PENGANTAR METODE VISUALISASI MENGGUNAKAN VMD

Laporan Praktikum Kimia Medisinal

Disusun Oleh :

Nama : Risma Niswatin Ulya

NPM : 191FF04064

Kelas : Matrikulasi FA-2

FAKULTAS FARMASI PROGRAM STUDI

MATRIKULASI FARMASI (S1)

UNIVERSITAS BHAKTI KENCANA

2020
I. Tujuan Percobaan
Menunjukkan bentuk ikatan dari suatu senyawa dengan reseptornya
secara 3D.

II. DASAR TEORI

Visualisasi adalah salah satu metode yang sering digunakan untuk

memperjelas suatu analisis. Dengan bantuan visualisasi, maka deskripsi suatu
analisis akan lebih mudah dilakukan karena bisa langsung merujuk pada bagian-
bagian tertentu dari gambar visual suatu objek yang dideskripsikan tersebut. VMD
adalah program grafis molekuler yang dirancang untuk visualisasi interaktif dan
analisis biopolimer seperti protein, asam nukleat, lipid, dan membran. VMD adalah
aplikasi umum untuk menampilkan molekul yang mengandung sejumlah atom dan
mirip dengan program visualisasi molekuler lainnya dalam kemampuan yang
paling selektif. VMD membaca file data menggunakan sistem plugin yang dapat
diperluas, dan mendukung Babel untuk konversi format lain. Pilihan atom yang
ditentukan pengguna dapat ditampilkan dalam representasi molekuler standar (NIH
Biomedical Research Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics,
2017).

Asam amino merupakan unit dasar struktur protein. Suatu asam amino-α
terdiri dari gugus amino, gugus karboksil, atom H dan gugus R tertentu yang
semuanya terikat pada atom karbon α. Protein memegang peranan penting dalam
hampir semua proses biologi. Protein merupakan komponen penting atau
komponen utama sel hewan atau manusia. Oleh karena sel merupakan pembentuk
tubuh kita, maka protein yang terdapat dalam makanan berfungsi sebagai zat utama
dalam pembentukan dan pertumbuhan tubuh (Lubert, 2000).
Protein adalah zat pembangun yang penting dalam siklus kehidupan
manusia. Protein digunakan sebagai zat pembangun tubuh untuk mengganti dan
memlihara sel tubuh yang rusak, reproduksi, mencerna makanan dan kelangsungan
prses normal dalam tubuh. Sumber protein adalah kacang-kacangan dan hasil
olahannya, telur, teri, ikan segar, daging, udang, susu dan sebagainya perlu
ditambahkan ditambahkan dalam menu makanan sebagai zat tambahan darah untuk
mencegah dan mengatasi anemia (Adriani dan Wirjatmadi, 2012).

III. PROSEDUR KERJA

3.1 Proses Seleksi Protein Target
a. Dibuka website RSCB > dipilih protein yang berasal dari manusia,
metode yang digunakan adalah X-ray Diffraction dan resolusinya
sebesar 1,62A > download data protein
b. Digunakan protein dengan makromolekul DPP4 – 4A5S

c. Dibuka aplikasi VMD > dipilih file > new molekul > buka file yang
sudah di download dari RSCB > load, maka akan muncul tampilan
sebagai berikut:
 Gambar tersebut merupakan gambar protein kompleks yang
terdapat ligand alami di dalamnya
d. Untuk menunjukkan gambar proteinnya saja, di klik graphics >
representation > pada kolom style terdapat lines, itu tandanya pada
aplikasi VMD sedang ditunjukkan semua bagian protein > klik rep
> pada kolom selected protein, ketik protein > apply, maka akan
muncul tampilan sebagai berikut:
e. Pada kolom drawing methode, dipilih new cartoon

f. Untuk menunjukkan jenis struktur sekunder (Alpha helic dan

betasin), di klik line pada kolom sampai tulisannya berwarna merah,
maka akan menunjukkan gambar sebagai berikut:
 bagian yang lurus adalah betasin, sedangkan yang bergelombang
adalah alpha helic
g. Dipilih create rep > selections > reset. Pada menu keyword dipilih
rasename > value nya N7F (sesuai dengan kode protein dari website
RSCB), dipastikan pada kolom terdapat tulisan resname N7F

h. Untuk mengubah ligand alami, pada menu drawing methode, dipilih

licorice
i. Pada kolom terdapat style new cartoon, diklik dua kali sampai
berwarna merah untuk menyembunyikan struktur protein sehingga
hanya terdapat gambar ligand alami nya saja pada layar VMD

j. Untuk menampilkan kembali struktur protein, diklik dua kali

kembali new cartoon sampai berwarna abu-abu
k. Untuk memvisualisasikan permukaan protein, diklik create rep
hingga terdapat 4 kolom, dipastikan selectionnya protein > diklik
new cartoon pada baris ke-4 > pada menu coloring methode dipilih
colorID > kemudian warna nya diganti menjadi lime12 > pada menu
drawing methode dipilih surf , maka akan muncul gambar seperti
berikut:

l. Pada gambar diatas, ditemukan lubang tempat ligand alami. Lubang

tersebut adalah tempat dimana obat bereaksi dengan protein
m. Jika ligand alami tidak terlihat, maka pada menu material dipilih
transparent
IV. HASIL PENGAMATAN
a. Persyaratan seleksi protein target

