PPDS. PK. 01-16 Sug P-Min PDF
PPDS. PK. 01-16 Sug P-Min PDF
Karya Akhir
Oleh:
I Gde Eka Sugiartha,dr.
NIM. 011218156301
Karya Akhir
Oleh:
I Gde Eka Sugiartha,dr.
Pembimbing:
I GAA Putri Sri Rejeki,dr., SpPK(K)
Dr. Puspa Wardhani,dr., SpPK
Bambang Pujo Semedi,dr.,SpAn.KIC
KATA PENGANTAR
Puji syukur kami panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa atas berkah
dan rahmat-Nya sehingga karya akhir dengan judul “Perbandingan Hasil
Identifikasi Metode Analytical Profile Index (API) dan Tes Kepekaan Antibiotika
Konvensional dengan Metode Technical Dedicated Reasonable (TDR)-300B” ini
dapat diselesaikan. Terima kasih yang tulus saya sampaikan kepada IGAA Putri
Sri Rejeki, dr.,SpPK(K), Dr. Puspa Wardhani,dr.,SpPK, Bambang Pujo
Semedi, dr.,SpAn.KIC, dan Dr.Hari Basuki NH,dr.,MKes selaku pembimbing
yang telah memberikan bimbingan, dorongan, petunjuk, arahan dan evaluasi
sehingga karya akhir ini dapat diselesaikan.
Ucapan terima kasih juga saya ucapkan kepada:
Yetti Hernaningsih,dr.,SpPK sebagai Kepala Departemen Patologi Klinik
Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga – RSUD Dr.Soetomo, Surabaya
Dr. Puspa Wardhani,dr.,SpPK selaku Kepala Pendidikan Studi Patologi Klinik
Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga – RSUD Dr.Soetomo, Surabaya
Prof.Dr.Aryati,dr.,MS.,SpPK(K) atas bantuannya selaku penanggung jawab
Mikrobiologi di Laboratorium Granostik dan Parahita dan selama menjabat
Kepala Departemen Patologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas
Airlangga – RSUD Dr.Soetomo, Surabaya
Dr,Sidarti Soehita SFHS,dr.,SpPK(K) atas bantuanya selama menjabat
Kepala Pendidikan Studi Patologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas
Airlangga – RSUD Dr.Soetomo, Surabaya
Juli Soemarsono,dr.,SpPK (alm) selaku dosen wali mahasiswa
Prof. Dr. Prihatini, dr., M.S., Sp.PK(K), Fery H. Soedewo, dr., M.S., Sp.PK(K)
dan Leonita Anniwati,dr.,SpPK(K) yang telah bersedia menjadi penguji dan
memberikan masukan sejak pengajuan proposal hingga penelitian ini selesai
Seluruh staf pengajar Patologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas
Airlangga – RSUD Dr.Soetomo, Surabaya
Verna,dr,SpPK, Mayfani,dr, Ni Luh,dr, Wulan,dr yang telah membantu
penelitian ini
Isteri tercinta Ni Luh Deliyani,SKM.,MKes, anakku sayang Ayu Putu Githa
Maheswari, Kadek Agus Surya Udiyana atas pengorbanannya
Kedua orang tua tercinta I Made Alit Antara, Ni Ketut Nariani atas
pengorbanan yang tak akan terbalas
Kedua mertua I Wayan Bagia,SS, Ni Nengah Mariani,SPd.,MPd atas semua
bantuannya
Seluruh karyawan dan PPDS Patologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas
Airlangga – RSUD Dr.Soetomo, Surabaya
Akhir kata saya minta maaf jika ada kesalahan dalam upaya menyelesaikan
penelitian ini.
ABSTRAK
Perbandingan Hasil Identifikasi Metode Analytical Profile Index (API) dan
Tes Kepekaan Antibiotika Konvensional dengan Metode Technical
Dedicated Reasonable (TDR)-300B
IG Eka Sugiartha , IGAA Putri Sri Rejeki, Puspa Wardhani, Bambang Pujo Semedi
ABSTRACT
Comparison of Analytical Profile Index (API) Identification Method Results
and Conventional Antimicrobial Susceptibility Test with Technical
Dedicated Reasonable (TDR)-300B Method
IG Eka Sugiartha, IGAA Putri Sri Rejeki, Puspa Wardhani, Bambang Pujo Semedi
Background. The bloodstream infection death rate is quite high, ranging from
20% to 50%. Causable pathogens could be demonstrated by blood cultures
followed by antimicrobial susceptibility tests. The test could be performed in a
conventional, semiautomatic or fully automatic method. The conventional method
does not require large investment costs compared to automatic methods.
Method. This was an observational cross sectional design study. Conventional
identification method used API and conventional antimicrobial susceptibility tests
used disc diffusion method of Kirby Bauer. Both of the methods were compared to
semiautomatic TDR-300B method. A fully automatic VITEK 2 method was used
as the reference method for assessing the performance of conventional and
semiautomatic methods.
Results. Bacteria that cause bloodstream infections were mostly dominated by
Gram-negative Escherichia coli and Klebsiella pneumonia. The accuracy of API
identification method to the VITEK 2 was 87.87%, accuracy of TDR-300B
identification method to VITEK 2 method was 90.9%. The accuracy results of
conventional Kirby Bauer disc diffusion antimicrobial susceptibility tests method
compared to VITEK 2 method was 84.64%. Accuracy of TDR-300B antimicrobial
susceptibility tests method to VITEK 2 was 82.5%. The accuracy of API
identification method to TDR-300B was 84.84%.The accuracy of conventional
antimicrobial susceptibility test method to TDR-300B was 78.21%.
Conclusion. The results of conventional identification and antimicrobial
sensitivity tests were not statistically significant different with semiautomatic
TDR-300B method. Conventional identification and antimicrobial susceptibility
test methods could be trusted, especially for financial limited region or small
number of examination.
Key words: Comparison, conventional, API, disc diffusion, TDR-300B
RINGKASAN
IG Eka Sugiartha, IGAA Putri Sri Rejeki, Puspa Wardhani, Bambang Pujo Semedi
Infeksi aliran darah mempunyai angka kematian yang cukup tinggi yang
berkisar 20 - 50%. Infeksi ini dibuktikan dengan pemeriksaan kultur untuk
menentukan mikroorganisme penyebab infeksi yang dilanjutkan dengan
pemeriksaan kepekaan terhadap antibiotika. Metode pemeriksaan identifikasi dan
kepekaan secara fenotipe lebih banyak dilakukan dibandingkan secara genotipe.
Metode fenotipe ini dapat dilakukan secara konvensional atau automatisasi.
Automatisasi dibedakan menjadi automatis penuh dan semiautomatis. Metode
konvensional tentu akan lebih murah dibandingkan yang automatis, sedangkan
metode semiautomatis relatif lebih murah dibandingkan metode automatis penuh.
Penelitian ini mencoba membandingkan metode konvensional dengan
metode semiautomatis yang relatif lebih murah dengan menggunakan metode
automatis penuh sebagai metode rujukan. Metode konvensional dikerjakan
melalui tes identifikasi Analytical Profile Index (API) dan tes kepekaan
antibiotika difusi cakram antibiotika Kirby Bauer. Metode semiautomatis
menggunakan metode Technical Dedicated Reasonable (TDR)-300B sedangkan
yang automatis penuh memakai metode VITEK 2. Penelitian ini merupakan
penelitian observasional dengan rancangan cross sectional yang menggunakan 33
sampel isolat bakteri dari penderita infeksi aliran darah. Sampel darah diambil
dari berbagai ruangan di RSUD Dr.Soetomo Surabaya.
Akurasi metode identifikasi API terhadap metode VITEK 2 sebesar
87,87%, akurasi identifikasi metode TDR-300B terhadap metode VITEK 2
adalah 90,9%. Akurasi metode API terhadap metode TDR-300B sebesar 84,84%.
Hasil akurasi tes kepekaan antibiotika metode konvensional difusi cakram
antibiotika Kirby Bauer terhadap metode VITEK 2 adalah 84,64%. Akurasi tes
kepekaan antibiotika metode TDR-300B terhadap metode VITEK 2 sebesar
82,5%. Akurasi tes kepekaan antibiotika metode konvensional terhadap metode
TDR-300B sebesar 78,21%.
Perbandingan akurasi hasil identifikasi antara metode konvensional API
dengan metode semiatomatis TDR-300B tidak berbeda secara statistik.
Perbandingan akurasi tes kepekaan antibiotika metode konvensional difusi
cakram antibiotika Kirby Bauer terhadap metode semiautomatis TDR-300B juga
tidak berbeda secara statistik. Kemungkinan sumber kesalahan identifikasi
disebabkan kesalahan pengamatan perubahan warna substrat pada metode API
dan adanya polimikroba. Kemungkinan kesalahan tes kepekaan antibiotika
diantaranya kesalahan membuat kekeruhan suspensi kuman pada metode
konvensional, kesalahan pemipetan pada kedua metode, dan adanya polimikroba.
Metode konvensional ternyata masih baik bila dibandingkan dengan metode
semiautomatis tetapi metode konvensional sangat membutuhkan tenaga yang
terlatih.
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
SUMMARY
Comparison of Analytical Profile Index (API) Identification Method
Results and Conventional Antimicrobial Susceptibility Test with Technical
Dedicated Reasonable (TDR)-300B Method
IG Eka Sugiartha, IGAA Putri Sri Rejeki, Puspa Wardhani, Bambang Pujo Semedi
DAFTAR ISI
Sampul dalam…………………………………………………………………………..i
Lembar pengesahan……………………………………………………………………ii
Pernyataan keaslian…………………………………………………………………...iii
Kata pengantar………………………………………………………………………...iv
Abstrak……………………………………………………………………………….. v
Ringkasan…………………………………………………………………………….vii
Daftar Isi……………………………………………………………………………....ix
Daftar Tabel……………………………………………………………………………x
Daftar Gambar………………………………………………………………………...xi
Daftar Lampiran……………………………………………………………………...xii
Daftar Singkatan……………………………………………………………………..xiii
Bab 1. Pendahuluan………………………………………………………………….1
1.1 Latar Belakang……………………………………………………………..1
1.2 Rumusan Masalah………………………………………………………….4
1.3 Tujuan Penelitian…………………………………………………………..5
1.4 Manfaat Penelitian…………………………………………………………6
Bab 2. Tinjauan Pustaka……………………………………………………………..7
2.1 Identifikasi Bakteri Dengan Metode API…………………………………..7
2.1.1 API Staph………………………………………………………...9
2.1.2 API Strep………………………………………………………..13
2.1.3 API 20E…………………………………………………………20
2.1.4 API 20NE……………………………………………………….27
2.2 Tes Kepekaan Antibiotika Metode Konvensional………………………..29
2.3 Metode TDR-300B……………………………………………………….39
2.3.1 Identifikasi bakteri metode TDR-300B…………………………42
2.3.2 Tes kepekaan antibiotika metode TDR-300B…………………..44
2.4 Metode VITEK 2…………………………………………………………50
2.4.1 Identifikasi bakteri metode VITEK 2…………………………...53
2.4.2 Tes kepekaan antibiotika metode VITEK 2…………………….57
Bab 3. Kerangka Konseptual Dan Hipotesis Penelitian…………………………..60
3.1 Kerangka Konseptual……………………………………………………..60
3.2 Penjelasan Kerangka Konseptual…………………………………………61
3.3 Hipotesis Penelitian………………………………………………………66
Bab 4. Metode Penelitian……………………………………………………………67
4.1 Desain Penelitian…………………………………………………………67
4.2 Populasi Dan Sampel……………………………………………………..67
4.3 Tempat Penelitian …………………………………. ……………………68
4.4 Variabel Penelitian Dan Definisi Operasional …………………………....68
4.5 Alat Dan Bahan Penelitian………………………………………………..69
4.6 Cara Kerja………………………………………………………………...69
4.6.1 Identifikasi metode API………………………………………...69
4.6.2 Tes kepekaan antibiotika konvensional…………………………75
4.6.3 Metode TDR-300B……………………………………………..76
4.6.4 Metode VITEK 2……………………………………………….77
4.7 Alur Penelitian……………………………………………………………78
4.8 Analisis Statistik………………………………………………………….78
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
DAFTAR TABEL
DAFTAR GAMBAR
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR SINGKATAN
BAB 1
PENDAHULUAN
Darah normal bersifat steril dan adanya bakteri dalam darah dikenal sebagai
(WHO) menyatakan kematian mencapai 85% pada kasus infeksi di seluruh dunia
pada tahun 2001 (WHO, 2001). Penyakit infeksi dinyatakan menjadi penyebab
kematian sekitar dua juta orang di India setiap tahun (Duggal, 2012). Angka
kematian pada infeksi aliran darah berkisar antara 20 – 50% (Forbes, 2007). Infeksi
dalam darah yang dilanjutkan dengan tes kepekaan antibiotika sehingga dapat
konvensional dilakukan melalui metode tes biokimia secara manual atau dengan
media komersial seperti Analytical Profile Index (API). Tes kepekaan antibiotika
jumlah pemeriksaan yang masih sedikit. Metode ini mungkin memerlukan sumber
daya manusia terlatih yang lebih banyak untuk pembuatan media, tetapi dapat
seperti API. Metode API dari Biomerieux merupakan salah satu metode
konvensional komersial yang sudah luas dipakai dan sudah dipakai sejak lama
yaitu dari tahun 1971. Metode API hanya terbatas untuk pemeriksaan identifikasi
konvensional API terhadap kuman kontrol, bervariasi dari berbagai studi sekitar
untuk pemeriksaan identifikasi mikroorganisme melalui 20-24 tes biokimia dan tes
beberapa alat yang terpisah sehingga dapat dibeli sesuai dengan kebutuhan
manusia yang terlatih dan jumlah pemeriksaan dapat lebih banyak dari metode
konvensional. Metode ini termasuk metode yang masih relatif baru dengan harga
sedikit lebih murah dari metode automatis penuh. Publikasi uji klinis metode TDR-
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
300B masih belum banyak. Metode automatis penuh seperti VITEK dari
identifikasi melalui tes biokimia dan tes kepekaan antibiotika yang sudah dipakai
lebih lama dari TDR-300B. Akurasi VITEK terhadap kuman kontrol lebih baik,
manusia terlatih yang dibutuhkan lebih sedikit, jumlah pemeriksaan yang dapat
dilakukan juga akan lebih banyak, sayangnya metode ini relatif mahal apalagi
Mindray,2013).
