Laporan Praktikum Genetika

ISOLASI DNA DARAH

Nadia Rizki Shabrina*, A. N. Latifah, F. M. Normasiwi, I. Nurazizah, M. Fitroh, M. Farhan, M. F. Purwanto,

R. D. Rachmawati, S. J. Sindhuarta, Y. Wulandari, A. Fakhriddinov, E. Mahfudhoh, K.A. Azlou
Universitas Indonesia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Departemen Biologi
Mei 2015

Abstrak

DNA merupakan informasi genetik pada makhluk hidup yang dapat diwariskan dari generasi ke generasi dan
berupa untai ganda yang berpilin. DNA pada sel hewan terdapat di nukleus dan mitokondria, juga kloroplas pada sel
tumbuhan. DNA dapat ditemukan pada darah, semen, urin, saliva, rambut, kuku, gigi, tulang, jaringan maupun feses. DNA
dapat dipelajari dengan menggunakan metode isolasi DNA, yaitu teknik yang dilakukan untuk memisahkan DNA dengan
zat lain dari suatu sel. Prinsip kerja dari isolasi DNA adalah isolasi jaringan atau sampel, pelisisan dinding dan membran
sel, ekstraksi DNA, pengendapan DNA, pemurnian DNA, dan pengawetan DNA. Telah dilakukan praktikum isolasi DNA
darah dengan menggunakan medium darah.

Kata kunci: DNA, isolasi.

1. Pendahuluan

Didalam inti sel suatu organisme, terdapat materi
genetik. Materi genetik ini harus mempunyai kemampuan
untuk mengkode suatu informasi secara spesifik dan
menggandakan suatu informasi secara tepat (NCBI-
Griffiths dkk: 2000). Contoh dari materi genetik adalah
DNA/RNA, gen dan kromosom. DNA dan RNA dimiliki
oleh organisme prokariotik, sedangkan eukariotik hanya
memiliki RNA. DNA/RNA adalah informasi genetik
yang dibentuk oleh asam deoksiribonukleat untuk DNA
atau Ribosanukleat untuk RNA (Solomon dkk 2005: 38).