b. Tampilan ligand alami N7F

c. Tampilan awal struktur protein saat membuka VMD

d. Tampilan struktur protein sekunder

e. Tampilan ligand alami

f. Tampilan permukaan protein dan ligand alami

V. PEMBAHASAN
Pada praktikum kali ini dilakukan percobaan visualisasi protein
menggunakan aplikasi VMD. Pembuatan struktur protein dilakukan karena target
kerja obat sebagian besar adalah protein. Sebelum dilakukan visualisasi protein,
perlu dilakukan seleksi protein terlebih dahulu, dimana proses seleksi protein dapat
dilakukan pencarian protein pada situs RSCB dengan kriteria tertentu. Kriteria
protein yang dapat dianalisis, diantaranya dilihat dari adanya protein tersebut pada
manusia (organisme) atau disesuaikan dengan target suatu obat.
Metode yang digunakan untuk mendapatkan struktur protein tersebut oleh
peneliti diantaranya x –ray diffraction. Metode tersebut lebih lengkap dibandingkan
metode yang lain. Kriteria selanjutnya adalah resolusi atau kualitas dari
strukturnya. Dimana semakin kecil resolusinya maka semakin bagus kualitas
struktur tersebut. Nilai resolusi yang baik adalah < 2 Ȧ. Kriteria terkhir yaitu
memiliki kompleks dengan ligan alami. Ligan alami dipilih pada struktur yang
menyerupai obat ciri-cirinya memiliki rantai siklik, hidrokarbon.
Berdasarkan kriteria yang telah disebutkan diatas, protein yang digunakan
untuk visualisasi pada praktikum kali ini adalah protein jenis N7F dengan kode
4A5S. jenis protein ini terdapat pada manusia, metode yang digunakan adalah x-
ray diffraction, dan resolusinya 1.62 Ȧ. Langkah pertama yang dilakukan adalah
membuka file protein yang telah diunduh sebelumnya pada situs RCSB. Muncul
gambar pada aplikasi VMD, gambar tersebut merupakan gambar protein kompleks
yang terdapat ligand alami didalamnya. Untuk menunjukkan gambar proteinnya
saja, di klik graphics > representation > pada kolom style terdapat lines, itu
tandanya pada aplikasi VMD sedang ditunjukkan semua bagian protein, kemudian
di klik rep > pada kolom selected protein, ketik “protein” kemudian apply.
Lines pertama adalah representasi protein dengan struktur yang masih
kompleks yaitu terdapa ligand alami, dan molekul lainnya. Lines kedua adalah
representasi protein dengan struktur tunggal molekul protein saja. Lines pertama
dihilangkan dengan melakukan double klik hingga terbentuk warna merah, hal
tersebut ditujukan agar yang terlihat pada display adalah struktur proteinnya saja.
Untuk menunjukkan jenis struktur sekunder (Alpha helic dan betasin),
dilakukan double klik pada line di dalam kolom sampai tulisannya berwarna merah.
Bagian yang lurus merupakan betasin, sedangkan yang bergelombang adalah alpha
helic. Setelah visualisasi struktur sekunder protein, dilakukan visualisasi ligan
alami. Ligan adalah molekul atau atom yang berikatan secara reversibel dengan
protein. Ligan dapat berupa atom atau ion individual. Ini juga bisa menjadi molekul
yang lebih besar dan lebih kompleks yang terbuat dari banyak atom. Ligan alami,
sebagai molekul organik atau anorganik (Setiawan dan Irawan, 2017).
Dipilih create rep > selections > reset. Pada menu keyword dipilih
rasename > value nya N7F (sesuai dengan kode protein dari website RSCB),
dipastikan pada kolom terdapat tulisan resname N7F. untuk mengubah ligand
alami, pada menu drawing methode dipilih licorice. Pada kolom terdapat style new
cartoon, diklik dua kali sampai berwarna merah, tujuannya adalah untuk
menyembunyikan struktur protein sehingga hanya terdapat ligand alami nya saja
yang terdapat pada layar VMD. Untuk mengembalikan kembali struktur protein
yang sudah disembunyikan, diklik dua kali kembali pada new cartoon sampai
tulisannya berwarna abu-abu.
Selanjutnya dilakukan visualisasi permukaan protein dengan langkah yang
telah disebutkan diatas. pada gambar ditemukan lubang tempat ligand alami .
lubang tersebut adalah tempat dimana obat bereaksi dengan protein. Jika ligand
alami tidak terlihat pada layar, maka pada menu material dipilih transparent, maka
akan muncul ligand alami yang jelas.
VI. KESIMPULAN
Visualisasi protein dapat dilakukan menggunakan aplikasi VMD (Visual
Molecular Dynamics). Protein yang akan divisualisasi harus memenuhi ke-4
kriteria diantaranya dari organisme target obat (manusia), metode yang digunakan
“X-RY DIFFRACTION”, resolusi < 2 Ȧ, dan memiliki kompleks dengan ligan
alami. Visualisai permukaan protein dan ligan alami dapat memperlihatkan binding
site atau sisi aktif pada protein.
VII. DAFTAR PUSTAKA
Adriani dan Wirjatmadi. 2012. Peranan Gizi dalam Siklus Kehidupan.
Jakarta: Kencana.
Lubert, Styer. (2000). Biokomia. Vol I. Edisi 4. Jakarta:Penerbit Buku
Kedokteran EGC.
NIH Biomedical Research Center for Macromolecular Modeling and
Bioinformatic. (2017). VMD User’s Guide. Version 1.9.3 Theoretical
and Computational Biophysics Group1 Beckman Institute for
Advanced Science and TechnologyUniversity of Illinois at Urbana-
Champaign405 N. Mathews.
Setiawan, Hartanto., Irawan, Mohammad Isa. (2017). Kajian Pendekatan
Penempatan Ligan Pada Protein Menggunakan Algoritma Genetika.
Jurnal Sains dan Seni ITS, Vol 6 No. 2.