Anda di halaman 1dari 21

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

“Pengantar Metode Analisis Menggunakan VMD”

Disusun oleh:
Nama : Yolanda Putri Aloenida
NPM : 191FF04031
Tingkat : FA 1 Matrikulasi

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS BHAKTI KENCANA BANDUNG
2020
I. TUJUAN PRAKTIKUM
A. Tujuan Instruksional Umum:
Mampu menganalisis struktur makromolekul (protein) dan
interaksinya dengan ligannya, dan memvisualisasikannya
menggunakan perangkat lunak Visual Molecular Dynamics (VMD).
B. Tujuan Instruksional Khusus:
1. Mampu melakukan analisis struktur primer dari protein
2. Mampu menentukkan jumlah-jumlah residu asam amino asam dan
basa suatu protein
3. Mampu melakukan analisis ikatan hidrogen dan jembatan garam
suatu protein dan ligannya
4. Mampu melakukan analisis konformasi protein melalui plot
Ramachandran
5. Mampu menganalisis rigiditas dan struktur protein

II. DASAR TEORI


Kimia medisinal atau kimia komputasi adalah cabang ilmu kimia yang
menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program
komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya. Kimia
komputasi dapat pula melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar
(seperti gas, cairan, padatan dan kristal cair) dan menerapkan program tersebut
pada sistem kimia nyata (Prianto, 2008)
Kimia medisinal juga membahas mengenai proses pengembangan obat
yang terkini, peran struktur kimia, sifat kimia fisika terhadap proses absorpsi
obat ke tubuh, distribusi obat dalam tubuh, kemungkinan interaksi obat
dengan reseptor dan proses ekskresi obat. Selain itu juga dibahas hubungan
struktur, sifat kimia fisika terhadap aktivitas biologis obat dan hubungan aspek
stereokimia dengan aktivitas biologis. Hubungan struktur dengan proses
interaksi obat-reseptor dan kekuatan yang terlibat dalam interaksi tersebut
serta hubungan beberapa sifat kimia fisika dengan aktivitas biologis obat.
Hubungan struktur-aktivitas dan hubungan kuantitatif struktur kimia dan
aktivitas biologis melalui parameter sifat kimia fisika. Proses metabolisme
obat, reaksi-reaksi yang terlibat dan hubungan proses metabolisme dengan
proses pengembangan obat, modifikasi dan optimisasi molekul serta
rancangan obat rasional sesuai dengan perkembangan ilmu kimia medisinal
yang mutakhir (Siswandono, 1995).
Menurut Prianto (2008) pemodelan kimia komputasi dapat membantu
para kimiawan untuk :
(1) Mendesain awal proses reaksi sintesis,
(2) Mempelajari dan menjelajahi mekanisme reaksi
(3) Melakukan simulasi reaksi dalam komputer, dan
(4) Menentukan sifat-sifat dari molekul pereaksi maupun produk yang
dihasilkan.
Protein merupakan makromolekul yang menyusun lebih dari separuh
bagian dari sel. Protein menentukan ukuran dan struktur sel, komponen utama
dari sistem komunikasi antar sel serta sebagai katalis berbagai reaksi biokimia
di dalam sel, karena itulah sebagian besar aktivitas penelitian biokimia tertuju
pada protein khususnya hormone, antibody dan enzim.
Fungsi dan protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam
dua kelompok besar yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang
bekerja pada tingkat molekular. Protein dapat memerankan fungsi sebagai
bahan struktural karena seperti halnya polimer lain, protein memiliki rantai
yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. Selain itu
protein juga dapat berperan sebagai biokatalis untuk reaksi-reaksi kimia dalam
sistem makhluk hidup. Makromolekul ini mengendalikan jalur dan waktu
metabolism yang kompleks untuk menjaga kelangsungan hidup suatu
organisme.

III. ALAT
1. Komputer dan kelengkapannya
2. Program komputer Discovery Studio Visualizer
3. Program komputer Visual Molecular Dynamics (VMD)
IV. PROSEDUR KERJA
a. Menambahkan Atom Hidrogen Pada Protein
1. Buka “discovery studio 2016” - Discovery Studio Visualizer
2. Klik > Open

3. Lakukan penambahan hidrogen dengan klik chemistry >


hydrogen > +add

4. Simpan file dengan klik save as > format .pdb

b. Menampilkan Protein pada Aplikasi VMD


1. Buka aplikasi VMD
2. Klik File > New Molecule. Akan muncul tampilan seperti ini.
3. Klik Browse > Pilih file protein yang telah di download

4. Klik Load untuk membuka file yang telah dipilih dan akan
muncul tampilan seperti ini.
c. Menganalisis Frekuensi/Residu pada Protein
1. Klik Extensions > Analysis > Squence Viewer. Akan muncul
tampilan seperti ini:

2. Untuk melihat bentuk residu klik Help > Structure Code.


Warna struktur menunjukkan bentuk struktur. Akan muncul
tampilan seperti ini:

d. Mengetahui Asam Amino Bentuk Asam dan Basa


1. Klik Extensions di VMD Main > Tk Console
2. Masukkan kode set r_asam [atomselect top “resname ASP
GLU and name CA”] > klik enter.