*)Kelompok 4D 1
 Sel prokariotik memiliki DNA yang tersebar di dalam
sel dan DNA yang tidak berasosiasi dengan protein histon
sehingga DNA terburai didalam sitoplasma. DNA pada
sel prokariotik berbentuk rantai single helix. beberapa
DNA tambahan pada bakteri dapat ditemukan diorganel
bernama plasmid (Pierce 2005: 17). Sel eukariotik
memiliki DNA yang berasosiasi dengan protein bernama
histon lalu membentuk kuparan padat yang disebut
kromosom (Pierce 2005: 17). DNA pada sel eukariotik
terdapat didalam nukleus. Sebagian besar DNA pada sel
hewan terdapat didalam inti sel dan sebagian kecil ada di
dalam mitokondria. Sedangkan DNA pada sel tumbuhan
terdapat pada nukleus, mitokondria juga kloroplas.
Menurut Watson dan Crick, DNA disusun oleh basa
purin yaitu adenin dan guanin, dan basa pirimidin yaitu
timin dan sitosin. DNA juga mengandung gula
deoksiribosa, gugus fosfat, dan basa nitrogen yang
semuanya dinamakan susunan nukleotida (Suryo 2008:
68). Susunan basa kimia ini akan mengandung informasi
untuk komposisi penyusun suatu organisme tertentu.
DNA dapat menggandakan dirinya dan nantinya berperan
dalam proses pembelahan sel (Genetic home refrence:
2015). Basa-basa nitrogen pada rantai yang satu dengan
rantai lainnya saling berpasangan dengan ikatan hidrogen.
Basa jenis purin selalu berpasangan dengan basa jenis
pirimidin. Adenin akan berpasangan dengan timin dengan
dua ikatan hidrogen. Guanin akan berpasangan dengan
sitosin dengan tiga ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen
berfungsi menstabilkan struktur DNA tersebut dan
mempermudah penguraian DNA saat melakukan
replikasi dan transkripsi. Struktur DNA adalah double
helix atau pilinan berganda (Campbell dkk. 2008: 305-
306).
Berdasarkan letak ditemukannya di dalam sel, DNA
eukariotik dikategorikan menjadi dua yaitu, DNA
2
kromosomal dan DNA sitoplasma. DNA kromosomal
merupakan DNA yang ditemukan di kromosom atau
didalam nucleus, sedangkan DNA sitoplasma merupakan
DNA yang ditemukan di sitoplasma khususnya
mitokondria dan kloroplas (TNAU Agritech Portal 2012:
10). Nuclear DNA atau DNA inti merupakan DNA yang
berbentuk linier dan berasosiasi dengan protein histon
berada di dalam kromosom. DNA inti mengandung lebih
banyak informasi genetik dibandingkan DNA lain. DNA
inti mengandung 30.000-40.000 gen, sedangkan DNA
mitokondria hanya mengandung 37 gen (University of
North Texas 2007: 1).
DNA mitokondria terletak di bagian matriks
mitokondria, berbentuk sirkular, dan memiliki beberapa
gen yang memproduksi protein metabolisme esensial.
Dari 37 gen yang ada pada mitokondria, 13 gen
memproduksi enzim yang terlibat dalam fosforilasi
oksidatif, atau pembentukan energi utama dari sel. 24 gen
lainnya menyediakan informasi untuk pembuatan tRNA
dan rRNA (Genetic Home Refrence 2015: 1). DNA
mitokondria hanya diwariskan dari ibu, karena saat proses
fertilisasi, mitokondria pada sel sperma tidak ikut masuk
ke dalam sel telur. Hal ini menyebabkan DNA
mitokondria dapat digunakan untuk melacak garis
keturunan keluarga dan untuk identifikasi forensik. DNA
mitokondria juga dapat mempelajari hubungan antar
kelompok populasi manusia di dunia (University of North
Texas 2007: 1).
DNA kloroplas hanya terdapat pada sel tumbuhan dan
terletak pada stroma kloroplas, berbentuk sirkular,
berukuran lebih besar daripada DNA mitokondria
(McClean 1997: 1). DNA kloroplas mengandung DNA
molekul yang homogen dan terdapat 30-50 gen RNA dan
beberapa gen pengkode (De Las Rivas dkk 2015: 1).
Secara keseluruhan DNA kloroplas mengandung 100-200
