Anda di halaman 1dari 37

Volume 11, Nomor 4, Agustus 2015

Halaman 105–112
ISSN: 0215-7950
DOI: 10.14692/jfi.11.4.105

Deteksi dan Identifikasi Dickeya sp. sebagai Organisme


Pengganggu Tumbuhan Karantina A2 pada
Tanaman Kentang di Jawa

Detection and Identification of Dickeya sp. as


A2 Quarantine Pest on Potato in Java

Haerani, Abdjad Asih Nawangsih*, Tri Asmira Damayanti


Institut Pertanian Bogor, Bogor 16680

ABSTRAK

Erwinia chrysanthemi (saat ini Dickeya sp.) merupakan salah satu organisme pengganggu tumbuhan
karantina (OPTK) A2 yang harus diwaspadai penyebarannya pada tanaman kentang di Indonesia. Tujuan
penelitian ialah mendeteksi dan mengidentifikasi E. chrysanthemi pada tanaman kentang di Jawa.
Sebanyak 400 sampel tanaman kentang yang menunjukkan gejala busuk lunak dan layu diambil dari
beberapa daerah di Pangalengan dan Garut (Jawa Barat), Dieng (Jawa Tengah), dan Batu-Malang (Jawa
Timur). Kejadian penyakit E. chrysanthemi ditentukan dengan Indirect-ELISA menggunakan antiserum
poliklonal. Isolasi E. chrysanthemi dilakukan dari sampel positif ELISA. Karakterisasi isolat dilakukan
dengan GEN III OmniLog ID System dan PCR. Primer spesifik Ec3F/Ec4R dan primer universal
16S rRNA, yaitu 27F/1429R, digunakan untuk menentukan sikuen DNA. Insidensi E. chrysanthemi
mencapai 26.25% berdasarkan hasil ELISA. Bakteri dari sampel positif ELISA terdiri atas 37 isolat.
Berdasarkan uji Gram, katalase, oksidase, dan oksidasi-fermentasi, 4 isolat bakteri diduga sebagai E.
chrysanthemi. Hasil konfirmasi dengan Gen III OmniLog System, PCR, dan analisis gen 16S rRNA
membuktikan tidak ada isolat bakteri yang teridentifikasi sebagai E. chrysanthemi. Sebaliknya, dengan
pengujian tersebut diindentifikasi bakteri Pseudomonas oryzihabitans, Pantoea agglomerans, dan
Pseudomonas viridiflava. Oleh karena E. chrysanthemi tidak dapat dikonfirmasi keberadaannya pada
tanaman kentang di Jawa maka status OPTK A2 E. chrysanthemi pada tanaman kentang tidak terbukti
dan diusulkan sebagai OPTK A1.
Kata kunci: Erwinia chrysanthemi, OmniLog, Pantoea agglomerans, Pseudomonas viridiflava

ABSTRACT

Erwinia chrysanthemi (currently Dickeya sp.) is one of the A2 quarantine pest that must be concerned
of its distribution on potato in Indonesia. The aim of this study is to detect and identify E. chrysanthemi
from potato in Java. A total of 400 samples of potato plants showing symptoms of soft rot were obtained
from several potato areas in Pangalengan and Garut (West Java), Dieng (Central Java), and Batu-
Malang (East Java). Disease incidence was determined by indirect enzyme-linked immunosorbent assay
(I-ELISA) using polyclonal antiserum. E.chrysanthemi was isolated from plant samples with positive
ELISA results. Furthermore, bacterial isolates were characterized by GEN III OmniLog ID System and
PCR using specific primers Ec3F/Ec4R, as well as the universal 16S rRNA primer pair of 27F/1429R.
The incidence of E. chrysanthemi based on ELISA was 26.25%. From these samples, 37 bacterial isolates

*Alamat penulis korespondensi: Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor,
Jalan Kamper, Kampus Darmaga IPB, Bogor 16680
Tel: 0251-8629364, Faks: 0251-8629362, Surel: asnawangsih@yahoo.com

105
J Fitopatol Indones Haerani et al.

was obtained. Based on physiological characters; Gram, catalase, oxidase, and oxidation-fermentation,
there were 4 isolates similar to the genus of Erwinia. However, the results of Gen III OmniLog System,
PCR, and nucleotide sequences analysis of 16S rRNA confirmed that none of the isolates were identified
as E.chrysanthemi. Otherwise, those 4 isolates were identified as Pseudomonas oryzihabitans, Pantoea
agglomerans, and Pseudomonas viridiflava. The result of this study indicated that the existence of E.
chrysanthemi as an A2 quarantine pest on potato in Java can not be confirmed and remains as an A1
quarantine pest.
Key words: Erwinia chrysanthemi, OmniLog, Pantoea agglomerans, Pseudomonas viridiflava

PENDAHULUAN BAHAN DAN METODE

Produksi kentang di Indonesia masih Pengambilan Sampel


rendah, yaitu hanya sekitar 16 ton ha-1 Sampel tanaman kentang diambil dari
dibandingkan dengan di Eropa yang rata- 4 lokasi pertanaman, yaitu Kecamatan
ratanya mencapai sekitar 25.5 ton ha-1. Pangalengan, Jawa Barat dengan ketinggian
Salah satu penyebab rendahnya produksi 1459 m dpl (S 07° 07' 06.6" E 107° 21' 52.9");
kentang ialah terbatasnya benih kentang Kecamatan Cikajang, Kabupaten Garut, Jawa
berkualitas yang hanya sekitar 10% dari Barat dengan ketinggian 1380 m dpl (S 7°
kebutuhan nasional; 4.9% di antaranya 14' 32.0" E 107° 29' 38.0"); kawasan Dieng
dipasok dari dalam negeri, sedangkan Kecamatan Batur, Kabupaten Banjarnegara,
sisanya berasal dari impor (Baharuddin et Jawa Tengah dengan ketinggian 1400 m dpl
al. 2012). Salah satu organisme pengganggu (S 7° 07' 15.1" E 109° 27' 38.0"); dan Kecamatan
tumbuhan karantina (OPTK) penting yang Bumiaji, Kota Batu, Malang, Jawa Timur
banyak diperhatikan saat ini ialah Dickeya dengan ketinggian 1656 m dpl (S 7° 26' 57.7"
sp. (Erwinia chrysanthemi). Supriadi et al. E 112° 19' 13.8"). Dari setiap lokasi diambil
(2002) melaporkan E. chrysanthemi sebagai 100 tanaman yang menunjukkan gejala layu
penyebab pembusukan pada daun dan pangkal serta busuk lunak. Tanaman sakit ini berumur
batang tanaman lidah buaya di Semplak, 50–90 hari setelah tanam (HST). Bagian
Bogor, Jawa Barat. E. chrysanthemi biovar 3 tanaman yang diambil ialah pangkal batang dan
(sinonim dengan D. dadantii) ditemukan oleh umbi dan dideskripsikan gejalanya.
Supriyanto et al. (2011) pada lahan gambut
di Kalimantan Barat. Selain tanaman lidah Deteksi Serologi
buaya, E. chrysanthemi juga menyebabkan Sampel pangkal batang dan umbi
penyakit busuk lunak pada tanaman anggrek tanaman kentang yang menunjukkan gejala
Phalaenopsis di DKI Jakarta dan Jawa Barat khas layu dan busuk lunak dideteksi dengan
(Muharam et al. 2012). Beberapa laporan indirect enzyme-linked immunosorbent assay
terkait identitas E. chrysanthemi di Indonesia (I-ELISA) menggunakan antiserum spesifik E.
mengarah pada D. dadantii dan masih chrysanthemi (IgG Rabbit) dan conjugate Goat
didasarkan pada uji fisiologi dan biokimia, anti-Rabbit (IgG-AP) (Adgen). Dari setiap
bukan berdasarkan uji molekuler. lokasi dibuat 20 sampel komposit (1 sampel
Upaya untuk menelusuri kemungkinan komposit terdiri atas 5 sampel individual).
masuk dan tersebarnya E. chrysanthemi ke Sampel komposit yang menunjukkan hasil
wilayah Indonesia melalui umbi bibit kentang positif ELISA selanjutnya diuji ulang secara
impor dapat dilakukan dengan mendeteksi individu untuk menentukan insidensi E.
keberadaan patogen tersebut di daerah chrysanthemi. I-ELISA dilakukan sesuai
yang diduga merupakan bagian dari daerah dengan protokol yang dibuat oleh produsen
distribusi benih kentang impor. antiserum. Intensitas warna pada hasil pengujian

106
J Fitopatol Indones Haerani et al.

ELISA diukur menggunakan Thermo Scientific sumber karbonnya menggunakan GEN III
Multiscan® FC Microplate Photometer pada OmniLog® ID System (Biolog, Hayward,
60 menit setelah pemberian substrat. Uji CA, USA) yang telah divalidasi oleh Sandle
dinyatakan positif jika nilai absorbansi ELISA et al. (2013). E. chrysanthemi asal tanaman
(NAE) sampel uji ≥ 2 kali NAE kontrol negatif anggrek digunakan sebagai kontrol positif.
(tanaman sehat). Tahapan pengujian dilakukan sesuai dengan
protokol yang dibuat oleh produsen GEN III
Isolasi dan Pemurnian Isolat OmniLog® ID System.
Bakteri yang berasosiasi dengan sampel
individu tanaman yang menunjukkan hasil Deteksi Asam Nukleat dengan PCR
positif E. chrysanthemi pada uji ELISA Deteksi asam nukleat dengan PCR
diisolasi menggunakan medium casamino dilakukan jika identifikasi berdasarkan uji
acid peptone glucose (CPG) (Cuppels dan fisiologi dan penggunaan sumber karbon
Kelman 1974). Potongan sampel direndam menunjukkan hasil yang tidak sesuai dengan
dalam akuades steril hingga keluar massa E. chrysanthemi. DNA bakteri diekstrak
bakteri kemudian dihomogenkan. Suspensi mengikuti metode Rahma (2013). Koloni
bakteri diencerkan secara bertingkat, sebanyak bakteri diambil dengan ujung pipet tips dan
100 µL dari masing-masing pengenceran dimasukkan ke dalam tabung mikro 1.5
ditumbuhkan pada medium CPG. Tahapan mL yang berisi 100 µL ddH2O. Suspensi
pemurnian isolat menggunakan medium bakteri dipanaskan 10 menit pada suhu 95 °C
nutrient agar (NA). Isolat murni bakteri selama 1 menit. Selanjutnya suspensi bakteri
yang diduga E. chrysanthemi disimpan dalam tersebut menjadi cetakan untuk reaksi PCR.
akuades steril untuk kemudian diidentifikasi Kontrol positif uji ini menggunakan isolat E.
dengan uji hipersensitivitas, karakter fisiologi, chrysanthemi asal tanaman anggrek.
uji penggunaan sumber karbon dan polymerase Amplifikasi DNA bakteri menggunakan
chain reaction (PCR). primer spesifik E. chrysanthemi. Jika tidak
teramplifikasi dengan primer spesifik maka
Uji Hipersensitivitas deteksi DNA menggunakan primer universal
Penyiapan suspensi bakteri untuk uji 16S rRNA dan perunutan DNA. Reaksi PCR
hipersensitif pada daun tembakau mengikuti (total volume reaktan 25 µL) terdiri atas
prosedur De Boer dan Kelman (2001). Suspensi 12.5 μL Dream Taq Green PCR master mix
bakteri berumur 24 jam dengan kepadatan (Thermo Scientific), masing-masing sebanyak
109 CFU mL-1 disuntikkan pada bagian bawah 1 μL primer forward dan reverse 10 μM, 1 μL
daun tembakau. Gejala hipersensitif berupa DNA templat, dan 9.5 μL air bebas nuklease.
nekrotik atau klorosis pada daun tembakau DNA bakteri diamplifikasi dengan
diamati setelah 24–48 jam. sepasang primer spesifik E. chrysanthemi
[Ec3F (5’-AAA TGC TGG C(T/C)G GTA
Identifikasi Berdasarkan Karakter Fisiologi TGC CGT A-3’) dan Ec4R (5’-CAG CGT
Karakter fisiologi yang diuji untuk CAG GAA CGG ACA TAC-3’)] dengan
Erwinia mengikuti Hyman et al. (2002), yaitu target amplikon berukuran ~548 pb dan
oksidase, katalase, dan oksidasi-fermentasi. program PCR sesuai yang digunakan Hseu
Kemampuan menyebabkan busuk pada umbi et al. (2007). Amplifikasi DNA bakteri secara
kentang mengikuti De Boer dan Kelman umum menggunakan primer universal 16S
(2001). rRNA dengan pasangan primer 27F (5’-
AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG -3’)
Uji Penggunaan Sumber Karbon dan 1429R (5’-CGG TTA CCT TGT TAC
Isolat bakteri yang memiliki karakter GAC TT -3’) dan target amplikon berukuran
fisiologi mirip dengan E. chrysanthemi ~1500 pb (Pradhap et al. 2011).
diidentifikasi berdasarkan pada penggunaan

107
J Fitopatol Indones Haerani et al.

Perunutan DNA. e, dan i), Garut (Gambar 1b, f, dan j), Dieng
Produk hasil PCR dikirim ke First Base, (Gambar 1c, g, dan k), dan Malang (Gambar
Malaysia untuk perunutan DNA sikuen. Sikuen 1d, h, dan l) pada umumnya menunjukkan
gen 16S DNA dibandingkan dengan sikuen gejala khas layu dan busuk lunak.
DNA bakteri yang sama dari negara lain yang
terdeposit dalam GenBank menggunakan Insidensi E. chrysanthemi berdasarkan
program basic local alignment search tool ELISA
(BLAST) (www.ncbi.nlm.nih.gov). Homologi Frekuensi sampel tanaman kentang
gen 16S DNA dilakukan menggunakan yang menunjukkan positif E. chrysanthemi
program ClustalW BioEdit yang dikalkulasi berdasarkan hasil ELISA sebesar 26.25%,
dengan pilihan “sequence identity matrix”. yaitu sebanyak 105 dari 400 sampel uji.
Frekuensi sampel yang menunjukkan reaksi
HASIL ELISA positif untuk E. chrysanthemi di
Pangalengan, Garut, Malang, dan Dieng
Gejala Layu dan Busuk Lunak berturut-turut ialah 3, 1, 3, dan 98%. Sebanyak
Sampel tanaman kentang yang diambil dari 37 isolat berhasil diisolasi dari 10 sampel
lokasi penelitian di Pangalengan (Gambar 1a, tanaman positif ELISA.

a b c d

e f g h

i j k l
Gambar 1 Gejala layu dan busuk lunak pada kentang. a, daun tanaman yang layu menggulung
ke atas (Pangalengan); b, tanaman layu kemudian mengering mulai di bagian tepi daun (Garut);
c, tanaman yang layu pertumbuhannya terhambat (Dieng); d, tanaman yang layu terlihat rebah
(Malang); e, pangkal batang kehitaman dan mengecil (Pangalengan); f, batang kehitaman dan
lunak (Garut); g dan h, batang busuk basah berturut-turut di Dieng dan Malang; i dan j, umbi
membusuk berturut-turut di Pangalengan dan Garut; k dan l, umbi tidak menunjukkan gejala
busuk, akan tetapi setelah dibelah bagian dalam terlihat berair dan lunak berturut-turut di Dieng
dan Malang.

