Keanekaragaman Bakteri dan Kapang pada Rhizosfer Tumbuhan Nipah

(Nypa fruticans Wurmb)

Ahmad Aliwafa
Biology UIN Sunan Kalijaga, jl. Marsda Adisucipto, No 1, Yogyakarta, 55281,
phone(087836129249)
Correspondency: wafaeizta@gmail.com

ABSTRAK
Nipah atau Nypa fruticans (Thunb.) Wurmb adalah anggota suku Palmae yang tumbuh di
sepanjang sungai yang terpengaruh oleh pasang surut air laut dan tumbuhan ini
dikelompokkan dalam ekosistem mangrove. Tujuan penelitian untuk mengetahui
keanekaragaman bakteri dan kapang pada rhizosfer tumbuhan nipah (Nypa fruticans
Wurmb). Penelitian ini bersifat deskriptif. Metodenya dengan cara mengambil sampel tanah
pada rizosfer tanaman Nipah (Nypa fruticans Wurmb. Pengamatan bakteri meliputi
identifikasi morfologi koloni bakteri dan kapang dan Uji Gram. Variabel yang diamati ialah
keanekaragaman bakteri dan kapang. Berdasarkan hasil isolasi dan identifikasi bakteri
rhizosfer pada tumbuhan nipah (Nypa fruticans Wurmb), diperoleh 18 isolat bakteri
Rhizosfer, dengan tingkat keanekaragaman tergolong rendah yaitu 1,8. Sedangkan Hasil
isolasi dan identifikasi kapang pada rhizosfer pada tumbuhan nipah (Nypa fruticans
Wurmb), tidak diperoleh kapang.
Kata kunci: Bakteri, Kapang, Keanekaragaman, Nipah, Rhizosfer
PENDAHULUAN
Keanekaragaman mikroorganisme penting dalam keseimbangan ekosistem tanah,
juga merupakan indikator kesehatan tanah, dan serta dapat mempengaruhi kondisi tanaman
yang ada diatasnya (Fachrul, 2008). Mikroorganisme juga dapat melindungi tanaman dari
penyakit dengan menekan patogen tanah melalui sifat antagonisme (Hanafiah et al., 2005).
Menurut Novriani dan Madjid (2009) terjadinya interaksi antara mikroorganisme dengan
tumbuhan pada rhizosfer dapat bersifat simbiosa mutualisme, parasitisme, atau kompetisi.
Nipah atau Nypa fruticans (Thunb.) Wurmb adalah anggota suku Palmae yang
tumbuh di sepanjang sungai yang terpengaruh oleh pasang surut air laut dan tumbuhan ini
dikelompokkan dalam ekosistem mangrove. Jenis ini tumbuh berkelompok dan membentuk
komunitas yang luas disepanjang sungai dekat muara hingga air payau (Heriyanto et al.,
2011).
Mikroorganisme lebih banyak terdapat di daerah rizosfer, hal ini dikarenakan
mikroba berperan utama dalam aliran energi dan daur nutrien yang berkaitan dengan
produktivitas primer. Bakteri dan kapang dapat berasosiasi dengan akar tanaman dengan
meningkatkan penyerapan nutrisi, serta memiliki kemampuan dalam meransang
pertumbuhan tanaman dan melindungi tanaman dari serangan patogen penyebab penyakit
dengan cara menghambat pertumbuhan patogen. Beberapa jenis bakteri tanah yang terdapat
disekitar tanaman adalah Rhizobium sp., Bradyrrhizobium japonicum, Frankia, dan
Cyanobacteria (Sari, 2015; Purwantisari & Hastuti, 2009).
 Penelitian ini melaporkan hasil isolasi bakteri dan kapang pada rhizosfer tumbuhan
nipah (Nypa fruticans Wurmb). Tujuannya untuk mengetahui keanekaragaman bakteri dan
kapang pada rhizosfer tumbuhan nipah (Nypa fruticans Wurmb).