gen yang berfungsi untuk fotosintesis dan beberapa fungsi (QuickExtract Plant DNA Extraction). Kelebihan dari
lain dari kloroplas (Howe 2012: 1). metode KIT ini adalah prosedur kerja yang simpel, proses
Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi DNA dari pengerjaan yang cepat, dan tidak menggunakan bahan
suatu sel sebagai tahap awal suatu analisis genetik. kimia berbahaya seperti kloroform dan memerlukan
Secara umum, tahap isolasi DNA dimulai dari penanganan yang mudah. Metode KIT tersebut hanya
pengambilan sampel sel, pelisisan membran dan/atau memerlukan satu jenis reagen dan dua kali inkubasi tanpa
dinding sel, ekstraksi DNA, presipitasi DNA, pemurnian proses penggerusan dan sentrifugasi (University of
DNA, dan pengawetan DNA (Gaikwad 2010: 2). DNA Queensland 2003: 4).
manusia dan hewan biasanya diperoleh dari darah dan Praktikum ini dilakukan dengan tujuan mengisolasi
jaringan dalam. Namun DNA juga dapat diektraksi dari DNA dari darah, dan memahami teknik pengisolasian
semen, saliva, akar rambut, urine, dan gigi (Medical DNA dari darah..
Genomics 2004: 1). Isolasi DNA juga berfungsi sebagai
media pembelajaran genetik, dapat mengetahui kelainan 2. Metodologi
genetik yang diderita (University of Utah 2015: 1).
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum isolasi
Aplikasi dari isolasi DNA adalah untuk identifikasi
DNA darah antara lain mesin sentrifugasi, vortex, tabung
forensik, beberapa gen tertentu dapat diproduksi secara
sentrifugasi, mikropipet + tips, pipet transfer, tube,
massal untuk mengobati penyakit tertentu, dan teknologi
lanset, gloves, masker, dan inkubator. Bahan-bahan yang
DNA rekombinan dapat digunakan untuk rekayasa
digunakan antara lain darah sebanyak 300 µl, larutan
genetika (University of Utah 2015: 1).
pelisis eritrosit, larutan pelisis leukosit, RNAse, larutan
Sel hewan dapat diisolasi lewat darah, sedangkan pada
presipitasi protein, isopropanol, etanol 70% dan tris-
sel tumbuhan umumnya diisolasi dari organ daun. Metode
EDTA.
tradisional untuk mengisolasi DNA tumbuhan dengan
Langkah kerja yang pertama ialah darah diambil
menggunakan teknik CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium
sebanyak 300 µl dengan menggunakan mikropipet dari
Bromide). Hal penting yang harus diperhatikan pada
ujung jari steril yang telah dilubangi dengan lanset. Lalu
teknik CTAB yaitu pelisisan dinding sel agar DNA dapat
darah dimasukan pada tube dan diberi larutan pelisis
diamatai. Pada saat pemurnian DNA, partikel lain akan
eritrosit. Lalu tabung diinkubasi selama kurang lebih 10
dipisahkan lewat sentrifugasi dengan kloroform. Reagen
menit lalu setelah itu di sentrifugasi selama 10 menit
yang digunakan antara lain CTAB buffer, etanol 70%,
dengan kecepatan 2.500 rpm. Setelah itu supernatan
amonium asetat, kloroform, tris-EDTA, RNAse, dan
kemudian dibuang. Tambahkan lagi 4,5 ml larutan pelisis
isopropanol. Teknik CTAB melibatkan proses cukup
eritrosit lalu gunakan vortex untuk homogenisasi. Lalu
rumit karena tumbuhan harus digerus yang selanjutnya di
sentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 2.500
inkubasi pada waterbath, dan terakhir di sentrifugasi
rpm. Setelah itu supernatan kembali dibuang.
(University of Queensland 2003: 1-3).
Pelet yang didapat kemudian ditambahkan 1 ml
Isolasi DNA tumbuhan juga dapat dilakukan dengan
larutan pelisis leukosit lalu tambahkan 1,5 µl RNAse, lalu
teknik yang lebih modern, atau disebut dengan teknik KIT
homogenisasi campuran dengan cara membolak-balikkan