108
J Fitopatol Indones Haerani et al.

Uji Hipersensitivitas dan dapat memfermentasikan glukosa serta


Sebanyak 18 dari 37 isolat menunjukkan menyebabkan busuk pada umbi kentang.
gejala lesio lokal nekrosis pada tanaman Kemampuan menyebabkan busuk pada umbi
tembakau (Tabel 1). Hanya isolat 14M-6 yang kentang seperti pada isolat kontrol positif, hanya
menghasilkan nekrosis setelah 24 jam, sama ditunjukkan oleh isolat 14M-6, sedangkan
dengan isolat positif E. chrysanthemi dari isolat 49P-5, 71G-1, dan 71G-6 menyebabkan
anggrek. Isolat 35P-3, 96P-2, 12M-1, 12M-2, basah pada daerah yang diinokulasi.
12M-3, 12M-4, dan 14M-9 menimbulkan
nekrosis setelah 48 jam, sedangkan isolat Identifikasi Berdasarkan Pemanfaatan
35P-1, 35P-5, 49P-5, 71G-1, 71G-6, 3D-2, Sumber Karbon
3D-3, 23D-2, 23D-3, dan 44D- menimbulkan Berdasarkan uji pemanfaatan sumber
gejala klorosis setelah 48 jam. Selanjutnya karbon menggunakan GEN III OmniLog
18 isolat tersebut diuji karakter fisiologinya. System, 4 macam isolat yang diidentifikasi,
yaitu Flavimonas oryzihabitan, Pantoea
Karakter Fisiologi Isolat dispersa, P. agglomerans, dan Pseudomonas
Berdasarkan hasil uji Gram, katalase, syringae pv. primulae (Tabel 2). Identifikasi
oksidase, oksidasi-fermentasi, dan kemampuan berdasarkan pemanfaatan sumber karbon ini,
menyebabkan busuk pada umbi kentang ter- tidak ada satu pun yang teridentifikasi sebagai
dapat 4 isolat yang memiliki karakter fisiologi E. chrysanthemi, walaupun ciri-ciri fisiologi
mirip dengan genus Erwinia, yaitu isolat menunjukkan genus Erwinia. Hasil identifikasi
49P-5, 71G-1, 71G-6, dan 14M-6 (Tabel 1). ini perlu dikonfirmasi dengan deteksi DNA
Empat isolat tersebut menunjukkan reaksi melalui PCR dan perunutan DNA gen 16S
Gram negatif, katalase positif, oksidase negatif rRNA karena identifikasi dengan GEN III

Tabel 1 Uji hipersensitivitas pada tanaman tembakau dan uji fisiologi isolat bakteri asal tanaman
kentang dari beberapa sentra pertanaman di Jawa

Uji Fisiologi
Reaksi
Isolat bakteri Pembusukan
hipersensitif1 Gram Katalase Oksidase O/F
umbi kentang
35P-1 (k) 48 jam + + - +/+ -
35P-3 (n) 48 jam - - - +/+ -
35P-5 (k) 48 jam - + + +/+ -
49P-5 (k) 48 jam - + - +/+ >24 jam
96P-2 (n) 48 jm - + - +/+ -
71G-1 (k) 48 jam - + - +/+ >24 jam
71G-6 (k) 48 jam - + - +/+ >24 jam
3D-2 (k) 48 jam - + - +/+ -
3D-3 (k) 48 jam - + - +/+ -
23D-2 (k) 48 jam + - - +/- -
23D-3 (k) 48 jam + - - +/- -
44D-1 (k) 48 jam - + - +/+ -
12M-1 (n) 48 jam - + + +/+ -
12M-2 (n) 48 jam - + + +/+ -
12M-3 (n) 48 jam - + + +/+ -
12M-4 (n) 48 jam - + + +/+ -
14M-6 (n) 24 jam - + - +/+ 24 jam
14M-9 (n) 48 jam - - + +/- -
K (+)2 (n) 24 jam - + - +/+ < 24 jam
1
(k), gejala klorosis; (n), gejala nekrotik
2
Erwinia chrysanthemi asal anggrek

109
J Fitopatol Indones Haerani et al.

OmniLog System terbatas pada spesies yang PEMBAHASAN


ada dalam basis data.
Hasil uji serologi mengindikasikan bahwa E.
Identifikasi Bakteri Berdasarkan Sikuen chrysanthemi terdeteksi pada sampel tanaman
16S DNA kentang yang diuji, tetapi uji GEN III Omnilog
Hasil amplifikasi menggunakan primer System, PCR dan analisis gen 16S rRNA
spesifik Ec3F/Ec4R terhadap 4 isolat bakteri tidak mendeteksi adanya E. chrysanthemi.
yang memiliki karakter fisiologi mirip E. Hal ini menunjukkan antiserum poliklonal
chrysanthemi tidak menghasilkan amplikon E. chrysanthemi yang digunakan bersifat
berukuran 548 pb yang merupakan target untuk tidak spesifik karena antiserum poliklonal
E. chrysanthemi. Dengan demikian, identitas 4 mengenali lebih dari 1 epitop (Emantoko
isolat bakteri yang diuji bukan E. chrysanthemi. 2001). Oleh karena itu, deteksi serologi bakteri
Hasil deteksi gen 16S rDNA dari keempat dengan antiserum poliklonal bermanfaat
isolat dan runutan sikuennya, diketahui ukuran hanya untuk penapisan awal bakteri target.
gen 16S rDNA yang dapat diamplifikasi ialah Hasil penelitian ini menunjukkan penggunaan
± 1500 pb (Gambar 2). Berdasarkan perunutan antiserum poliklonal menimbulkan reaksi
DNA, isolat 49P-5 adalah Pseudomonas silang dengan bakteri lain; antiserum dapat
oryzihabitans, isolat 71G-1 dan 71G-6 adalah mendeteksi bakteri dari genus dan atau bahkan
Pantoea agglomerans, dan isolat 14M-6 spesies lain.
adalah Pseudomonas viridiflava (Tabel 3). Identifikasi menggunakan GEN III
Tidak ada isolat yang teridentifikasi sebagai Omnilog System sangat praktis, cepat, serta
E. chrysanthemi. dapat langsung mengidentifikasi isolat yang

Tabel 2 Hasil identifikasi isolat bakteri asal tanaman kentang berdasarkan uji pemanfaatan
sumber karbon dengan GenIII Omnilog System.

Isolat bakteri Spesies PROBa SIMb DISTc


49P-5 Flavimonas oryzihabitans 0.646 0.646 5.161
71G-1 Pantoea dispersa 0.847 0.641 3.410
71G-6 Pantoea agglomerans 0.740 0.548 3.621
14M-6 Pseudomonas syringae pv. primulae 0.582 0.582 6.115
a
PROB, probability; bSIM, similarity; cDIST, distance
Nilai PROB dan SIM berkisar 0-1, nilai DIST berkisar 0-10 (jika >10 maka isolat yang diuji tidak dapat
teridentifikasi).

M 1 2 3 4 K- K+ M 1 2 3 4 K- K+

1500 pb
548 pb

a b
Gambar 2 Visualisasi pita DNA isolat bakteri hasil amplifikasi menggunakan a, primer spesifik
Ec3F/Ec4R dengan M, 100 pb dan; b, primer universal 16S rRNA dengan M, 1 Kb. M, penanda
DNA (Thermo Scientific); 1, isolat 49P-5; 2, isolat 71G-1; 3, isolat 71G-6; 4, isolat 14M-6; K+,
kontrol positif; K-, kontrol negatif.

110
J Fitopatol Indones Haerani et al.

Tabel 3 Homologi basa nukleotida 16S rRNA isolat bakteri asal tanaman kentang

Isolat Panjang DNA Homologi Tanaman No. Aksesi


Spesies Asal
bakteri (pb) (%) Inang Genbank
49P-5 Pseudomonas 1435 98 Tembakau Cina JX067903.1
oryzihabitans
71G-1 Pantoea 1567 92 Bambu India FR872702.1
agglomerans
71G-6 Pantoea 1173 85 Rumput Finlandia KJ529102.1
agglomerans
14M-6 Pseudomonas 1446 97 Kapri Spanyol GQ398129.1
viridiflava

diuji, namun metode ini memiliki kelemahan tujuh spesies Dickeya: D. chrysanthemi, D.
karena mikroorganisme yang ada pada basis dadantii, D. dianthicola, D. dieffenbachiae,
data GEN III Omnilog System terbatas. Target D. paradisiaca, D. solani, dan D. zeae.
pengujian yang belum tercatat dalam basis data, Selain itu, Badan Karantina Pertanian
hasil identifikasinya menjadi kurang akurat. perlu meningkatkan kewaspadaan terkait
Deteksi asam nukleat dengan PCR dan atau ditemukannya OPTK A1 Pantoea agglomerans
perunutan DNA dilakukan untuk mengatasi dan Pseudomonas viridiflava, walaupun hasil
kelemahan deteksi serologi dengan antiserum temuan ini masih harus dikonfirmasi dengan
poliklonal (Sudrajat et al. 2000). Seleksi deteksi PCR menggunakan primer spesifik.
awal bakteri target dapat dilakukan dengan Selain itu perlu dipastikan juga sifat 2 spesies
uji serologi, kemudian dikombinasikan bakteri tersebut dengan melakukan uji
dengan deteksi asam nukleat pada sampel patogenisitas pada tanaman inangnya.
dengan NAE paling tinggi di antara sampel
lainnya. Adapun ditemukannya produk dimer UCAPAN TERIMA KASIH
pada hasil PCR kemungkinan disebabkan
oleh konsentrasi primer yang terlalu tinggi Ucapan terima kasih disampaikan kepada
sehingga menghasilkan produk yang tidak Balai Besar Karantina Pertanian Tanjung Priok
spesifik (Brownie et al. 1997). atas dukungan berupa fasilitas penelitian, serta
Hasil penelitian ini menunjukkan Giyanto dan Refa Firgianto atas bantuan isolat
bahwa pada sentra produksi kentang di kontrol positif E. chrysanthemi.
Pangalengan, Garut, Dieng dan Malang
ditemukan indikasi adanya E. chrysanthemi DAFTAR PUSTAKA
berdasarkan analisis ELISA, akan tetapi
setelah dikonfirmasi uji PCR menggunakan Baharuddin, Kuswinanti T, Lamba SE.
primer spesifik E. chrysanthemi hasilnya 2012. Percepatan Ketersediaan Benih
negatif. Dengan demikian, status OPTK Kentang Unggulan Melalui Introduksi
A2 E. chrysanthemi pada tanaman kentang Paket Bioteknologi Ramah Lingkungan
masih belum dapat dibuktikan sehingga di Kabupaten Toraja Utara. Di dalam:
tetap perlu diwaspadai keberadaannya. Hasil Prosiding InSINas; 2012 Nov 29-30; Bogor
penelitian ini juga mendukung langkah Badan (ID): Institut Pertanian Bogor. hlm 336–344.
Karantina Pertanian yang mengusulkan Brownie J, Shawcross S, Theaker J, Whitcombe
peningkatan status E. chrysanthemi menjadi D, Ferrie R, Newton C, Little S. 1997. The
OPTK A1 dan diperbaharui nama identitasnya elimination of primer-dimer accumulation
sesuai penamaan terbaru menjadi Dickeya in PCR. Nucl Acids Res. 25(16):3235–
spp. berdasarkan Samson et al. (2005) dan 3241. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/
Toth et al. (2011) yang telah melaporkan nar/25.16.3235.

111
J Fitopatol Indones Haerani et al.

Cuppels D, Kelman A. 1974. Evaluation of Samson R, Legendre JB, Christen R, Fischer-


selective medium for isolation of soft Le SauxM, Achouak W, Gardan L, 2005.
rot bacteria from soil and plant tissue. Transfer of Pectobacterium chrysanthemi
Phytopathology. 64:468–475. DOI: http:// (Burkholder et al., 1953) Brenner I. 1973
dx.doi.org/10.1094/Phyto-64-468. and Brenneria paradisiaca to the genus
De Boer, Kelman. 2001. Gram negative Dickeya gen. nov. as Dickeya chrysanthemi
bacteria: Erwinia soft rot group. Di dalam: comb. nov and Dickeya paradisiaca
Schaad NW, Jones JB, Chun W, editor. comb. nov. and delineation of four novel
Laboratory Guide for Identification of Plant species, Dickeya dadantii sp. nov., Dickeya
Pathogenic Bacteria. 3rd edition. New York dianthicola sp. nov., Dickeya dieffenbachiae
(US): APS Pr. hlm 56–72. sp. nov. and Dickeya zeae sp. nov. Int J Syst
Emantoko S. 2001. Antibodi rekombinan: Evol Microbiol. 55: 1415–27. DOI: http://
perkembangan terbaru dalam teknologi dx.doi.org/10.1099/ijs.0.02791-0.
antibodi. Unitas. 9(2):29–43. Sandle T, Skinner K, Sandle J, Gebala B,
Hseu SH, Shentue HI, Tzeng KC, Lin CY. Kothandaraman P. 2013. Evaluation of the
2007. Development of specific primers for GEN III OmniLog® ID system microbial
differential identification pathogen Erwinia identification system for the profiling
carotovora subsp. caratovora and Erwinia of clean room bacteria. Eur Parenter
chrysanthemi. Plant Pathol Bull. 16:19–29. Pharmaceut Sci. 18(2):1–7.
Hyman LJ, Toth IK, Pérombelon MCM. Sudrajat D, Maria LR, Suhadi F. 2000.
2002. Isolation and identification. Di Deteksi cepat bakteri Escherichia coli
dalam: Perombelon MCM, Van Der Wolf enterohemoragik (EHEK) dengan metode
J M, editor. Methods for the detection and PCR (Polymerase Chain Reaction).
quantification of Erwinia carotovora subsp. Risalah Pertemuan Ilmiah Penelitian dan
atroseptica (Pectobacterium carotovorum Pengembangan Teknologi Isotop dan
subsp. atrosepticum) on potatoes: a Radiasi. 75–80.
laboratory manual. Dunde (UK): Scottish Supriadi, Ibrahim N, Taryono. 2002.
Crop Research Institute Occasional Karakterisasi Erwinia chrysanthemi
Publication No. 10. hlm 66–71. penyebab penyakit busuk bakteri pada daun
Muharam A, Indrasti R, Hanudin. 2012. lidah buaya (Aloe vera). J Litri. 8(2):45–48.
Occurrence of Dickeya dadantii the causal Supriyanto, Priyatmojo A, Arwiyanto T. 2011.
agent of bacterial soft rot on orchids in Uji penggabungan PGPF dan Pseudomonas
DKI Jakarta and West Java Indonesia. Crop putida strain Pf-20 dalam pengendalian
Environ. 3(1-2):37–44. hayati penyakit busuk lunak lidah buaya di
Pradhap M, Selvisabhanayakam, Mathvianan tanah gambut. J HPT Trop. 11:11–21.
V, Parthasarathy, Ayyapan JVAA, Kumar Toth IK, van der Wolf JM, Saddler G,
SS. 2011. Study on 16S rRNA based PCR Lojkowska E, He´ lias V, Pirhonen M,.
method for spesific detection of Salmonella Tsror (Lahkim) L, Elphinstone JG. 2011.
entrica typhi from gut of infected silkworm Dickeya species: an emerging problem for
Bombyx mori (Linn.). J Sci Ind Res. potato production in Europe (review). Plant
70:909–911. Pathol. 1–15. DOI: http://dx.doi.org/10.111
Rahma H. 2013. Penyakit layu stewart (Pantoea 1/j.1365-3059.2011.02427.
stewartii subsp. stewartii) pada jagung dan
upaya pengendaliannya [disertasi]. Bogor
(ID): Institut Pertanian Bogor.

112
Volume 11, Nomor 4, Agustus 2015
Halaman 121–127
DOI: 10.14692/jfi.11.4.121
ISSN: 0215-7950

Deteksi Virus Utama Bawang Merah dan Bawang Putih dari


Daerah Jawa Barat dan Jawa Tengah

Detection of Main Viruses Infecting Shallot and Garlic in


West and Central Java

Kadwati, Sri Hendrastuti Hidayat*


Institut Pertanian Bogor, Bogor 16680

ABSTRAK

Penyakit yang disebabkan oleh virus merupakan salah satu kendala dalam meningkatkan produksi
bawang merah (Allium cepa) dan bawang putih (A. sativum). Penelitian dilakukan untuk mendeteksi virus
utama bawang merah dan bawang putih dari pertanaman di lapangan dan dari umbinya menggunakan
antibodi dengan metode ELISA. Sampel daun dan umbi diperoleh dari pertanaman bawang di Jawa
Barat (Bandung, Bogor, dan Cirebon), Jawa Tengah (Brebes) serta Yogyakarta (Bantul). Infeksi Garlic
common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV), dan Potyvirus berhasil dideteksi menggunakan
antibodi spesifik. Ketiga jenis virus menginfeksi secara tunggal maupun bersama-sama (infeksi
campuran). Rata-rata persentase infeksi virus di pertanaman berkisar 11.2–14.3% pada bawang merah
dan 14.3% pada bawang putih; sedangkan pada sampel umbi berkisar 11.2–13.3% pada bawang merah,
dan 9.18% pada bawang putih.
Kata kunci: Garlic common latent virus, ELISA, Potyvirus, Shallot latent virus

ABSTRACT

Viral disease has been reported to cause significant effect on production of shallot (A. cepa) and
garlic (A. sativum). The study was conducted to detect main viruses from leaves and bulbs of shallot and
garlic using specific antibodies by ELISA method. Leaf and bulb samples was collected from West Java
(Bandung, Bogor and Cirebon), Central Java (Brebes), and Yogyakarta (Bantul). Single as well as mix
infection of GCLV, SLV, and Potyvirus was successfully detected using specific antibodies. The average
percentage of virus infection in the crop ranged from 11.2–14.3% on shallot, and 14.3% on garlic;
whereas in the bulb ranged from 11.2–13.3% on shallot, and 9.18% on garlic.
Key words: Garlic common latent virus, ELISA, Potyvirus, Shallot latent virus

*Alamat penulis korespondensi: Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor,
Jalan Kamper, Kampus Darmaga IPB, Bogor 16680
Tel: 0251-8629364, Faks: 0251-8629362, Surel: srihendrastutihidayat@gmail.com