METODE PENELITIAN
Pengambilan Sampel
Sampel tanah diambil dari rhizosfer tumbuhan nipah (Nypa fruticans Wurmb) dari
daerah perakaran utama dengan kedalaman 5-10 cm dengan radius 5-10cm. Kemudian titik
tersebut diukur parameter lingkungan yang meliputi pH dan suhu. Maka dihasilkan suhu
tanah, suhu udara, dan pH tanah masing-masing sebesar 34℃, 39,3℃, dan 6,78.
Enumerasi Bakteri dan Kapang pada rhizosfer tanah
Sampel tanah yang diambil kemudian dikultur dengan menggunakan metode
pengenceran. Sebanyak 1 g sampel tanah dihomogenisasi dengan larutan aquades + NaCl
0,85% sebanyak 9 ml, kemudian dikocok. Suspensi tanah dalam larutan ini adalah
pengenceran 10−1. Sebanyak 1 ml suspensi sampel tanah dimasukkan kedalam tabung
reaksi yang berisi 9 ml larutan (aquades+NaCl 0,85%) untuk mendapatkan tingkat
pengenceran 10−2 begitu seterusnya hingga pengenceran 10−7. Hasil pengenceran 10−5,
10−6, dan 10−7 diambil sebanyak 1 ml kemudian dikultur ke dalam cawan petri bersamaan
dengan media Nutrient Agar (NA) dan media Malt Extract Agar (MEA) dengan cara pour
plate dan spread plate. Setelah itu diinkubasi selama 24 jam pada suhu ruang (Untuk
bakteri), sedangkan untuk kapang diinkubasi sampai tumbuh pada suhu ruang. Tiap
pengenceran dilakukan 2 pengulangan (duplo).
Pengamatan Morfologi Makroskopis
Pengamatan morfologi makroskopis merupakan pengamatan koloni pada saat isolasi
dan purifikasi, yang meliputi bentuk, tekstur, warna, permukaan, elevasi, dan tepi.
Purifikasi
Purifikasi untuk memperoleh isolat murni yang dilakukan dengan memilih koloni
yang tumbuh dominan dan memiliki karakteristik morfologi koloni berbeda dari yang
lainnya. Kemudian dilakukan inokulasi pada media padat baru menggunakan metode streak
plate. Setelah diperoleh isolat murni, kemudian ditumbuhkan pada media agar miring.
Pengecatan Gram
Pewarnaan gram bertahap dilakukan dengan menggunakan kristal violet, iodin,
etanol 95%, dan safranin. Dalam proses pewarnaan gram bertahap ini didahului dengan
fiksasi dan penentuan sifat gram bakteri dengan pengecatan bertingkat.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil isolasi dan identifikasi bakteri rhizosfer pada tumbuhan nipah (Nypa fruticans
Wurmb), diperoleh 18 isolat bakteri Rhizosfer. Pengamatan morfologi isolat bakteri dan
kapang dimulai dengan pengamatan warna dan bentuk koloni. Beberapa bentuk koloni
bakteri rhizosfer pada tumbuhan nipah (Nypa fruticans Wurmb) dapat dilihat pada Gambar
1.
Gambar 1. Bentuk Koloni Bakteri Rhizosfer Tumbuhan Nipah.

Keberadaan bakteri dan kapang rhizosfer pada tumbuhan nipah (Nypa fruticans
Wurmb) didominasi oleh isolat bakteri yang memiliki warna putih, bentuk irregular dan
circular, permukaan raised, tepi entire dan unbulate, dan tidak transparan. Menurut Pinton
(2001), eksudat akar berperan dalam menarik mikroorganisme tanah yang menguntungkan
bagi tanaman, akan tetapi eksudat akar juga dapat menarik mikroorganisme yang bersifat
patogen, harus ada keseimbangan antara mikroorganisme yang menguntungkan dan
merugikan yang akhirnya mengatur nutrisi tanaman dan kesehatan tanaman. Eksudat yang
dikeluarkan oleh akar tanaman baik secara langsung maupun tidak langsung mempengaruhi
kualitas dan kuantitas mikroorganisme di daerah perakaran (Rao, 2007). Hasil dapat dilihat
pada Tabel 1.
Tabel 1. Hasil Identifikasi Bakteri dan Kapang Rhizosfer Tumbuhan nipah

jumlah
kode isolat spesies warna Form Elevation Margin Transparasi
P5 NA a11 5 putih irregular umbonate lobate tidak transparan
oren
P5 NA a12 kekuningan circular raised entire tidak transparan
p5 NA a13 orange irregular raised undulate tidak transparan
p5 NA a14 kuning irregular raised undulate transparan
p5 NA a15 kuning circular raised undulate tidak transparan
p5 NA a21 5 putih irregular raised undulate transparan
p5 NA a22 kuning irregular raised lobate tidak transparan
p5 NA a23 putih circular raised entire tidak transparan
p5 NA a24 kuning circular raised entire tidak transparan
p5 NA a25 merah circular raised entire tidak transparan
p7 NA a1 3 putih circular umbonate entire tidak transparan
putih circular raised lobate tidak transparan
putih irregular raised lobate transparan
p7 NA a2 1 kuning circular umbonate entire tidak transparan
p5 MEA a1 1 putih irregular raised undulate tidak transparan
p6 MEA a1 1 putih irregular raised undulate tidak transparan
p6 MEA a2 1 putih irregular raised undulate tidak transparan
p7 MAE a2 1 putih circular raised entire tidak transparan

Keanekaragaman Bakteri rhizosfer pada Tumbuhan Nipah

Hasil identifikasi bakteri secara morfologi menunjukkan adanya keanekaragaman
bakteri rizosfer pada tanaman nipah (Nypa fruticans Wurmb), namun dengan tingkat
keanekaragaman sedang. Keanekaragaman jenis bakteri pada rizosfer tanaman lada dapat
dilihat pada Tabel 2.
 Tabel 2. Indeks Keanekaragaman Jenis Bakteri yang Terdapat pada Rhizosfer Tanaman Nipah
Rhizosfer Tanaman Indeks Keanekaragaman
Nipah 1,8

Nilai indeks keanekaragaman shannon pada ketiga kriteria tanaman tersebut bernilai
1,8 yang menunjukkan tingkat keanekaragaman tergolong sedang. Menurut Rao (2007),
tingkat keanekaragaman mikroorganisme dipengaruhi oleh interaksi antara tanaman,
kesuburan tanah, kondisi lingkungan fisik, dan tekanan mikroorganisme lain. Menurut
Krebs (1989), indeks keanekaragaman Shannon-Wiener memiliki indikator sebagai berikut
:
H’ < 1,5 = tingkat keanekaragaman rendah.

