BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Tubuh manusia tersusun atas berbagai macam senyawa organik salah satunya
adalah apa yang kita kenal sebagai Asam Nukleat. Asam Nukleat terdapat didalam inti
sel, hal ini mengindikasikan pentingnya Asam Nukleat dalam menopang seluruh
proses kehidupan dalam tubuh. Dalam kenyataannya, memang kode genetik yang
tesimpan dalam rantaian DNA digunakan untuk membuat protein, kapan, dimana dan
seberapa banyak.

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan

sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi
genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari
sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai
struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa
nukleotida (basa N). Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali
pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium Hoppe-
Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka,
kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh
inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim
pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap
inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam.
kemudian zat ini dinamakan “nuclein” sekarang dikenal dengan nama
nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu
senyawa pembentuk sel dan jaringan normal. Oleh karena itu maka penulis sangat
tertarik untuk menelaah lebih mendalam apa sebenarnya Asam Nukleat yang
merupakan suatu bagian penting dari mahkluk hidup di dalam makalah ini.

1
1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang diatas. Maka penulis dapat merumuskan beberapa

masalah yang akan dibahas selanjutnya. Adapun rumusan masalah tersebut adalah:

1. Apa pengertian Asam Nukleat ?

2. Bagaimana struktur Kimia Asam Nukleat ?

3. Apa yang dimaksud Nukleosida dan nukleotida ?

4. Apa yang dimaksud Ikatan fosfodiester ?

5. Bagaimana Sekuens asam nukleat ?

6. Bagaimana Struktur tangga berpilin (double helix) DNA dan

Modifikasi

struktur molekul RNA ?

7. Apa saja Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat ?

1.3 Tujuan

Sejalan dengan latar belakang dan rumusan masalah diatas, adapun tujuan yang
ingin dicapai adalah sebagai berikut.

1. Untuk mengetahui pengertian Asam Nukleat

2. Untuk mengetahui bagaimana struktur kimia Asam Nukleat.

3. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Nukleosida dan

nukleotida.

4. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Ikatan

fosfodiester.

5. Untuk mengetahui bagaimana sekuens dari Asam Nukleat.

6. Untuk mengetahui bagaimana Struktur tangga berpilin (double

helix) DNA

dan Modifikasi struktur molekul RNA.

7. Untuk mengetahui apa saja sifat-sifat kimia dari Asam Nukleat.

2
1.4 Manfaat

Penulisan makalah ini diharapkan dapat bermanfaat bagi pembaca agar

mengetahui dan memperdalam pengetahuan tentang asam nukleat itu sendiri.
Penulisan makalah ini juga bermanfaat bagi penulis karena dengan menulis makalah
ini penulis dapat menambah wawasan tentang penerapan konsep Biokimia dalam
bidang kelautan.

3
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan

sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi
genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari
sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai
struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa
nukleotida (basa N). Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan,
menstransmisi, dan mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara(intermediary
metabolism) dan reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim
pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim
reaksi oksidasi reduksi.

2.2 Struktur Kimia Asam Nukleat

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau

deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama
terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa,
sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi
C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa (Gambar 2.1.b).

Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa
N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatic
heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan,
yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik),
sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan
juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin
ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas
sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat
4
urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi
nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.

Gambar 2.1. Komponen-komponen asam nukleat

a) gugus fosfat
b) gula pentosa
c) basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N lah
yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens)
basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya.
Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan
basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam
nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.

2.3 Nukleosida dan Nukleotida

Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen
(1’, 2’, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi
pada cincin basa. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa
purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik
(Gambar 2.2). Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Di atas telah
disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida,

5
yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah
basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai
nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya
adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul
ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga
gugus fosfat.

Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya
dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan
ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin
monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah
deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2’-deoksiribo)nukleosidanya terdiri
atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin.

2.4 Ikatan fosfodiester

Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada
asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan
antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan gugus hidroksil pada
posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester
karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester (Gambar 2.2).

Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan
gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua
nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai
polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh
ikatan fosfodiester. Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom
6
dan plasmid bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya
berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5’ gula pentosa. Oleh karena itu, ujung
ini dinamakan ujung P atau ujung 5’. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang
terikat pada posisi 3’ gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung
3’. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai
arah tertentu. Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat
bermuatan negatif. Inilah alasan pemberian nama ’asam’ kepada molekul
polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N. Kenyataannya,
asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang
sangat bermuatan negatif.

2.5 Sekuens asam nukleat

Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas suatu
molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul asam
nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja. Selanjutnya, dalam
penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5’ di
sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan. Sebagai contoh, suatu sekuens DNA dapat
dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu sekuens RNA dituliskan 5’-
GGUCUGAAUG-3’. Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh
sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang
memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut
dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5’→ 3’, sedangkan yang lain 3’→
5’).

2.6 Struktur tangga berpilin (double helix) DNA dan Modifikasi struktur
molekul RNA

Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model struktur

molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan dasar
dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA. Model tersebut
dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Secara alami DNA pada umumnya
mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini.

Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai
polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan.
7
Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan,
sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang
sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal ini, basa
A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya, sedangkan
basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh
ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan
hydrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen
rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida
terikat satu sama lain dan saling komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada
salah satu rantai diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.
19 Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka jarak
antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap.
Dengan perkataan lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satu
dibaca dari arah 5’ ke 3’, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’. Jadi,
kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel).

Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0,34 nm. Sementara itu, di
dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara dua basa
yang tegak lurus di dalam masing-masing rantai menjadi 3,4 nm. Namun, kondisi
semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium larutan fisiologis
dengan kadar garam rendah seperti halnya yang terdapat di dalam protoplasma sel
hidup. DNA semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B atau bentuk yang sesuai
8
dengan model asli Watson-Crick. Bentuk yang lain, misalnya bentuk A, akan dijumpai
jika DNA berada dalam medium dengan kadar garam tinggi. Pada bentuk A terdapat
11 pasangan basa dalam setiap putaran spiral. Selain itu, ada pula bentuk Z, yaitu
bentuk molekul DNA yang mempunyai arah pilinan spiral ke kiri. Bermacam-macam
bentuk DNA ini sifatnya fleksibel, artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain
bergantung kepada kondisi lingkungannya.

Tidak seperti DNA, molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal sehingga
tidak memiliki struktur tangga berpilin. Namun, modifikasi struktur juga terjadi akibat
terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri (intramolekuler).
Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA, kita mengenal tiga macam RNA,
yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA), RNA pemindah atau transfer RNA
(tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Struktur mRNA dikatakan sebagai struktur
primer, sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai struktur sekunder.
Perbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut berkaitan dengan
perbedaan fungsinya masing-masing.

2.7 Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat

Beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat :

a. Stabilitas asam nukleat

Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun
struktursekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi
stabil akibatadanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan.
Padahal, sebenarnyatidaklah demikian. Ikatan hidrogen di antara pasangan-
pasangan basa hanya akan samakuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan
molekul air apabila DNA berada dalambentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen
jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitasstruktur asam nukleat, tetapi sekedar
menentukan spesifitas perpasangan basa.Penentu stabilitas struktur asam nukleat
terletak pada interaksi penempatan(stacking interactions) antara pasangan-
pasangan basa. Permukaan basa yang bersifathidrofobik menyebabkan molekul-
molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan
tersebut menjadi kuat.

b. Pengaruh asam
9
 Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari
100ºC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen 21
komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan
glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat
dikatakan bersifat apurinik.

c. Pengaruh alkali

Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan

status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan
perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul
tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan
terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA
mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH
netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan
dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula
ribosanya.

d. Denaturasi kimia

Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat

pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan
formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa
tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder asam
nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.

e. Viskositas

DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi

karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai
beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang.
Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan
mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi
sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri
ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.

f. Kerapatan apung

10
 Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung
(bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan
berat 22 molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai
kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan
ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka garam CsCl yang
pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan.
Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai
dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam
tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi
isopiknik.

Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar
tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA
maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk keperluan
analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi
kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 + 0,098% (G + C).

BAB III

PENUTUP

3.1 Kesimpulan

11
 Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan
sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi
genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari
sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur
yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa
N).

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau

deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama
terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa,
sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi
C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa.

Nukleosida adalah kompleks gula-basa pada basa pirimidin melalui ikatan

glikosidik atau glikosilik. Sedangkan Nukleotida secara umum sebenarnya adalah
nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat.

Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada
asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan
antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi
3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena
secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester.

Sekuens asam nukleat atau pengurutan asam nukleat adalah proses penentuan
urutan nukleotida pada suatu fragmen DNA atau RNA. Sebagai contoh, suatu sekuens
DNA dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu sekuens RNA dituliskan 5’-
GGUCUGAAUG-3’. Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh
sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang
memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut
dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5’→ 3’, sedangkan yang lain 3’→ 5’).

Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai
polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan.
Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan,
sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang
12
 sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal ini, basa
A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya, sedangkan basa
G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan
hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hydrogen
rangkap dua, sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga.
Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu
sama lain dan saling komplementer.

Asam Nukleat memiliki sifat fisika dan kimia antara lain Stabilitas asam nukleat,
Pengaruh Asam, Pengaruh Alkali, Denaturasi kimia, Viskositas dan kerapatan Apung.

3.2 Saran
Adapun saran yang dapat penulis sampaikan adalah agar pembaca dapat
menambahkan pengetahuan mengenai Asam Nukleat dari literatur-literatur yang ada.
Selain itu kita juga dapat mengkomposisikan berbagai macam konsep Asam Nukleat
yang ada untuk membantu kita mahasiswa budidaya kelautan dalam melakukan aktvitas
di laboratorium kelak yang tentunya masih memiliki hubungan dengan bidang kelautan
itu sendiri.

13