121
J Fitopatol Indones Kadwati dan Hidayat

PENDAHULUAN Jawa Barat dan Jawa Tengah dengan metode


ELISA dan menentukan persentase infeksi
Produksi bawang merah (Allium cepa) virus di lapangan dan infeksi virus terbawa
dan bawang putih (A. sativum) di Indonesia umbi benih.
cenderung mengalami fluktuasi dari tahun ke
tahun (BPS 2013). Faktor penentu produksi BAHAN DAN METODE
bawang merah dan bawang putih secara
nasional ialah lahan yang semakin sempit, Pengambilan Sampel Bawang
perhatian terhadap infrastruktur pascapanen, Sampel daun diambil dari pertanaman
pengetahuan budi daya dan teknologi petani, bawang merah dan bawang putih di Jawa
keadaan iklim yang tidak menentu, umbi atau Barat (Desa Cikole, Kecamatan Lembang,
benih berkualitas tinggi di pasaran, dan faktor Kabupaten Bandung dan Desa Alamendah,
biotik terutama gangguan oleh organisme Kecamatan Rancabali, Kabupaten Bandung),
pengganggu tanaman (OPT). Yogyakarta (Desa Sri Gading, Kecamatan
Bawang merah dan bawang putih di Sanden, Kabupaten Bantul), dan Jawa
Indonesia selalu diperbanyak secara vegetatif Tengah (Desa Pengabean, Kecamatan Losari,
sehingga potensi virus yang ditularkan Kabupaten Brebes dan Desa Pangenan,
melalui umbi sangat tinggi. Virus tular umbi Kecamatan Pangenan, Kabupaten Cirebon).
benih yang dapat menyebabkan penyakit pada Sampel diambil secara purposive sampling
tanaman bawang di antaranya ialah Shallot dari masing-masing lokasi sebanyak 35 sampel
latent virus (SLV) dan Onion yellow dwarf daun yang menunjukkan gejala penyakit
virus (OYDV) (Torrico et al. 2010; Bagi yang diduga disebabkan oleh virus: mosaik
et al. 2012). Kelompok virus yang umum kuning, mosaik hijau muda, bergaris kuning,
menginfeksi tanaman bawang-bawangan daun pipih bergaris kuning pucat di tengah,
berasal dari genus Carlavirus, Potyvirus, dan keriting, bercak kuning, dan permukaan atas
Allexivirus. Virus utama pada tanaman bawang daun berlekuk.
di antaranya SLV dan Garlic common latent Sampel umbi diperoleh dari petani di Jawa
virus (GCLV) anggota Carlavirus; OYDV, Tengah (Desa Tanjung, Kecamatan Tanjung,
Shallot yellow stripe virus (SYSV), dan Leek Kabupaten Brebes, dan Desa Pangenan,
yellow stripe virus (LYSV) anggota Potyvirus; Kecamatan Pangenan, Kabupaten Cirebon),
Mite-born filamentous virus (MbFV) anggota dan dari pasar di Jawa Barat (Desa Bara,
Allexivirus (Diekmann 1997). Kecamatan Darmaga, Kabupaten Bogor).
Metode serologi Dot immunobinding assay Pengambilan sampel dilakukan secara acak
(DIBA) dan Enzyme-linked immunosorbent karena tidak diketahui gejala infeksi virus
assay (ELISA) serta metode molekuler Reverse pada umbi. Selanjutnya, 50 sampel umbi
transcription-polymerase chain reaction (RT- yang diambil dari masing-masing lokasi
PCR) umum dilakukan untuk mendeteksi virus ditanam dengan memotong 1.5 cm bagian
bawang. Gunaeni et al. (2011) melaporkan ujung umbi untuk mempercepat pertumbuhan.
adanya infeksi OYDV (85%), SYSV (95%), Umbi ditanam pada baki semai menggunakan
dan gabungan OYDV dan SYSV (85%) pada medium tanam tanah dan pupuk dan dipelihara
13 varietas bawang merah asal Jawa Barat dan di rumah kasa selama 24 hari atau sampai
Jawa Tengah menggunakan metode serologi muncul daun tunas.
Direct-ELISA. Kenyataan masih kurangnya
informasi mengenai jenis-jenis virus yang Deteksi Virus
menginfeksi tanaman bawang di Indonesia Sampel daun dan umbi sebanyak 0.1 g
menjadi latar belakang penelitian ini. untuk masing-masing sampel dimasukkan ke
Penelitian bertujuan mendeteksi keberada- dalam kantong plastik, selanjutnya disimpan
an virus utama bawang merah dan bawang pada suhu -80 °C atau langsung digunakan
putih dari sentra pertanaman bawang di daerah untuk deteksi virus dengan metode ELISA.

122
J Fitopatol Indones Kadwati dan Hidayat

Deteksi virus menggunakan 3 jenis antibodi HASIL


secara terpisah, yaitu 2 antibodi spesifik GCLV
dan SLV, dan antibodi umum Potyvirus. Gejala Infeksi Virus pada Tanaman
Cairan perasan sampel daun disiapkan dengan Bawang di Lapangan
menggerus 0.1 g daun dalam bufer ekstraksi Sampel bawang yang diperoleh dari daerah
(pH 7.4) [200 mL PBST + 2% polyvinyl Jawa Barat dan Jawa Tengah menunjukkan
pyrrolidone (PVP)] dengan perbandingan gejala infeksi virus yang berbeda-beda. Gejala
1:10 (b:v). Metode ELISA untuk masing- tersebut dapat dikelompokkan menjadi 7 jenis,
masing antibodi mengikuti pedoman yang yaitu gejala mosaik kuning, mosaik hijau muda,
dianjurkan untuk masing-masing kit (DSMZ, bergaris kuning, daun pipih bergaris kuning
Jerman), yaitu metode double antibody pucat di tengah, keriting, bercak kuning, dan
sandwich (DAS)-ELISA untuk GCLV, metode permukaan atas daun berlekuk (Gambar 1).
triple antibody sandwich (TAS)-ELISA Gejala yang paling dominan ialah mosaik
untuk SLV, dan metode indirect (I)-ELISA kuning dan bergaris kuning yang diperoleh
untuk Potyvirus. Reaksi positif ditentukan dari semua sampel bawang merah (Bandung,
berdasarkan pada hasil pengukuran nilai Bantul, Brebes, dan Cirebon), sedangkan jenis
absorbansi (NA) menggunakan spektrofoto- gejala yang paling sedikit ditemukan ialah
meter pada panjang gelombang 405 nm, yaitu gejala permukaan atas daun berlekuk yang
NA sampel lebih besar atau sama dengan 2× hanya ditemukan pada sampel bawang putih
NA kontrol negatif. Hasil deteksi kemudian dari Bandung. Keragaman gejala tertinggi
digunakan untuk menentukan persentase ditemukan pada sampel bawang merah dari
infeksi virus, yaitu nisbah antara jumlah daerah Brebes dengan 5 jenis gejala (mosaik
sampel terinfeksi dan jumlah total sampel kuning, mosaik hijau muda, bergaris kuning,
yang diuji (× 100%). daun pipih bergaris kuning pucat di tengah,
dan keriting), sedangkan keragaman gejala

a b c d

e f g
Gambar 1 Gejala penyakit pada sampel daun bawang merah. a, mosaik kuning; b, mosaik hijau
muda; c, bergaris kuning; d, daun pipih bergaris kuning pucat di tengah; e, keriting. Gejala
penyakit pada sampel daun bawang putih. f, bercak kuning dan; g, permukaan atas daun berlekuk.

123
J Fitopatol Indones Kadwati dan Hidayat

terendah ditemukan pada bawang merah Potyvirus ditemukan pada sampel bawang
asal Bandung dengan 3 jenis gejala (mosaik merah asal Bantul dan Brebes, serta bawang
kuning, bergaris kuning, dan daun pipih putih asal Bandung (Tabel 2).
bergaris kuning pucat di tengah). Rata-rata insidensi virus target dari
masing-masing daerah asal sampel berkisar
Deteksi Virus pada Sampel Daun dari antara terendah 11.22% (bawang merah asal
Lapangan Bandung) dan tertinggi 14.29% (bawang
Tiga jenis virus, yaitu GCLV, SLV, dan merah asal Brebes dan Cirebon serta bawang
Potyvirus berhasil dideteksi dari lapangan putih asal Bandung) (Tabel 2). Infeksi tertinggi
baik secara tunggal maupun bersama-sama pada bawang merah berturut-turut disebabkan
(infeksi campuran) (Tabel 1). Sampel dengan oleh Potyvirus (30.4%); SLV dan Potyvirus
gejala mosaik kuning terinfeksi oleh ke-3 (28.6%); GCLV, SLV, dan Potyvirus (14.3%);
virus, baik sebagai infeksi tunggal, ganda, GCLV (8.9%), dan SLV (8.9%); sedangkan
maupun campuran 3 virus. Selain pada gejala infeksi ganda GCLV dan SLV serta GCLV
mosaik kuning, jenis infeksi tunggal dan dan Potyvirus tidak terdeteksi pada semua
campuran ke-3 virus sangat bervariasi. Infeksi sampel. Kondisi yang berbeda ditemukan pada
tunggal oleh Potyvirus ditemukan pada semua bawang putih, yaitu infeksi tertinggi berturut-
sampel, infeksi GCLV hanya terdapat pada turut disebabkan oleh GCLV dan Potyvirus
sampel bawang merah asal Bandung, infeksi (42.9%); GCLV, SLV, dan Potyvirus (42.9%);
SLV ditemukan pada sampel bawang merah SLV dan Potyvirus (7.1%); Potyvirus (7.1%);
asal Bandung, Bantul, dan Cirebon. Infeksi sedangkan infeksi tunggal GCLV, SLV, dan
ganda SLV dan Potyvirus tidak terdeteksi pada infeksi ganda GCLV dan SLV tidak terdeteksi
bawang merah asal Bandung, infeksi ganda pada semua sampel (Tabel 2).
tersebut ditemukan pada sampel bawang
merah asal Bantul, Brebes, dan Cirebon, serta Deteksi Virus pada Sampel Umbi
sampel bawang putih asal Bandung. Infeksi Seperti halnya pada sampel daun lapangan,
ganda GCLV dan Potyvirus hanya ditemukan sampel umbi bawang merah dan bawang putih
pada sampel bawang putih asal Bandung, terinfeksi lebih dari 1 virus. Sampel umbi
sedangkan infeksi ganda GCLV dan SLV tidak bawang merah asal Brebes dan bawang putih
ditemukan sama sekali pada semua sampel. asal Bogor terinfeksi GCLV dan SLV secara
Infeksi campuran 3 virus GCLV, SLV, dan tunggal, sedangkan infeksi tunggal Potyvirus

Tabel 1 Hasil deteksi virus dari sampel tanaman bawang berdasarkan reaksi ELISA

Jenis virus
Jenis
GCLV, GCLV, SLV, GCLV, SLV, dan
gejala GCLV SLV Potyvirus
SLV Potyvirus Potyvirus Potyvirus
MK + + + + + + +
MH - - + - - - +
GK + - + + + + +
PB - - + - + + -
K + + - + - + +
BK - - + - - + +
AB - + + + + + +
Jenis gejala: MK, Mosaik kuning; MH, Mosaik hijau muda; GK, Bergaris kuning; PB, Pipih bergaris kuning
pucat di tengah; K, Keriting; BK, Bercak kuning; AB, Permukaan atas daun berlekuk.
Jenis virus: GCLV, Garlic common latent virus; SLV, Shallot latent virus.
Reaksi ELISA : (+), positif; (-), negatif.

124
J Fitopatol Indones Kadwati dan Hidayat

Tabel 2 Frekuensi insidensi virus pada sampel daun bawang dari lapangan berdasarkan hasil
deteksi dengan metode ELISA
Rata-rata
∑ sampel positif ELISA/ ∑sampel yang diuji (%)
insidensi
Jenis
virus
dan asal GCLV,
Varietas GCLV, GCLV, SLV, pada
sampel GCLV SLV Potyvirus SLV, dan masing-
lapangan SLV Potyvirus Potyvirus
Potyvirus masing
lokasi
BM Maja dan 5/14 2/14 4/14 0/14 0/14 0/14 0/14
11.2
Bandung Trisula (35.7) (14.3) (28.6) (0) (0) (0) (0)
Crok
BM 0/14 2/14 8/14 0/14 0/14 1/14 1/14
kuning 12.2
Bantul (0) (14.3) (57.1) (0) (0) (7.14) (7.1)
dan Biru
BM Bima 0/14 0/14 1/14 0/14 0/14 13/14 0/14
14.3
Brebes curut (0) (0) (7.1) (0) (0) (92.9) (0)
BM Bima 0/14 1/14 4/14 0/14 0/14 2/14 7/14
14.3
Cirebon curut (0) (7.1) (28.6) (0) (0) (14.3) (50)
Rata-rata infeksi
virus target pada 8.9 8.9 30.4 0 0 28.6 14.3
bawang merah
BP 0/14 0/14 1/14 0/14 6/14 1/14 6/14
Lokal 14.3
Bandung (0) (0) (7.1) (0) (42.9) (7.14) (42.9)
BM, bawang merah; BP, bawang putih

ditemukan pada sampel bawang merah asal SLV dan Potyvirus (14.3%); GCLV (7.1%);
Bogor, Brebes, dan Cirebon. Infeksi ganda GCLV dan SLV (7.1%); GCLV, SLV, dan
GCLV dan SLV ditemukan pada sampel Potyvirus (7.1%); sedangkan infeksi tunggal
bawang merah asal Brebes dan bawang Potyvirus dan infeksi ganda GCLV dan
putih asal Bogor. Infeksi SLV dan Potyvirus Potyvirus tidak ditemukan pada semua umbi.
ditemukan pada sampel umbi bawang merah
Cirebon dan Bogor serta bawang putih Bogor. PEMBAHASAN
Infeksi GCLV dan Potyvirus hanya terdeteksi
pada sampel umbi bawang merah asal Brebes, Infeksi virus pada tanaman bawang merah
sedangkan infeksi campuran GCLV, SLV dan bawang putih umumnya menyebabkan
dan Potyvirus ditemukan pada sampel umbi gejala mosaik bergaris hijau dan bergaris
bawang merah asal Brebes, Cirebon, dan kuning. Gejala serupa dilaporkan oleh Gunaeni
bawang putih asal Bogor (Tabel 3). et al. (2011) pada bawang merah di Jawa
Rata-rata infeksi virus target dari masing- Barat dan Jawa Tengah yang terinfeksi OYDV
masing daerah asal sampel umbi berkisar antara dan SYSV. Berbeda dengan Klukackova et
terendah 9.18% (bawang putih asal Bogor) al. (2004) yang melaporkan bahwa infeksi
sampai tertinggi 13.27% (bawang merah asal SLV dan GCLV seringkali tidak menunjukkan
Bogor dan Brebes) (Tabel 3). Infeksi tertinggi gejala visual yang jelas. Oleh karena itu untuk
pada umbi bawang merah berturut-turut menentukan virus-virus yang menginfeksi
disebabkan oleh SLV dan Potyvirus (33.3%); bawang di lapangan, deteksi di laboratorium
Potyvirus (21.4%); GCLV, SLV, dan Potyvirus menggunakan metode yang akurat dan cukup
(19%); GCLV dan Potyvirus (7.1%); GCLV sensitif perlu dilakukan, misalnya dengan
dan SLV (2.4%); GCLV (2.4%); SLV (2.4%). metode ELISA menggunakan antibodi
Infeksi tertinggi pada umbi bawang putih spesifik. Potyvirus yang banyak dilaporkan
berturut-turut disebabkan oleh SLV (28.6%); menginfeksi bawang merah dan bawang putih

125
J Fitopatol Indones Kadwati dan Hidayat

Tabel 3 Frekuensi insidensi virus pada sampel umbi bawang berdasarkan hasil deteksi dengan
metode ELISA