3
tabung. Lalu tabung diinkubasi selama 15 menit pada darah. Lanset digunakan untuk melubangi ujung jari
suhu 37ºC. lalu tambahkan 500 µl larutan presipitasi tempat pengambilan darah (Weiner 2010: 443). Inkubator
protein dan gunakan vortex untuk homogenisasi. atau waterbath digunakan untuk mengontrol temperature,
Selanjutnya tabung di sentrifugasi selama 15 menit keamanan dan goncangan pada status yang tetap
dengan kecepatan 3.000 rpm. Setelah selesai, supernatan (Microguide 2010: 1).
berisi DNA dituang ke tabung berisi 4 ml isopropanol Larutan pelisis sel darah merah mengandung NH4Cl
dingin dan dibolak-balikkan secara perlahan. Selanjutnya sebagai garam dan berfungsi sebagai pengoptimalisasi
tabung di sentrifugasi selama 5 menit dengan kecepatan pelisisan sel darah merah tanpa menyebabkan efek yang
3.000 rpm. Supernatan selanjutnya dibuang dan pellet berarti pada sel darah putih (Stemcell Technologies 2014:
ditambahkan 4 ml etanol 70% dingin dan dibolak- 1), EDTA (Ethylenediaminetetra Acetic Acid) berfungsi
balikkan. Selanjutnya tabung di sentrifugasi selama 5 untuk mengikat ion metal yang mempunyai +2 (Mg2+ dan
menit dengan kecepatan 3.000 rpm. Selanjutnya tabung Ca2+) yang dapat menghambat mereka untuk bereaksi dan
dibolak-balikkan dan DNA dikeringkan selama 15 menit. mereduksi aktivitas DNAse (Brennan 2010: 1), KHCO3
Lalu tambahkan tris-EDTA 0,5 ml. selanjutnya sampel berfungsi sebagai laturan penyangga atau buffer (Protocol
DNA siap digunakan dan disimpan pada suhu 4ºC. Online 2006: 1), KOH digunakan untuk menaikkan pH
(Nuansakimia 2009: 1), sedangkan HCl digunakan untuk
3. Hasil dan Pembahasan menurunkan pH larutan (Ash 2011: 1)
Larutan pelisis sel darah putih mengandung Tris-HCl
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum isolasi
sebagai larutan buffer, EDTA, SDS (Sodium
DNA darah antara lain mesin sentrifugasi, vortex, tabung
sentrifugasi, mikropipet + tips, pipet transfer, tube, DodecylSulfate) sebagai melaarutkan membrane dan
lanset, gloves, masker, dan inkubator. Bahan-bahan yang protein yang terdenaturasi, RNAse sebagai
digunakan antara lain darah sebanyak 300 µl, larutan penghancur RNA, larutan presipitasi protein (HAc)
pelisis eritrosit, larutan pelisis leukosit, RNAse, larutan mengendapkan protein yang berasosiasi dengan
presipitasi protein, isopropanol, etanol 70%, dan tris- DNA, isopropanol sebagai medium agregasi plasmid
EDTA. DNA agar DNA terlihat, ethanol sebagai fase
Mesin sentrifugasi adalah mesin yang didesain untuk
pencucian DNA untuk menghilangkan isopropanol
memisahkan material bermassa berat dengan yang ringan.
dan garam yang terkandung, dan Tris-EDTA sebagai
Mesin sentrifugasi berputar dengan kecepatan yang
larutan isotonis agar DNA tidak rusak
sangat tinggi. Tabung sentrifugasi berfungsi sebagai
(Researchergate 2012: 3-5).
tempat diprosesnya darah (TUFTS University 2010: 1).
Darah diambil menggunakan lanset steril
Vortex berfungsi untuk mencampurkan larutan dengan
jumlah sedikit (Electron Microscopy Science 2015:1). bertujuan agar darah tidak terkontaminasi dan
Mikropipet dan pipet transfer berfungsi untuk mengambil menghindari hal-hal yang tidak diinginkan,
larutan yang diperlukan dalam praktikum dalam satuan selanjutnya darah ditempatkan pada tube lalu
mikroliter. Tube digunakn untuk menampung sampel tambahkan larutan pelisis sel darah merah yang