sumber daya yang digunakan. Metode yang digunakan untuk identifikasi bakteri
dan tes kepekaan antibiotika dipengaruhi beberapa faktor seperti sumber keuangan,
lebih murah dari genotipe. Metode semiautomatis ataupun automatis tidak banyak
memerlukan sumber daya manusia tetapi masih membutuhkan biaya relatif besar
sehingga sulit juga dilakukan bila sumber keuangan masih kurang. Metode
tes kepekaan antibiotika bila ada keterbatasan keuangan atau jumlah pemeriksaan
lebih banyak untuk pembuatan media, tetapi dapat dikurangi dengan menggunakan
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
Pulidot,2013).
pemeriksaan yang masih sedikit. Perbandingan kedua metode ini belum pernah
diteliti sebelumnya. Metode automatis VITEK 2 yang memiliki akurasi lebih baik
(berkisar 97,8% sampai 98,02%) dipakai sebagai metode rujukan untuk melihat
(Duggal,2012; O’Hara,2005).
metode rujukan?
dalam menilai resistensi bakteri dari isolat bakteri kultur darah dengan
rujukan.
dalam menilai resistensi bakteri dari isolat bakteri kultur darah dengan
antibiotika
untuk memilih metode yang lebih tepat berdasarkan sumber daya yang ada.
Bab 2
TINJAUAN PUSTAKA
identifikasi bakteri ini secara fenotipe, dapat dilakukan dengan berbagai metode
manual komersial yang mulai dipublikasi pada tahun 1971. Awalnya produk ini
diproduksi oleh Analytab Product Division of American Home Product dan pada
tahun 1986 dibeli oleh Biomerieux. Metode API terdiri dari strip plastik (gambar
2.1) yang tersusun dari tube dan cupules (gambar 2.4). Setiap microtube terisi oleh
substrat yang terdehidrasi untuk tes yang berbeda. Awalnya metode ini diciptakan
oleh Buissiere dan Nardon yang banyak menciptakan metode micromethode dan
2011). Metode API dapat memeriksa berbagai bakteri untuk spesifikasi bakteri
Listeria, Yeast, Camylobacter, Listeria, Bacillus dan Neiserria seperti tampak pada
Micrococcus dan Kocuria dengan memakai tes biokimia dalam microtube dan
database yang dimodifikasi. Daftar lengkap bakteri yang dapat diidentifikasi oleh
metode ini, dapat dilihat pada lembar rujukan API. API Staph terdiri dari 20
suspensi bakteri. Setiap API Staph kit terdiri dari 25 strip API Staph, 25 API Staph
medium dan 25 lembar hasil. Alat dan bahan yang diperlukan untuk identifikasi
bakteri dengan metode ini antara lain strip API Staph, media API Staph, mineral
(Biomerieux,2010).
tanggal kedaluwarsa reagen dan strip, keutuhan kemasan dan komponen, kerusakan
cupule dan desicant. Strip dan media disimpan pada suhu 2-80C sampai tanggal
2.2):
Gambar 2.2. Dua bentuk ampul dan cara membuka ampule API medium, tekan
horizontal dilanjutkan tekan ke bawah (Biomerieux,2010)
2) ampul dipegang dengan satu tangan, dengan posisi vertikal dimana plastic cap
berada di atas
Persiapan strip dilakukan dengan menyiapkan kotak inkubasi yang terdiri dari
nampan dan tutup nampan (gambar 2.3). Tutup nampan dibuka, air suling atau
demineralized water (air tanpa zat aditif atau kimia yang dapat melepaskan gas
seperti Cl2, CO2) dimasukkan ke dalam honey comb well nampan untuk
menciptakan suasana lembab. Galur acuan atau identitas dicatat pada nampan,
jangan mencatat pada tutup nampan karena dapat tertukar selama pemeriksaan.
Gambar 2.3. Nampan (A), tutup nampan (B), penulisan identitas (C) dan
Strip API (D) (dimodifikasi dari Darbandi,2010)
Columbia Blood Agar yang berumur 18-24 jam yang diinkubasi pada suhu 360C ±
20C. Isolat bakteri diperiksa secara morfologi, kemurnian isolat, pengecatan Gram,
dan uji katalase untuk menentukan apakah termasuk Micrococcaeae. Isolat bakteri
yang murni diambil dan dibuat suspensi bakteri 0,5 Mc Farland dengan melarutkan
isolat ke media API Staph. Pembuatan suspensi bakteri ini harus menggunakan
kultur yang berumur 18-24 jam. Suspensi bakteri digunakan segera setelah dibuat
(Biomerieux,2010).
Staph dengan menggunakan pipette atau PSIpette. Microtube diisi tetapi cupule
jangan sampai terisi suspensi bakteri (gambar 2.4). Usahakan jangan sampai
terbentuk gelembung udara pada tube dengan cara strip dimiringkan sedikit ke
depan dan ujung tip pipette diletakkan pada sisi cupule. Tes untuk ADH dan URE
ditambahkan mineral oil untuk membuat suasana anaerob sampai terbentuk convex
meniscus. Tes kimia pada API Staph dapat dilihat pada tabel 2.2. Nampan dengan
ditutup dengan tutup nampan dan diinkubasi pada suhu 360C ± 20C selama 18-24
jam (Biomerieux,2010).
Beberapa tes kimia memerlukan penambahan satu tetes reagen sebagai berilut:
Tes NIT : ditambahkan reagen NIT 1 dan NIT 2, ditunggu selama 10 menit,
Tes resistensi terhadap Lysostaphin dikerjakan untuk mengisi hasil tes ke-
satu tetes larutan Lysostaphin (200 μg/mL) dan diinkubasi pada suhu 350C-370C
selama 18-24 jam. Sussceptible menunjukkan adanya lisis parsial. Hasil tes positif
dan negatif dapat dilihat pada gambar 2.6. Prosedur kerja dilihat pada gambar 2.5
(Biomerieux,2010).
Identifikasi bakteri diperoleh melalui profil angka. Lembar hasil tes terdiri
dari tiga kelompok microtube yang berisi angka 1,2 dan 4. Hasil positif dijumlahkan
sehingga diperoleh tujuh digit angka (pada gambar 2.7 tujuh digit angka tersebut
adalah 6706113). Tujuh digit angka tersebut kemudian dicocokkan dengan tabel
profil atau dapat dimasukkan hasil positif dan negatif ke apiweb TM. Program
pemantapan mutu internal untuk metode API Staph dianjurkan dengan menilai
performa metode API Staph dalam mengidentifikasi kuman kontrol. Kuman kontrol
Biomerieux,2010)
Strip API 20 Strep terdiri dari miniotube yang berisi dehydrated substrate untuk
memerlukan suspensi bakteri dengan tingkat kekeruhan yang pekat dan berasal dari
Kokus Gram +,
katalase +
Kultur pada blood agar
Tes
resistensi
terhadap
Lysostaphin
Gambar 2.6. Hasil tes kimia positif (bawah) dan negatif (atas) pada API Staph
(Biomerieux,2002).
tingkat kekeruhan yang pekat dan berasal dari koloni yang murni. Proses
baik terjadi secara spontan ataupun setelah penambahan reagen tambahan. Tes
dinilai berdasarkan perubahan pH. Hasil dibaca berdasarkan reading table dan hasil
Setiap API 20 Strep kit berisi masing-masing 25 strip API Strep, kotak
inkubasi, dan lembar hasil. Reagen dan peralatan lain yang dibutuhkan tetapi tidak
termasuk dalam kit adalah reagen VP1,VP2, ZYM A, ZYM B, NIN, mineral oil,
Peralatan yang digunakan pada metode ini antara lain swab, pipette, ampule rack,
tanggal kedaluwarsa reagen dan strip, keutuhan kemasan dan komponen, kerusakan
cupule dan desicant. Strip dan media disimpan pada suhu 2-80C sampai tanggal
Strip API Strep disiapkan sama seperti pada strip API Staph, tutup nampan
dibuka dan dipisahkan dari nampan. Air suling atau demineralized water (air tanpa
zat aditif atau zat kimia yang dapat melepaskan gas seperti Cl2, CO2) dimasukkan
ke dalam honey comb well nampan untuk menciptakan suasana lembab. Referensi
strain atau identitas dicatat pada nampan, jangan mencatat pada tutup nampan
karena dapat tertukar selama pemeriksaan (gambar 2.3 dan gambar 2.4). Strip API
2007).