∑ sampel positif ELISA/ ∑sampel yang diuji (%) Rata-rata


Jenis
insidensi
dan asal
GCLV, virus pada
sampel Varietas GCLV, GCLV, SLV,
lapangan GCLV SLV Potyvirus SLV, dan masing-
SLV Potyvirus Potyvirus
Potyvirus masing
lokasi
BM Tidak 0/14 0/14 6/14 0/14 0/14 5/14 0/14
13.3
Bogor diketahui (0) (0) (42.9) (0) (0) (35.7) (0)
BM Bima 1/14 1/14 2/14 1/14 3/14 0/14 5/14
13.3
Brebes curut (7.1) (7.1) (14.3) (7.1) (21.4) (0) (35.7)
BM Bima 0/14 0/14 1/14 0/14 0/14 9/14 3/14
11.2
Cirebon curut (0) (0) (7.1) (0) (0) (64.2) (21.4)
Rata-rata infeksi
virus target pada 2.4 2.4 21.4 2.4 7.1 33.3 19.0
bawang merah
BP Tidak 1/14 4/14 0/14 1/14 0/14 2/14 1/14
9.18
Bogor diketahui (7.1) (28.6) (0) (7.1) (0) (14.3) (7.1)
BM, bawang merah; BP, bawang putih

di antaranya OYDV, SYSV, dan LYSV mekanis dengan gesekan antardaun, alat
(Klukackova et al. 2004; Lunello et al. 2007; perkembangbiakan vegetatif (terbawa umbi),
Gunaeni et al. 2011; Kurniawan dan Suastika dan penularan melalui vektor (kutudaun dan
2013). Deteksi menggunakan antibodi tungau). Penularan secara mekanis dilaporkan
spesifik untuk kelompok Potyvirus perlu terjadi pada SYSV dan MbFV, sedangkan
dilakukan untuk memastikan jenis Potyvirus SLV dan OYDV merupakan virus tular benih.
yang menginfeksi bawang di Jawa Barat Jenis virus yang ditularkan melalui vektor,
dan Jawa Tengah. Sampel yang memberikan yaitu GCLV, LYSV, OYDV, SYSV, dan
reaksi positif terhadap lebih dari satu jenis MbFV (Diekmann 1997). Infeksi virus pada
antibodi menunjukkan gejala yang lebih tanaman bawang akan terakumulasi dari satu
kompleks dibandingkan dengan sampel yang generasi ke generasi lainnya melalui organ
memberikan reaksi positif terhadap satu jenis perbanyakan vegetatif (umbi). Virus terbawa
antibodi. Gejala mosaik kuning, garis kuning, umbi (benih) menghambat pertumbuhan
dan keriting berasosiasi dengan infeksi GCLV, tanaman karena virus berkembang bersama.
sementara gejala mosaik kuning, keriting, Virus terbawa benih dapat menjadi inokulum
bagian atas daun berlekuk berasosiasi dengan primer di lapangan, selanjutnya inokulum
infeksi SLV. Infeksi campuran GCLV dan SLV dapat menyebar dengan bantuan serangga
menghasilkan gejala yang lebih kompleks, vektor. Infeksi virus pada tanaman bawang
yaitu mosaik kuning, garis kuning, keriting, dapat merugikan terutama pada penurunan
dan bagian atas daun berlekuk. Kondisi yang kualitas dan kuantitas hasil. Ukuran umbi
sama juga ditemukan pada infeksi campuran mengecil dan bobot umbi berkurang sehingga
SLV dan Potyvirus, dan GCLV, SLV, dan harga jual rendah (Sutarya dan Duriat 1991).
Potyvirus. Berdasarkan pengamatan gejala Hasil deteksi virus dari umbi yang berasal
dan hasil deteksi tersebut dapat disimpulkan dari Jawa Barat dan Jawa Tengah menunjukkan
bahwa infeksi virus pada bawang merah tidak potensi umbi sebagai sumber infeksi sejak
bersifat spesifik untuk suatu virus tertentu. awal penanaman. Potyvirus yang menginfeksi
Mekanisme infeksi virus bawang secara tunggal maupun bersama dengan SLV
umumnya terjadi melalui penularan secara merupakan insidensi yang dominan pada

126
J Fitopatol Indones Kadwati dan Hidayat

bawang merah di lapangan maupun di tempat Gunaeni N, Wulandari AW, Duriat AS,
penyimpanan. Berbeda dengan bawang putih, Muharam A. 2011. Insiden penyakit tular
infeksi yang dominan ialah SLV pada umbi di umbi pada tiga belas varietas bawang
tempat penyimpanan dan infeksi ganda GCLV merah asal Jawa Barat dan Jawa Tengah. J
dan Potyvirus pada tanaman di lapangan. Hort. 21(2):164–172.
Upaya untuk mengurangi sumber penyakit di Klukackova J, Navratil M, Vesela M,
lapangan dapat dilakukan dengan menerapkan Havranek P, Safarova D. 2004. Occurrence
sistem sertifikasi bibit sehat dengan menanam of garlic viruses in the Czech Republic.
umbi bibit bebas virus. Acta Fytotechnica. 16(7):126-128.
Kurniawan A, Suastika G. 2013. Deteksi dan
UCAPAN TERIMA KASIH identifikasi virus pada bawang merah. J
Fitopatol Indones. 9(2):47–52. DOI: http://
Penulis mengucapkan terima kasih kepada dx.doi.org/10.14692/jfi.9.2.47.
ACIAR atas dukungannya melalui kegiatan Lunello P, Rienzo JD, Conci VC. 2007. Yield
kerja sama penelitian berjudul Increasing loss in garlic by Leek yellow stripe virus
Productivity of Allium and Solanaceous Argentina isolate. Plant Dis. 91(2):153–
Vegetable Crops in Indonesia and Sub- 158. DOI: http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-
Tropical Australia (Hort/2009/056). 91-2-0153.
Sutarya R, Duriat AS. 1991. Respon beberapa
DAFTAR PUSTAKA kultivar cabai terhadap Cucumber mosaic
virus (CMV), Tobacco etch virus (TEV)
Bagi F, Stojsin V, Budakov D, Salma MAE, dan campuran dari CMV+TEV. Bull Penel
Varga JG. 2012. Effect of Onnion yellow Hort. 21(1):72–76.
dwarf virus (OYDV) on yield components Torrico AK, Cafrune EE, Conci VC. 2010.
of fall garlic (Allium sativum L.) in Serbia. First report of Shallot latent virus on garlic
Afr J Agric Res. 7(15):2386-2390. DOI: in Argentina. Plant Dis. 97(7):915. DOI:
http://dx.doi.org/10.5897/AJAR11.1772. http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-94-7-
[BPS] Badan Pusat Statistik. 2013. Luas 0915B.
Panen, Produksi, dan Produktivitas
Bawang Merah dan Bawang Putih
[Internet]. [diunduh 2013 Februari 13].
Tersedia pada: http://www.bps.go.id/tab_
sub?view.php.
Diekmann M. 1997. FAO/IPGRI Technical
Guidelines for the Safe Movement of
Germplasm. No. 18. Allium spp. Roma
(IT): Food and Agriculture Organization
of the United Nations, Rome/International
Plant Genetik Resources Institute, Rome.

127
Volume 11, Nomor 4, Agustus 2015
Halaman 128–136
DOI: 10.14692/jfi.11.4.128
ISSN: 0215-7950

Perlakuan Panas Kering dan Bakterisida untuk Menekan Infeksi


Pantoea stewartii subsp. stewartii pada Benih Jagung Manis

Dry Heat and Bactericide Treatment to Suppress


Pantoea stewartii subsp. stewartii Infection on Sweet Corn Seed

Suswi Nalis, Gede Suastika, Giyanto*


Institut Pertanian Bogor, Bogor 16680

ABSTRAK

Penyakit layu Stewart merupakan penyakit penting pada tanaman jagung, khususnya jagung manis.
Penyakit tersebut disebabkan oleh bakteri Pantoea stewartii subsp. stewartii (sinonim Erwinia stewartii)
dan bersifat tular benih. Salah satu cara pengendalian penyakit ini ialah dengan perlakuan benih.
Penelitian bertujuan menentukan keefektifan perlakuan panas kering, bakterisida, dan kombinasinya
untuk mengeliminasi bakteri P. stewartii subsp. stewartii pada benih jagung manis tanpa merusak
kualitas benih. Penelitian terdiri atas 3 tahap percobaan. Percobaan I dilakukan untuk menentukan
treatment window perlakuan panas kering dan bakterisida yang dilakukan pada benih jagung manis
dan bakteri P. stewartii subsp. stewartii pada kondisi in vitro. Percobaan II merupakan perlakuan panas
kering atau bakterisida pada benih jagung manis yang terinfeksi P. stewartii subsp. stewartii. Percobaan
III merupakan kombinasi perlakuan panas kering dan bakterisida pada benih yang terinfeksi P. stewartii
subsp. stewartii. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan panas kering pada suhu 50 °C selama
24 jam mampu mematikan P. stewartii subsp. stewartii secara in vitro, namun tidak efektif pada benih
yang terinfeksi (secara in vivo). Perlakuan panas kering pada benih sampai suhu 55 °C tidak menurunkan
persentase daya berkecambah benih. Perlakuan bakterisida pada konsentrasi 100 ppm dapat mengurangi
populasi bakteri yang terdapat dalam benih. Konsentrasi bakterisida 150 dan 200 ppm dapat secara
nyata menurunkan populasi bakteri yang terdapat dalam benih, namun bersifat fitotoksik ke tanaman.
Kombinasi perlakuan bakterisida (100 ppm) sebelum perlakuan panas kering (55 °C selama 24 jam)
mampu mengeliminasi bakteri dalam benih dengan persentase daya kecambah di atas 85%.
Kata kunci: patogen tular benih, perlakuan benih, treatment window

ABSTRACT

Stewart’s Wilt is an important bacterial disease of sweet corn caused by Pantoea stewartii subsp.
stewartii (synonim Erwinia stewartii). This bacteria is a seed transmitted pathogen therefore seed treatment
is one method to control stewart’s wilt. The aim of this research was to study the effectiveness of dry heat,
bactericide treatment, and their combinations to eliminate P. stewartii subsp. stewartii infection on sweet
corn seed without damaging seed quality. The research was conducted in 3 experiments. Experiment I
was conducted to determine the treatment window of dry heat and bactericide treatment. The treatment
was carried out on sweet corn seed using the P. stewartii subsp. stewartii in vitro. Experiment II was
conducted to study dry heat and bactericide treatment on sweet corn seed infested by P. stewartii subsp.
stewartii. Experiment III was conducted to study combination of dry heat and bactericide treatment on
sweet corn seed infested by P. stewartii subsp. stewartii. The results showed that dry heat treatment at
50 °C for 24 hours was able to eliminate pathogen populations in vitro but was unable to eliminate the
*Alamat penulis korespondensi: Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor,
Jalan Kamper, Kampus Darmaga IPB, Bogor 16680
Tel: 0251-8629362; Faks: 0215-8629362; Surel: giyanto2@yahoo.com

128
J Fitopatol Indones Nalis et al.

pathogen on infected seed (in vivo). Germination tests indicated that seed treatments with dry heat up to
55 °C did not decrease the germination level. The use of bactericide treatment in 100 ppm could reduce
the population of bacteria on sweet corn seeds. Bactericide concentration of 150 and 200 ppm could
decrease the population of bacteria on sweet corn seeds, however it could cause phytotoxic effect. The
combination of bactericide (100 ppm, w/v) ) with dry heat treatment (55 °C for 24 hours) was able to
eliminate bacteria on infected seed with seed germination above 85%.
Key words: seed transmitted pathogen, seed treatment, treatment window

PENDAHULUAN bahan aktif streptomisin sulfat merupakan


bakterisida sistemik yang direkomendasikan
Penyakit layu Stewart merupakan penyakit untuk mengatasi masalah penyakit layu bakteri
bakteri penting pada tanaman jagung manis (FSANZ 2011).
(Pataky 2004) yang disebabkan oleh bakteri Perlakuan untuk mengeliminasi patogen
Pantoea stewartii subsp. stewartii (sinonim terbawa benih dapat dilakukan bila perlakuan
Erwinia stewartii) (Dye 1969). Penyakit tersebut memiliki treatment window.
ini terutama menginfeksi jagung manis Treatment window merupakan daerah pada
pada seluruh stadium tanaman dan dapat saat populasi patogen sudah mulai menurun,
menyebabkan kehilangan hasil 40–100% tetapi benih tetap memiliki perkecambahan
bila terinfeksi sebelum munculnya daun ke-5 yang tinggi setelah diberikan perlakuan
(Pataky 2004). Penyebaran bakteri dilakukan benih (Forsberg 2004). Penelitian bertujuan
oleh perantara serangga vektor Chaetocnema menentukan keefektifan perlakuan panas
pulicaria (Pataky 2004) dan merupakan kering, bakterisida, dan kombinasinya untuk
patogen tular benih walaupun frekuensinya mengeliminasi bakteri P. stewartii subsp.
sangat kecil (Block et al. 1998; Michener et stewartii pada benih jagung manis tanpa
al. 2002; Rahma et al. 2013). Berdasarkan merusak kualitas benih.
Lampiran Peraturan Menteri Pertanian nomor
93 tahun 2011 bakteri ini termasuk organisme BAHAN DAN METODE
pengganggu tumbuhan karantina (OPTK)
kategori A1, yaitu OPTK yang belum ada di Percobaan I: Penentuan Treatment Window
wilayah Indonesia. Perlakuan Panas Kering dan Bakterisida
Pengendalian penyakit layu Stewart Percobaan I dilakukan pada benih jagung
di beberapa negara saat ini masih sebatas manis dan bakteri P. stewartii subsp. stewartii
pada pengendalian serangga vektor (C. pada kondisi in vitro. Benih jagung manis yang
pulicaria) dengan insektisida imidakloprid digunakan ialah benih kemasan yang beredar
dan thiomethoxam (Pataky et al. 2000). Salah di pasaran, sedangkan isolat bakteri P. stewartii
satu alternatif pengendalian dalam menekan subsp. stewartii (PSS 196) merupakan koleksi
penyakit ini ialah menggunakan benih yang dari Laboratorium Bakteriologi, Departemen
sehat. Metode perlakuan benih yang sesuai Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut
diperlukan agar terbebas dari patogen tular Pertanian Bogor.
benih dan tidak menurunkan kualitas benih. Perlakuan panas kering dan bakterisida
Perlakuan panas kering merupakan salah pada benih jagung manis terdiri atas 4 ulangan
satu perlakuan fisik pada benih yang secara luas dan masing-masing ulangan berisi 100 benih.
diterapkan untuk tanaman. Grum et al. (2007) Perlakuan panas kering diberikan dengan
melaporkan bahwa kombinasi perlakuan memasukkan benih jagung manis ke dalam
panas kering pada benih dan termoterapi cawan petri kemudian ditempatkan dalam
pada pembibitan dapat mengeradikasi bakteri oven dengan suhu 40, 45, 50, 60, dan 70 °C
patogen (Xanthomonas campestris pv. selama 24 jam serta tanpa pemanasan sebagai
phaseoli) pada buncis. Bakterisida dengan kontrol. Perlakuan bakterisida menggunakan

129
J Fitopatol Indones Nalis et al.

benih jagung manis yang direndam dalam Percobaan II: Perlakuan Panas Kering
100 mL larutan bakterisida berbahan aktif dan Bakterisida pada Benih Jagung Manis
streptomisin sulfat dengan konsentrasi 0 Terinfeksi P. stewartii subsp. stewartii
(Kontrol), 25, 50, 100, 150, 200, 400, 600, dan Benih terinfeksi diperoleh dari inokulasi
800 ppm selama 20 menit, kemudian benih buatan dengan merendam benih jagung manis
ditiriskan, dikeringanginkan. Benih yang telah yang telah disterilisasi permukaan dengan
diberi perlakuan panas kering dan bakterisida larutan NaOCl 1% selama 2 menit ke dalam
ditanam pada nampan plastik yang berisi suspensi bakteri P. stewartii subsp. stewartii
pasir steril. Pengamatan dilakukan dengan (PSS 196) usia 24 jam (OD = 0.4, λ = 600 nm)
menghitung daya berkecambah benih pada selama 30 menit. Benih yang telah direndam
7 hari setelah tanam (hst). kemudian dikeringanginkan selama 24 jam.
Perlakuan panas kering terhadap P. Perlakuan panas kering diberikan dengan
stewartii subsp. stewartii pada kondisi in vitro memanaskan benih jagung manis terinfeksi
diberikan dengan memasukkan 1 mL suspensi dengan oven. Suhu yang digunakan untuk
P. stewartii subsp. stewartii ke dalam tabung perlakuan adalah 40, 45, 50, 55, dan 60 °C,
ependorf. Tabung berisi suspensi bakteri diberi selama 24 jam serta tanpa pemanasan
perlakuan suhu 40, 45, 50, 60, dan 70 °C sebagai kontrol. Sedangkan pada perlakuan
selama 24 jam serta tanpa pemanasan sebagai bakterisida, benih jagung manis terinfeksi
kontrol. Suspensi bakteri diencerkan berseri direndam dalam larutan bakterisida berbahan
dengan larutan NaCl 0.8% sebagai pengencer. aktif streptomisin sulfat. Konsentrasi yang
Sebanyak 100 µL suspensi bakteri diratakan digunakan adalah 0, 25, 50, 100, 150, dan
pada medium yeast extract dextrosa-calcium 200 ppm selama 20 menit.
carbonat agar (YDCA), kemudian diinkubasi
pada suhu ruang selama 24 jam. Pengamatan Percobaan III: Kombinasi Perlakuan Panas
dilakukan dengan menghitung koloni bakteri Kering dan Bakterisida pada Benih Jagung
yang tumbuh pada medium untuk mengetahui Manis Terinfeksi P. stewartii subsp. stewartii
kepadatan populasinya. Benih jagung manis terinfeksi diberi
Perlakuan bakterisida disiapkan dengan kombinasi perlakuan bakterisida dan panas
memasukkan 100 µL suspensi P. stewartii kering. Kombinasi perlakuan diberikan dengan
subsp. stewartii (OD = 0.4, λ = 600 nm) ke merendam benih terinfeksi P. stewartii subsp.
dalam tabung reaksi yang berisi 5 mL medium stewartii pada larutan bakterisida konsentrasi
NB. Sebanyak 100 µL larutan bakterisida 25, 50, dan 100 ppm selama 20 menit sebelum
berbahan aktif streptomisin sulfat dengan dan setelah perlakuan panas kering suhu 45,
konsentrasi 0, 25, 50, 100, 150, 200, 400, 600, 50, dan 55 °C selama 24 jam.
dan 800 ppm digunakan dalam uji ini. Kultur
bakteri selanjutnya diinkubasi pada inkubator Pengamatan Percobaan II dan III
bergoyang selama 24 jam dengan kecepatan Pengaruh perlakuan terhadap viabilitas
110× g. Pengamatan dilaku-kan dengan benih dilakukan dengan menanam benih yang
menghitung nilai optical density (OD) pada telah diberi perlakuan pada nampan plastik
spektrometer dengan λ = 600 nm. berisi pasir steril. Pengamatan dilakukan
Data yang diperoleh dibuat grafik hubungan terhadap vigor (4 hst) dan daya berkecambah
antara dosis perlakuan (suhu dan konsentrasi) benih (7 hst).
dan viabilitas benih jagung manis dan bakteri Pengaruh perlakuan terhadap viabilitas
P. stewartii subsp. stewartii (Forsberg bakteri dilakukan dengan mengekstraksi 1 g
2004). Interval suhu dan konsentrasi yang benih yang telah diberi perlakuan dengan
mampu menurunkan populasi bakteri dengan 10 mL larutan NaCl 0.8%. Sebanyak 100 µL
perkecambahan benih yang tinggi (treatment suspensi disebar pada medium YDCA dengan
window) digunakan untuk perlakuan benih glass beads steril, kemudian diinkubasi pada
yang terinfeksi P. stewartii subsp. stewartii. suhu ruang selama 48 jam. Pengamatan

