus
dengan gugus lain. Bila terjadi hal yang demikian gambar harus dibuat kembali
sampai tidak terbentuk lagi warna merah. Setelah dibuat struktur 2D nya file disimpan
dengan format CDX cdx file (.cdx). Pada gambar dua dimensi ini molekul
digambarkan dalam bentuk bidang datarnya.
Setelah digambar struktur 2D dibuat struktur 3D nya dengan menggunakan
ChemOffice 2004 (Chem3D Ultra8.0). Struktur 3D ini merupakan struktur molekul
yang tergambar pada posisi bidang datar dan posisi ruangnya. Struktur 3D lebih dapat
menggambarkan struktur yang sebenarnya dari suatu molekul. Dari hasil gambar 3D,
struktur (E)-N-(3-nitrobenzylidene)-5-(3-nitrophentyl)-4H-1,3-thiazin-2-amine terlihat
lebih rinci dimana atom-atom yang berbeda yang menyusun senyawa tersebut,
ditunjukkan dengan warna yang berbeda dan ikatan dari setiap gugus menjadi terbuka
sesuai dengan atom-atom yang saling berikatan. Atom C (karbon) ditunjukkan dengan
warna abu-abu, atom H (hidrogen) ditunjukkan dengan warna putih dan atom O
(oksigen) ditunjukkan dengan warna merah. Pada struktur 3D ini cincin benzene
ikatan konjugasinya tidak tampak lagi, semua atom C yang mengikat atom H
ditunjukan dengan lebih jelas dari pengamatan warna begitupun dengan gugus metil
dan hidroksi ikatannya lebih jelas ditunjukkan. Setelah selesai, gambar 3D ini
disimpan dengan cara yang sama seperti penyimpanan gambar 2D tadi tetapi dengan
format MOL mol file (.mol).
Meskipun dari struktur 3D suatu molekul sudah terlihat lebih jelas dengan
struktur senyawa yang sebenarnya, namun harus dilakukan optimasi geometri. Pada
proses optimasi ini struktur 3D suatu senyawa dioptimasi agar memperoleh energi
paling stabil pada ikatan-ikatan kimia yang dibentuknya pada senyawa tersebut.
Struktur yang terbentuk dioptimasi geometri menggunakan dua metode semi empirik
yang disediakan oleh paket program HyperChem yaitu AM1, PM3 dengan algoritma
Polak-Ribiere. Dan metode molekular mekanik yaitu MM+ dengan algoritma
Polak-Ribiere sama seperti metode semi empirik. Metode Austin Model 1 (AM1) dan
PM3 hanya dapat digunakan untuk atom-atom yang melibatkan orbital s dan p, dan
tidak dapat digunakan untuk sebagian besar unsur-unsur dalam tabel periodik (Jensen,
1999).
HyperChem merupakan program yang dapat secara teliti mengetahui struktur,
stabilitas dan sifat molekul dengan menggunakan perhitungan mekanika molekular
maupun mekanika kuantum. Tersedia metode sederhana untuk menghasilkan struktur
molekul 3D, kita dapat memilih 5 jenis metode semi empiris dan menggunakannya
untuk mengoptimasi geometri suatu senyawa agar didapatkan suatu struktur yang
paling stabil, kita dapat menjalankan perhitungan semi empiris mulai dari atom
hidrogen sampai xenon, termasuk logam transisi.
Pada (E)-N-(3-nitrobenzylidene)-5-(3-nitrophentyl)-4H-1,3-thiazin-2-amine
pengukuran geometri yang dilakukan hanya metode molekular MM+. Perhitungan
molekular mekanik memperlakukan atom sebagai interaksi partikel Newton melalui
fungsi energi potensial. Energi potensial bergantung pada panjang ikatan, sudut ikatan,
dan interaksi non ikatan (termasuk gaya van der Waals, interaksi elektrostatik, dan
ikatan hidrogen). Pada perhitungan ini, gaya pada atom adalah fungsi dari letak atom.
MM+ dikembangkan untuk molekul organik. Ini adalah suatu medan gaya
keseluruhan atom. MM+ juga menyediakan jalan pintas untuk perhitungan interaksi
non ikatan, keadaan batas periodik, dan modifikasi ikatan syarat energi regangan yang
mencegah penolakan pada panjang ikatan yang panjang.
Pada prinsipnya rumus struktur molekul dari setiap senyawa kimia mengandung
gambaran yang mencerminkan informasi tentang sifat kimia, sifat fisika atau aktivitas
biologi dari senyawa tersebut. Gambaran dan sifat aktivitas tersebut dipelajari
berdasarkan data-data yang terkait pada struktur geometri teroptimasi dan struktur
elektronik yang diperoleh.
Selanjutnya dilakukan analisis parameter QSAR properties. QSAR (Quality
Structure-Activity Relationship) merupakan hubungan kuantitatif antara struktur dan
aktivitas obat. Hubungan kuantitatif yaitu berupa hubungan struktur dan sifat dari
senyawa tersebut. Hubungan ini diturunkan dengan menggunakan perangkat lunak
fitting kurva untuk mendapatkan kombinasi linear sifat-sifat molekul yang dapat
memprediksi sifat-sifat tersebut. Analisis ini didasarkan pada hubungan matematika
antara aktivitas atau sifat dengan satu atau lebih parameter deskriptif (deskriptor)
yang merepresentasikan struktur molekul tersebut. Dengan deskriptor-deskriptor yang
didapatkan dari sifat eksperimental senyawa, maka akan diperoleh persamaan QSAR
yang diturunkan untuk memprediksi aktivitas atau sifat dari senyawa yang tersedia.
Analisis parameter QSAR properties yang ditentukan meliputi Heat of
formation, Log P, Molar Refractivity, Henry’s Law Constant, dan HOMOEnergy. Log
P merupakan ukuran koefisien partisi dari suatu senyawa, yaitu kelarutan relatif suatu
senyawa dalam suatu pelarut tertentu yang tak bercampur sesuai dengan tingkat
kepolarannya. Dari hasil optimasi geometri dengan metode MM+ diperoleh data
QSAR sebagai berikut:
Heat of formation : 61.24 Kcal/mol at 25 C

LogP : 3.189

Molar Refractivity : -99.9

Henry’s Law Constant : 1.4047 log[unitless]

HOMOEnergy : -8.26388 eV

Dari hasil komputasi tersebut diperoleh nilai log P yang positif. Nilai P ini
menunjukan perbandingan terdistribusinya senyawa tersebut ke pelarut organik dan
air. Jika nilai P di bawah 1 maka senyawa akan lebih banyak terdistribusi ke fase air.
1.6 Kesimpulan

1. Struktur suatu senyawa dapat dimodelkan dengan ChemDraw, sedangkan

permodelan suatu struktur senyawa dapat distabilan dengan optimasi geometri
menggunakan program Chem3D Ultra8.0.

2. dengan menggunakan ChemDraw dapat menentukan sifat fisika kimia (Heat of

formation, Log P, Molar Refractivity, Henry’s Law Constant, dan HOMOEnergy)
dari struktur senyawa obat sekaligus menggambar struktur 3D dan estimasi NMR
dari senyawa obat.

1.7 Daftar Pustaka