Columbia Blood Agar yang berumur 18-24 jam yang diinkubasi pada suhu 360C ±
Tabel 2.3 Tes biokimia pada API 20 Strep (Biomerieux, 2006, Biomerieux, 2007)
Bakteri fastidious dikultur pada Schaedler broth pada 360C ± 20C selama 5 jam
kemudian seluruh koloni digenangkan di Columbia Blood Agar dan diinkubasi lagi
selama 18-24 jam. Isolat bakteri yang murni diambil dan dibuat suspensi bakteri
dengan kekeruhan lebih dari 4 Mc Farland dengan melarutkan isolat ke media API
αGAL, ßGUR, ßGAL, PAL, LAP, dan ADH. Diusahakan agar tidak terbentuk
gelembung udara. Tes VP sampai LAP diinokulasi sekitar 100μL. Untuk tes RIB,
ARA, MAN, SOR, LAC, TRE, INU, RAF, AMD, dan GLYG disiapkan suspensi
baru. Ampule API GP medium dibuka, dan semua sisa suspensi bakteri dimasukkan
diinokulasikan ke tes tersebut untuk mengisi bagian tube saja, cupule tidak terisi
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
suspensi. Tes yang ditandai dengan tanda garis bawah “ “ ( ADH sampai GLYG)
diberi mineral oil sampai terbentuk meniskus yang konveks. Nampan kemudian
ditutup dan diinkubasi pada suhu 360C ± 20C selama 4 – 4,5 jam dalam suasana
aerob. Strip kemudian dibaca, jika bakteria belum teridentifikasi maka dilanjutkan
Setelah inkubasi 4 jam, maka ditambahkan 1 tetes reagen VP1 dan VP2
untuk tes VP, 2 tetes reagen NIN untuk tes HIP, serta masing-masing satu tetes
reagen ZYM A dan ZYM B untuk tes PYRA, αGAL, ßGUR, ßGAL, PAL, dan
LAP. Hasil dibaca dengan memasukkan data ke apiweb. Inkubasi ulang dikerjakan
“unacceptable“, “doubtful” atau “not valid”. Inkubasi kedua ini untuk membaca
tes ESC, ADH, RIB, ARA, MAN, SOR, LAC, TRE, INU, RAF, AMD dan GLYG.
Reaksi enzimatik tidak boleh dibaca ulang. Program pemantapan mutu metode ini
2.1.3 API 20 E
terdiri dari 20 compartment microtube untuk tes biokimia. Bahan kimia yang
dipakai untuk tes biokimia pada microtube API 20 E tampak seperti tabel 2.4
(O’Hara,2005; Biomeriux,2008;2009;2010;Darbandi,2010).
Tabel 2.4. Tes biokimia dan reaksi substrat pada API 20E (Biomeriux,2010)
Metode ini memerlukan beberapa reagen dan material lain yang tidak termasuk
dalam paket seperti medium API NaCl 0.85 %, API Suspension Medium, API 20 E
Strip dikemas dalam kemasan clip seal aluminium dengan desiccant sachet, strip
disimpan pada suhu 2-80C dan tahan sampai 10 bulan setelah kemasan aluminium
langsung. Bakteri yang akan diidentifikasi harus diisolasi dahulu di media kultur.
Prosedur identifikasi bakteri dengan API 20 E dapat dilihat pada gambar 2.3
(Biomerieux,2010).
Hasil tes oksidase akan dimasukkan ke lembar hasil akhir. Secara garis besar
langkah pemeriksaan meliputi persiapan strip tes API, persiapan inokulum dan
inokulasi strip API. Setiap strip API terdiri dari nampan inkubasi (tray) dan
tutupnya (lid). Honey combed dalam nampan diisi dengan 5 mL distilled water atau
nampan dan sebaiknya jangan menulis identitas pada tutup nampan karena dapat
tertukar. Nampan (tray) dan tutup nampan (lid) serta penulisan identitas dapat
Inokulum disiapkan dengan membuka ampul media API (NaCl 0,85% 5 mL) atau
dapat juga menggunakan 5 mL saline atau distiled water steril dalam tabung steril.
Isolat bakteri tunggal yang terisolasi dengan baik kemudian diemulsikan ke dalam
tabung tersebut dengan menggunakan PSIpette atau ose steril. Isolat bakteri
Isolat bakteri yang dipakai adalah isolat yang berumur 18-24 jam. Suspensi bakteri
dimiringkan dan microtube diisi dengan menempatkan ujung pipette pada sisi
cupule. Tes ADH, LDC, ODC, H2S dan URE diisi inokulum bakteri hanya pada
tube kemudian bagian cupule diisi mineral oil untuk menciptakan suasana anaerob.
Tes [CIT], [VP] dan [GEL] diisi suspensi bakteri pada tube dan cupule. Tes yang
Darbandi,2010).
nampan ditutup dan diinkubasi pada suhu 360C ± 2 selama 18-24 jam. Strip dibaca
dengan merujuk pada warna rujukan API 20 E (gambar 2.9). Jika tiga atau lebih tes
hasilnya positif, catat hasil spontan pada lembar hasil (gambar 2.10) dan lanjutkan
Tes TDA : tambahkan 1 tetes reagen PDA, hasil positif berwarna cokelat
kemerahan
Tes IND : tambahkan 1 tetes reagen James, reaksi positif menunjukkan warna
Satu koloni
Tes positif
kurang
dari 3
positif atau negatif ke lembar hasil (gambar 2.10). Lembar hasil terdiri dari
kelompok tes yang setiap kelompok berisi tiga jenis tes. Setiap tes mempunyai nilai
1, 2 atau 4. Nilai pada kelompok yang terdiri dari tiga tes tadi dijumlahkan, sehingga
diperoleh tujuh digit angka yang menunjukkan profile bakteri (gambar 2.10 angka
itu 5315173). Identifikasi bakteri profile tersebut dicocokkan dengan tabel profile
atau dapat disesuaikan dengan apiweb software. tujuh digit angka tersebut tidak
cukup untuk identifikasi bakteri pada beberapa kasus, sehingga diperlukan tes
tambahan seperti reduksi nitrat, adanya gas N2, motility (MOB), growth on Mc
(Biomerieux,2010).
Tes reduksi nitrat menjadi nitrit (NO2) dan produksi gas N2 dilakukan
ditunggu 2-5 menit. Warna merah menunjukkan reaksi nitrit positif sedangkan
menunjukkan reaksi N2 negatif, nitrat masih ada di cupule setelah direduksi oleh
media API M, pertumbuhan di media Mc Conkey, media OF-O dan OF-F juga
metode terhadap kuman kontrol yang dilakukan sesuai dengan instruksi. Beberapa
kuman kontrol yang direkomendasikan antara lain Proteus mirabilis ATCC 35659,
13047, Eschericia coli ATCC 25922, Klebsiella pneumonia ssp pneumoniae ATCC
35657 (Biomerieux,2010).
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
Strip API 20NE merupakan sistem identifikasi batang Gram negatif non
Moraxella, Vibrio, Aeromonas dan lain sebagainya. Strip terdiri dari 20 buah
microtube yang mengandung dehydrated substrate untuk tes biokimia. Substrat ini
ataupun setelah ditambahi dengan reagen tambahan. Setiap kit API 20NE terdiri
dari masing-masing 25 buah strip API 20NE, kotak inkubasi, API AUX medium,
dan lembar hasil. Reagen tambahan yang tidak termasuk dalam kit antara lain API
medium, reagen James, reagen NIT 1 + NIT2, dan reagen Zn. Tes biokimia yang
Biomerieux,2010).
Pemeriksaan dengan API 20E, didahului dengan tes oksidase. Hasil tes
oksidase ini akan dimasukkan ke lembar hasil akhir. Secara garis besar langkah
pemeriksaan meliputi persiapan strip tes API, persiapan inokulum, inokulasi strip
API dan interpretasi hasil. Honey comb dalam nampan diisi dengan 5 mL distilled
water atau demineralized water untuk membuat suasana lembab. Identitas penderita
ditulis di nampan dan sebaiknya jangan menulis identitas di tutup nampan karena
dapat tertukar. Persiapan inokulum juga sama dengan API 20E, dimana dibuat
tidak terbentuk gelembung udara. Inokulasi tes NO3 sampai PNPG dilakukan dulu.
Sisa 200 μL suspensi bakteri kemudian dimasukkan ke API AUX Medium dan
[GLU] sampai [PAC]. Tes ini diisi sampai cupule sampai sedikit konveks dan tidak
boleh konkaf. Tambahkan mineral oil sampai cupule pada tes GLU, ADH, dan
dinilai melalui metode dilusi dan difusi. Metode dilusi menilai kemampuan
dalam media broth atau agar. Konsentrasi minimal antibiotika yang dapat
dikenal sebagai Minimum Inhibitory Concentration (MIC). Nilai MIC ini kemudian
dibandingkan dengan konsentrasi obat tersebut dalam serum untuk menilai respon
tertentu yang diletakkan di atas media agar Mueller Hinton. Media ini
antimikroba yang terbentuk oleh difusi dari cakram antibiotika dan hambatan
antibiotika yang diujikan. Hubungan nilai zona hambatan (metode difusi) dengan
MIC (metode dilusi) dalam menentukan respon klinis sebagai sensitif, intermediate
S
S = sensitif
I=intermediate
I R=resisten
R 0,25
S I R MIC μG/mL
yang diinterpretasi sensitif, intermediate dan resisten pada pemeriksaan tes metode
difusi disesuaikan dengan pedoman yang tercantum dalam Clinical And Laboratory
Standards Institute (CLSI). Antibiotika yang dipakai terdiri dari antibiotika grup
pada pemeriksaan tes kepekaan antibiotika dan dilaporkan secara rutin. Antibiotika
mikroba resisten terhadap antimikroba dalam kelas yang sama. Indikasi pelaporan
grup B lainnya antara lain sumber spesimen yang spesifik (misalnya generasi 3
untuk urine), infeksi polimikrobial, infeksi multiple site, kasus alergi, intoleran atau
tambahan yang khusus di suatu tempat karena adanya endemik atau epidemik strain
yang resisten terhadap beberapa obat primer, terapi penderita yang alergi, terapi
Grup U (Urine) merupakan antimikroba yang khusus atau primer digunakan untuk
Antimikroba ini seharusnya tidak dilaporkan rutin untuk infeksi selain infeksi
peralatan dan bahan lain seperti standar kekeruhan Mc Farland, cotton swab steril
dan media agar Mueller Hinton. Standar kekeruhan dapat dibeli atau dibuat dengan
cylinder dan ditambahkan dengan asam sulfat 1% sampai volume menjadi 100 mL.
Standar ini dituangkan ke tabung seperti tabung untuk broth agar dan disimpan
dalam kondisi tertutup di tempat gelap di suhu ruang. Standar ini dapat bertahan
selama 6 bulan. Cotton swab steril diperlukan untuk melakukan pulasan bakteri
yang diuji ke media lempeng agar Mueller Hinton. Media Mueller Hinton plate
agar dibuat dari dehydrated based sesuai dengan instruksi pabrik. Ketebalan media
sekitar 4 mm, dengan volume media kurang lebih 25-30 mL pada plate dengan
diameter 10 cm. Performa media plate ini dinilai dengan menanamkan kuman
kontrol (Patel,2015).
Inokulum disiapkan dari kultur plate primer di mana isolat bakteri yang
diuji diambil dengan sengkelit (gambar 2.12). Sengkelit disterilkan dengan dibakar
terlebih dahulu. Koloni yang diambil adalah koloni yang tampak serupa supaya
isolat yang didapatkan murni. Isolat kemudian dipindahkan ke tabung yang berisi
salin (gambar 2.13). Sengkelit yang berisi bakteri disuspensikan secara merata di
tabung salin.
(Vandepitte,2003).
Lempeng agar Mueller Hinton diinokulasi bakteri dengan cara mencelupkan swab
menekankan dan memutar swab di sisi tabung (gambar 2.15). Ulasan dilakukan
secara merata di permukaan media Mueller Hinton sebanyak tiga kali, putar plate
600 setiap habis aplikasi. Terakhir usapkan swab pada pinggir plate (gambar 2.16).
Gambar 2.20. Pengukuran zona hambatan dengan template (atas) dan interpretasi
template (bawah) (Vandepitte,2003)
digunakan pada tes kepekaan antibiotika disesuaikan dengan pedoman CLSI yaitu
maksimal 12 cakram pada plate dengan diameter 150 mm atau 6 cakram pada plate
dengan diameter 100 mm. Plate yang sudah berisi cakram antibiotika yang diuji ini
ditempatkan dalam inkubator selama 16-20 jam pada suhu 350C. Diameter zona
atau template (gambar 2.18 ;2.19; dan 2.20). Nilai yang didapat disesuaikan dengan
infeksi yang masih berespon terhadap terapi antibiotika dalam dosis yang
fisiologi (misalnya Quinolone atau Beta lactam pada urine) atau dengan
memberikan dosis yang lebih besar sampai dosis maksimal. Resisten di mana
mikroorganisme tidak dihambat oleh antibiotika dosis normal dan atau dosis MIC,
diameter zona hambatan tidak masuk dalam rentang yang diakibatkan oleh
antibiotika, suhu inkubasi, lama inkubasi, ukuran plate, ketebalan media agar, jarak
antara cakram antibiotika di plate, potensi cakram antibiotika dan komposisi media.