130
J Fitopatol Indones Nalis et al.

dilakukan dengan menghitung koloni bakteri (Gambar 1b). Pengujian daya kecambah
yang tumbuh pada medium untuk mengetahui benih jagung manis pada konsentrasi 200 ppm
kepadatan populasi bakteri per g benih. menunjukkan adanya gejala fitotoksis atau
keracunan pada kecambah (Gambar 2).
Analisis Data Percobaan II dan III Bakterisida berbahan aktif streptomisin sulfat
Penelitian disusun dalam rancangan acak mampu menghambat populasi P. stewartii
lengkap (RAL) untuk percobaan II dan RAL subsp. stewartii pada kondisi in vitro yang
faktorial untuk percobaan III dengan masing- ditandai dengan semakin rendahnya nilai
masing perlakuan sebanyak 4 ulangan. Data OD pada konsentrasi yang semakin tinggi
dianalisis dengan analisis ragam (ANOVA) (Gambar 1b).
dan dilanjutkan dengan uji Tukey α 1%. Berdasarkan treatment window, suhu
perlakuan panas kering dan konsentrasi
HASIL bakterisida yang dapat dijadikan untuk
perlakuan benih jagung manis yang terinfeksi
Penentuan Treatment Window Perlakuan P. stewartii subsp. stewartii masing-masing
Panas Kering dan Bakterisida ialah antara 40 °C dan 60 °C (Gambar 1a)
Perlakuan panas kering pada benih dengan dan antara 25 ppm dan 200 ppm (Gambar
suhu 40 dan 45 °C mampu meningkatkan 1b). Konsentrasi 400–800 ppm tidak di-
daya berkecambah benih jagung manis rekomendasikan untuk perlakuan karena
dibandingkan dengan kontrol. Perlakuan me-nyebabkan keracunan pada kecambah
panas kering juga sangat berpengaruh yang cukup tinggi (5.75–12.75%) walaupun
terhadap populasi bakteri P. stewartii subsp. memiliki daya berkecambah benih yang relatif
stewartii pada kondisi in vitro yang ditandai baik.
dari adanya penurunan jumlah koloni bakteri
setelah diberi perlakuan. Perlakuan panas Perlakuan Panas Kering dan Bakterisida
kering pada suhu 50 °C selama 24 jam dapat pada Benih Jagung Manis Terinfeksi P.
mematikan P. stewartii subsp. stewartii pada stewartii subsp. stewartii
kondisi in vitro (Gambar 1a). Perlakuan panas kering pada benih yang
Perendaman benih jagung manis pada terinfeksi P. stewartii subsp. stewartii dengan
larutan bakterisida sangat berpengaruh suhu 40–50 °C selama 24 jam memiliki vigor
terhadap daya berkecambah benih jagung dan daya berkecambah benih yang baik, yaitu
manis. Konsentrasi 25–200 ppm mampu di atas 90% serta tidak berbeda nyata dengan
meningkatkan daya berkecambah benih kontrol. Perlakuan panas kering pada suhu
jagung manis dibandingkan dengan kontrol 60 °C selama 24 jam memiliki persentase vigor

120
120 12
12 120
120 tw 1.2
1,2
tw
Daya berkecambah tanaman (%)

Daya berkecambah tanaman (%)

Nilai optical density;λ=600nm


Jumlah koloni bakteri (cfu ml-1)

100
100 10
10 100
100 1.0
1

80
80 8 8 80
80 0.8
0,8

60
60 6 6 60
60 0.6
0,6

40
40 4 4 40
40 0.4
0,4

20
20 2 2 20
20 0.2
0,2

00 00 0 00.0
0 0
25
25 30
30 35
35 40
40 45
45 50
50 55
55 60
60 65
65 70
70 75
75 0 100
100 200
200 300
300 400
400 500
500 600
600 700
700 800 900
800 900
Suhu (°C) Konsentrasi (ppm)
a b
Gambar 1 Pengaruh perlakuan terhadap daya berkecambah benih jagung manis ( ) dan
populasi bakteri Pantoea stewartii subsp. stewartii ( ). a, panas kering; b, bakterisida; tw,
daerah treatment window.

131
J Fitopatol Indones Nalis et al.

dan daya berkecambah yang paling rendah, untuk perlakuan benih jagung manis karena
yaitu masing-masing sebesar 78.25% dan menyebabkan fitotoksis terhadap kecambah,
82.50%. Perlakuan panas kering pada benih yaitu masing-masing sebesar 1.50% dan
yang terinfeksi P. stewartii subsp. stewartii 2.75%, yang ditandai dengan adanya klorosis
kurang efektif untuk mematikan bakteri yang pada kecambah (Gambar 2). Pemberian
terdapat dalam benih. Penurunan populasi bakterisida pada benih yang terinfeksi bakteri
bakteri pada benih yang diberi perlakuan tidak P. stewartii subsp. stewartii belum mampu
berbeda nyata dibandingkan dengan kontrol. mematikan bakteri yang terdapat dalam benih,
Jumlah koloni bakteri pada benih terinfeksi namun secara nyata mampu menurunkan
setelah diberi perlakuan panas kering sampai populasinya dibandingkan dengan kontrol.
suhu 55 °C selama 24 jam masih cukup tinggi, Populasi bakteri terus mengalami penurunan
penurunan terjadi setelah pemanasan 60 °C seiring dengan peningkatan konsentrasi
selama 24 jam (Tabel 1). bakterisida. Populasi terendah diperoleh pada
Benih terinfeksi bakteri P. stewartii perendaman bakterisida dengan konsentrasi
subsp. stewartii yang telah diberi perlakuan 200 ppm (Tabel 2).
bakterisida (bahan aktif streptomisin sulfat)
pada konsentrasi 25–200 ppm memiliki Kombinasi Perlakuan Panas Kering
persentase vigor dan daya berkecambah dengan Bakterisida pada Benih Jagung
yang baik dan tidak berbeda nyata dengan Manis Terinfeksi P. stewartii subsp. stewartii
kontrol (Tabel 2). Konsentrasi 150 ppm dan Perendaman benih terinfeksi dengan
200 ppm tidak dapat direkomendasikan bakterisida konsentrasi 100 ppm sebelum dan

a b c
Gambar 2 Gejala keracunan bakterisida streptomisin sulfat (150 ppm dan 200 ppm) pada
kecambah jagung manis pada 7 hst. a, klorosis pada bagian tulang daun utama; b, klorosis pada
seluruh lamina daun dan; c, klorosis pada seluruh kecambah.
Tabel 1 Pengaruh perlakuan panas kering pada benih jagung manis yang terinfeksi bakteri
P. stewartii subsp. stewartii terhadap viabilitas benih dan populasi bakteri

Suhu Vigor Daya berkecambah Jumlah koloni bakteri


(°C) (%) (%) (log 10 cfu g-1)
Kontrol 88.50 a 94.5 a 5.80 a
40 89.50 a 96.0 a 5.52 ab
45 87.00 ab 92.5 a 5.19 ab
50 89.25 a 94.5 a 4.63 ab
55 82.50 ab 85.5 b 4.17 ab
60 78.25 b 82.5 b 3.85 b
Angka yang diikuti dengan huruf yang sama pada kolom yang sama menunjukkan tidak berbeda nyata berdasarkan
uji Tukey pada α 1%

132
J Fitopatol Indones Nalis et al.

setelah perlakuan panas kering suhu 45, 50, daya berkecambah benih jagung manis
dan 55 °C selama 24 jam cukup efektif untuk dibandingkan dengan kontrol. Hal yang sama
menekan bakteri P. stewartii subsp. stewartii
dilaporkan oleh Izli dan Isik (2010) bahwa
pada benih (Tabel 3) dibandingkan dengan pengeringan benih jagung pada suhu 45 °C
konsentrasi 25 ppm dan 50 ppm. Hasil terbaikmemberikan hasil yang optimal terhadap
dalam penekanan populasi bakteri terjadi vigor dan daya berkecambah. Perlakuan panas
pada suhu pemanasan 55 °C dan konsenstrasi kering mampu mematikan P. stewartii subsp.
bakterisida 100 ppm. Perlakuan bakterisida stewartii pada kondisi in vitro khususnya pada
konsentrasi 100 ppm sebelum perlakuan panas suhu 50 °C selama 24 jam. Secara umum
kering (55 °C) populasi bakterinya mencapai pengaruh langsung dari panas terhadap bakteri
0 cfu g-1 benih. Kombinasi kedua perlakuan patogen meliputi perubahan dalam struktur
tersebut (konsentrasi 100%, suhu 55 °C selama
dinding dan inti sel, denaturasi protein,
24 jam) juga masih memiliki persentase daya kerusakan mitokondria, keluarnya senyawa
berkecambah di atas 80%. lipid, kerusakan hormon, berkurangnya
oksigen pada jaringan, dan gangguan
PEMBAHASAN metabolisme sehingga menyebabkan bakteri
menjadi inaktif (Palou 2013).
Perlakuan panas kering pada benih dengan Perlakuan bakterisida tidak terlalu ber-
suhu 40 °C dan 45 °C terbukti meningkatkan pengaruh terhadap daya berkecambah benih,

Tabel 2 Pengaruh perlakuan bakterisida berbahan aktif streptomisin sulfat pada benih jagung
manis yang terinfeksi bakteri Pantoea stewartii subsp. stewartii terhadap viabilitas benih dan
populasi bakteri
Konsentrasi Vigor Daya berkecambah Toksisitas pada kecambah Jumlah koloni bakteri
(ppm) (%) (%) (%) (log 10 cfu g-1)
Kontrol 88.75 a 91.75 a 0.00 5.36 a
25 89.25 a 92.00 a 0.00 3.75 b
50 87.00 a 89.50 a 0.00 2.73 b
100 87.75 a 89.50 a 0.00 2.42 b
150 89.25 a 92.50 a 1.50 1.98 bc
200 88.25 a 91.50 a 2.75 1.67 c
Angka yang diikuti huruf yang sama pada kolom yang sama menunjukkan hasil yang tidak berbeda nyata
berdasarkan uji Tukey pada α 1%

Tabel 3 Pengaruh perlakuan bakterisida berbahan aktif streptomisin sulfat dan perlakuan panas
kering pada benih jagung yang terinfeksi bakteri Pantoea stewartii subsp. stewartii terhadap
viabilitas benih dan populasi bakteri

Konsen- Vigor Daya berkecambah Populasi bakteri


Waktu (%) (%) (log 10 cfu g-1)
trasi
aplikasi
(ppm) 45 °C 50 °C 55 °C 45 °C 50 °C 55 °C 45 °C 50 °C 55 °C
Sebelum 25 90.25 ab 94.00 a 73.50 d 93.50 ab 96.50 a 82.50 c 3.20 a 3.23 a 2.53 ab
perlakuan 50 90.25 ab 85.25 abc 78.50 bc 94.00 ab 96.00 ab 86.25 abc 2.16 ab 3.12 a 3.34 a
panas 100 93.25 ab 78.20 bc 77.50 bc 95.75 ab 88.50 abc 85.75 bc 1.74 ab 1.74 ab 0.00 b
kering
Setelah 25 92.00 ab 84.75 abc 83.75 abcd 96.00 ab 91.25 abc 90.75 abc 3.12 a 3.74 a 2.12 ab
perlakuan 50 90.50 ab 81.25 bcd 88.25 abc 93.25 ab 90.50 abc 92.75 abc 1.67 ab 3.27 a 2.54 ab
panas 100 90.75 ab 82.00 bcd 81.25 bcd 94.25 ab 90.25 abc 87.50 abc 1.14 ab 2.05 ab 1.13 ab
kering
Angka yang diikuti huruf yang sama pada kolom yang sama menunjukkan hasil yang tidak berbeda nyata berdasarkan uji
Tukey pada α 1%

133
J Fitopatol Indones Nalis et al.

namun pada konsentrasi 200–800 ppm pada 24 jam, tetapi memiliki persentase daya
percobaan I menyebabkan gejala keracunan berkecambah benih di atas batas minimimal
pada kecambah. Hasil berbeda dilaporkan oleh yang telah ditetapkan oleh Balai Pengawasan
Rahmawati (2009), pemberian bakterisida dan Sertifikasi Benih (BPSB), yaitu batas
yang sama dengan konsentrasi 0.1–0.4% tidak minimal daya berkecambah untuk sertifikasi
menunjukkan gejala toksisitas pada benih padi. benih jagung adalah 80%. Perlakuan panas
Perbedaan ini dapat disebabkan karena bentuk kering pada benih jagung manis yang
morfologi dan fisiologi benih yang berbeda. terinfeksi P. stewartii subsp. stewartii
Perlakuan bakterisida berpengaruh terhadap dapat menurunkan populasi bakteri yang
rendahnya populasi P. stewartii subsp. terdapat di dalamnya,tetapi belum mampu
stewartii pada kondisi in vitro. Rendahnya mengeliminasinya. Hal ini sangat berbeda
populasi bakteri terjadi karena pengaruh dari dengan kondisi in vitro, pada suhu 50 °C
cara kerja streptomisin sulfat yang mengikat selama 24 jam mampu mematikan bakteri.
protein S12 dari subunit 30S ribosom sehingga Perbedaan ini disebabkan bakteri P. stewartii
menghambat sintesis protein dalam sel bakteri subsp. stewartii terdapat di dalam kalazal dan
serta menyebabkan kesalahan pembacaan endosperm (Singh dan Mathur 2004) sehingga
kode genetik dan akhirnya menyebabkan paparan panas yang dihasilkan pada suhu
kematian sel bakteri (Sharma et al. 2007). 50–60 °C selama 24 jam tidak dapat langsung
Pengaruh perlakuan panas kering dan mengenai sel bakteri dan merusak dinding sel
bakterisida terhadap daya berkecambah bakteri yang ada di daerah tersebut karena
benih jagung manis dan populasi P. stewartii terhalang oleh bagian dari benih, seperti kulit
subsp. stewartii pada kondisi in vitro dapat benih.
dijadikan sebagai acuan untuk perlakuan Pemberian bakerisida (streptomisin sulfat)
benih yang terinfeksi bakteri tersebut. Suhu pada benih jagung manis yang terinfeksi
pemanasan dan konsentrasi bakterisida yang P. stewartii subsp. stewartii masih meng-
dapat digunakan untuk perlakuan benih ialah hasilkan vigor dan daya kecambah yang baik,
yang mampu mematikan bakteri secara in yaitu di atas 80%. Perlakuan bakterisida ini
vitro, namun persentase daya berkecambah pada konsentrasi 25–100 ppm juga secara
benih tetap tinggi. Daerah ini dikenal dengan nyata mampu menurunkan populasi bakteri
istilah treatment window (Forsberg 2004). P. stewartii subsp. stewartii yang terdapat
Pada interval suhu dan konsentrasi tersebut dalam benih walaupun belum mampu
tanaman masih memiliki daya berkecambah mengeliminasinya. Milijašević et al. (2009)
yang tinggi dan bakteri P. stewartii subsp. melaporkan bahwa streptomisin sulfat dengan
stewartii secara in vitro sudah mengalami konsentrasi 0.025% mampu mengurangi
penurunan yang cukup signifikan. populasi patogen Clavibacter michiganensis
Pengaruh perlakuan panas kering terhadap subsp. michiganensis pada persemaian tomat
vigor dan daya kecambah benih jagung di rumah kaca.
manis yang terinfeksi P. stewartii subsp. Kombinasi perlakuan bakterisida
stewartii masih menghasilkan vigor dan daya konsentrasi 100 ppm dan dilanjutkan per-
kecambah yang cukup baik, yaitu di atas 90%, lakuan panas kering suhu 55 °C selama 24 jam
khususnya pada suhu 40–50 °C selama 24 jam. menghasilkan daya berkecambah yang me-
Hal yang sama dilaporkan oleh Farooq et al. menuhi standar sesuai BPSB, yaitu di atas
(2006) bahwa perlakuan panas kering pada 80% serta mampu mengeliminasi bakteri
benih tomat pada suhu 40 °C dan 50 °C P. stewartii subsp. stewartii yang terdapat di
selama 24 jam mampu meningkatkan daya dalam benih. Keberhasilan ini disebabkan
berkecambah dan vigor dibandingkan dengan pengaruh mode of action dari streptomisin
yang tidak diberi perlakuan. Penurunan sulfat yang mengikat subunit 30S ribosom
persentase vigor dan daya berkecambah benih yang menghambat sintesis protein dalam
terjadi pada suhu 55 °C dan 60 °C selama sel bakteri P. stewartii subsp. stewartii