3. Masukkan kembali kode $r_asam num > klik Enter. Akan


muncul jumlah residu asam amino yang bersifat asam dalam
tampilan seperti berikut:
4. Klik enter untuk memasukkan kode baru untuk melihat residu
asam amino bersifat basa.

5. Masukkan kode set r_basa [atomselect top “resname HIS ARG


LYS and name CA”] > klik enter
6. Masukkan kembali kode $r_basa num > klik enter. Akan
muncul jumlah residu asam amino yang bersifat basa dalam
tampilan seperti berikut:
e. Menentukan jumlah ikatan hidrogen
1. Extensions > Analysis > Hydrogen bonds
2. Klik all h-bonds
3. Klik write output to files? agar terdapat tanda centang
4. Klik choose > pilih folder untuk menyimpan output
5. Buka output menggunakan notepad dan dapat dilihat jumlah
ikatan hidrogen.

f. Analisis Jembatan Garam


1. Extensions > Analysis > Salt bridges
2. Klik Choose > Pilih folder untuk menyimpan output
3. Tulis “sbridges.dat” di kolom log file find salt bridges
4. Buka output menggunakan notepad dan dapat dilihat jumlah
jembatan garam

g. Analisis Plot Ramachandran


1. Extensions > Analysis > Ramachandran Plot
2. Klik molecule > klik File Protein

3. Klik create 3D Histogram


4. Putih menunjukkan area tidak stabil. Hijau menunjukkan area
cukup stabil. Biru menujukkan area stabil. Simpulkan maksud
plot Ramachandran yang dihasilkan.

h. Analisis Rigiditas dari Struktur Protein


1. Klik Graphics > Representations
2. Pada kolom selected atom > tulis protein

3. Pada kolom coloring method > klik beta

4. Pada kolom drawing method > klik new cartoon

5. Klik Extention > Visualization > Color Scale Bar


6. Akan divisualisasikan oleh warna, kemudian ambil kesimpulan.

V. DATA dan HASIL PENGAMATAN

Gambar 1. Struktur Protein

Gambar 2. Stuktur Protein dengan hidrogen


pada aplikasi Discovery Studio Visualizer
Gambar 3. Stuktur Protein dengan hidrogen
pada aplikasi Visual Molecular Dynamics

Gambar 4. Tampilan hasil analisis jumlah residu asam amino


Gambar 5. Tampilan Bentuk Struktur

Gambar 6. Hasil analisis jumlah residu asam amino bersifat asam


(biru) berjumlah 170 dan jumlah residu asam amino bersifat basa
(merah) berjumlah 175
Gambar 7. Hasil analisis jumlah ikatan hidrogen (terdapat 228 ikatan
hidrogen)

Gambar 8. Hasil analisis jumlah jembatan garam (terdapat 58 jembatan


garam)
Gambar 9. Hasil analisis plot Ramachandran (protein bersifat stabil)

Gambar 10. Hasil analisis plot Ramachandran dalam bentuk 3D


Histogram
Gambar 11. Hasil analisis rigiditas protein (protein yang dianalisis
bersifat flexibel)