Kekeruhan inokulum yang rendah dapat menyebabkan zona hambatan yang lebih
besar sehingga strain akan relatif lebih sensitif. Begitu juga, jika densitas inokulum
memperbanyak diri sehingga zona hambatan menjadi lebih kecil dan strain akan
relatif lebih resisten. Suhu yang lebih rendah dari 350C akan menyebabkan waktu
yang diperlukan untuk pertumbuhan bakteri akan lebih lama sehingga zona
hambatan dapat lebih besar. Dampak dari hal ini akan menyebabkan strain nampak
antibiotika yang dapat dipasang. Jika cakram yang dipasang melebihi kapasitas
plate maka akan mempengaruhi zona hambatan yang terbentuk. Ketebalan media
agar juga dapat berpengaruh terhadap difusi cakram antibiotika. Media yang terlalu
tebal akan menghambat difusi antibiotika sehingga zona yang terbentuk dapat lebih
kecil dan strain nampak relatif lebih resisten. Sedangkan media yang tipis dapat
menyebabkan zona hambatan lebih besar sehingga strain nampak lebih sensitif.
sangat penting untuk pembentukan zona hambatan. Penyimpanan yang lama atau
tidak benar dapat membuat zona hambatan lebih kecil sehingga strain nampak
dapat diawasi lebih mudah seperti densitas inokulum, suhu inkubasi, lamanya
pemasangan cakram dan waktu inkubasi. Faktor yang sulit dievaluasi adalah
komposisi media, variasi kualitas media dan potensi cakram antibiotika. Kontrol
presisi dan akurasi metode ini dilakukan dengan memeriksa strain kontrol yang
antara lain Staphylococcus aureus ATCC 25923, Eschericia coli ATCC 25922 dan
Patel,2015). Contoh hasil pemantapan mutu internal tes kepekaan antibiotika dapat
Gambar 2.21.Contoh lembar hasil quality control tes kepekaan antibiotika harian
dengan bias yang diijinkan (misalkan 16-22 mm, kontrol tanggal 8 keluar rentang)
(Vandepitte,2003).
perusahaan Mindray. Metode ini terdiri dari beberapa alat yaitu TDR-X060
Tabung kultur darah diletakkan pada rak inkubator TDR-X060 dan pertumbuhan
perubahan warna dasar tabung kultur (biru menjadi kuning). Alat ini menilai
menilai tingkat kekeruhan suspensi bakteri dalam botol dalam satuan Mc Farland
kartu reagen TDR (gambar 2.24). Kartu ini terdiri dari sumuran untuk tes
identifikasi bakteri (tiga baris atas A,B,C) dan sisa baris sumuran lainnya untuk tes
2.25) merupakan alat pemipetan otomatis yang digunakan untuk menanam suspensi
analyzer yang menentukan identifikasi dan tes kepekaan antibiotika bakteri. Alat
Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI). Hasil uji kepekaan antibiotika
Uji identifikasi pada metode TDR menggunakan jenis kartu reagen yang
sesuai. Kartu reagen ini teridiri dari 10 jenis kartu yaitu TDR STAPH-64, TDR
STR-64, TDR CB-64, TDR BAC-64, TDR ONE-64, TDR NF-64, TDR VIB-64,
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
TDR NH-64, TDR ANA-64, TDR YEAST-64. Pemilihan kartu reagen yang akan
pada media agar dan pengecatan Gram. TDR YEAST-64 digunakan untuk
2013).
dengan tes katalase positif, sedangkan kokus Gram positif dengan katalase negatif
diidentifikasi dengan TDR STR-64, bakteri batang Gram positif dengan spora
diidentifikasi dengan TDR CB-64. Batang Gram negatif dengan tes oksidase
negatif diidentifikasi dengan TDR ONE-64. Batang Gram negatif dengan oksidase
positif dan fermentasi laktosa diidentifikasi dengan TDR VIB-64 sedangakan yang
non fermentasi laktosa dengan TDR NF-64 (gambar 2.27). Kartu reagen yang
Gambar 2. 27 Pemilihan
KARYA AKHIR
panel identifikasi bakteri dengan TDRI GDE
PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI
300B (Mindray, 2014)
EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
TDR STAPH-64, TDR STR-64, TDR ONE-64 dan TDR NF-64. Substrat kimia
yang digunakan pada kartu tersebut dapat dilihat di tabel 2.6 sampai dengan 2.9
(Mindray,2014).
dengan standar yang ada pada Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI).
Media Mueller Hinton yang digunakan, terdiri dari ekstrak sapi, casein acid
hydrolystate, soluble starch, glukosa, ion inorganik, agar dan deionized water.
Antibiotika yang digunakan pada TDR STAPH-64 terdiri dari 17 antibiotika, pada
TDR STR-64 terdiri dari 13 ntibiotika, TDR ONE-64 terdiri dari 20 antibiotika dan
TDR NF-64 terdiri dari 19 antibiotika. Jenis antibiotika dan kuman kontrol yang
digunakan pada setiap kartu TDR dapat dilihat di tabel 2.10 sampai 2.13.
Isolat bakteri dikatakan sensitif (S) jika hasil jernih pada antibiotika
konsentasi rendah dan tinggi, isolat bakteri intermediate (I) didapatkan hasil yang
keruh pada antibiotika konsentrasi rendah tetapi masih jernih pada konsentrasi
konsentrasi rendah dan tinggi. Jika bakteri tumbuh dalam bentuk partikel tapi kultur
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
antibiotika pada konsentrasi tersebut. Bila terdapat hasil jernih pada antibiotika
konsentrasi rendah, tapi keruh pada antibiotika konsentrasi tinggi, maka tes
dikatakan tidak valid dan harus diulang lagi (gambar 2.28) (Mindray,2013).
Tabel 2.11 Antibiotika pada tes kepekaan antibiotika TDR STR-64 dengan hasil quality
control menggunakan Streptococcus pneumonia ATCC 49619 dan Enterococcus faecalis
ATCC 29212 (Mindray,2013)
No Antibiotika Rentang Quality control Hasil quality control
Tabel 2.12 Antibiotika pada tes kepekaan antibiotika TDR NF-64 dengan hasil
quality control menggunakan Pseudomonas aeruginosa ATCC 29213 (Mindray,2013)
No Antibiotika Rentang Quality control Hasil quality control
ATCC29213 (μg/ml) ATCC29213 (μg/ml)
1 Ampicilin 2-8 ≤8
2 Ampicilin-Sulbactam 2/1-8/4 ≤ 8/4
3 Piperacilin 1-4 ≤ 16
4 Piperacilin- 1/4-4/4 ≤ 16/4
Tazobactam
5 Cefazolin 1-4 ≤ 2 atau 4
6 Ceftriaxon 0,03-0,12 ≤1
7 Ceftazidime 0,06-0,5 ≤4
8 Cefuroxime 2-8 ≤8
9 Cefepime 0,015-0,12 ≤8
10 Cefoxitin 2-8 ≤8
11 Gentamycin 0,25-1 ≤4
12 Tobramycin 0,25-1 ≤4
13 Amikacin 0,5-4 ≤ 16
14 Ciprofloxacin 0.004-0,015 ≤1
15 Levofloxacin 0,008-0,06 ≤2
16 Norfloxacin 0,03-0,12 ≤4
17 Meropenem 0,008-0,06 ≤1
18 Trimethoprim- ≤0,5/9,5 ≤ 2/38
sulfamethoxazole
19 Minocycline 0,25-1 ≤4
20 Aztreonam 0,06-0,25 ≤4
2.4 VITEK 2
mengidentifikasi bakteri dalam rentang yang luas termasuk Gram negatif (GN),
Neisseria haemophilus (NH), dan jamur (YST). Analyzer dan kartu dapat dilihat
pada gambar 2.30 dan 2.31. VITEK 2 menggunakan software advanced expert
kolorimetri, dengan menilai reaksi biokimia, pemakaian karbon pada substrat dan
aktivitas enzim. Pemilihan kartu yang dipakai pada pemeriksaan identifikasi bakteri
berdasarkan hasil pengecatan Gram pada isolat bakteri. Kartu GN digunakan untuk
bakteri aerob Gram negatif sedangkan kartu GP untuk bakteri aerob kokus Gram
positif dan batang tanpa spora. Kartu ANC dipakai untuk identifikasi
identifikasi bakteri batang Gram positif yang membentuk spora (gambar 2.32).
VITEK 2 menggunakan dua kartu pada setiap pemeriksaan yaitu kartu untuk
Biomeriux,2013, Darbandi,2010).
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
yang positif dideteksi secara kolorimetri dan refleksi cahaya. Bakteri yang tumbuh
2013).
Media komplek terdiri dari casein peptone 1%, yeast extract 0,45%,
soybean peptone 0,3 %, meat peptone 0,1 %, sodium polyanethol sulfonate (SPS)
0,0002%, thiamine HCl 0,0001% , komplek asam amino dan subtrat karbohidrat.
Botol BacT/ALERT FA Plus juga mengandung gas N2, O2 dan CO2. Botol
Haemophillus sp dan Neisseria sp. Spesimen darah dengan kadar leukosit yang
tinggi juga dapat dideteksi positif di BacT/ALERT tetapi hasil pengecatan Gram
Keterangan:
Kartu
VITEK 2
Mikro
organisme
dipakai adalah kartu GP dan GN (alur pemilihan kartu ditampilkan pada gambar
2.32). Kartu ini terdiri dari 64 buah sumuran kecil yang mengandung substrat
enzim, alkalisasi dan hambatan pertumbuhan pada inhibitor akan diukur untuk
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
tabung suspensi bakteri di mana kartu dan tabung diletakkan pada suatu rak khusus.
Identifikasi bakteri dinilai secara optikal berdasarkan reaksi uji biokimia yang
identifikasi otomatis untuk bakteri coccus Gram positif yang didasari aktivitas
biokimia, pemakaian karbon dan aktivitas enzim. Terdapat 43 uji biokimia pada
kartu ini yang dilakukan sekitar delapan jam untuk menentukan identifikasi bakteri.
Uji biokimia kartu GP dapat dilihat pada tabel 2.14. Kartu identifikasi Gram negatif
VITEK 2 (GN) merupakan kartu identifikasi otomatis untuk bakteri batang Gram
pada tabel 2.15. Kedua kartu ini hanya sesuai untuk sistem VITEK 2. Sebelum
dan keberadaan dessicant. Kartu disimpan pada suhu 20-80C dalam kemasan yang
tertutup. Sebelum dipakai, kartu dibiarkan dulu pada suhu ruang sebelum kemasan
Jika pola identifikasi yang unik tidak dikenal maka akan diperlihatkan tabel
hasil percent probality. Probalitas 96% - 99% dinyatakan sebagai excellent, 93% -
95% sebagai very good, 89% - 92% sebagai good, 85% - 88% sebagai acceptable
dan keberadaan dua sampai tiga taxa yang memiliki pola yang sama dinyatakan
infeksi ini mampu menghambat atau resisten terhadap antibiotika yang biasa
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
antibiotika dengan konsentrasi berbeda dan serial yang biasanya diencerkan melalui
tekhnik two fold dilution. Interpretasi dari pengukuran MIC dinyatakan sebagai
pada prinsip MIC yang dilaporkan oleh Mac Lowry, Marsh dan Gerlach. Kartu AST
merupakan bentuk miniatur dari tekhnik two fold dilution MIC. Kartu AST terdiri
dari sumuran kecil yang mengandung antibiotika tertentu yang dicampur dengan
media kultur. Setiap kartu AST juga mempunyai sumuran untuk kontrol yang hanya
diisi dengan media kultur. Suspensi bakteri yang dilarutkan dengan saline 0,45%
sehingga diperoleh suspensi bakteri dengan tingkat kekeruhan tertentu. Kartu AST
bakteri di setiap sumuran yang mengandung antibiotika dianalisis dan nilai MIC
disimpan dalam kemasan tertutup. Kartu yang mengalami kerusakan kemasan atau
tidak ada desiccant tidak boleh digunakan. Kartu dibiarkan dulu di suhu ruang
bubuk. Kartu AST digunakan hanya pada VITEK 2 disesuaikan dengan hasil
identifikasi bakteri. Kartu AST GP untuk bakteri Gram positif dengan katalase
positif. Bakteri Gram positif dengan katalase negatif diperiksa dengan kartu AST
ST. Bakteri Gram negatif menggunakan kartu AST GN 93, AST N316, dan AST
N317. Perbedaan ketiga kartu ini terletak pada antibiotika yang digunakan sebagai
isolasi, jika terdapat kerusakan maka kartu tidak dapat digunakan. Volume salin
dalam tabung setelah pengisian kartu juga diperhatikan untuk menjamin pengisian
kuman kontrol dan nilai rujukan dapat dilihat di setiap insert kit jenis kartu AST.