134
J Fitopatol Indones Nalis et al.

(Sharma et al. 2007) ditambah dengan proses bacteria by thermoteraphy and meristem
pemanasan yang menyebabkan rusaknya culture. Di dalam: Cassells AC, editor.
dinding sel bakteri dan terjadinya denaturasi Pathogen and Microbial Contamination
dan agregasi protein dalam sel sehingga Management in Micropropagation.
menyebabkan kematian pada sel bakteri Dordrecht (NL): Kluwer Academic
(Palou 2013). Hasil ini menunjukkan bahwa Publisher. hlm 225–231.
perlakuan pada benih jagung manis yang Izli N, Isik E. 2010. Determination of economic
terinfeksi bakteri P. stewartii subsp. stewartii cost, vigour and rate of germination in
kurang efektif bila diberikan secara tunggal. batch drying of maize seeds. Int Agrophys.
Kombinasi beberapa perlakuan benih, baik 24:93–96.
fisik maupun kimiawi dapat dijadikan sebagai [Kementan] Menteri Pertanian. 2011.
alternatif pengendalian untuk mengeliminasi Peraturan Menteri Pertanian Nomor 93/
bakteri P. stewartii subsp. stewartii pada Permentan/OT.140/12/2011 tentang Jenis
benih. Organisme Pengganggu Tumbuhan
Karantina. Jakarta (ID): Kementan.
UCAPAN TERIMA KASIH Michener PM, Pataky JK, White DG. 2002.
Rates of transmitting Erwinia stewartii
Terima kasih kepada Badan Karantina from seed to seedlings of a sweet corn
Pertanian yang telah memberi beasiswa hybrid susceptible to Stewart’s wilt. Plant
pascasarjana kepada penulis. Balai Uji Terap Dis. 86:1031–1035.
Teknik dan Metode Karantina Pertanian yang Milijašević S, Todorović B, Potočnik I,
telah memberikan fasilitas selama penelitian. Rekanović E, Stepanović M. 2009. Effects
of copper-based compounds, antibiotics
DAFTAR PUSTAKA and a plant activator on population sizes
and spread of Clavibacter michiganensis
Block CC, Hill JH, McGee DC. 1998. Seed subsp. michiganensis in green house
transmission of Pantoea stewartii in field tomato seedlings. Pestic Phytomed
and sweet corn. Plant Dis. 82:775–780. (Belgrade). 24:19–27.
Dye DW. 1969. A taxonomic study of the Pataky JK. 2004. Stewart’s Wilt Of
genus Erwinia. III. The 'herbicola' group. Corn. St. Paul (US): The American
N.Z. J Sci. 12(2):223–236. Phytopathological Society.
Farooq M, Basra SMA, Salem BA, Nafees Pataky JK, Michener PM, Freeman ND,
M. 2006. Germination, seedling vigor and Weinzierl R A, Teyker RH. 2000. Control
electrical conductivity of seed leachates as of Stewart’s wilt in sweet corn with seed
affected by dry heat treatment of tomato treatment insecticides. Plant Dis. 84:1104–
seeds [abstrak]. Acta Horti. 771:  XXVII. 1108.
D O I : n h t t p : / / d x . d o i . o rg / 1 0 . 1 7 6 6 0 / Palou L. 2013. Heat treatments for the control
ActaHortic.2008.771.5 of citrus postharvest green mold caused by
Forsberg G. 2004. Control of cereal seed-borne Penicillium digitatum. Di dalam: Vilas M,
diseases by hot humid air seed treatment editor. Microbial Pathogens and Strategies
[doctoral thesis]. Upsala (CH): Swedish for Combating Them: Science, Technology
University of Agricultural Sciences. and Education. Badajoz (ES): Formatex
[FSANZ] Food Standards Australia New Research Center. hlm 508–514.
Zealand. 2011. Treatment of Apple Trees Rahma H, Sinaga MS, Surahman M, Giyanto.
with Streptomycin and Potential Risk to 2013. Tingkat kejadian penyakit layu
Human Health. Canberra BC (AU): Food Stewart pada benih dan respon beberapa
Standards Australia New Zealand. varietas jagung terhadap infeksi Pantoea
Grum M, Camloh M, Rudolph K, Ravnikar stewartii subsp. stewartii. J HPT Tropika.
M. 2007. Elimination of bean seed-borne 13(1):1–9.

135
J Fitopatol Indones Nalis et al.

Rahmawati AY. 2009. Pengaruh perlakuan Sharma D, Cukras AR, Rogers EJ, Southworth
matriconditioning plus bakterisida sintetis DR, Green R. 2007. Mutational analysis
atau nabati untuk mengendalikan hawar of S12 protein and implications for the
daun bakteri (Xanthomonas oryzae pv. accuracy of decoding by the ribosome. J
oryzae) terbawa benih serta meningkatkan Mol Biol. 374(4):1065–1076.
viabilitas dan vigor benih padi (Oryza Singh D, Mathur SB. 2004. Histopathology of
sativa L.). [skripsi]. Bogor (ID). Institut Seed-Borne Infection. Florida (US):CRC
Pertanian Bogor. Pr.

136
Volume 11, Nomor 4, Agustus 2015
Halaman 137–141
DOI: 10.14692/jfi.11.4.137
ISSN: 0215-7950

KOMUNIKASI SINGKAT

Ekspresi Rekombinan Gen Protein Selubung Pepper vein yellows virus

Expression of Recombinant Pepper vein yellow virus


Coat Protein Gene

Rita Kurnia Apindiati, Gede Suastika*, Kikin Hamzah Mutaqin


Institut Pertanian Bogor, Bogor 16680

ABSTRAK

Pepper vein yellows virus (PeVYV) isolat Bali telah berhasil diidentifikasi dari tanaman cabai
bergejala klorosis. Oleh karena belum tersedia antiserum spesifik PeVYV komersial, untuk kepentingan
deteksi perlu upaya membuat antiserum. Salah satu teknik terbaru dalam menyediakan sumber antigen
untuk pembuatan antiserum ialah melalui teknik ekspresi gen protein selubung virus pada bakteri
ekspresi yang sesuai. Gen protein selubung PeVYV berukuran ~650 pb diamplifikasi dengan primer
spesifik, dikloning pada vektor ekspresi pQE30, ditransformasi dan dikayakan ekspresi gen tersebut
(overexpression) pada bakteri ekspresi E. coli galur M15 [pREP4]. Analisis SDS-PAGE menunjukkan
rekombinan gen protein selubung PeVYV berhasil terekspresi dengan pita protein berukuran ~25 kDa
setelah 6 jam diinduksi dengan 0.5 mM IPTG pada suhu 37 °C.
Kata kunci: antiserum,rekombinan, SDS-PAGE, vektor ekspresi

ABSTRACT

Pepper vein yellows virus (PeVYV) isolate from Bali have been identified from pepper plants
with chlorosis symptoms. Specific antiserum of PeVYV had not available yet commercially. One of
the advance techniques in providing a source of abundant antigen for antiserum production is through
molecular approach by overexpressed the coat protein gene in suitable bacterial expression system.
PeVYV coat protein gene of ~650 bp in size was amplified using specific primers, then was cloned into
pQE30 expression vector and was over expressed in E. coli strain M15 [pREP4]. SDS-PAGE analysis
showed that the recombinant coat protein gene of PeVYV was successfully expressed protein band with
size of ~25 kDa at 6 hours after induction by 0.5 mM IPTG on 37 °C.
Key words: antiserum, expression vector, recombinant, SDS-PAGE

Pepper vein yellows virus (PeVYV- cabai di Desa Kertha, Kecamatan Payangan,
Luteoviridae; Polerovirus) dilaporkan sebagai Kabupaten Gianyar, Provinsi Bali (Suastika et
penyebab penyakit klorosis. Gejala infeksi al. 2012). Pada tahun 1981, tanaman paprika
virus yang khas yaitu menguning namun menunjukkan gejala klorosis dengan tulang
tulang daun tetap hijau sehingga tampak daun menguning dan daun menggulung
menyirip. Gejala ini ditemukan pada tanaman di beberapa daerah di Kitanakagusuku,

*Alamat penulis korespondensi: Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor,
Jalan Kamper, Kampus Darmaga IPB, Bogor 16680
Tel: 0251- 8629364, Faks: 0251- 8629362, Surel: gedesuast@gmail.com

137
J Fitopatol Indones Apindiati et al.

Okinawa, Ishigaki, dan Miyako, Jepang. Cucumber mosaic virus (CMV) berhasil
Gejala ini awalnya diduga disebabkan oleh dikayakan pada bakteri ekspresi E. coli galur
defisiensi magnesium. Namun, Yonaha et M15 [pREP4] menggunakan vektor ekspresi
al. (1995) menduga penyakit ini disebabkan pQE30 dan proteinnya digunakan sebagai
oleh infeksi virus. Buah sakit menunjukkan sumber antigen dalam pembuatan antiserum
gejala berwarna tidak seragam dan berubah (Khan et al. 2011). Ekpresi gen CP Rice stripe
warna (diskolorisasi) pada tanaman paprika di virus (RSV) berhasil dikayakan pada bakteri
Spanyol (Villanueva et al. 2013). E. coli galur BL21(DE3) menggunakan vektor
Berdasarkan pengamatan partikel virus ekspresi pET28 dan pET30 (Lian et al. 2011).
yang diisolasi dari tanaman, partikel virus Selain itu, ekpresi gen CP Sugarcane streak
menyerupai Luteovirus, virus bereplikasi mosaic virus (SCSMV) berhasil dikayakan
di jaringan floem, dapat ditularkan melalui pada bakteri E. coli galur BL21(DE3)
penyambungan dan vektor Aphis gossypii menggunakan vektor ekspresi pRSET-A
Glover (Gray dan Gildow 2003; Murakami et (Hema et al. 2003)
al. 2011). Gen protein selubung PeVYV
Genom PeVYV (no. aksesi AB594828) diamplifikasi dengan primer spesifik gen CP
berukuran 6244 pb terdiri atas enam open yang mengandung situs enzim restriksi BamHI
reading frames (ORFs). ORF0 mengkode pada primer forward dan PstI pada primer
protein 0 (P0) terdiri atas 249 asam amino, reverse dengan program amplifikasi yang
ORF1 dan ORF2 mengkode fusion protein telah dilaporkan sebelumnya (Apindiati et al.
P1-P2 terdiri atas 1085 asam amino, yang 2015). Pita DNA berukuran ~650 pb berhasil
diduga berperan sebagai RNA-dependent teramplifikasi (Gambar 1). Selanjutnya, DNA
RNA polymerase (RdRp), ORF3 mengkode CP-PeVYV dipotong dengan enzim BamHI
protein 3 (P3) terdiri atas 206 asam amino dan PstI dan diligasi dengan enzim T4 DNA
yang merupakan coat protein (CP; protein ligase ke vektor ekspresi pQE30 (Qiagen)
selubung), dan sejajar ORF4 yang mengkode pada situs enzim restriksi yang sama sehingga
protein 4 (P4) terdiri atas 156 asam amino terbentuk plasmid rekombinan pQE30-CP-
yang merupakan protein VPg genome linked, PeVYV dengan ukuran fusi protein ~25 kDa
dan ORF5 mengkode protein 5 (P5) yang (Gambar 2a).
terdiri atas 736 asam amino dan memiliki
read-through domain (RTD) terdiri atas M K(-) K(+) 1
produk ORF3 (CP) serta berdekatan dengan
ORF5 (NCBI 2013).
RT-PCR tidak efisien untuk deteksi rutin
virus dalam skala besar, sehingga metode
serologi seperti ELISA masih menjadi pilihan
untuk deteksi dini sampel atau monitoring
penyakit di lapangan. Produksi antiserum 750 pb
~650 pb
memerlukan antigen dalam jumlah dan kualitas 500 pb
yang cukup. Namun, sangat sulit mendapatkan
virus murni dalam jumlah yang cukup pada
virus yang distribusinya dalam jaringan
tanaman terbatas pada floem dan konsentrasi Gambar 1 Hasil amplifikasi DNA sampel daun
rendah seperti PeVYV. Berkembangnya tanaman cabai bergejala klorosis (lajur 1).
teknik biologi molekuler seperti amplifikasi K(-), kontrol sehat; K(+), kontrol positif dari
DNA, kloning, dan ekpresi gen pada bakteri tanaman sakit dan; M, penanda 1 Kpb DNA
ekspresi memungkinkan didapatkan sumber ladder (Thermo Scientific, US) (Apindiati et
immunogen yang melimpah (Fajardo et al. 2015).
al. 2007). Sebelumnya, ekspresi gen CP

138
J Fitopatol Indones Apindiati et al.

Plasmid rekombinan ditransformasi ke E. antara konsentrasi IPTG yang digunakan,


coli galur M15 (Qiagen) dengan metode heat ekspresi protein rekombinan CP terekspresi
shock dan ditumbuhkan pada media seleksi pada konsentrasi 0.5 mM dan waktu panen
Luria Bertani Agar (LBA) yang mengandung bakteri pada saat 6 jam setelah diinduksi IPTG
antibiotik ampisilin (50 µg mL-1) dan (Gambar 2b).
kanamisin (25 µg mL-1). Koloni yang tumbuh Bakteri E. coli memiliki berbagai
pada media seleksi dikonfirmasi dengan PCR keunggulan, antara lain ialah kemampuannya
koloni menggunakan pasangan primer tersebut untuk tumbuh dengan cepat, densitas sel
di atas. yang tinggi, media pertumbuhan yang
Ekspresi rekombinan CP-PeVYV murah, karakteristik genetik yang jelas,
dilakukan dengan menginokulasi 500 µL serta ketersediaan galur mutan dengan yang
bakteri ke dalam 30 mL media LB cair yang sesuai berbagai pasangan vektor kloning.
mengandung antibiotik ampisilin (50 µg mL-1) Meskipun tidak selalu ada jaminan bahwa
dan kanamisin (25 µg mL-1). Optimasi ekspresi protein heterologus akan dihasilkan oleh E.
rekombinan CP-PeVYV dilakukan pada coli dalam jumlah yang tinggi dan aktif secara
beberapa suhu inkubasi yang berbeda yaitu biologis, berbagai cara telah dilakukan untuk
suhu 25, 28, 30, dan 37 oC pada konsentrasi meningkatkan performa dari mikroorganisme
Isoprophyl-β-D-thiogalactoside (IPTG) final ini (Baneyx 1999).
0.25 mM, 0.5 mM, dan 1 mM dan waktu Vektor pQE30 dan bakteri ekspresi M15
panen 3, 6, 9, 12, dan 15 jam setelah diinduksi adalah termasuk bakteri ekspresi dengan low
IPTG. Biakan bakteri diinkubasi pada tiap copy number (Qiagen 2013). Namun, hasil
suhu dalam orbital shaker dengan kecepatan ekspresi protein rekombinan CP-PeVYV
75 rpm hingga pertumbuhan bakteri mencapai menunjukkan masih kurang melimpah. Hal
OD600 0.5 (sekitar 3-4 jam), lalu diinduksi ini menunjukkan perlu optimasi lebih lanjut
dengan IPTG dan diinkubasikan kembali kondisi ekspresi. Beberapa faktor yang perlu
agar bakteri mengekspresikan target protein dioptimasi ialah suhu inkubasi yang lebih
rekombinan. Setelah dipanen, biakan bakteri rendah seperti 20 oC dengan konsentrasi IPTG
dipeletkan dengan sentrifugasi pada kecepatan kisaran 0.25-1.0 mM, jenis bufer lisis protein
12 000 rpm selama 15 menit. Ekspresi protein yang digunakan, dan analisis ekspresi protein
yang dihasilkan dalam bentuk insoluble pada fraksi cair (soluble/ supernatan).
protein pada sel bakteri (pelet) dianalisis pada Berdasarkan hasil tersebut, rekombinan
12% sodium dedocyl sulphate polyacrilamide CP-PeVYV berhasil dibuat dan diekspresikan
gel electrophoresis (SDS-PAGE). pada bakteri ekspresi. Namun, untuk men-
Gen CP-PeVYV berukuran ~650 pb dapatkan jumlah protein yang cukup melimpah
mengkode ~217 asam amino (Apindiati et sebagai imunogen untuk pembuatan antiserum,
al. 2015). CP-PeVYV ~26 kDa (Murakami perlu optimasi lebih lanjut beberapa faktor
2014, komunikasi pribadi). PeVYV memiliki yang tidak tercakup dalam penelitian ini.
kekerabatan yang dekat dengan Pepper yellow
leaf curl polerovirus (PYLCV) (Dombrovsky DAFTAR PUSTAKA
et al. 2013).
Hasil optimasi ekpresi rekombinan Apindiati RK, Suastika G, Mutaqin KH. 2015.
CP-PeVYV pada suhu 25, 28, dan 30 oC Identifikasi Polerovirus penyebab klorosis
dengan konsentrasi IPTG yang digunakan pada cabai asal Bali, Indonesia. J Fitopatol
menunjukkan protein rekombinan CP-PeVYV Indones. 11(2):43–50. DOI: http://dx.doi.
tidak berhasil terekspresi; pita protein target org/10.14692/jfi.11.2.43.
tidak terbentuk (data tidak ditampilkan). Baneyx F. 1999. Recombinant protein
Namun, inkubasi pada suhu 37 oC protein expression in Escherichia coli. Curr Opinion
rekombinan CP menunjukkan terekspresi Biotech 10:411–421. DOI: http://dx.doi.
dengan pita protein berukuran ~25 kDa. Di org/10.1016/S0958-1669(99)00003-8.