1,5 ≤ H’ ≥ 3,5 = tingkat keanekaragaman sedang.

H’ > 3,5 = tingkat keanekaragaman tinggi.

Uji Gram pada Bakteri Rhizosfer Tumbuhan Nipah

Tabel 3. Uji Gram pada Bakteri Rhizosfer Tumbuhan Nipah

Kode Isolat Warna Bentuk Gram

p5 NA a12 orange kekuningan cocus gram +
p5 NA a21 Putih cocus gram -

Hasil Pengamatan pewarnaan Gram (Tabel 3) menunjukkan isolat bakteri (p5 NA

a12) bersifat Gram positif dan isolat bakteri (p5 NA a21) bersifat Gram negatif. Bakteri
gram positif pada pewarnaan Gram berwarna ungu disebabkan kompleks zat warna kristal
violet-yodium tetap dipertahankan meskipun diberi larutan alkohol, sedangkan bakteri gram
negatif berwarna merah sebab kompleks tersebut larut pada saat pemberian larutan alkohol
sehingga mengambil warna merah safranin. Perbedaan warna pada bakteri gram positif dan
gram negatif menunjukkan bahwa adanya perbedaan struktur dinding sel antara kedua jenis
bakteri tersebut. Bakteri gram positif memiliki struktur dinding sel dengan kandungan
peptidoglikan yang tebal, sedangkan bakteri Gram negatif memiliki struktur dinding sel
dengan kandungan lipid yang tinggi (Lay, 1994).

Keanekaragaman Kapang pada Rhizosfer Tumbuhan Nipah

Gambar 2. Bentuk Koloni Kapang pada Rhizosfer Tumbuhan Nipah

 Hasil isolasi dan identifikasi kapang pada rhizosfer pada tumbuhan nipah (Nypa
fruticans Wurmb), tidak diperoleh kapang. Hal ini bisa disebabkan oleh kurangnya nutrisi
pada media yang digunakan. Untuk pertumbuhan dan aktivitas cendawan membutuhkan
nutrisi. Pemberian nutrisi dengan perbandingan sampai tingkat tertentu akan dapat
mensuplai nutrien (Riyati dan Sumarsih, 2002). Menurut Cochrane(1958), media MEA
memiliki komposisi nitrogen, karbohidrat, sodium klorida, dan agar.

KESIMPULAN
Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa hasil isolasi dan identifikasi
bakteri rhizosfer pada tumbuhan nipah (Nypa fruticans Wurmb), diperoleh 18 isolat bakteri
Rhizosfer, dengan tingkat keanekaragaman tergolong rendah yaitu 1,8. Sedangkan Hasil
isolasi dan identifikasi kapang pada rhizosfer pada tumbuhan nipah (Nypa fruticans
Wurmb), tidak diperoleh kapang.

Daftar Pustaka
Cochrane, V. W. (1958). Physiology of Fungi. New York: John Wiley and Sons Inc.

Fachrul, M. F. (2008). Metode Sampling Bioekologis. Jakarta: Bumi aksara.

Hanafiah, K. A., Iswandi, A., A., N., & Nuni, G. (2005). Biologi Tanah dan Limbah. Jakarta.

Hastuti, S. P. (2009). Isolasi dan Identifikasi Jamur Indigenous Rhizosfer Tanaman Kentang dari
Lahan Pertanian Kentang Organik di Desa Pakis, Magelang. Bioma, 11(2), 45-53.

Heriyanto, N. M., Subiandoro, E., & Karlina, E. (2011). Potensi dan Sebaran Nipah (Nypa fruiticans
(thunb.) Wurmb) sebagai Sumber Daya Pangan. Pendidikan Hutan dan Konservasi, 8(4),
327-335.

krebs, C. (1989). Ecological Methology. New York: Harper & Row Inc. Publisher.

Lay, B. W. (1994). Analisis Mikroba di Laboratorium. Jakarta: Raja Grafindo Persada.

Novriani & A., M. (2009). Dasar-dasar Ilmu Tanah. Prospek Pupuk Hayati Mikoriza. Bahan Kuliah
untuk Mahasiswa Fakultas Pertanian. Malang: Brawijaya Press.

Rao, N. S. (2007). Mikroorganisme Tanah dan Pertumbuhan Tanaman Edisi Kedua. Jakarta: UI
Press.

S., R. R. (2002). Pengaruh Perbandingan Bagas Dan Blotong Terhadap Pertumbuhan Dan Produksi
Jamur Tiram Putih (Pleurotus ostreatus). Jurnal Ilmiah Agrivet.

Sari, D. R. (2015). Isolasi dan Identifikasi Bakteri Tanah yang Terdapat di Sekitar Perakaran
Tanaman. Bio-site, 1(1), 21-27.