Kuman kontrol yang dianjurkan atau yang dapat diperiksa dengan kartu AST
VITEK 2 antara lain Eschericia coli ATCC 35218, Eschericia coli ATCC 25922,
BAB 3
Bakteremia
Isolat Kepekaan
Identifikasi Bakteri antibiotika
Fenotipe
Keterangan:
Parameter tidak diteliti
Parameter diteliti
aliran darah melalui sistem limfe atau dari ekstravaskuler dikenal sebagai
serius. Produk metabolisme bakteri ini, dapat mengakibatkan sepsis dan syok
sebagai komplikasi yang serius. Faktor yang mempengaruhi infeksi aliran darah
gangguan pertumbuhan flora normal juga ikut berperan dalam infeksi aliran
memasuki aliran darah. Adanya bakteri dalam aliran darah bila ditanam pada
yang dilakukan melalui teknik kultur tertentu. Adanya pertumbuhan ini dikatakan
sebagai pertumbuhan bakteri positif atau kultur positif sedangkan yang tidak
(Forbes,2007; Isenberg,2005).
karakteristik fisik dan metabolik tertentu yang khas untuk strain bakteri tersebut.
Karakteristik yang khas ini dapat dijadikan dasar untuk identifikasi strain bakteri.
Identifikasi yang berdasarkan profil fisik dan metabolik bakteri dikenal sebagai
yang berdasarkan gen bakteri melalui tekhnik Polymerase Chain Reaction (PCR)
dapat dilakukan melalui media yang dibuat sendiri atau dengan media komersial
seperti API. Salah satu metode semiautomatis yang ada adalah TDR-300B,
Biomerieux,2010; Mindray,2013).
terhadap antibiotika. Tes kepekaan antibiotika untuk menilai pola kepekaan isolat
tidak selalu lebih baik dari metode fenotipe karena hanya mampu mendeteksi
resistensi yang dimediasi oleh gen yang diperiksa. Keberadaan gen juga tidak
selalu menjamin pola resistensi yang sesuai karena masih ada faktor gen kontrol
yang mampu membuat gen menjadi tidak fungsional atau tidak terekspresikan.
Tes kepekaan antibiotika secara fenotipe akan menilai aktivitas antibiotika secara
Mindray,2013; Biomerieux,2013).
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
melalui metode difusi cakram, dilusi agar, dan broth dilution. Metode dilusi agar
Metode konvensional difusi cakram antibiotika lebih sering dilakukan dan lebih
praktis. Metode ini dilakukan dengan streaking suspensi bakteri dengan tingkat
diukur dan dibandingkan dengan nilai break point yang terdapat pada pedoman
terhadap tes biokimia. Secara garis besar prinsip reaksi biokimia yang dipakai
enzimatis yang memerlukan inkubasi 2-4 jam, penggunaan sumber karbon, dan
dari produk organik ke pewarna Tetrazolium violet yang terdapat pada sumuran.
secara luas sejak tahun 1971. Metode ini relatif lebih murah dari metode
harganya milyaran rupiah. Metode API menggunakan 20 tes biokimia yang berisi
substrat terdehidrasi dalam minitube yang dikemas dalam strip plastik. Suspensi
diinkubasi dalam waktu tertentu. Hasil reaksi biokimia berupa perubahan warna
disesuaikan dengan nilai rujukan positif atau negatif, dibaca secara manual. Hasil
positif atau negatif ini disesuaikan dengan hasil pada API reading table atau API
web untuk menentukan strain bakteri. Metode API hanya terbatas pada
yang dikembangkan oleh Mindray. Metode ini terdiri dari beberapa sistem yang
dan sistem analisis mikroorganisme. Sistem ini dapat dibeli terpisah sesuai
bahan tes ke setiap sistem harus dikerjakan secara manual. Identifikasi bakteri
dilakukan melalui 20-24 tes biokimia yang terdapat dalam kartu reagen TDR.
menggunakan kartu ID yang terdiri dari 64 sumuran kecil untuk tes biokimia.
Kartu ID yang sering dipakai adalah kartu GP untuk bakteri Gram positif dan
tertentu, yang dibuat dari isolat bakteri akan diaspirasi secara automatis oleh alat.
Hasil reaksi biokimia setelah diinkubasi akan dibaca oleh alat dan dibandingkan
dengan database untuk menentukan strain bakteri. Tes kepekaan antibiotika pada
tingkat kekeruhan tertentu akan diaspirasi oleh alat secara automatis. Hasil
yang memiliki akurasi lebih baik (97,8% sampai 98,02%) dipakai sebagai
TDR-300B dalam menilai resistensi bakteri dari isolat bakteri kultur darah
Bab 4
METODE PENELITIAN
rancangan cross-sectional.
Populasi penelitian adalah isolat bakteri yang berasal dari kultur darah
4.2.2 Sampel
Sampel penelitian adalah isolat bakteri yang berasal dari kultur darah
kriteria inklusi dan eksklusi. Perhitungan besar sampel menggunakan rumus tes
hipotesis untuk proporsi satu sampel, two side test S.K.Lwangsa dan S.Lemeshow,
Keterangan :
n = besar sampel
α = level of significance (5%)
1-ß = power of test (90%)
P1 = test value of population proportion = 83% (Robinson et al,1995)
P2 =anticipated value of the population proportion = 98%
(Mindray,2013)
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
koreksi terhadap besar sampel sebesar 10%, sehingga dalam penelitian ini diambil
33 sampel.
a. isolat bakteri dari kultur darah penderita curiga infeksi aliran darah
b. isolat bakteri tunggal dari kultur darah penderita curiga infeksi aliran
darah
c. isolat bakteri usia dari kultur darah penderita curiga infeksi aliran
darah18-24 jam
Definisi operasional yang digunakan pada penelitian dapat dilihat pada tabel 4.1
Alat dan bahan yang digunakan dalam penelitian dapat dilihat pada tabel 4.2
bakteri untuk menentukan jenis strip API yang digunakan. Isolat kokus
Gram positif dengan katalase positif menggunakan API Staph, kokus Gram
positif dengan katalase negatif memakai API Strep, batang Gram negatif
dengan oksidase negatif memakai API 20E dan batang Gram negatif
dipakai dengan tingkat kekeruhan yang sesuai (0,5 Mc Farland untuk API
Staph dan API 20NE, lebih dari 4 Mc Farland untuk API Strep dan satu
3) Kotak inkubasi disiapkan (nampan dan tutupnya), nampan diisi dengan air
ditulis di nampan supaya tidak tertukar. Strip API yang sesuai hasil tes
hanya pada bagian tube (sedikit underfill), sedangkan substrat dengan tanda
TDR
Susceptibility
medium
5) Uji yang memerlukan suasana anaerob yang ditandai dengan garis bawah
6) Nampan ditutup dan strip diinkubasi pada suhu 360C ± 20C selama 18 – 24
jam (untuk API Staph dan API 20E). API Strep diinkubasi 4 - 4,5 jam
7) Warna hasil uji biokimia dibaca setelah diinkubasi dengan merujuk pada
8) API Staph memerlukan tambahan reagen (VP1 dan VP2 untuk tes VP,
NIT1 dan NIT2 untuk tes NIT, ZYM A dan ZYM B untuk tes PAL).
tambahan (VP1 dan VP2 untuk tes VP, NIN untuk tes HIP, ZYM A dan
ZYM B untuk tes PYRA, αGAL, ßGUR,ßGAL,PAL, dan LAP). Jika hasil
inkubasi kedua selama 24 jam. Inkubasi kedua ini untuk membaca tes ESC,
ADH, RIB, ARA, MAN, SOR, LAC, TRE, INU, RAF, AMD dan GLYG
10) API 20E memerlukan reagen tambahan ( PDA untuk tes TDA, James untuk
tes IND, VP1 dan VP2 untuk tes VP ), API 20NE memerlukan reagen
tambahan (NIT1 dan NIT2 untuk tes NO3, James untuk tes TRP ). Jika
profile bakteri tidak ditemukan atau hasil tes “ not valid “reagen NIT1,
NIT2, dan James dikeluarkan dari tes NO3 dan TRP. Tes ini ditambahi
11) Hasil bacaan dimasukkan ke API web atau disesuaikan dengan API reading
Gambar 4.1 Alur kerja identifikasi bakteri dan tes kepekaan antibiotika
dengan TDR (Mindray,2013)
Kirby Bauer
1) Isolat yang diinokulasikan dipilih dari koloni tunggal yang tampak serupa
lempeng 100 mm
CLSI
atau resisten
4.6.3 Identifikasi dan tes kepekaan antibiotika metode TDR-300B (gambar 4.1)
blood agar dan agar Mc Conkey. Isolat yang akan diinokulasikan dipilih
bakteri untuk menentukan jenis kartu yang akan digunakan. Isolat kokus
Gram positif dengan katalase negatif memakai TDR STR-64, batang Gram
negatif dengan oksidasse negatif memakai TDR ONE-64 dan batang Gram
dengan tingkat kekeruhan yang sesuai (0,5 Mc Farland untuk TDR Staph-
64, TDR ONE-64, dan TDR NF-64 sedangkan 2,0 Mc Farland untuk TDR
Turbidimetre
tip pada probe secara manual. Suspensi bakteri dalam biochemistry medium
seperti sumuran A1, B1, dan A7 pada TDR STAPH-64, sedangkan TDR
ONE-64 ditambahkan mineral oil ke sumuran A1, B1, C1, A3, dan A7.
Sumuran TDR NF-64 ditambahi mineral oil di sumuran A1, B1, C1, dan
B7. Selain itu sumuran TDR NF-64 juga ditambahi sugar oxidation catalyst
di sumuran C3, A4, B4, C4, A5, B5, C5, dan B8.
6) Kartu TDR ditutup dan dimasukkan ke inkubator pada suhu 350C ± 10C
1) Isolat yang diinokulasikan dipilih dari koloni tunggal yang tampak serupa
bakteri untuk menentukan jenis kartu yang akan digunakan. Isolat kokus
dalam tabung plastik bersih secara aseptik untuk membuat suspensi bakteri
bakteri ini tidak boleh lebih dari 30 menit diinokulasi ke kartu VITEK 2.
6) Rak yang berisi suspensi bakteri dan kartu dimasukkan ke vacuum chamber
Data yang terkumpul dilakukan penandaan, disajikan dalam bentuk tabel dan
grafik.
4.8.4.1 Karakter sampel dalam penelitian berbentuk data katagorik (Gram positif
dan Gram negatif, sensitif atau intermediate atau resisten), data numerik
Sampel darah
penderita infeksi
aliran darah
TDR aerobic
culture
Isolat Bakteri
dari kultur darah
Pengumpulan Dan
Analisis Data
Hasil Penelitian
metode API terhadap metode TDR 300B disajikan dalam bentuk tabel dan
grafik.