139
J Fitopatol Indones Apindiati et al.

a
M 1 2 3 4 5
97.4

66.2

45.0

31.0
~25 kDa

b
Gambar 2 a, Skematik konstruksi gen CP-PeVYV pada vektor ekspresi pQE30 dengan enzim
restriksi BamHI dan PstI menunjukkan 0.84 kDa 6xHistag Protein dan 24.05 kDa fragmen yang
terekspresi dari CP-PeVYV; b, Ekspresi gen CP-PeVYV pada SDS-PAGE. Lajur 1, pQE30
tanpa insert; lajur 2, CP rekombinan tidak diinduksi; lajur 3-5 diinduksi IPTG 0.25 mM, 0.5
mM, dan 1 mM; MW, berat molekul protein (kDa). Penanda protein SDS-PAGE Low Range
dengan ukuran kDa(BioRad).

Dombrovsky A, Glanz E, Lachman O, Sela and production of polyclonal antibodies.


N, Doron-Faigenboim A, Antignus Y. Fitopatol Brasil. 32:496–500. DOI:
2013. The complete genomic sequence of http://dx.doi.org/10.1590/S0100-
Pepper yellow leaf curl virus (PYLCV) 41582007000600007
and its implications for our understanding Gray S, Gildow FE. 2003. Luteovirus-aphid
of evolution dynamics in the genus interactions. Annu Rev Phytopathol.
Polerovirus. Plos One. 8(7):1–11(e70722). 41:539–66. DOI: http://dx.doi.org/10.1146/
DOI: http://dx.doi.org/10.1371/journal. annurev.phyto.41.012203.105815.
pone.0070722. Hema M, Kirthi N, Sreenivasulu P, Savithri
Fajardo TVM, Barros DR, Nickel O, Kuhn HS. 2003. Development of recombinant
GB, Zerbini FM. 2007. Expression of coat protein antibody based IC-RT-PCR for
Grapevine leafroll-associated virus 3 detection and discrimination of Sugarcane
coat protein gene in Escherichia coli streak mosaic virus isolates from Southern

140
J Fitopatol Indones Apindiati et al.

India. Arch Virol. 148:1185–1193. DOI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/


http://dx.doi.org/10.1007/s00705-003- AB594828.1 [diakses 5 Juli 2015].
0015-y. Qiagen. 2013. Growth of Bacterial Cultures.
Khan S, Jan AT, Mandal B, Haq QMR. 2011. https://www.qiagen.com/id/resources/
Immunodiagnostics of Cucumber mosaic technologies/plasmid-resource-center/
virus using antisera developed against growth%20of%20bacterial%20cultures/
recombinant coat protein. Arch Phytopathol [diakses 2015 Juli 5].
and Plant Protection. 45(5):561–569. DOI: Suastika G, Hartono S, Nyana IDN, Natsuaki
http://dx.doi.org/10.1080/03235408.2011. T. 2012. Laporan pertama tentang infeksi
588043. Polerovirus pada tanaman cabai di daerah
Lian S, Jonson MG, ChoWK, Choi HS, Je YH, Bali, Indonesia. J Fitopatol Indones. 8(5):
Kim KH. 2011. Generation of antibodies 151–154.DOI: http://dx.doi.org/10.14692/
against Rice stripe virus proteins based jfi.8.5.151.
on recombinant protein and synthetic Villanueva F, Castillo P, Font MI, Fernandez
polypeptides. Plant Pathol J. 27(1):37–43. AA, Moriones E, Castillo JN. 2013. First
DOI:–http://dx.doi.org/10.5423/ Report of Pepper vein yellows virus
PPJ.2011.27.1.037. Infecting Sweet Pepper in Spain. American
Murakami R, Nakashima N, Hinomoto N, Phytopathol Soc. 97(9):1261. DOI: http://
Kawano S, Toyosato T. 2011. The genome dx.doi.org/10.1094/PDIS-04-13-0369-
sequence of Pepper vein yellows virus PDN.
(family Luteoviridae, genus Polerovirus). Yonaha T, Toyosato T, Kawano S, Osaki T.
Arch Virol. 156:921–923. DOI: http:// 1995. Pepper vein yellows virus, a Novel
dx.doi.org/10.1007/s00705-011-0956-5. Luteovirus from Bell Pepper Plants in
[NCBI] National Center for Biotechnology Japan. Ann Phytopathol Soc Jpn. 61:
Information. 2013. Pepper vein yellows 178–184. DOI: http://dx.doi.org/10.3186/
virus genomic RNA, complete genome. jjphytopath.61.178.
Bethesda MD (USA): Nucleotide.

141
Volume 11, Nomor 4, Agustus 2015
Halaman 113–120
DOI: 10.14692/jfi.11.4.113
ISSN: 0215-7950

Identifikasi Nematoda Puru Akar, Meloidogyne graminicola,


pada Tanaman Padi di Jawa Barat

Identification of Root Knot Nematodes, Meloidogyne graminicola,


on Rice in West Java

Mochamad Yadi Nurjayadi, Abdul Munif*, Gede Suastika


Institut Pertanian Bogor, Bogor 16680

ABSTRAK

Nematoda puru akar (NPA), Meloidogyne spp. merupakan salah satu patogen penting pada tanaman
padi di beberapa wilayah di dunia. Informasi mengenai NPA pada tanaman padi di Jawa Barat penting
untuk diketahui karena Jawa Barat merupakan salah satu sentra produksi padi nasional yang paling
besar. Tujuan penelitian ialah menentukan keberadaan dan mengidentifikasi NPA pada tanaman padi
di wilayah Jawa Barat. Sampel tanaman padi diambil dari 7 kabupaten penghasil padi di Jawa Barat.
Gejala khas tanaman padi yang terinfeksi oleh Meloidogyne spp. ialah pertumbuhan tanaman terhambat
dan bagian akarnya terbentuk puru. Hasil pengamatan di lapangan menunjukkan bahwa NPA ditemukan
menginfeksi tanaman padi di beberapa daerah di wilayah Bogor, Cirebon, dan Sukabumi. Semua stadium
perkembangan NPA yang meliputi telur; larva instar ke-2, 3, dan 4; betina dewasa dan jantan dewasa
ditemukan di dalam jaringan akar padi. Berdasarkan pengukuran panjang tubuh, panjang stilet, lebar
badan maksimum, dan panjang ekor larva instar ke-2 maupun morfologi pola perineal betina dewasa
dibuktikan bahwa nematoda pada akar padi ialah M. graminicola.
Kata kunci: Morfologi, morfometrik, pola perineal.

ABSTRACT

Root knot nematodes (RKN), Meloidogyne spp. is one of the most important rice pathogen in some
regions in the world. Information of RKN on rice plants in West Java is very important because West
Java is one of the largest national rice production center. The purpose of this study was to determine and
identify the presence of Meloidogyne spp. on rice plants in West Java. Rice plant samples were taken
from 7 rice-growing districts in West Java. Typical symptoms of infected rice plants by Meloidogyne
spp. are stunting and the formation of root galls. RKN was found to infect rice plants in several areas in
Bogor, Cirebon, and Sukabumi. All stadia of the RKN development which include eggs, second, third,
and fourth stage jeveniles, adult females and males were found inside the rice root tissues based on
nematode staining observation. Morphometric measurements of the body and stylet length, maximum
body width, length of the second stage juveniles, and female perineal pattern, indicated that Meloidogyne
species found was M. graminicola.
Key words: Morphology, morphometric, perineal pattern.

*Alamat penulis korespondensi: Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor,
Jalan Kamper, Kampus Darmaga IPB, Bogor 16680
Tel: 0251- 8629364, Faks: 0251- 8629362, Surel: munif73@gmail.com

113
J Fitopatol Indones Nurjayadi et al.

PENDAHULUAN padi nasional urutan ke-2 setelah Jawa


Timur selama kurang lebih 5 tahun dengan
Meloidogyne spp. yang dikenal sebagai rata-rata produksi mencapai 11 juta ton per
nematoda puru akar merupakan nematoda tahun semenjak tahun 2010–2014. Penelitian
parasit penting yang memiliki distribusi yang mengenai keberadaan NPA pada tanaman padi
luas dan mampu menginfeksi berbagai macam di Jawa Barat perlu diidentifikasi agar upaya
tanaman pertanian. Salah satu tanaman pencegahan dan pengendalian dapat dilakukan
budidaya yang dapat terserang oleh nematoda dengan lebih baik. Oleh karena itu, identifikasi
ini ialah padi. Serangan nematoda puru akar NPA secara morfologi pada tanaman padi
(NPA) pada tanaman padi dapat mengakibatkan di beberapa wilayah di Jawa Barat menjadi
kehilangan hasil yang bervariasi bergantung tujuan dari penelitian ini.
pada tingkat kepadatan populasi nematoda.
Beberapa hasil laporan menyatakan bahwa BAHAN DAN METODE
kehilangan hasil yang disebabkan oleh NPA
pada tanaman padi berkisar 20–80% di Pengambilan Sampel Akar Padi
berbagai kawasan Asia Selatan dan Tenggara Sampel NPA diambil dari pertanaman padi
(Erlan 1993; Padgham et al. 2004; Pokharel et di beberapa daerah di Jawa Barat, yaitu Bogor,
al. 2007; Jaiswal et al. 2011). Ciamis, Cirebon, Kuningan, Majalengka,
Gejala umum tanaman padi yang terinfeksi Subang, dan Sukabumi. Pengambilan sampel
NPA di antaranya ialah daun menguning, dilakukan dengan metode purpossive sampling,
pertumbuhan tanaman terhambat, tanaman yaitu setiap lahan diambil 10 tanaman yang
menjadi layu dan puru terbentuk pada akar terlihat terinfeksi NPA. Luas lahan yang
(Dutta et al. 2012). Spesies NPA yang mampu diambil berukuran minimal 100 m2. Sampel
menginfeksi akar padi bukan hanya satu spesies tanaman padi dicabut dan dimasukkan ke
saja melainkan beberapa spesies Meloidogyne. dalam kantong plastik, kemudian disimpan
Beberapa laporan menyatakan bahwa spesies ke dalam kotak pendingin. Proses ekstraksi
NPA yang dapat menyerang tanaman padi di nematoda dilaksanakan di laboratorium.
antaranya ialah M. graminicola, M. incognita,
M. javanica, M. arenaria, M. oryzae, M. Ekstraksi Nematoda
salasi, dan M. triticozae (Bridge et al. 2005; Ekstraksi nematoda dilakukan berdasar-
Pokharel et al. 2007; Nguyen et al. 2014). kan metode Hooper et al. (2009). Nematoda
Keberadaan NPA pada tanaman padi diekstraksi dengan metode pengabutan.
sudah dilaporkan di Indonesia. Laporan Akar padi yang terinfeksi NPA dibersihkan
pertama adanya infeksi nematoda puru dan dipotong-potong ± 1 cm. Potongan akar
akar pada tanaman padi terjadi pada tahun disimpan di atas saringan kasar dan diletakkan
1993 di Yogyakarta yang disebabkan oleh di atas corong yang di bagian bawahnya
M. graminicola dengan persentase infeksi terdapat gelas plastik untuk menampung hasil
mencapai 80% (Erlan 1993). Febriyani (2003) ekstraksi. Proses ini dilakukan di dalam ruang
juga melaporkan M. graminicola merupakan pengabutan dengan kondisi air melalui nozle
nematoda penyebab puru akar pada tanaman dialirkan ke potongan akar. Proses pengabutan
padi di Bogor. Laporan lain menyebutkan dibiarkan selama 48 jam. Setelah itu, gelas
bahwa pertanaman padi di Kecamatan Terisi, plastik yang berisi air disaring dengan
Kabupaten Indramayu sudah terinfeksi juga menggunakan penyaring 500 mesh. Nematoda
oleh NPA (Sari 2014). yang akan diperoleh adalah larva instar ke-2.
Jawa Barat merupakan salah satu provinsi Hasil ekstraksi nematoda ini didibuat preparat
penyumbang produksi padi terbesar nasional. untuk pengamatan morfologi dan morfometrik
Berdasarkan laporan dari Kementan (2015), larva instar ke-2.
Jawa Barat sebagai salah satu sentra produksi

114
J Fitopatol Indones Nurjayadi et al.

Preparat Semipermanen dan dipotong-potong dengan ukuran 1–2 cm


Preparat semipermanen dibuat berdasarkan dan direndam di dalam campuran kloroks
metode Goodey (1973). Bagian permukaan 5.25% selama 4 menit. Selanjutnya, akar
atas kaca preparat dibuat cincin parafin dibilas dengan air mengalir selama 45 detik
menggunakan bor gabus yang dipanaskan. dan direndam dalam air selama 15 menit
Larutan laktofenol (94 mL fenol, 83 mL asam kemudian dibilas hingga aroma kloroks
laktat, 160 mL gliserin, dan 100 mL akuades) hilang. Akar direbus dalam larutan fuksin
diteteskan 1 tetes di tengah lingkaran parafin (3.5 g asam fuksin, 250 mL asam asetat, dan
baru. Nematoda hasil ekstraksi dimatikan 750 mL akuades) yang mendidih selama
di dalam larutan FAA (10 mL formalin, 30 detik di penangas. Rebusan akar diangkat dan
1 mL asam asetat, 89 mL akuades) yang larutan asam fuksin dibuang, kemudian akar
telah dipanaskan pada suhu 70 oC dengan dibilas dengan air mengalir. Akar dimasukkan
perbandingan volume 1:1. Larva instar ke-2 ke dalam botol kecil dan ditambahkan dengan
yang yang telah mati diambil mengait dan gliserin hingga akar terendam dan ditambah
memasukkannya ke dalam larutan laktofenol 2 tetes larutan HCl. Selanjutnya akar direbus
yang berada di cincin parafin. Pada setiap kembali hingga mendidih dan warna akar
preparat diletakkan sebanyak 3–5 ekor terlarut. Akar yang sudah dingin disusun di
nematoda. Tahap selanjutnya, bagian atas atas kaca preparat dan diamati nematodanya
parafin diberi 3 helai glass woll secara radial menggunakan mikroskop cahaya dengan
untuk menahan kaca penutup, kemudian perbesaran 100×.
preparat difiksasi sebentar di atas api hingga
parafin meleleh. Tahap akhir, bagian tepi kaca Pengamatan Pola Perineal
penutup yang merekat dengan parafin diolesi Metode pengamatan pola perineal
perekat menggunakan kuteks kuku agar mengikuti prosedur Eisenback et al. (1981).
menjadi kedap udara. Pembuatan preparat Akar padi yang menunjukkan gejala terbentuk
semipermanen dilakukan untuk mengamati puru disimpan di dalam cawan sirakus
morfologi dan morfometrik larva instar ke-2. yang berisi air untuk dibedah dan diambil
nematoda betina dewasa. Nematoda betina
Pengamatan Morfologi dewasa diletakkan di atas kaca preparat yang
Pengamatan morfologi mengikuti prosedur berisi tetesan air. Bagian posterior nematoda
Eisenback dan Hunt (2009). Sebanyak 20 ekor dipotong dengan pisau bedah (scalpel blade
larva instar ke-2 pada preparat semipermanen no. 10) dan dibersihkan dari kotoran. Pada
diamati dan diukur dengan program komputer bagian posterior akan terlihat pola perineal
Dino Capture 2.0, The Versatile Digital yang dapat menentukan spesies Meloidogyne.
Microscope yang tersambung dengan Bagian pola perineal yang sudah bersih lalu
mikroskop cahaya pada perbesaran 100× dan ditutup dengan kaca penutup dan diamati
400×. Bagian nematoda yang diukur ialah menggunakan mikroskop cahaya pada
panjang tubuh nematoda, stilet, ekor, diameter perbesaran 400×. Jumlah pengamatan pola
tubuh maksimum, nilai a (perbandingan perineal yang diamati sebanyak 40 ekor
panjang badan/lebar badan maksimum) dan nematoda betina dewasa dari masing-masing
nilai c (perbandingan panjang badan/panjang wilayah.
ekor).
HASIL
Pewarnaan Nematoda di Akar
Metode pewarnaan nematoda di dalam akar Gejala Nematoda Puru Akar Padi
mengikuti metode Hussey (1985). Metode ini Hasil pengamatan menunjukkan bahwa
dilakukan untuk mewarnai nematoda yang NPA ditemukan di daerah Bogor, Cirebon,
berada di dalam jaringan akar. Akar padi dan Sukabumi. Lahan sawah yang terinfeksi
yang menunjukkan gejala puru dibersihkan NPA berada dalam keadaan tidak tergenangi