4
bertujuan agar sel darah merah hilang, lalu
selanjutnya disentrifugasi agar supernatan yang
berisi sel darah merah yang telah terlisis dan pellet
yang berisi sel darah putih terpisah, selanjutnya
supernatan dibuang. Lalu ditambahkan lagi larutan
pelisis sel darah merah untuk yang kedua kalinya
agar sel darah merah yang masih ada dapat terlisis
dengan sempurna (Researchergate 2012: 4).
Menggunakan larutan pelisis sel darah putih (GB
buffer) untuk melisiskan membrane sel darah putih.
Selanjutnya diinkubasi pada waterbath untuk
optimalisasi kinerja GB buffer (DNA Cloning 2004:
1). Lalu selanjutnya tambahkan elution buffer untuk
menghilangkan protein yang telah terdenaturasi
[ Gambar 1. Tube berisi DNA yang sudah diisolasi dan siap untuk dipakai.
Sumber: Dokumen Pribadi]
Hasil yang akan didapatkan adalah larutan
berwarna bening yang berisi DNA murni, tanpa
adanya komponen lain yang tidak diperlukan seperti
sel darah merah maupun protein.
4. Kesimpulan
DNA merupakan informasi genetik berbentuk
rantai ganda berpilin yang terdiri atas komponen
5
sehingga yang tersisa hanya DNAnya (Cooke 2010 :
1).
Tambahkan ethanol untuk proses pencucian
DNA. Lalu tempatkan GD Column pada tube dan
selanjutnya disentrifugasi. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan supernatan, sehingga
DNA tidak tercampur dengan supernatan yang akan
dibuang. Selanjutnya GD Column diberi wash buffer
untuk proses pencucian DNA dan bertujuan agar DNA
yang masih menempel pada GD Column dapat
mencapai bawah tabung (Researchergate 2012: 2).
Setelah GD Column dipindahkan kedalam tube yang
baru, lalu diberi TE buffer atau elotion buffer agar
DNA tidak terdegradasi saat proses penyimpanan
(Protocol Online 2006: 1).
fosfat, gula ribosa, dan basa nitrogen. DNA dapat
ditemukan pada seluruh sel makhluk hidup dan
dapat diisolasi dengan berbagai teknik. Isolasi
DNA dapat dilakukan salah satunya dari sampel
darah manusia. Hasil yang diperoleh adalah tube
sampel yang berubah warna dari merah menjadi
bening sebagai tanda hasil praktikum sesuai
dengan literatur. Isolasi DNA tumbuhan dan
plasmid tidak dilakukan dalam praktikum ini.