300B dianalisis berdasarkan uji Wilcoxon Signed Ranks Test dan menghitung
Koefisien Kappa
BAB 5
HASIL PENELITIAN
berbagai aktivitas seperti standarisasi alat dan bahan, tes sterilitas dan tes
keutuhan kemasan, tekhnik penyimpanan dan tekhnik perawatan alat dan bahan
jam pada suhu 350C ± 10C dan dilihat apakah ada pertumbuhan mikroorganisme
media tidak digunakan dalam penelitian. Tes performa metode yang digunakan
digunakan pada penelitian ini dapat dilihat pada tabel 5.1. Hasil penjaminan alat
dan bahan ini menunjukkan alat dan bahan yang digunakan pada pnelitian ini
81
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
dan mikroskop. Reagent dan media yang digunakan tidak ada yang melewati
masa kedaluwarsa dan kemasan masih dalam keadaan utuh (tabel 5.1)
Tabel 5.1 Penjaminan mutu alat dan bahan dalam penelitian (Biomerieux,2003;
Mindray,2013; Vandepitte,2003)
No Alat dan Bahan Tekhnik Pengamatan Hasil
1 Autoclave Pengamatan tingkat air, Sesuai
waktu dan suhu sterilisasi (1210C
selama 15 menit)
2 Inkubator Pengawasan suhu dan waktu Sesuai
untuk inkubasi
3 Mikroskop Membersihkan lensa setelah Sesuai
dipakai, ditempatkan atau ditutup
jika tidak dipakai
4 Refrigerator Pengamatan suhu harian (2 – Sesuai
80C)
5 Media kultur Pengamatan tanggal kedaluwarsa Belum
(blood agar,Mc bahan media, disimpan terhindar kedaluwarsa
Conkey dari matahari/ panas selama
agar,Mueller maksimal 7 hari di refrigerator Sesuai
Hinton agar)
6 Cat Gram dan Pengamatan tanggal Belum
reagent kedaluwarsa, tanda perubahan kedaluwarsa
(presipitat,perubahan
warna,keruh) Sesuai
82
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
Hasil tes sterilitas dilakukan terhadap media blood agar, Mac Conkey
agar dan Mueller Hinton agar yang digunakan dalam penelitian di ketiga
laboratorium. Tes dikerjakan dengan cara 3% media yang dipilih secara acak
ditempatkan dalam inkubator selama 24 jam pada suhu 350C ± 10C. Hasil tes di
yang dibuat tersebut. Tes sterilitas ini merupakan tes rutin yang dikerjakan di
laboratorium tersebut untuk menilai layak atau tidaknya media yang dibuat
untuk digunakan.
5.1.3 Hasil penjaminan mutu melalui tes performa dengan kuman kontrol
cakram antibiotika Kirby Bauer, metode TDR-300B dan metode VITEK 2 pada
Intensif Care Unit (ICU), ruang ROI, ruang rawat inap bedah yang dikumpulkan
dari bulan Juli 2015 sampai dengan bulan Oktober 2015, dengan jumlah
penderita 109 pasien. Sampel dimasukkan ke tabung TDR Aerobic Culture dan
83
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
jamur (gambar 5.1). Penderita infeksi aliran darah ini terdiri dari 14 orang
(42,42%) pria dan 19 orang (57,57%) wanita. Rentang umur penderita berkisar
dari 21 tahun sampai 93 tahun. Bakteri penyebab infeksi aliran darah terdiri dari
Persentase
13,7
Persentase
15,15
84,84
84
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
Persentase
3,03
3,03 3,03 3,03
3,03
3,03
9,09 45,45
9,09
18,18
85
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
Staphylococcus xylosus).
yang sama dengan metode VITEK 2 sehingga akurasi identifikasi metode TDR-
86
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
300B sehingga akurasi metode API terhadap metode TDR-300B adalah 84,84%
(tabel 5.3).
nilai signifikan 1,000 (p<0,05) yang berarti tidak ada perbedaan hasil identifikasi
87
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
VITEK2
-
API Kappa=0,840
p=0,000
-
TDR-
300B
Kappa=0,878
p=0,000
Kappa=0,801
p=0,000
-
Tabel 5.5 Jenis antibiotika yang digunakan pada pemeriksaan dan yang dapat
dianalisis
Bakteri Antibiotika pada Antibiotika pada Antibiotika pada Antibiotika yang
Metode Metode TDR-300B Metode VITEK 2 dapat dianalisis
Konvensional
88
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
89
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
metode tersebut karena pilihan jenis antibiotika tidak selalu sama di ketiga
90
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
91
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
menjadi minor error, mayor error, dan very mayor error. Kesalahan minor
(Coyle,2005).
TDR-300B didominasi oleh kesalahan tipe minor error. Kesalahan very mayor
92
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
Tabel 5.8 Tipe kesalahan tes kepekaan antibiotika metode konvensional Kirby
Bauer dan TDR-300B terhadap metode VITEK 2
Tipe Kesalahan TKA Metode TKA Metode
Konvensional (%) TDR-300B (%)
Minor Error 18 (6,42%) 27 (9,64%)
Mayor Error 13 (4,64%) 9 (3,21%)
Very Mayor Error 12 (4,29%) 13 (4,64%)
Total Kesalahan 43 (15,35%) 49 (17,5%)
Wilcoxon Signed Ranks Test didapatkan nilai signifikan 0,10 (p>0,05) yang
berarti tidak ada perbedaan hasil test kepekaan antibiotika antara kedua metode
(tabel 5.9).
Tabel 5.9 Uji statistik kesesuaian hasil tes kepekaan antibiotika (TKA)
dengan koefisien Kappa
Metode TKA Metode TKA
VITEK2 API TDR-300B
VITEK2
-
TKA
Konvensional
Kappa=0,716
p=0,000
-
Kirby Bauer
TDR-300B Kappa=0,682
p=0,000
Kappa=0,582
p=0,000
-
93
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
BAB 6
PEMBAHASAN
media yang digunakan yaitu TDR Aerobic Culture. Kemungkinan penyebab tidak
tumbuhnya bakteri pada penderita yang diduga mengalami infeksi aliran darah
pengambilan darah untuk kultur dapat mengakibatkan hasil yang negatif palsu.
Evaluasi hasil negatif palsu oleh Klaerner et al didapatkan bahwa tiga dari
Mindray,2014).
mikroorganisme. Volume darah yang dianjurkan untuk setiap botol adalah 5-10
tempat berbeda, tetapi kadang sulit mengambil darah sebanyak itu. Dreyeer
90-95%. Pengambilan darah dari dua tempat berbeda dalam 24 jam jam
pengambilan darah empat kali dalam 24 jam mempunyai sensitivitas sampai 99%
94
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
mikroorganisme akibat gas CO2 yang terbentuk tidak cukup. Hal ini bisa
Gram negatif yang didominasi oleh Eschericia coli dan Klebsiella pneumonia.
mikroorganisme yang paling sering ditemukan pada infeksi aliran darah adalah
Gram negatif yang didominasi oleh Eschericia coli dan Klebsiella pneumonia
Index (API) menunjukkan akurasi yang tidak berbeda dengan metode identifikasi
pada hasil metode VITEK 2. Komposisi substrat yang digunakan kedua metode
ini ada beberapa yang sama tetapi tekhnik pengerjaan dan pembacaan hasil
95
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
secara manual dan dibaca dengan mata telanjang, tidak terlalu mempengaruhi
optimal. Reaksi substrat yang tidak optimal sudah tentu dapat mempengaruhi hasil
bakteri pada metode API tanpa menggunakan alat analysis system. Kemungkinan
kesalahan dalam melihat perubahan warna reaksi substrat pada metode API
dengan mata akan lebih besar dibandingkan metode TDR-300B karena kadang
sulit menentukan apakah reaksi substrat tersebut positif atau negatif. Metode
Mindray,2013).
Contoh perubahan warna yang kadang sulit kami amati untuk menentukan
reaksi positif atau negatif misalkan perubahan warna pada tes NIT (potassium
nitrate) pada metode API20 Staph. Hasil negatif menunjukkan warna pucat-merah
muda pucat, sedangkan reaksi positif ditentukan dari perubahan warna menjadi
merah.. Adanya perubahan warna merah pada reaksi positif dengan warna merah
muda pucat pada reaksi NIT negatif kadang agak sulit ditentukan. Setiap strip API
96
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
mempunyai perbedaan warna yang sulit dibedakan antara reaksi positif atau
negatif
Tabel 6.1 Perbedaan warna reaksi positif dan negatif yang kadang sulit dibedakan
pada pemeriksaan metode API (Biomerieux,2002)
Test Komposisi Reaksi Warna Negatif Warna Positif
API 20 Staph
API 20 E
97
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
API 20 NE
ADH L arginine Arginine Kuning Oranye/merah
dihydrolase muda/merah
URE Urea Urease Kuning Oranye/merah
muda/merah
pada tes biokimianya. Perbedaan warna yang agak sulit dibedakan untuk
menentukan reaksi positif atau negatif yang lain dapat dilihat dari tabel 6.1
A
A
B
A
Gambar 6.1 Lokasi adanya udara pada pemipetan TDR-J100 Automate Dosing
System, udara pada ujung tip (A), udara dalam tip (B)
98
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
24 jam dan membutuhkan tes biokimia dan inkubasi tambahan sehingga akurasi
antara lain pada uji ADH yang seharusnya negatif diinterpretasikan positif, CIT
cloacae (O’Hara,1992;Biomerieux,2002).
URE. ODC yang seharusnya negatif diidentifikasi positif dan URE yang
ADH, ODC, VP, MAN, SOR, RHA, SAC, dan AMY. Kesalahan identifikasi
kemungkinan karena kesalahan interpretasi uji LAC, SAC, NAG, ADH, dan
URE. LAC yang seharusnya negatif diinterpretasi positif, SAC seharusnya negatif
99
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
Metode pemeriksaan TDR-300B hampir semua dilakukan dengan alat, mulai dari
media
terdapat gelembung udara di ujung tip pada proses pemipetan atau volume cairan
dipasang secara manual yang kadang tidak baik hasilnya. Ini mungkin
penambahan oli imersi dilakukan di ruang terbuka seperti kontaminasi bubuk pada
sarung tangan. Adanya bahan asing yang tidak diinginkan ini dapat berpengaruh
System. Metode identifikasi VITEK 2 sebagai metode rujukan dalam penelitian ini
mempunyai akurasi sekitar 95% terhadap kuman kontrol juga dikatakan dapat
100
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
(Mindray,2013; Biomerieux,2013).
antara metode API dan VITEK 2 sebesar 0,840 menunjukkan nilai kesepakatan
antara kedua metode yang hampir sempurna (almost perfect agreement). Nilai
kappa metode API tidak berbeda jauh dengan nilai kappa metode semiautomatis
TDR-300B (0,878) dan uji statistik menunjukkan tidak ada perbedaan bermakna
memerlukan tenaga yang terlatih namun investasi yang diperlukan jauh lebih
cakram antibiotika Kirby Bauer pada penelitian ini sebesar 84,64% terhadap
metode automatis penuh VITEK 2 yang memiliki akurasi sekitar 95%. Angka ini
tidak lebih buruk dari tes kepekaan antibiotika metode semiautomatis TDR-300B
metode konvensional Kirby Bauer antara lain tingkat kekeruhan suspensi bakteri
101
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
bakteri yang lebih rendah akan menyebabkan hasil kepekaan antibiotika tampak
lebih sensitif, begitu pula sebaliknya apabila suspensi bakteri lebih pekat maka
menjadi lebih kecil dan strain tampak lebih resisten. Suhu inkubasi yang lebih
rendah dari 350C akan menyebabkan waktu yang diperlukan untuk pertumbuhan
bakteri akan lebih lama sehingga zona hambatan dapat lebih besar. Dampak dari
hal ini akan menyebabkan strain nampak lebih sensitif. Ketebalan media agar juga
dapat berpengaruh terhadap difusi cakram antibiotika. Media yang terlalu tebal
akan menghambat difusi antibiotika sehingga zona yang terbentuk dapat lebih
kecil dan strain nampak lebih resisten. Sedangkan media yang tipis dapat
menyebabkan zona hambatan lebih besar sehingga strain nampak lebih sensitif
(Vandepitte,2003).
akan membuat zona hambatan tidak sempurna sehingga sulit untuk dibaca.
hambatan. Penyimpanan yang lama atau tidak benar dapat membuat zona
hambatan lebih kecil sehingga strain nampak lebih resisten. Komposisi medium
terhadap komposisi media dapat menyebabkan zona yang lebih besar sehingga
hasil tes kepekaann tampak lebih sensitif. Kesalahan pengukuran diameter zona
102
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
antibiotika (Forbes,2007;Vandepitte,2003).
kesalahan dalam tes kepekaan antibiotika. Kesalahan very major error merupakan
seharusnya resisten. Ini dapat disebabkan oleh tingkat kekeruhan suspensi bakteri
yang rendah, volume suspensi bakteri yang sedikit, suhu inkubasi yang rendah,
media Mueller Hinton agar terlalu tipis atau sedikit, dan kerusakan media.
