 Kerusakan pembalikan : fotoreaktifasi

DNA bukanlah substansi yang lemah, telah dilengkapi dengan mekanisme tertentu
yang mampu menetralisasi “gangguan-gangguan” yang terjadi sehingga tidak membawa
efek negatif. Mekanisme yang dimiliki DNA tersebut adalah mekanisme DNA repair
(perbaikan DNA) yang terjadi pada fase tertentu dalam siklus sel.
Pada fase G1 (Gap 1) terdapat check point yaitu suatu tempat dimana susunan DNA
akan dikoreksi dengan seteliti-telitinya. Apabila ada kesalahan, sel mempunyai dua
pilihan : Pertama, kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair.
Namun, apabila kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel
memutuskan untuk mengambil pilihan kedua yaitu “dimatikan” daripada hidup membawa
pengaruh buruk bagi lingkungan sekelilingnya. Saat itulah keputusan untuk berapoptosis
diambil. Sel dengan DNA normal akan meneruskan perjalanan untuk melengkapi siklus
yang tersisa yaitu S (Sintesis), G2 (Gap 2) dan M (Mitosis).
untuk menanggulangi 'erosi timedependent dari genom'. Yang sedikit lebih panjang
jawabannya adalah bahwa ribuan masalah dengan DNA muncul setiap hari di setiap sel
tubuh, yang masing-masing harus berhasil terdeteksi dan, jika perlu, diubah. Sistem
perbaikan DNA mendeteksi dan mengkoordinasikan respon terhadap serangan tersebut,
mempengaruhi langkah-langkah untuk mencegah kematian sel atau menghapus sel-sel
kanker dari sistem tubuh. Dilakukan oleh serangkaian protein sel inti, untuk
mempertahankan integritas DNA, melindungi kita dari kanker, penuaan, dan berbagai
macam terkait penyakit, menjaga sistem kekebalan tubuh dan lebih penting melestarikan
gen kita untuk anak-anak kita.

 Mekanisme perbaikan dna

1. Mismatch repair (Perbaikan yang tidak berpasangan/ketidakcocokan)
Mismatch repair memperbaiki kesalahan yang dibuat ketika DNA disalin. Contohnya, C
dapat terselip berhadapan dengan A, atau polymerase dapat “tergelincir” atau “tersendat” dan
menyisipkan dua sampai lima basa tambahan yang tidak berpasangan. Protein-protein yang
spesifik memindai DNA yang baru dibentuk menggunakan metilasi adenine di dalam sekuens
GATC sebagai titik referensi. Untai cetakan mengalami metilasi, dan untai yang baru dibentuk
tidak demikian. Perbedaan ini tidak memungkinkan enzim perbaikan mengidentifikasi untai
yang mengandung kesalahan nukleotida dan memerlukan pergantian. Jika ditemukan
ketidakcocokan atau lengkung kecil, suatu GATC endonuklease memotong untai yang
mengandung mutasi di tempat yang berkorespondensi dengan GATC. Suatu eksonuklease
kemudianmencerna untai ini dari GATC dan melalui mutasi sehingga DNA yang cacat tersebut
dapat dibuang. Hal ini dapat berlangsung dari kedua ujung jika cacat tersebut diapit oleh dua
tempat GATC. Cacat ini kemudian di isi oleh enzim sel normal sesuai aturan pembentukan
pasangan basa.
 Untuk memperbaiki basa yang tidak berpasangan harus diketahui pasangan basa mana
yang salah. Pada E. coli, ini dapat diketahui oleh methylase yang disebut dengan "Dam
methylase", dimana dapat memetilasi adenines yang terdapat pada urutan (5')GATC . Segera
sesudah replikasi DNA, template strand dimetilasi, tetapi strand yang baru disintesa belum
dimetilasi. Jadi antara template strand dan new strand akan berbeda. Pada E. coli, diperlukan
tiga protein (Mut S, Mut C, dan Mut H) untuk mengenali mutasi dan memotong untai. Enzim
lain di dalam sel, termasuk ligase, plimerase, dan SSB mengeluarkan dan mengganti untai.
Dimulai dengan berikatannya protein MutS pada mismatched base
pairs. Kemudian MutL mengaktifkan MutH untuk bergabung bersama pada
urutan GATC. MutH akan membelah strand yang tidak dimetilasi pada tempat GATC
. Selanjutnya, segment dari tempat pembelahan akan dibuang oleh enzim exonuclease (dengan
bantuan enzim helicase II dan SSB proteins).
Bila pembelahannya pada bagian 3' dari kerusakan, akan dipotong oleh
enzim exonuclease I dan bila pada bagian 5' oleh enzim exonuclease VII atau RecJ untuk
mendegradasi single tranded DNA. Kekosongannya akan diisi dengan bantuan enzim DNA
polymerase III dan DNA ligase.
Jarak antara tempat GATC dengan kerusakan bisa mencapai sepanjang 1,000
base pairs .