115
J Fitopatol Indones Nurjayadi et al.

air (macak-macak). Berdasarkan tampilan ke bagian pharyngeal gland lobe. Kelenjar


luar, tanaman padi yang terinfeksi NPA faring ini memiliki posisi tumpang tindih
menunjukkan gejala pertumbuhan agak dengan usus. Bagian posterior larva instar ke-2
terhambat dan tidak merata di dalam lahan ditandai dengan adanya bagian ekor runcing
(Gambar 1a). Beberapa sampel tanaman yang dengan ujung ekor bulat halus dan terdapat
menunjukkan pertumbuhan terhambat dicabut bagian hyaline tail terminus (Gambar 3b).
dan diperiksa. Gejala khas tanaman padi
yang terinfeksi oleh NPA ialah terbentuknya Morfologi Nematoda Puru Akar
puru akar. Puru terletak di bagian ujung Ukuran tubuh nematoda larva instar ke-2
akar padi yang bengkak dengan membentuk dari Bogor, Cirebon, dan Sukabumi bervariasi.
seperti pengait (hook) (Gambar 1b). Rata-rata panjang tubuh larva instar ke-2 asal
Hasil pewarnaan nematoda di dalam akar Jawa Barat ialah 297.71–321.06 µm (Tabel 1).
menampilkan seluruh stadium NPA dengan Berdasarkan pada morfologi larva instar ke-2
jelas. Tahap perkembangan stadium NPA maka NPA asal Jawa Barat diidentifikasikan
dimulai dari pembentukan telur, larva instar sebagai Meloidogyne graminicola. Ciri khas
ke-2, larva instar ke-3, larva instar ke-4, betina terlihat pada bibir yang berbentuk set off dan
dewasa, dan jantan dewasa (Gambar 2). ekor runcing dengan bagian ujung ekor bulat
Pada bagian anterior dari morfologi larva halus (Gambar 3).
instar ke-2 terdapat stilet di bagian rongga Pola perineal pada betina dewasa NPA dari
mulut dan bagian bibir berbentuk set off akar padi asal Jawa Barat menunjukkan pola
(Gambar 3a). Bagian luar tubuh nematoda yang berbentuk bulat hingga oval dan tidak
dilapisi oleh kutikula sebagai pelindung. adanya garis lateral (Gambar 4a). Hal ini
Pada saluran pencernaan terdapat faring yang diperkuat dengan perbandingan pola perineal
menghubungkan antara stilet dan median bulb M. graminicola asal Nepal (Gambar 4b) yang
dilakukan oleh Pokharel et al. (2007). Pola
perineal M. graminicola terlihat lebih jelas
melalui sketsa seperti yang dilaporkan oleh
Hunt dan Handoo (2009) (Gambar 4c).

PEMBAHASAN

Penemuan M. graminicola di Bogor


a b menunjukkan bahwa patogen ini sudah ada
Gambar 1 a, Gejala tanaman padi yang sejak lama seperti yang dilaporkan oleh
terinfeksi nematoda puru akar di Sukabumi Febriyani (2003). M. graminicola yang
dan; b, gejala puru di bagian akar padi. ditemukan pada pertanaman padi di daerah

a b c d e f
Gambar 2 Identifikasi nematoda puru akar (NPA) pada akar tanaman padi dengan perbesaran
mikroskop cahaya 40×. a, telur; b, larva instar ke-2; c, larva instar ke-3; d, larva instar ke-4;
e, betina dewasa seperti buah pir yang menghasilkan massa telur dan; f, jantan dewasa yang
keluar dari akar padi.

116
J Fitopatol Indones Nurjayadi et al.

Bibir
Stilet
Kutikula Anus
Faring

Median bulb

Ekor
Pharingeal
Gland Lobe
Hyaline tail
terminus

10 µm 10 µm
a b
Gambar 3 Morfologi larva instar ke-2 Meloidogyne graminicola dari akar tanaman padi dengan
perbesaran mikroskop cahaya 1000×. a, bagian anterior dan; b, bagian posterior.

Dorsal
Anus

Ventral
Vulva

20 µm Garis
striae
a b c
Gambar 4 a, Pola perineal Meloidogyne graminicola asal Jawa Barat, Indonesia dengan
perbesaran mikroskop cahaya 400×. b, pola perineal M. graminicola asal Nepal (Pokharel et
al. 2007) dan; c, sketsa pola perineal M. graminicola (Hunt dan Handoo 2009).

Tabel 1 Perbandingan larva instar ke-2 Meloidogyne graminicola dari akar tanaman padi asal
Bogor, Cirebon, dan Sukabumi dengan M. graminicola asal Nepal

Nepal (Pokharel
Karakter Bogora Cirebona Sukabumia
et al. 2007)
Panjang tubuh (µm) 297.71±17.95 317.11±45.72 321.06±41.07 450.90
Panjang stilet (µm) 9.50 ± 0.45 9.52 ± 0.40 9.58 ± 0.67 11.37
Panjang ekor (µm) 50.10 ± 2.29 50.54 ± 3.36 50.52 ± 2.30 66.36
Lebar badan
9.88 ± 0.58 9.85 ± 0.59 9.87 ± 0.65 17.34
maksimum (µm)
Nilai ab 30.12 32.18 32.51 25.80
Nilai cc 5.94 6.27 6.35 6.40
a
n, 20 ekor M. graminicola; b nilai a, panjang tubuh/lebar badan maksimum;
c
Nilai c, panjang tubuh/panjang ekor.

117
J Fitopatol Indones Nurjayadi et al.

Bogor, Cirebon, dan Sukabumi diduga berasal yang bersifat infektif terhadap jaringan akar.
dari wilayah luar Jawa Barat. Bridge et al. Stadium larva instar ke-2 masuk ke dalam
(2005) menyatakan bahwa M. graminicola jaringan dengan bergerak secara intersel
merupakan patogen tular tanah yang mampu menuju jaringan pembuluh dan membentuk
menyebar pada lahan lain karena terjadinya giant cell untuk menyimpan nutrisi. Fase larva
kontak dengan tanah yang terinfestasi instar ke-2 akan berubah menjadi larva instar
NPA. Penyebarannya sangat mudah terjadi, ke-3 dan ke-4 yang kemudian menjadi fase
di antaranya melalui tanah maupun bibit dewasa. Fase betina dewasa hidup sebagai
persemaian padi yang terinfeksi (Erlan 1993). parasit menetap (sedentary endoparasite)
Awal mula daerah ini mulai terkontaminasi di dalam jaringan dengan mengambil nutrisi
oleh patogen masih belum diketahui dengan melalui giant cell (Abad et al. 2009).
pasti. Sejauh ini belum ada hasil penelitian Larva instar ke-2 asal Jawa Barat berbeda
yang dilaporkan. dengan larva instar ke-2 dari M. graminicola
M. graminicola dapat menginfeksi seluruh asal Nepal. Perbedaan yang terlihat jelas
jenis padi di berbagai negara di kawasan ialah pada ukuran panjang tubuh larva instar
tropika maupun subtropika. Bridge et al. ke-2. Nematoda dari Jawa Barat, Indonesia
(2005) melaporkan M. graminicola memiliki lebih kecil dibandingkan dengan dari Nepal
distribusi yang luas pada tanaman padi gogo, yang memiliki kisaran rata-rata 450.9 µm.
padi sawah tadah hujan, dan padi sawah irigasi Perbedaan panjang tubuh larva instar ke-2
di Asia Selatan dan Asia Tenggara. Hampir ini diduga karena adanya perbedaan geografi.
semua varietas tanaman padi yang digunakan Perbedaan tersebut kemungkinan disebabkan
petani di Jawa Barat merupakan varietas oleh faktor-faktor yang masih belum diketahui.
yang rentan. Varietas Ciherang, Cisadane, Identifikasi M. graminicola dapat diperkuat
Pelita, Waiseputih, IR33, IR36 dan IR64 telah melalui hasil pengamatan pola perineal betina
terbukti mudah terinfeksi oleh M. graminicola dewasa. Pola perineal yang terbentuk memiliki
(Erlan 1993; Febriyani 2003). ciri yang khas, yaitu berbentuk bundar atau
Pada umumnya jenis tanah yang digunakan oval. Bagian garis striae membentuk garis
untuk menanam padi di daerah Jawa Barat ialah yang teratur dan halus, sedangkan garis lateral
tanah liat/lempung. Teknik penanamannya tidak terlihat (Hunt dan Handoo 2009). Yik
dilakukan dengan penggenangan air. M. dan Birchfield (1978) menyatakan bahwa
graminicola tetap mampu menginfeksi akar pola perineal M. graminicola berdasarkan
tanaman padi di dalam tanah berlempung pengamatan mikroskop elektron pemindai
ketika kondisi sawah tidak tergenang air atau memiliki garis striae yang halus dan garis
macak-macak, namun persebaran patogen bagian luar tebal dengan pola berbentuk oval.
ini tidak meluas dengan cepat terhadap lahan Bagian dorsal menuju vulva, garis striae
lainnya. Larva instar ke-2 nematoda ini lebih saling terhubung membentuk tetragonal atau
mudah bergerak dan menginfeksi akar di piramida yang terpusat pada ekor terminus.
dalam tanah berpasir yang tidak tergenangi Masing-masing bagian sudut celah vulva
air. Kondisi tanah berpasir memungkinkannya memiliki striae yang berbentuk semi bulat
cepat menyebar pada tanaman lainnya. Selain yang tersusun atas dua atau tiga striae. Seluruh
faktor jenis tanah dan teknik penggenangan, betina dewasa memiliki bibir vulva halus
kondisi musim kemarau mampu meningkatkan tanpa adanya invaginasi. Kutikula striae yang
populasi M. graminicola di dalam jaringan berbentuk tetragonal atau piramida merupakan
akar dibandingkan dengan musim hujan ciri pembeda terhadap spesies Meloidogyne
(Erlan 1993). lainnya selain dari bentuk pola perineal yang
Keberadaan M. graminicola dapat oval atau bulat.
ditentukan dengan ekstraksi akar, pewarnaan Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa
akar dan pengamatan pola perineal dari dalam NPA yang menginfeksi tanaman padi di daerah
akar padi. Larva instar ke-2 merupakan stadium Jawa Barat (Bogor, Cirebon dan Sukabumi)

118
J Fitopatol Indones Nurjayadi et al.

ialah M. graminicola. Informasi ditemukannya Knot Nematodes. Cambridge (US):


M. graminicola pada pertanaman padi di CABI. hlm 18–50. DOI: http://dx.doi.
wilayah ini sangat penting diketahui agar org/10.1079/9781845934927.0018.
selanjutnya dilakukan pencegahan sehingga Erlan. 1993. Distribusi dan patogenisitas
patogen ini tidak menyebar lebih luas di nematoda Meloidogyne cf. graminicola
wilayah lainnya. Daerah yang telah terinfeksi pada tanaman padi sawah di Daerah
dapat dilakukan upaya pengendalian yang Istimewa Yogyakarta [tesis]. Yogyakarta
efektif, yaitu melakukan penggenangan (ID): Universitas Gajah Mada.
terhadap tanaman padi sampai panen (Negretti Febriyani D. 2003. Nematoda puru akar
et al. 2014) dan pemberian bahan organik yang (Meloidogyne spp.) pada tanaman padi
cukup (Dangal et al. 2008). sawah di Kelurahan Situ Gede, Bubulak,
Kecamatan Bogor Barat dan Desa Caringin,
DAFTAR PUSTAKA Kecamatan Darmaga, Bogor [skripsi].
Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Abad P, Castagno-Sereno P, Rosso MN, Goodey T. 1973. Two methods for staining
Engler JA, Favery B. 2009. Invasion, nematodes in plant tissue. J Helminthol.
feeding and development. Di dalam: 15:137–144. DOI: http://dx.doi.
Perry RN, Moens M, Starr JL, editor. org/10.1017/S0022149X00030790.
Root Knot Nematodes. Cambridge (US): Hooper DJ, Hallmann J, Subbotin SA. 2005.
CABI. hlm 163–176. DOI: http://dx.doi. Methods for extraction, processing and
org/10.1079/9781845934927.0163. detection of plant and soil nematodes. Di
Bridge J, Plowright RA, Peng D. 2005. dalam: Luc M, Sikora RA, Bridge J, editor.
Nematode parasite of rice. Di dalam: Luc M, Plant Parasitic Nematodes in Subtropical
Sikora RA, Bridge J, editor. Plant Parasitic and Tropical Agriculture. Ed ke-2. London
Nematodes in Subtropical and Tropical (UK): CABI. hlm 53–86. DOI: http://
Agriculture. Ed ke-2. London (UK): CABI dx.doi.org/10.1079/9780851997278.0053.
Publishing. hlm 87–130. DOI: http:// Hunt DJ, Handoo ZA. 2009. Taxonomy,
dx.doi.org/10.1079/9780851997278.0087. identification, and principal species. Di
Dangal NK, Sharma-Poudyal D, Shrestha SM, dalam: Perry RN, Moens M, Starr JL,
Adhikari C, Duxbury JM, Lauren JG. 2008. editor. Root Knot Nematodes. Cambridge
Evaluation of organic amendments against (US): CABI. hlm 55–88. DOI: http://
rice root-knot nematode at seedling stage dx.doi.org/10.1079/9781845934927.0055.
of rice. Nepal J Sci Technol. 9:21–27. Hussey RS. 1985. Staining nematodes in plant
Dutta TK, Ganguly AK, Gaur HS. 2012. tissue. Di dalam: Zuckerman BM, Mai WF,
Global status of rice root rice root knot Harrison MB, editor. Plant Nematology,
nematode, Meloidogyne graminicola. Afr Laboratory Manual. Massachusetts (US):
J Microbiol Res. 6(31):6016–6021. DOI: University of Massachusetts Agricultural
10.5897/AJMR 12.707. DOI: http://dx.doi. Experiment Station Amherst.
org/10.5897/AJMR. Jaiswal IRK, Singh KP, Mishra RK. 2011.
Eisenback JD, Hirschman H, Sasser JN., A Technique for the detection of soil
Triantaphyllou AC. 1981. A Guide to the infestation with rice root-knot nematode,
Four Most Common Species of Root-Knot Meloidogyne graminicola at farmer’s field.
Nematodes (Meloidogyne spp.), with A Acad J Plant Sci. 4 (4):110–113.
Pictorial Key. North Carolina (US): North Kementrian Pertanian. 2015. Produksi padi
Carolina State University and U.S Agency sawah tahun 2010–2014. http://aplikasi.
International Development. per tanian.go.id/bdsp/hasil_lok.as p
Eisenback JD, Hunt DJ. 2009. General [diakses 4 Mei 2015].
morphology. Di dalam: Perry RN, Negretti RRD, Manica-Berto R, Agostinetto
Moens M, Starr JL, editor. Root D, Thurmer L, Gomes CB. 2014. Host

119
J Fitopatol Indones Nurjayadi et al.

suitability of weeds and forage species rainfed rice in Bangladesh. J Nematol.


to root knot nematode Meloidogyne 36(1):42–48.
graminicola as a function of irrigation Pokharel RR, Abawi GS, Zhang N, Duxbury
management. Planta Daninha. 32(3):555– JM, Smart CD. 2007. Characterization of
561. isolates of Meloidogyne from rice-wheat
Nguyen PV, Bellafiore S, Petitot AS, Haidar production fields in Nepal. J Nematol.
R, Bak A, Abed A, Gantet P, Mezzalira 39(3):221–230.
I, Engler JA, Fernandez D. 2014. Sari FNI. 2014. Nematoda parasit padi
Meloidogyne incognita-rice (Oryza sativa) sawah di Kecamatan Terisi, Kabupaten
interaction: a new model system to study Indramayu [skripsi]. Bogor (ID): Institut
plant-root knot nematode interactions in Pertanian Bogor.
monocotyledons. Rice. 7:23:1–13. DOI: Yik CP, Birchfield W. 1978. Host studies and
http://dx.doi.org/10.1186/s12284-014- reaction of rice cultivars to Meloidogyne
0023-4. graminicola. Am Phytopathol Soc.
Padgham JL, Duxbury JM, Mazid AM, Abawi 69(5):497–499. DOI: http://dx.doi.
GS, Hossain M. 2004. Yield loss caused org/10.1094/Phyto-69-497.
by Meloidogyne graminicola on lowland

120