Banyaknya limbah dengan berbagai jenisnya berpotensi mencemari lingkungan. Penanganan
limbah yang tidak tepat tentu akan berakibat pada dampak negatif, yaitu menurunnya kualitas lingkungan kita. Pembuangan limbah yang langsung ke lingkungan perairan seperti sungai atau ditimbun di suatu lahan tanpa pengolahan terlebih dahulu maka dapat menyebabkan pencemaran dan penurunan kualitas air sungai, yang akhirnya mempengaruhi kehidupan ikan dan biota air lainnya. Proses pengolahan limbah secara biologis dilakukan dengan cara memanfaatkan agen biologi, berupa mikroorganisme. Proses pengolahan ini memanfaatkan mikroorganisme sebagai katalis untuk menguraikan bahan cemaran yang terkandung di dalam limbah. Pengolahan limbah secara biologis dapat dilakukan dengan teknik biogas (anaerob), pengomposan (aerob) dan lumpur aktif (aerob). Biogas adalah gas mudah terbakar yang dihasilkan dari proses fermentasi sampah organik oleh bakteri-bakteri anaerob. Biogas banyak dimanfaatkan untuk pengganti bahan bakar pada kompor dan pembangkit listrik. Proses pembuatan biogas sangat populer digunakan untuk mengolah limbah organik karena diperolehnya bahan bakar sekaligus mengurangi volume limbah buangan. Pengomposan adalah proses dekomposisi atau penguraian sampah organik yang dilakukan oleh mikroorganisme dalam kondisi aerobik terkendali menjadi produk pupuk organik kompos. Kompos berfungsi dalam memperbaiki sifat tanah serta memperkaya nutrisi bagi tanaman. Lumpur aktif adalah proses pengolahan limbah cair dengan memompakan udara atau oksigen ke dalam larutan limbah sehingga membentuk suatu gumpalan lumpur, yang mengandung berbagai komunitas mikroba. Dengan metode lumpur aktif, diperoleh air yang bersih dari limbah cair untuk didaur ulang. Produk bioteknologi berupa mikroba, tanaman maupun hewan hasil rekayasa genetika, sebelum disebarluaskan secara komersial perlu dilakukan analisis risiko dengan memperhatikan aspek kesehatan manusia, keselarasan lingkungan, kaidah agama, etika, sosial ekonomi, dan estetika. Apa yang harus dilakukan untuk mengatasi risiko tersebut, dan bagaimana mengatasi bahaya yang terjadi setelah produk tersebut diaplikasikan di dalam lingkungan? Hal ini disebabkan karena produk-produk tersebut dikhawatirkan dapat berubah menjadi gulma karena memiliki daya adaptasi dan kompetisi yang tinggi sehingga dapat menghancurkan keanekaragaman hayati dan dapat memusnahkan organisme aslinya. Protokol keamanan hayati merupakan suatu perjanjian yang diusulkan untuk melindungi negara-negara berkembang yang memiliki keanekaragaman hayati tinggi dari pembajakan sumber daya hayati oleh negara-negara pemilik bioteknologi atau pencemaran keanekaragaman hayati sebagai akibat dilepasnya produk bioteknologi ke negara-negara berkembang. Oleh karena itu, Indonesia sebagai salah satu negara berkembang turut aktif dalam penyusunan protokol keamanan hayati internasional tersebut, dan bersama-sama negara berkembang lainnya memperjuangkan agar protokol keamanan hayati tersebut dapat diakui secara internasional. Bioteknologi mempunyai dampak positif maupun negatif terhadap lingkungan dan kehidupan masyarakat. Dari dampak positif, teknologi baru ini sangat dibutuhkan oleh masyarakat untuk, meningkatkan kesejahteraan melalui pemenuhan kebutuhan primer. Dampak negatif terutama dirasakan oleh masyarakat pertanian kalangan bawah yang hanya mempunyai modal sedikit untuk mengembangkan usaha taninya. Kesenjangan di antara masyarakat kalangan alas dan bawah ini makin melebar dengan diberlakukannya perlindungan hak paten terhadap bentuk-bentuk kehidupan dan produk bioteknologi. Bioteknologi menimbulkan perubahan sosial, budaya, dan bioetika di kalangan masyarakat. Adanya produk hasil rekayasa genetika, menyebabkan bertambahnya pilihan yang dapat dilakukan oleh masyarakat. Problema yang timbul dalam masyarakat adalah karena dalam teknologi ini gen dari suatu organisme dapat disisipkan ke organisme lain. Asal gen ini merupakan masalah karena berkaitan dengan agama atau pola makan yang melarang atau memanfaatkan organisme tertentu termasuk bagian-bagian dari organisme tersebut. Bioteknologi menyebabkan dilema bagi negara miskin, yang di satu pihak memerlukan bioteknologi untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakatnya, tetapi di lain pihak bioteknologi dapat berakibat negatif. Muncul kekhawatiran bahwa melalui produk bioteknologi, negara kaya akan mengendalikan dan mengatur urusan pangan dan kesehatan mereka. Kloning adalah proses pembentukan makhluk hidup yang secara genetik merupakan kembar identik, pada tanaman, hewan maupun manusia. Ada dua tujuan dari kloning manusia, yaitu untuk kloning terapi dan kloning reproduksi. Masalah kloning menimbulkan pro dan kontra di kalangan masyarakat. Pihak yang tidak menyetujui menghubungkannya dengan masalah moral dan bioetika.[][][]