Daftar Pustaka
Ash, M. 2011. The role of HCl in gastric function and
health. 1 hlm.
http://www.clinicaleducation.org/resources/review
s/the-role-of-hcl-in-gastric-function-and-health/.
14 Mei 2015 pk. 23.09
Brennan, J. 2010. Component of lysis buffer. 1 hlm.
http://www.ehow.com/info_8148370_components
-lysis-buffers.html. 11 mei 2015 pk. 23.06
Budelier, K., Schorr, J. 2001. Purification of DNA by
anion-exchange chromatography. 1 hlm.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18265181.
10 Mei 2015, pk. 23.40
Campbell, N.A., J.B. Reece, L.A. Urray, M.L. Cain, P.V.
Minorsky, R.B Jackson & S.A. Wasserman. 2008.
Biology. 8th ed. Pearson Education Inc, San
Fransisco: 1465 hlm.
Cooke, D.J. 2010. Affinity chromathoghraphy. 1 hlm.
http://www.bio.davidson.edu/Courses/Molbio/Mo
lStudents/01dacooke/affinity.html. 15 Mei 2015,
pk. 00.09
De Las Rivas, J., Lozano J.J., Ortiz, A.R. 2015.
Comparative analysis of chloroplast genomes:
functional annotation, genome-based phylogeny,
and deduced evolutionary patterns. 1 hlm.
http://genome.cshlp.org/content/12/4/567.long. 10
Mei 2015, pk. 19.25
DNA Cloning. 2004. DNA genome mini kit. 5 hlm.
http://shop.dna-cloning.com/download/dbc-
proto.pdf. 14 Mei 2015, pk. 00.00
Electron Microscopy Science. 2015. Vortex mixers,
microplate mixers, and magnetic stirrers. 1 hlm.
6
http://www.emsdiasum.com/microscopy/products/
equipment/vortex_stirrers.aspx. 11 Mei 2015 pk.
00.55
Gaikwad, A.W. 2010. DNA extraction: comparison of
methodologies. 6 hlm.
http://www.nbpgr.ernet.in/Portals/6/DMX/GENO
MIC_RESOURCES/DNA%20extraction-
Comparison%20of%20methodologies.pdf. 10 Mei
2015, pk. 19.50
Ghatak, S., Muthukumaran R.B., Nachimutu S.K. 2013.
A simple method of genomic DNA extraction from
human samples for PCR-RLFP analysis. 1 hlm.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC37
92701/. 10 Mei 2015 pk. 23.10
Genetic Home Refrence. 2015. Mitochondrial DNA. 1
hlm. http://ghr.nlm.nih.gov/mitochondrial-dna. 10
Mei 2015, pk. 18.52
Genetic Home Refrence. 2015. What is DNA?. 1 hlm.
http://ghr.nlm.nih.gov/handbook/basics/dna. 10
Mei 2015, pk.12.47
Howe, C.J. 2012. Cholorplast genome. 1 hlm.
http://www.els.net/WileyCDA/ElsArticle/refId-
a0002016.html. 10 Mei 2015 pk. 19.30
Larsen, D. 2009. Salting out. 1 hlm.
http://chemwiki.ucdavis.edu/Physical_Chemistry/
Thermodynamics/Non-IdealSystems/Salting_Out.
10 Mei 2015 pk. 23.34
McClean, P. 1997. Structure of organelle genomes. 1 hlm.
http://www.ndsu.edu/pubweb/~mcclean/plsc431/
maternal/maternal3.htm. 10 Mei 2015 pk. 19.12
Medical Genomics. 2004. What can be the source of
DNA. 1 hlm.
http://www.medicalgenomics.co.uk/DNAsources.
html. . 10 Mei 2015, pk. 20.12
MIcroguide. 2010. Laboratory equipment: water bath
description. 1 hlm.
http://www.microeguide.com/equipment/water_ba
th.asp. 11 Mei 2015 pk. 01.27
NCBI. 2000. Buku: An Introduction to Genetic Analysis.
7th ed. 1 hlm.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK22104/.
10 Mei 2015, pk. 13.04
Nuansakimia. 2009. What KOH is all about. 1 hlm.
http://www.nuansakimia.com/en/what-potassium-
hydroxide--koh-is-all-about.html. 14 Mei 2015 pk.
23.04
Pierce, B.A. 2005. Genetics: A Conceptual Approach.
2nd ed. W. H. Freeman. New York: 709 hlm.
Protocol Online. 2006. How KHCO3 lyses RBC. 1 hlm.
http://www.protocol-online.org/biology-
forums/posts/21124.html. 14 Mei 2015 pk. 22.55
Protocol Online. 2006. What is the TE Buffer for. 1 hlm.
http://www.protocol-online.org/biology-
forums/posts/18262.html. 15 Mei 2015 pk. 00.21
Researchergate. 2012. Plasmid isolation. 7 hlm.
http://webcache.googleusercontent.com/search?q=
cache:FGdBP-
YBYRAJ:www.researchgate.net/publictopics.Pub
licPostFileLoader.html%3Fid%3D540520d9d3df3
ea9398b4599%26key%3Dcc102dd6-03d7-43a0-
816b-
b45462c73ec3+&cd=8&hl=en&ct=clnk&gl=id.
14 Mei 2015 pk. 23.16
Solomon, E. P., D. W. Martin, & L. R. Berg. 2005.
Biology. 8th ed. Thomson Corporation, Belmont,
USA: 1379 hlm.
Stemcell Technologies. 2014. Amoonium chloride
solution.
7
http://www.stemcell.com/en/Products/All-
Products/Ammonium-Chloride-Solution.aspx. 11
Mei 22.58
Suryo. 2008. Genetika. Gadjah Mada University Press,
Yogjakarta: 344 hlm.
TNAU Agritech Portal. 2012. Dna and it’s structure,
function, types, modes of replication and repair. 15
hlm.
http://agridr.in/tnauEAgri/eagri50/GBPR111/lec1
5.pdf. 10 Mei 2015 pk. 18.01
TUFTS University (=TUFTSU). 2010. Centrifuge. 1 hlm.
http://webcache.googleusercontent.com/search?q=
cache:XHa_aqo1uecJ:ase.tufts.edu/chemistry/hhm
i/documents/protocols/centrifuge_aug2011.docx+
&cd=5&hl=id&ct=clnk&gl=id. 11 Mei 2015 pk.
00.49
University of North Texas (=NTU). 2007. DNA defined.
1 hlm.
https://www.unthsc.edu/departments/pathology_a
natomy/dna/Forensics/Defined/Defined.cfm. 10
Mei 2015 pk. 18.42
University of Utah (=UU). 2015. Frequently asked
question. 1 hlm.
http://learn.genetics.utah.edu/content/labs/extracti
on/howto/faq/. 10 Mei 2015, pk. 20.25
University of Queensland (=QU). 2003. Plant genomic
DNA extraction. 5 hlm.
http://www.cilr.uq.edu.au/UserImages/File/Plant
%20Genomic%20DNA%20Extraction%20by%20
CTAB%20_2__Fiona.pdf. 10 Mei 2015 pk. 00.05
Weiner, Michael P. 2010. GENETIC VARIATION: A
Laboratory Manual. Cold Spring Harbor
Laboratory Press, New York: xvi + 472 hlm
8