2. Base excision repair (Perbaikan dengan memotong Basa)

Depurinasi DNA, yang terjadi secara spontan karena labilitas termal ikatan N-gglikosida
purin, terjadi dengan kecepatan 5.000-10.000/sel/hari pada suhu 370 C. enzim-enzim spesifik
mengenali bagian yang mengalami depurinasi dan menggantikannya dengan purin yang secara
langsung, tanpa interupsi pada tulang punggung phospodiester.
Basa sitosin, adenine, dan guanine di DNA secara spontan membentuk, masing-masing, urasil,
hipoxantin, xantin. Karena tidak ada satupun dari ketiga basa tersebut yang terdapat di DNA
pada keadaan normal, tidaklah mengherankan jika N-glikosilase spesifik dapat mengenali
basa-basa abnormal ini yang mengeluarkan sendiri basa dari DNA. Pengeluaran ini menandai
letak kecacatan dan memungkinkan endonuklase apurinik atau apirimidinik memotong gula
tanpa basa. Basa yang sesuai kemudian memotong gula tanpa basa ini. Basa yang sesuai
kemudian dipasang oleh DNA polymerase, dan ligase memperbalikkan DNA ke keadaannya
semula. Rangkaian kejadian ini disebut base excision repair (perbaikan dengan memotong
basa). Dengan rangkaian langka serupa yang mula-mula melibatkan defek, basa teralkilasi dan
analog basa dapat dikeluarkan dari DNA dan DNA dipulihkan kebentuknya semula.
Mekanisme ini cocok untuk menggantikan basa tunggal, tetapi tidak efektif untuk mengganti
region DNA yang rusak.
Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deamination atau alkylation. Tempat kerusakan basa
tersebut disebut dengan "abasic site" atau "AP site". Pada E.coli, enzim DNA
glycosylase dapat mengenal AP site dan membuang basanya. Kemudian AP
endonuclease membuang AP site dan nucleotida sekitarnya. Kekosongan akan diisi dengan
bantuan DNA polymerase I dan DNA ligase.

3. Nucleotide excision repair (perbaikan dengan memotong nukleotida)

Mekanisme ini digunakan untuk menggantikan suatu regio DNA dengan panjang30 bp
yang mengalami kerusakan. Penyebab umum kerusakan DNA semacam ini adalah sinar
ultraviolet (UV), yang memicu pembentukan dimmer antarpirimidin siklobutan, dan merokok,
yang menyebabkan pembentukan adduct (addition product) benzo [a]piren-guanin. Radiasi
pengion, obat kemoterapi kanker, dan berbagai bahan kimia yang terdapat dilingkungan yang
dan dapat menyebabkan modifikasi basa, putusnya untai, ikatan silang antara basa di untai yang
berhadapan atau DNA dan protein, dan berbagai defek lain.
Cacat-cacat ini diperbaiki oleh suatu proses yang disebut perbaikan yang disebut eksisi
nukleotida. Proses rumit, yang melibatkan lebih banyak produk gen dibandingkan dengan dua
tipe perbaikan sebelumnya, pada dasar mencakup hidrolisis dua ikatan phospodiester di untai
yang mengandung kecacatan. Suatu nuclease eksisi khusus (eksinuklease), yang terdiri dari
paling sedikit tigan subunit pada E. coli dan 16 polipeptida pada manusia, melaksanakan tugas
ini. Di sek eukariot, enzim-enzim memotong antara ikatan phospodiester ketiga dan kelima
3’ dari lesi, dan dari sisi 5’ potongan terletak di suatu tempat antara ikatan keduapuluh satu dan
keduapuluh lima. Karena itu, terjadi eksisi suatu fragmen DNA dengan panjang 27-29
nukleotida. Untai yang dikeluarkan kemudian diganti, juga pembentukan pasangan basa yang
tepat, melalui kerja polymerase lain yang belum diketahui ( / pada manusia), dan ujung-
ujung untai disatukan dengan untai yang sudah ada oleh DNA ligase. Pada E. coli, protein
UvrA, UvrB, dan UvrC berperan dalam membuang nukleotida ( dimer akibat UV
light). Kemudian kekosongan akan diisi dengan bantuan enzim DNA polymerase I dan DNA
ligase. Pada yeast, proteins Uvr's dikenal dengan nama RADxx ("RAD" kependekan
dari "radiation"), seperti RAD3, RAD10, dan lain-lain.

4. Double strand break repair (perbaikan kerusakan untai ganda)

Perbaikan kerusakan untai ganda merupakan bagian dari proses fisiologis tata ulang gen
imunoglobulin. Perbaikan ini merupakan mekanisme penting untuk memperbaiki DNA yang
rusak, seperti yang terjadi akibat radiasi pengion atau pembentukan radikal bebas oksidatif.
Sebagian obat kemoterapi merusak sel dengan merusak untai ganda atau perbaikannya.
Mula-mula terdapat dua protein yang berperan dalam penyatuan kembali non homolog
suatu kerusakan untai ganda. Ku, suatu heterodimer subunit 70 kDa dan 86 kDa, berikatan
dengan ujung-ujung bebas DNA aktivitas helikase dependen-ATP laten. Heterodimer Ku yang
berikatan dengan DNA merekrut suatu protein kinase unit, protein kinase dependen DNA
(DNA PK). DNA-PK memiliki satu ikatan bagi ujung-ujung bebas DNA dan satu tempat ikatan
untuk dsDNA tepat di bagian dalam ujung-ujung unit. Karena itu, enzim-enzim ini
memungkinkan aproksimasi kedua ujung yang terpisah. Ujung bebas kompleks DNA-Ku-
DNA-PK membangkitkan aktivitas kinnase pada ujung-ujung yang terpisah. DNA-PK secara
timbale balik memphosporilasi KU dan molekul DNA-PK lain di untai yang berlawanan,
ditrans. DNA-PK kemudian kemudian terlepas dari DNA dan KU, menyebabkan aktivasi Ku
helikase. Hal ini menyebabkan penguraian kedua ujung DNA. DNA yang telah di urai dan
sudah diaproksimasi kemudian membentuk pasangan basa; kelebihan ekor nukleotida dibuang
oleh eksonuklease; dan celah yang ada di isi dan ditutup oleh DNA ligase.

Jamsari. 2007. Bioteknologi Pemula, Prinsip Dasar Analisis Molekular.Unri Press