VI. PEMBAHASAN
Praktikum kali ini menggunakan aplikasi Visual Molecular Dynamics
(VMD) sebagai aplikasi untuk pengantar metode analisis. Pada praktikum ini
dilakukan analisis pada protein 4A5S diantaranya adalah analisis struktur
sekunder protein, asam amino pada protein baik asam amino basa maupun
asam amino asam, jumlah Hidrogen, jembatan garam Analisis konformasi
protein dan juga mengetahui apakah senyawa protein yang di gunakan bersifat
rigid atau tidak. Pertama yang harus dilakukan adalah melakukan pencarian
protein. Protein adalah bagian dari sel dan merupakan bagian terbesar dalam
tubuh setelah air.
Dilakukan pencarian protein pada laman Protein Data Bank. Protein
Data Bank merupakan basis data bagi data struktur tiga dimensi dari molekul
biologis berukuran besar, seperti protein dan asam nukleat. Dilakukan
pencarian terhadap DPP4 (Dipeptidyl Peptidase-4). DPP4 dikenal sebagai
protein kompleks 2 adenosine deaminase yang merupakan protein yang ada
pada manusia. Protein yang digunakan adalah protein 4A5S yang merupakan
stuktur kristal dari DPP4 pada manusia.
Protein yang telah di donwload dari data bank ternyata belum
memunculkan atom Hidrogennya, sehingga apabila langsung di buka pada
aplikasi VMD tidak dapat menghitung jumlah atom hidrogennya. Oleh karena
itu untuk memunculkan Hidrogen pada protein ini digunakan aplikasi
discovery studio,setelah didapatkannya protein dengan atom hidrogen
sehingga dapat dilakukan analisis senyawa protein pada aplikasi VMD.
Analisis pertama dilakukan untuk melihat struktur sekunder dari
protein. Akan didapat informasi mengenai daftar residu yang terdapat pada
molekul protein ini. Salah satu contoh struktur sekunder adalah alfa helix.
Stuktur ini memiliki segmen-segmen dalam polipeptida yang terlilit atau
terlipat secara berulang. Struktur alfa helix terbentuk antara masing-masing
atom oksigen karbonil pada suatu ikatan peptida dengan hidrogen yang
melekat ke gugus amida pada suatu ikatan peptida empat residu asam amino
disepanjang rantai.
Selanjutnya dilakukan analisis kedua yaitu menentukan jumlah asam
amino yang bersifat asam dan asam amino yang bersifat basa. Asam amino
adalah senyawa organik yang mengandung setidaknya satu kelompok amino (-
NH2) dan kelompok karboksil (-COOH). Asam amino adalah bahan penyusun
protein mereka bersatu dalam bentuk rantai. Dari hasil praktikum diketahui
jumlah asam amino dari protein 4A5S ada 170 asam amino asam, dan jumlah
ada 175 asam amino basa.
Selanjutnya dilakukan perhitungan jumlah ikatan hidrogen. Ikatan
hidrogen adalah sebuah interaksi tarik-menarik (dipol-dipol) antara atom yang
bersifat elektronegatif dengan atom hydrogen yang terikat pada atom lain yang
juga bersifat elektronegatif. Sebelumnya di aplikasi discovery studio visualizer
sudah dimunculkan atom Hidrogen sehingga dapat dilakukan perhitungan
jumlah ikatan hidrogen pada aplikasi VMD. Dari hasil analisis didapat ikatan
hidrogen pada protein 4A5S sebanyak 228 ikatan hidrogen.
Selanjutnya dilakukan analisis jembatan garam. Jembatan garam
dihasilkan dari interaksi antara rantai samping asam amino yang ditemukan
pada asam amino seperti asam aspartate, asam glutamate, lisin, dan arginine.
Dengan analisis VMD dapat diketahui jumlah jembatan garam dalam suatu
protein, beserta asam amino yang berperan, juga jarak setiap jembatan garam.
Dari data praktikum didapat ada 58 jembatan garam pada protein 4A5S.
Analisis selanjutnya yang dilakukan adalah analisis konformasi
protein yang dilakukan dengan plot ramachandran. Plot Ramachandran
digunakan untuk memvisualisasikan koordinat tiga dimensi protein yang telah
ditentukan melalui eksperimen ke dalam koordinat internal. Dalam plot
ramachandran terdapat tiga daerah berwarna, yaitu biru, hijau, dan putih,
sedangkan asam amino digambarkan dengan kotak-kotak kecil berwarna
kuning. Asam amino yang terletak pada daerah biru merupakan asam amino
paling stabil, daerah warna hijau agak stabil, dan daerah warna putih tidak
stabil. Dari hasil praktikum didapat bahwa asam amino paling banyak berada
di area biru, hal ini menunjukkan bahwa banyak asam amino stabil pada
protein 4A5S.
Analisis terakhir yang dilakukan yaitu untuk mengetahui rigiditas dari
struktur protein 4A5S. Rigiditas suatu protein dalam analisis ini ditandai
dengan skala warna, semakin mendekati warna biru maka protein bersifat
flexibel dan sebaliknya, semakin mendekati warna merah maka protein
bersifat rigid. Struktur protein 4A5S menunjukkan dua warna yaitu warna
hijau dan biru dengan warna biru yang lebih dominan. Dari hasil analisis dapat
disimpulkan bahwa protein 4A5S bersifat flexibel.

VII. KESIMPULAN
1. Protein yang dianalisis adalah protein 4A5S
2. Jumlah residu asam amino yang bersifat asam sebanyak 170 dan
jumlah residu asam amino yang bersifat basa sebanyak 175
3. Jumlah ikatan hidrogen protein 4A5S sebanyak 228 ikatan dan
jumlah jembatan garam sebanyak 58.
4. Asam amino terbanyak berada di area biru (paling stabil) pada
analisis Plot Ramachandran.
5. Protein 4A5S bersifat flexibel.

VIII. DAFTAR PUSTAKA


Prianto, Bayu. 2008. Peran Kimia Komputasi Dalam
Mempelajari Mekanisme Reaksi Proses Elektrolisis NaCl Menjadi
NaClO4. Berita Dirgantara Vol. 9 No. 4: 79-82.

Siswandono, Soekardjo B. 1995. Kimia Medisinal, Cetakan


Pertama. Surabaya: Airlangga University Press.

Ostermann, N., et al. 2012. CRYSTAL STRUCTURE OF


HUMAN DPP4 IN COMPLEX WITH A NOVAL HETEROCYCLIC
DPP4 INHIBITOR 4A5S. https://www.rcsb.org/structure/4a5s