Kesalahan major error merupakan kesalahan hasil tes kepekaan antibiotika yang
disebabkan oleh tingkat kekeruhan suspensi bakteri yang pekat, volume suspensi
yang terlalu tebal atau volume yang banyak, dan kerusakan pada antibiotika
(Coyle,2005; Vandepitte,2003).
Kesalahan minor error dapat terjadi karena isolat yang seharusnya intermediate
suspensi bakteri yang lebih sedikit, suhu inkubasi yang lebih rendah, media
Mueller Hinton agak tipis atau sedikit, dan kerusakan media juga dapat
103
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
suspensi bakteri yang lebih banyak, media Mueller Hinton agak tebal atau banyak,
(Coyle,2005; Vandepitte,2003).
sebesar 82,5% terhadap metode VITEK 2, sedikit lebih rendah dari metode tes
Sayangnya publikasi metode ini belum banyak ditemukan sehingga agak sulit
antibiotika terdehidrasi tidak sesuai. Adanya gelembung udara pada ujung tip atau
terhadap reaksi kepekaan antibiotika pada isolat bakteri yang diujikan (gambar
6.1). Adanya kontaminasi bahan asing mengingat inokulasi suspensi bakteri dan
penambahan oli imersi dilakukan di ruang terbuka seperti adanya bubuk pada
Biomerieux,2013).
difusi cakram antibiotika Kirby Bauer dengan metode rujukan automatis penuh
104
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
1) Metode pemeriksaan secara fenotipe sudah mewakili metode yang ada saat
2) Isolat bakteri yang diuji berasal dari bakteri penyebab infeksi aliran darah
1) Isolat bakteri yang diuji terbatas pada patogen penyebab infeksi aliran
darah
yang berbeda
105
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
106
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
BAB 7
7.1 Simpulan
2 sebesar 87,87%
84,64%.
TDR-300B adalah 84,85% dan tidak ada perbedaan akurasi yang bermakna
78,21%, dan tidak ada perbedaan akurasi yang bermakna antara kedua
7.2 Saran
DAFTAR PUSTAKA
Isenberg HD, Clarke LM, Della-Latta P, Denys GA, Garcia LS, Hazen KC,
Hindler J, Janda WM, Mangels JI, Master RN, Pezzlo M, Plaffler M, Sewell DL,
Vellozzi EM, 1998, Essential Procedure for Clinical Microbiology, New York,
ASM Press, pp 37-126
Leboffe MJ, Pierce BE, 2011, A Photographic Atlas for the Microbiology
Laboratory fourth edition, Morton Publishing, Englewood Colorado
Mindray, 2013, Orientation Test For TDR 300B Test Card, Changsa, Cina
O’Hara CM, Rhoden DL, Miller JM, 1992, Reevaluation of the API 20E
Identification System versus Conventional Biochemicals for Identification of
Members of theFamily Enterobacteriaceae: a New Look at an Old Product,
Journal of Clinical Microbiology, American Society of Microbiology, vol.30,
no.1. pp123-125
Patel JB, Cockerill FR, Bradford BA, Elioupolus GM, Hindler JA, Jenskin
SG, Lewis JS, Limbago B, Miller LA, Nicolau DP, Powell M, Swenson
JM, Tracksweski MM, Turnidge JD, Weinstein WP, Zimmer BL, 2015,
M100-S25 Performance Standard for Antimicrobial Susceptibility Testing;
Twenty-Fifth Informational Supplement, Wayne USA, Clinical And
Laboratory Standards Institute
KARYA AKHIR PERBANDINGAN HASIL IDENTIFIKASI I GDE EKA SUGIARTHA,dr
ADLN -PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
LAMPIRAN 1
TUJUAN PENELITIAN
Metode API, tes kepekaan antibiotika konvensional difusi cakram , TDR-300B dan
VITEK 2 merupakan metode pemeriksaan isolat bakteri dari kultur dengan bahan
pemeriksaan dapat diambil dari darah. Pemeriksaan kultur darah dapat digunakan
untuk mencari penyebab infeksi bakteri pada darah. Tujuan umum penelitian ini
adalah menganalisis hasil uji identifikasi bakteri dan kepekaan antibiotika antara
metode konvensional (API dan tes kepekaan antibiotika difusi cakram) dengan
metode semiautomatis (TDR-300B) dan metode automatis (VITEK 2) pada isolate
bakteri dari kultur darah. Tujuan khusus penelitian ini adalah menentukan akurasi
metode konvensional terhadap TDR-300B dengan metode rujukan VITEK 2 pada
penderita infeksi aliran darah, menentukan kesesuaian identifikasi bakteri antara
metode konvensional dengan TDR-300B dan VITEK 2, menentukan kesesuaian
kepekaan antibiotika konvensional difusi cakram dengan TDR-300B dan VITEK
2. Penelitian ini akan menghasilkan informasi dan manfaat untuk terapi antibiotika
yang sesuai dengan hasil kultur darah berdasarkan identifikasi bakteri
JAMINAN KERAHASIAAN
Prosedur penelitiaan yang dijalani akan menjamin kerahasiaan peserta penelitian.
Identitas pribadi peserta penelitian (nama, alamat, nomor telp) akan dijamin
kerahasiaanya dan tidak akan dipublikasikan.
PROSEDUR KERJA
Darah yang diambil, dimasukkkan ke dalam tabung kultur darah. Tabung kultur
darah akan diinkubasi pada alat untuk melihat adanya pertumbuhan bakteri. Bila
terdapat pertumbuhan bakteri akan dilakukan pengecatan Gram secara langsung,
identifikasi bakteri dan tes kepekaan antiobiotika dilakukan dengan tiga metode
berbeda. Bila tidak terdapat pertumbuhan bakteri, dianggap kultur darah negatif dan
tidak dilanjutkan pemeriksaan Gram, identifikasi bakteri dan kepekaan antibiotika.
PEMBIAYAAN
Subjek penelitian tidak dibebankan biaya pemeriksaan untuk kultur darah.
Surabaya,.....................
Yang menerima informasi, Yang memberi informasi,
(............................................) (............................................)
Saksi I Saksi II
(..........................................) (.........................................)
Dari pihak peneliti Dari pihak subjek
LAMPIRAN 2
PERSETUJUAN
Surabaya,............................................
Subjek penelitian/wali
(.................................)
Saksi I Saksi II
(..........................................) (.........................................)
Dari pihak peneliti Dari pihak subjek
LAMPIRAN 3
LAMPIRAN 4
Nama :
Umur/Tanggal lahir :
Jenis kelamin :
Alamat :
Diagnosis :
Riwayat terapi :
LAMPIRAN 5
…..
…..
…..
(TKA)
m M VM m M VM
…..
LAMPIRAN 6
Keterangan
+ : reaksi positif sesuai perubahan warna nilai rujukan
- : reaksi negatif sesuai perubahan warna nilai rujukan
* : nilai rujukan API Identification reference
Keterangan
+ : reaksi positif sesuai perubahan warna nilai rujukan
- : reaksi negatif sesuai perubahan warna nilai rujukan
* : nilai rujukan API Identification reference
Hasil performa tes kepekaan antibiotika metode difusi cakram antibiotika Kirby
Bauer dengan kuman control Staphylococcus aureus ATCC 29213
Antibiotika Hasil tes performa Nilai Rujukan*
Amikacin 25 20-26
Azithromycin 24 21-26
Cefoxitin 25 23-29
Chloramphenicol 23 19-26
Ciprofloxacin 25 22-30
Clindamycin 26 24-30
Doxycicline 26 23-29
Erythromycin 24 22-30
Gentamycin 24 19-27
Levofloxacin 27 25-30
Linezolid 28 25-32
Tetracyclin 27 24-30
Trimethoprim- 28 24-32
sulfamethoxazole
Hasil performa tes kepekaan antibiotika metode difusi cakram antibiotika Kirby
Bauer dengan kuman kontrol Eschericia coli ATCC 25922
Hasil performa tes kepekaan antibiotika metode difusi cakram antibiotika Kirby
Bauer dengan kuman kontrol Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853
Keterangan:
* :nilai rujukan dari Mindray
Keterangan:
* :nilai rujukan dari Mindray
Lanjutan
Gentamycin ≤0,5 0,12-1
Erythromycin ≤0,25 0,25-1
Clindamycin ≤0,25 0,06-0,25
Inducible Negatif Negatif
clindamycin
resistance
Quinupristin- ≤0,5 0,25-1
dalfopristin
Linezolid ≤2 1-4
Tetracyclin ≤1 0,12-1
Tigecyclin ≤0,12 0,03-0,25
Rifampicin ≤0,015 0,004-
0,015
Trimethoprim- ≤10 0,5/9,5
sulfamethoxazole
Cefoxitin screen Negatif Negatif
Nitrofurantoin ≤32 8-32
Ciprofloxacin ≤0,5 0,12-0,5
Moxifloxacin ≤0,12 0,015-0,12
Levofloxacin ≤0,12 0,06-0,5
Keterangan:
*:nilai rujukan Clinical and Laboratory Standards Institute dan Biomerieux
Lanjutan
Imipenem ≤2(S) 1-4
Meropenem ≤0,5(S) 0,25-1
Levofloxacin ≤1(S) 0,5-4
Polymyxin B ≤2 (S) 0,5-2
Keterangan:
* :nilai rujukan Clinical and Laboratory Standards Institute dan Biomerieux
LAMPIRAN 7
LAMPIRAN 8
7 52 Cefoxitin R R + R + +
53 Ciprofloxacin R R + R + +
54 Gentamycin R R + R + +
55 Levofloxacin R R + R + +
56 Erytromicin R R + R + +
57 Oxacilin R R + R + +
8 58 Amikacin S S + S + +
59 Ampicilin R R + S - VME -
60 Cefoxitin S R - ME S + -
61 Ceftazidime R S - ME R + -
62 Ceftriaxon R R + I - me -
63 Gentamycin S S + S + +
64 Levofloxacin R R + R + +
65 Meropenem S S + S + +
66 Piperacilin-Tazobactam S S + S + +
9 67 Amikacin S I - me S + -
68 Ampicilin R R + R + +
69 Cefoxitin S R - ME S + -
70 Ceftazidime R R + R + +
71 Ceftriaxon R R + R + +
72 Gentamycin R R + R + +
73 Levofloxacin S S + S + +
74 Meropenem S S + S + +
75 Piperacilin-Tazobactam R R + R + +
10 76 Amikacin S S + S + +
77 Ampicilin R R + R + +
78 Cefoxitin I R - me S - me -
79 Ceftazidime R R + R + +
80 Ceftriaxon R R + R + +
81 Gentamycin S I - me S + -
82 Levofloxacin R S - VME R + -
83 Meropenem S S + S + +
84 Piperacilin-Tazobactam R R + I - me -
11 85 Amikacin S S + S + +
86 Ampicilin R R + R + +
87 Cefoxitin S R - ME S + -
88 Ceftazidime R R + R + +
89 Ceftriaxon R R + S - VME -
90 Gentamycin S S + S + +
91 Levofloxacin R R + R + +
92 Meropenem S S + S + +
93 Piperacilin-Tazobactam I R - me S - me -
12 94 Amikacin S R - ME S + -
95 Ampicilin R R + R + +
96 Cefoxitin I I + I + +
97 Ceftazidime R R + R + +
98 Ceftriaxon R R + R + +
99 Gentamycin S S + S + +
100 Levofloxacin R R + R + +
101 Meropenem S S + S + +
102 Piperacilin-Tazobactam R R + S - VME -
13 103 Amikacin S I - me S + -
104 Ampicilin R R + R + +
105 Cefoxitin S R - ME S + -
106 Ceftazidime R R + R + +
107 Ceftriaxon R R + R + +
108 Gentamycin R R + R + +
109 Levofloxacin R R + R + +
110 Meropenem S S + S + +
111 Piperacilin-Tazobactam S R - ME S + -
14 112 Cefoxitin S S + S + +
113 Ciprofloxacin R S - VME R + -
114 Clindamycin S S + S + +
115 Erytromicin S S + I - me -
116 Gentamycin S S + S + +
117 Levofloxacin R R + R + +
118 Linezolid S S + S + +
119 Oxacilin S R - ME S + -
15 120 Cefoxitin S S + S + +
121 Ciprofloxacin S S + S + +
122 Clindamycin S S + S + +
123 Erytromicin S S + I - me -
124 Gentamycin S S + S + +
125 Levofloxacin S S + S + +
126 Linezolid S S + S + +
127 Oxacilin S S + S + +
16 128 Amikacin S S + S + +
129 Ampicilin R R + R + +
130 Cefoxitin I S - me S - me +
131 Ceftazidime R R + R + +
132 Ceftriaxon R R + R + +
133 Gentamycin S S + S + +
134 Levofloxacin R R + R + +
135 Meropenem S S + S + +
136 Piperacilin-Tazobactam S S + S + +
17 137 Amikacin S S + S + +
138 Ampicilin R R + R + +
139 Cefoxitin I S - me S - me +
140 Ceftazidime R R + R + +
141 Ceftriaxon R R + R + +
142 Gentamycin S S + S + +
143 Levofloxacin R R + R + +
144 Meropenem S S + S + +
145 Piperacilin-Tazobactam I I + I + +
18 146 Ciprofloxacin S S + S + +
147 Clindamycin S S + S + +
148 Doxyciclin S S + S + +
149 Erytromicin S S + S + +
150 Gentamycin S S + S + +
151 Levofloxacin S S + S + +
152 Linezolid S S + S + +
153 Oxacilin S S + S + +
154 Tetracyclin S S + S + +
19 155 Amikacin R R + R + +
156 Ampicilin R R + R + +
157 Cefoxitin R R + R + +
158 Ceftazidime R R + R + +
159 Ceftriaxon R R + R + +
160 Gentamycin R R + R + +
161 Levofloxacin R R + R + +
162 Meropenem R R + R + +
163 Piperacilin-Tazobactam R R + R + +
20 164 Amikacin S S + S + +
165 Ampicilin R R + R + +
166 Cefoxitin S S + R - ME -
167 Ceftazidime S S + S + +
168 Ceftriaxon S S + S + +
169 Gentamycin S S + S + +
170 Levofloxacin S S + S + +
171 Meropenem S S + S + +
172 Piperacilin-Tazobactam S S + S + +
21 173 Amikacin S S + I - me -
174 Ampicilin R R + R + +
175 Cefoxitin R R + R + -
176 Ceftazidime R R + R + +
177 Ceftriaxon R R + R + -
178 Gentamycin I R - me S - me -
179 Levofloxacin S S + S + +
180 Meropenem R R + S + +
181 Piperacilin-Tazobactam R S - VME S - VME +
22 182 Amikacin S S + S + +
183 Ampicilin R R + R + +
184 Cefoxitin R R + I - me -
185 Ceftazidime R S - VME I - me -
186 Ceftriaxon R R + R + +
187 Gentamycin R S - VME R + -
188 Levofloxacin S S + S + +
189 Meropenem S S + S + +
190 Piperacilin-Tazobactam I S - me S - me +
23 191 Amikacin S S + S + +
192 Ampicilin R R + R + +
193 Cefoxitin S S + S + +
194 Ceftazidime R S - VME I - me -
195 Ceftriaxon R S - VME R + -
196 Gentamycin S S + S + +
197 Levofloxacin R R + R + +
198 Meropenem S S + S + +
199 Piperacilin-Tazobactam S S + S + +
24 200 Amikacin S S + S + +
201 Ampicilin R R + R + +
202 Cefoxitin I R - me S - me -
203 Ceftazidime R R + R + +
204 Ceftriaxon R R + R + +
205 Gentamycin S S + S + +
206 Levofloxacin R R + R + +
207 Meropenem S S + S + +
208 Piperacilin-Tazobactam S S + I - me -
25 209 Amikacin S S + I - me -
210 Ceftazidime R R + I - me -
211 Gentamycin R R + R + +
212 Levofloxacin I S - me S - me +
213 Meropenem S R - ME S + -
214 Piperacilin-Tazobactam R R + R + +
26 215 Amikacin S S + S + +
216 Ampicilin R R + R + +
217 Cefoxitin I R - me S - me -
218 Ceftazidime R R + R + +
219 Ceftriaxon R R + R + +
220 Gentamycin S S + S + +
221 Levofloxacin R R + R + +
222 Meropenem S S + S + +
223 Piperacilin-Tazobactam S R - ME I - me -
27 224 Amikacin S S + S + +
225 Ampicilin R R + R + +
226 Cefoxitin S S + S + +
227 Ceftazidime R R + S - VME -
228 Ceftriaxon R R + R + +
229 Gentamycin S S + S + +
230 Levofloxacin R R + R + +
231 Meropenem S S + S + +
232 Piperacilin-Tazobactam S S + S + +
28 233 Ciprofloxacin R R + R + +
234 Clindamycin R R + R + +
235 Erytromicin R R + R + +
236 Gentamycin S R - ME S + -
237 Levofloxacin R S - VME R + -
238 Linezolid S S + S + +
239 Oxacilin R R + R + +
240 Tetracyclin R R + R + +
241 Trimethoprim-sulfametoxazol S R - ME S + -
29 242 Amikacin R R + R + +
243 Ceftazidime R R + R + +
244 Gentamycin R R + R + +
245 Levofloxacin I S - me I + -
246 Meropenem R R + R + +
247 Piperacilin-Tazobactam R R + R + +
30 248 Amikacin S S + S + +
249 Ampicilin R R + R + +
250 Cefoxitin S S + S + +
251 Ceftazidime S S + S + +
252 Ceftriaxon S S + S + +
253 Gentamycin S S + S + +
254 Levofloxacin R R + R + +
255 Meropenem S S + S + +
256 Piperacilin-Tazobactam S S + S + +
31 257 Amikacin S S + I - me -
258 Ceftazidime R R + R + +
259 Gentamycin R R + R + +
260 Levofloxacin I S - me S - me +
261 Meropenem S S + S + +
262 Piperacilin-Tazobactam R S - VME R + -
32 263 Amikacin S S + S + +
264 Ampicilin R R + R + +
265 Cefoxitin S R - ME R - ME +
266 Ceftazidime S S + S + +
267 Ceftriaxon S S + S + +
268 Gentamycin S S + S + +
269 Levofloxacin S S + R - ME -
270 Meropenem S S + S + +
271 Piperacilin-Tazobactam S S + S + +
33 272 Amikacin S S + R - ME -
273 Ampicilin R R + R + +
274 Cefoxitin S S + R - ME -
275 Ceftazidime R R + R + +
276 Ceftriaxon R R + R + +
277 Gentamycin S S + R - ME -
278 Levofloxacin R R + R + +
279 Meropenem S S + R - ME -
280 Piperacilin-Tazobactam S S + I - me -
Total sesuai 237 231 219
Akurasi 84,64% 82,5% 78,21%
Keterangan: S=sensitif; I=intermediate; R=resisten; +=hasil sesuai; - = hasil tidak sesuai; me=minor error;ME=mayor error; VME=very mayor error;
LAMPIRAN 9
Analisis Statistik
` Crosstabs
Symmetric Measures
Value Asymp. Std. Errora Approx. Approx. Sig.
Tb
Measure of Agreement .840 .072 10.530 .000
Kappa
N of Valid Cases 33
a. Not assuming the null hypothesis.
b. Using the asymptotic standard error assuming the null hypothesis.
Crosstabs
VITEK2 Total
TDR E. coli S. K. A. P. E. S. P. S. S.
aureus pneumoniae baumanii aeroginosa cloacae hominis mirabilis marscescens cohnii
E coli 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15
S aureus 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3
K. 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 5
pneumoniae
A. baumanii 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 2
P. aeroginosa 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1
E. cloacae 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 2
S. hominis 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
P. mirabilis 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
S. 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1
marscescens
S. xylosus 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1
S. maltophilia 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1
Total 15 3 6 3 1 1 1 1 1 1 33
Symmetric Measures
Value Asymp. Std. Errora Approx. Tb Approx. Sig.
Measure of .878 .064 10.967 .000
Kappa
Agreement
N of Valid Cases 33
a. Not assuming the null hypothesis.
b. Using the asymptotic standard error assuming the null hypothesis.
Crosstabs
E. coli 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
S. aureus 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1 0 4
K. pneumoniae 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5
A. baumanii 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 2
P. aeroginosa 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1
E. cloacae 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 3
S. hominis 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1
P. mirabilis 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
S. marscescens 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
E. aeroginosa 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1
Total 15 3 5 2 1 2 1 1 1 1 1 3
Symmetric Measures
Value Asymp. Std. Errora Approx. Tb Approx. Sig.
Measure of Agreement .801 .078 10.231 .000
Kappa
N of Valid Cases 33
a. Not assuming the null hypothesis.
b. Using the asymptotic standard error assuming the null hypothesis.
Crosstabs
Chi-Square Tests
Value Exact Sig. (2-sided)
McNemar Test 1.000a
N of Valid Cases 33
a. Binomial distribution used.
Crosstabs
Symmetric Measures
Value Asymp. Std. Errora Approx. Tb Approx. Sig.
Measure of Agreement .716 .038 13.439 .000
Kappa
N of Valid Cases 280
a. Not assuming the null hypothesis.
b. Using the asymptotic standard error assuming the null hypothesis.
Crosstabs
Symmetric Measures
Value Asymp. Std. Errora Approx. Tb Approx. Sig.
Measure of Agreement .682 .039 13.550 .000
Kappa
N of Valid Cases 280
a. Not assuming the null hypothesis.
b. Using the asymptotic standard error assuming the null hypothesis.
Crosstabs
Symmetric Measures
Value Asymp. Std. Errora Approx. Tb Approx. Sig.
Measure of .582 .043 11.224 .000
Agreement
Kappa
N of Valid Cases 280
a. Not assuming the null hypothesis.
b. Using the asymptotic standard error assuming the null hypothesis.
NPar Tests
Ranks
N Mean Rank Sum of Ranks
Negative Ranks 37a 34.49 1276.00
Positive Ranks 27b 29.78 804.00
TDR - KONV
Ties 216c
Total 280
a. TDR < KONV
b. TDR > KONV
c. TDR = KONV
Test Statisticsa
TDR - KONV
Z -1.641b
Asymp. Sig. (2-tailed) .101
a. Wilcoxon Signed Ranks Test
b. Based on positive ranks.